CC BY
14
МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ
лельного полиморфизма ряда генов иммунной системы (IL-6, TNF-a, IL-1B, IL-10) у больных ММ при выполнении аутоТГСК.
Материалы и методы. В исследование включены 37 больных ММ (15 мужчин и 22 женщины] в возрасте от 38 до 66 лет. В зависимости от количества CD34+ клеток, заготовленных в день первого сеанса лейкоцитафереза, пациенты были разделены на две группы. В первую группу вошли 23 пациента с количеством клеток выше субоптимального уровня: 2,5х106/кг. Вторая группа включала в себя 14 больных, у которых число заготовленных клеток было ниже 2,5х106/кг. Частичный (ЧО), очень хороший частичный (ОХЧО) и полный (ПО) ответы после проведения первой аутоТГСК были констатированы у 11, 7 и 19 больных соответственно. Контрольную группу (КГ) составили 236 здоровых лиц. Полиморфизм исследуемых генов IL-6 (G-174C), IL-1B (Т-31С), IL-10 (C-592A) и TNF-A (G-308A) определяли методом ПЦР с последующим рестрикционным анализом. Статистическая обработка результатов проведена с использованием программы GraphPad Prism 5.0. Различия в распределении аллелей и генотипов оценивались с помощью точного критерия Фишера.
Результаты. Характер распределения генотипов IL-6, IL-10 и TNF-A в группе больных существенно не отличался от нормы. В то же время доля гомозиготных носителей аллеля IL-1B -31C была более чем в два раза выше среди больных ММ, по сравнению
со здоровой популяцией (24,3% против 10,6%, соответственно; OR=2,7; 95%С1: 1,2-6,4; р=0,029). При разделении больных на подгруппы в зависимости от количества заготовленных в день первого сеанса лейкоцитафереза CD34+ клеток, были выявлены существенные различия в частоте встречаемости генотипов по гену ^-10. В группе больных с количеством заготовленных CD34+ клеток более 2,5x106/ кг, частота встречаемости генотипа ^-10 -592(С/С) оказалась в два раза выше, чем в подгруппе с низким количеством заготовленных CD34+ клеток (60,9% против 28,6%, соответственно OR=3,9; 95%С1: 0,916,3; р=0,091). Кроме того, статистически значимое отличие было обнаружено в подгруппе пациентов с ПО на терапию с использованием аутоТГСК. Доля ге-терозигот по гену ^-6 в этой подгруппе была выше, чем среди больных с ОХЧО или ЧО (68,4% против 14,3% и 36,4, соответственно OR=5,6; 95%С1: 1,423,2; р=0,022).
Выводы. Вариант -31(С/С) гена ^-1В ассоциирован с повышенным риском развития ММ. Ал-лельный полиморфизм генов ^-10 (С-592А] и ^-6 ^-174С] может оказывать влияние на эффективность заготовки CD34+ клеток в результате первого сеанса лейкоцитафереза и глубину ответа после выполнения аутоТГСК, соответственно. Для уточнения значимости вариантов указанных генов в прогнозировании эффекта противомиеломной терапии необходимы дальнейшие исследования с расширением группы больных.
Симакова Т.С.1, Павлова М.А.1, Канаева М.Д.1, Мозгов С.С.1, Афанасьев А.М.1, Слепченков А.В.1, Суворова А.В.1, Кривоносова КА.1, Абрамова А.В.1, Логинова М.А.2, Павлов А.Е.1
ТЕСТ-СИСТЕМА ДЛЯ ПОТОКОВОГО HLA-ТИПИРОВАНИЯ -ТРЕБОВАНИЯ И РЕАЛИЗАЦИЯ
1 ООО«ПАРСЕК ЛАБ»
2 Кировский научно-исследовательский институт гематологии и переливания крови Федерального медико-биологического агентства (КНИИГиПК)
Введение. Благодаря своей высокой производительности технология NGS широко применяется для исследования генома, в том числе для ША-типирования. Однако сама по себе возможность получать большее количество данных за меньшее время не позволяет радикально ускорить наполнение регистра доноров. Многостадийная пробо-подготовка множества образцов в ручном режиме занимает много времени, либо требует лабораторной автоматизации. Оценка качества результатов NGS и их интерпретация, с использованием массивов технической информации, представляют собой длительный и трудоемкий процесс, выполняемый высококвалифицированным иммуногенетиком.
Целью данной работы являлось разработка и валидация максимально производительной тест-системы, рассчитанной на потоковые исследования для рутинного ША-типирования потенциальных доноров ГСК.
Материалы и методы. Таргетное обогащение
проводилось методом LR-PCR, с последующей ферментативной фрагментацией и лигированием индексированных адаптеров по протоколу Parseq Lab. Секвенирование проводилось на платформе Illumina MiSeq с набором MiSeq Reagent Kit v2 (300]. Анализ данных проводился с помощью разработанного ПО PARallele™ Software с системой поддержки принятия решений (Parseq Lab]. Валидация проводилась на образцах геномной ДНК выделенных из цельной крови набором QIAamp DNA Blood Mini Kit. Референсные HLA-генотипы образцов были установлены в Научно-исследовательской лаборатории прикладной иммуногенетики (КНИИГиПК] при рутинном типировании добровольцев методом SBT и NGS в высоком разрешении. Корректность геноти-пирования оценивалась путем сравнения с рефе-ренсными генотипами.
Результаты. Разработанная тест-система для HLA-типирования PARallele™ HLA solution позволяет анализировать до 192 образцов в одном запу-
ВЕСТНИК ГЕМАТОЛОГИИ, том XVII, № 3, 2021
ске. Анализ проводится по 5 локусам (ША-А, ША-В, ША-С, тД^В1, НЬА^В1] с разрешением 3 поля. Пробоподготовка 192 образцов одним лаборантом занимает один рабочий день. Анализ и контроль качества данных выполняется полностью автоматически и не требует ручного присвоения аллелей. Интерпретация результатов по 192 образцам занимает около 30 минут. Расчётная потоковая производительность составляет 25 000 образцов в год для одного секвенатора. Тест-система валидирована на выборке из 2 000 образцов (20 000 аллелей], доля совпадающих аллелей составила 100%.
Выводы. Разработка подобного решения потребовала существенной оптимизации протокола
пробоподготовки и алгоритма анализа данных для минимизации трудозатрат персонала лабораторий. При этом увеличение количества типируемых локу-сов и разрешения свыше необходимого (для эффективного подбора доноров], приводит к усложнению результирующего генотипа, а также роста его неоднозначности. Все указанные особенности выделяют разработанную тест-систему среди существующих на рынке решений для ША-типирования методом NGS, рассчитанных в основном на исследовательские, а не клинические задачи.
Разработанная тест-система для потокового ША-типирования успешно валидирована и внедрена в практическое здравоохранение.
Суслова Т.А.12, Крохин А.А.1, Вавилов М.Н. %2, Беляева С.В.Евдокимов А.В. 2, Родионова Е.С.1, Султанова А.А.2, Чуманова Е.А.2, Миронова Е.А.2, Кофиади И. А3
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ФАКТОРЫ, ПРЕДРАСПОЛАГАЮЩИЕ К РАЗВИТИЮ COVID-19
(HLA, AB0, RH-HR)
1ГБУЗ «Челябинская областная станция переливания крови», Челябинск 2ФГБОУ ВО «Челябинский государственный университет», Челябинск 3ФГБУ "ГНЦ Институт иммунологии" ФМБА России, Москва
Эпидемия новой коронавирусной инфекции затронула население Челябинской области. По данным Роспотребнадзора (20.05.2021] всего в области зарегистрировано 62069 случаев заболевания (показатель на 100 тыс. населения -1790,6].
Цель работы - выяснить наличие/отсутствие генов предрасположенности систем HLA, Rh-Hr, АВО к возникновению и развитию коронавирусной инфекции у населения Челябинской области, русских. Был проведен анализ распределения HLA, AB0, Rh-Hr среди доноров Челябинской областной станции переливания крови.
Материалы и методы. Статистическую обработку результатов исследований проводили с применением стандартных методов. Были рассчитаны частоты генов, антигенов. Достоверность различий оценивали с помощью критерия х2, различия считались значимы при р<0,05.
Для расчета частот генов HLA из Регистра потенциальных доноров стволовых клеток были сформированы когорты: 1] группа доноров, имевших в анамнезе факт заболевания коронавирусной инфекцией за период 2020 - апрель 2021 года - 90 человек 2] группой сравнения служили доноры Регистра, не отмечавшие факт заболевания в этот период и не включенные в Федеральный регистр лиц, больных COVID-19 (ФР) - 90 человек. HLA-типирование было выполнено донорам при их вступлении в Регистр методом SSP по локусам HLA -A,B,C,DRB1,DQB1.
Для анализа распределения групп крови АВО были сформированы следующие группы сравнения: 3] доноры, сдававшие кровь за период ноябрь 2020 - апрель 2021, не болевшие COVID-19 и не состоявшие в ФР - 476, 4] доноры, инфицированные SARS-Cov-2 и перенесшие заболевание в легкой или бессимптомной форме с наличием антител к воз-
будителю - 381 человек 5] доноры антиковидной плазмы, перенесшие двустороннюю пневмонию без сопутствующих хронических заболеваний - 133 человека 6] группа пациентов антиковидного госпиталя, перенесших двустороннюю пневмонию и с наличием различной сопутствующей патологии (сердечно-сосудистой, онкологической, др] - 107 человек.
Для сравнения распределения антигенов системы Rh-Hr были использованы следующие группы доноров: 3], 4], 5].
Результаты. Сравнение частот генов HLA: A, B, C, DRB1, DQB1 у доноров, перенесших COVID-19, показало, что у лиц, инфицированных SARS-Cov-2, в сравнении с донорами отрицающими факт заболевания за исследуемый период наблюдается некоторое повышение частоты С*03 (gf=0,063 и gf=0,041, соответственно] и снижение DRB1*14 (gf=0,004 и gf=0,024, соответственно] на уровне тенденции, что позволяет предположить возможную предрасполагающую роль HLA-C*03 для развития заболевания и протек-тивную роль HLA-DRB1*14 у русских Челябинской области. Обе обнаруженные ассоциации являются ассоциациями слабой силы.
Распределение антигенов системы AB0 в исследуемых группах выявило значительное достоверное повышение доли лиц со второй группой крови A среди реконвалесцентов двухсторонней пневмонии как с наличием сопутствующих хронических заболеваний (48,60%], так и без них (41,18%]. В группе доноров, инфицированных за исследуемый период времени (имеющих антитела к возбудителю], но отрицающих факт заболевания, он составил 32,02%. В контрольной группе доноров, не инфицированных коронавирусом и не имеющих антител к возбудителю за период ноябрь 2020 - апрель 2021, этот пока-
