CC BY
11
ВЕСТНИК ГЕМАТОЛОГИИ, том XVII, № 2, 2021
улучшить результаты кариотипирования.
Цель. Оценить эффективность методики культивирования клеток периферической крови и сопоставить её результаты со стандартными культуральными протоколами костного мозга у пациентов с миелофиброзом.
Материалы и методы. Цитогенетический анализ был проведен 95 пациентам, обследованным в лаборатории цитогенетики и диагностики генетических заболеваний НИИ ДОГиТ им. РМ. Горбачевой с 2009 по 2021 год. Среди пациентов были 55 (58 %) женщин и 40 (42 %) мужчин в возрасте от 28 до 83 лет (медиана 51 год). Для исследования применялась стандартная методика краткосрочного 24-часового культивирования клеток костного мозга у 37 (38,9 %) пациентов, 48-часовое культивирование клеток периферической крови без стимуляторов роста у 34 (35,8 %) и их комбинация - у 24 (25,3%). Окрашивание полученных препаратов проводилось методом СТС-бэндирования. Хромосомные аберрации описывались согласно критериям ISCN 2016.
Результаты. Из 95 обследованных пациентов у 39 (41 %) были обнаружены численные и структурные перестройки. Из встретившихся аномалий можно выделить: полную или частичную моносомию хромосом 7, 11, 13 (п=9); полную или частичную
трисомию хромосом 1, 8, 9 и 21 (n=13); одиночные аномалии, такие как inv(3), t(5;7), der(9), i(17) (n=5); комплексные перестройки c >3 аберрациями (n=l2). Трисомия хромосомы 8 наблюдалась чаще других перестроек хромосом (n=11, 27,5 %). Пациенты с очень высоким, высоким, промежуточным и низким цитогенетическим риском по системе оценок DIPSS plus составили 6,3 %, 42,1 %, 6,3 % и 45,3 % соответственно. При кариотипи-ровании клеток крови у 18 (31 %) из 58 пациентов были обнаружены метафазы с тетра- и октаплоидным набором хромосом без структурных перестроек. У 24 (41,4 %) пациентов численные перестройки комбинировались со структурными, причем в 10 наблюдениях хромосомные аберрации определялись как в диплоидных, так и полиплоидных кариотипах. При сравнении эффективности культуральных протоколов возможность обнаружить аномальный кариотип была выше при культивировании клеток крови, дополняя результаты, полученные при кариоти-пировании клеток костного мозга.
Выводы. Исследование показало, что комбинация культу-ральных протоколов клеток крови и костного мозга является наиболее эффективным приёмом в цитогенетической диагностике миелофиброза.
М.А. Поспелова1, К.В. Данилов1, А.В. Горбунова2, И.В. Евсюков1
ПОИСК НОВЫХ ХИМЕРНЫХ ГЕНОВ В ОБРАЗЦАХ ФОЛИКУЛЯРНОИ ЛИМФОМЫ
МЕТОДОМ РНК-СЕКВЕНИРОВАНИЯ
1Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Национальный
исследовательский университет ИТМО», г. Санкт-Петербург 2Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова» министерства здравоохранения Российской Федерации, г. Санкт-Петербург
Введение. По частоте встречаемости фолликулярная лимфома (ФЛ) занимает второе место среди неходжкинских лимфом. В большинстве случаев опухолевые клетки содержат транслокацию t(14;18)(q32;q21), которая активирует BCL2, ключевой ген апоптоза. Однако, существует целый ряд минорных транслокаций. Выявление таких событий у конкретного пациента может повлиять на диагностику, прогноз и лечение рака. Поэтому поиск новых химерных генов очень важен для персонифицированного подхода в медицине. В настоящее время поиск новых химерных генов можно осуществлять в данных РНК секвенирования. Найденные таким образом и провалидированные химерные гены могут использоваться в диагностических целях.
Цель. Осуществить поиск новых химерных генов в транс-криптомах образцов фолликулярной лимфомы с использованием специализированных биоинформатических программ. Составить список потенциальных новых химерных генов для их дальнейшего подтверждения секвенированием по Сэнгеру.
Материалы и методы. Сбор материала проводился в Северо-Западном государственном медицинском университете им. И.И. Мечникова. У всех пациентов было получено информированное согласие на хранение образцов и их использование для молекулярно-биологических исследований. Стандартное секвенирование РНК было проведено в Ресурсном центре "Биобанк" Санкт-Петербургского Государственного Университета. В анализ было включено 53 образца: 19 образцов ФЛ 1-2 стадии, 16 образцов ФЛ 3 стадии и 18 контрольных образцов, представленных фрагментами лимфоузлов без признаков опухолевого роста. Для контроля качества секвенирования была использована программа FastQC. Индексирование генома и выравнивание прочтений было осуществлено в программе STAR. Для поиска химерных генов были использованы программы STAR-Fusion, Arriba и Fusion Catcher.
Результаты. Чтобы уменьшить количество ложнополо-жительных результатов в итоговом списке химерных генов,
для дальнейшей работы были отобраны только такие события, которые были обнаружены как минимум двумя используемыми в анализе программами и у одного и того же образца. После применения этих критериев были отобраны 19 химерных генов из всех опухолевых образцов, а также 2 химерных гена, найденные в контрольных образцах. Чтобы определить, были ли обнаруженные химерные гены описаны ранее, полученный список проверяли по Атласу Генетики и Цитогенетики в Онкологии и Гематологии, а также по специализированным базам данных (FusionGDB, TCGA Fusion Gene Database и ChimerDB). Было обнаружено, что 5 химерных генов присутствовали хотя бы в одной из баз данных. Среди них IGH/BCL2, результат характерной для ФЛ транслокации t(14;18)(q32;q21) и IGH/BCL6, также часто встречающийся при ФЛ химерный ген. Остальные 16 химерных генов ранее не были описаны в раковых или нормальных тканях. При этом подавляющее большинство генов, входящих в состав новых химерных генов, имеют прямое отношение к канцерогенезу. Так ген MYC является известным протоонкогеном и кодирует ядерный фосфопротеин, играет роль в прогрессии клеточного цикла, апоптозе и клеточной трансформации, а HNRNPA2B1 путем активации циклоок-сигеназы-2 способствует росту опухоли при раке легкого. Можно предположить, что и образуемый ими химерный ген HNRNPA2B1_MYC может способствовать опухолевому росту. Мутации в гене OSBPL10 служат прогностическими маркерами при диффузной В-крупноклеточной лимфоме. Ген NOP53 является онкогеном при семейном немедуллярном раке щитовидной железы, а ANKRD22 способствует прогрессиро-ванию немелкоклеточного рака легкого за счет активации транскрипции E2F1.
Выводы. Найденные химерные гены, вероятно, можно будет использовать для персонализации диагностики и терапии фолликулярной лимфомы. Однако, полученные данные являются предварительными и требуют валидации методами молекулярной биологии.
