CC BY
54
ПРИЛОЖЕНИЕ 1
грессии выявлены достоверные различия в зависимости от индекса массы тела больных. Так, у больных с нормальной массой тела 3-летняя ВБП составила 69%, что достоверно (p<0,05, Cox'f test) выше таковой для больных с избыточной массой тела и ожирением —— 45 и 33% соответственно (рис. 1).
Заключение. Проведенное нами исследование подтвердило гипотезу об отрицательном влиянии висцерального ожирения
на результаты лечения больных ММ. Анализ 3-летней ВБП показал, что результаты ауто-ТГСК больных ММ, страдающих ожирением, значимо хуже по сравнению с таковыми у пациентов с нормальной массой тела (3-летняя ВБП 33% против 69%). Ожирение является мо -дифицируемым фактором риска, изменение образа жизни и режима питания может способствовать улучшению результатов терапии пациентов с ММ.
Хамаганова Е. Г., Абдрахимова А. Р., Леонов Е. А., Гапонова Т. В., Савченко В. Г.
СЕКВЕНИРОВАНИЕ НОВОГО ПОКОЛЕНИЯ В ^^ТИПИРОВАНИИ ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ ДОНОРОВ
ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК
ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России
Введение. HLA-типирование методом секвенирования нового поколения — NGS (next generation sequencing) позволяет проводить массовое типирование на уровне от высокого до аллельного разрешения. Типирование доноров и реципиентов гемопоэтических стволовых клеток (ГСК) на уровне HLA-аллелей улучшает выживаемость после трансплантаций аллогенных ГСК.
Цель работы. Оценить возможности HLA-типирования доноров ГСК методом NGS.
Материалы и методы. HLA-типированы 96 образцов ДНК с реактивами NGSgo (GenDx, Нидерланды) по генам HLA-A, -B, -C, -DQB1, -DRB1. Таргетное обогащение проводили с помощью ло-кус-специфической амплификации (полногенной для генов класса 1, для генов класса 2 — со 2-го по 4-й экзон). Дальнейшая постановка занимала 2 рабочих дня и включала эквимолярное пулирование ампликонов, ферментную фрагментацию, лигирование адаптеров, очистку и отбор фрагментов по размеру, индексирование, пулирова-ние и измерение HLA-библиотек, секвенирование на MiSeq Illumina при помощи MiSeq Reagent Kit v2 (300 cycle), анализ результатов с помощью программного обеспечения NGSengine.
Результаты и обсуждение. Результаты получены для всех 96 образцов, однако три образца удалось ти-пировать лишь частично из-за неудовлетворительного качества ДНК, полученной из замороженных образцов крови. По генам класса 1 результаты получены на уровне 3-го и 4-го полей, класса 2 — 2-го поля. В 4-х образцах были выявлены аллели, отсутствующие в базе IMGT 3.36.0. Три аллеля представлены в GenBank (DDBJ/ ENA/GenBank) для дальнейшей регистрации. Новый аллель, выявленный в гене HLA-A, отличался от аллеля HLA-A*26:01:01:01 синонимичной заменой (G>A) в 3-м экзоне, кодон 182с (рис.), ему присвоен входящий номер LC498984. Два других новых HLA-аллеля были выявлены в генах HLA-C и HLA-DOB1, они отличались от присутствующих в базе HLA аллелей заменами в интронах, им присвоены номера MN427921 и MN432480. Четвертый ранее не описанный аллель был выявлен в гене HLA-DRB1, однако выявленная инсерция находилась в интро-
не, который не мог быть полностью просеквенирован, поэтому этот аллель не представлен в GenBank. 69 образцов ДНК были получены от доноров-башкир. У них установлены 116 пятилокусных HLA-A* -B':;:'-C':;:'-DRBГ;:'-DOBГ;:' гаплотипов. Наиболее частотным у башкир был гаплотип A*02:01:01-BЙ13:02:01:01-CЙ06:02:01:01-DRBГ;07:01 ^0ВГ:'02:02 (5,2%). Все аллели, входящие в этот гаплотип, были наиболее часто встречающимися у башкир в своих генах: А"::'02:01:01
(31,7%); В*13:02:01:01 (14, 8%); С*06:02:01:01 (17,7%); DRB1в07:01 (22,1%); DQB1в02:02 (18,4%).
Заключение. Использование метода NGS и наборов NGSgo позволяет проводить массовое HLA-типирование большого количества образцов ДНК за один рабочий цикл на уровне 3-4-го полей по генам класса 1-го и 2-го поля — по генам класса 2, что оптимально при создании регистров доноров ГСК. NGS позволяет выявлять новые HLA-аллели, связанные с полиморфизмами не только в экзо-нах, но и в интронах генов. Переход с полокусной на мультиплексную амплификацию, как и автоматизация пробоподготовки, позволит сократить время проведения HLA-типирования методом NGS.
Хамаганова Е. Г., Леонов Е. А., Абдрахимова А. Р., Кузьминова Е. П., Ахремцова А. А., Гапонова Т. В., Савченко В. Г. ^^ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ РОССИЙСКИХ ДОНОРОВ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК
ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России
Введение. Число комбинаций из вариантов генов HLA чрезвычайно велико, поэтому подобрать неродственного донора, HLA-совместимого с пациентом, нуждающимся в трансплантации ал-логенных гемопоэтических стволовых клеток (ГСК), сложно. Так как распределение вариантов HLA-генов и HLA-гаплотипов отличается у разных этносов, вероятность подобрать донора выше вн утри той этнической группы, к которой относится больной.
Цель работы. Исследовать распределение частот групп аллелей HLA-генов и HLA-гаплотипов у доноров ГСК различной этнической принадлежности, рекрутированных в регистр «НМИЦ гематологии».
Материалы и методы. В исследование включено: 136 башкир из Уфы; 150 бурят из Забайкальского края; 114 осетин из Северной
Осетии-Алании; 157 татар из Нижнего Новгорода и Уфы; 1600 русских из Нижнего Новгорода и 296 — из Забайкальского края. HLA-типи-рование проводили методом гибридизации с олигонуклеотидными зондами (SSO) — Immucor (USA) на платформе мультиплексного флуоресцентного анализатора Luminex по локусам HLA-A*, B*, C*, DRB1*, DOB1* Из 136 башкир 69 были HLA-типированы методом NGS (секвенирования нового поколения) реагентами NGSgo (GenDx, the Netherlands) на платформе MiSeq Illumina, результаты анализировали с помощью программного обеспечения NGSengine. Для включения в исследование все результаты были редуцированы до уровня низкого разрешения (1-го поля). Частоты HLA-гаплоти-пов и групп аллелей HLA-генов определяли с помощью компьютерной программы Arlequin 3.5 методом максимального правдоподобия.
