CC BY
12
ВЕСТНИК ГЕМАТОЛОГИИ, том XV, № 4, 2019
Абдрахимова А. Р., Леонов Е. А., Хамаганова Е. Г.
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Москва
ИЬЛГЕНЫ И ГАПЛОТИПЫ У БАШКИР — ДОНОРОВ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК РЕГИСТРА ФГБУ «НМИЦ ГЕМАТОЛОГИИ» МИНЗДРАВА РОССИИ, ТИПИРОВАННЫХ МЕТОДОМ N05
Введение. HLA-типирование методом сек-венирования нового поколения (NGS — next generation sequencing) — современный метод, позволяющий получить данные на уровне аллельного (ультравысокого) разрешения. HLA-типирование доноров и реципиентов на уровне HLA-аллелей улучшает выживаемость после трансплантации аллогенных гемопо-этических стволовых клеток (алло-ТГСК) от неродственного донора по сравнению с результатами алло-ТГСК, при которых типиро-вание доноров и реципиентов проводилось на уровне высокого разрешения. Информация о частотах HLA-генов и гаплотипов в разных популяциях необходима для поиска совместимого донора и успешной алло-ТГСК.
Цель исследования. Провести анализ распределения частот HLA-аллелей и A*-B*-C*-DRB1*-DQB1* гаплотипов у доноров гемопоэ-тических стволовых клеток регистра «НМИЦ гематологии», самоопределившихся как башкиры, HLA-типированных методом NGS.
Материалы и методы. В исследование включено 69 доноров из Уфы, которые идентифицировали себя, как башкиры. Для выделения ДНК из замороженных образцов цельной крови, взятой с антикоагулянтом ЭДТА, использовали набор QIAamp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, Germany) в соответствии с рекомендациями производителя. Генотипирова-ние проводилось методом NGS по пяти генам HLA (A, B, C, DRB1, DQB1), использовали набор реагентов NGSgo (GenDx, Netherlands), секве-нирование проводили на платформе MiSeq Illumina при помощи картриджа MiSeq Reagent Kit v2 (300 cycle). Проводилось полногенное секвенирование генов класса I, секвенирова-ние генов класса II ограничивалось участком со 2-го по 4-й экзон. Результаты анализировали с помощью программного обеспечения NGSengine. Определение частот аллелей и га-плотипов проводилось с использованием компьютерной программы ARLEQUIN, версия 3.5.
Результаты. Результаты получены для всех 69 образцов, однако один образец удалось типировать лишь частично из-за неудов-
летворительного качества ДНК. В 4-х образцах были выявлены аллели, отсутствующие в базе 1МвТ 3.36.0. Три аллеля были представлены в вепБапк (DDBJ/ENA/GenBank) для дальнейшей регистрации. Один новый аллель был выявлен в гене ИЬЛ-Л, он отличался от аллеля ИЬЛ-Л*26:01:01:01 синонимичной заменой в 3м экзоне, ему присвоен входящий номер ЬС498984. Два других ранее неописанных ^Л-аллеля были выявлены в генах ИЬЛ-С и ИLЛ-DQB1, они отличались от присутствующих в базе ЖЛ-аллелей заменами в интро-нах, им были присвоены номера: MN427921 и MN432480. Четвертый ранее не описанный аллель был выявлен в гене ИLЛ-DRB1, однако выявленная нами инсерция находилась в ин-троне, который не мог быть полностью про-секвенирован, поэтому этот ранее не описанный аллель не был представлен в GenBank.
У 68 доноров-башкир были установлены 116 пятилокусных И^-Л*-В*-С*^В1*^В1* гаплотипов на уровне аллельного для генов класса I и высокого для генов класса II разрешения. Оказалось, что наиболее частотным в исследованной популяции является гапло-тип Л*02:01:01-В*13:02:01:01-С*06:02:01:01-DRB1*07:01-DQB1*02:02 (5,2%). Все аллели, входящие в этот гаплотип, были также наиболее высокочастотными в своих генах: А*02:01:01 с частотой 31,7%; B*13:02:01:01-14, 8%; С*06:02:01:01-17,7 %; DRB1*07:01-22,1 %; DQB1*02:02-18,4 %.
Выводы. Впервые ЖЛ-типированы на уровне аллельного по генам класса I и высокого по генам класса II разрешения потенциальные доноры гемопоэтических стволовых клеток, относящиеся к башкирскому этносу.
Установлено, что башкиры отличаются высоким носительством ЖЛ-гаплотипа Л*02:01:01-B*13:02:01:01-C*06:02:01:01-DRB1*07:01-DQB1*02:02.
Своеобразность башкир подтверждается открытием в небольшой популяции (всего 69 доноров) 4х ранее не описанных ЖЛ-аллелей, три из которых представлены для дальнейшей регистрации в DDBJ/ENA/GenBank.
