CC BY
26
DOI: 10.17650/2313-805X-2022-9-3-69-84
CccJ]
Контакты: Елена Николаевна Воропаева vena.81@mail.ru
Введение. Рецидив диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфомы в центральной нервной системе в подавляющем большинстве случаев является фатальным проявлением заболевания. Изучение мутационного профиля лимфомы может способствовать улучшению точности прогноза рецидива в центральной нервной системе и обоснованию отбора пациентов для профилактического лечения.
Цель исследования - изучить мутационный профиль случаев диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфомы с рецидивами в центральной нервной системе.
Материалы и методы. На платформе Illumina выполнено полноэкзомное секвенирование диагностических образцов диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфомы с рецидивами в центральной нервной системе. Проанализирована панель, включающая более 70 генов.
Результаты. Можно выделить 4 основные группы генетических событий в исследованных образцах, а именно: со-
сч сч о сч
Мутационный профиль диффузной В-крупноклеточной лимфомы с рецидивами |
в центральной нервной системе
о
и
о
ОС <
Е.Н. Воропаева1, 2, Т.И. Поспелова2, В.С. Карпова2, М.И. Чуркина2, Ю.В. Вяткин3, Т.А. Агеева2, В.Н. Максимов1 ^
'Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины — филиал ФГБНУ«Федеральный ^
исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук»; Россия, ^
630089 Новосибирск, ул. Бориса Богаткова, 175/1; 2
2ФГБОУВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава России; Россия, 630091 Новосибирск, z
Красный проспект, 52;
3ФГАОУ ВО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет»; Россия, 630090 Новосибирск, ул. Пирогова, 1
ю
< >
а
<
о m
а.
в;
четанные мутации в генах сигнальных путей NF-кB (MYD88, М0ТСН1, CD79B, CARD11) и ЛАК^ТАТ (Р1М1, БГАТб), а также аберрации в главном онкосупрессоре ТР53 и генах системы ремоделирования хроматина (ARID1A, KMT2D, ЕР300, ш
О
и
SMARCA4). В группе исследования выявлена рекуррентная мутация c. 794T>C, p.L265P MYD88. Среди других находок следует отметить мутации в генах CIITA и CD58, имеющих значение в уклонении опухолевых клеток от иммунного s надзора.
Заключение. Несмотря на кажущуюся гетерогенность мутационного профиля диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфомы с рецидивами в центральной нервной системе, в большинстве случаев для опухолевых клеток были характерны генетические нарушения, приводящие к продукции злокачественными лимфоцитами большого количе- > ства провоспалительных цитокинов, а также аберрации, снижающие иммуногенность и способствующие избеганию опухолью иммунного надзора.
Ключевые слова: лимфома, мутационный профиль, высокопроизводительное секвенирование, рецидив, сигнальный путь NF-kB, сигнальный путь JAK-STAT, ген ТР53, ремоделирование хроматина, иммунологический контроль, центральная нервная система, диффузная В-клеточная крупноклеточная лимфома
Для цитирования: Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Карпова В.С. и др. Мутационный профиль диффузной В-круп-ноклеточной лимфомы с рецидивами в центральной нервной системе. Успехи молекулярной онкологии 2022; 9(3):69-84. DOI: 10.17650/2313-805X-2022-9-3-69-84
BY 4.0
Mutation profile of diffuse large B-cell lymphoma with relapses in the central nervous system
E.N. Voropaeva1,2, T.I. Pospelova2, V.S. Karpova2, M.I. Churkina2, Yu. V. Vyatkin3, T.A. Ageeva2, V.N. Maksimov'
'Scientific Research Institute of Therapy and Preventive Medicine — branch of the Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics of the Siberian branch of the Russian Academy of Sciences; '75/' Boris Bogatkov St., Novosibirsk 630089, Russia; 2Novosibirsk State Medical University, Ministry of Health of Russia; 52 Krasny Prospekt, Novosibirsk 63009', Russia; 3Novosibirsk National Research State University; ' Pirogova St., Novosibirsk 630090, Russia
Contacts: Elena Nikolaevna Voropaeva vena.81@mail.ru
сч сч О сч
>-
и о
-J
о и Z
о
ОС <
о ж.
ю
< >
а
<
Introduction. The recurrence of diffuse large B-ceLL cell lymphoma in the central nervous system in the vast majority of cases is a fatal manifestation of the disease. The study of the lymphoma mutational profile can improve the accuracy of the prognosis of relapse in the central nervous system and justify the selection of patients for preventive treatment. Aim. To evaluate the mutational profile of cases of diffuse large B-cell cell lymphoma with central nervous system damage in relapse based on the results of our own experiment on high-performance sequencing.
Materials and methods. On the Illumina platform, full-exome sequencing of diagnostic samples of diffuse large B-cell cell lymphoma with relapses in the central nervous system was performed. A panel including more than 70 genes was analyzed.
Results. Four main groups of genetic events can be distinguished in the group of studied samples, namely: combined mutations in the NF-kB (MYD88, NOTCH1, CD79B, CARD11) and JAK-STAT (PIM1,STAT6) signaling pathways, as well as aberrations in the main oncosuppressor TP53 and chromatin remodeling system genes (ARID1A, KMT2D, EP300, SMARCA4). A recurrent mutation c. 794T>C, p.L265P MYD88 was detected in the study group. Among other findings, mutations in the CIITA and CD58 genes should be noted, which are important in avoiding tumor cells from immune surveillance. Conclusion. Despite the apparent heterogeneity of the mutational profile of diffuse large B-cell cell lymphoma with relapses in the central nervous system, in most cases, tumor cells were characterized by genetic disorders leading to the production of a large number of pro-inflammatory cytokines by malignant lymphocytes, as well as aberrations that reduce immunogenicity and contribute to the avoidance of immune surveillance by the tumor.
Keywords: lymphoma, mutational profile, high-throughput sequencing, relapse, NF-kB signaling pathway, JAK-STAT signaling pathway, TP53 gene, chromatin remodeling, immunological control, diffuse large B-cell lymphoma, central nervous system
For citation: Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Karpova V.S. et al. Mutation profile of diffuse large B-cell lymphoma with relapses in the central nervous system. Uspekhi molekulyarnoy onkologii = Advances in Molecular Oncology 2022; 9(3): 69-84. (In Russ.). DOI: 10.17650/2313-805X-2022-9-3-69-84
О
a. те
о ж.
и >
ВВЕДЕНИЕ
Диффузная В-клеточная крупноклеточная лимфо-ма (ДВККЛ) является доминирующим типом агрессивных вариантов неходжкинских лимфом. При этом рецидивы ДВККЛ в центральную нервную систему (ЦНС) остаются одной из самых сложных клинических проблем. На одной чаше весов — относительно низкая частота данного события (до 5 % случаев заболевания), а на другой — выраженная тяжесть течения заболевания и высокая летальность пациентов [1].
Повышенная частота вовлечения ЦНС в рецидив ДВККЛ наблюдается в случаях лимфом, имеющих перестройки с вовлечением MYC и BCL2 и/или BCL6, а также с поражением костного мозга, яичек или молочной железы, что подчеркивает необходимость выяснения особенностей биологии опухоли, связанных с потенциалом лимфомных клеток проникать в ЦНС [2—4].
В настоящее время неизвестно, какие еще молеку-лярно-генетические маркеры опухолевых клеток могут насторожить клинициста в отношении высокого риска вовлечения в опухолевый процесс ЦНС уже на этапе диагностики лимфомы. Кроме того, требуется разработка таргетных подходов, которые могут быть эффективны при профилактике и терапии данного типа про-грессирования опухоли.
При использовании существующей прогностической модели Central Nervous System International Prognostic Index (Международного прогностического индекса CNS-IPI) можно рассчитывать на предотвращение большого числа рецидивов в ЦНС. Для этого в группе высокого риска применяется многократное интратекальное или системное введение метотрексата в высоких дозах. К сожалению, такое профилактическое лечение является крайне токсичным и не может
быть назначено пожилым и соматически отягощенным пациентам [5]. В то же время примерно у 70—80 % больных, отнесенных к группе высокого риска, которым обязательно проводится терапия с целью профилактики, рецидивы не возникают, что приводит к чрезмерному лечению этих пациентов. Поэтому так важно вести поиск дополнительных предикторов развития рецидива ДВККЛ в ЦНС для возможного их учета совместно с существующей прогностической моделью [6, 7].
Обращают на себя внимание следующие факты. По мнению ряда авторов, развитие поражения ЦНС в ходе проведения или сразу после завершения первичной химиотерапии может указывать на наличие субклинического поражения ЦНС уже на начальных этапах формирования опухоли [6]. Согласно опубликованным данным, медиана срока от постановки диагноза ДВККЛ до возникновения рецидива с поражением ЦНС составляет около 6—7 мес. Кроме того, бывают изолированные рецидивы в ЦНС или рецидивы в ЦНС, предшествующие системному возобновлению проявления опухоли [8]. Все это должно свидетельствовать о ранней миграции лимфомных клеток за гематоэнцефалический барьер (ГЭБ). Биопсия опухолевого поражения в случае вовлечения ЦНС при рецидиве ДВККЛ проводится далеко не всегда, что может быть связано как с тяжестью состояния больного, так и с недоступностью очага поражения и приводит к малой изученности биологических свойств опухоли и отсутствию биобанка образцов [2].
Именно по этим причинам мы решили изучить мутационный статус лимфомы на основании анализа первичного биоматериала — биоптатов опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ, полученных на этапах диагностики.
Опубликованы результаты таргетного, полногеномного и полноэкзомного секвенирования образцов ДВККЛ, полученных от пациентов, а также нескольких клеточных линий данного типа лимфомы [1, 9].
Цель данного исследования — оценить мутационный профиль случаев ДВККЛ с поражением ЦНС при рецидиве на основании результатов собственного эксперимента по высокопроизводительному секвени-рованию.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Материалом для исследования служили диагностические блоки фиксированных формалином и па-рафинизированных биоптатов опухолевых лимфатических узлов и экстранодальных очагов поражения пациентов с ДВККЛ (п = 9), у которых при рецидиве
возникло поражение ЦНС. Клиническая характеристика пациентов представлена в табл. 1.
В исследование с блоков брали срезы толщиной 10—12 мкм с содержанием опухолевых клеток не менее 50 %. Для выделения ДНК использовали набор QiaAmp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen, Германия) согласно инструкции к набору. Оценку и контроль качества выделенных нуклеиновых кислот проводили с помощью аппарата Epoch (BioTek, США).
Далее проводили фрагментацию ДНК ультразвуком на наборе Covaris S2. Полученную геномную ДНК использовали для приготовления и обогащения библиотек при помощи наборов NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit (Illumina, США) и NEBNext FFPE DNA Repair Mix (NEB, США) по инструкции производителей. Полученные библиотеки гибридизовали
Таблица 1. Характеристика пациентов с поражением центральной нервной системы в рецидиве диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфомы, которым было выполнено высокопроизводительное секвенирование
Table 1. Characteristics of patients with central nervous system lesions in recurrent diffuse large B-cell cell lymphoma who underwent high-throughput sequencing, central nervous system
Случай
Параметр С ase ■
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Пол Sex Ж F Ж F М M Ж F М M Ж F Ж F Ж F Ж F
Возраст, лет Age, years 54 55 27 66 69 73 53 55 30
ECOG-статус, баллы ECOG status, points 1 2 3 3 2 2 3 1 2
Стадия Stage IV IV IV IV IV IV IV IV IV
B-симптомы B-symptoms + + + + + - - + +
Экстранодальные поражения Extranodal lesions + - - + - - + + +
Лейкемизация Leukemization + + + + - - - + -
Массивные опухолевые поражения Massive tumor lesions - - - + - - + - +
Уровень ЛДГ, МЕ/л LDH level, IU/l 609 589 406 986 746 671 807 708 953
Группа риска по Международному прогностическому индексу Risk group according to the International Prognostic Index ПВ IH ПВ IH ПН IL В H ПВ IH В H ПВ IH ПВ IH В H
Период от ремиссии до рецидива с вовлечением ЦНС, мес Period from remission to relapse with CNS involvement, months 20 2 4 2 5 3 5 48 5
Тип поражения ЦНС Type of CNS lesion ВМ IC ВМ IC ВМ + НЛ IC + NL ВМ IC ВМ IC ВМ/ IC ВМ IC ВМ IC ВМ/ IC
Характер поражения мозга The nature of brain damage С S С S МФ MF С S С S С S МФ MF С S МФ MF
СЧ СЧ
о
СЧ
>-
(J
о
—I
о и z о
ОС <
о ж
to
LU
и
z <
>
a
<
о m
a.
в;
£ m
о ж.
и >
Примечание. М — мужчина; Ж — женщина; ECOG — Eastern Cooperative Oncology Group, Восточная кооперативная онкологическая группа; ПН — промежуточный низкий риск; ПВ — промежуточный высокий риск; В — высокий риск; ВМ — внутримоз-говое поражение; НЛ — нейролейкемия, МФ — мультифокальное поражение; С — солитарное поражение. Note. M — male; F—female; ECOG — Eastern Cooperative Oncology Group; IL — intermediate low risk; IH — intermediate high risk; H — high risk; IC — intracerebral lesion; NL — neuroleukemia, MF — multifocal lesion; S — solitary lesion.
сч сч о сч
>-
и о
-J
о и Z
о
ОС <
о ж.
ю
< >
а
<
о m
а. те
m
о ж.
и >
с SureSelect Human All Exon V7 exome (Agilent, США) согласно инструкции. Секвенирование выполняли на приборе HiSeq1500 с генерацией данных до среднего покрытия 100х.
Биоинформационный анализ необработанных данных проводили на платформе Genomenal [10] по следующей процедуре: контроль качества и фильтрация необработанных чтений, выравнивание на ре-ференсный геном человека версии GRCh38/ hg38 с помощью инструмента BWA версии 0.7.17, отбор SNV/ indels с использованием GATK версии 4.1.3.0 с последующими фильтрацией и контролем качества. Порог частоты альтернативных аллелей установлен на уровне 5 %. Все варианты, встречающиеся в базах данных dbSNP, 1000Genomes и ExAC с частотой выше 1 %, были исключены из анализа. Дополнительно проводили аннотирование по базам данных COSMIC и dbSNP, а также оценку функционального эффекта миссенс-мутаций с помощью предикторов Polyphen2, SIFT, Mutation Assessor и PROVEAN. Для работы были выбраны нонсенс-мутации, мутации со сдвигом рамки считывания, замены в сайтах сплайсинга, мис-сенс-замены.
Для анализа отобрана таргетная панель генов, которые играют важную роль в развитии и функционировании В-лимфоцитов и, по данным литературы, вовлечены в онкогенез. В исследование были включены гены регуляции иммунного ответа (CIITA, B2M, TNFRSF14, CD5S), клеточного цикла и апоптоза (RB1, MFHAS1, XPO1, MYC, CDKN2A, CDKN2B, FOXO1, TP53, ATM, GNA13, ERBB2, ERBB4, FBXW7, BCL2, GNA11, KRAS, NRAS, NPM1, STK11), пролиферации, диффе-ренцировки и миграции клеток (ABL1, ALK1, APC, RET, SMAD4, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, CDH1, CSF1R, CTNNB1, FLT3, GNAQ, HRAS, KDR, KIT, SOCS1, PDGFRA, PIK3CA, PTEN), сигнальных путей NOTCH (NOTCH1, NOTCH2), NF-кВ (TNFAIP3, MYDSS, PIM1, CARD11, IRF4, PRDM1), MAP-киназного (BRAF, PTPN11), JAK-STAT (SOCS1, STAT6, JAK2, JAK3, MET), BCR (CD79A, CD79B, ITPKB, TCF3, ID3), эпигенетической регуляции (EZH2, KMT2D, EP300, MEF2B, CREBBP, SMARCB1, SMARCA4, ARID1A) и репарации ДНК (MSH2, MSH6, MLH1).
Патогенные и вероятно патогенные однонуклео-тидные замены с частотой мутантного аллеля 30 % и более были подтверждены методом прямого капиллярного секвенирования по Сэнгеру. Делеции валиди-рованы методом полимеразной цепной реакции с фланкирующими праймерами с последующим электрофорезом в высокопроцентном полиакриламидном геле с добавлением глицерина.
С помощью онлайн-сервиса OncoPrinter [11] была получена картина совместного появления и взаимного исключения мутаций в генах при лимфоме. Мутации отдельных генов были представлены в виде графика «леденец на палочке» с помощью программы Lollipops software [12].
РЕЗУЛЬТАТЫ
Функционально значимые мутации были выявлены в ряде генов анализируемой панели (табл. 2). На рис. 1 представлены результаты подтверждения выявленных находок с частотой мутантного аллеля более 30 % методами секвенирования по Сэнгеру.
Миссенс-мутации составили 22/35 (62,8 %), небольшие делеции — 8/35 (23 %), замены с образованием «стоп»-кодона — 3/35 (8,6 %), инсерция нуклео-тида и синонимичная замена нуклеотида в сайте сплайсинга — по 1/ 35 (2,8 %). При этом только 3/8 делеций приводили к утрате кодонов в рамке считывания, в остальных случаях они вызывали сдвиг рамки считывания и преждевременную терминацию синтеза кодируемого белка.
В табл. 3 представлены результаты анализа функциональной значимости выявленных миссенс-замен. Все мутации, за исключением MYD88 p.V204F, были отнесены большинством биоинформационных пре-дикторных программ к возможно/вероятно патогенным заменам.
В целом можно выделить 4 группы основных генетических событий в группе исследованных образцов, а именно мутации в генах: сигнальных путей NF-кВ (MYD88, NOTCH1, CD79B, CARD11) — 6/9 образцов, JAK-STAT (PIM1, STAT6) — 5/9 образцов, системы ремоделирования хроматина (ARID1A, KMT2D, EP300, SMARCA4) — 5/9 образцов, а также в главном онкосупрессоре ТР53 — 3/9 образцов.
Мутации в генах сигнальных путей NF-кВ и JAKSTAT носили сочетанный характер, а наибольшее число нарушений было выявлено в образцах с мутациями в генах MSH2 и MSH6 (рис. 2), которые входят в систему мисс-матч-репарации и участвуют в процессах исправления инсерций, делеций и включений ошибочных нуклеотидов в последовательность ДНК в процессе репликации [13]. В 3/4 случаев выявленных мутаций в MYD88 в группе исследования зафиксирована рекуррентная замена c.794T>C, p.L265P, которая является «горячей» точкой мутаций в гене (рис. 3).
Мутации в онкосупрессорных генах системы ре-моделирования хроматина были представлены следующими находками. В 2 образцах выявлены замены в гене KMT2D (p.G2279R и p.Q3683X), кодирующем лизин-специфическую метилтрансферазу 2D [14]. В 1 из образцов была обнаружена мутация p.F1448S в гене EP300, ответственном за синтез фермента ги-стон-ацетилтрансферазы Р300, которая действует как коактиватор для различных факторов транскрипции и участвует в регуляции генов, контролирующих клеточную пролиферацию, апоптоз, дифференциров-ку, клеточный цикл и репарацию ДНК [15]. Также в группе исследования выявлены мутации SMARCA4 p.E187fs и ARID1A p.Q1212HfsX4 и p.Q1334del. Интересно, что все они представляли собой небольшие де-леции, 2 из которых вызывают сдвиг рамки считывания и возникновение преждевременных «стоп»-кодонов,
Таблица 2. Данные секвенирования образцов опухоли пациентов с диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфомой, у которых в рецидиве заболевания развилось поражение центральной нервной Table 2. Data from sequencing of tumor specimens from patients with diffuse targe B-cetl cell lymphoma who have relapsed disease central netyous system lesion developed
Ген Положение мутации (GRCh38) Генотип Экзон Положение Идентификатор Частота мутации* Референсная последовательность Глубина чтения (W/M)
В ДНК In protein dbSNP COSMIC
Образец 1
MSH2 chr2:47412552 G>A G/A 4 C.G784A P.E262K - - Н/д N/a ENST00000233146.6 17х (9/8)
MYD88 chr3:38141150 T>C T/C 3 С.Т794С P.L265P rs387907272 COSV57169334 0,0001 ENST00000495303.6 63х (15/48)
chr6:37171466 G>T G/T 4 C.G582T P.K194N - - Н/д N/a 44х(29/15)
PIM1 chr6:37171468— 37171476 delACACCGTCT ACACC GTCT/- 4 c.584_592del p.l95_198del - - - ENST00000373509.5 44х (29/15)
CARDU chr7:2939925 C>T C/T 6 C.G688A P.D230N - COSV67796694 Н/д N/a ENST00000396946.8 41х (11/30)
NOTCH1 chr9: 136505728 G>T G/T 25 С.С4168А P.P1390T rsl91645600 COSV53103214 0.0006 ENST00000277541.7 24х(18/6)
TP53 chrl7:7674220 C>T C/T 3 C.G347A P.R116Q rsl 1540652 COSV52661580 0.0002 ENST00000504290.5 25х (4/21)
CD79B chrl7:63929320 A>G A/G 5 С.Т284С p.L95P - COSV50075918 Н/д N/a ENST00000349817.2 47х (18/29)
SMARCA4 chrl9:11007900— 11007902 delAGG AGG/- 6 c.559_559del p.E187fs rs759896283 - 0,00001 ENST00000643208.1 42х(36/6)
Образец 2
TP53 chrl7:7674253A>G A/G 3 C.T314C P.M105T - COSV53Q37559 Н/д N/a ENST00000504290.5 77х(54/23)
Sample 3
MSH2 chr:47463067 G>C G/C 9 C.G1423C P.D475H - - Н/д N/a ENST00000233146 16х (8/8)
MYD88 chr3:38140534 G>T G/T 3 C.G610T P.V204F rs776995408 - 0,000007 ENST00000495303.6 307х(182/124)
PIM1 chr6:37171287 G>C G/C 4 C.G403C P.E135Q - - Н/д N/a ENST00000373509.6 500х(260/240)
УСПЕХИ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ОНКОЛОГИИ / ADVANCES IN MOLECULAR ONCOLOGY 3 ' 202 2
УСПЕХИ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ОНКОЛОГИИ / ADVANCES IN MOLECULAR ONCOLOGY 3 ' 202 2
Продолжение табл. 2 Continuation of table 2
Ген
Положение мутации (GRCh38)
Генотип
Genotype
Референсная последовательность
Глубина чтения (W/M)
CD79B chrl7:63929439 Т>А T/A 5 C.T586A P.Y196N - - Н/д N/a ENST00000006750.7 214x (39/175)
ARID 1А chrl7:26772908 delG G /- 14 c.3636del p.Q1212HfsX4 - - Н/д N/a ENST00000324856.13 Юх (8/2)
Образец 4
Sample 4
KMT2D chr!2:49040935 ОТ C/T 31 C.G6835A P.G2279R - - Н/д N/a ENST00000301067.il 166x (114/52)
Образец 5
MSH6 chr2:47801134 G>A G/A 2 C.G2761A P.V921I rs576269342 COSV52273761 0,0009 ENST00000540021.5 190x(97/93)
MYD88 chr3:38141150 T>C T/C 3 C.T794C P.T265P rs387907272 COSV57169334 0,00001 ENST00000495303.6 322x(198/124)
KMT2D chrl2:49033658 G>A G/A 39 C.C11047T P.Q3683X - COSV56419976 - ENST00000301067.il 335x(230/105)
СИТА chrl6:10910180— 10910186 delCTCTCCA CTCT CCA/— 11 g. 10910180-10910186 p.R809fs - - - ENST00000324288.13 48x(22/26)
ТР53 chrl7:7673802 C>T C/T 4 C.G422A P.R141H rs28934576 COSV52660980 0,00003 ENST00000504290.5 46x(27/19)
ЕР300 chr22:41170462 T>C T/C 27 C.T4343C P.F1448S - COSV54331536 - ENST00000263253.8 290x(222/67)
Образец 6
УШШ
CD58 chrl:116570907G>T G/T 1 c.C66A P.C22X - - Н/Д N/a ENST00000369487.3 107x (4/103)
MYD88 chr3:38141150 T>C T/C 3 C.T794C P.T265P rs387907272 COSV57169334 0,00001 ENST00000495303.6 116x(74/42)
PIM1 chr6:37171024 G>A G/A 3 C.G233A p.G78E - COSV65165083 Н/д N/a ENST00000373509.5 63x(48/15)
BCL2 chrl8:63318090 ОТ C/T 1 C.G577A P.G193R - - Н/д N/a ENST00000398117.1 83x (61/22)
Ген
Положение мутации (GRCh38)
Референсная последовательность
Reference sequence
Окончание табл. 2 The end of table 2
Глубина чтения
Образец 7
ARID 1A chrl:26773690— 26773693 delGCA GCA/ — 16 C.3999-4001del p.Q1334del - COSV9559Û316 0,00005 ESNT00000324856.13 39x(29/10)
CD79B chrl7:63929309— 63929324 delGTCAATG TCCAGGCC GTCAATGT CCAG GCC/ — 6 c.592-606del p.G198 D202del - - Н/д N/a ESNT00000349817.2 28x(22/6)
CD79B chrl7:63929839— 63929840 delC c/- 4 c.479del p.G160VfsX4 - - Н/д N/a ESNT00000349817.2 14x (8/6)
Образец 8
Sample $
PIM1 chr6:37171029 C>T C/T 3 C.C238T p.T80T rs376834220 COSV97848761 Н/д N/a ENST00000373509.6 115x(79/35)
CD79B chrl7:63929435 T>TC T/TC 5 c.589dup p.E197GfsX6 - - Н/д N/a ESNT00000349817.2 130x(75/65)
Образец 9
Sample 9
STAT6 chrl2:57102472 G>A G/A 13 C.G1330A P.E444K - - Н/д N/a ENST00000300134.8 19x(14/5)
CIITA chrl6:10907411 T>G T/G 11 C.T1919G P.L641R - - Н/д N/a ENST00000324288.13 71x(56/15)
CIITA chrl6:10923259 ОТ C/T 19 C.C3349T P.Q1118X - - Н/д N/a ENST00000324288.13 47x (34/12)
SOCS1 chrl6:11255269— 11255284 delGCGCGC GTGATGCGC GCGCG CGTGAT GCGC/ - 1 c.l95_209del p.R66_A70del - - Н/д N/a ENST00000644787.1 63x(55/8)
* Данные Exome Aggregation Consortium database. *Data from Exome Aggregation Consortium database.
Примечание. Н/д — нет данных; W — число чтений дикого аллеля; M — число чтений мутантного аллеля. Note. N/a — по data available; W— number of wild allele readings; M — number of mutant allele readings.
УСПЕХИ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ОНКОЛОГИИ / ADVANCES IN MOLECULAR ONCOLOGY 3 ' 202 2
-j •л
сч сч О сч
>-
и о
-J
о и Z
о
ОС <
T/C
G/A
аАллМ/^ууу\л/УЛ/^Л
с/л
C/T
G/C
G/T
О 2
ю
< >
а
<
о
а. те
£
о 2
о >
ж
G/C
C/T
C/T
A/T
G/A
м
insC
ШШУ^АаДААЛЛЛМ
Рис. 1. Секвенограммы мутаций: а - MYD88 p.L265R; б - NOTCH1 p.P1390T; в - TP53 p.R116Q; г - CD79B p.L95P; д - MSH2 p.D475H; е - MYD88 p.V204F; ж - PIM1 p.E135Q; з - CD79B p.Y196N; и - TP53 p.R141H; к - PIM1 p.G78E; л - PIM1 p.L80L; м - CD79B p.E197GfsX6 Fig. 1. Mutation sequences: а - MYD88p.L265R; б - NOTCH1 p.P1390T; в - TP53p.R116Q; г - CD79Bp.L95P; д - MSH2p.D475H; е - MYD88p. V204F; ж - PIM1 p.E135Q; з - CD79Bp.Y196N; и - TP53p.R141H; к - PIM1 p.G78E;л - PIM1 p.L80L;м - CD79Bp.E197GfsX6
что неминуемо приводит к снижению количественного содержания функционально активного белка [16].
Мутации в ДНК-связывающем домене главного онкосупрессорного гена ТР53 были выявлены в 1/3 исследованных случаев: p.M105T, p.R116Q и p.R141H. Все они зафиксированы в базе данных COSMIC при различных злокачественных новообразованиях, а 2 последние мутации являются «горячими» точками мутаций в гене и многократно упоминаются в этой базе, в том числе при лимфоидных опухолях (см. рис. 3).
ОБСУЖДЕНИЕ
Рецидив ДВККЛ в ЦНС является одним из наиболее тяжелых проявлений опухолевой прогрессии заболевания и фатальным в подавляющем большинстве случаев. Добавление ритуксимаба — анти-CD20 моноклонального антитела — в протоколы лечения В-клеточных лимфом привело к улучшению исходов
ДВККЛ, но не решило проблемы поражения ЦНС при рецидиве опухоли в силу малой проницаемости препарата через ГЭБ [2].
Прогнозирование риска рецидива развития лим-фомы в ЦНС и отбор пациентов для проведения агрессивной профилактики остаются не до конца решенными задачами. Международный прогностический индекс CNS-IPI, основанный на учете таких факторов риска, как возраст старше 60 лет, заболевание III и IV стадии, общесоматический статус >1 балла, наличие 2 и более очагов экстранодального поражения, повышенный уровень лактатдегидрогеназы сыворотки крови, а также вовлечение почек или надпочечников, позволяет определить группу повышенного риска вовлечения ЦНС с частотой рецидива до 10-12 %. Однако 50 % рецидивов ДВККЛ в ЦНС происходит в группах пациентов низкого/среднего риска, не получающих профилактического лечения [17].
б
а
в
г
д
е
з
и
к
л
Таблица 3. Функциональный анализ выявленных мутаций Table 3. Functional analysis of identified mutations
MYD88 p.L265P MYD88 p.V204F MSH2 p.E262K MSH2 p.D475H PIMl p.E135Q PIMl p.K194N PIMl p.G78E CARDll p.D230N NOTCHl p.P1390T TP53 p.R116Q TP53 p.M105T TP53 p.R141H CD79B p.L95P CD79B p.Y196N KMT2D p.G2279R MSH6 p.V921I EP300 p.F1448S BCL2 p.G193R STAT6 p.E444K CIITA p.L641R CIITA p.Q1118X SOCSl p.R66_A70del
Эффект Effect
Предикторная программа
Predictor program
SIFT
PolyPhen2
LRT
MutationAssessor
PROVEAN
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты НП НП НП
Amino acid replacement NP NP NP
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты НП НП П
Amino acid replacement NP NP P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П П
Amino acid replacement P P P
Замена аминокислоты П П НП
Amino acid replacement P P NP
Образование «стоп»-кодона _ _ _ "Stop"-codon formation
Делеция в рамке считывания In-frame deletion
П P
HП NP
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
HП NP
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
П P
HП NP
сч сч о сч
>-
из о
—I
о и Z
о
ОС <
о ж
ю
< >
а
<
о m
а.
в;
m
о ж.
U >
сч сч О сч
>-
и о
-J
о и Z
о
ОС <
о ж
ю ш и
Z <
>
а
<
Окончание табл. 3 The end of table 3
О m
a. те
m
о ж.
Мутация Mutation Предикторная программа Predictor program
Изменение в белке Эффект SIFT PolyPhen2 LRT MutationAssessor PROVEAN
Change in protein Effect
ARID1A p.Q1334del Делеция в рамке считывания In-frame deletion - - - - -
ARID1A p.Q1212HfsX4 Сдвиг рамки считывания Frameshift - - - - -
SMARCA4 p.E187fs Сдвиг рамки считывания Frameshift - - - - -
PIM1 p.195_198del Сдвиг рамки считывания Frameshift - - - - -
PIM1 p.L80L Мутация в сайте сплайсинга Mutation at the splicing site - - - - -
CD79B p.G198_D202del Делеция в рамке считывания In-frame deletion - - - - -
CD79B p.G160VfsX4 Сдвиг рамки считывания Frameshift - - - - -
CD79B p.E197GfsX6 Сдвиг рамки считывания Frameshift - - - - -
KMT2D p.Q3683X Образование «стоп»-кодона "Stop"-codon formation - - - - -
CD58 p.C22X Образование «стоп»-кодона "Stop"-codon formation - - - - -
CIITA p.R809fs Сдвиг рамки считывания Frameshift - - - - -
Примечание. П — патогенная; НП — непатогенная. Note. P — pathogenic; NP — not pathogenic.
U >
Существуют предположения, что есть вероятность предсказать риск рецидива в ЦНС у пациентов с ДВККЛ на молекулярной основе [5]. Специфические генетические сигнатуры могут быть связаны с вовлечением ЦНС в опухолевый процесс при лимфоме, а их выявление поможет улучшить точность прогноза и обосновать выбор больных для профилактической терапии.
Применение методов секвенирования нового поколения значительно расширило понимание генетического ландшафта всех типов неходжкинских лим-фом. В частности, в публикациях, содержащихся в базе PubMed, описаны результаты таргетного, полногеномного и полноэкзомного секвенирования более 2000 образцов системной ДВККЛ и более 150 образцов первичной ДВККЛ ЦНС [18-21].
Ранее мы провели анализ доступных баз данных, в которых содержалась информация о результатах профилирования методами секвенирования нового поколения случаев ДВККЛ с рецидивами в ЦНС. В поле нашего внимания попала C-Bioporlal for cancer
genomics database, в которой содержатся данные о мо-лекулярно-генетическом профиле и клинических характеристиках более 1200 пациентов с ДВККЛ. В ней можно было выделить 355 случаев данной патологии без вовлечения ЦНС и 48 — с рецидивом опухоли в ЦНС [22].
Были проанализированы данные мутационного профиля этих 2 подгрупп ДВККЛ по мутационному ландшафту, определенному методами высокопроизводительного секвенирования. В группе больных с рецидивами ДВККЛ в ЦНС значимое увеличение частоты выявления мутаций по сравнению с группой без вовлечения ЦНС были получены по 5 генам: MID88, PIM1, CD79B, ARID1A и INO80. Обращала на себя внимание еще одна особенность: мутации в генах MYD88, PIM1 и CD79B достоверно сочетались друг с другом, тогда как мутации в генах системы ремоде-лирования хроматина INO8O, ARID1A и SMARCA4 имели тенденцию к взаимному исключению [1, 9].
Полученные нами в ходе эксперимента с использованием метода высокопроизводительного секвенирования
MYD88 40 %
PIM1
40 %
CD79B 40 %
TP53
MSH2
30 %
20 %
ARID1A 20 %
KMT2D 20 %
CARD11 10 %
CIITA
20 %
NOTCH1 10 %
SMARCA4 10 %
MCH6
EP300
CD58
BCL2
STAT6
SOCS1
10 %
10 %
10 %
10 %
10 %
10 %
Рис. 2. Совместное выявление и взаимное исключение мутаций в группе исследования: темно-зеленым цветом выделены мутации с доказанным драйверным значением, светло-зеленым — миссенс-замены, серым — приводящие к синтезу усеченного варианта белка мутации, розовым — другие варианты мутаций
Fig. 2. Co-detection and mutual exclusion of mutations in the study group: dark green indicates mutations with a proven driver value, light green indicates missense substitutions, gray indicates mutations leading to the synthesis of a truncated protein variant, pink indicates other mutations
данные по мутационному профилю случаев ДВККЛ с поражением ЦНС в рецидиве в целом подтверждают результаты проведенного ранее анализа CBioPortal for Cancer Genomics database. В частности, отмечено наличие сочетанных мутаций в генах сигнальных путей NF-кВ и JAK-STAT у ряда больных. Из 4 находок в MYD88 3 были представлены рекуррентной мутаци-
ей 265-го кодона. Мутации в гене ARID1A выявлены в 2 исследованных образцах, в гене SMARCA4 — в 1.
Таким образом, совокупность полученных данных свидетельствует о том, что среди ДВККЛ с рецидивом в ЦНС можно выделить по меньшей мере 2 подгруппы случаев. Согласно данным анализа CBioPortal for Cancer Genomics database, к каждой из этих подгрупп можно отнести около 1/3 случаев (37,5 и 31,2 % соответственно).
Первая по спектру мутаций (сочетанные мутации в генах MYD88, PIM1 и CD79B) близка первичной ДВККЛ ЦНС и соответствует молекулярному подтипу из активированных В-клеток, а точнее варианту MCD, согласно классификации ДВККЛ на основании мутационных профилей и геномных перестроек, предложенной N. Schmitz и соавт. [23], или варианту C5, согласно классификации ДВККЛ на основании мутационных профилей и оценки копийности генов, разработанной B. Chapuy и соавт. [23], каждый из которых ассоциирован с неблагоприятным исходом лимфомы.
Пути патогенеза первичной ДВККЛ ЦНС хорошо изучены и подробно описаны в литературе [24]. Отметим лишь, что ведущую роль в них играет активация транскрипционного фактора NF-kB, основным эффектом которой является аутокринная сигнализация посредством выделяемых провоспалительных цитоки-нов и цитокиновых рецепторов на поверхности злокачественных лимфоцитов, что способствует выживанию и росту опухолевых клеток [25]. Тот факт, что вариант MCD или молекулярный подтип из активированных В-клеток ассоциированы и с другими локализациями экстранодальных поражений лимфомы (яичко, молочные железы, кожа), позволяет предположить, что риск вовлечения в опухолевый процесс ЦНС при ДВККЛ имеет именно молекулярную основу [3, 26].
Обнаружение во 2-й подгруппе пациентов мутаций в генах системы ремоделирования хроматина (изолированных мутаций в генах INO8O, ARID1A и SMARCA4) делает эти случаи схожими с лимфомой Беркитта [27, 28]. Анализ данных литературы за последние несколько лет показал, что среди самых часто мутирующих генов при данной лимфоме 4-е и 5-е места занимают SMARCA4 и ARID1A. При этом лимфома Беркитта является вариантом неходжкинских злокачественных лимфом с очень частым (до 30—35 % случаев) вовлечением в опухолевый процесс ЦНС [27, 29-31].
Кодируемые генами INO8O, ARID1A и SMARCA4 белки являются ключевыми структурно-функциональными единицами 2 комплексов системы ремоде-лирования хроматина — SWI/SNF (SWItch / Sucrose Non-Fermentable) и INO80 (Inositol 80). Основная их функция — изменение структуры, состава и расположения нуклеосом для обеспечения посадки транскрипционных факторов, белков системы репарации
сч сч о сч
>-
из о
—I
о и Z
о
ОС <
о ж
ю
< >
а
<
о m
а.
в;
£ m
о ж.
U >
сч сч О сч
>-
и о
-J
о и Z
о
ОС <
о ж
ю
< >
а
<
о
а. те
о ж.
и >
ДНК и репликации. Белки, кодируемые SMARCA4 и INO80, являются каталитическими субъединицами и обеспечивают получение энергии аденозинтрифос-фата (АТФ) для перемещения комплекса, а ARID1A обеспечивает доступность той или иной области генома [32].
Согласно данным литературы, мутации в генах семейств SMARC и ARID действительно возникают взаимоисключающим образом. Связывают это с их функциональной синонимичностью [33]. Кодируемые ARID1A и SMARCA4 субъединицы комплекса SWI/SNF имеют паралоги, которые включаются в состав комплекса ремоделирования хроматина на место мутировавшего белка, что влияет на работу комплекса в целом [16, 34]. В частности, в опухолевых клетках с дефицитом функции ARID1A имеет место активация сигнального пути JAK-STAT, усиленная продукция интерлейкина 6 (ИЛ-6) и фактора некроза опухоли а (ФНО-а) [16].
Отдельно следует остановиться на мутациях в гене ТР53. Известно, что основной его функцией является защита от опухолевого роста с помощью самых различных механизмов. Здесь же отметим, что, помимо прочего, кодируемый ТР53 белок р53 модулирует активность путей передачи сигналов через рецепторы цитокинов. Потеря функции р53 приводит к увеличению фосфорилирования STAT3, который опосредует усиленную аутокринную/паракринную передачу сигналов ИЛ-6. Кроме того, некоторые мутанты р53 могут приобретать новые активности, влияющие на передачу сигналов цитокинов. Напротив, экспрессия мутанта p53 R175H способна усиливать передачу сигналов NF-kB — фактора транскрипции, реагирующего на провоспалительные сигналы и приводящего к повышению уровня ФНО-а, интерлейкина-1р, ИЛ-6 и других провоспалительных медиаторов [35].
Кроме того, статус р53 в злокачественных клетках формирует иммунный ландшафт опухоли. Нарушения в р53 не только помогают опухолевым клеткам ускользать от иммунного надзора за счет выраженной генетической нестабильности, но и способствуют созданию иммуносупрессивной среды. Делеции или мутации р53 в опухоли нарушают иммунное распознавание с помощью таких механизмов, как снижение на поверхности опухолевых клеток экспрессии главного комплекса гистосовместимости класса I (major histocompatibility complex class I, MHC-I) и других необходимых для презентации эндогенного антигена молекул [36].
Описано также увеличение экспрессии лиганда рецептора программируемой клеточной гибели 1 (programmed death-ligand 1, PD-L1) на поверхности опухолевых клеток при потере активности p53. Происходит это из-за снижения уровня транскрипционной мишени p53 — miR-34a, которая является репрессором экспрессии PD-L1. Посредством нее опухолевые клетки также участвуют в прямом подавлении функции
Т-клеток. Контакт этих лигандов с рецепторами рецептора программируемой клеточной гибели 1 (programmed cell death 1, PD1) на поверхности Т-лимфо-цитов приводит к снижению их противоопухолевой активности и гибели [37].
Следует обратить внимание также на тот факт, что в 5/9 изученных нами образцах, помимо мутаций ТР53, наблюдались нарушения в генах CIITA и CD58, также имеющих значение в уклонении опухолевых клеток от иммунного надзора.
Так, белок CIITA постоянно экспрессируется в В-клетках и является основным регулятором транскрипции гена главного комплекса гистосовместимо-сти класса II (major histocompatibility complex class II, MHC-II). Функции последнего — связывание пептидных фрагментов, полученных при внутриклеточном расщеплении белковых молекул, и презентация этих пептидов на поверхности клеток для распознавания Т- и NK-клеточными рецепторами. Мутации в гене CIITA являются наиболее распространенным механизмом подавления экспрессии MHC-II в опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ, и их наличие коррелирует с уменьшением количества лимфоцитов (в первую очередь Т-клеток), инфильтрирующих опухоль, и плохими исходами заболеваниями [35].
Белок CD58 экспрессируется на поверхности иммунных клеток, в том числе В-лимфоцитов, и участвует в усилении адгезии между ними и T-лимфоцитами. Этот процесс предшествует взаимодействию рецепторов MHC с Т-клеточными рецепторами и активации Т-клеток. Мутации CD58 являются характерной чертой первично-рефрактерных и рецидивирующих случаев ДВККЛ [38, 39].
В настоящее время становится очевидным, что успешное лечение злокачественных новообразований невозможно без учета их генетических особенностей. В будущем внедрение высокопроизводительного сек-венирования в рутинную клиническую диагностику сделает генетическое профилирование опухоли более доступным и предоставит возможность выбора персонализированных комбинаций лекарственных средств и индивидуальных стратегий ведения пациентов [40].
Полученные в ходе анализа C-Bioporlal for cancer genomics database и собственного эксперимента данные о мутационном спектре ДВККЛ с рецидивами в ЦНС позволяют предположить несколько подходов к терапии, направленных на лечение ДВККЛ в момент клинической манифестации рецидива и санацию ЦНС от опухолевых клеток еще на досимптомных этапах. Хорошую терапевтическую мишень для профилактики и лечения ДВККЛ с поражением ЦНС представляет собой MYD88 рХ265Р, поскольку данная рекуррентная мутация приводит к активации киназы, ассоциированной с рецептором интерлейкина 1 (interleukin-1 receptor-associated kinase, IRAK) и Брутон-тирозин-киназы с последующей нисходящей сигнализацией сразу по 2 путям: BCR-NF-kB и JAK/STAT. При этом
MYD88
V204F
L265P*
Домен «смерти» / Death domain
Домен Toll-рецептора интерлейкина-1 / TIR domain
сч сч о сч
I-г
0 30
TP53
—I-1-Г~
107 163 204
M105T R116Q* R141H*
265
296
P53 трансактивационный мотив / P53 transactivation motif Трансактивационный домен 2 / Transactivation domain 2 P53 ДНК-связывающий домен / P53 DNA-binding domain P53 тетрамеризационный мотив / P53 tetramerisation motif
>
(Л О —i О и z о
ОС <
0 6
30 35
59
99 105 116
141
289
319
358
393
Рис. 3. Распределение мутаций, выявленных в группе исследования, по функциональным доменам генов MYD88 и TP53: красным цветом обозначены патогенные замены, зеленым — непатогенные замены, звездочкой — мутации в «горячих» точках
Fig. 3. Distribution of mutations identified in the study group according to the functional domains of the MYD88 and TP53 genes: pathogenic substitutions are highlighted in red, non-pathogenic substitutions are highlighted in green, mutations in hot spots are marked with an asterisk
забарьерное расположение опухоли требует поиска и применения препаратов, способных преодолевать ГЭБ и создавать в ЦНС терапевтические концентрации [41]. К таковым можно отнести ингибиторы Брутон-тирозин-киназы 1-го (ибрутиниб) [42] и 2-го (тирабрутиниб) [43] поколений.
Отдельное нацеливание на путь JAK-STAT также представляется перспективным, поскольку его инги-бирование может оказывать двойное терапевтическое воздействие — на злокачественные клетки и на микроокружение опухоли [44]. Так, селективный ингибитор JAK/STAT руксолитиниб является привлекательной молекулой для изучения в качестве препарата, направленного на лечение ДВККЛ с вовлечением ЦНС, в силу его способности проникать через ГЭБ [45].
К еще одному направлению терапии ДВККЛ с рецидивами в ЦНС можно отнести иммунонаправлен-ную терапию: иммуномодулирующими препаратами (леналидомидом) [46, 47], CD19-направленными CAR-T-клетками (chimeric antigen receptor) [48, 49] и ингибиторами контрольных точек иммунитета (ни-волумабом и пембролизумабом) [50, 51].
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Таким образом, несмотря на гетерогенность мутационного профиля ДВККЛ с рецидивами в ЦНС, в большей части случаев для опухолевых клеток характерны генетические нарушения, приводящие к продукции злокачественными лимфоцитами большого количества провоспалительных цитокинов, а также аберрации, снижающие иммуногенность и способствующие избеганию опухолью иммунного надзора.
С одной стороны, достоверно известно, что высокий уровень провоспалительных цитокинов повышает проницаемость ГЭБ, что может способствовать проникновению опухолевых В-клеток из системного кровотока в ткань мозга. С другой стороны, трансформированные клетки выживают только в соответствующей окружающей среде, а устойчивость к программированной клеточной смерти и способность опухолевых
лимфоидных клеток к пролиферации в большой степени зависят от внешних стимулов [52].
Можно предположить, что на первых этапах выживание лимфомных В-клеток в бедной на ростовые факторы среде ЦНС обеспечивается мутациями, приводящими к активации сигнальных путей JAK-STAГ и BCR-NF-кB, и аутокринной стимуляцией через ци-токиновые рецепторы. И только позднее посредством секреции провоспалительных цитокинов, хемокинов и /или экзосом опухолевые клетки модулируют свое окружение в нервной ткани, подстраивая его под собственные нужды. Так, результаты недавних экспериментов показали, что экзосомы, полученные из клеток ДВККЛ, с высокой эффективностью могут быть ин-тернализованы макрофагами микроокружения опухоли, что приводит к повышенной продукции такими макрофагами провоспалительных цитокинов (ИЛ-6, интерлейкина 12 и CXCL10) [36]. Фактически речь идет о возможном механизме перестраивания макрофагов ЦНС (микроглии) на паракринную стимуляцию роста лимфомы.
Само по себе забарьерное расположение клеток лимфомы делает их недоступными для воздействия большего числа препаратов, применяемых для лечения опухоли. Анатомическая и функциональная обособленность ЦНС, обеспечиваемая ГЭБ, также препятствует полноценному функционированию иммунной системы в нервной ткани [53]. Не менее важным для развития ДВККЛ в ЦНС представляется и избегание лим-фомными клетками иммунного надзора, что может быть вызвано как генетическими нарушениями в механизмах презентации антигена, так и прямым подавлением иммунитета путем экспрессии иммуносупрес-сивных молекул.
Таким образом, иммунонаправленная терапия и нацеливание на сигнальные каскады BCR-NF-кB и JAK-STAT являются наиболее перспективными направлениями лечения ДВККЛ в момент клинической манифестации рецидива и санации ЦНС от опухолевых клеток еще на досимптомных этапах.
о Ж
ю
< >
а
<
о m
а.
в;
£ m
о ж.
U >
сч сч О сч
>-
и о
-J
о и Z
о
ОС <
о ж
ю
< >
а
<
ЛИТЕРАТУРА/REFERENCES
о m
а. те
£ m
о ж.
и >
1. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Максимов В.Н. и др. Мутации в генах ARID1A и SMARCA4 при рецидивах диффузной В-крупноклеточной лимфомы с поражением ЦНС. Медицинская генетика 2020;19(6):90—2.
DOI: 10.25557/2073-7998.2020.06.90-92
Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Maximov V.N. et al. Mutations
in the ARID1A and SMARCA4 genes in relapses of diffuse large
B-cell lymphoma with CNS damage. Medicinskaya genetika =
Medical genetics 2020;19(6):90—2. (In Russ.).
DOI: 10.25557/2073-7998.2020.06.90-92
2. Savage K.J. Secondary CNS relapse in diffuse large B-cell lymphoma: defining high-risk patients and optimization
of prophylaxis strategies. Hematology Am Soc Hematol Educ
Program 2017;2017(1):578—86.
DOI: 10.1182/asheducation-2017.1.578
3. Ollila T.A., Olszewski A.J. Extranodal diffuse large B œll Lymphoma: molecular features, prognosis, and risk of central nervous system recurrence. Curr Treat Options Oncol 2018;19(8):38. DOI: 10.1007/s11864-018-0555-8
4. Grimm K.E., O'Malley D.P. Aggressive B cell lymphomas in the 2017 revised WHO classification of tumors of hematopoietic and lymphoid tissues. Ann Diagn Pathol 2019;38:6-10.
DOI: 10.1016/j.anndiagpath.2018.09.014
5. Illerhaus G. CNS relapse in DLBCL: a calculable risk? Blood 2021;137(8):1011-2.
DOI: 10.1182/blood.2020009269
6. Hall K.H., Panjic E.H., Valla K. et al. How to decide which DLBCL patients should receive CNS prophylaxis. Oncology (Williston Park) 2018;32(6):303-9.
7. Ma'koseh M., Tamimi F., Abufara A. et al. Impact of Central Nervous System International Prognostic Index on the treatment of diffuse large B cell lymphoma. Cureus 2021;13(8):e16802. DOI: 10.7759/cureus.16802
8. Nagpal S., Glantz M.J. Treatment and prevention of secondary CNS lymphoma. Semin Neurol 2010;30(3):263-72.
DOI: 10.1055/s-0030-1255222
9. Voropaeva E., Beresina O., Pospelova T. et al. Mutational profile of diffuse large B-cell lymphoma with central nervous system relapse: analysis of CBioPortal for Cancer Genomics database. 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics (CSGB) 2020:190-4. DOI: 10.1109/CSGB51356.2020.9214638.
10. NGS WIZARD by Genomenal. Доступно по: https://www.genomenal.ru/.NGS WIZARD by Genomenal. (In Russ.). Available at: https://www.genomenal.ru/.
11. Gao J., Aksoy B.A., Dogrusoz U. et al. Integrative analysis of complex cancer Genomics and clinical profiles using the cBioPortal. Sci Signal 2013;6(269):pl1. DOI: 10.1126/scisignal.2004088.
12. Jay J.J., Brouwer C. Lollipops in the clinic: information dense mutation plots for precision medicine. PLoS One 2016;11(8):e0160519. DOI: 10.1371/journal.pone.0160519
13. Salem M.E., Bodor J.N., Puccini A. et al. Relationship between MLH1, PMS2, MSH2 and MSH6 gene-specific alterations
and tumor mutational burden in 1057 microsatellite instability-high solid tumors. Int J Cancer 2020;147(10):2948-56. DOI: 10.1002/ijc.33115
14. Ortega-Molina A., Boss I., Canela A. et al. The histone lysine methyltransferase KMT2D sustains a gene expression program that represses B cell lymphoma development. Nat Med 2015;21:1199— 208. DOI: 10.1038/nm.3943. DOI: 10.1038/nm.3943
15. Garbati M.R., Thompson R.C., Haery L., Gilmore T.D. A rearranged EP300 gene in the human B-cell lymphoma cell line RC-K8 encodes a disabled transcriptional co-activator that contributes to cell growth and oncogenicity. Cancer Letters 2011;302:76-83.
DOI: 10.1016/j.canlet.2010.12.018
16. Hu B., Lin J.-Z., Yang X.-B., Sang X.-T. The roles ofmutated SWI/SNF complexes in the initiation and development of hepatocellular carcinoma and its regulatory effect on the immune system: A review. Cell Proliferation 2020;00:e12791.
DOI: 10.1111/cpr.12791
17. Schmitz N., Nickelsen M., Savage K.J. Central nervous system prophylaxis for aggressive B-cell lymphoma: who, what, and when? Hematol Oncol Clin North Am 2016;30:1277-91.
DOI: 10.1016/j.hoc.2016.07.008
18. Karube K., Enjuanes A. Integrating genomic alterations in diffuse large B-cell lymphoma identifies new relevant pathways and potential therapeutic targets. Leukemia 2018;32(3):675-84. DOI: 10.1038/leu.2017.251
19. Schmitz R., Wright G.W. Genetics and pathogenesis of diffuse large B-Cell lymphoma. N Engl J Med 2018;378(15):1396-407.
DOI: 10.1056/NEJMoa1801445
20. Jardin F. Next generation sequencing and the management of diffuse large B-cell lymphoma: from whole exome analysis to targeted therapy. Discov Med 2014;18(97):51-65.
21. Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Voevoda M.I., Maksimov V.N. Frequency, spectrum and the functional significance of mutations in TP53 gene in patients with diffuse large B-cell lymphoma. Mol Biol (Mosk) 2017;51(1):64v72. DOI: 10.7868/S0026898416060227
22. cBioPortal for Cancer Genomics. Available at: https://www.cbioportal.org/.
23. Chapuy B., Stewart C., Dunford A.J. et al. Molecular subtypes of diffuse large B cell lymphoma are associated with distinct pathogenic mechanisms and outcomes. Nat Med 2018;24:679-90. DOI: 10.1038/s41591-018-0016-8
24. Lauw M.I.S., Lucas C.-H.G., Ohgami R.S., Wen K.W. Primary central nervous system lymphomas: a diagnostic overview of key histomorphologic, immunophenotypic, and genetic features. Diagnostics (Basel) 2020;10(12):1076.
DOI: 10.3390/diagnostics10121076
25. deGroen R.A.L., Schrader A.M.R., Kersten M.J. et al. MYD88 in the driver's seat of B-cell lymphomagenesis: from molecular mechanisms to clinical implications. Haematologica 2019;104(12):2337-48. DOI: 10.3324/haematol.2019.227272
26. Wright G.W., Huang D.W., Phelan J.D. et al. A probabilistic classification tool for genetic subtypes of diffuse large B cell lymphoma with therapeutic implications. Cancer Cell 2020;37(4):551-68 e514. DOI: 10.1016/j.ccell.2020.03.015
27. Wagener R., Seufert J. The mutational landscape of Burkitt-like lymphoma with 11q aberration is distinct from that of Burkitt lymphoma. Blood 2019;133(9):962-6.
DOI: 10.1182/blood-2018-07-864025
28. Smith M.C., Kressin M.K., Crawford E. et al. B lymphoblastic leukemia with a novel t(11;15) (q23;q15) and unique Burkittoid morphologic and immunophenotypic findings in a 9-year-old boy. Lab Med Fall 2015;46(4):320-6.
DOI: 10.1309/LM0BOC84GSQGHYKD
29. Greenough A., Dave S.S. New clues to the molecular pathogenesis of Burkitt lymphoma revealed through next-generation sequencing. Curr Opin Hematol 2014;21(4):326-32.
DOI: 10.1097/MOH.0000000000000059
30. Giulino-Roth L., Wang K. Targeted genomic sequencing
of pediatric Burkitt lymphoma identifies recurrent alterations in antiapoptotic and chromatin-remodeling genes. Blood 2012;120(26):5181-4. DOI: 10.1182/blood-2012-06-437624.
31. Love C., Sun Z., Jima D. et al. The genetic landscape of mutations in Burkitt lymphoma. Nat Genet 2012;44(12):1321-5.
DOI: 10.1038/ng.2468
32. Helming K.C., Wang X. Vulnerabilities of mutant SWI/SNF complexes in cancer. Cancer Cell 2014;26(3):309-17. DOI: 10.1016/j.ccr.2014.07.018
33. Bogershausen N., Wollnik B. Mutational landscapes and phenotypic spectrum of SWI/SNF-related intellectual disability disorders. Front Mol Neurosci 2018;11:252. DOI: 10.3389/fnmol.2018.00252
34. Dhodapkar M.V. Navigating the Fas lane to improved cellular therapy for cancer. J Clin Invest 2019;129(4):1522-3.
DOI: 10.1172/JCI127581
35. Rimsza L.M., Roberts R.A., Campo E. et al. Loss of major histocompatibility class II expression in non-immune privileged site diffuse large B cell lymphoma is highly coordinated and not due
to chromosomal deletions. Blood 2006;107:1101-7. DOI: 10.1182/blood-2005-04-1510
36. Blagih J., Buck M.D. p53, cancer and the immune response. J Cell Sci 2020;133(5):jcs237453. DOI: 10.1242/jcs.237453
37. Cortez M.A., Ivan C., Valdecanas D. et al. PDL1 regulation by p53 via miR-34. J Natl Cancer Inst 2016;108:djv303..
DOI: 10.1093/jnci/djv303
38. Broseus J., Chen G., Valdecanas D. et al. Relapsed diffuse large B-cell lymphoma present different genomic profiles between early and late relapses. Oncotarget 2016;7(51):83987-4002.
DOI: 10.18632/oncotarget.9793
39. Lee B., Lee H., Cho J. et al. Mutational profile and clonal evolution of relapsed/refractory diffuse large B-cell lymphoma. Front Oncol 2021;11:628807. DOI: 10.3389/fonc.2021.628807
40. Coccaro N., Anelli L., Zagaria A. et al. Molecular complexity
of diffuse large B-cell lymphoma: can it be a roadmap for precision medicine? Cancers 2020;12(1):185. DOI: 10.3390/cancers12010185
41. Angeli E., Nguyen T.T., Janin A. et al. How to make anticancer drugs cross the blood-brain barrier to treat brain metastases. Int J Mol Sci 2019;21(1):22. DOI: 10.3390/ijms21010022
42. Tsang M., Rubenstein J.L., Rubenstein J.L. Primary central nervous system lymphoma in older adults and the rationale for maintenance strategies: a narrative review. Ann Lymphoma 2021;5:25.
DOI: 10.21037/aol-20-43
43. Mukasa A. Genome medicine for brain tumors: current status and future perspectives. Neurol Med Chir 2020;60(11):531-42.. DOI: 10.2176/nmc.ra.2020-0175
44. Haile W.B., Gavegnano C., Tao S. et al. The Janus kinase inhibitor ruxolitinib reduces HIV replication in human macrophages and ameliorates HIV encephalitis in a murine model. Neurobiol Dis 2016;92(Pt. B):137-43. DOI: 10.1016/j.nbd.2016.02.007
45. Annese T., Tamma R., De Giorgis M. et al. RNAscope dual ISH-IHC technology to study angiogenesis in diffuse large B-cell lymphomas. Histochem Cell Biol 2020;153(3):185-92.
DOI: 10.1007/s00418-019-01834-z
46. Rubenstein J.L., Geng H., Frayer E.J.. et al. Phase 1 investigation of lenalidomide/rituximab plus outcomes
of lenalidomide maintenance in relapsed CNS lymphoma.
Blood Adv 2018;2(13):1595-607.
DOI: 10.1182/bloodadvances.2017014845
47. Ghesquieres H., Chevrier M., Laadhari M. et al. Lenalidomide in combination with intravenous rituximab (REVRI) in relapsed/ refractory primary CNS lymphoma or primary intraocular lymphoma: a multicenter prospective 'proof of concept' phase II study of the French Oculo-Cerebral lymphoma (LOC) Network and the Lymphoma Study Association (LYSA). Ann Oncol 2019;30(4):621-8. DOI: 10.1093/annonc/mdz032
48. De Groen R.A.L., Schrader A.M.R., Kersten M.J. et al. MYD88 in the driver's seat of B-cell lymphomagenesis: from molecular mechanisms to clinical implications. Vermaat Haematologica 2019;104(12):2337-48. DOI: 10.1093/annonc/mdz032
49. Wudhikarn K., Pennisi M., Garcia-Recio M. et al. DLBCL patients treated with CD19 CAR T cells experience a high burden of organ toxicities but low nonrelapse mortality. Blood Adv 2020;4(13):3024-33.
DOI: 10.1182/bloodadvances.2020001972
50. Nayak L., Iwamoto F.M., LaCasce A. et al. PD-1 blockade with nivolumab in relapsed/refractory primary central nervous system and testicular lymphoma. Blood 2017;129(23):3071-3.
DOI: 10.1182/blood-2017-01-764209
51. Grommes C., Nayak L., Tun H.W., Batchelor T.T. Introduction of novel agents in the treatment of primary CNS lymphoma. Neuro Oncol 2019;21(3):306-13.
DOI: 10.1093/neuonc/noy193
52. Wellenstein M.D., de Visser K.E. Cancer-cell-intrinsic mechanisms shaping the tumor immune landscape. Immunity 2018;48(3): 399-416. DOI: 10.1016/j.immuni.2018.03.004
53. Яшин К.С., Медяник И.А. Иммунотерапия злокачественных опухолей головного мозга (обзор). СТМ 2014;6(4):189-200. Yashin K.S., Medyanik I.A. Immunotherapy of malignant
brain tumors (review). STM = Modern Technologies in Medicine 2014;6(4):189-200. (In Russ.).
СЧ СЧ
о
СЧ
>-
(J
о
—I
о и z о
ОС <
о ж
to
< >
а
<
о m
а.
в;
£ m
о ж.
U >
Благодарность. Авторы выражают благодарность Штокало Дмитрию Николаевичу за поддержку биоинформационной обработки данных высокопроизводительного секвенирования.
Acknowledgment. The authors express their gratitude to Dmitry N. Shtokalo for supporting bioinformatic processing of high-performance sequencing data. Вклад авторов
Е.Н. Воропаева: разработка концепции и дизайна исследования, выполнение секвенирования образцов, анализ и интерпретация данных, написание чернового варианта текста статьи, окончательное одобрение статьи;
Т.И. Поспелова: внесение дополнений в дизайн исследования, анализ и интерпретация данных, научное редактирование; В.С. Карпова: сбор и анализ клинических данных, статистический анализ, анализ и интерпретация данных, научное редактирование; М.И. Чуркина, Т.А. Агеева: сбор биологического материала, обзор публикаций по теме статьи, научное редактирование; Ю.В. Вяткин: биоинформационный анализ полученных данных, научное редактирование;
В.Н. Максимов: обзор публикаций по теме статьи, анализ и интерпретация данных, написание текста статьи, научное редактирование. Authors' contribution
E.N. Voropaeva: development of the concept and design of the study, sequencing of samples, analysis and interpretation of data, writing a draft version of the text of the article,final approval of the article;
T.I. Pospelova: making additions to the research design, data analysis and interpretation, scientific editing; V.S. Karpova: collection and analysis of clinical data, statistical analysis, analysis and interpretation of data, scientific editing; M.I. Churkina, T.A. Ageeva: collection of biological material, review of publications on the topic of the article, scientific editing; Yu.V. Vyatkin: bioinformatic analysis of the data obtained, scientific editing;
V.N. Maksimov: review of publications on the topic of the article, analysis and interpretation of data, scientific editing.
™ ORCID авторов / ORCID of authors см
Е.Н. Воропаева / E.N. Voropaeva: http://orcid.org/0000-0001-7542-7285 Т.И. Поспелова / T.I. Pospelova: http://orcid.org/0000-0002-1261-547 В.С. Карпова / V.S. Karpova: http://orcid.org/0000-0001-6887-3172 М.И. Чуркина / M.I. Churkina: http://orcid.org/0000-0002-1301-5944 00 Т.А. Агеева / T.A. Ageeva: http://orcid.org/0000-0001-7933-8394 >_ В.Н. Максимов / V.N. Maksimov: http://orcid.org/0000-0002-7165-4496 (J
2 Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов. О Conflict of interest. The authors declare that there is no conflict of interest.
Финансирование. Работа выполнена при финансовой поддержке гранта Президента РФ молодым ученым МД-2706.2019.7. Работа выпол-ОС нена в рамках бюджетной темы по Государственному заданию № АААА-А17-117112850280-2.
Funding. The work was performed with the financial support of the grant of the President of the Russian Federation to young scientists MD-2706.2019.7. The work was carried out within the framework of the budget topic under the State task No. AAAAA-A17-117112850280-2.
<
О Ж
Соблюдение прав пациентов и правил биоэтики. Протокол исследования одобрен Комитетом по этике ФГБОУ ВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава России.
Все пациенты подписали добровольное информированное согласие на участие в исследовании. Compliance with patient rights and principles of bioethics. The local ethics committee of the Novosibirsk State Medical University, Ministry of Health l/l of Russia, Ministry of Health of Russia approved the protocol of the study All patients signed an informed consent to participate in the study.
Z <
>
a
<
о
a. те
о ж.
и >
Статья поступила: 16.02.2022. Принята к публикации: 11.06.2022. Article submitted: 16.02.2022. Accepted for publication: 11.06.2022.
