CC BY
14
DOI: 10.21294/1814-4861-2020-19-1-134-140 УДК: 616-006.441:575.113:575.24/.25
Для цитирования: Воропаева Е.Н., Воевода М.И., Поспелова Т.И., Максимов В.Н. Случаи диффузной В-крупноклеточной лимфомы с функционально значимыми интронными мутациями в гене ТР53. Сибирский онкологический журнал. 2020; 19(1): 134-140. - doi: 10.21294/1814-4861-2020-19-1-134-140.
For citation: Voropaeva E.N., Voevoda M.I., Pospelova T.I., Maximov V.N. Cases of diffuse large B-cell lymphoma with functional intron mutations in the TP53 gene. Siberian Journal of Oncology. 2020; 19(1): 134-140. - doi: 10.21294/1814-48612020-19-1-134-140.
случаи диффузной в-крупноклеточной лимфомы с функционально значимыми интронными мутациями в гене ТР53
Е.Н. Воропаева1, М.И. Воевода1, Т.И. Поспелова2, В.Н. Максимов1
Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины - филиал ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», г. Новосибирск, Россия1
Россия, г Новосибирск, 630089, ул. Б. Богаткова, 175/1. E-mail: vena.81@mail.ru1
ФГБОУ ВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава России,
г Новосибирск, Россия2
Россия, г Новосибирск, 630091, Красный проспект, 522
Аннотация
Актуальность. Наличие в гене ТР53 функционально значимых интронных изменений было продемонстрировано в экспериментах in vitro и на выборках больных отдельными вариантами неходжкин-ских лимфом. До настоящего времени при изучении ТР53 в опухолевой ткани больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой (ДВККЛ) исследования были сосредоточены на поиске мутаций в 5-8 экзонах гена. По этим причинам требуются дальнейшие исследования спектра изменений в интронных последовательностях гена ТР53 и определение их функционального эффекта при ДВККЛ. Описание. В статье представлены два клинических наблюдения, которые представляют интерес как впервые публикуемые в российской научной литературе случаи выявления функционально значимых интронных мутаций ТР53 в опухолевой ткани ДВККЛ. Первый клинический случай ДВККЛ характеризовался экс-транодальным опухолевым поражением в дебюте заболевания, выраженными симптомами опухолевой интоксикации, высокой параклинической активностью опухоли, развитием раннего рецидива гемобла-стоза с экстранодальным очагом поражения в забарьерной ткани, резистентным к лечению. Второй описанный клинический случай ДВККЛ характеризовался исходно массивным опухолевым поражением, быстропрогрессирующим течением заболевания, выраженными симптомами опухолевой интоксикации, высокой параклинической активностью опухоли и плохим ответом на терапию с последующей генерализацией лимфомы. Заключение. Мутации в гене ТР53 являются драйвером опухолевого процесса, служат не только маркером агрессивного течения опухоли, но и независимым предиктором снижения чувствительности к лечению. Представленные клинические случаи показывают, что необходимы углубленный анализ результатов секвенирования ТР53 при опухолях и функциональная оценка всех выявляемых изменений, в том числе в интронах гена и с привлечением методов анализа in silico.
Ключевые слова: секвенирование, интронные мутации, ген ТР53, неходжкинские лимфомы, прогноз.
cases of diffuse large b-cell lymphoma with functional intron mutations in the TP53 gene
E.N. Voropaeva1, M.I. Voevoda1, T.I. Pospelova2, V.N. Maximov1
Research 1пБШ^е of Internal and Preventive Medicine - Branch of the Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia1 175/1, B. Bogatkova Street, Novosibirsk, 630089, Russia. E-mail: vena.81@mail.ru1 Novosibirsk State Medical University of the Russian Ministry of Health, Novosibirsk, Russia2 52, Krasny Prospect, Novosibirsk, 630091, Russia2
^ Воропаева Елена Николаевна, vena.81@mail.ru
Background. The presence of functionally significant intron mutations in the TP53 gene was demonstrated in experiments in vitro and on samples of patients with some variants of non-Hodgkin's lymphomas. To date, the studies of TP53 in tumor tissue of patients with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) have been focused on the mutations in 5-8 exons of the gene. For these reasons, further studies of the spectrum of changes in the intron sequences of the TP53 gene and the determination of their functional effect in DLBCL are required. Description. We present two case reports that are of interest as the cases for detection of functionally significant intron TP53 mutations in DLBCL tissue, first published in the Russian scientific literature. The first clinical case of DLBCL was clinically characterized by extranodal tumor at the onset of the disease, severe symptoms of tumor intoxication, high paraclinical tumor activity, and early hemoblastosis recurrence. The second case of DLBCL was characterized by initially massive tumor lesion, rapidly progressive course of the disease, severe symptoms of tumor intoxication, high paraclinical tumor activity and poor response to therapy with subsequent generalization of lymphoma. Conclusion. Mutations in the TP53 gene are the driver of the tumor process, serve not only as a marker of aggressive tumor progression, but also as an independent predictor of reduced sensitivity to treatment. The presented clinical cases show that an in-depth analysis of the results of the TP53 sequencing in tumors and functional assessment of all detected changes, including changes in the introns of the gene and involving in silico analysis techniques, are necessary.
Abstract
Key words: sequencing, intron mutations, TP53 gene, non-Hodgkin lymphomas, prognosis.
Введение
Несмотря на всю сложность генетических изменений, происходящих в геноме злокачественной клетки, мутации гена ТР53 являются наиболее частым, универсальным нарушением, обнаруживаемым при широком круге злокачественных новообразований. Являясь драйвером опухолевого процесса, они служат не только маркером агрессивного течения опухоли, но и независимым предиктором снижения чувствительности к лечению [1].
Частота и спектр мутаций в гене ТР53 описаны при диффузной В-крупноклеточной лимфоме (ДВККЛ) на небольших выборках пациентов [2, 3]. Однако в центре внимания исследователей, как правило, были мутации в 5-8 экзонах гена, кодирующих ДНК-связывающий домен белка. Интрон-ные мутации ТР53 долгие годы не входили в круг интересов исследователей. Например, в Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer, The TP53 UMD mutation database in human cancer (2017 release) и IARC TP53 mutation Database (2012 release) перечислены только аберрации в кодирующих последовательностях гена ТР53 [4-6]. Лишь небольшое число интронных мутаций гена ТР53 аннотировано в Human Gene Mutation Database [7].
Наличие в гене ТР53 функционально значимых интронных изменений было продемонстрировано в экспериментах in vitro и на выборках больных отдельными вариантами неходжкинских лимфом [8, 9]. В частности, описаны интронные мутации, которые в результате альтернативного сплайсинга приводят к генерированию изоформ белка р53, отсутствующих в норме. Для данных изоформ характерны не только утрата транскрипционной активности и канонических функций опухолевого супрессора, но и появление способности придавать несущим их клеткам высокий метастатический потенциал [10].
До настоящего времени при изучении ТР53 в опухолевой ткани больных ДВККЛ исследования были сосредоточены на поиске мутаций в 5-8 экзонах гена [1, 2], поэтому требуются дальнейшие исследования спектра изменений в интронных последовательностях гена ТР53 и определения их функционального эффекта при ДВККЛ.
В статье описаны 2 клинических наблюдения ДВККЛ, которые представляют интерес как впервые публикуемые в российской научной литературе случаи выявления функционально значимых интрон-ных мутаций ТР53 в опухолевой ткани лимфомы.
Клиническое наблюдение 1
Пациент Ч., 73 лет, поступил в гематологическое отделение Городского гематологического центра г. Новосибирска с жалобами на боли в десне, лихорадку до 38,5 °С в вечернее время суток, трудности при пережевывании пищи, потливость по ночам, повышенную утомляемость.
Считает себя больным в течение 2 мес, когда отметил боль в 6 верхнем зубе слева, отек щеки и десны. После удаления зуба сохранялся отек тканей. При рентгенографии костей черепа выявлено образование верхней челюсти слева, выполнена биопсия. При иммуногистохимическом исследовании верифицирована ДВККЛ CD20+, неспецифицированная. По данныммультиспираль-ной компьютерной томографии лицевого скелета выявлено объемное образование левой гайморовой пазухи размером 23,8*22*19,5 мм, вызывающее деструкцию нижней и латеральной стенок пазухи, а также альвеолярного отростка верхней челюсти, распространяющееся на жировую клетчатку шеи и ротовую полость.
При дообследовании: ЛДГ - 708МЕ/л, Фг- 5,7г/л, СОЭ - 38 мм/ч. По данным трепанобиопсии: специфическое поражение костного мозга.
Поставлен диагноз: ДВККЛ CD20+, неспеци-фицированная, IV.Е стадии с поражением левой гайморовой пазухи, альвеолярного отростка верхней челюсти, жировой клетчатки шеи и ротовой полости, костного мозга, впервые выявленная; группа высокого риска по Международному прогностическому индексу (МПИ).
В связи с возрастом и соматической отягощен-ностьюрекомендованы курсы по протоколу R-СОР (ритуксимаб, циклофосфан, винкристин и предни-золон). После 2 курсов терапии отмечено уменьшение объема образования, нормализация носового дыхания. После 6 курсов терапии констатирована ремиссия, проводилось введение Ритуксимаба 1 раз в 3 мес. Однако спустя полгода пациент отметил увеличение правого яичка, консультирован онкоурологом, выполнена орхэктомия справа. По данным гистологического и иммуногистохими-ческого исследований верифицирована ДВККЛ CD20+, неспецифицированная. По данным КТ в малом тазу выявлено мягкотканное образование 12*10*6,6 см. Диагностирована ДВККЛ CD20+, неспецифицированная, IV.Е стадии с поражением левой гайморовой пазухи, альвеолярного отростка верхней челюсти, жировой клетчатки шеи и ротовой полости, костного мозга, первая ремиссия; I ранний рецидив 1УЕ стадии с поражением правого яичка, лимфоузлов малого таза, индукция ремиссии; группа высокого риска по МПИ. Проведено 6 курсов полихимиотерапии, после второго по протоколу R-CHOP (ритуксимаб, циклофосфан, винкристин, доксорубицин и преднизолон) констатирована резистентность к лечению, направлен на высокодозную химиотерапию. На очередной курс терапии пациент не явился в связи с летальным исходом от прогрессирования заболевания.
В ходе прямого секвенирования по Сенгеру в опухолевой ткани ДВККЛ выявлены изменения в гене ТР53: сеймсенс мутация p.L252L в кодирующей последовательности; мутация в 6 интроне IУS6-36G>C (рис. 1).
Данный клинический случай ДВККЛ характеризовался экстранодальным опухолевым по-
ражением в дебюте заболевания, выраженными симптомами опухолевой интоксикации, высокой параклинической активностью опухоли, развитием раннего рецидива гемобластоза с экстранодальным очагом поражения в забарьерной ткани, резистентным к лечению.
Выявленная у пациента при секвенировании интронная мутация IVS6-36G>C имеет доказанную биологическую значимость. В экспериментах in vitro было показано, что IVS6-36G>C в отсутствие изменений в кодирующей последовательности гена приводит к выживанию клеток в условиях химиотерапии и длительно ингибирует апоптоз [11]. Согласно данным литературы, она связана с семейными формами рака молочной железы, риском возникновения рака простаты и предрасположенностью к раку щитовидной железы у детей [11, 12].
Мутация расположена в 6 интроне гена ТР53 и, согласно данным The Human Cancer Mutation Database, относится к изменениям, влияющим на сплайсинг [7]. Хотя замена IVS6-36G>C расположена далеко от экзон/интронного стыка, где обычно находятся сайты сплайсинга, описаны другие механизмы влияния изменения нуклеотидной последовательности в некодирующих регионах на созревание молекулы мРНК. В частности, мутации в интронах способны генерировать новые сайты сплайсинга, которые, конкурируя с исходными сайтами, замедляют сплайсинг мРНК. В ряде случаев такой новый сайт может распознаваться системой процессинга РНК как аутентичный сайт сплайсинга, тогда в процессированную мРНК включается часть интрона. Это приводит к сдвигу рамки считывания и образованию укороченного белка.
Клиническое наблюдение 2
Пациент Г., 46 лет, поступил в гематологическое отделение Городского гематологического центра г. Новосибирска c жалобами на слабость, температуру в вечернее время до 38 °С, ночную профузную потливость, потерю веса на 9 кг за 12 мес, увеличение всех групп периферических лимфоузлов.
Рис. 1. Результаты секвенирования: А - мутация p.L252L, В - интронная мутация iVS6-36G>C Fig. 1. Sequencing results: A - p.L252L mutation, B intron mutation of iVS6-36G>C
Считает себя больным в течение полугода, когда впервые обнаружил безболезненное увеличение надключичного лимфоузела справа до 0,5 см. Консультирован ЛОР-врачом - без патологии, инфекционистом - выявлен хронический вирусный гепатит С минимальной степени активности. После консультации онколога проведена операционная биопсия увеличенного лимфоузла. По данным гистологического и иммуногистохи-мического исследования верифицирована диффузная В-крупноклеточная неспецифицированная лимфома СД20+; уровень экспрессии маркера Ki67 опухолевыми клетками 35 %, BCL6-, СД10-. Направлен к гематологу.
Объективно: состояние средней степени тяжести, пальпируются все группы периферических лимфоузлов, плотные, безболезненные, шейные лимфоузлы справа - массивное поражение. Селезенка на 5 см ниже реберной дуги. По данным дообследования: УЗИ органов брюшной полости -выраженная спленомегалия (площадь селезенки -78 см2); КТорганов грудной клетки - лимфоузлы в средостении увеличены до 3-4 см; в биохимическом анализе крови: Фг - 4,4 г/л, ЛДГ - 741 МЕ/л, ЩФ -456 Е/л, Тп - 6 Ед, СРБ - 24 Ед.; в ОАК - СОЭ 25 мм/ч. В трепанобиоптате скопления крупноклеточных опухолевых элементов.
На основании жалоб, анамнеза, объективного осмотра, данныхлабораторно-инструментального обследования был выставлен диагноз: диффузная В-крупноклеточная, неспецифицированная СД20+ лимфома IVS стадии с поражением всех групп периферических лимфоузлов, лимфоузлов средостения, селезенки, костного мозга, впервые выявленная. Группа промежуточного/высокого риска по МПИ.
Получил 6 курсов полихимиотерапии по протоколу R-СНОР с положительной динамикой в виде уменьшения объема опухоли, однако в августе 2011 г. в межкурсовой промежуток отметил интенсивные боли в эпигастрии. По данным обследования имеются признаки прогрессирования заболевания: увеличение абдоминальных лимфоузлов, лимфоузлов малого таза до массивных, выраженная спленомегалия (объем селезенки 452 мл), появление очагов поражения в костях - позвонках L2, L4, L5, S1, костях таза, поражение стенки мочевого пузыря, плевры с двух сторон. Экстренно госпитализирован в отделение с выраженным болевым синдромом.
По жизненным показаниям проведена терапия по протоколу высокодозной химиотерапии DHAP (цисплатин, цитозар, дексаметазон), которую перенес удовлетворительно. Однако в межкурсовой период пациент скончался от прогрессирования гемобластоза.
В ходе прямого секвенирования по Сенгеру в опухолевой ткани ДВККЛ были выявлены следующие изменения в гене ТР53: миссенс мутацияр.Т1551, мутация сдвига рамки считывания p.A189Pfs и интронная мутация IVS5+43G>T (рис. 2). Все мутации были в гомозиготном состоянии, что свидетельствовало о потере гетерозиготности в гене ТР53 в опухолевой ткани ДВККЛ у данного пациента.
Описанный клинический случай ДВККЛ характеризовался исходно массивным опухолевым поражением, быстропрогрессирующим течением заболевания, выраженными симптомами опухолевой интоксикации, высокой параклинической активностью опухоли и плохим ответом на терапию с последующей генерализацией лимфомы.
Рис. 2. Результаты секвенирования: А - мутация p.T155i, В - мутация p.A189Pfs, С - интронная мутация iVS5+43G>T, D - интронная мутация iVS4-30T>C Fig. 2. Sequencing results: A - p.T155i mutation, B p.A189Pfs mutation, С - intron mutation of iVS5+43G>T, D - intron mutation of iVS4-30T>C
В ходе секвенирования, помимо патогенной миссенс-мутации p.T155I и мутации сдвига рамки считывания p.A189Pfs, приводящей к синтезу укороченного неактивного белка р53, в опухолевом материале было выявлено две интронные мутации, не фиксированные в специализированных базах данных.
В базе данных dbSNP в позиции IVS5+43 описана другая однонуклеотидная замена G>C (rs765032410, NC_000017.11:g.7675010C>G), однако ни популяционная частота редкого аллеля (Minor allele frequency - MAF), ни клиническое значение rs765032410 не известны [13]. Однако согласно прогнозу NetGene2 [14], IVS5+43G>T приводит к образованию дополнительного акцепторного сайта сплайсинга, который отсутствует в норме, что может приводить к включению в последовательность м-РНК части 5 интрона, преждевременному образованию стоп-кодона в 189 положении и синтезу укороченного варианта белка р53, лишенного функциональной активности. Отдельно также следует отметить IVS4-30T>C ввиду того, что в 4 интроне ТР53 расположен альтернативный промотор гена, участвующий в синтезе изоформы deltal33, которая в норме экспрессиру-ется в лимфоидной ткани [15]. Однако на данный момент оценить ее влияние на транскрипцию гена не представляется возможным.
Таким образом, результаты молекулярно-генетического анализа свидетельствуют о наличии в опухолевой ткани ДВККЛ у данного пациента множественных функционально значимых мутаций ТР53, в том числе интронных, сочетающихся с потерей нормального аллеля гена.
Заключение
В литературе описаны интронные мутации в гене ТР53, которые приводят к генерированию в результате альтернативного сплайсинга отсутствующих в норме изоформ белка р53. Для данных изоформ характерны не только утрата
ЛИТЕРАТУРА/REFERENCES
1. Xu-Monette Z.Y., Wu L., Visco C., Tai Y.C., TzankovA., Liu W.M., Montes-Moreno S., Dybkaer K., Chiu A., Orazi A., Zu Y., Bhagat G., RichardsK.L., HsiE.D., ZhaoX.F., Choi W.W., ZhaoX., vanKriekenJ.H., Huang Q., Huh J., Ai W., Ponzoni M., Ferreri A.J., Zhou F., Kahl B.S., Winter J.N., Xu W., Li J., Go R.S., Li Y., Piris M.A., M0ller M.B., Miranda R.N., Abruzzo L.V., Medeiros L.J., Young K.H. Mutational profile and prognostic significance of TP53 in diffuse large B-celllymphoma patients treated with R-CHOP: report from an International DLBCL Ritux-imab-CHOP Consortium Program Study. Blood. 2012 Nov 8; 120(19): 3986-96. doi: 10.1182/blood-2012-05-433334.
2. Young K.H., Weisenburger D.D., Dave B.J., Smith L., Sanger W., Iqbal J., CampoE., Delabie J., GascoyneR.D., Ott G., RimszaL., Muller-Hermelink H.K., Jaffe E.S., Rosenwald A., Staudt L.M., Chan W.C., Greiner T.C. Mutations in the DNA-binding codons of TP53, which are associated with decreased expression of TRAIL receptor-2, predict for poor survival in diffuse large B-cell lymphoma. Blood. 2007 Dec 15; 110(13): 4396-405. doi: 10.1182/blood-2007-02-072082.
3. Tamimi Y., Al-Harthy S., Al-HaddabiI., Al-KindiM., BabikerH., Al-MoundhriM., Burney I. The p53 mutation/deletion profle in a small cohort of the Omani population with Diffuse Large B-Cell Lymphoma. Sultan Qaboos Univ Med J. 2014 Feb; 14(1): e50-8. doi: 10.12816/0003336.
транскрипционной активности и канонических функций опухолевого супрессора, но и появление способности придавать несущим их клеткам высокий метастатический потенциал [10].
Большинство потенциально значимых ин-тронных замен расположены в непосредственной близости к экзон-интронным стыкам, где в норме находятся сайты сплайсинга, представляющие собой консервативные последовательности c/ aAG|GURAGU у 5'-конца сайтов сплайсинга, и последовательность Py11NYAG| у 3'-конца сайтов сплайсинга млекопитающих [16]. Эффективное распознавание сайтов сплайсинга сплайсосомой зависит от сохранности его консервативной последовательности и последовательностей его окружающих и является критически важным для правильного и упорядоченного удаления интронов из пре-мРНК.
Известны механизмы влияния на нормальное созревание молекулы м-РНК изменений, расположенных в глубине интронных регионов. В частности, мутации в интронах способны генерировать новые сайты сплайсинга, которые, конкурируя с исходными сайтами, замедляют сплайсинг мРНК
[17].
Очевидно, что в настоящее время углубленный анализ результатов секвенирования вне кодирующих последовательностей гена ТР53 отсутствует, количество и функциональные эффекты выявляемых в них аберраций недооценены. Ситуация осложняется тем, что для успешного решения данной задачи требуется разработка усовершенствованных методов анализа in silico. Вместе с тем описанные в данном сообщении клинические случаи свидетельствуют, что интронные последовательности ТР53 при ДВККЛ также подвержены мутациям, способствующим опухолевому росту. Новые биомаркеры, расположенные в интронах гена ТР53, могут быть важны для диагностики, прогноза и предсказания ответа опухолей на лечение.
4. BouaounL., SonkinD., ArdinM., HollsteinM., Byrnes G., Zavadil J., Olivier M. TP53 Variations in Human Cancers: New Lessons from the IARC TP53 Database and Genomics Data. Hum Mutat. 2016 Sep; 37(9): 865-76. doi: 10.1002/humu.23035.
5. Leroy B., Fournier J.L., Ishioka C., Monti P., Inga A., Fronza G., Soussi T. The TP53 website: an integrative resource centre for the TP53 mutation database and TP53 mutant analysis. Nucleic Acids Res. 2013 Jan; 41(Database issue): D9629. doi: 10.1093/nar/gks1033.
6. Sondka Z., BamfordS., Cole C.G., WardS.A., Dunham I., Forbes S.A. The COSMIC Cancer Gene Census: describing genetic dysfunction across all human cancers. Nat Rev Cancer. 2018 Nov; 18(11): 696-705. doi: 10.1038/s41568-018-0060-1.
7. Stenson P.D., MortM., Ball E. V., Evans K., Hayden M., Heywood S., Hussain M., Phillips A.D., Cooper D.N. The Human Gene Mutation Database: towards a comprehensive repository of inherited mutation data for medical research, genetic diagnosis and next-generation sequencing studies. Hum Genet. 2017 Jun; 136(6): 665-677. doi: 10.1007/s00439-017-1779-6.
8. Charbonneau B., Maurer M.J., Fredericksen Z.S., Zent C.S., LinkB.K., NovakA.J., Ansell S.M., Werner G.J., Wang A.H., Witzig^ T.E., Dogan A., Slager S.L., Habermann T.M., Cerhan J.R. Germline variation in complement genes and event-free survival in Follicular and Diffuse
Large B-Cell Lymphoma. Am J Hematol. 2012 Sep; 87(9): 880-5. doi: 10.1002/ajh.23273.
9. VoropaevaE.N., VoevodaM.I., Pospelova T.I., Maksimov V.N. Prognostic impact of the TP53 rs1625895 polymorphism in DLBCL patients. Br J Haematol. 2015 Apr; 169(1): 32-5. doi: 10.1111/bjh.13237.
10. Senturk S, Yao Z, Camiolo M, Stiles B, Rathod T, Walsh A.M., Nemajerova A, Lazzara MJ, Altorki NK,, Krainer A, Moll UM, Lowe S,W, Cartegni L, Sordella R, P53T is a transcriptionally inactive p53 isoform able to reprogram cells toward a metastatic-like state. Proc Natl Acad Sci USA. 2014 Aug 12; 111(32): E3287-96. doi: 10.1073/ pnas.1321640111.
11. Lehman TA, HafftyBG,, Carbone CJ, BishopL,R,, GumbsA,A, Krishnan S, Shields PG,, Modali R, Turner BC. Elevated frequency and functional activity of a specific germ-line p53 intron mutation in familial breast cancer. Cancer Res. 2000 Feb 15; 60(4): 1062-9.
12. Hillebrandt S, Streffer C, Demidchik E,P,, Biko J, Reiners C, Polymorphisms in the p53 gene in thyroid tumors and blood samples of children from areas in Belarus. Mutat Res. 1997; 381(2): 201-7. doi: 10.1016/s0027-5107(97)00169-3.
13. Kitts A, Phan L, WardM, Holmes J,B, The Database of Short Genetic Variation (dbSNP) [Internet]. URL: https://www.ncbi.nlm.nih. gov/books/NBK174586 (cited 26.02.2019).
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ
Воропаева Елена Николаевна, доктор медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетических исследований терапевтических заболеваний, НИИ терапии и профилактической медицины - филиал ИЦИГ СО РАН (г. Новосибирск, Россия). E-mail: vena.81@mail.ru. SPIN-код: 4424-2094. Researcher ID (WOS): A-5360-2014. Author ID (Scopus): 36020818100. ORCID: 0000-0001-7542-7285.
Воевода Михаил Иванович, академик РАН, доктор медицинских наук, профессор, директор НИИ терапии и профилактической медицины - филиал ИЦИГ СО РАН (г. Новосибирск, Россия). SPIN-код: 6133-1780. Researcher ID (WOS): N-6713-2015. Author ID (Scopus): 7004003785. ORCID: 0000-0001-9425-413X.
Поспелова Татьяна Ивановна, доктор медицинских наук, профессор, заведующая кафедрой терапии, гематологии и транс-фузиологии ФПК и ППВ, ФГБОУ ВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава России (г. Новосибирск, Россия). Author ID (Scopus): 7005792562. ORCID: 0000-0002-1261-5470.
Максимов Владимир Николаевич, доктор медицинских наук, профессор, заведующий лабораторией молекулярно-генетических методов исследования терапевтических заболеваний, НИИ терапии и профилактической медицины - филиал ИЦИГ СО РАН (г. Новосибирск, Россия). SPIN-код: 9953-7867. Researcher ID (WOS): H-7676-2012. Author ID (Scopus): 7202540327. ORCID: 0000-0002-7165-4496.
ВКЛАД АВТОРОВ
Воропаева Елена Николаевна: выполнение секвенирования образцов, анализ и интерпретация данных, написание черновика рукописи, окончательное одобрение статьи.
Воевода Михаил Иванович: биоинформационный анализ полученных данных, критический пересмотр рукописи с внесением ценного интеллектуального содержания, окончательное одобрение статьи.
Поспелова Татьяна Ивановна: разработка концепции и дизайна исследования, критический пересмотр рукописи с внесением ценного интеллектуального содержания, окончательное одобрение статьи.
Максимов Владимир Николаевич: обзор публикаций по теме статьи, анализ и интерпретация данных, написание текста статьи, окончательное одобрение статьи.
Финансирование
Работа выполнена в рамках бюджетной темы по Государственному заданию № 0324-2018-0002. Работа получила поддержку гранта Президента РФ молодым ученым МД-2706.2019.7. Работа выполнена в рамках бюджетной темы по Государственному заданию № 0324-2018-0002. Конфликт интересов
Авторы объявляют, что у них нет конфликта интересов.
about the authors
Elena N. Voropaeva, MD, DSc, Senior Researcher, Laboratory of Molecular Genetic Studies of Therapeutic Diseases, Research Institute of Internal and Preventive Medicine Branch of the Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, (Novosibirsk, Russia). E-mail: vena.81@mail.ru. Researcher ID (WOS): A-5360-2014. Author ID (Scopus): 36020818100. ORCID: 0000-0001-7542-7285.
Mikhail I. Voevoda, MD, Member of the Russian Academy of Sciences, Professor, Director of the Research Institute of Internal and Preventive Medicine -Branch of the Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the Russian
14. Brunak S., Engelbrecht J., Knudsen S. Prediction of human mRNA donor and acceptor sites from the DNA sequence. J Mol Biol. 1991 Jul 5; 220(1): 49-65. doi: 10.1016/0022-2836(91)90380-o.
15.Marcel V., Dichtel-DanjoyM.L., Sagne C., HafsiH., MaD., Ortiz-Cuaran S., Olivier M., Hall J., Mollereau B., Hainaut P., Bourdon J.C. Biological functions of p53 isoforms through evolution: lessons from animal and cellular models. Cell Death Differ. 2011; 18(12): 1815-24. doi: 10.1038/cdd.2011.120.
16. YabasM., ElliottH., Hoyne G.F. The role of alternative splicing in the control of immune homeostasis and cellular differentiation. Int J Mol Sci. 2015 Dec 22; 17(1). pii: E3. doi: 10.3390/ijms17010003.
17. Diederichs S., Bartsch L., Berkmann J.C., Fröse K., Heitmann J., Hoppe C., Iggena D., Jazmati D., Karschnia P., Linsenmeier M., Maulhardt T., Möhrmann L., Morstein J., Paffenholz S.V., RöpenackP., Rückert T., Sandig L., Schell M., Steinmann A., Voss G., Wasmuth J., WeinbergerM.E., WullenkordR. The dark matter of the cancer genome: aberrations in regulatory elements, untranslated regions, splice sites, non-coding RNA and synonymous mutations. EMBO Mol Med. 2016 May 2; 8(5): 442-57. doi: 10.15252/emmm.201506055.
Поступила/Received 26.02.2019 Принята в печать/Accepted 15.05.2019
Academy of Sciences (Novosibirsk, Russia). Researcher ID (WOS): N-6713-2015. Author ID (Scopus): 7004003785. ORCID: 0000-0001-9425-413X.
Tatiana I Pospelova, MD, Professor, Head of the Department of Therapy, Hematology and Transfusiology, Novosibirsk State Medical University of the Russian Ministry of Health (Novosibirsk, Russia). Author ID (Scopus): 7005792562. ORCID: 0000-0002-12615470.
Vladimir N. Maksimov, MD, Professor, Head of the Laboratory of Molecular-genetic Methods for the Study of Therapeutic Diseases of the Research Institute of Internal and Preventive Medicine Branch of the Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences (Novosibirsk, Russia). Researcher ID (WOS): H-7676-2012. Author ID (Scopus): 7202540327. ORCID: 0000-0002-7165-4496.
AUTHOR CONTRIBUTION
Elena N. Voropaeva: sequencing of samples, analysis and interpretation of data, drafting of the manuscript, final approval of the manuscript.
Mikhail I. Voevoda: data bio-information analysis, critical review of the manuscript with the introduction of valuable intellectual content, final approval of the manuscript.
Tatiana I. Pospelova: concept development, study design, critical review of the manuscript with the introduction of valuable intellectual content, final approval of the manuscript.
Vladimir N. Maksimov: review of publications, analysis and interpretation of data, writing of the manuscript, final approval of the manuscript.
Funding
The work was carried out within the framework of the Budget theme on the State task No. 0324-2018-0002. The work was supported by Grant of the President of the Russian Federation for young scientists MD-2706.2019.7. The work was carried out within the framework of the Budget theme on the State task No. 0324-2018- 0002. Conflict of interest
The authors declare that they have no conflict of interest.
