CC BY
32
NK
МЕДИЦИНСКИЙ
АЛЬМАНАХ
Novikova N.A., Golicyna L.N., Fomina S.G., Efimov E.I. Molekuljarnyj monitoring nepoliomielitnyh jenterovirusov na territorii Rossii v 2008-2011 gg. Zhurn. mikrobiol. 2013. № 1. S. 75-78.
15. Голицына Л.Н., Новикова Н.А., Фомина С.Г. и др. Молекулярная характеристика эпидемического варианта вируса ЕСНО30-2013: сб. трудов VIII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика-2014» / под ред. В.И. Покровского. М. 2014. Т. 1. С. 416-417.
Golicyna L.N., Novikova N.A., Fomina S.G. idr. Molekuljarnaja harakteristika jepidemicheskogo varianta virusa ESN030-2013: Sbornik trudov VIII Vserossijskoj nauchno-prakticheskoj konferencii s mezhdunarodnym uchastiem «Molekuljarnaja diagnostika-2014» /pod red. V.I. Pokrovskogo. M. 2014. T. 1. S. 416-417.
16. Бичурина М.А., Романенкова Н.И.,Голицына Л.Н. и др. Роль энтерови-руса ЕСНО 30 в этиологии энтеровирусной инфекции на Северо-Западе России в 2013 г. Журнал инфектологии. 2014. Т. 6. № 3. С. 84-91.
Bichurina M.A., Romanenkova N.I.,Golicyna L.N. i dr. Rol' jenterovirusa ESNO 30 v jetiologii jenterovirusnoj infekcii na Severo-Zapade Rossii v 2013 g. Zhurnal infektologii. 2014. T. 6. № 3. S. 84-91.
17. Голицына Л.Н., Фомина С.Г., Парфенова О.В. и др. Молекулярно-генетическая характеристика эпидемически значимых энтеровирусов вида А. Медицинский альманах. 2013. № 2. С. 96-99.
Golicyna L.N., Fomina S.G., Parfenova O.V. idr. Molekuljarno-geneticheskaja harakteristika jepidemicheski znachimyh jenterovirusov vida A. Medicinskij al'manah. 2013. № 2. S. 96-99.
18. Akhmadishina L.V., Eremeeva T.P., Trotsenko O.E. et al. Seroepidemiology and molecular epidemiology of Enterovirus 71 in Russia. PloS One. 2014. № 9 (5).
e97404. Doi:10.1371/jornal.pone0 097404. URL: http://journals.plos.org/plosone/ artide?id=10.1371/journal.pone.0097404. (дата обращения 06.03.2015).
19. Blomqvist S., Klemola P., Kaijalainen S. et al. Co-circulation of coxsackieviruses A6 and A10 in hand, foot and mouth disease outbreak in Finland. J. Clin. Virol. 2010. Vol. 48. P. 49-54.
20. Bracho M.A.,Gonza,lez-Candelas F.,Valero A. et al. Enterovirusco-infectionsandonychomadesis after hand, foot, andmouth disease. Spain. 2008. Emerg. Infect. Dis. 2011. Vol. 17. P. 2223-2231.
21. Mirand A., Henquell C., Archimbaud C., et al. Outbreakofhand,footandmou thdisease/herpanginaassociatedwith coxsackievirusA6andA10infectionsin2010,Fra nce:alargecitywide, prospective observational study. Clin. Microbiol. Infect. 2012. Vol. 18. P. 110-118.
22. Fujimoto T., lizuka S., Enomoto M. et al. Hand, foot, and mouth disease caused by coxsackievirus A6, Japan, 2011. Emerg. Infect. Dis. 2012. Vol. 18. P. 337-339.
23. Han J.F., Xu S., Zhang Y. et al. Hand, foot, and mouth disease outbreak caused by coxsackievirus A6. China. 2013. J Infect. 2014. Sep. № 69 (3). P. 303305.
24. Ben-Chetrit E., Wiener-Well Y., Shulman L.M. et al. Coxsackievirus A6-related hand foot and mouth disease: skin manifestations in a cluster of adult patients. J. Clin. Virol. 2014. № 59. P. 201-203.
25. Gaunt E., Harvala H., Osterback R. et. al. Genetic characterisation of Coxsackievirus A6 variants associated with atypical hand, foot and mouth disease; a potential role of recombination in emergence and pathogenicity. J Gen Virol. 2015 Jan 22. pii: vir.0.000062. doi: 10.1099/vir.0.000062. [Epub ahead of print] URL: http://vir.sgmjournals.org/content/early/2015/01/22/vir.0.000062.long (дата обращения 06.03.2015). __
УДК 616.988(470.341)
ЦИРКУЛЯЦИЯ НОРОВИРУСА ГЕНОТИПА GII.6 В НИЖНЕМ НОВГОРОДЕ В 2014 ГОДУ
Н.В. Епифанова1, В.В. Зверев1, Н.А. Калашникова2, Е.Н. Романенко3, И.В. Ковальчук4, Н.А. Новикова1,
1ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной», 2ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Нижегородской области», г. Н. Новгород, 3ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Ставропольском крае», г. Ставрополь, 4Управление Роспотребнадзора по Ставропольскому краю, г. Ставрополь
Епифанова Наталия Владимировна - e-mail: epifanovanv@mail.ru
В работе представлена молекулярно-генетическая характеристика норовируса генотипа GII.6, выявленного в Нижнем Новгороде в 2014 году. На основании филогенетического анализа установлено, что обнаруженный норовирус принадлежит к геноварианту GII.6b линии GII.6b-2, сформировавшейся около двадцати лет назад, и сублинии 2008-2014 гг., возникшей примерно семь лет назад. Показана активизация циркуляции норовируса генотипа GII.6 в 2014 году как при спорадической, так и при групповой заболеваемости ОКИ, чему предшествовало постепенное распространение в мире норовирусов данной сублинии.
Ключевые слова: острая кишечная инфекция, норовирус, генотип GII.6,
филогенетический анализ.
The paper provides molecular genetic characteristics of norovirus genotype GII.6, revealed in Nizhny Novgorod in 2014. Based on phylogenetic analysis it was found that identified norovirus belongs to gen-ovariant GII.6b line GII.6b-2, formed about twenty years ago and subline 2008-2014, occurred about 7 years ago. It was shown the activation of norovirus genotype GII.6 circulation as in sporadic and group incidence of acute enteric infections in 2014, which was preceded by the gradual spread of this sublines of noroviruses in the world.
Key words: acute enterc infection, norovirus, genotype GII.6, phylogenetic analysis.
Генетическое разнообразие норовирусов (род Norovirus, семейство СаУсм^ае), признанных одними из важнейших этиологических агентов острых кишечных инфекций (ОКИ), выражается в существовании семи геногрупп ^1^11) и сорока генотипов [1, 2, 3]. У человека обнаружены норовирусы геногрупп GI, GII и GIV. Доминирующими в последние два десятилетия являются норовирусы гено-группы II генотипа GII.4, эпидемические варианты которого
регулярно сменяют друг друга и вызывают до 70% всех норовирусных инфекций человека [4, 5]. При этом периодически в структуре норовирусных популяций увеличивается доля и других генотипов - 011.3, GII.6, С!!.12 [6, 7, 8].
По данным международного проекта NoroNet, направленного на изучение молекулярной эпидемиологии норовирусов, генотип 011.6 в 2011-2014 годах вышел на второе место после 011.4 по количеству представленных странами-
▲1
SSM
участницами проекта нуклеотидных последовательностей генома циркулирующих норовирусов [9]. По результатам наблюдения за циркуляцией норовирусов на территории Нижнего Новгорода, полученным нами ранее, норовирус GII.6 встречался при спорадической заболеваемости в 2009-2010 годах и явился этиологическим агентом внутри-больничной вспышки ОКИ в одном из соматических стационаров в 2011 году [10, 11]. В 2014 году при генотипирова-нии обнаруживаемых норовирусов нами было отмечено увеличение количества изолятов данного генотипа.
Целью настоящей работы явились характеристика норовируса GII.6, выявленного при спорадической и групповой заболеваемости ОКИ в Нижнем Новгороде в 2014 году и его сравнение с норовирусами этого генотипа, циркулирующими в предыдущие годы и на других территориях.
Материал и методы
Было исследовано 1528 образцов фекалий больных, госпитализированных с ОКИ в детский инфекционный стационар Нижнего Новгорода при спорадической заболеваемости в период с января по декабрь 2014 года. Исследованы также образцы фекалий больных с норови-русной инфекцией, пострадавших при двух групповых заболеваниях: в детском оздоровительном лагере в пригороде Нижнего Новгорода в июне 2014 года (10 образцов) и в лагере временного размещения в Кисловодске в июле 2014 года (6 образцов).
Выделение РНК норовирусов, обратную транскрипцию, полимеразную цепную реакцию и генотипирование норо-вирусов на основе секвенирования участка генома, кодирующего N/S домен белка VP1, проводили, как описано ранее [12].
Выравнивание нуклеотидных последовательностей, определение p-дистанций и филогенетический анализ осуществляли с помощью программного обеспечения MEGA, версия 6.1 [13]. Филогенетическое дерево для определения геноварианта генотипа GII.6 построено методом объединения ближайших соседей с использованием дву-параметрической модели Kimura. Достоверность топологии филограммы оценивали методом повторных выборок на основании анализа 1000 псевдореплик. На филограмме указывали статистические индексы поддержки более 70.
Филогенетический анализ с использованием молекулярных часов проводили путем построения Байесовых филогенетических деревьев (хронограмм) с помощью алгоритма Markov chain Monte Carlo (МСМС) и модели замен SRD06 с использованием пакета программ Beast v1.8.1 [14].
Для сравнения использовали нуклеотидные последовательности норовирусов, имеющиеся в базах данных GenBank и NoroNet. Их номера указаны в названиях изолятов на филогенетических деревьях. Полученные в данном исследовании последовательности фрагментов генома норовирусов GII.6 представлены в международной базе данных GenBank под следующими номерами: KP793708-KP793714.
Результаты исследования
При обследовании 1528 детей, госпитализированных в детский инфекционный стационар в период с января по декабрь 2014 года, норовирусы были выявлены в 13,6% случаев. Для 25 изолятов норовирусов были установлены нуклеотидные последовательности участка генома, кодирую-
щего N/S-домен капсидного белка VP1 размером 345 нуклеотидных оснований (н.о.). При генотипировании с помощью автоматической системы Norovirus typing tool [15] установлено, что выявленные норовирусы относились к четырем различным генотипам - GII.2, GII.4, GII.6 и GII.7, процентное соотношение которых отражено на рисунке 1. Преобладали, причем в эквивалентных количествах, GII.4 и GII.6.
В наших предыдущих исследованиях было показано, что на территории Нижнего Новгорода в 2006-2012 годах доминировал норовирус генотипа GII.4 [10]. Норовирусы других генотипов составляли обычно не более 20% от числа типированных изолятов, за исключением сезона 2009-2010 годов, когда генотип GII.12 был идентифицирован почти в одной трети случаев [12]. Идентификация GII.6 в данном исследовании в 40% случаев при спорадической заболеваемости свидетельствует об активизации циркуляции норовирусов данного генотипа на изучаемой территории.
Подтверждением этого явились и результаты исследования материалов, полученных от больных при групповом заболевании, которое было зарегистрировано в оздоровительном
ТАБЛИЦА.
Выявление норовирусов генотипа GII.6 у больных ОКИ в 2014 году
Рег. № Дата выделения Возраст больного Место выделения Эпидситуация по ОКИ Номер в GenBank
18* 01.01.14. 2 г. 9 мес. Нижний Новгород спорадический случай KP793710
284* 02.02.14. 5 лет Нижний Новгород спорадический случай -
398* 11.02.14. 7 лет Нижний Новгород спорадический случай -
624* 03.03.14. 13 лет Нижний Новгород спорадический случай -
1470 27.06.14. 1 г. 1 мес. Нижний Новгород спорадический случай KP793712
1760** 06.08.14. 6 мес. Нижний Новгород спорадический случай KP793713
1821* 16.08.14. 10 мес. Нижний Новгород спорадический случай -
1908 18.08.14. 1 г. 5 мес. Нижний Новгород спорадический случай KP793714
2298* 19.09.14. 7 лет Нижний Новгород спорадический случай -
3125* 07.12.14. 1 г. 7 мес. Нижний Новгород спорадический случай KP793711
1404* 18.06.14. 10 лет Пригород Нижнего Новгорода групповое заболевание KP793709
1406* 18.06.14. 10 лет Пригород Нижнего Новгорода групповое заболевание -
1407* 18.06.14. 11 лет Пригород Нижнего Новгорода групповое заболевание -
1408* 20.06.14. 13 лет Пригород Нижнего Новгорода групповое заболевание -
1410* 20.06.14. 53 г. Пригород Нижнего Новгорода групповое заболевание -
1413* 25.06.14. 11 лет Пригород Нижнего Новгорода групповое заболевание -
1529** 06.07.14. 6 мес. Кисловодск групповое заболевание KP793708
1536** 06.07.14. 7 лет Кисловодск групповое заболевание -
Примечание: * - изоляты, имеющие идентичные последовательности, ** - изоляты, имеющие идентичные последовательности
МЕДИЦИНСКИЙ
АЛЬМАНАХ
лагере в пригороде Нижнего Новгорода в июне 2014 года. Были установлены нуклеотидные последовательности шести изолятов норовирусов. Генотипирование показало, что все они относятся к генотипу 011.6. Норовирус того же генотипа был выявлен и при исследовании материалов группового заболевания ОКИ, зарегистрированного в пункте временногоразмещениявКисловодске. Характеристика всех случаев выявления нами норовируса генотипа 011.6 в 2014 году представлена в таблице.
Ранее было показано, что генотип 011.6 разделяется на три субкластера - а, Ь, с [16], которые по аналогии с номен-
клатурой, принятой для генотипа 011.4, предложили называть генетическими вариантами генотипа 011.6 [11]. Для определения геноварианта проведен филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей выявленных нами норовирусов с референсными последовательностями, который показал их принадлежность к геноварианту 011.6Ь (рис. 2). Семь исследованных изолятов норовирусов 011.6, циркулировавших в Нижнем Новгороде при спорадической заболеваемости, и шесть изолятов, выявленных при групповом заболевании в пригородном лагере, идентичны между собой по анализируемому участку генома. Очевидно, что этот вариант норовируса широко циркулировал в 2014 году на изучаемой территории. Изоляты 1470 и 1908 отличаются от преобладавшего варианта на две нуклеотидные замены в разных позициях (дивергенция 0,6-0,9%), а 1760 - на три позиции (1,2%), все замены синонимичны. Изолят 1760, выделенный в августе, оказался идентичным по исследуемому участку генома норови-русам, выявленным в Кисловодске в июле (изоляты 1529 и 1536). Вероятно, этот вариант имел определенную распространенность не только в Нижнем Новгороде, но и в других регионах России.
Типовым штаммом геноварианта СП.6Ь, для которого впервые была определена и опубликована полная нуклео-тидная последовательность гена, кодирующего белок УР1, является изолят АВ039778 ]Р/1997/Ба^атаи16, выделенный
РИС. 1.
Распределение типированных изолятов норовирусов на генотипы, Нижний Новгород, 2014 год (п=25).
А Ш/2014/Ш1406 А (Чи/2014/М1408 А Ш/2014/Ш1407
• Ки/2014/МЧ1821
• 1*11/2014/Ш624
• 1311/2014Д*1 N396
• (Зи/2014/Ш2в4 А КР793709 1*и/2014/Ш1404
• КР793710 1*и/2014/Ш18
• КР793711 (311/2014Л№3125 А Р11/2014/Ш1410 А 13и/2014/Ш1413 — • КР793714 Р*и/2014^М908
■ • КР793712 (311/2014ЛЧМ 470 , А КР793708 (311/2014/КУ1529 -] • КР793713 RU/2014/NN1760 98 А 13и/2014ЖУ153В
I-О «524574 Ии/20(ШШ2648
ЙГ О «524573 13и/2009/ММ2352 АР414410 иЭ/1994/М1ат[292 J N699041 СМ/1977/НК28
«984945 СГ^2010/Сиапа^ои <22010-1.1 АВ039778 ^/1997/5а1йта 1Л6 иХ846927 1153/1 964/СН ОС4073 ■ /У277620 СВ/1990/8васгоПЭ0 АВ039776 иР/1997/8аКата из О JX524570 [311/2011 /NN2669
О ^36249 (311/2004/ИМ13041 АВ618400 JP/2012/Ehimв120246 АВ818399 иР/2009/ЕЫте090549 биэб9057 ^/2008/Маеит9088
НМ633213 иР/2008/8Ьеиока8В13 0и969056 ^/2008/Мащни8966
Х66557 0В/1993/0И4Л-0п1зЙа1в
г КМ349480 ВЕ/2014/2260 (■•КР793711 RU/2014/NN3125 П- А КР793709 (ЗЧ/2014/НМ1404 Пг АВ919088 ^р/2014/0к1пажа010 11 • КР793710 (ЗиЯ014ЛЧШ8 I— • КР793714 (ЗиЯ014ЛЧШ908 • КР793713 |Зи/2014/Ш17в0 - А КР793708 Ни/2014/КУ1529
_Г I—»№793712 Кий014/ЫЫ1470
Г~| — 024В гд 2013
I—ОВ-12-103379 ^2012 [г «074962 II. 2010 ".»<074945 II. 2010
1_С009578 ВТ 2012 2009626 ВТ 2011 КС608711 ТН 2011 1С1577799иУ2011 КС60В712 ТН 2011
-О Л
г ^008938 ГТ 2009 I-О «524574 !3и 2009 ^ N08 172 ОК 2007 - АВ504704 ир 2007 -ЕУи2515еВ2005 — БЕ 2006 07 ЭЕ 2005
- РЖЯв29 ВЕ 2002 — FJ409629 КЕ 2000
- 611930737 ив 1997
JX984949 CN 2010 JX984945 СЫ 2010 71Ш1211 РЯ 2011 ^596807 СМ 2009 JX989075 CN 2011 АВ685741 ОР 2005 АВ818401 ОР 2005 АВ818402 JP 2004 В818403 иР2003 - АВ6В5742 ЛР 2004
- ЙЕ 2002 26 ЭЕ 2002 АВ039779 JP 1997 ■ АВ039778 иР/1997/&|1Ь1та и16
—АР414410 и8/1994/М1ат|292
Суб-
-^699041 СМ1977/НК28
РИС. 2.
Филограмма, построенная на основе нуклеотидных последовательностей участка генома (345 н.о.), кодирующего N/S-домен белка VP1 норовирусов генотипа GII.6.
■ - прототипные штаммы геновариантов GII.6a, GII.6b, GII6c и генотипа GII.4;
• - изоляты, выявленные в ходе данного исследования при спорадической заболеваемости ОКИ;
■ - изоляты, выявленные в ходе данного исследования при групповых заболеваниях ОКИ;
О - изоляты, выявленные в на территории Нижнего Новгорода в предыдущих исследованиях.
Названия стран даны по двухбуквенному коду ^0-3166-1: NN - Нижний Новгород, КУ - Кисловодск.
РИС. 3.
Хронограмма, построенная на основе нуклеотидных последовательностей участка генома (243 н.о.), кодирующего N/S-домен белка VP1 норовирусов геноварианта GII.6b.
■ - прототипный штамм геноварианта GII.6b;
•- изоляты, выявленные в ходе данного исследования при спорадической заболеваемости ОКИ;
■ - изоляты, выявленные в ходе данного исследования при групповых заболеваниях ОКИ;
О - изоляты, выявленные на территории Нижнего Новгорода в предыдущих исследованиях;
* - кластеры с апостериорной вероятностью более 95%. Названия стран даны по двухбуквенному коду ^0-3166-1: NN - Нижний Новгород, КУ - Кисловодск.
▲1
SSM
в Японии в 1997 году [17]. Ранее на территории Нижнего Новгорода были обнаружены норовирусы генотипа GII.6, которые относились к геновариантам a и b (рис. 2). Причем норовирусы геноварианта GII6b, выявленные в Нижнем Новгороде в 2009 и 2014 годах, входят в состав различных филогенетических ветвей и отличаются друг от друга на 9-12 нуклеотидных замен (дивергенция 2,7-3,6%).
При анализе полученных в данном исследовании последовательностей в программе BLAST [http://blast.ncbi.nlm. nih.gov/Blast.cgi] было автоматически выбрано по 100 родственных изолятов из базы данных GenBank. Затем из выборки были удалены повторяющиеся по месту и времени выделения и идентичные между собой последовательности, а также добавлены последовательности из базы данных NoroNet, которые, как было определено нами ранее [11], относятся к геноварианту GIIb.
Для описания хронологии микроэволюционных событий, происходивших в популяциях норовирусов варианта GII6b, был проведен филогенетический анализ 45 отобранных последовательностей (включая семь полученных в данном исследовании и депонированных в GenBank) с использованием молекулярных часов (рис. 3). Для того чтобы включить в анализ все отобранные последовательности, в том числе и более короткие, исследовался участок размером 243 н.о.
Наиболее ранний изолят геноварианта GII6b (JN699041 CN/1977/HK28) был выявлен в образце 1977 года из Китая при ретроспективном исследовании архивной коллекции ВОЗ, проведенном L.A. Rackoff и соавт. [18]. На хронограмме видно, что этот изолят и современные штаммы имели общего предка около 39 лет назад (95% HPD/доверитель-ный интервал 37-47 лет).
Следующий по времени выделения изолят был выявлен в образце 1994 года из США (AF414410 US/1994/Miami292) [19], однако потомков этого норовируса в базе данных не обнаружено. Развитие получила другая ветвь, имевшая с изолятом US/1994/Miami292 общего предка примерно 25 (20-35) лет назад. Эта ветвь около 20 (18-25) лет назад
разделилась на две ветви - GII.6b-1 и GII.6b-2, которые, на наш взгляд, можно считать линиями внутри геноварианта GII.6b. Линия GII.6b-1, представленная в основном азиатскими норовирусами и единичными европейскими изо-лятами, обрывается в 2011 году.
Линия GII.6b-2 включает последовательности норовирусов, циркулировавших в США, Азии и Европе в 1990-2000-х годах. Примерно 7 (6-9) лет назад внутри этой линии сформировалась сублиния 2008-2014, включающая последовательности норовирусов, обнаруженных в разных частях мира: в 2008 году - в Индии в 2010 году - в Израиле (Ю, в 2011 - в Бутане (ВТ), Таиланде (ТН), Уругвае (UY), в 2012 году - в Бутане (ВТ) и Новой Зеландии (NZ), в 2013 году - в Южной Африке (М), а также норови-русы 2014 года (рис. 3.).
Наиболее близки к нижегородским изолятам 18, 3125 и 1404 и не имеют на данном участке генома нуклеотидных замен норовирусы, выявленные в 2014 году в Бельгии (КМ349480 ВЕ/2014/2260) и в Японии (АВ919088 Jp/2014/0kinawa010 (рис. 4). Отметим, что норовирус генотипа GII.6 2014 года по состоянию на май 2015 года в базе данных Genbank был представлен только этими двумя последовательностями. В дальнейшем пополнение базы данных, возможно, позволит подтвердить и для других территорий активизацию циркуляции норовируса генотипа GII.6b, которую мы наблюдали в Нижнем Новгороде в 2014 году.
Выводы
1. Генотип GII.6 составил 40% от числа типированных норовирусов, выявленных при исследовании материалов от детей, госпитализированных с ОКИ в инфекционный стационар Нижнего Новгорода в 2014 году, а также идентифицирован при групповых заболеваниях норовирусной инфекцией в пригороде Нижнего Новгорода и в Кисловодске.
2. На основании филогенетического анализа установлено, что выявленный норовирус принадлежит к геноварианту GII.6b линии GII.6b-2, сформировавшейся около двадцати лет назад, сублинии 2008-2014 гг., возникшей примерно семь лет назад.
3. Показана активизация циркуляции норовируса генотипа GII.6 в 2014 году как при спорадической, так и при групповой заболеваемости ОКИ, чему предшествовало постепенное распространение в мире норовирусов сублинии GII.6b-2 2008-2014 гг.
ЛИТЕРАТУРА
1. Green K. Caliciviridae: The noroviruses / Knipe D.M., Howley P.M, eds. Fields virology. 6 ed. Philadelphia, PA: Lippincott Williams & Wilkins. 2013.
2. Tse H., Lau S.K., Chan W.M. et al. Complete genome sequences of novel canine noroviruses in Hong Kong. J. Virol. 2012. Sep. № 86 (17). Р. 9531-9532.
3. Vinje J. Advances in laboratory methods for detection and typing of norovirus. J. Clin. Microbiol. 2015. Feb. № 53 (2). Р. 373-381.
4. Siebenga J.J., Vennema H., Zheng D.P. et al. Norovirus illness is a global problem: emergence and spread of norovirus GII.4 variants, 2001-2007. J. Infect. Dis. 2009. Sep. 1. № 200 (5). Р. 802-812.
5. Hoa Tran T.N., Trainor E., Nakagomi T. et al. Molecular epidemiology of noroviruses associated with acute sporadic gastroenteritis in children: global distribution of genogroups, genotypes and GII.4 variants. J. Clin. Virol. 2013 Mar/ № 56 (3). Р. 185-193.
1111111122222222 3992225899900122244 3690364625817338903 KP793710 RU/2014/NN18* GGGTCCATTTTAGAATCAA
KP793711 RU/2014/NN3125* ...................
KP793709 RU/2014/NN1404' ...................
KP793714 RU/2014/NN1908 ................T G .
KP793712 RU/2014/NN1470 . T......С..........
KP793713 RU/2014/NN1760 .........С . T.......
KP793708 RU/2014/KV1529 .........С . T.......
AB919088 Jp/2014/0kinawa010* ...................
KM349480 BE/2014/2260- ...................
KJ710248 ZA 2013 . ..C.T.CC.....GC. . .
LC009578 ВТ 2012 A. A.....С..........
KJ577799 UY 2011 A..................
KC608712 TH 2011 A........C...G..T..
KC608711TH 2011 A.A.. .G. .CC.A.....G
LC009629 ВТ 2011 A. A.....С..........
JX074945 IL 2010 . . . . T..............
JX074962 IL 2010 . . . . T.............G
АВ539149 IN 2008 А..................
AB539148 IN 2008 А..................
РИС. 4.
Нуклеотидные последовательности участка генома, кодирующего N/S-домен капсидного белка VP1 норовирусов генотипа GII.6, линии GII.6b-2, сублинии 2008-2014. Показаны позиции, несущие нуклеотидные замены относительно изолята КР793710 RU/2014/NN18 на участке размером 243 н.о. * - идентичные последовательности. Названия стран даны по двухбуквенному коду ^0-3166-1: NN - Нижний Новгоро, КУ - Кисловодск.
NK
МЕДИЦИНСКИЙ
АЛЬМАНАХ
6. Zhirakovskaia E.V., Tikunov A.Y., Bodnev S.A. et al. Molecular epidemiology of norovlruses associated with sporadic gastroenteritis in children in Novosibirsk, Russia. 2003-2012. J. Med. Virol. 2015. May. № 87 (5). Р. 740-753.
7. Chan-It W., Thongprachum A., Khamrin P. et al. Emergence of a new norovirus GII.6 variant in Japan, 2008-2009. J. Med. Virol. 2012. № 84 (7). Р. 1089-1096.
8. Vega E., Vj J. Novel GII.12 norovirus strain, United States, 2009-2010. Emerg Infect Dis. 2011. Aug. № 17 (8). Р. 1516-1518.
9. van Beek J., Kroneman A., Vennema H., Koopmans M. RIVM National Institute for Public Health and the Environment, Bilthoven, Netherlands (Issue 12.05.14.). NoroNet report, April 2014. http://www.rivm.nl/dsresource?objectid=r ivmp:248062&type=org&disposition=inline (дата обращения 07.05 2015.)
10. Епифанова Н.В., Луковникова Л.Б., Новикова Н.А. и др. Эпидемические варианты норовирусов генотипа GII.4 в Нижнем Новгороде в 2006-2012 гг. Журн. микробиол. 2014. № 2. С. 64-72.
Epifanova N.V., Lukovnikova L.B., Novikova N.A. i dr. Epidemicheskie varianty norovirusov genotipa GII.4 v Nizhnem Novgorode v 2006-2012 gg. Zhurn. Mikrobiol. 2014. № 2. S. 64-72.
11. Епифанова Н.В. Генетические варианты норовирусов генотипа GII.6. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. (В печати).
Epifanova N.V. Geneticheskie varianty norovirusov genotipa GII.6. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. (V pechati).
12. Епифанова Н.В., Новикова Н.А. Рекомбинантный норовирус GII.Pg_
GII.12 у детей с острой кишечной инфекцией. Медицинский алфавит. 2013. Т. 2 (Эпидемиология и гигиена). № 12. С. 22-26.
Epifanova N.V., Novikova N.A. Rekombinantnyy norovirus GII.Pg_GII.12 u detey s ostroy kishechnoy infektsiey. Meditsinskiy alfavit. 2013. T. 2 (Epidemiologiya i gigiena). № 12. S. 22-26.
13. Tamura K., Stecher G., Peterson D. et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013. Dec. № 30 (12). Р. 27252729.
14. Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol. 2012. Aug. № 29 (8). Р. 19691973.
15. Kroneman A., Vennema H., Deforche K. et al. An automated genotyping tool for enteroviruses and noroviruses. J Clin Virol. 2011. Jun. № 51 (2). Р. 121-125.
16. Chan-It W., Thongprachum A., Khamrin P. et al. Emergence of a new norovirus GII.6 variant in Japan, 2008-2009. J. Med. Virol. 2012. № 84 (7). Р. 10891096.
17. Katayama K., Shirato-Horikoshi H., Kojima S. et al. Phylogenetic analysis of the complete genome of 18 Norwalk-like viruses. Virology. 2002. Aug 1. № 299 (2). Р. 225-239.
18. Rackoff L.A., Bok K., Green K.Y., Kapikian A.Z. Epidemiology and evolution of rotaviruses and noroviruses from an archival WHO Global Study in Children (1976-79) with implications for vaccine design. PLoS One. 2013. 8(3): e59394. 10.1371/journal.pone.0059394. Epub 2013 Mar 25. http://journals. plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0059394 (дата обращения 07.05.2015.)
19. Ando T., Noel J.S., Fankhauser R.L. Genetic classification of «Norwalk-like viruses». J. Infect. Dis. 2000. May. № 181. S. 2. Р. 336-348.
УДК 616.98-071(470.3)
ОПЫТ ВТОРОЙ ЕВРОПЕЙСКОЙ НЕДЕЛИ ТЕСТИРОВАНИЯ НА ВИЧ В ПРИВОЛЖСКОМ ФЕДЕРАЛЬНОМ ОКРУГЕ
Е.Е. Кузоватова, Н.И. Иванова,
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной»
Кузоватова Елена Ефимовна - e-mail: prokaids@mail.ru
Реализация программ, направленных на расширение охвата и увеличение частоты тестирования на ВИЧ с целью снижения уровня поздней диагностики, является важным стратегическим направлением работы по противодействию развитию эпидемии ВИЧ-инфекции. Вторая Европейская неделя тестирования на ВИЧ (далее - Неделя), координируемая Инициативой «ВИЧ в Европе», служит примером внедрения инновационных методов для расширения охвата населения профилактическим обследованием. Цель Недели - увеличить количество людей, знаюших свой ВИЧ-статус, и сократить позднее выявление ВИЧ-инфекции с помошью информирования о преимуществах тестирования на ВИЧ. Прошедшие в рамках Недели в ПФО мероприятия включали разъяснительную работу, поддержку и продвижение социальных инициатив, тестирование на ВИЧ как в стационарных, так и в выездных условиях с выходом на ключевые группы повышенного риска заражения. Доля положительных результатов скрининга составила 0,1%, что соответствует критериям экономической эффективности мероприятий по расширению тестирования. Проведение Недели было поддержано органами власти субъектов округа, неправительственными и медицинскими организациями, другими социальными партнерами, получило широкое освещение в СМИ.
Ключевые слова: ВИЧ-инфекция, Вторая Европейская неделя тестирования,
экономическая эффективность.
Implementation of programs aimed at increase of spread and enhancement of frequency of testing for HIV with the purpose of reducing the level of late diagnostics is an important strategic trend of work at retroaction against spread of HIV infection epidemics. Second European week of HIV testing coordinated by Initiative «HIV in Europe» serves as an example of implementing innovative methods for the purpose of enhancing the spread of prophylactic examination among population. Purpose of the Week is increase of the amount of people knowing their HIV status and reduction of late discovery of HIV infection with the help of informing of HIV testing advantages. The events taking place within the Week in Privolzhsky Federal District include explanatory work, support and promotion of social initiatives, HIV testing both in indoor and in outdoor facilities with the view of key groups of increased infection risk. Part of positive screening results comprised 0.1%, which corresponds to the criteria of economic efficiency of the events aimed at enhancement of testing. Carrying out the Week was supported by government authorities of the district entities, non-governmental and medical organizations, as well as other social partners and was extensively covered by the mass media.
Key words: HIV infection, Second European week of testing, economic efficiency.
