CC BY
13
МАТЕРИАЛЫ КОНФЕРЕНЦИИ
Цель. Идентификация двух новых HLA-аллелей, выявленных у бурята, рекрутированного в Иркутской области.
Материалы и методы. В исследование включено 956 образцов цельной крови, полученных от взрослых индивидуумов, идентифицирующих себя бурятами, рекрутированных на территории Иркутской области.
Препараты ДНК выделены из замороженных образцов цельной крови (антикоагулянт - K3EDTA в концентрации 2 мг/мл] методом колоночной фильтрации с применением наборов QIAamp DNA Blood Mini Kit («QIAgen GmbH», Германия]. Концентрацию ДНК измеряли на амплификаторе нуклеиновых кислот QuantStudio 5 («Life Technologies», Сингапур], затем образцы нормализовали деионизированной водой до концентрации 10 нг/мкл.
HLA-типирование по локусам HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1 проводили в разрешении 2-field по технологии NGS с использованием набора реагентов VariFind™ HLA Solution IL-v2 (ООО «ПАРСЕК ЛАБ», Россия], массовое параллельное секвенирование проводили на приборе MiSeq™ System («Illumina Inc.», США]. Анализ полученных данных осуществляли с использованием программного обеспечения PARallele™ HLA Software v.1 (ООО «ПАРСЕК ЛАБ», Россия] в автоматическом режиме.
Подтверждение выявленных новых аллелей выполнено по технологии SBT с использованием наборов реагентов HLAssure SE SBT Kit (TBG Diagnostics Limited, Тайвань]. Экзоны 1-3 локуса HLA-DRB1 и эк-зоны 2-3 локуса HLA-DQB1 амплифицировали с помощью полимеразной цепной реакции и секвенировали на генетическом анализаторе 3730 (Thermo Fisher Scientific, США]. Полученные последовательности анализировали в программном обеспечении AccuType TM (Texas Bio GeneInc, США].
Результаты. В результате проведенного исследования 956 образцов геномной ДНК, полученных от бурят, рекрутированных на территории Иркутской об-
ласти, в образце № 54107 выявлены сразу два аллеля по локусам HLA-DRB1 и -DQB1, ранее не зарегистрированных международным Комитетом по номенклатуре факторов HLA-системы ВОЗ.
Нуклеотидная последовательность аллеля HLA-DRB1*14:223 отличается от аллеля DRB1*14:03:01 одной нуклетидной заменой в позиции 508 экзона 3, что приводит к несинонимичной замене кодона 141 с глицина (GGG] на триптофан (TGG]. Последовательность аллеля HLA-DQB1*03:01:49 отличается от HLA-DQB1*03:01:01:01 одной однонуклеотидной заменой ^ ^ А] в экзоне 2 в положении 315.
Полный HLA-генотип индивидуума 54107 с двумя новыми аллелями следующий: HLA-A*02:01, 03:01; -С*03:04, 12:02; -В*40:02, 52:01; ^В1*14:223, 15:02/15:140/15:149; ^В1*03:01:49, 06:01. Номера данным аллелям присвоены в мае 2020 года международным Комитетом по номенклатуре факторов HLA-системы ВОЗ.
Для установления принадлежности обоих аллелей одному гаплотипу проведено HLA-типирование двух сиблингов индивидуума № 54107, один № 64225 из которых имел генотип, полностью совпадающий с генотипом донора № 54107, второй № 64531 - был гаплоидентичен. Полный HLA-генотип индивидуума № 64531: НЬА-А*03:01, 68:01; -С*07:68, 12:02; -В*44:02, 52:01; ^В1*11:01, 15:02/15:140/15:149; -DQB1*03:01, 06:01. Это позволило отнести оба новых аллеля одному гаплотипу.
Выводы. Выявление двух новых аллелей в относительно не большой выборке образцов, подтверждает необходимость использования современных молеку-лярно-генетических методов анализа при проведении HLA-типирования популяций потенциальных доноров ГСК. Подтверждение наследования выявленных новых аллелей свидетельствует о целесообразности расширения пула доноров из данного региона Российской Федерации.
Леонов Е.А., Хамаганова Е.Г., Абдрахимова А.Р., Хижинский С.П., Гапонова Т.В.
^Л-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ДИСТАНЦИИ МЕЖДУ РОССИЙСКИМИ ДОНОРАМИ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК РАЗЛИЧНОГО ЭТНИЧЕСКОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ, ТИПИРОВАННЫМИ С ВЫСОКИМ РАЗРЕШЕНИЕМ
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Введение. Высокий полиморфизм генов системы HLA затрудняет подбор совместимого донора для пациентов с заболеваниями системы крови, которым показана трансплантация гемопоэтических стволовых клеток (ГСК]. Информация о вариантах HLA-генов в популяциях разных географических регионов, о HLA-генетических дистанциях между популяциями способствует более успешному подбору донора для трансплантации ГСК.
Цель. Провести анализ генетических дистанций по генам HLA между донорами ГСК базы данных ФГБУ «НМИЦ Гематологии» Минздрава России, само-
определившимися как русские, донорами-татарами, донорами-башкирами, а также некоторыми другими российскими и зарубежными популяциями, о которых имеются сведения в открытой печати.
Материалы и методы. В исследование включено 1510 потенциальных доноров ГСК регистра ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России, самоопределившиеся как русские, 192 доноров-татар, 120 доноров-башкир. Выделение геномной ДНК из образца периферической крови донора производили с помощью наборов QIAamp DNA Blood Mini Kit и автоматизированной системы выделения ДНК QIAcube (Qiagen,
ВЕСТНИК ГЕМАТОЛОГИИ, том XVII, № 3, 2021
ФРГ]. HLA типирование проводили методом NGS с использованием наборов AllType NGS Amplification Kits (One Lambda, США] и GenDx (Нидерланды]. Таргетное обогащение проводили с помощью локус-специфиче-ской амплификации. Дальнейшая постановка включала эквимолярное пулирование ампликонов, ферментативную фрагментацию и лигирование адаптеров, очистку и выбор размера полученных фрагментов, индексирующую ПЦР, финальное пулирование и измерение библиотек. Анализ полученных в результате секвенирования последовательностей HLA-генов проводили при помощи компьютерной программы TypeStream Visual Software (TSV] (One Lambda, США], версия V2.0.0.68 (IPD-IMGT/HLA 3.40.0.1.]. Для анализа генетических дистанций было привлечено 8 популяций, включая доноров базы данных ФГБУ НМИЦ Гематологии Минздрава России, которые самоопределились как русские, башкиры и татары, 3 российские популяции, исследованные коллективом авторов из ФГБУН КНИИГиПК ФМБА России. Также были включены две зарубежные популяции, это поляки и турки. Критерием включения популяции в анализ были данные HLA генов по высокому разрешению, численность популяции > 120 индивидуумов, сумма частот по каждому HLA - гену равна 1. Расчет генетических дистанций и построение филогенетических деревьев, полученных на основании частот групп HLA-аллелей, проводили по методу Нея c помощью программы Phylip 3.695.
Результаты. Доноры ГСК базы данных ФГБУ «НМИЦ Гематологии» Минздрава России, самоопределившиеся как русские, наиболее близки по своему генетическому разнообразию к полякам (варшавянам] (g.d.= 0,160]. Дальше отстоят татары (g.d.= 0,423] и башкиры (g.d.= 0,864]. Более отдаленными от иссле-
дуемой популяции русских были турки (^.= 1,135] и чеченцы (^.= 1,490]. Из российских популяций наибольшее генетическое расхождение у доноров-русских наблюдалось с бурятами из Иркутской области и калмыками 2,145 и 2,217 соответственно]. На филогенетическом дереве отмечена незначительная длина ветвей расположения восточнославянского (русские] и западнославянского (поляки] народов. Ветвь тюркских народов (татары, турки и башкиры] отходит из одного узла филогенетического дерева. Филогенетическая ветвь, на которой располагаются чеченцы - народ Северного Кавказа, относящийся к нахской группе, язык которых относится к ветви нах-ско-дагестанских языков, отпочковывается из единого узла с популяциями Европы и Азии. Своеобразность популяции выражена значительной длиной ветви, на которой располагается популяция чеченцев. Максимально отдаленная от русских монгольская ветвь берет начало из единого узла дерева и представлена популяциями северных (буряты] и западных (калмыки] монгольских групп.
Выводы. HLA-генетические дистанции между включенными в исследование популяциями, типиро-ванными на уровне высокого разрешениями, а также расположение популяций на филогенетическом дереве, в основном совпадают с данными, полученными ранее для популяций, типированных на уровне низкого разрешения. Российские популяции иного этнического происхождения отстоят от русских по аллелям HLA-генов дальше, чем популяция поляков. Наблюдаемое генетическое разнообразие российских популяций разного этнического происхождения говорит о необходимости привлекать в российские регистры доноров различной этнической принадлежности из различных регионов России.
Леонов Е.А., Хамаганова Е.Г., Абдрахимова А.Р., Хижинский С.П., Гапонова Т.В.
ЧАСТОТА АЛЛЕЛЕЙ HLA-A, -DRB1, -DQB1 ГЕНОВ И СТРУКТУРА АЛЛЕЛЬНОГО
РАЗНООБРАЗИЯ У ДОНОРОВ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК РЕГИСТРА ФГБУ «НМИЦ ГЕМАТОЛОГИИ» МИНЗДРАВА РОССИИ, САМООПРЕДЕЛИВШИХСЯ
КАК РУССКИЕ
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Введение. Трансплантация аллогенных гемопоэ-тических стволовых клеток является эффективным методом лечения многих тяжёлых гематологических заболеваний. Подбор совместимого НЬА-донора затруднён из-за высокого полиморфизма НЬА-генов. Вероятность найти НЬА-совместимого неродственного донора варьирует в зависимости от частоты встречаемости НЬА-аллелей и гаплотипов в данной популяции, поэтому в России необходимо развивать регистры добровольных, анонимных, безвозмездных доноров гемопоэтических стволовых клеток (ГСК], НЬА-типированных с максимально возможным разрешением.
Цель. Анализ распределения НЬА-аллелей у до-
норов ГСК базы данных ФГБУ «НМИЦ Гематологии» Минздрава России, самоопределившихся как русские.
Материалы и методы. В исследование включено 1510 потенциальных доноров ГСК регистра ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России, самоопределившиеся как русские. Выделение геномной ДНК из образца периферической крови донора производили с помощью наборов QIAamp DNA Blood Mini Kit и автоматизированной системы выделения ДНК QIAcube (Qiagen, ФРГ]. HLA типирование проводили методом NGS с использованием набора AllType NGS Amplification Kits (One Lambda, США]. Анализ полученных в результате секвенирования последова-
