CC BY
17
http://bloodjournal.ru/ V Евразийский гематологический форум 549
2008). С целью стратификации риска пациентам проводили FISH-реакцию и стандартное кариотипирование. Анализ осуществляли на приборе Illumina MiSeq с использованием набора химических веществ V3. Демультиплексирование осуществлялось с помощью MiSeq Reporter. Полученные таким образом данные Fastq были привязаны к hg19 с использованием BWA и предварительно обработаны с помощью программ Samtools и Picard. Определение вариантов панели выполнялось с помощью программ Varscan 2, PINDEL и ITD-Seek, спецификация была получена посредством Annovar при использовании различных баз данных.
Результаты. У 25 пациентов был выявлен низкий цитогенети-ческий риск, у 24 — промежуточный риск, у 5 — высокий. Средняя глубина охвата ампликонов составляла 3564x. В среднем на образец было обнаружено 2,6 патогенной мутации. Наиболее распространенными мутациями у пациентов с низким цитогене-тическим риском были KIT (14 %), FLT3-ITD, NRAS, NOTCH1 (11 %); у пациентов с промежуточным цитогенетическим риском — FLT3-ITD (16 %), NPM1 (13 %), DNMT3A (9 %), CBL (9 %), NRAS, NOTCH1 и IDH1 (по 7 % каждый). Частыми сопутствующими мутациями были FLT3-ITD с DNMT3A, NPM1, NOTCH1 и CBL, DNMT3A с NPM1 и NOTCH1 с CBL.
Заключение. Наше исследование является первым в своем роде в Индии и подчеркивает огромную сложность мутационного профиля ОМЛ. Используя целевой подход NGS, мы могли бы быстро исследовать большое количество молекулярных путей, вовлеченных в патогенез ОМЛ. Одним из преимуществ использования Illumina, является то, что образцы могут быть мультиплексированы без ущерба для глубины охвата, а также количества оцениваемых генов. Есть возможность получить ценную прогностическую информацию для определенных подтипов заболеваний, например для ОМЛ с RUNX1-RUNX1T1. Тестирование генных панелей методом NGS может использоваться для изучения различных генных мутаций ОМЛ в клинической практике. Эти первоначальные результаты указывают на важность быстрого молекулярного анализа профиля образцов в эпоху персонализированной медицины.
Конфликты интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликтов интересов.
Источники финансирования. Исследование финансировалось трастом Wellcome и компанией DBT (Индия).
by the MiSeq Reporter. Fastq files thus obtained were aligned to hg19 using BWA and preprocessed in Samtools and Picard tools. Variant calling was done with the help of Varscan 2, PINDEL and ITD-Seek and were annotated using Annovar with the help of various databases.
Results. 25 patients were of favorable risk, 24 were of intermediate risk and 05 were poor risk. The average amplicon mean coverage depth was 3564x. An average of 2.6 pathogenic mutations was detected per sample. Most common mutations amongst favorable cytogenetic risk were KIT (14 %), FLT3-ITD, NRAS, NOTCH1 (11 %). In Intermediate cytogenetic risk group FLT3-ITD (16 %), NPM1 (13 %), DNMT3A (9 %), CBL (9 %), NRAS, NOTCH1 and IDH1 (7 % each). Commonly co-occurred mutations were FLT3ITD with DNMT3A, NPM1, NOTCH1 and CBL, DN-MT3A with NPM1 and NOTCH1 with CBL.
Conclusion. Our study first of its kind in India, highlights the immense complexity of the mutational landscape of AML. Using targeted NGS approach we could rapidly interrogate a large focused subset of molecular pathways implicated in the pathogenesis of AML. One of the advantages of an Illumina based approach is that samples can be multiplexed without compromising on the depth of coverage as well as the number of genes assessed. We could obtain valuable prognostic and predictive information amongst established subsets for e.g. AML with RUNX1-RUNX1T1. Gene panel testing by NGS approach was applicable for detection of various known gene mutations of AML in the clinical laboratory set up. These initial results indicate importance of rapid comprehensive molecular profiling of patient samples in the era of personalised medicine.
Conflicts of interest. The authors declare no conflicts of interest.
Funding. The study is funded by Wellcome trust and DBT India.
ПРОГНОСТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ МУТАЦИЙ И ИХ СВЯЗЬ С ВОЗМОЖНОСТЬЮ ДОСТИЖЕНИЯ РЕМИССИИ ПОСЛЕ ПЕРВОГО ИНДУКЦИОННОГО КУРСА У БОЛЬНЫХ ОСТРЫМИ МИЕЛОИДНЫМИ ЛЕЙКОЗАМИ В ГОМЕЛЬСКОМ РЕГИОНЕ БЕЛАРУСИ
Ж.М. Козич, В.Н. Мартинков, А.Е. Силин, И.Б. Тропашко
ГУ «Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека», Гомель, Республика Беларусь
Введение. Достижение полной ремиссии — основная задача при лечении острых миелоидных лейкозов (ОМЛ). Выход в ремиссию после первого индукционного курса химиотерапии связан с множеством факторов, одним из которых является наличие моле-кулярно-генетических аномалий.
Цель. Оценить взаимосвязь между наличием мутаций генов FLT3, NPM1, СЕВРА, ТР53 и частотой ремиссии после первого курса химиотерапии у пациентов с ОМЛ.
Материалы и методы. Материалом для исследования служили образцы венозной крови и костного мозга 97 пациентов с впервые выявленным ОМЛ, проходивших лечение в 2009-2016 гг. в гематологическом отделении для взрослых ГУ «РНПЦ РМ и ЭЧ»
PROGNOSTIC VALUE OF MUTATIONS AND THEIR CORRELATION WITH POTENTIAL REMISSION AFTER THE FIRST COURSE OF INDUCTION THERAPY IN PATIENTS WITH ACUTE MYELOID LEUKEMIA IN THE GOMEL REGION OF BELARUS
ZhM Kozich, VN Martinkov, AE Silin, IB Tropashko
Republican Scientific Center of Radiation Medicine and Human Ecology, Gomel, Republic of Belarus
Background. Achievement of complete remission is the main task in the treatment of acute myeloid leukemia (AML). The remission after the first induction course of chemotherapy is associated with a number of factors, one of which is the presence of molecular genetic anomalies.
Aim. To evaluate the relationship between the presence of FLT3, NPM1, СЕВРА and TP53 mutations and the frequency of remission after the first course of chemotherapy in patients with AML.
Materials & Methods. The samples of whole venous blood and bone marrow of 97 patients with newly diagnosed AML, who were treated in 2009-2016 in the hematological department of the Republican Scientific Center for Radiation Medicine and Human Ecology
V Евразийский гематологический форум
КЛИНИЧЕСКАЯ ОНКОГЕМАТОЛОГИЯ
г. Гомеля. Медиана возраста составила 54 года (25 % — 41 год, 75 % — 62 года); 63,9 % женщин. В группе были представлены М0-М4-варианты ОМЛ по FAB-классификации. Индукционная терапия проводилась по протоколу «7+3» для лиц моложе 60 лет, «5+2» для лиц старше 60 лет. Анализ мутаций ПТЗ-Ий и НРМ1 осуществлялся методом ПЦР с электрофоретической детекцией, мутации СЕВРА и ТР53 определяли методом ББСР с последующим секвени-рованием по Сэнгеру.
Результаты. В исследуемой группе из 97 пациентов мутации ПТ3, ЫРМ1, СЕВРА, ТР53выявлены в 54 (55,7 %) случаях. Наиболее часто встречались мутации ПТ3-!Тй (23,7 %) и ЫРМ1 (23,7 %), несколько реже — мутации СЕВРА (11,3 %) и ТР53 (11,3 %). Сочетание мутаций ПТ3-!Тй и НРМ1 выявлено у 10,3 % пациентов. Мутации ПТ3-!Тй с наибольшей частотой обнаруживались при М3-варианте ОМЛ — в 30,4 % случаев, НРМ1 при М1 — 32,3 %, СЕВРА при М2 — 21,7 % и ТР53 при М1 и М4 — 22,6 и 20,0 % соответственно. После первого индукционного курса ремиссия достигнута у 63 пациентов (64,9 %), из которых 34 (54 %) первоначально имели одиночные мутации или их сочетание. У пациентов с мутациями СЕВРА ремиссии достигались чаще (81,8 %), а рецидивы развивались реже (22,2 %), чем у пациентов без данных мутаций. Наличие у пациентов сочетания мутаций ПТ3-!Тй и НРМ1 расценивалось как неблагоприятный прогностический фактор получения ремиссии (20 %; р = 0,003). Однако при рассмотрении пациентов с мутациями ПТ3-!Тй и НРМ1 по отдельности значимых различий в частоте ремиссий не обнаружено (47,8 и 56,5 % соответственно). В то же время мутации ПТ3-!Тй и НРМ1, сохранившиеся после первого курса химиотерапии, были связаны с повышенной частотой развития рецидивов и худшей общей выживаемостью. Наличие мутаций ТР53 коррелировало со статистически значимо меньшей частотой достижения ремиссии — 36,4 % (р = 0,047). Из 34 пациентов, не достигших ремиссии, мутации присутствовали у 20 (58,8 %). При этом частота мутаций в подгруппах пациентов с вариантами М3 и М4 составила 75 %, с вариантами М1 и М2 — 58,8 и 50,0 % соответственно. При варианте М0 мутации отсутствовали. Мутации ПТ3-!Тй и НРМ1 определены у 35,3 и 29,4 % пациентов соответственно, не достигших ремиссии, сочетание мутаций ПТ3-!Тй и НРМ1 — у 23,5 %, мутации ТР53 — у 20,6 %, мутации СЕВРА — лишь у 5,9 % пациентов.
Заключение. Анализ мутационного статуса на момент постановки диагноза ОМЛ и после первого индукционного курса имеет важное значение для создания индивидуальной прогностической модели у каждого пациента.
Конфликты интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликтов интересов.
Источники финансирования. Работа не имела спонсорской поддержки.
(Gomel, Republic of Belarus) were analysed. The median age was 54 years (25 % of patients were 41 years old, 75 % of patients were 62 years old); 63.9 % of the patients were female. The study population had M0-M4 variants of AML according to the FAB classification. Induction therapy was administered according to the "7+3" protocol for patients under 60 and "5+2" protocol for patients over 60. The FLT3-ITD and NPM1 mutations were analysed using the PCR with electrophoretic detection; СЕВРА and TP53 mutations were analysed using the SSCP method followed by the Sanger sequencing.
Results. FLT3, NPM1, СЕВРА, and TP53 mutations were detected in 54 of 97 cases (55.7 %). The most common mutations were FLT3-ITD (23.7 %) and NPM1 (23.7 %); СЕВРА and TP53 mutations were less frequent (11.3 % each). The combination of FLT3-ITD and NPM1 mutations was detected in 10.3 % of patients. We established the most frequent mutated genes for each AML variant: FLT3-ITD in the M3 variant (30.4 %), NPM1 in the M1 variant (32.3 %), СЕВРА in the M2 variant of AML (21.7 %), and TP53 in the M1 and M4 variants (22.6 % and 20.0 %, respectively). After the first course of induction therapy, remission was achieved in 63 patients (64.9 %), 34 (54 %) of them initially had single mutations or a combination of them. In patients with СЕВРА mutations, the higher response rate was observed (81.8 %), and relapses developed less frequently (22.2 %) compared to patients without these mutations. The combination of FLT3-ITD and NPM1 mutations in patients was an unfavorable prognostic factor for remission (20 %, p = 0.003). However, in patients with FLT3-ITD and NPM1 mutations, there were no significant differences in the frequency of remissions (47.8 and 56.5 %, respectively). However, FLT3-ITD and NPM1 mutations, preserved after the first course of chemotherapy, were associated with an increased recurrence rate and a smaller overall survival rate. The presence of TP53 mutations was associated with lower remission rate (36.4 %, p = 0.047). Out of 34 patients who did not achieve remission, 20 (58.8 %) had mutations. The mutation rate in subgroups of patients with M3 and M4 variants was 75 %, and 58.8 % and 50.0 % with M1 and M2 variants, respectively. In the M0 variant no mutations were found. FLT3-ITD and NPM1 mutations were detected in 35.3 % and 29.4 % of patients, respectively, who did not achieve remission, a combination of FLT3-ITD and NPM1 mutations were detected in 23.5 %, TP53 mutation was detected in 20.6 %, СЕВРА mutation was detected only in 5.9 % of patients.
Conclusion. The analysis of the mutational status at the time of diagnosis of AML and after the first induction course is important for determining individual prognostic model of each patient.
Conflicts of interest. The authors declare no conflicts of interest.
Funding. The study received no external funding.
ОТДАЛЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ТЕРАПИИ ИМАТИНИБОМ В ХРОНИЧЕСКОЙ ФАЗЕ ХРОНИЧЕСКОГО МИЕЛОЛЕЙКОЗА: ОДНОЦЕНТРОВОЕ НАБЛЮДЕНИЕ (ГОМЕЛЬ, БЕЛАРУСЬ)
Ж.М. Козич1, Д.К. Новик1, А.Ю. Зарицкий2, Е.Г. Ломаиа2
1 Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека, Гомель, Республика Беларусь
2 ФГБУ «НМИЦ им. В.А. Алмазова» Минздрава России, Санкт-Петербург, Российская Федерация
Введение. Иматиниб (ИМ) остается препаратом выбора в первой линии терапии хронического миелолейкоза (ХМЛ). Из-за
LONG-TERM RESULTS OF IMATINIB THERAPY IN THE CHRONIC PHASE OF CHRONIC MYELOID LEUKEMIA: SINGLE CENTER OBSERVATION (GOMEL, BELARUS)
ZhM Kozich1, DK Novik1, AYu Zaritskii2, EG Lomaia2
1 Republican Scientific Center for Radiation Medicine and Human Ecology, Gomel, Republic of Belarus
2 VA Almazov National Medical Research Center, Saint Petersburg, Russian Federation
Background. Imatinib (IM) remains the drug of choice in the first line therapy of chronic myeloid leukemia (CML). Due to the widespread use of new tyrosine kinase inhibitors (TKI) in patients after the failure
