CC BY
2DOI: 10.24412/1999-6780-2024-3-72-77 УДК: 582.282.23: 556.115:579.8:611.34
Для цитирования: Прокопьев В.В., Карабасова А.Б., Куклина Н.В., Юрова В.А., Крафт Л.А. Реципрокное влияние экзометаболитов дрожжевых микромицетов кишечника и условно-патогенных бактерий на скорость роста. Проблемы медицинской микологии. 2024; 26 (3): 72-77. DOI: 10.24412/1999-6780-2024-3-72-77
For citation: Prokopiev V.V., Karabasova E.B., Kuklina N.V., Yurova V.A., KraftL.A. Reciprocal influence of exometabolytes of yeast micromy-cetes of the intestine and conditional pathogenic bacteria on the growth rate. Problems in Medical Mycology. 2024; 26 (3):72-77. (In Russ). DOI:10.24412/1999-6780-2024-3-72-77
РЕЦИПРОКНОЕ ВЛИЯНИЕ
ЭКЗОМЕТАБОЛИТОВ ДРОЖЖЕВЫХ МИКРОМИЦЕТОВ КИШЕЧНИКА И УСЛОВНО-ПАТОГЕННЫХ БАКТЕРИЙ НА СКОРОСТЬ РОСТА
^Прокопьев В.В. (доцент; врач-бактериолог)*, 1 Карабасова А.Б. (доцент), 1 Куклина Н.В. (доцент),1 Юрова В.А. (доцент), 1 Крафт Л.А. (доцент)
Алтайский государственный медицинский университет (кафедра эпидемиологии, микробиологии и вирусологии); 2КДЛ «Здоровье», Барнаул, Россия
Микробиом человека включает в себя десятки тысяч видов различных микроорганизмов, выработавших механизмы совместного сосуществования как с организмом человека, так и с другими представителями микробиоты. Мы провели исследование реципрокного влияния экзометаболитов наиболее часто встречающихся в кишечнике человека дрожжевых микромицетов и условно-патогенных бактерий.
Для оценки влияния экзометаболитов измеряли оптическую плотность культуры в стационарной фазе роста после инкубации в присутствии фильтратов культур бактерий или микромицетов.
Было обнаружено стимулирующее влияние экзометаболитов всех изученных условно-патогенных бактерий на скорость роста Candida albicans. Экзометаболиты C. albicans, Geotrichum candidum и Pichia kudriavzevii оказывали преимущественно стимулирующий эффект на рост бактерий.
Оценка взаимного влияния дрожжей и бактерий позволяет лучше понять механизмы патогенеза грибково-бактериальных микст-инфекций.
Ключевые слова: дрожжевые микромицеты, условно-патогенные бактерии, скорость роста, экзометаболиты
* Контактное лицо: Прокопьев Василий Валерьевич, e-mail: [email protected]
RECIPROCAL INFLUENCE OF EXOMETABOLYTES OF YEAST MICROMYCETES OF THE INTESTINE AND CONDITIONAL PATHOGENIC BACTERIA ON THE GROWTH RATE
1-2Prokopiev V.V. (associate professor; bacteriologist), karabasova E.B. (associate professor), 1 Kuklina N.V. (associate professor), Yurova V.A. (associate professor),1 Kraft L.A. (associate professor)
1 Altai State Medical University (Department of Epidemiology, Microbiology and Virology); 2KDL "Zdorovie", Barnaul, Russia
The human microbiome includes tens of thousands species of various microorganisms that have developed mechanisms for coexistence both with the human body and with other representatives of the microbiota. We conducted a study of the reciprocal effect of exometabolites of the most common yeast micromycetes and opportunistic bacteria in the human intestine.
To assess the effect of exometabolites, the optical density of the culture was measured in the stationary growth phase after incubation in the presence of cultures of bacterial or yeast filtrates.
A stimulating effect of exometabolites of all studied opportunistic bacteria on the growth rate of Candida albicans was discovered. Exometabolites of C. albicans, Geotrichum candidum and Pichia kudriavzevii had a predominantly stimulating effect on bacterial growth.
Assessing of the mutual influence of yeast and bacteria allows to better understand the mechanisms of pathogenesis of fungal-bacterial mixed infections.
Key words: yeast, opportunistic bacteria, growth rate, exometabolites
ВВЕДЕНИЕ
Человек в течение всей своей жизни находится в постоянном контакте с микроорганизмами самых разнообразных таксономических групп. Более того, по некоторым данным, контакт начинается до рождения [1, 2]. Ранее считалось, что соотношение кле-
ток микроорганизмов и клеток человека составляет 10:1 [3]. Исследования, проведённые в рамках проекта «Микробиом Человека», показали, что количество микроорганизмов имеет существенные отличия у лиц разного возраста, пола, веса и может существенно меняется в течение дня, но для используемого в литературе «стандартного человека» - мужчины 20-30 лет, весом 70 кг и ростом 170 см соотношение будет приблизительно 1:1 [4], т.е. порядка 1014 микроорганизмов [5]! Большая часть микроорганизмов человека находится в кишечнике; вполне естественно, что данное сообщество, состоящее из десятков тысяч видов, выработало механизмы совместного сосуществования в процессе коэволюции.
Используемые в биологии термины, обозначающие типы взаимоотношений - мутуализм, комменсализм и паразитизм, только частично могут описать весь спектр взаимоотношений между представителями того или иного микробиома. Более того, по мнению ряда авторов, термин «комменсализм», определяющий тип отношений, когда один партнёр получает пользу, а другой не имеет очевидных плюсов или минусов от совместного существования, лишь показывает недостаток знаний о полном наборе функций участников этого взаимодействия [6].
Автором первых работ по изучению влияния микроорганизмов кишечника на организм человека был Илья Ильич Мечников, исследовавший влияние Lactobacillus bulgaricus на продолжительность жизни. За более чем вековую историю изучения влияния микробиоты на организм человека мы всё ещё крайне мало знаем о функциях микроорганизмов, с которыми человек контактирует на протяжении всей своей жизни.
Появление в руках исследователей такого инструментария, как масс-спектрометрия и секвениро-вание нового поколения (NGS), привело к кратному увеличению числа публикаций, посвящённых изучению микробиоты кишечника человека. Помимо роста количества работ, изучающих культивируемые микроорганизмы, методы метагеномики позволили оценивать и некультивируемые микроорганизмы.
На сегодняшний день достоверно известно об участии нормальной микробиоты в полостном пищеварении, антагонизме в отношении других микроорганизмов, синтезе витаминов [7], стимуляции иммунной системы, морфокинетической функции, способствующей увеличению абсорбционной поверхности кишечника, влиянии на перистальтику кишечника, на эндокринную систему [8], участии в биотрансформации лекарственных средств и метаболитов человека [9] и т.д. С другой стороны, многие представители нормальной микробиоты в определённых условиях могут вызывать заболевания.
При изучении микробиоты усилия учёных в большей степени направлены на оценку влияния отдельных видов микроорганизмов на организм чело-
века, но данная система не бинарная, и любой представитель микробиоты кишечника, помимо контакта с человеком, находится в постоянном взаимодействии с другими представителями микробиома. Изучение межвидовых взаимодействий особенно важно в контексте их взаимоотношения с организмом человека. Взаимодействия между микроорганизмами могут усилить или уменьшить их пробиотическую роль, а также увеличить или уменьшить риск возникновения поражений тканей человека.
К сожалению, в традиционной медицине значение межвидовых взаимоотношений существенно недооценивается, в то время как изменения микро-биоты, постоянно происходящие в организме человека, возможно, являются тем фактором, при котором «случайное» взаимодействие «случайных» микроорганизмов приводит к переключению их роли во взаимодействии с человеком с мутуалистического на паразитическое и наоборот.
Несмотря на то, что подавляющее большинство исследований микробиома кишечника направлено на бактериальный компонент, наблюдается и увеличение работ, связанных с изучением грибкового компонента микробиоты - микобиома кишечника [1012].
Цель настоящего исследования: изучить влияние экзометаболитов базидиомицета Rhodotorula mucilaginosa и аскомицетов Candida albicans, Geotrichum candidum, Pichia kudriavzevii на скорость роста коллекционных штаммов, наиболее часто встречающихся грамотрицательных (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus vulgaris, Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa) и грамположи-тельных (Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus) условно-патогенных бактерий (УПБ). Также была проведена оценка реципрокного влияния экзо-метаболитов УПБ на скорость роста исследуемых микромицетов.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Изучали базидиомицеты Rhodotorula mucilaginosa (25 штаммов) и аскомицеты Candida albicans (12), Geotrichum candidum (22), Pichia kudriavzevii (10). Все штаммы микромицетов были выделены при анализе кала пациентов крупного медицинского центра.
Исследуемые штаммы получены при посеве кала на среду Сабуро с 2% глюкозы и 0,4 г/л хлорам-феникола после 72-часовой инкубации при температуре 35 °С с последующей инкубацией в течение недели при 25 °С.
Идентификацию микромицетов проводили на основе их культуральных, морфологических и биохимических свойств и подтверждали при помощи программного обеспечения MALDI Biotyper масс-
спектрометра «Microflex» («Bruker Daltonik GmbH & Co. KG», Германия).
В работе использовали типовые штаммы условно-патогенных грамотрицательных (Escherichia coli ATCC25922, Escherichia coli ATCC35218 Klebsiella pneumoniae ATCC700603, Proteus vulgaris ATCC13315, Serratia marcescens ATCC13880, Pseudomonas aeruginosa ATCC27853) и грамположи-тельных (Enterococcus faecalis ATCC29212, Staphylococcus aureus ATCC29213) бактерий.
Экзометаболиты микромицетов получали при помощи фильтрации 48-часовой бульонной культуры (бульон Сабуро) через фильтры «MILLEX®GP» («Merck Millipore Ltd.») с диаметром поры 0,22 мкм. Фильтраты исследуемых штаммов каждого вида микроорганизмов пулировали. Стерильность фильтратов оценивали путём посева на агаризованную среду Сабуро.
Экзометаболиты УПБ были получены при помощи фильтрации 24-часовой культуры УПБ, выращенной на мясопептонном бульоне (МПБ), через фильтры «MILLEX®GP» («Merck Millipore Ltd.») с диаметром поры 0,22 мкм. Стерильность фильтрата определяли путём посева на среду Мюллера-Хинтон.
Для оценки взаимного влияния экзометаболитов микромицетов и УПБ на скорость роста использовали плоскодонные полистирольные 96-луночные планшеты. В лунки планшетов вносили 170 мкл бульона Сабуро с декстрозой («Condalab», Испания) или МПБ («Хемикон», Россия), после в среду добавляли 20 мкл экзометаболитов (фильтратов) грибов или УПБ. Далее в ячейки вносили 10 мкл 24-часовой бульонной культуры исследуемых микроорганизмов, доведённых физиологическим раствором до оптиче-
Влияние экзометаболитов УПБ на скор<
ской плотности, равной одной единице по Мак-Фарланду. В контрольные ячейки вместо микроорганизмов вносили 10 мкл стерильной питательной среды.
Рост микроорганизмов определяли по изменению оптической плотности через 24 часа инкубации при 37 °С для УПБ и после 48 часов инкубации при 37°С - для дрожжей (стационарная фаза роста). Оптическую плотность измеряли с применением 8-канального микропланшетного фотометра «Реал Р» («Вектор-Бест-Балтика», Россия) при длине волны 450 нм.
Анализ и статистическую обработку данных осуществляли при помощи расчета Т-критерия Уил-коксона. Расчёт выполняли на онлайн-калькуляторе https://www.statskingdom.com/175wilcoxon_signed_ra nks.html (p<0,05). Для оценки размера эффекта использовали стандартизованную среднюю разницу d Коэна (разница между двумя средними, делённая на стандартное отклонение для данных). Значение числа по модулю 0,2-0,49 представляет небольшой размер эффекта, 0,5-0,79 - средний размер эффекта, 0,8 и выше - большой размер эффекта.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Скорость роста микроорганизмов является одним из основных и самых очевидных показателей жизнеспособности культуры.
При исследовании мы обнаружили, что экзоме-таболиты всех исследованных УПБ оказывают средний или выраженный стимулирующий эффект на рост клинических штаммов C. albicans, полученных из кишечника человека (табл. 1).
Таблица 1
роста дрожжей, полученных из кишечника_
Фильтрат Escherichia coli ATCC25922 Escherichia coli ATCC35218 Klebsiella pneumoniae ATCC700603 Proteus vulgaris ATCC13315 Serratia marcescens ATCC13880 Pseudomonas aeruginosa ATCC27853 Enterococcus faecalis ATCC29212 Staphylococcus aureus ATCC29213
Candida albicans /// (0,87) /// (0,87) /// (0,87) // (0,78) /// (0,87) // (0,6) /// (0,8) // (0,78)
Geotrichum candidum □ □ □ □ □ □ □ □
Pichia kudriavzevii □ □ □ □ □ □ □ □
Rhodotorula mucilaginosa □ □ □ \\ (0,71) □ □ □ □
/ - небольшой, // - средний, /// - большой стимулирующий эффект; \ - небольшой, - средний, \\\ - большой угнетающий эффект; □ - отсутствие статистически значимого эффекта. В скобках указан размер эффекта (с1 Коэна).
Влияние экзометаболитов УПБ на скорость роста G. candidum и P. kudriavzevii не обнаружено. Был выявлен средний подавляющий эффект экзометабо-литов P. vulgaris на рост R. mucilaginosa.
Воздействие экзометаболитов дрожжевых мик-ромицетов на рост УПБ было более выраженным и разнонаправленным (табл. 2). Экзометаболиты C. albicans статистически достоверно подавляли рост E. coli и P. vulgaris c выраженной и небольшой силой
эффекта соответственно. В то же время экзометабо-литы C. albicans достоверно с большой силой эффекта стимулировали рост K. pneumoniae и E. faecalis, со средней силой - рост S. marcescens, P. aeruginosa и S. aureus. Мы также наблюдали выраженный статистически значимый стимулирующий эффект экзомета-болитов P. kudriavzevii (телеморф Candida krusei) на скорость роста всех исследованных УПБ.
Влияние экзометаболитов дрожжевых микромицетов на скорость роста УПБ
Таблица 2
Фильтрат ~Культурам/0 -- Candida albicans Geotrichum candidum Pichia kudriavzevii Rhodotorula mucilaginosa
Escherichia coli ATCC25922 ЧЧЧ (Q,87) /// (1,Q) /// (1,Q) D
Escherichia coli ATCC35218 ЧЧЧ (Q,87) /// (1,Q) // (Q,62) D
Klebsiella pneumoniae ATCC700603 /// (Q,87) ЧЧЧ (1,Q) /// (1,Q) D
Proteus vulgaris ATCC13315 Ч (Q,42) D /// (Q,87) D
Serratia marcescens ATCC13880 // (Q,58) D /// (1,Q) D
Pseudomonas aeruginosa ATCC27853 // (Q,63) D /// (1,Q) D
Enterococcus faecalis ATCC29212 /// (1,Q) D /// (1,Q) D
Staphylococcus aureus ATCC29213 // (Q,7) D /// (Q,95) D
/ - небольшой, // - средний, /// - большой стимулирующий эффект; \ - небольшой, \\ - средний, \\\ - большой угнетающий эффект; □ - отсутствие статистически значимого эффекта. В скобках указан размер эффекта (с1 Коэна).
Экзометаболиты G. candidum в некоторой степени оказывали противоположный эффект экзомета-болитам C. albicans, стимулируя рост E. coli, P. vulgaris, при этом значимо подавляя рост K. pneumoniae. В случае других изученных УПБ значимого влияния экзометаболитов G. candidum не отмечено.
При исследовании не обнаружили влияния эк-зометаболитов R. mucilaginosa на скорость роста УПБ.
Скорость роста и размножения микромицетов, как и других микроорганизмов, является интегра-тивным показателем ответа микробной популяции на внутренние и внешние стимулы. К внутренним стимулам можно отнести процессы, связанные с реализацией генетической информации, где, помимо работы конститутивных генов, происходит активация индуцибельных генов и целых генных кластеров [13], что напрямую связано с присутствием в окружающей среде различных компонентов.
Влияние окружающей среды может быть сопряжено с абиотическими факторами: температурой, уровнем кислорода [14], оксида азота, сероводорода и других газов [15], pH [16] и т.д.
В то же время в условиях микробиома значимость биотических факторов на скорость роста имеет большее значение.
Со стороны организма хозяина основными факторами, влияющими на рост микроорганизмов, являются диета [17, 18] и взаимодействие с иммунной системой кишечника [19].
Влияние других представителей микробиома может быть специфическим и неспецифическим. Продукты метаболизма одних микроорганизмов могут стимулировать или подавлять рост «соседей по микробиому». И если попытка проследить взаимоотношение двух микроорганизмов в отношении одного или нескольких метаболитов представляется возможной, то оценка взаимоотношения большего количества микроорганизмов микробиома является
очень сложной задачей. Тем не менее появляются работы по изучению метаболических взаимоотношений в искусственных кишечных микробиомах, состоящих из нескольких основных представителей кишечника [20, 21].
В нашем исследовании мы проследили результаты взаимодействия представителей двух царств -Bacteria и Fungi, принадлежащих к разным доменам (Prokaryota и Eukaryota).
В разные стадии роста микроорганизмов происходит экспрессия разных генов, соответственно, микроорганизмы могут выделять в окружающую среду метаболиты, способные оказывать противоположный эффект на окружающие микроорганизмы.
Учитывая, что изученные микромицеты и УПБ с относительно высокой частотой встречаются в кишечнике здоровых людей и пациентов с патологией желудочно-кишечного тракта [22, 23], результаты взаимодействия микроорганизмов позволят лучше понять механизмы патогенеза грибково-бактериальных микст-инфекций.
В ходе научной работы мы обнаружили взаимное, преимущественно стимулирующее, влияние эк-зометаболитов C. albicans и УПБ, что согласуется с рядом клинических и экспериментальных исследований. Так, было доказано усиление факторов пато-генности в случае коинфекции C. albicans и E. coli при вульвовагините [24]. Усиление повреждения эн-тероцитов при совместной инфекции C. albicans и P. vulgaris, представленное в работе [25], также соответствует нашим результатам. При экспериментальном K. pneumoniae-ассоциированном колите у мышей C. albicans усиливала воспаление и увеличивала проницаемость кишечника, а также приводила к ряду системных изменений у экспериментальных животных [26]. Также было доказано аддитивное влияние C. albicans на инфекцию S. aureus, S. marcescens и E. faecalis [27].
При исследовании мы выявили взаимное стимулирующее влияние экзометаболитов C. albicans и P.
aeruginosa, что согласуется с публикациями, демонстрирующими более тяжелое течение заболеваний, вызванных данными микроорганизмами [28]. Причём, несмотря на существенную эволюционную дистанцию между этими микроорганизмами, по всей видимости, стимуляция связана с системой межмикробной коммуникации «Quorum sensing» через секрецию фарнезола - аутоиндуктора коммуникации у микромицетов [29].
Невзирая на то, что P. kudriavzevii, R. mucilagi-nosa и G. candidum могут вызывать заболевания [3032], мы не нашли в литературе экспериментальных или клинических исследований взаимного действия этих микромицетов и УПБ.
Влияние экзометаболитов изученных нами мик-ромицетов на скорость роста УПБ позволяет предположить их значимость в патогенезе грибково-бактериальных микст-инфекций. Преимущественно стимулирующий характер воздействия грибковых фильтратов на рост УПБ должен привести к изменению течения заболевания.
В настоящей работе доказан факт существенного взаимодействия экзометаболитов УПБ и дрожже-
вых микромицетов. В то же время механизмы этого влияния должны быть предметом дальнейшего исследования.
выводы
Популяция кишечных микроорганизмов за время совместного сосуществования с человеком в процессе коэволюции выработала механизмы взаимодействия как с организмом человека, так и с другими представителями данного биотопа. Причём индиген-ная биота кишечника является довольно стабильным компонентом микробиома. Несмотря на появление новых исследовательских инструментов, мы до сих пор мало знаем о межвидовом взаимоотношении между различными представителями микробиоты кишечника.
В нашем исследовании мы обнаружили статистически значимое влияние экзометаболитов дрожжевых микромицетов C.albicans, P. kudriavzevii и G. candidum на рост наиболее часто встречающихся в кишечнике УПБ, а также стимулирующее влияние экзометаболитов УПБ на скорость роста C. albicans.
ЛИТЕРАТУРА
1. Kennedy K.M., de GoffauM.C., Perez-MunozM.E., et al. Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies. Nature. 2023; 613 (7945): 639-649. doi: 10.1038/s41586-022-05546-8
2. Stinson L.F., Boyce M.C., Payne M.S., Keelan J.A. The not-so-sterile womb: evidence that the human fetus is exposed to bacteria prior to birth. Front. Microbiol. 2019; 10: 1124. doi: 10.3389/fmicb.2019.01124
3. Savage D.C. Microbial ecology of the gastrointestinal tract. Annu. Rev. Microbiol. 1977; 31: 107-33. doi: 10.1146/annurev.mi.31.100177.000543
4. Sender R., Fuchs S., Milo R. Are we really vastly outnumbered? Revisiting the ratio of bacterial to host cells in humans. Cell. 2016; 164 (3): 337-40. doi: 10.1016/j.cell.2016.01.013
5. Xie Y., Hu F., Xiang D., et al. The metabolic effect of gut microbiota on drugs. Drug Metab. Rev. 2020; 52 (1): 139156. doi: 10.1080/03602532.2020.1718691
6. Backhed F., Ley R.E., Sonnenburg J.L., et al. Host-bacterial mutualism in the human intestine. Science. 2005; 307 (5717): 1915-20. doi: 10.1126/science.1104816
7. Симонова Е.В., Пономарева О.А. Роль нормальной микрофлоры в поддержании здоровья человека. БМЖ. 2008; 8: 2-25. [Simonova E.V., Ponomareva O.A. The role of normal microflora in supporting human health. BMJ. 2008; 8: 2-25. (In Russ)].
8. Heintz-Buschart A., Wilmes P. Human gut microbiome: function matters. Trends Microbiol. 2018; 26 (7): 563-574. doi: 10.1016/j.tim.2017.11.002
9. Бабин В.Н., Домарадский И.В. Биохимические и молекулярные аспекты симбиоза человека и его микрофлоры. электрон. версия Росс. химического журнала. 2006; 6. Режим доступа: http://www.domaradsky.ru/rhg94.htm [Babin V.N., Domaradsky I.V. Biochemical and molecular aspects of human symbiosis and its microflora. the electron. the Ross version. chemical magazine. 2006; 6. (In Russ)].
10. Zhang F., Aschenbrenner D., Yoo J.Y., Zuo T. The gut mycobiome in health, disease, and clinical applications in association with the gut bacterial microbiome assembly. Lancet Microbe. 2022; 3 (12): e969-e983. doi: 10.1016/S2666-5247(22)00203-8
11. SzostakN., FiglerowiczM., Philips A. The emerging role of the gut mycobiome in liver diseases. Gut Microbes. 2023; 15 (1): 2211922. doi: 10.1080/19490976.2023.2211922
12. Zhao X., Hu X., Han J., et al. Gut mycobiome: A "black box" of gut microbiome-host interactions. WIREs Mech Dis. 2023; 15 (5): e1611. doi: 10.1002/wsbm.1611
13. Rokas A., Mead M.E., Steenwyk J.L., et al. Biosynthetic gene clusters and the evolution of fungal chemodiversity. Nat. Prod. Rep. 2020; 37 (7): 868-878. doi: 10.1039/c9np00045c
14. Прокопьев В.В., Крафт Л.А., Карабасова Е.Б., Щеблякова Л.А. Влияние температуры и уровня кислорода на скорость роста микромицетов кишечника. Успехи медицинской микологии. 2023; 24:66-70. EDN VDYUCW. [Prokopyev V.V., Kraft L.A., Karabasova E.B., Shcheblyakova L.A. Influence of temperature and oxygen level on the growth rate of intestinal micromycetes. The successes of medical mycology. 2023; 24:66-70. (In Russ)].
15. Singhal R., Shah Y.M. Oxygen battle in the gut: hypoxia and hypoxia-inducible factors in metabolic and inflammatory responses in the intestine. J. Biol. Chem. 2020; 295 (30): 10493-10505. doi: 10.1074/jbc.REV120.011188
16. Vylkova S., Carman A.J., Danhof H.A., et al. The fungal pathogen Candida albicans autoinduces hyphal morphogenesis by raising extracellular pH. mBio. 2011; 2 (3): e00055-11. doi: 10.1128/mBio.00055-11
17. Lee J.Y., Tsolis R.M., Bäumler A.J. The microbiome and gut homeostasis. Science. 2022; 377 (6601): eabp9960. doi: 10.1126/science.abp9960
18. Wilson A.S., Koller K.R., Ramaboli M.C., et al. Diet and the human gut microbiome: an international review. Dig Dis Sci. 2020; 65 (3): 723-740. doi: 10.1007/s10620-020-06112-w
19. Hooper L.V., Littman D.R., Macpherson A.J. Interactions between the microbiota and the immune system. Science. 2012; 336 (6086): 1268-73. doi: 10.1126/science.1223490
20. Shetty S.A., Kuipers B., Atashgahi S., et al. Inter-species metabolic interactions in an in-vitro minimal human gut microbiome of core bacteria. NPJ Biofilms Microbiomes. 2022; 8 (1): 21. doi: 10.1038/s41522-022-00275-2
21. D'hoe K., Vet S., Faust K., et al. Integrated culturing, modeling and transcriptomics uncovers complex interactions and emergent behavior in a three-species synthetic gut community. Elife. 2018; 7: e37090. doi: 10.7554/eLife.37090
22. Прокопьев В.В., Куклина Н.В., Емельянова И.В., Звездкина Г.С. Анализ культивируемых грибов кишечника у пациентов с патологией желудочно-кишечного тракта и клинически здоровых людей. Проблемы медицинской микологии. 2023; 25 (1): 19-24. [Prokopiev V.V., Kuklina N.V., Ете1уапоуа I.V., Zvezdkina G.S. Analysis of cultivated intestinal fungi in patients with pathology of the gastrointestinal tract and clinically healthy people. Problems in Medical Mycology. 2023; 25 (1): 19-24. (In Russ)]. doi: 10.24412/1999-6780-2023-1-19-24
23. Rinninella E., Raoul P., Cintoni M., et al. What is the healthy gut microbiota composition? A changing ecosystem across age, environment, diet, and diseases. Microorganisms. 2019; 7 (1): 14. doi: 10.3390/microorganisms7010014
24. Farrokhi Y., Al-Shibli B., Al-Hameedawi D.F., et al. Escherichia coli enhances the virulence factors of Candida albicans, the cause of vulvovaginal candidiasis, in a dual bacterial/fungal biofilm. Res. Microbiol. 2021; 172 (4-5): 103849. doi: 10.1016/j.resmic.2021.103849
25. Niemiec M.J., Kapitan M., Himmel M., et al. Augmented enterocyte damage during Candida albicans and Proteus mirabilis coinfection. Front. Cell Infect. Microbiol. 2022; 12: 866416. doi: 10.3389/fcimb.2022.866416
26. Panpetch W., Phuengmaung P., Hiengrach P., et al. Candida worsens Klebsiella pneumoniae induced-sepsis in a mouse model with low dose dextran sulfate solution through gut dysbiosis and enhanced inflammation. Int. J. Mol. Sci. 2022; 23 (13): 7050. doi: 10.3390/ijms23137050
27. Carlson E. Enhancement by Candida albicans of Staphylococcus aureus, Serratia marcescens, and Streptococcus faecalis in the establishment of infection in mice. Infect Immun. 1983; 39 (1): 193-7. doi: 10.1128/iai.39.1.193-197.1983
28. Kahl L.J., Stremmel N., Esparza-Mora M.A., et al. Interkingdom interactions between Pseudomonas aeruginosa and Candida albicans affect clinical outcomes and antimicrobial responses. Curr. Opin. Microbiol. 2023; 75: 102368. doi: 10.1016/j.mib.2023.102368
29. Mear J.B., Kipnis E., Faure E., et al. Candida albicans and Pseudomonas aeruginosa interactions: more than an opportunistic criminal association? Med. Mal. Infect. 2013; 43 (4): 146-51. doi: 10.1016/j.medmal.2013.02.005
30. Nguyen T.A., Kim H.Y., Stocker S., et al. Pichia kudriavzevii (Candida krusei): a systematic review to inform the World Health Organisation priority list of fungal pathogens. Med. Mycol. 2024; 62 (6): myad132. doi: 10.1093/mmy/myad132
31. Tuon F.F., Costa S.F. Rhodotorula infection. A systematic review of 128 cases from literature. Rev. Iberoam. Micol. 2008; 25 (3): 135-40. doi: 10.1016/s1130-1406(08)70032-9
32. Henrich T.J., Marty F.M., Milner D.A. Jr, Thorner A.R. Disseminated Geotrichum candidum infection in a patient with relapsed acute myelogenous leukemia following allogeneic stem cell transplantation and review of the literature. Transpl. Infect. Dis. 2009; 11 (5): 458-62. doi: 10.1111/j.1399-3062.2009.00418.x
Поступила в редакцию журнала 15.07.24 Принята к печати 01.10.24
