CC BY
6
| ГЕМАТОЛОГИЯ И ТРАНСФУЗИОЛОГИЯ | RUSSIAN JOURNAL OF HEMATOLOGY AND TRANSFUSIOLOGY (GEMATOLOGIYA I TRANSFUSIOLOGIYA) | 2023; ТОМ 68; №2 |
бактериальных инфекций может быть достигнута благодаря использованию молекулярно-генетических методов, которые обладают высокой чувствительностью, быстротой получения результатов и, что немаловажно, не требуют манипуляций с живыми бактериальными культурами.
Цель. Сравнительная оценка выявления возбудителей нозокоми-альных инфекций бактериальной этиологии в биологическом материале молекулярно-генетическим и бактериологическим методами.
Материалы и методы. Исследовано 139 образцов биологического материала, в том числе 99 (71,2%) образцов крови, 20 (14,4%) — бронхоаль-веолярного лаважа, 10 (7,2%) мазков со слизистой оболочки ротоглотки, 6 (4,3%) проб спинномозговой и 3 (2,2%) — плевральной жидкости, 1 (0,7%) соскоб со слизистой оболочки желудка. Выявление ДНК K. pneumoniae, P. aeruginosa, A. baumannii, S. maltophilia, E. faecalis и E. faecium проводили методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуо-ресцентной детекцией в режиме реального времени на амплификаторе «ДТ-прайм» («ДНК-технология», Россия) с использованием наборов реагентов АО «Вектор-Бест» (Россия). При бактериологическом исследовании (БИ) культивирование вышеперечисленных микроорганизмов осуществляли традиционными методами на дифференциально-диагностических средах с коммерческой основой и хромогенных средах (Oxoid, Himedia, Conda, «Микроген»). Бактерии идентифицировали по биохимическим признакам с помощью автоматизированной системы Vitek2-compact (BioMerieux, Франция) и тест-систем Erba-Lachema (Чехия).
Результаты. В 113 (81,3%) биологических образцах бактериологическим и молекулярно-генетическим методами исследуемые
микроорганизмы не выявлены. В 10 (7,2%) случаях обнаружена как ДНК одного из видов бактерий, так и выделение в культуре, в 2 из них дополнительно определена ДНК второго возбудителя (E. faecalis) с отсутствием роста при БИ. В 8 (5,8%) образцах культуральный метод выявил наличие одного из патогенов, в 5 из которых ДНК не обнаружена, в 3 случаях при выявлении ДНК K. pneumoniae получен сомнительный результат (ниже диагностически значимого предела). При отсутствии роста микроорганизмов в посеве 5 (3,6%) проб содержали ДНК: в 3 образцах — E. faecium, в 1 — K. pneumoniae и в 1 — K. pneumoniae, A. baumannii, S. maltophilia, в 2 (1,4%) случаях ПЦР показала сомнительный результат (K. pneumoniae). Возможно, это связано с гибелью бактерий и неэлимини-рованной ДНК патогена в результате антимикробной терапии. В 1 образце разными методами выявлен возбудитель с различной видовой принадлежностью: БИ определило рост E. faecalis, ПЦР — ДНК E. faecium.
Заключение. Применение молекулярно-генетических методов с целью ранней идентификации возбудителей бактериальных инфекций у онкогематологических больных позволит своевременно определить показания для назначения адекватной противомикробной терапии. Высокая сопоставимость (88,5%) с результатами БИ и чувствительность ПЦР при исследовании различных образцов биологического материала подтверждает взаимосвязь применения данных методов в диагностике патогенных микроорганизмов для предупреждения тяжелых инфекционных осложнений у пациентов с заболеваниями системы крови.
Клясова ПА.1, Хрульнова С.А.1, Фёдорова А.В.1, Фролова И.Н.1, Ветохина А.В.2, Капорская Т.С.2, Молчанова И.В.3, Куцевалова О.Ю.4
ЭВОЛЮЦИЯ ГРАМОТРИЦАТЕЛЬНЫХ БАКТЕРИИ В ЭТИОЛОГИИ ИНФЕКЦИИ КРОВОТОКА У БОЛЬНЫХ С ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИМИ ЗАБОЛЕВАНИЯМИ. РЕЗУЛЬТАТЫ МНОГОЦЕНТРОВОГО ИССЛЕДОВАНИЯ
1ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, г. Москва, 2ГБУЗ «Иркутская ордена "Знак Почета" областная клиническая больница», г. Иркутск, 3ГБУЗ «Челябинская областная клиническая больница», г. Челябинск, 4ФГБУ «НМИЦ онкологии» Минздрава
России, г. Ростов-на-Дону
Введение. В последние годы наблюдаются изменения в структуре грамотрицательных (ГО) возбудителей инфекций кровотока (ИК).
Цель. Изучить распределение грамотрицательных бактерий и генов карбапенемаз среди ЕП:егоЬаС:ега^ у больных с ИК и гематологическими заболеваниями в разные временные периоды.
Материалы и методы. В проспективное многоцентровое исследование были включены ГО бактерии, выделенные из гемокультуры
Таблица 1. Видовое распределение грамотрицательных микроорганизмов при инфекциях кровотока
Грамотрицательные микроорганизмы 2003-2008 гг, N=818 2009-2014 гг, N=842 2015-2020 гг, N=934 2021-2022 гг, N=319 ВСЕГО, N=2913
Escherichia coli 294 (35,9) 284 (33,7) 341 (36,5) 114(35,7) 1033 (35,5)
БЛРС 97 (33) 107 (37,7) 158 (46,3) 46 (40,4) 408 (39,5)
CPE 0* 0 3 (0,9) 16(14)* 19(1,8)
из них СРЕ+БЛРС 0* 0 3 (0,9) 14(12,3)* 17(1,6)
Klebsiella pneumoniae 131 (16)* 183 (21,7) 261 (28) 97 (30,4)* 672(23,1)
БЛРС 77 (58,8)* 114 (62,3) 96 (36,8) 26 (26,8)* 313 (46,6)
CPE 3 (2,3)* 16(8,7) 97 (37,2) 45 (46,4)* 161 (24)
из них СРЕ+БЛРС 3 (2,3)* 16 (8,7) 94 (36) 31 (32)* 144(21,4)
Pseudomonas aeruginosa 126 (15,4) 139(16,5) 129(13,8) 50 (15,7) 444 (15,2)
R к карбапенемам 55 (43,7)* 66 (47,5) 43 (33,3) 9(18)* 173 (39)
Enterobacter cloacae complex 65 (8)* 48 (5,7) 65 (7) 13 (4,1)* 191 (6,6)
Stenotrophomonas maltophilia 41 (5)* 41 (4,9) 18(1,9) 6(1,9)* 106 (3,6)
Acinetobacter baumannii 36 (4,4) 36 (4,3) 38(4,1) 10(3,1) 120(4,1)
R к карбапенемам 23 (63,9)* 26 (72,2) 37(97,4) 10(100)* 96 (80)
другие Enterobacterales 53 (6,5) 50 (6) 47 (5) 22 (6,9) 172 (5,9)
другие неферментирующие бактерии 71 (8,7)* 55 (6,5) 31 (3,3) 5 (1,6)* 162 (5,6)
Другие грамотрицательные 1 (ОД) 6 (0,7) 4 (0,4) 2 (0,6) 13 (0,4)
Примечание. БЛРС - бета-лактамазы расширенного спектра, CPE - carbapenemases producing Enterobacterales, R - резистентные, *p<0,05,
от больных, находившихся на стационарном лечении в 7 учреждениях 5 городов России (2003—2022 гг.). Идентификацию бактерий проводили методом времяпролетной масс-спектрометрии. Чувствительность оценивали согласно критериям CLSI (2021). Детекция генов карба-
пенемаз (групп blaKPQ> ^ох^^ bla\MP blaV\M и blaNDM) была проведена
с помощью ПЦР в режиме реального времени с использованием коммерческих наборов. Генотипирование проводили методом мультило-кусного секвенирования-типирования (МЛСТ).
Результаты. В период с 2003 г. по 2022 г. было выделено 2913 ГО бактерий из гемокультуры. Среди них доминировали Escherichia coli (35,5%), Klebsiella pneumoniae (23,1%), Pseudomonas aeruginosa (15,2%), Enterobacter spp. (6,6%), Stenotrophomonas maltophilia (3,6%) и Acinetobacter baumannii (4,1%), таблица 1. При сравнении разных периодов было отмечено достоверное увеличение K. pneumoniae с 16%
(2003-2008 гг.) до 30,4% (2021-2022 гг., 7=0,0001) за счет штаммов с продукцией карбапенемаз с 2,3 до 46,4% (7=0,0001). В структуре ГО доля E. coli не изменилась, но среди них достоверно увеличились штаммы с продукцией карбапенемаз (0,9% против 14%, 7=0,0001). Выделение P. aeruginosa было сопоставимым в течение всего периода исследования и составляло около 15%, детекция Acinetobacter baumannii также была неизменной. В анализируемый период было отмечено снижение Enterobacter spp. c 8 до 4% (/7=0,019), Stenotrophomonas maltophilia с 5 до 1,9% (7=0,019) и других неферментирующих бактерий с 8,7 до 1,6% (p<0,0001). Резистентность к карбапенемам среди P. aeruginosa снизилось с 43,7 до 18% (7=0,0016), а у A. baumannii возросла с 63,9 до 100% (7=0,042). Гены карбапенемаз были выявле-ны среди 183 Enterobacterales, включая K. pneumoniae (n=161, 88%), E. coli (n=19; 10,4%), Serratia marcescens (n=4; 2,2%), E. cloacae (n=1; 0,5%). В таблице 2 представлено распределение генов карбапенемаз
ПРИЛОЖЕНИЕ 1
Таблица 2. Распределение групп карбапенемаз среди Enterobacterales
у Enterobacterales. Среди генов карбапенемаз преобладали группы OXA-48 (77,6%), далее следовали группы NDM (23,5%), KPC (13,1%), VIM (1,6%). За анализируемый период достоверно возросла детекция генов группы NDM с 6,4% (2013— 2018 гг.) до 45,9% (2021-2022 гг., ^<0,0001), группы KPC с 1,3% (2013-2018 гг.) до 31,1% (2021-2022 гг., ^<0,0001), а также сочетания генов с 6,4% до 23% (^=0,006), в то время как детекция генов OXA-48 снизилась с 91,7 до 49,2% (^=0,009).
Заключение. Среди грамотрицательных возбудителей инфекций кровотока отмечено существенное увеличение доли K. pneumoniae за счет штаммов с продукцией карбапенемаз, причем в последние годы K. pneumoniae стали занимать конкурирующую позицию с E. coli. Отмечена тенденция к увеличению E. coli c продукцией карбапенемаз, и за этими штаммами необходимо дальнейшее наблюдение. Неизменной отмечена по- генов карбапенемаз у Enterobacterales, которое заключается в увеличе-зиция P. aeruginosa в структуре возбудителей. Изменилось соотношение нии групп NDM, KPC, сочетаний и снижении OXA-48.
Гены карбапенемаз Периоды исследования Всего N=183
2007-2012 11=12 2013-2018 п=78 2019-2020 п=32 2021-2022 11=61
ОХА-48 11 (91,7)* 74 (94,9) 27 (84,4)* 30 (49,2)* 142 (77,6)
NDM 0 5 (6,4)* 10(31,3)* 28 (45,9)* 43 (23,5)
КРС 1 (8,3) 1 (13)* 3 (9,4)* 19(31,1)* 24(13,1)
VIM 0 3 (3,8) 0 0 3 (1,6)
Сочетание 0 5 (6,4)* 7 (21,9)* 14 (23,0)* 26 (14,2)
Примечание: *р <0,05
Клясова Г.А., Хрульнова С.А., Мальчикова А.О., Федорова А.В., Новикова А.А., Паровичникова Е.Н.
ВЫЖИВАЕМОСТЬ ПАЦИЕНТОВ С ИНФЕКЦИЕЙ КРОВОТОКА, ВЫЗВАННОЙ KLEBSIELLA PNEUMONIAE С ПРОДУКЦИЕЙ
КАРБАПЕНЕМАЗ, В ЗАВИСИМОСТИ ОТ ГЕНЕТИЧЕСКИХ МАРКЕРОВ
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, г. Москва
Введение. В последние годы увеличилась доля Klebsiella pneu-moniae с продукцией карбапенемаз в этиологии инфекций кровотока, для которых характерным является не только множественная устойчивость к антибиотикам, но и наличие генов вирулентности и принадлежность к определенным генетическим линиям.
Цель. Оценить выживаемость у пациентов с инфекцией кровотока, вызванной Klebsiella pneumoniae с продукцией карбапенемаз, в зависимости от генетических маркеров.
Материалы и методы. Материалом исследования были K. pneumoniae, выделенные из гемокультуры от больных, находившихся на стационарном лечении в НМИЦ гематологии с 2016 по 2022 г. Детекция генов карбапенемаз (групп blaKpc, blaOXA 48, blaIMp, blaVIM и blaNDM) была проведена методом ПЦР в режиме реального времени с использованием коммерческих наборов. Гены вирулентности и капсульные типы исследовали с помощью ПЦР. Для характеристики клональной структуры популяции использовали метод мультилокусного секвени-рования-типирования (МЛСТ) (https://bigsdb.web.pasteur.fr/klebsiella/ klebsiella.html). При выделении из гемокультуры K. pneumoniae с продукцией карбапенемаз назначали цефтазидим/авибактам в сочетании с колистином, при детекции металлоферментов дополнительно назначали азтреонам, у части больных использовали комбинацию меропе-нема (6 г/сут) в сочетании с колистином. Выживаемость оценивали в течение 30 дней от даты выделения K. pneumoniae из гемокультуры.
Результаты. В проспективное исследование был включен 81 боль -ной (49 мужчин, 32 женщины) с инфекцией кровотока, вызванной K. pneumoniae с продукцией карбапенемаз, медиана возраста — 47 лет. Среди вариантов гематологического заболевания преобладал острый миелоидный лейкоз (29,6%, n=24), неходжкинские лимфомы (28,4%, n=23) и острый лимфобластный лейкоз (14,8%, n=12), другие заболевания составили 27,2% (n=22). Молекулярно-генетическая характеристика K. pneumoniae, выделенных из гемокультуры, представлена в табл. Отмечено преобладание групп карбапенемаз OXA-48 (77,8%), принадлежность к сиквенс-типу (ST) 395 (37%). Гены вирулентности были определены среди 66,7% штаммов с преобладанием у них 2-3 одновременно детектируемых генов (75,9%), доминировали капсуль-ный тип К57 и К2. На 30-й день была зафиксирована летальность у 37 (45,7%) из 81 пациентов. Выживаемость при инфекции кровотока, вызванной карбапенемазопродуцирующими K. pneumoniae, в зависимости от генетических маркеров представлена на рис. Не было выявлено достоверных отличий по выживаемости в зависимости от детектируемых групп карбапенемаз, от факта наличия (46%) и отсутствия генов вирулентности (66%). Выживаемость была достоверно ниже при детекции более 2 генов вирулентности (23,6%) в сравнении с их отсутствием (66%) или обнаружения 1 гена (61%), в случаях принадлежности K. pneumoniae к ST23 (15%) против ST395 (79,2%), детекции
капсульного типа К57 (15%) в сравнении с К2 (72%) или их отсутствием (58,9%).
Заключение. Выживаемость при инфекции кровотока, вызванной K. pneumoniae с продукцией карбапенемаз, определена достоверно ниже при детекции трех и более генов вирулентности, принадлежности к ST23 и капсульному типу К57.
Таблица. Молекулярно-генетическая характеристика карбапенемазопродуцирующих Крпеитотае, выделенных из гемокультуры у больных с гематологическими заболеваниями
Показатель К.рпеитопгае, п (%) Всего 81
Группы ген карбапенемаз
Моно вариант 66 (81,5)
ОХА-48 49 (60,5)
КРС 13 (16,0)
NDM 4 (4,9)
Сочетание 15 (18,5)
OXA-48+NDM 11 (13,6)
ОХА-48 + КРС 2 (2,5)
KPC+NDM 1 (1Д)
OXA-48+NDM + КРС 1 (1,2)
Сиквенс-типы
ST395 30 (37,0)
ST23 16 (19,8)
ST101 9(11,1)
Другие (ST874, ST512, ST147, 26 (32,1)
ST377, ST11, ST307, ST13,
ST15, ST39, ST258)
Гены вирулентности
Есть 54 (66,7)
Нет 27 (33,3)
Число генов вирулентности
2 27/54 (50)
3 14/54 (25,9)
4 7/54 (13,0)
1 5/54 (9,3)
5 1/54 (1,9)
Капсульный тип
К57 16 (19,8)
К2 15 (18,5)
