CC BY
29
МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ
уна (ДС), медиана возраста в этой группе составила 1,95 года (от 2 дней до 6,6 лет), М:Ж=19:20. Пациентов без синдрома Дауна было 62, медиана возраста составила 3,3 года (от 2 месяцев до 9 лет), М:Ж=42:20. Всем пациентам было проведено кариотипирование, исследование методом FISH и/или ПЦР для выявления известных перестроек и химерных генов. Для обнаружения мутаций во 2 экзоне гена GATA1 выполнили секвенирование по Сэнгеру и фрагментный анализ. Для более подробного изучения мутационного профиля было выполнено таргетное высокопроизводительное секвениро-вание (ВПС).
Результаты. Конституциональная трисомия 21 (21с) была выявлена у всех пациентов ДС. В 30% случаев была выявлена изолированная 21с (n=13), клональные хромосомные перестройки были представлены в 22% случаев комплексным кариотипом, в 12% трисомией 8 и дериватом 7 хромосомы в 5%(n=2). У 7 пациентов (18%) были обнаружены другие хромосомные аберрации. В 3 случаях стандартное кариотипирование провести не удалось в связи с отсутствием митозов, однако 21с была установлена по результатам FISH исследования. У пациентов без ДС были выявлены перестройки генов CBFA2T3-GLIS2, NUP98, KMT2A и t(1;22) (p13;q13) обнаруженные в 15%, 8%, 7% и 10% случаев, соответственно. Соматическая трисомия 21 хромосомы была выявлена в 7% случаев (n=4), нормальный кариотип - у 1 больного. Пациенты с комплексным кариотипом составили 33% (n=19). Мутации в гене GATA1 у пациентов с ДС обнаружены в 92% случаев(п=36), у пациентов без ДС - в 23% (n=14). В группе пациентов с ДС наиболее частыми были мутации в JAK1, JAK2, JAK3 и MPL генах (38%). Мутации в основных генах - компонентах когезинового комплекса STAG2,
RAD21, CTCF и SMC1A, выявлены в 33% случаев. В 4 случаях (10%) выявлены мутации в генах эпигенетической регуляции (EZH2, SUZ12). Только один больной с ДС с комплексным кариотипом не имел каких-либо мутаций. В когорте больных без ДС мутационный профиль варьировал в зависимости от цитогенетических маркеров. Примечательно, что больные, имеющие транслокации генов CBFA2T3-GLIS2, NUP98, KMT2A и t(1;22)(p13;q13), почти не имели дополнительных мутаций. Подгруппа пациентов с соматической трисомией 21 несла мутации в гене GATA1 и по молекулярному профилю была схожа ДС: все пациенты имели 1-2 дополнительные мутации в генах JAK-STAT пути и генах когезинового комплекса. У пациентов, не имеющих известных транслокаций и мутаций в гене GATAI (n=23), в 30% случаев обнаружены мутации в генах RAS - сигнального пути (KRAS, NRAs, PTPN11), среди генов когезинового комплекса мутации были обнаружены только в гене CTCF (25%). Мутации в генах JAK-STAT пути по частоте встречаемости преобладали (33%).
Выводы. Острый мегакариобластный лейкоз у детей является генетически гетерогенной группой. Мутации в гене GATA1 - самые частые, как у пациентов с ДС (92%), так и без ДС (23%). Среди дополнительных мутаций, обнаруженных методом ВПС, наиболее часто встречаются мутации в генах JAK-STAT сигнального пути. Пациенты без ДС с химерными онкогенами не имеют дополнительных мутаций, в то время как у пациентов с мутациями в гене GATA1, мутационный профиль схож с таковым у пациентов с ДС. Общая выживаемость (ОВ) ДС пациентов составляет 60%. Среди пациентов без ДС перестройка генов CBFA2T3-GLIS2 определяет неблагоприятный прогноз ОВ (40%), лучше всего выживаемость у пациентов с мутациями в гене GATA1 (90%).
О. С. Глотов12, А.Н. Чернов1, А. И. Чангалиди34, Ю. А. Барбитов245, Р.С. Калинин1, В.В. Цай1, С.Г. Щербак15, С.П. Уразов1, А. Ю. Анисенкова15, С. В. Мосенко1, Е. Ю. Шрбузов1, Д. Н. Хоботников1, А.С. Глотов2,5
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ФАКТОРЫ РИСКА РАЗВИТИЯ КОРОНАВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ
COVID-19 У ЖИТЕЛЕЙ САНКТ-ПЕТЕРБУРГА
1Санкт-Петербургское городское учреждение здравоохранения «Городская больница № 40 Курортного района», г. Санкт-Петербург
2Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Научно-исследовательский институт акушерства,
гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта», г. Санкт-Петербург 3Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики», г. Санкт-Петербург
4Общество с ограниченной ответственностью «Институт биоинформатики», г. Санкт-Петербург 5Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет», г. Санкт-Петербург
Введение. Онкологические заболевания представляют серьезную медико-социальную проблему. Их течение, особенно лейкозов, часто сопровождается супрессией иммунной системы пациента и присоединением сопутствующих заболеваний, в том числе вирусных инфекций. В связи с продолжающейся с конца 2019 г. в мире пандемией коронавиру-са COVID-19 крайне актуальным является выявление генетических предикторов у инфицированных пациентов, которые также составляют группу высокого риска развития онкологических заболеваний.
Цель. Генетический анализ вариантов в геноме пациентов с COVID-19 и в геноме РНК вируса SARS-COV-2, поиск их корреляций с клиническими показателями и степенью тяжести заболевания. Исследование проводили в соответствии с Хельсинской декларацией. У всех пациентов проводили: сбор анамнестических данных с уточнением особенностей течения заболевания, объективный осмотр с оценкой параметров гемодинамики, дыхательной системы (ЧДД, ЧСС, АД, SpO2, степень дыхательной недостаточности), оценку по шкале NEWS (National Early Warning Score), рекомендованной к использованию для пациентов с COVlD-19, компьютер-
ную томографию (КТ) органов грудной клетки по 4-значной шкале (КТ-1, КТ-2, КГ-3, КТ-4); лабораторные исследования (клинический анализ крови, биохимический минимум, определение уровней ферритина, С-реактивного белка (СРБ), интерлейкина-6 (ИЛ-6), лактатдегидрогеназы, Д-димера), ЭКГ, при необходимости использовали дополнительные инструментальные методики. Проведен анализ 766 историй болезни пациентов с COVID-19, находившихся на лечении в ГБУЗ «Городская больница №40» Санкт-Петербурга в период с 18.04.2020 по 31.12.2020.
Материалы и методы. Методом экзомного секвенирова-ния был проведен анализ SNP у 766 пациентов с COVID-19 и 50 геномов РНК COVID-19 соответственно. Результаты данных секвенирования обрабатывали с помощью DeepVariant v.0.10.0, GLnexus v.1.2.6 и GATK v.4.1. Анализ генома вируса проводили с помощью сервиса PANGO lineages и Nextclade, программы Integrative Genomics Viewer (IGV). Анализ ассоциации клинической информации и SNP в геноме вируса и человека проводили методом корреляционного анализа по Пирсону.
Результаты. Установлена статистически значимая кор-
ВЕСТНИК ГЕМАТОЛОГИИ, том XVII, № 2, 2021
реляция между степенью тяжести и летальности пациентов COVID-19 и биохимическими маркерами (уровнем СРБ, ИЛ-6 и др.). Проведен анализ не только мутаций, которые могут влиять на вирулентность и тяжесть заболевания путем изменения структуры белка короновируса, но и на общее количество несинонимичных SNP в ключевых генах короновируса (S-белка, РНК-полимеразы, геликазы). Обнаружено, что среднее (11-12) количество SNP в геноме COVlD-19 положительно коррелирует с одышкой (p=0,016), сахарным диабетом (p=0,016), показателем тяжести заболевания по шкале компьютерной томографии (КТ 1-4, p=0,01) и уровнем Д-димера (p=0,o01). Среднее количество мутаций в S-белке коррелирует с уровнем ферритина (p=0,01). В результате проведенных полногеномного поиска ассоциаций (GWAS) и анализа ассоциаций редких вариантов (RVAS) с использованием библиотеки Hail для Python и скриптов собственной разработки были обнаружены сигналы ассоциации с уровнями Д-димера и ферритина и уровнем ИЛ-6. В случае
ИЛ-6 ассоциированные локусы могут иметь связь с компонентами внеклеточного матрикса и метаболическим путем через рецептор ангиотензин-превращающего фермента (АСЕ2). При анализе суммарной частоты встречаемости редких вариантов на уровне целых генов была обнаружена ассоциация миссенс-вариантов в гене бифункциональной 3'-фосфоаденозин-5'-фосфосульфатсинтетазы-2 (PAPSS2) с низким уровнем лимфоцитов. Также был обнаружен сигнал ассоциации гена интегрина аМ (ITGAM) с тяжестью течения, количеством СРБ и «цитокиновым штормом».
Выводы. Полученные результаты позволяют предположить наличие генетических факторов риска в геноме человека, определяющих тяжесть течения и исход заболевания. Эти данные, наряду с информацией о структуре генома вируса и лабораторными исследованиями будут способствовать дифференциальной диагностике пациентов по степени тяжести, прогнозу и персонализации терапии, что позволит проводить более эффективное лечение пациентов с COVID-19.
Т.Ю. Грачева, М.В. Латыпова, А.А. Хабибуллина, И.А. Петрова, Д.С. Ильясова, Е.С. Рябикова, Т.Л. Гиндина
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ СЛОЖНЫХ ХРОМОСОМНЫХ АБЕРРАЦИЙ У БОЛЬНЫХ ОМЛ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА FISH
«Научно-исследовательский институт детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой»
Федерального Государственного Бюджетного Образовательного Учреждения высшего профессионального образования «Первый Санкт-Петербургский Государственный Медицинский Университет имени академика И.П. Павлова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Санкт-Петербург
Введение. Диагностика хромосомных аномалий с использованием стандартного кариотипирования, в частности, GTG-окрашивания, часто не позволяет идентифицировать скрытые транслокации, несбалансированные обмены, маркерные хромосомы, а также хромосомный состав при сложных хромосомных аберрациях (СХА) с тремя и более перестройками. В настоящее время в арсенале цитогенетиков имеется многоцветная флуоресцентная in situ гибридизация (M-FISH), молекулярно-цитогенетическая техника, позволяющая обойти ограничения стандартного кариотипирования благодаря индивидуальному окрашиванию флуорохромами каждой пары хромосом.
Цель. Используя стандартное кариотипирование и M-FISH, изучить структуру хромосомных аберраций в сложных кариотипах (СК) у больных острым миелоидным лейкозом (ОМЛ).
Материалы и методы. В исследование включены 22 пациента с ОМЛ, находящимися под наблюдением в клинике НИИ ДОГиТ им Р.М. Горбачевой с 2010 по 2019 год, у которых с помощью кариотипирования костного мозга выявлены СХА. Среди пациентов было 14 (64 %) мужчин и 8 (36 %) женщин с медианой возраста 43 года (диапазон 3 месяца - 71 год), 17 (73 %) пациентов - с первичным ОМЛ, 5 (23 %) - со вторичным оМл (из МДС). У 6 (27 %) пациентов СК наблюдался в дебюте заболевания, у 16 (73 %) - в рецидивах ОМЛ. Всем пациентам проведена M-FISH, при необходимости до-
полненная интерфазной FISH с локус-специфичными ДНК-зондами к генам ТР53, KMT2A, c-MYC и локусам делеций 5q.
Результаты. Комбинация стандартного кариотипирова-ния и M-FISH позволила точно идентифицировать все комплексные хромосомные обмены, при этом во всех наблюдениях результаты кариотипирования были исправлены и дополнены данными FISH анализа. В СХА участвовали все пары хромосом, а наиболее часто участниками были хромосомы 8 (n=15, 68 %), 5 (n=13, 59 %), 7 (n=12, 54 %), 3 (n=11, 50 %), 11 (n=11, 50 %), 17 (n=10, 45 %). Несбалансированные транслокации были наиболее частой находкой и наблюдались у 20 (91%) пациентов. Реципрокные транслокации встречались реже и были зарегистрированы у 7 (32%) пациентов. В 9 (41 %) наблюдениях были выявлены маркерные хромосомы, определенные с помощью М-FISH как производные, состоящие от 3 до 5 сегментов разных хромосом. В таких производных чаще определялись хромосомы 5, 7, 13, 17, 21, маскирующиеся под «псевдомоносомии». Амплификации генов KMT2A и c-MYC были выявлены каждая у одного пациента.
Выводы. Исследование обнаружило цитогенетическую гетерогенность СХА у пациентов с ОМЛ, где несбалансированные обмены хромосом играют центральную роль. Комбинация стандартного кариотипирования и FISH позволяет точно определить хромосомные аберрации для определения прогноза и молекулярные мишени для последующего определения минимальной остаточной болезни при ОМЛ.
М.А. Гурьянова, О.А. Шухов, Н.М. Капранов, Ю.О. Давыдова, К.А. Никифорова, А.О. Абдуллаев, А.Б. Судариков, Е.Ю. Челышева, А.В. Быкова, А.Н. Петрова, И.С. Немченко, И.В. Гальцева, А.Г. Туркина
ОПРЕДЕЛЕНИЕ КОНЦЕНТРАЦИИ CD26+ ЛЕЙКОЗНЫХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК У ПАЦИЕНТОВ С ХРОНИЧЕСКИМ МИЕЛОИДНЫМ ЛЕЙКОЗОМ
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава Российской Федерации, г.Москва
Введение. Лейкозные стволовые клетки (ЛСК) при хроническом миелолейкозе (ХМЛ) находятся в CD34+CD38-фракции лейкозного клона. Н.Неггтапп и соавт. (2014 г.)
было обнаружено что у 100% пациентов с ХМЛ на ЛСК в периферической крови (ПК) и в костном мозге (КМ) отмечалась экспрессия CD26, которая не выявлялась на нормаль-
