CC BY
71
КЛИНИЧЕСКАЯ ЛАБОРАТОРНАЯ ДИАГНОСТИКА. 2017; 62(10) DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-618-622
МИКРОБИОЛОГИЯ
Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2016; (11): 5—7. (in Russian)
4. samoylenko I.E., Kumpan L.v., okolelova N.A., Igolkina Ya.R, Tikunova A.Yu., Rar v.A., Egemberdieva R.A., Kolomeets A.N., Reshetnikova T.A., Rudakov N.v. The results of microbiological and molecular-biological studies in the combined focus of tick-borne rickettsiosis in the omsk region. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2016; (11): 19—21. (in Russian)
5. Rudakov N.v. influence of pathogenetic regularities of the infectious process on the commonness of clinical and epidemiological manifestations of tick-borne rickettsiosis. Epidemiologiya i infekcionnye bolezni. Aktual'nye voprosy. 2015; (3): 68—71. (in Russian)
6. Rudakov N.v., samoylenko I.e., Rudakova s.A., Kumpan L.v., Be-lan Yu.B., Reshetnikova T.A., shpynov s.N., Abramova N.v., Ko-
lomeets A.N. About the role of Rickettsia raoultii in epidemiology of tick-borne rickettsioses in Russia. Meditsinskaya parazitologiya i parazitarnye bolezni. 2015; (3): 17—21. (in russian)
7. Berezkina G.v., shtrek s.v., Zelikman s.Y., Bobrova o.A., okolelova N.A., Kolomeets A.n., samoylenko I.E., rudakova s.A., petrova Yu.A., Lubenko A.F., Kumpan L.v. complex detection of pathogens of natural focal infections by the pcR method in ticks removed from humans in the omsk region. Nacional'nye prioritety Rossii. 2016; (4): 78—85. (in russian)
8. Zlobin v.i., rudakov N.v., Malov i.v. Tick-borne transmissible infections. [Kleshchevye transmissivnye infektsii]. Novosibirsk: Nauka; 2015. (in russian)
Поступила 15.05.17 Принята к печати 22.05.17
© КОЛЛЕКТИв АвТОРОв, 2017 УДК 615.33.035.1:616.24-002
Тец Г.в., Тец Б.Б., Борошилова Т.М., Смирнова Е.И., Кардава К.М., Карамян Т.А., Заславская Н.Б., Бикина Д.С., Артеменко К.Л., Кауфман А.С.
ВЫБОР АНТИБИОТИКА В МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОМ ИССЛЕДОВАНИИ МОКРОТЫ
ГБОУ вПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Минздрава РФ, 197022, Санкт-Петербург
Изучена эффективность использования тест-системы «ВыборАнтибиотика» для выращивания максимально возможного количества бактерий из патологического материала при пневмонии. По результатам метагеномного анализа установлено, что тест-система позволяет поддержать рост практически всех бактерий, выявленных в мокроте, в том числе тех, которые относятся к пока не культивируемым. Проведено сравнение результатов стандартного определения чувствительности бактерий к антибиотикам и выбора эффективного лекарственного препарата по результатам использования тест-системы «ВыборАнтибиотика». Полученные данные показывают, что тест-система позволяет без выделения чистой культуры выбрать антибиотик в течение 6—20 ч.
Ключевые слова: тест система; выбор антибиотика; экспресс диагностика; метагеномный анализ; пока не культивируемые бактерии; острая пневмония. Для цитирования: Тец Г.В., Тец В.В., Ворошилова Т.М., СмирноваЕ.И., Кардава К.М., Карамян Т.А., Заславская Н.В., Викина Д.С., Артеменко К.Л., Кауфман А.С. Выбор антибиотика в микробиологическом исследовании мокроты. Клиническая лабораторная диагностика. 2017; 62(10); 618-622. DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-62-10-618-622 Tetz G.V., Tetz V.V., Voroshilova T.M., SmirnovaE.I., KardavaK.M., Karamyan T.A., ZaslavskayaN.V, VikinaD.S., Artemenko K.L., Kaufman A.S.
the choice of antibiotic in microbiological analysis of phlegm
The I.P. Pavlov first Sankt-Pereburgskii state medical university of Minzdrav of Russia, 197022 St. Petersburg, Russia
The efficiency of application of the test-system "Vy'borAntibiotika" (AntibioticChoice) in incubation of a maximal possible number of bacteria from pathologic material in case of pneumonia was studied. The results of meta-genome analysis permitted to establish that test-system .support incubation of practically all bacteria detected in phlegm, including those attributed to so far non-incubated ones. The comparison of the results was carried out concerning a standard detection of sensitivity of bacteria to antibiotics and choice of efficient medicinal according the results of application of test-system "Vy'borAntibiotika". The obtained data demonstrates that test-system permits to choose antibiotic during 6-20 hours without isolation of pure strain.
Keywords: test-system; choice of antibiotic; express-diagnostic; meta-genome analysis; so far non-incubated bacteria; pneumonia
For citation: Tetz G.V, Tetz V.V., Voroshilova T.M., Smirnova E.I., Kardava K.M., Karamyan T.A., Zaslavskaya N.V, Vikina D.S., Artemenko K.L., Kaufman A.S. The choice of antibiotic in microbiological analysis ofphlegm. Klinicheskaya Laboratornaya Di-agnostika (Russian Clinical Laboratory Diagnostics) 2017; 62 (10): 618-622. (in Russ.). DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-618-622
For correspondence: Tetz G.V, doctor ofmedical sciences, professor, the head of the chair of microbiology and virology. e-mail: vtetzv@yahoo.com
Conflict of interests. The authors declare absence of conflict of interests. Acknowledgment. The study had no sponsor support.
Received 12.05. 2017 Accepted 21.05.2017
Для корреспонденции: Тец Виктор Вениаминович, д-р мед. наук, проф., зав. каф. микробиологии и вирусологии ГБОУ ВПО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И.П. Павлова», 197022, Санкт-Петербург, e-mail: vtetzv@yahoo. com
Russian clinical laboratory diagnostics. 2017; 62(10)
DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-618-622
Введение. В современной медицинской практике постоянно увеличивается использование антибиотиков. Это связано с выявлением новых заболеваний, при которых антибиотики позволяют достичь необходимого клинического результата. Выбор оптимальной антибиотикотера-пии — одна из главных целей медицинской лабораторной диагностики. Традиционно он основан на выделении чистой культуры предполагаемого возбудителя, его идентификации и оценки чувствительности к противомикробным препаратам. Разработаны различные схемы проведения таких исследований без и с использованием автоматических и полуавтоматических анализаторов. [1]. Такие методы для медицинской практики имеют два главных недостатка: занимают несколько дней, поскольку требуют выделения чистых культур и не гарантируют, что выявят все или именно те, что надо, микроорганизмы. В результате полученные данные приходят позже, чем надо, и часто не соответствуют реальной эффективности применяемых антибиотиков. Развитие генетических подходов, основанное на выявлении и идентификации генов, кодирующих 16S рибосомальную РНК, позволило изучать материал от больного без выделения чистой культуры. Однако искать при этом можно только ограниченное число известных бактерий и, как выяснилось, идентификация бактерий недостаточно точная, а выявление генов устойчивости к антибиотикам не соответствует чувствительности к ним, поскольку такие гены часто не экспрессируются [2]. Появление более сложного метагеномного анализа открыло, что существующие классические методы выделения различных бактерий в сумме позволяют получить в виде чистых культур лишь небольшую их часть. Такие бактерии, гены которых можно выявить, а бактериологические методы выделения чистых культур пока не найдены, получили название «пока не культивируемых» [3]. Пока не культивируемые бактерии преобладают в микробиоте человека и обнаружены среди патогенных бактерий [3—5]. Поскольку именно человек является экологической нишей для большинства патогенных и условно-патогенных бактерий, вызывающих его болезни, очевидно, что и список возбудителей не полон даже при тех заболеваниях, где микробная природа давно известна.
Таким образом, лабораторная диагностика столкнулась с необходимостью получить метод исследования, который позволяет обнаружить как можно больше микробов, находящихся в патологическом материале, определить, чем с ними можно бороться, и сделать это в течение одного дня (6—24 ч).
Цель настоящей работы — изучение возможности использования нового подхода в микробиологическом исследовании, позволяющего одновременно получать рост максимально возможного количества разных бактерий из очага поражения и данные об эффективности действия на них различных антибиотиков.
Материал и методы. Материал для исследования — мокрота больного с внебольничной пневмонией. Время между забором материала и включением его в исследование не превышало 24 ч с хранением при +4°С.
Питательные среды: Уриселект 4 (Биорад, Франция), элективный солевой агар и цетримидный агар (Биомедиа, СПб), Candida brillians (Оксоид, Великобритания), Колумбийский агар и среда, входящая в состав тест-системы «ВыборАнтибиотика».
Определение биохимической активности микроорганизмов проводили с помощью системы Vitek 2 (bioMerieux, Франция).
microbiology
Тест-система «ВыборАнтибиотика» (ТСВА) для культивирования бактерий и оценки действия на них антибиотиков (амоксициллин/клавуланат, азитромицин, цефтриаксон, левофлоксацин, меропенем, линезолид, амикацин, ванкомицин, клиндамицин, рифампицин) (Новые Антибиотики, Россия).
Выделение ДНК из патологического материала и выросших на среде бактерий проводили при помощи стандартного набора «ДНК сорб-В» (Россия) согласно имеющемуся протоколу. Амплификацию проводили, используя эубактериальные праймеры 27F—534R, фланкирующие гипервариабельный участок гена 16S рРНК.
27F: '5-AGAGTTTGATYMTGGCTCAG-3'
534R: '5-ATTACCGCGGCTGCTGG-3'
Используемая в работе пара олигонуклеотидных праймеров специфична консервативным участкам гена 16S рРНК и применяется в метагеномных исследованиях для выявления бактериального разнообразия различных сообществ [6]. Метагеномное секвенирование фрагмента гена 16SрРНК произведено на пиросеквена-торе Roche/454 Genome Sequencer FLX Titanium. Максимальная длина полученных последовательностей составила 507 нуклеотидов, химерные последовательности и последовательности короче 300 нуклеотидов не были включены в анализ.
Анализ разнообразия и таксономического состава. Каждая полученная в ходе пиросеквенирования последовательность была идентифицирована путём сравнения с последовательностями баз данных GenBank и EzTaxon при использовании алгоритмов BLASTN поиска и попарного сравнения [7]. Для идентификации применяли следующие пороги сходства (x = сходство): виды (x > 97%), роды (97 > x > 94%), семейства (94 > x > 90%), порядки (90 > x > 85%), классы (85 > x > 80%), отряд (80 > x > 75%). Для определения видового разнообразия таксономического состава и сравнения сообществ применяли программу Pyrosequencing pipeline (http://pyro.cme.msu.edu). Полученные последовательности выравнивали и проводили кластерный анализ с помощью программы Complete Linkage Clustering, входящей в состав pyrosequencing pipeline. Кластеризацию осуществляли на разных уровнях, характеризующихся различными расстояниями между кластерами (от 0 до 0,25, с шагом 0,01). Выделение фило-типов (OTU) проводили при кластерном расстоянии 0,03; оценку таксономической сложности сообществ — при уровнях различий, соответствующих следующим таксонам: вид — 0,03, род — 0.05, семейство — 0,1, используя программу Rarefaction (Pyrosequencing pipeline). Для характеристики таксономического состава сообществ был проведен кластерный анализ с параметром расстояния 0,25. Далее для каждого кластера с помощью программы Dereplicate Request определяли нуклеотидную последовательность, соответствующую центру кластера, имеющую минимальную сумму квадратов расстояний до других входящих в кластер последовательностей. Репрезентативные последовательности кластеров таксономически классифицировали. Классификация видов на всех этапах работы произведена на основе генотипического подхода в соответствии с международным кодом номенклатуры бактерий (ICNB). В случае если репрезентативная последовательность имела гомологию более 97% с последовательностью валидированного микроорганизма, кластер относили к соответствующему виду.
Результаты. Из мокроты больного в результате стандартной лабораторной диагностики изолирован и иденти-
КЛИНИЧЕСКАЯ ЛАБОРАТОРНАЯ ДИАГНОСТИКА. 2017; 62(10) DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-618-622
МИКРОБИОЛОГИЯ
фицирован штамм Pseudomonas aeruginosa. Бактерии данного вида входят в число известных возбудителей заболеваний дыхательной системы и особенно распространены у больных с хронической обструктив-ной болезнью лёгких и муковисцидозом.
При использовании ТСВА рост максимально возможного количества бактерий, имеющихся в патологическом материале, происходит в контрольных лунках, не содержащих антибиотиков. Остальные 10 лунок ТСВА содержат антибиотики в той концентрации, в какой они встречаются в очаге инфекции. Поскольку среда, использованная в системе, обеспечивает рост разных бактерий в минимальные сроки, учёт результатов проводили первый раз уже через 6 ч после засева и инкубации при 37°С. Бактерии, выросшие на ТСВА в контроле, были собраны и одновременно с исходным патологическим материалом подвергнуты метагеномному изучению. В результате в образце мокроты и среди бактерий, выросших после её посева на ТСВА, обнаружено значительное видовое разнообразие. Выявлены бактерии, относящиеся к 7 разным порядкам и 8 семейств (см. таблицу). По количеству последовательностей в патологическом материале преобладали бактерии 2 порядков: Pseudomonadales и Burkholderiales, представленность которых составила соответственно 88,3 и 8,5%, а на ТСВА — 76,5 и 1%. В то же время качественный состав микроорганизмов, выявленных в мокроте и выросших на ТСВА, оказался практически идентичным.
Обсуждение. Установлено, что в материале находятся бактерии родов Pseudomonas, Achromobacter, Sphingomonas, Streptococcus и Herbaspirillum. Эти бактерии удалось идентифицировать только до рода, и их вид не определён с достаточной точностью на основании существующей базы данных. В мокроте, кроме того, обнаружены бактерии этих же родов, для которых был идентифицирован вид: Pseudomonas aeruginosa, Achromobacter insolitus, Achromobacter xylosoxidans, Achromobacter denitrificans, Granulicatella adiacens, Corynebacterium striatum. Большая часть из идентифицированных генетическим путём бактерий относится к мало изученным микроорганизмам. Некоторые из них, например Herbaspirillum, больше известны в качестве представителей микрофлоры почвы или связаны с растениями [8]. Вместе с тем некоторые из этих бактерий обнаружены и при заболеваниях дыхательной системы. Так, Achro-mobacter xylosoxidans и Achromobacter denitrificans описаны у больных пневмонией и муковисцидозом [9, 10], бактерии рода Sphingomonas sp. — при вне-больничной пневмонии [11], при внутрибольнич-ной пневмонии — Granulicatella adiacens [12] и Corynebacterium striatum [13]. Таким образом, любая из бактерий, обнаруженных при метагеномном анализе, не может быть исключена из списка возможных возбудителей данного патологического процесса. Исходя из этого, очень вероятно, что фактически у данного больного имеет место смешанная инфекция, в число возбудителей которой могут входить неродственные грамотри-цательные палочки родов Pseudomonas, Achromobacter, Sphingomonas, Herbaspirillum и грамположительные кокки, и палочки Granulicatella, и Corynebacterium.
Чувствительность к антибиотикам, определённая у
Микробы, выявленные при метаганомном анализе мокроты и бакте-
рии, выросшие из неё на ТСВА
Положение в Название
систематике Бактерии в мокроте Бактерии, выросшие на ТСВА
Порядок Bacillales Bacillales
Pseudomonadales Pseudomonadales
Clostridiales Clostridiales
Actinomycetales Actinomycetales
Lactobacillales Lactobacillales
Burkholderiales Burkholderiales
Sphingomonadales Sphingomonadales
Семейство Staphylococcaceae Staphylococcaceae
Corynebacteriaceae Corynebacteriaceae
Streptococcaceae Streptococcaceae
Pseudomonadaceae Pseudomonadaceae
Alcaligenaceae Alcaligenaceae
Carnobacteriaceae Carnobacteriaceae
Sphingomonadaceae Sphingomonadaceae
Oxalobacteraceae Oxalobacteraceae
Род Staphylococcus Staphylococcus
Lactobacillus Lactobacillus
Pseudomonas Pseudomonas
Achromobacter Achromobacter
Granulicatella Granulicatella
Sphingomonas Sphingomonas
Streptococcus Streptococcus
Herbaspirillum Herbaspirillum
Corynebacterium Corynebacterium
Вид Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis
Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus rhamnosus
Pseudomonas sp* Pseudomonas sp*
Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas aeruginosa
Achromobacter insolitus Achromobacter insolitus
Achromobacter xylosoxidans Achromobacter denitrificans Achromobacter sp* Granulicatella adiacens Sphingomonas sp* Streptococcus sp* Herbaspirillum sp* Corynebacterium striatum
Achromobacter xylosoxidans Achromobacter denitrificans Achromobacter sp Granulicatella adiacens Sphingomonas sp Streptococcus sp Herbaspirillum sp Corynebacterium striatum
Примечание. * — вид точно не определён.
изолированного стандартным методам штамма P. aerugi-nosa, показала его множественную устойчивость к лечебным препаратам.
Изолированный штамм был чувствителен к гентами-цину и меропенему. Полученные данные характеризовали свойство только одного штамма, изолированного от больного, остальные бактерии, выявленные метагеномным анализом в патологическом материале, при этом остались неизученными.
RUSSIAN CLINICAL LABORATORY DIAGNOSTICS. 2017; 62(10) DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-618-622
Частично расширить возможности лабораторного исследования в этой области позволяет ТСВА. Система не показывает уровень чувствительности к антибиотикам отдельных бактерий, но зато дает возможность выбрать препарат, который в концентрации, имеющейся в очаге поражения, способен блокировать рост всех бактерий в патологическом материале данного больного. Для этого патологический материал от больного был засеян на ТСВА, в отдельные лунки, в питательной среде которых содержится по одному антибиотику, что даёт возможность анализа действия 10 различных препаратов. Таким образом, в присутствии каждого антибиотика в разных лунках мы регистрировали наличие совместного роста культивируемых и пока не культивируемых бактерий, находящихся в патологическом материале. Отсутствие роста бактерий через 6 ч (предварительный результат) и 20—24 ч (окончательный результат) позволило выбрать антимикробный препарат, предотвращающий рост всех возможных бактерий, находящихся в патологическом материале.
При использовании ТСВА рост микробов отсутствовал только на среде с гентамицином. Таким образом, на все бактерии, которые находились в патологическом материале, действовал только один антибиотик — гента-мицин, который можно считать препаратом выбора для лечения инфекции данного больного.
Полученные результаты свидетельствуют, что существующие микробиологические технологии пока не позволяют изолировать и изучить все бактерии, находящиеся в очаге инфекции и полученном из него патологическом материале. Основной причиной ограниченных возможностей стандартных лабораторных методов следует считать широкое распространение пока не культивируемых бактерий. Известно, что чаще всего такие бактерии дают рост при совместном выращивании в составе смешанных сообществ, где бактерии предоставляют друг другу определённые факторы, без которых каждые по отдельности расти не способны. Можно предполагать, что патологический процесс вызван не тем микробом или микробами, которые удалось выделить и идентифицировать общепринятыми, стандартными методами. Результаты такого анализа значительно снижают реальную ценность существующего лабораторного исследования, основанного на представлениях, сложившихся в микробиологии в 30—40-х годах прошлого века. Недостаточно информативны и результаты подбора антибиотиков, основанные на стандартных подходах. Использование ТСВА позволило получить смешанные сообщества, которые, по данным метагеномного анализа, по составу бактерий соответствовали материалу, полученному от больного. Таким образом, ТСВА позволяет в минимальные сроки найти препарат, который в концентрации, создаваемой в очаге поражения, активен против всех бактерий, находящихся в материале из очага инфекции.
Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки.
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
литература
1. Jorgensen J.H., Ferraro M.J. Antimicrobial susceptibility Testing: A
Review of General Principles and contemporary Practices. Clin. Infect. Dis. 2009; 49(11): 1749—55.
MICROBIOLOGY
2. Вечерковская М.Ф., Тец Г.В., Тец В.В. Неизвестные бактерии в микрофлоре ротовой полости детей с онкогематологически-ми заболеваниями. Клиническая онкогематология. 2014; 7(2): 229—32.
3. Grice E.A., segre J.A. The Human Microbiome: our second genome. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2012; 13: 151—70.
4. oliver J.D. Recent findings on the viable but nonculturable state in pathogenic bacteria. FEMSMicrobiol. Rev. 2010; 34: 415—25.
5. Lipkin W.i. The changing face of pathogen discovery and surveillance. Nat. Rev. Microbiol. 2013; 11: 133—41.
6. Petrosino J.F., Highlander s., Luna R.A., Gibbs R.A., versalovic J. Metagenomic pyrosequencing and microbial identification. Clin. Chem. 2009; 55(5): 856—66.
7. schloss P., Westcott s.L., Ryabin T., Hall J.R., Hartmann M., Hol-lister E.B. et al. introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Appl. Environ. Microbiol. 2009; 75(23): 7537—41.
8. suwantarat N., Adams L.L., Romagnoli M., carroll K.c. Fatal case of Herbaspirillum seropedicae bacteremia secondary to pneumonia in an end-stage renal disease patient with multiple myeloma. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2015; 82(4): 331—3. Available online Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2015.04.011
9. De Baets F., schelstraete P., van Daele s., Haerynck F., vaneechoutte M. Achromobacter xylosoxidans in cystic fibrosis: prevalence and clinical relevance. J. Cyst. Fibros. 2007; 6: 75—8.
10. Aundhakar s.c., Mane M.B., Bharadiva, Pawar s.K. Watch out! Pneumonia secondary to Achromobacter Denitrificans. Ann. Med. Health. Sci. Res. 2014; 4(1): s22—4.
11. Farr G., Pedram s. community-Acquired Pneumonia with Sphin-gomonas paucimobilis. Chest. 2013; 10: 144. Doi: 10.1378/ chest.1703090
12. Liao c.H., Teng L.J., Hsueh P.R., chen Y.c., Huang L.M., chang s.c. Nutritionally variant streptococcal infections at a University Hospital in Taiwan: disease emergence and high prevalence of beta-lactam and macrolide resistance. Clin. Infect. Dis., 2004; 38: 452— 55.
13. Tarr P.E., stock F., cooke R.H., Fedorko D.P., Lucey D.R. Multi-drug-resistant Corynebacterium striatumpneumonia in a heart transplant recipient. Transpl. Infect. Dis. 2003; 5(1): 53—8.
references
1. Jorgensen J.H., Ferraro M.J. Antimicrobial susceptibility Testing: A Review of General Principles and contemporary Practices. Clin Infect. Dis. 2009; 49(11): 1749—55.
2. vecherkovskaya M.F., Tetz G.v., Tetz v.v. Unknown bacteria in oral flora of children with hematological malignancies. Klinicheskaya onkogematologiya. 2014; 7(2): 229—32. (in Russian)
3. Grice E.A., segre J.A. The Human Microbiome: our second genome. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2012; 13: 151—70.
4. oliver J.D. Recent findings on the viable but nonculturable state in pathogenic bacteria. FEMS Microbiol. Rev. 2010; 34: 415—25.
5. Lipkin W.i. The changing face of pathogen discovery and surveillance. Nat. Rev. Microbiol. 2013; 11: 133—41.
6. Petrosino J.F., Highlander s., Luna R.A., Gibbs R.A., versalovic J. Metagenomic pyrosequencing and microbial identification. Clin. Chem. 2009; 55(5): 856—66.
7. schloss P., Westcott s.L., Ryabin T., Hall J.R., Hartmann M., Hol-lister E.B. et al. introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Appl. Environ. Microbiol. 2009; 75(23): 7537—41.
8. suwantarat N., Adams L.L., Romagnoli M., carroll K.c. Fatal case of Herbaspirillum seropedicae bacteremia secondary to pneumonia in an end-stage renal disease patient with multiple myeloma. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2015; 82(4): 331—3. Available online Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2015.04.011
9. De Baets F., schelstraete P., van Daele s., Haerynck F., vaneechoutte M. Achromobacter xylosoxidans in cystic fibrosis: prevalence and clinical relevance. J. Cyst. Fibros. 2007; 6: 75—8.
10. Aundhakar s.c., Mane M.B., Bharadiva, Pawar s.K. Watch out!
КЛИНИЧЕСКАЯ ЛАБОРАТОРНАЯ ДИАГНОСТИКА. 2017; 62(10) DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-622-627
МИКРОБИОЛОГИЯ
Pneumonia Secondary to Achromobacter Denitrificans. Ann. Med. Health. Sci. Res. 2014; 4(1): S22—4.
11. Farr G., Pedram S. Community-Acquired Pneumonia with Sphin-gomonas paucimobilis. Chest. 2013; 10: 144. DOI: 10.1378/ chest.1703090
12. Liao C.H., Teng L.J., Hsueh P.R., Chen Y.C., Huang L.M., Chang S.C. Nutritionally variant streptococcal infections at a University Hospital
in Taiwan: disease emergence and high prevalence of beta-lactam and macrolide resistance. Clin. Infect. Dis. 2004; 38: 452—55.
13. Tarr P.E., Stock F., Cooke R.H., Fedorko D.P., Lucey D.R. Multi-drug-resistant Corynebacterium striatumpneumonia in a heart transplant recipient. Transpl. Infect. Dis. 2003; 5(1): 53—8.
Поступила 12.05.2017 Принята к печати 21.05.2017
© КОЛЛЕКТИв АвТОРОв, 2017 УДК 579.873.21:579.253.2.083.3
Хромова П.А.1, Огарков О.Б.1,2,3, Жданова С.Н.1, Синьков в.в.1,4, Моисеева Е.Я.5, Цыренова Т.А.5, Кощеев М.Е.5, Зоркальцева Е.Ю.3, Савилов Е.Д.1,3
ВЫЯВЛЕНИЕ ВЫСОКОТРАНСМИССИВНЫХ ГЕНОТИПОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ В КЛИНИЧЕСКОМ МАТЕРИАЛЕ ДЛЯ ПРОГНОЗА НЕБЛАГОПРИЯТНОГО ТЕЧЕНИЯ ТУБЕРКУЛЁЗА
1ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека», 664003, Иркутск; 2ФГБОУ вПО «Иркутский государственный университет», 664003, Иркутск;
3Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования — филиал ФГБОУ ДПО РМАНПО МЗ РФ, 664049, Иркутск;
4ОГАУЗ «Иркутский областной клинический консультативно-диагностический центр», 664047,Иркутск; 5ОГБУЗ «Иркутская областная клиническая туберкулезная больница», 664039, Иркутск
Проведён биоинформационный поиск, разработан дизайн праймеров и TaqMan зондов для выявления ДНК возбудителя туберкулеза субтипов CC1 и CC2-W148 генотипа Beijing, а также генотипа Ural в различном клиническом материале (мокрота, спинномозговая жидкость, плевральная жидкость и др.) методом ПЦР в реальном времени. На 180 клинических образцах от 143 больных туберкулёзом (ТБ) лёгких проведена апробация чувствительности и специфичности разработанных тестов относительно исследований на генетическом анализаторе GeneXpert. Чувствительность для тестов на CC1, CC2-W148 и Ural относительно ПЦР анализатора GeneXpert составила 91%, 106% и 81% соответственно. Специфичность во всех случаях составила 100%. Образцы, несущие ДНК CC2-W148 генотипа, в параллельных исследованиях чаще были значимо положительны на мутации устойчивости к рифам-пицину — Rif(+) по результатам GeneXpert (х2 = 27,1; p < 0,01) относительно других генотипов. В то же время выявление CC2-W148 штамма у больного чаще сопровождалось расхождением результатов: GeneXpert — Rif(+) и устойчивости к рифампицину в бактериологическом исследовании при окончательной валидации множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) ТБ (х2 = 5,1; p < 0,05). Исследовано негативное влияние комбинации аллеля -336G гена CD209 пациента с генотипом микобактерии туберкулёза (МБТ) Beijing, обнаруженное ранее (Ogarkov et al., 2012). Наблюдали значимое преобладание широкой лекарственной устойчивости (ШЛУ) (х2 = 4,3; p < 0,05) у больных с аллелем -336G гена CD209 в комбинации с клоном CC2-W148 по сравнению с остальными сочетаниями у больных. Полученные результаты свидетельствуют о возможности использования генотипирования возбудителя ТБ и пациента для раннего прогноза развития МЛУ/ШЛУ ТБ и других осложнений на этапах первичного обследования впервые выявленных больных ТБ.
Ключевые слова: эпидемические субтипы возбудителя туберкулёза; ПЦР-РВ тест для параллельного выявления генотипа CD209 пациента и субтипа CC2-W148.
Для цитирования: Хромова П.А., Огарков О.Б., Жданова С.Н., Синьков В.В., Моисеева Е.Я., Цыренова Т.А., Кощеев М.Е., Зоркальцева Е.Ю., Савилов Е.Д. Выявление высокотрансмиссивных генотипов возбудителя в клиническом материале для прогноза неблагоприятного течения туберкулёза. Клиническая лабораторная диагностика. 2017; 62(10): 622-627. DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2017-62-10-622-627
Khromova P.A.1, Ogarkov O.B.123, Zhdanova S.N.1, Sinkov V.V.14, Moiseeva E.Ya.5, Tzyrenova T.A.5, Koscheev M.E.5, ZorkaltsevaE.Yu.3, SavilovE.D.13
THE DETEcTioN of HiGHLY-TRANsMissiBLE GENoTYPEs of AGENT iN cLiNicAL sAMPLEs For
prognosis of unfavorable course of tuberculosis
1The research center of problems of family health and human reproduction, 664003 Irkutsk, Russia 2The Irkutskii state university, 664003 Irkutsk, Russia
3The Irkutskaia medical academy of post-graduate training - the branch of The Russian medical academy of post-graduate education of Minzdrav of Russia, 664049 Irkutsk, Russia
4The Irkutskii oblastnoii clinical consultative diagnostic center, 664047 Irkutsk, Russia 5The Irkutskaia oblastnaia clinical tuberculosis hospital, 664039 Irkutsk, Russia
Для корреспонденции: Огарков Олег Борисович, д-р мед. наук, глав. науч. сотр., зав. отд. эпидемиологии и микробиологии ФГБНУ «НЦ ПЗСРЧ»; e-mail: obogarkov@yandex.ru
