CC BY
12ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
© Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Писанов Р.В., 2020
Ц) Check for Updates (сс) ©
Выявление штаммов Vibrio cholerae «гаитянской» группы с помощью полимеразной цепной реакции на основе INDEL-типирования
Водопьянов А.С.Н, Водопьянов С.О., Олейников И.П., Писанов Р.В.
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, 344019, Ростов-на-Дону, Россия
Цель работы состояла в целенаправленном поиске генетического INDEL-маркера «гаитянской» группы штаммов холерных вибрионов, позволяющего проводить их идентификацию методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).
Материалы и методы. Для поиска INDEL-маркеров использованы полученные из системы GenBank данные полногеномного секвенирования штаммов Vibrio cholerae El Tor, изолированных на разных континентах в различные годы. Для анализа применяли авторское программное обеспечение, написанное на языке программирования Java. Для картографирования использована система NextGIS.
Результаты и обсуждение. Установлено, что делеция 8 нуклеотидов в гене VCA1095, расположенном на малой хромосоме и кодирующем chemotaxis protein CheA, является характерным генетическим признаком «гаитянской» группы штаммов. Разработаны праймеры для выявления данной делеции в ПЦР. Заключение. Разработана методика выявления штаммов холерных вибрионов «гаитянской» группы на основе анализа INDEL-маркеров и показано распределение таких штаммов в мире до и после 2010 г.
Ключевые слова: холера; генотипирование; холерный токсин; CTX; полимеразная цепная реакция; INDEL.
Источник финансирования. Авторы заявляют об отсутствии финансирования при проведении исследования.
Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.
Для цитирования: Водопьянов A.C., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Писанов Р.В. Выявление штаммов Vibrio cholerae «гаитянской» группы с помощью полимеразной цепной реакции на основе INDEL-типирования. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97(3): 265-270. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-2020-97-3-9
Поступила 22.12.2019 Принята в печать 18.03.2020
Identification of Vibrio cholerae Strains of the «Haitian» Group by PCR Based on INDEL-Typing
Alexey S. Vodop'yanov0, Sergey O. Vodop'yanov, Igor P. Oleynikov, Ruslan V. Pisanov
Rostov-on-Don Research Institute for Plag ue Control, Russia, 344019, Rostov-on-Don
The aim of the work was to find a genetic INDEL-marker of the Haitian group of Vibrio cholerae strains, what allow carrying out their identification by means PCR.
Materials and methods. For searching INDEL-markers we used the data from GenBank database on complete genomic sequences of V. cholerae strains El Tor isolated in different continents in different years. For the analysis we used the author's software written in the Java programming language. The NextGIS system was used for mapping.
Results and discussion. We found that the deletion of 8 nucleotides in the gene VCA1095 located on a small chromosome and encoding chemotaxis protein CheA is a characteristic genetic feature of the «Haitian» group strains. Primers have been developed to detect this deletion in PCR.
Conclusion. The method of detection of strains of cholera vibrions «Haitian group» on the basis of INDEL-markers was developed and the distribution of such strains in the world before and after 2010 was shown.
Keywords: cholera; genotyping; cholera toxin; CTX; PCR; INDEL. Acknowledgments. The study had no sponsorship.
Conflict of interest. The authors declare no apparent or potential conflicts of interest related to the publication of this article.
ORIGINAL RESEARCHES
For citation: Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Oleynikov I.P., Pisanov R.V. Identification of Vibrio cholerae strains of the «Haitian» group by PCR based on INDEL-typing. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2020; 97(3): 265-270. (In Russ.). DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-2020-97-3-9
Received 22 December 2019 Accepted 18 March 2020
Расследование вспышек опасных инфекционных заболеваний требует разработки эффективных методик внутривидовой дифференцировки возбудителей и поиска генетических маркеров групп штаммов, имеющих большое эпидемиологическое значение. Так, полногеномное секвенирование штаммов Vibrio cholerae, вызвавших масштабную вспышку холеры на о. Гаити в 2010 г., позволило выявить единичные нуклеотидные замены (SNP) в гене ctxB, что привело к появлению штаммов с уникальным генотипом B7, характеризующихся повышенной вирулентностью [1, 2]. Впоследствии для выявления штаммов, несущих холерный токсин «гаитянского» типа (B7), была разработана аллель-специфичная полимеразная цепная реакция (ПЦР) [3]. Однако использование для дифференциации штаммов лишь нескольких SNP в гене ctxB, на наш взгляд, является ненадежным методом ввиду возможности появления новых нуклеотидных замен в гене холерного токсина.
Одним из простых и удобных методов при учете результатов генотипирования с помощью ПЦР является изучение полиморфизма INDEL-маркеров. Так, разработаны схемы INDEL-генотипирования возбудителя туляремии [4] и холеры [5, 6]. Недавно предложена схема генотипирования штаммов Y pestis на основе INDEL-маркеров, позволяющая быстро определять биовар с помощью ПЦР [7]. В связи с этим цель настоящего исследования состояла в целенаправленном поиске INDEL-маркера «гаитянской» группы штаммов, позволяющего проводить надежную идентификацию этих штаммов в биологическом материале методом ПЦР с электрофорети-ческим учетом результатов.
Материалы и методы
Для поиска INDEL-маркеров использованы геномы «гаитянских» штаммов V. cholerae El Tor HC-38A1, HC-06A1, HC-23A1, HC-28A1, HC-43A1, HC-61A1, HC-48B2 и геномы штаммов, изолированных на разных континентах ранее (V. cholerae El Tor N16961, O395, A186, A60, A217, CRC1106, E506, E1162, M2140, E9120, 16241D, 41D, 169D, 1270D). Наименования генов и позицию INDEL-марке-ра указывали по референсному геному штамма V. cholerae N16961 (GenBank Accession Number NC002505.1 и NC002506.1). Сборку геномов, представленных в виде ридов, проводили с использованием программы «Spades» [8]. Для анализа применяли авторское программное обеспечение
GeneExpert, PrimerM и VirtualPCR, написанное на языке программирования Java, для картографирования — систему NextGIS. Встречаемость маркера в популяции V. cholerae оценивали по локальной базе данных, содержащей 900 геномов.
ДНК выделяли с использованием коммерческих наборов реагентов «Проба НК» («ДНК-технология») и «ДНК-Сорб-В» («АмплиСенс»).
ПЦР проводили в объеме 15 мкл в полистироловых микроцентрифужных пробирках на программируемом многоканальном термоциклере «Терцик» («ДНК-технология»). Инкубационная смесь (15 мкл) для ПЦР содержала 20 мМ трис-НС1, рН 8,6; 7 мМ MgCI2, 10 мМ (NH4)2SO4, 0,5 мМ ЭДТА, 100 мкг/мл бычьего сывороточного альбумина, по 250 мкМ каждого из дезоксинуклеозидтрифосфатов, 0,1-1,0 мкМ соответствующего праймера, 2 ед. Taq-полимеразы и 1-10 нг хромосомальной ДНК исследуемого штамма. Режим амплификации после внесения минерального масла: денатурация — 94°С, 35 с, отжиг — 60°С, 25 с, синтез — 72°С, 35 с (всего 40 циклов).
Валидацию размера ампликонов INDEL-маркера «1095» проводили с помощью автоматической электрофорезной станции «Experion™» («BioRad») с применением набора «Experion DNA 1K reagent and Supplies for 10 chips» согласно инструкции производителя.
Детекцию ампликонов и разделение аллелей по заданному локусу осуществляли в неденатуриру-ющем 11% полиакриламидном геле (ПААГ) (2 мкл постреакционной смеси на дорожку геля, длина геля 15 см, 15-20 В/см). В качестве аллельного ладдера использовали смесь всех выявленных аллелей анализируемого локуса. Генотип штамма определяли путем сопоставления длины пробега полученных ампликонов аллелей с ладдерной ДНК после окрашивания геля бромистым этидием (1 мкг/мл) и визуализации в проходящем ультрафиолете (220 нм) трансиллюминатора «ViberLaurmat» («LKB»).
Результаты и обсуждение
Первый этап работы выполняли в программе «GeneExpert», сравнивая попарно все INDEL-мар-керы в открытых рамках считывания в геномах штаммов, обусловивших эпидемические осложнения по холере на о. Гаити и имеющих «гаитянский» вариант (B7) гена ctxB [2]. Это позволило оставить для дальнейшего анализа только стабильные INDEL-полиморфизмы, которые были одинаковы у всех изученных «гаитянских» штаммов.
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Второй этап работы заключался в сравнительном анализе INDEL-маркеров, отобранных на первом этапе, и аналогичных маркеров токсигенных штаммов V. cholerae, выделенных до 2010 г. Это позволило установить, что делеция 8 нуклеотидов в гене VCA1095 (в позиции 422-429), расположенном на малой хромосоме и кодирующем Chemotaxis protein CheA, присутствует у всех «гаитянских» и отсутствует у других токсигенных (ctxAB+) штаммов.
На третьем этапе работы с помощью авторской программы «PrimerM» нами были сконструированы праймеры (прямой 5'-ccatcagtctgcctctgacac-3', обратный 5'-ttcgacaatcgtcagtagcg-3'), фланкирующие INDEL-маркер «1095», что дало возможность выявлять его в ПЦР in silico. Для этой цели нами были получены данные полногеномного секвенирования из базы данных GenBank. Обращает на себя внимание, что геномы некоторых штаммов, выделенных в последние годы, представлены только в виде первичных данных секвенирования (ридов), что побудило нас самостоятельно провести их сборку в контиги. В локальной базе полных геномов, использованных на этом этапе работы, была информация о 900 геномах штаммов V. cholerae, 520 из которых содержали профаг CTX (гены ctxAB).
Анализ локальной базы данных с помощью программы «VirtualPCR» позволил выявить деле-цию 8 п.о. (INDEL-маркер «1095») в гене VCA1095
Таблица 1. Штаммы V. cholerae, выделенные до 2010 г и содержащие «гаитянский вариант» INDEL-маркера «1095»
Table 1. Vibrio cholerae strains, isolated before 2010 year, which contain «Haitian» variant of INDEL-marker «1095»
Штамм Strain Год Year Место выделения штамма Place of strain isolation Тип ctxB [2] Type of ctxB [2]
2009V-1085 2009 США, завоз из Шри-Ланка USA, import from Sri Lanka B7
2009V-1096 2009 США, завоз из Индии USA, import from India B7
2009V-1131 2009 США, завоз из Индии USA, import from India B7
2011EL-1137 2009 Южная Африка South Africa B1
3554-08 2008 США, завоз из Непала USA, import from Nepal B7
IDHO1_726 2009 Индия India B7
4519 2005 Индия India B7
MBN17 2004 Индия India B1
4538 2007 Индия India B7
(«гаитянский вариант») у 184 штаммов, причем ее наличие четко коррелировало с генотипом В7 гена холерного токсина ОхВ. При этом нетоксигенные (с^АВ-) штаммы V. сЫ1егае и штаммы попО1/ попО139 серогруппы имели «дикий» аллель гена VCA1095 (не содержащий делецию 8 п.о.). На наш взгляд, использование сконструированных нами праймеров является более простым и надежным методом выявления штаммов «гаитянской» группы по сравнению с известными приемами секвениро-вания или аллель-специфичной ПЦР [2, 3].
Большой интерес вызвало происхождение штаммов с «гаитянским вариантом» INDEL-марке-ра «1095». Изучение геномов штаммов V. сЫ1егае, представленных в базе GenBank, с помощью программы «VirtнalPCR» позволило выявить его присутствие у 9 штаммов, изолированных до возникновения вспышки на о. Гаити в 2010 г. (табл. 1). Примечательно, что у всех штаммов (кроме 2011EL-1137 и МВШ7) обнаружен ген с1хВ именно «гаитянского генотипа» (В7). Важно отметить, что ранее уже описано обнаружение штаммов, выделенных до 2010 г. и имеющих аллель В7 гена ОхВ [3], что косвенно подтверждает наши данные. Полученные нами результаты позволяют рассматривать штаммы 2011EL-1137 и МВШ7 как своего рода «прегаитянские».
Не менее интересным является анализ штаммов V. сЫ1егае, выделенных после 2010 г. на о. Гаити. Использование программы «^ГнаШСИ» позволило выявить 74 штамма V. с^1егае, несущих «гаитянский вариант» гена VCA1095 с наличием INDEL-маркера «1095» (примеры приведены в табл. 2). Обращает на себя внимание, что именно эти штаммы были занесены в города Мариуполь (2011 г.) и Москва (2012 г.). Именно в этот период в Ростове-на-Дону были выделены токсигенные штаммы, не содержащие INDEL-маркер «1095» в локусе VCA1095 и имеющие ОхВ генотипа В3, что подтверждает циркуляцию в настоящее время штаммов «гаитянского» и других генотипов. Также необходимо отметить, что штаммы, ежегодно выделяемые от людей в округе Дели (Индия) и полученные при вспышке холеры в Республике Йемен, тоже несут «гаитянский вариант» гена VCA1095 с наличием INDEL-маркера «1095» и сХхВ, несущих аллель В7 [9].
Размер описываемой делеции в гене VCA1095 составляет 8 нуклеотидов, что не кратно стандартному кодирующему триплету, ее появление в геноме «гаитянских» штаммов приводит к сдвигу рамки считывания и формированию стоп-кодона (рис. 1). Таким образом, согласно данным биоинформационного анализа, делеция 8 п.о. приводит к синтезу трункированного протеина размером 626 аминокислот против 720 аминокислот у штаммов «дикого» варианта. Судя по широкому распространению данной делеции, в популяции она, возможно, способствует выживанию вибрионов.
ORIGINAL RESEARCHES
Таблица 2. Штаммы V. cholerae, выделенные после 2010 г., содержащие «гаитянский» аллель INDEL-марке-ра «1095»
Table 2. V. choleraе strains, isolated after 2010 year, which contain «Haitian» variant of INDEL-marker «1095»
Год выделения Isolation year
Место выделения, по данным GenBank Place of strain isolation based on GenBank data
2011
2011 2011
2011 2012 2012
2013
2014
2014
2015
2015 2015
2015
2015
2016
2016 2016 2017 2017
Доминиканская Республика Dominican Republic
Бангладеш / Bangladesh
Украина, Донецкая область, Мариуполь Ukraine, Donetsk region, Mariupol
Камерун / Cameroon
Гаити / Haiti
Россия, Москва / Russia, Moscow
Индия, штат Керала India, Kerala
Гаити, Юго-Восточный департамент Haiti, South-Eastern Department
Уганда / Uganda
Танзания, Сингида Tanzania, Singida
Танзания, Maрa / Tanzania, Mara
Танзания, Дар-эс-Салам Tanzania, Dar es Salaam
Танзания, Морогоро Tanzania, Morogoro
Индия, штат Западная Бенгалия, Калькутта India, West Bengal state, Calcutta
Уганда, Истерн-Уганда, Мбале Uganda, Eastern Uganda, Mbale
Йемен / Yemen
Индия, Дели / India, New Delhi
Йемен / Yemen
Индия, Дели / India, New Delhi
Следующим этапом работы было проведение ПЦР in vitro со сконструированными праймерами, фланкирующими делецию 8 п.о. в гене VCA1095. Проведение электрофореза на ДНК-чипах системы «Experion™» позволило подтвердить соответствие размера полученных ампликонов данным биоинформационного анализа: наличие INDEL-марке-ра «1095» — 87 п.о. и отсутствие INDEL-маркера «1095» — 95 п.о. (нижний и верхний фрагменты на электрофореграмме соответственно).
Для дальнейшей работы нами был составлен аллельный ладдер («аллельная лестница»), содержащий амплифицированные фрагменты обоих аллелей гена VCA1095, что дало возможность проводить учет результатов ПЦР с помощью электрофореза в 11% ПААГ (рис. 2). На наш взгляд, это позволяет рекомендовать разработанную пару праймеров для быстрой идентификации штаммов «гаитянского» типа методом ПЦР.
Нам представлялось интересным изучить штаммы V. cholerae, для которых ранее были получены противоречивые результаты при проведении исследования разными группами авторов. Так, ранее анализ данных полногеномного секвениро-вания позволил выявить, что изоляты V. cholerae O1 № 19187 и 19188, выделенные в 2010 г. в Москве, согласно данным SNP-типирования относятся к штаммам «гаитянской группы» [10]. Однако при анализе с использованием другого набора SNP указанные штаммы попали в группу «непальских штаммов», дистанцированную от штаммов, вызвавших вспышку на о. Гаити [11]. Проведение как виртуальной ПЦР in silico, так и последующей ПЦР in vitro позволило установить у данных штаммов наличие «гаитянского варианта» гена VCA1095 с присутствием INDEL-маркера «1095». В пользу
401 BLCGRLGKKV DLSISSEilE LDKTVLERrV DPEVHLVRNG IDHGVEHPDV RLAKSKFEIS VHUOkTHQG GSIIVEISDD GBGIDCDKLW RKKVEKGVLE 500
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I DLCGRLGKKV nLtJIQGEQTE LDKTVLERIV DPLVKLVRHG IDHGVEHPDV RLAKSKFEIS VITLKRFHQG GSIIVEISDD SASIDCDKLK MQWEKGVLE
501 F2I2R5DLID K2IINLIFAF GFSTM.QVSD ISGRGWGMDV VRENIEELGG QIEVDSELGR SSRFIISLFL ILAILDS^SS R53LRHFAID DCRIDSD^HC 600 I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I II I I I
FQISRS^LID KQIINLIFäF GFSTAEQVSD ISGRGTCMDV VRRNIEELSS QIEVDSELGR SSRFIISLFL HJSILDGQLV КЯкЩГГП.'Ё LLTIVESIQI
601 ILFIARRtiYF DFIFAR**** ++++++++++ ++++++++++ ++++++++++ ++++++++++ ++++++++++ + + + + + +++ + + ++++++++++ 7QQ
I II I I I I I I
NTfiSVKHMJG SIELHiLREE NIFILRL£I>E LMiGRSSSLE KRLICFvTSA GHKWGLLVED LLDßßQWIK SLESNYAKVA SISSAIILSD GSVSLILDIP
701 ********** **********
SLIAHFliKRS SSSIIKSKJSA
Рис. 1. Фрагмент выравнивания аминокислотных последовательностей белка, кодируемого геном VCA1095, у штамма V. cholerae HC1037, содержащего «гаитянский вариант» INDEL-маркера «1095» (вверху), и штамма
V. cholerae N16961, не имеющего делеции 8 п.о. (внизу). Звездочками указан отсутствующий фрагмент гена. Fig. 1. Fragment of alignment of amino acid sequences of the protein encoded by the VCA1095 gene in the V. cholerae HC1037 strain containing the «Haitian variant» of the INDEL-marker «1095» (top) and the V. cholerae N16961 strain,
which does not have a deletion of 8 nucleotides (bottom). Asterisks indicate the missing gene fragment.
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
1 2 3 4 5 6 7
Рис. 2. Результат электрофореза в 11% ПААГ продуктов амплификации образцов ДНК V. cholerae со специфическими праймерами, фланкирующими
INDEL-маркер «1095». 3 и 7 — маркеры молекулярного веса, содержащие смесь ампликонов размером 95 и 87 п.о.; 2 и 6 — результат амплификации гена VCA1095, не содержащего INDEL-маркер «1095» (95 п.о.); 1, 4 и 5 — результат амплификации гена VCA1095 «гаитянского» типа (87 п.о.) с наличием INDEL-маркера «1095».
Fig. 2. Results of electrophoresis in 11% PAAG of fragments of V. cholerae DNA amplified with specific primers flanking
the INDEL-marker «1095». 3 and 7 — markers of molecular weight, containing a mixture of amplicons of size alleles 95 and 87 nucleotides; 2 and 6 — the
result of amplification of gene VCA1095 not containing the INDEL-marker «1095» (95 nucleotides); 1, 4 and 5 — the result of amplification of gene VCA1095 «Haitian» type (87 nucleotides) with the presence of the INDEL-marker «1095».
правомочности такого результата свидетельствует наличие у данных штаммов аллеля B7 гена ctxB, что также является признаком «гаитянских» штаммов.
Заключение
В ходе исследования апробирована методика целенаправленного поиска INDEL-маркеров для выявления заранее известной группы штаммов. Обнаружен «гаитянский» вариант гена VCA1095, содержащий INDEL-маркер «1095», являющийся отличительным признаком штаммов, обусловивших эпидемические осложнения по холере на о. Гаити в 2010 г. и в Республике Йемен в 2016-2017 гг. Сконструированы праймеры и подобраны условия для выявления делеции 8 п.о. методом ПЦР, что позволило подтвердить принадлежность штаммов V. cholerae O1 № 19187 и 19188, выделенных в 2010 г. в Москве, к «гаитянской» группе. Показано мировое распространение штаммов, несущих «гаитянский вариант» гена VCA1095 с наличием INDEL-маркера «1095», до и после 2010 г.
ЛИТЕРАТУРА
1. Ghosh P., Sinha R., Samanta P., Saha D.R., Koley H., Dutta S., et al. Haitian variant Vibrio cholerae O1 strains manifest higher
virulence in animal models. Front. Microbiol. 2019; (10): 111. DOI: http://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00111
2. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010; 18(1): 46-54. DOI: http://doi.org/10.1016/j.tim.2009.10.003
3. Naha A., Pazhani G.P., Ganguly M., Ghosh S., Ramamurthy T., Nandy R.K., et al. Development and evaluation of a PCR assay for tracking the emergence and dissemination of Haitian variant ctxB in Vibrio cholerae O1 strains isolated from Kolkata, India. J. Clin. Microbiol. 2012; 50(5): 1733-6.
DOI: http://doi.org/10.1128/JCM.00387-12
4. Larsson P., Svensson K., Karlsson L., Guala D., Granberg M., Forsman M., et al. Canonical insertion-deletion markers for rapid DNA typing of Francisella tularensis. Emerg. Infect. Dis. 2007; 13(11): 1725-32.
DOI: http://doi.org/10.3201/eid1311.070603
5. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Ми-шанькин Б.Н., Крутиков В.Д., Архангельская И.В. и др. INDEL- и VNTR-типирование штаммов Vibrio cholerae, выделенных в 2013 году из объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. Здоровье населения и среда обитания. 2015; (5): 41-4.
6. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Ми-шанькин Б.Н. INDEL-типирование штаммов Vibrio cho-lerœ. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017; 22(4): 195-200.
DOI: http://doi.org/10.18821/1560-9529-2017-22-4-195-200
7. Kutyrev V.V., Eroshenko G.A., Motin V.L., Nosov N.Y., Kras-nov J.M., Kukleva L.M., et al. Phylogeny and Classification of Yersinia pestis through the lens of strains from the plague foci of Commonwealth of Independent States. Front. Microbiol. 2018; 9: 1106.
DOI: http://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01106
8. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A.A., Dvorkin M., Kulikov A.S., et al. SPAdes: A new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012; 19(5): 455-77.
DOI: http://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021
9. Weill F.X., Domman D., Njamkepo E., Almesbahi A.A., Naji M., Nasher S.S., et al. Genomic insights into the 2016-2017 cholera epidemic in Yemen. Nature. 2019; 565(7738): 230-3.
DOI: http://doi.org/10.1038/s41586-018-0818-3
10. Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Мишань-кин Б.Н., Олейников И.П., Кругликов В.Д. и др. Молекулярная эпидемиология Vibrio cholerae - разработка алгоритма анализа данных полногеномного секвенирования. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2016; 21(3): 146-52. DOI: http://doi.org/10.18821/1560-9529-2016-21-3-146-152
11. Kuleshov K.V., Vodop'ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Deviatkin A.A., Kruglikov V.D., et al. Travel-associated Vibrio cholerae O1 El Tor, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2016; 22(11): 2006-8.
DOI: http://doi.org/10.3201/eid2211.151727
REFERENCES
1. Ghosh P., Sinha R., Samanta P., Saha D.R., Koley H., Dutta S., et al. Haitian variant Vibrio cholerae O1 strains manifest higher virulence in animal models. Front. Microbiol. 2019; (10): 111. DOI: http://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00111
2. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y. Evolution of new variants of Vib -rio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010; 18(1): 46-54.
DOI: http://doi.org/10.1016/j.tim.2009.10.003
3. Naha A., Pazhani G.P., Ganguly M., Ghosh S., Ramamurthy T., Nandy R.K., et al. Development and evaluation of a PCR assay for tracking the emergence and dissemination of Haitian variant ctxB in Vibrio cholerae O1 strains isolated from Kolkata, India. J. Clin. Microbiol. 2012; 50(5): 1733-6.
DOI: http://doi.org/10.1128/JCM.00387-12
ORIGINAL RESEARCHES
4. Larsson P., Svensson K., Karlsson L., Guala D., Granberg M., Forsman M., et al. Canonical insertion-deletion markers for rapid DNA typing of Francisella tularensis. Emerg. Infect. Dis. 2007; 13(11): 1725-32.
DOI: http://doi.org/10.3201/eid1311.070603
5. Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Oleynikov I.P., Mishan'-kin B.N., Kruglikov V.D., Arkhangel'skaya I.V., et al. INDEL-h VNTR-typing Vibrio cholerae strains, isolated in 2013 from the environment objects in the Russian Federation. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2015; (5): 41-4. (in Russian)
6. Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Oleynikov I.P., Mishan'-kin B.N. INDEL-genotyping of Vibrio cholerae strains. Epide-miologiya i infektsionnye bolezni. 2017; 22(4): 195-200.
DOI: http://doi.org/10.18821/1560-9529-2017-22-4-195-200 (in Russian)
7. Kutyrev V.V., Eroshenko G.A., Motin V.L., Nosov N.Y., Kras-nov J.M., Kukleva L.M., et al. Phylogeny and classification of Yersinia pestis through the lens of strains from the plague foci of Commonwealth of Independent States. Front. Microbiol. 2018; 9: 1106.
DOI: http://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01106
8. Bankevich A., Nurk S., Antipov D., Gurevich A.A., Dvorkin M., Kulikov A.S., et al. SPAdes: A new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J. Comput. Biol. 2012; 19(5): 455-77.
DOI: http://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021
9. Weill F.X., Domman D., Njamkepo E., Almesbahi A.A., Naji M., Nasher S.S., et al. Genomic insights into the 2016-2017 cholera epidemic in Yemen. Nature. 2019; 565(7738): 230-3. DOI: http://doi.org/10.1038/s41586-018-0818-3
10. Vodop'yanov A.S., Pisanov R.V., Vodop'yanov S.O., Mishan'-kin B.N., Oleynikov I.P., Kruglikov V.D., et al. Molecular epidemiology of Vibrio cholerae - development of the algorithm for data analysis of whole genome sequencing. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. 2016; 21(3): 146-52.
DOI: http://doi.org/10.18821/1560-9529-2016-21-3-146-152 (in Russian)
11. Kuleshov K.V., Vodop'ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Deviatkin A.A., Kruglikov V.D., et al. Travel-associated Vibrio cholerae O1 El Tor, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2016; 22(11): 2006-8.
DOI: http://doi.org/10.3201/eid2211.151727
Информация об авторах:
Водопьянов Алексей Сергеевич— к.м.н., с.н.с. группы вирусологии ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, 344002, Ростов-на-Дону, Россия. ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-9056-3231. E-mail: alexvod@gmail.com
Водопьянов Сергей Олегович — д.м.н., зав. лаб. биохимии микробов ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, 344002, Ростов-на-Дону, Россия. ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-4336-0439.
Олейников Игорь Павлович — н.с. лаб. биохимии микробов ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, 344002, Ростов-на-Дону, Россия. ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-2390-9773.
Писанов Руслан Вячеславович — к.б.н., зав. лаб. диагностики
особо опасных инфекций ФКУЗ «Ростовский-на-Дону
противочумный институт» Роспотребнадзора, 344002,
Ростов-на-Дону, Россия.
ORCID ID: http://orcid.org/0000-0002-7178-8021.
Участие авторов: все авторы сделали эквивалентный вклад в
подготовку публикации.
Information about the authors:
Alexey S. Vodop'yanov13 — PhD (Med.), senior researcher, Virology group, Rostov-on-Don Plague Control Research Institute, 344002, Rostov-on-Don, Russia.
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-9056-3231. E-mail: alexvod@gmail.com
Sergey O. Vodop'yanov — D. Sci. (Med.), leading researcher, Head, Department of microbial chemistry, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, 344019, Rostov-on-Don, Russia. ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-4336-0439. E-mail: serge100v@gmail.com.
Igor P. Oleynikov — researcher, Department of microbial chemistry, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, 344019, Rostov-on-Don, Russia.
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-2390-9773. Ruslan V. Pisanov — PhD (Biol.), Head, Department of epidemiology of especially targeted infections, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, 344019, Rostov-on-Don, Russia.
ORCID ID: http://orcid.org/0000-0002-7178-8021. Contribution: the authors contributed equally to this article.
