Научная статья на тему 'МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА НАСЛЕДСТВЕННОГО РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ'

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА НАСЛЕДСТВЕННОГО РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ Текст научной статьи по специальности «Клиническая медицина»

CC BY
13
4
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по клинической медицине , автор научной работы — Т.С. Лисица, И.С. Абрамов, А.М. Строганова, Н.И. Поспехова, А.Д. Шагина

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Текст научной работы на тему «МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА НАСЛЕДСТВЕННОГО РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ»

loo

российский жж w» ш а онкологический Y Y \ж I конгресс-2022 /\/\ V I

Рак молочной железы

ционная контралатеральная маммопластика применена у 35 (17,9 %) больных. Всем больным было рекомендовано в послеоперационном периоде проведение лучевой терапии. Лекарственное лечение назначалось в зависимости от стадии заболевания и иммуногистохимическо-го исследования.

Результаты: В течение 18 месяцев наблюдений выявление локального рецидива отмечалось в одном случае у пациентки с Her2 / neu-позитивный типом опухоли, тогда как отдаленного метастазирования зафиксировано не было. В 65% случаев получены отличные косметические результаты, в 30% — хорошие, в 5 % — удовлетворительные согласно опроснику BREAST-Q.

Заключение: В настоящее время при раке молочной железы (РМЖ) стали возможны органосохраняющие операции (ОСО), благодаря более раннему выявлению болезни, интраоперационному исследованию краев резекции, применению лучевого воздействия на сохраненную молочную железу, совершенствованию комплексного и комбинированного лечения с учетом прогностических факторов. В то время как расширение объема операции не приводит к улучшению выживаемости больных РМЖ, а наоборот к ухудшению качества их жизни.

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА НАСЛЕДСТВЕННОГО РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Т.С. Лисица1,2, И.С. Абрамов1, А. М. Строганова2, Н.И. По-спехова2, А. Д. Шагина1, А. О. Хахина1, М.А. Авдонина1, А.Ш. Ибрагимова1, Г.А. Шипулин1

Место работы: 1. ФГБУ «ЦСП» ФМБА России, Москва, Россия; 2. ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, Москва, Россия Эл. почта: TLisitsa@cspmz.ru

Цель: Целью исследования является установление оптимального объема молекулярно-генетического тестирования для диагностики наследственного рака молочной железы (РМЖ). Выявление наследственных форм РМЖ позволяет эффективно сформировать группы риска, своевременно проводить профилактические мероприятия, выявлять онкологические заболевания на ранних стадиях у пациентов и их кровных родственников. Молекуляр-но-генетическое тестирование на наличие терминальных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 входит в рекомендации по обследованию пациентов с диагнозом РМЖ с целью назначения таргетной терапии PARP-ингибиторами. Однако, РМЖ может встречаться и в составе других наследственных опухолевых синдромов.

Материалы и методы: В исследование вошли 1070 пациентов с диагнозом РМЖ, двусторонний РМЖ, РМЖ в составе

первично множественных злокачественных новообразований. ДНК выделяли из лимфоцитов периферической крови. Подготовку полногеномных библиотек ДНК осуществляли с использованием наборов KAPA HyperPlus (Roche) и NGS DNA Fragmentation & Library Prep Kit (BioDynami). Таргет-ное гибридизационное обогащение проводили с помощью кастомной панели зондов KAPA Hyper (Roche). В панель входили кодирующие регионы 44 генов: APC, ATM, AXiN2, BARD1, BLM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRiPI, CDH1, CDKN2A, CHEK2, DiCERI, EPCAM, GALNT12, GREM1, MEN1, MLH1, MLHB, MSH2, MSHB, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NTHL1, PALB2, PMS2, POLD1, POLE, PTCH1, PTCH2, PTEN, RADS1C, RADS1D, RET, SMAD4, STK11, SUFU, TPSB, TSC1, TSC2, VHL, WT1. Высокопроизводительное секвенирование проводили на платформах MiSeq и NextSeqSS0 (illumina). Дальнейшая обработка данных проведена с использованием алгоритма, включающего выравнивание прочтений на референсную последовательность генома человека GRChBS, сортировку по координате, дедупликацию и повторное выравнивание, выявление вариантов нуклео-тидной последовательности и фильтрацию по качеству. Аннотацию выявленных вариантов по всем транскриптам для каждого гена из базы Ensembl, оценку популяцион-ных частот с использованием выборки проекта Genome aggregation database (gnomAD), оценку влияния с применением ряда методов предсказания патогенности замен (SiFT, PolyPhen2-HDiV, PolyPhen2-HVAR), а также методов расчета эволюционной консервативности позиции (PhyloP, PhastCons) проводили при помощи программы OpenCravat. Классификация вариантов нуклеотидной последовательности проводилась на основании рекомендаций по интерпретации результатов высокопроизводительного секвенирования (NGS) American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Результаты: Всего выявлено S61Z вариантов нуклеотидной последовательности. Выявлено 10S вариантов ну-клеотидной последовательности 4 и S классов патоген-ности, включая относящиеся к кодирующим областям генов BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, MSH6, EPCAM, BLM, TPSB, MUTYH. Самыми распространенными патогенными вариантами в нашей выборке были c. S266dupC, p. Gln1ZS6fs в гене BRCA1 (n = 27, AF = 0,02S2) и c. 1Z2_1ZSdelTTGT в гене PALB2 (n = S, AF = 0,004Z). Другие выявленные патогенные варианты встречались примерно с одинаковой частотой (AF = 0,002S-0,0009B), включая и те, что входят в зарегистрированные в России наборы для диагностики на базе метода ПЦР.

Заключение: Mолекулярно-генетическое тестирование панели генов позволяет наиболее полно оценивать вклад генетических факторов в развитие РMЖ в сравнении с существующими зарегистрированными решениями на базе метода ПЦР. Накопление знаний в данной области поможет оценивать риск и проводить профилактику развития опухолей, в первую очередь, за счет выявления мутаций, ассоциированных с наследственными опухолевыми синдромами.

ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии

том I vol. 12 № 3s1 • 2022

MALIGNANT TUMOURS

Russian Society of Clinical Oncology

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.