CC BY
9
2023;20(1):144-151 Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues
УДК 616.33-07:[616.98:579.835.12]:615.015.8 https://doi.org/10.51523/2708-6011.2023-20-1-18
Определение резистентности Helicobacter pylori к кларитромицину в образцах биоптатов слизистой оболочки желудка с использованием TaqManR® MGB-зондов
А. В. Воропаева, А. Д. Борсук, Н. И. Шевченко, C. М. Мартыненко
Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека, г. Гомель, Беларусь
Резюме
Цель исследования. Изучить первичную резистентность H. pylori к кларитромицину жителей Гомельской области методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР РВ) с использованием TaqMan® MGB-зондов.
Материалы и методы. В исследование включено 184 пациента с диагнозом гастрита и дуодениа, K29, медиана возраста — 48,5 года (25 и 75 % — 37 и 61 год). Согласно анкетным данным пациентов, эрадикационная терапия с применением кларитромицина не проводилась. Для определения резистентности H. pylori к кларитромицину использовали метод ПЦР РВ с применением TagMan® MGB-зондов.
Результаты. Все 184 исследуемых образца ДНК были положительными по гену Rnase P (ВКО) и учитывались при дальнейшем анализе (Ct, HEX 20,20-34,14). ДНК гена cagH (Ct, FAM 21,26-33,04), свидетельствующая об инфицировании бактерией, подтверждена в 152 образцах (82,6 %). ДНК гена 23SrRNA (точечные мутации A2142G и A2143G) выявлена в 16 из 152 образцов ДНК — 10,5 % (Ct, Hex 20,24-31,17). Заведомо положительные контрольные пробы имели характерный рост кривых по соответствующим каналам детекции, в заведомо отрицательных — рост кривых не отмечен.
Заключение. Первичная резистентность Н. pylori к кларитромицину у жителей Гомельской области составила 10,5 %, и применение тройной эрадикационной терапии первой линии, включающей ИПП, амоксициллин и кларитромицин, в качестве эмпирической в данном регионе согласуется с рекомендациями Mаастрихт III-VI и постановлением Министерства здравоохранения Республики Беларусь от 01.06.2017 № 54: клинический протокол «Диагностика и лечение пациентов с заболеваниями органов пищеварения». Применение ПЦР РВ с использованием TaqMan® MGB-зондов обосновано для определения резистентности H. pylori к кларитромицину, назначения индивидуализированного лечения и оценки эффективности схем эрадикации. Ключевые слова: H. pylori, праймеры, полимеразная цепная реакция в реальном времени, TaqMan® MGB-зон-ды, резистентность
Вклад авторов. Воропаева А.В.: идея, концепция, планирование и выполнение исследования, анализ и обработка материала и его изложение, библиография; Борсук А.Д.: забор материала; Шевченко Н.И.: анализ материала, общее редактирование; Мартыненко С.М: выполнение исследования. Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Источник финансирования. Исследование выполнено в рамках задания 3.12 «Изучить молекулярно-ге-нетические факторы устойчивости H. pylori к противомикробным лекарственным средствам для оптимизации метода эрадикации» 2019-2021 гг., подпрограмма 4.2 «Фундаментальные аспекты медицинской науки», ГПНИ 4 «Трансляционная медицина».
Для цитирования: Воропаева АВ, Борсук АД, Шевченко НИ, Мартыненко СМ. Определение резистентности Helicobacter pylori к кларитромицину в образцах биоптатов слизистой оболочки желудка с использованием TaqMan® MGB-зондов. Проблемы здоровья и экологии. 2023;20(1):144-151. DOI: https://doi.org/10.51523/2708-6011.2023-20-1-18
© А. В. Воропаева, А. Д. Борсук, Н. И. Шевченко, C. М. Мартыненко, 2023
Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues 2023;20(1):144-151
Determination of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin in biopsy samples of gastric mucosa using TaqMan® MGB probes
Alla V. Voropaeva, Alexey D. Borsuk, Natalia I. Shevchenko, Sviatlana M. Martynenko
Republican Research Centre for Radiation Medicine and Human Ecology, Gomel, Belarus
Abstract
Objective. To study primary resistance of H. pylori to clarithromycin in residents of Gomel region by real-time polymerase chain reaction (PCR RT) using TaqMan® MGB probes.
Materials and methods. The study included 184 patients diagnosed with gastritis and duodenitis, K29, median age 48.5 years (25% and 75% were 37 and 61 years old). According to the patients' questionnaires, no clarithromycin-based eradication therapy was administered. To determine the resistance of H. pylori to clarithromycin, a PCR RV method using TagMan® MGB probes was used.
Results. All 184 tested DNA samples were positive for the Rnase P gene (ICS) and were considered in further analysis (Ct, HEX 20.20-34.14). DNA from the cagH gene (Ct, FAM 21.26-33.04), indicating infection with the bacterium, was confirmed in 152 samples (82.6%). DNA from the 23SrRNA gene (point mutations A2142G and A2143G) was detected in 16 of 152 DNA samples - 10.5 % (Ct, Hex 20.24-31.17). The positive control samples had characteristic curve growth in the corresponding detection channels; no curve growth was observed in the negative samples. Conclusion. The primary resistance of H. pylori to clarithromycin in the residents of Gomel region was 10.5%, and the use of triple first-line eradication therapy, including PPIs, amoxicillin and clarithromycin, as empirical in this region is consistent with the Maastricht III-VI recommendations and Decree of the Ministry of Health of the Republic of Belarus of 01.06.2017 № 54: clinical protocol "Diagnosis and treatment of patients with digestive diseases." The use of PCR RT using TaqMan® MGB probes is justified to determine the resistance of H. pylori to clarithromycin, to prescribe individualized treatment and to evaluate the effectiveness of eradication regimens.
Keywords: H.pylori, primers, real-time polymerase chain reaction, TaqMan® MGB probes, resistance, clarithromycin Author contributions. Voropaeva A.V.: idea, concept, planning and implementation of research, analysis and processing of the material and their presentation, bibliography; Borsuk A.D.: material sampling; Shevchenko N.I.: material analysis, general editing; Martynenko S.M.: research execution. Conflict of interest. The authors declare no conflict of interest.
Funding. The study was carried out as part of task 3.12 "To study the molecular genetic factors of H. pylori resistance to antimicrobial drugs to optimize the method of eradication" 2019-2021, subprogram 4.2 "Fundamental aspects of medical science", SPNI 4 "Translational medicine"
For citation: Voropaeva AV, Borsuk AD, Shevchenko NI, Martynenko SM. Determination of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin in biopsy samples of gastric mucosa using TaqMan® MGB probes. Health and Ecology Issues. 2023;20(1):144-151. DOI: https://doi.org/10.51523/2708-6011.2023-20-1-18
Введение
Резистентность H. pylori к антибиотикам является основной причиной безуспешной эра-дикации в клинической практике. Раннее выявление резистентности необходимо для выбора антибактериальных лекарственных средств и повышения эффективности лечения [1]. Наиболее эффективным препаратом, применяемым для лечения инфекции Н. pylori, является клари-тромицин — полусинтетический 14-членный ма-кролид, производное эритромицина А, разработанный фармацевтической компанией «Taisho» (Япония) в 1991 г. в сочетании с амоксициллином или метронидазолом и обязательно с антисекреторными препаратами (ингибиторами протонного насоса, Н2-блокаторами). Наличие метоксигруп-
пы в 6-й позиции лактонного кольца придает ему повышенную кислотостабильность и улучшенные по сравнению с эритромицином антибактериальные и фармакокинетические свойства [2]. Резистентность H. pylori к кларитромицину обусловлена главным образом заменой аденина на гуанин в позициях 2142 и 2143 и трансверсией аденина на цитозин в позиции 2142, которые включены в пептидилтрансферазный цикл 23S rRNA. Мутация А к G в положении 2142 или в положении 2143 и мутация A к C в положении 2142 наиболее часто встречаются в резистентных штаммах Н. pylori Европы и Азии и составляют 69,8, 11,7 и 2,6 % соответственно [3].
В регионах с низким уровнем резистентности к кларитромицину (< 15 %) тройная терапия: ин-
Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues
2023;20(1):144-151
гибитор протонной помпы (ИПП), кларитромицин + амоксициллин и висмутсодержащая квадроте-рапия (ИПП + висмут + тетрациклин + метрони-дазол) рассматриваются в качестве схем первой линии и могут назначаться эмпирически [4, 5, 6].
«Золотым стандартом» определения чувствительности к антибиотикам являются фено-типические методы, применительно к Н. pylori — метод разведения в агаре. Данный метод имеет существенные недостатки для применения в практической лаборатории обычной клиники: сложен в исполнении, трудоемок, требует опыта персонала, соответственно, существует потребность в независимых от получения культуры методах прогнозирования устойчивости к антибиотикам [7]. Разработанная в 1983 г. K. Мюллисом технология амплификации (многократного копирования) небольших количеств образцов дезок-сирибонуклеиновой кислоты (ДНК) увеличивает количество копий исходной пробы в миллионы раз в течение нескольких часов [8] и позволяет не только выявлять искомую ДНК, но и проводить генотипирование и дальнейшее секвенирование (определение последовательности нуклеоти-дов в цепочке ДНК) [9]. Изучение молекулярного механизма устойчивости выявило множество мутаций, ответственных за развитие резистентности H. pylori к используемым для лечения лекарственным средствам и привело к разработке молекулярных тестов определения резистентности. Протокол TaqMan-зондов основан на вы-щеплении 5'-концевой метки с использованием 5'-экзонуклеазной активности полимеразы. В реакционную смесь добавляют ДНК-зонды, в состав которых входят флуоресцентная метка в 5'-положении, гаситель флуоресценции в 3'-по-ложении, а также фосфатная группа в 3'-поло-жении. Эти зонды имеют места посадки внутри амплифицируемой области. Гаситель поглощает испускаемое флуоресцентной меткой излучение, а фосфатная группа в 3'-положении блокирует полимеразу. При проведении ПЦР на стадии отжига праймеров ДНК-зонд присоединяется к комплементарной цепи ДНК, и чем больше образуется продуктов амплификации в ходе ПЦР, тем больше молекул зондов свяжется с соответствующими ампликонами. На стадии элонгации полимераза синтезирует комплементарную цепь ДНК и при достижении зонда начинает его расщеплять благодаря наличию 5'-экзонуклеазной активности, в результате происходит разъединение флуоресцентной метки и гасителя и увеличение детектируемого свечения [10, 11]. В структуру TaqMan®-зонда входит связывающийся с малой бороздкой ДНК MGB (minor groove binder) фрагмент на 3' конце, который повышает температуру плавления зонда и стабилизирует гибрид
«зонд-мишень», благодаря чему TaqMan®-30H-ды могут быть гораздо короче обычных зондов, обеспечивая лучшую дискриминацию мишеней и возможность их большего выбора. Также в структуру TaqMan®-зондов включен нефлуоресцентный гаситель NFQ (Nonfluorescent quencher), абсорбирующий сигнал от флуоресцирующих красителей на другом конце пробы. Это свойство NFQ в сочетании с короткой длиной зондов с MGB снижает фоновый сигнал и приводит к повышению специфичности и точности полученных результатов [12, 13].
Цель исследования
Изучить первичную резистентность H. pylori к кларитромицину жителей Гомельской области методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием TaqMan® MGB-зондов.
Материалы и методы
В исследование включено 184 пациента с диагнозом гастрита и дуоденита, K29, медиана возраста — 48,5 года (25 и 75 % — 37 и 61 год).
Согласно анкетным данным, эрадикацион-ная терапия H. pylori с применением кларитро-мицина пациентам не проводилась. Полученный биологический материал (кусочки ткани объемом не более 5 мм3) вносили в пробирки объемом 1,5 мл типа «Eppendorf», содержащие 200 мкл стерильного физиологического раствора и транспортировали в лабораторию. При невозможности немедленной доставки проб их сохраняли в холодильнике при температуре 2-8 °С в течение 3 суток [14]. Далее проводили выделение тотальной ДНК по разработанной методике с применением протеиназы К. С этой целью рекомендуемый производителем протокол выделения ДНК комплекта реагентов «ПРО-БА-НК» (производства ООО «НПО ДНК-Технология», Россия) дополняется предварительным этапом лизиса биоптата желудка раствором, содержащим протеиназу К (20 мг/мл), при температуре 56 °С в течение 1-2 часов. После проведения выделения количество ДНК определяли фотометрически; препараты ДНК, отвечающие стандартным требованиям, использовали для проведения ПЦР РВ. Дизайн исследования включал выявление в образце ДНК непосредственно H. pylori (cagH), определение мутаций A2143G, A2142G (HP23SRNA), определение ВКО (внутреннего контрольного образца — Rnase P). Для выполнения исследования использовались синтезированные по нашему заказу праймеры и флуоресцентные зонды (таблица 1), а также пре-микс ArtMix ДНК полимераза 2x производства ООО «АртБиоТех» (Республика Беларусь).
Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues 2023;20(1):144-151
Таблица 1. Праимеры и зонды для ПЦР РВ Table 1. Primer and probe sequences for PCR RT
Наименование гена Наименование праймера и зонда, последовательность (5'-3') Продукт (н. п.) Генный банк, №
RnaseP RnaseP-F 5'AGATTTGGACCTGCGAGCG 3' RnaseP-R 5'GAGCGGCTGTCTCCACAAGT 3' RnaseP-PHex - TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG3' MGB 71 U77665.1
cagH cagH-F 5' TTATGTTAGAAATCGCTTGAGTGTCA3' cagH-R 5' CGCTTCTCAAATGATACTTAATCAATC3' cagH-P 5'FAM-AGGTGCTAGTAGCTAATC3'MGB 98 FR666857.1
23SrRNA HP23S- F 5'TTCAGTGAAATTGTAGTGGAGGTG3' HP23S-R5' TCCCATTAGCAGTGCTAAGTTGTA3' HP23S-AA 5' FAM-AGACGGAAAGACC3'MGB HP23S-GA5' HEX -AGACGGGAAGACC3' MGB HP23S-AG 5' HEX-AGACGGAGAGACC3'MGB 98 NR076155.1
Смесь реагентов для амплификации гена cagH и Rnase P состояла из 10,0 мкл премикс ArtMix ДНК полимераза 2x, 2 мкл смеси прайме-ров, 0,8 мкл зонда и деионизованной воды до объема 15 мкл, образец ДНК — 5 мкл. Смесь реагентов для амплификации гена 23SRNA состояла из 10,0 мкл премикс ArtMix ДНК полимераза 2x, 2 мкл смеси праймеров, 2,4 мкл смеси зондов и деионизованной воды до объема 15 мкл, образец ДНК — 5 мкл. Концентрация каждого праймера и зонда составляет 10,0 пмоль/мкл. Программа амплификации включала: 95 °С — 2 минуты (1 цикл); 95 °С — 15 секунд, 60 °С — 45 секунд (40 циклов) ^ считывание сигнала в конце каждого цикла [15]. Дополнительно в постановку включали ОКО (отрицательный образец, дистиллированная вода), предназначенный для выявления артефактов в ходе реакции, и постановку NTC (холостой пробы). Также в постановку включали ПКО (заведомо положительные образцы по каждому из генов). Анализ результатов проводили по каждому из образцов согласно рассчитанным программой пороговым линиям для всех кривых амплификации по соответствующему каналу флуоресцентной детекции и визуально, амплификатор CFX 96 С1000 Touch (BioRad, США). Образец считали положительным, если в таблице результатов пороговых циклов по детектируемым каналам определено значение Ct и кривая флуоресценции данного образца пересекает пороговую линию на участке характерного экспоненциального подъема флуоресценции.
Полученные результаты интерпретировали следующим образом:
Наличие характерной кривой по каналу детекции HEX для Rnase P — выявлен фрагмент
гена Rnase P (ВКО) — образец подлежит дальнейшему анализу; наличие характерной кривой по каналу детекции FAM для cagH — выявлена ДНК Н. pylori; наличие характерной кривой по каналу детекции FAM для 23SrRNA — резистентность к кларитромицину отсутствует; наличие характерной кривой по каналу детекции HEX для 23SrRNA — выявлена резистентность к кларитромицину.
Наличие характерных кривых хотя бы по одному из детектируемых каналов (FAM, НЕХ) в образцах ОКО и NTC свидетельствует о загрязнении реакционной смеси или расходных материалов (ложноположительные образцы, постановка некорректна). Отсутствие характерного роста кривой по каналу HEX для RnaseP (ВКО) свидетельствует об ингибировании ПЦР или недостаточном количестве биологического материала (ложноотрицательные образцы, не подлежат учету).
Статистический анализ
Результаты представлены в виде частоты резистентности к конкретному гену (в процентах).
Результаты и обсуждение
Все исследуемые образцы ДНК являлись положительными по гену Rnase P (ВКО) и учитывались при дальнейшем анализе (Ct, HEX 20,20-34,14). Заведомо положительные контрольные пробы имели характерный рост кривых по соответствующим каналам детекции, в заведомо отрицательных — рост кривых не отмечен. ДНК гена cagH (Ct, FAM 21,26-33,04), свидетельствующая об инфицировании бактерией, подтверждена в 152 образцах (82,6 %) (рисунок 1).
2023;20(1):144-151
Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues
cagH,__Rnase P
Рисунок 1. Кинетические кривые анализа гена cagH и Rnase P Figurel. Kinetic curves of cagH and Rnase P gene analysis
ДНК гена 23SrRNA (точечные мутации мицину составила 10,5 % (Ct, Hex 20,24-31,17) A2142G и A2143G) выявлена в 16 из 152 образ- (рисунок 2). цов ДНК. Резистентность Н. pylori к кларитро-
23SrRNA
Рисунок 2. Кинетические кривые анализа гена 23SrRNA Figure 2. Kinetic curves of 23SrRNA gene analysis
Тройная эрадикационная терапии первой линии, включающая ИПП, амоксициллин и клари-тромицин, в течение 7-10 дней (1996 г.) являлась успешной у 80 % пациентов, и данная схема применялась повсеместно [16], снизившись с течением времени до 60 %, и прямо коррелирующей с возросшей резистентностью к кларитромицину [17, 18]. Результаты многоцентровых исследований показали, что при наличии чувствительности к препарату эффективность эрадикации составляет почти 88 %, а развитие резистентности к
кларитромицину понижает ее до 18,3 % [19]. В настоящее время стандартная тройная терапия эффективна (более 90 %) в регионах, где уровень резистентности к кларитромицину не превышает 10 % [20], однако к 2013 г. резистентность во многих странах превысила критические 20 % [21]. Следует отметить, что зарегистрированный нами ранее (2006-2012 гг.) уровень первичной резистентности к кларитромицину в Гомельской и Витебской области составлял 5,2 % [22].
Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues
В рекомендациях Маастрихт VI отображены стратегии по повышению эффективности существующих схем эрадикационной терапии: увеличение продолжительности лечения тройной терапией до 14 дней; использование более высоких доз ИПП или вонопразана (калий-конкурентный блокатор секреции соляной кислоты); использование схемы из четырех препаратов; добавление пробиотиков [6]. Механизмы устойчивости H. pylori к антибиотикам в настоящее время в значительной степени изучены. Выявить резистентность к антибиотикам возможно путем обнаружения различных мутаций или других генетических изменений, и корреляция между генотипами и фенотипами может быть как относительно простой (прямо пропорциональной, например, для кларитромицина и фторхиноло-нов), так и очень сложной (например, для ме-тронидазола). Точность методов молекулярной диагностики для прогнозирования устойчивости к антибиотикам сильно различается между различными антибиотиками, но устойчивость к кларитромицину, лишь за очень немногими исключениями, возникает из-за мутаций в гене 23S рРНК, главными из которых являются A2143G, A2142G и A2142C. Так как данные мутации отвечают почти за всю клиническую резистентность, ПЦР или секвенирование обоснованы и применимы для определения резистентности к кларитромицину [6, 23].
2023;20(1):144-151
Заключение
Первичная резистентность Н. pylori к кларитромицину в Гомельской области составила 10,5 %, и применение тройной эрадикационной терапии первой линии, включающей ИПП, амок-сициллин и кларитромицин, в качестве эмпирической в данном регионе согласуется с рекомендациями Маастрихт III-VI и постановлением Министерства здравоохранения Республики Беларусь от 01.06.2017 № 54: клинический протокол «Диагностика и лечение пациентов с заболеваниями органов пищеварения».
Современные молекулярные методы, такие как ПЦР и особенно ПЦР РВ, секвенирование, в практике клинических лабораторий должны быть направлены на определение резистентности в конкретном регионе, что обеспечит целесообразность использования лекарственных средств, а также позволит проводить динамическое наблюдение за уровнем резистентности, назначать индивидуализированную эрадикацион-ную терапию. Метод ПЦР РВ с использованием TaqMan® MGB-зондов характеризуется высокой чувствительностью и специфичностью, стандартизован, что особенно важно при ко-инфекциях с устойчивыми и чувствительными к кларитроми-цину штаммами, непродолжителен по времени и соответствует рекомендованным Маастрихт VI методам определения резистентности Н. pylori к кларитромицину.
Список литературы
1. Андреев ДН, Маев ИВ, Кучерявый ЮА. Резистентность Helicobacter pylori в Российской Федерации: метаана-лиз исследований за последние 10 лет. Терапевтический архив. 2020;92(11):24-30.
DOI: https://doi.org/10.26442/00403660.2020.11.000795
2. Дехнич НН, Козлов СН. Кларитромицин (Клацид) -роль в эрадикации Helicobacter pylori-инфекции. Фарматека. 2007;(13):1-6.
3. Nishizawa T, Suzuki H. Mechanisms of Helicobacter pylori antibiotic resistance and molecular testing. Front Mol Biosci. 2014;1:19.
DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2014.00019
4. Диагностика и лечение пациентов с заболеваниями органов пищеварения: клинический протокол [Электронный ресурс]: постановление Министерства здравоохранения Республики Беларусь, 01 июня 2017 г., № 54, приложение 2. [дата доступа: 20.12.2022]. Режим доступа: https://minzdrav. gov.by/upload/dadvfiles/CProtokol/КП%20Диаmостика%20 и%20лечение%20пациентов%20с%20заболеваниями%20ор-raнов%20пищеварения%2001.06.2017%20№%2054.pdf
5. Malfertheiner P, Megraud F, O'Morain CA, Gisbert JP, Kuipers EJ, et al. European Helicobacter and Microbiota Study Group and Consensus panel. Management of Helicobacter pylori infection-the Maastricht V/Florence Consensus Report. Gut. 2017 Jan;66(1):6-30. DOI: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2016-312288
6. Malfertheiner P, Megraud F, Rokkas T, Gisbert JP, Liou JM, et al. European Helicobacter and Microbiota Study group. Management of Helicobacter pylori infection: the Maastricht VI/ Florence consensus report. Gut. 2022 Aug 8:gutjnl-2022-327745. DOI: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2022-327745
7. Allahverdiyev AM, Bagirova M, Caliskan R, Tokman HB, Aliyeva H, et al. Isolation and diagnosis of Helicobacter pylori by a new method: microcapillary culture. World J Gastroenterol. 2015 Mar 7;21(9):2622-2628.
DOI: https://doi.org/10.3748/wjg.v21.i9.2622
8. Волков АН, Начева ЛВ. Молекулярно-генетические методы в практике современных медико-биологических исследований. Часть I: теоретические основы ПЦР-диагностики. Фундаментальная и клиническая медицина. 2020;5(4):133-140. DOI: https://doi.org/10.23946/2500-0764-2020-5-4-133-140
9. Heather JM, Chain B. The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA. Genomics. 2016 Jan;107(1):1-8. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2015.11.003
10. Ребриков ДВ, Саматов ГА, Трофимов ДЮ, [и др.]. ПЦР в реальном времени. Под ред. Д. В. Ребрикова. 9-е изд. Москва: Лаборатория знаний; 2021. 223 с.
11. Nagy A, Vitaskova E, Cernlkova L, Krivda V, Jirincova H, et al. Evaluation of TaqMan qPCR System Integrating Two Identically Labelled Hydrolysis Probes in Single Assay. Sci Rep. 2017 Jan 25;7:41392.
DOI: https://doi.org/10.1038/srep41392
12. Kutyavin I, Lokhov S, Lukhtanov E, Reed MW. Chemistry of minor groove binder-oligonucleotide conjugates. Curr Protoc Nucleic Acid Chem. 2003 Aug; Chapter 8:Unit 8.4.
DOI: https://doi.org/10.1002/0471142700.nc0804s13
13. Qiu J, Wilson A, El-Sagheer AH, Brown T. Combination probes with intercalating anchors and proximal fluorophores for DNA and RNA detection. Nucleic Acids Res. 2016 Sep 30;44(17):e138.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkw579
2023;20(1):144-151 Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues
14. Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного патогенными биологическими агентами III-IY групп патогенности. Методические указания МУ 1.3.1794-03, МУ 1.3.1794-04. Минздрав России; 2003. Приложение 7. [дата обращения: 10.11.2022]. Режим доступа: https://docs.cntd.ru/document/1200035464
15. Peng X, Song Z, He L, Lin S, Gong Y, et al. Gastric Juice-Based Real-Time PCR for Tailored. Helicobacter Pylori Treatment: A Practical Approach. Int J Med Sci. 2017 May 15;14(6):595-601. DOI: https://doi.org/10.7150/ijms.18996
16. Current European concepts in the management of Helicobacter pylori infection. The Maastricht Consensus Report. European Helicobacter Pylori Study Group. Gut. 1997 Jul;41(1):8-13. DOI: https://doi.org/10.1136/gut.41.1.8
17. Graham DY, Lee YC, Wu MS. Rational Helicobacter pylori therapy: evidence-based medicine rather than medicine-based evidence. Clin Gastroenterol Hepatol. 2014 Feb;12(2):177-86.e3; Discussion e12-3.
DOI: https://doi.org/10.1016/j.cgh.2013.05.028
18. McNicholl AG, Marin AC, Molina-Infante J, Castro M, Barrio J, et al. Randomised clinical trial comparing sequential and concomitant therapies for Helicobacter pylori eradication in routine clinical practice. Gut. 2014 Feb;63(2):244-249.
DOI: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2013-304820
19. Mégraud F. H pylori antibiotic resistance: prevalence, importance, and advances in testing. Gut. 2004 Sep;53(9):1374-1384.
DOI: https://doi.org/10.1136/gut.2003.022111
20. Taguchi H, Kanmura S, Maeda T, Iwaya H, Arima S, Sasaki F, Nasu Y, Tanoue S, Hashimoto S, Ido A. Helicobacter pylori eradication improves the quality of life regardless of the treatment outcome: A multicenter prospective cohort study. Medicine (Baltimore). 2017 Dec;96(52):e9507.
DOI: https://doi.org/10.1097/MD.0000000000009507
21. Поздеева АО, Поздеев ОК, Гуляев ПЕ, Валеева ЮВ, Савинова АН. Современное развитие схем эрадикации Helicobacter pylori. Инфекция и иммунитет. 2021;11(6):1037-1049.
DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-CD0-1679
22. Воропаева АВ, Воропаев ЕВ, Баранов ОЮ, Пла-тошкин ЭН, Шафранский АА. Молекулярно-генетическое тестирование мутаций гена 23S рРНК H.pylori, определяющих резистентность к кларитромицину. Медико-биологические проблемы жизнедеятельности. 2010;(4):30-35.
23. Mestrovic A, Perkovic N, Tonkic A, Sundov Z, Kumric M, Bozic J. Personalized Approach in Eradication of Helicobacter pylori Infection. Antibiotics (Basel). 2022 Dec 21;12(1):7.
DOI: https://doi.org/10.3390/antibiotics12010007
References
1. Andreev DN, Maev IV, Kucheryavyy YA. Helicobacter pylori resistance in the Russian Federation: a meta-analysis of studies over the past 10 years. Therapeutic Archive. 2020; 92 (11): 24-30. (In Russ.).
DOI: https://doi.org/10.26442/00403660.2020.11.000795
2. Dekhnich NN, Kozlov SN. Clarithromycin (Klacid) - a role in the eradication of Helicobacter pylori infection. Pharmateka. 2007;(13):1-6. (In Russ.).
3. Nishizawa T, Suzuki H. Mechanisms of Helicobacter pylori antibiotic resistance and molecular testing. Front Mol Biosci. 2014;1:19.
DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2014.00019
4. Диагностика и лечение пациентов с заболеваниями органов пищеварения: клинический протокол [Электронный ресурс]: постановление Министерства здравоохранения Республики Беларусь, 01 июня 2017 г., № 54, приложение 2. [date of access: 10.11.2022]. Available from: https://minzdrav.gov.by/ upload/dadvfiles/CProtokol/КП%20Диагностика%20и%20лече-ние%20пациентов%20с%20заболеваниями%20органов%20 пищеварения%2001.06.2017%20№%2054^ (In Russ.).
5. Malfertheiner P, Megraud F, O'Morain CA, Gisbert JP, Kuipers EJ, et al. European Helicobacter and Microbiota Study Group and Consensus panel. Management of Helicobacter pylori infection-the Maastricht V/Florence Consensus Report. Gut. 2017 Jan;66(1):6-30.
DOI: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2016-312288
6. Malfertheiner P, Megraud F, Rokkas T, Gisbert JP, Liou JM, Schulz C, Gasbarrini A, Hunt RH, Leja M, O'Morain C, Rugge M, Suerbaum S, Tilg H, Sugano K, El-Omar EM; European Helicobacter and Microbiota Study group. Management of Helicobacter pylori infection: the Maastricht VI/Florence consensus report. Gut. 2022 Aug 8:gutjnl-2022-327745.
DOI: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2022-327745
7. Allahverdiyev AM, Bagirova M, Caliskan R, Tokman HB, Aliyeva H, et al. Isolation and diagnosis of Helicobacter pylori by a new method: microcapillary culture. World J Gastroenterol. 2015 Mar 7;21(9):2622-2628.
DOI: https://doi.org/10.3748/wjg.v21.i9.2622
8. Volkov AN, Nacheva LV. Molecular genetic techniques in current biomedical research. Part I: Theoretical basis of PCR -diagnostics. Fundamental and Clinical Medicine. 2020;5(4):133-140. (In Russ.).
DOI: https://doi.org/10.23946/2500-0764-2020-5-4-133-140
9. Heather JM, Chain B. The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA. Genomics. 2016 Jan;107(1):1-8. DOI: https://doi.Org/10.1016/j.ygeno.2015.11.003
10. Rebrikov DV, Samatov GA, Trofimov DYu, et al. Realtime PCR. Moskov: Laboratory of knowledge; 2021. 223 p. (In Russ.).
11. Nagy A, Vitásková E, Cerníková L, Krivda V, Jirincová H, et al. Evaluation of TaqMan qPCR System Integrating Two Identically Labelled Hydrolysis Probes in Single Assay. Sci Rep. 2017 Jan 25;7:41392.
DOI: https://doi.org/10.1038/srep41392
12. Kutyavin I, Lokhov S, Lukhtanov E, Reed MW. Chemistry of minor groove binder-oligonucleotide conjugates. Curr Protoc Nucleic Acid Chem. 2003 Aug; Chapter 8:Unit 8.4.
DOI: https://doi.org/10.1002/0471142700.nc0804s13
13. Qiu J, Wilson A, El-Sagheer AH, Brown T. Combination probes with intercalating anchors and proximal fluorophores for DNA and RNA detection. Nucleic Acids Res. 2016 Sep 30;44(17):e138.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkw579
14. Organization of work during PCR studies of material infected with pathogenic biological agents of pathogenicity groups III-IY / Guidelines MU 1.3.1794-03, MU 1.3.1794-04. Ministry of Health of Russia.; 2003. Appendix 7. [date of access: 10.11.2022]. Available from: https://docs.cntd.ru/document/1200035464 (In Russ.).
15. Peng X, Song Z, He L, Lin S, Gong Y, et al. Gastric Juice-Based Real-Time PCR for Tailored. Helicobacter Pylori Treatment: A Practical Approach. Int J Med Sci. 2017 May 15;14(6):595-601. DOI: https://doi.org/10.7150/ijms.18996
16. Current European concepts in the management of Helicobacter pylori infection. The Maastricht Consensus Report. European Helicobacter Pylori Study Group. Gut. 1997 Jul;41(1):8-13. DOI: https://doi.org/10.1136/gut.41.1.8
17. Graham DY, Lee YC, Wu MS. Rational Helicobacter pylori therapy: evidence-based medicine rather than medicine-based evidence. Clin Gastroenterol Hepatol. 2014 Feb;12(2):177-86.e3; Discussion e12-3.
DOI: https://doi.org/10.1016/jxgh.2013.05.028
18. McNicholl AG, Marin AC, Molina-Infante J, Castro M, Barrio J, et al. Randomised clinical trial comparing sequential and concomitant therapies for Helicobacter pylori eradication in routine clinical practice. Gut. 2014 Feb;63(2):244-249.
DOI: https://doi.org/10.1136/gutjnl-2013-304820
Проблемы здоровья и экологии / Health and Ecology Issues
19. Megraud F. H pylori antibiotic resistance: prevalence, importance, and advances in testing. Gut. 2004 Sep;53(9):1374-1384.
DOI: https://doi.org/10.1136/gut.2003.022111
20. Taguchi H, Kanmura S, Maeda T, Iwaya H, Arima S, Sasaki F, Nasu Y, Tanoue S, Hashimoto S, Ido A. Helicobacter pylori eradication improves the quality of life regardless of the treatment outcome: A multicenter prospective cohort study. Medicine (Baltimore). 2017 Dec;96(52):e9507.
DOI: https://doi.org/10.1097/MD.0000000000009507
21. Pozdeeva AO, Pozdeev OK, Gulyaev PE, Valeeva YuV, Savinova AN. Current development of Helicobacter pylori
2023;20(1):144-151
eradication protocols. Russian Journal of Infection and Immunity.
2021;11(6):1037-1049. (In Russ.).
DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-CDO-1679
22. Voropaeva AV, Voropaev EV, Baranov OYu, Platoshkin E.H, et al. Molecular genetic testing of mutations of the H.pylori 23S rRNA gene that determine resistance to clarithromycin. Biomedical problems of vital activity. 2010;(4);30-35. (In Russ.).
23. Mestrovic A, Perkovic N, Tonkic A, Sundov Z, Kumric M, Bozic J. Personalized Approach in Eradication of Helicobacter pylori Infection. Antibiotics (Basel). 2022 Dec 21;12(1):7.
DOI: https://doi.org/10.3390/antibiotics12010007
Информация об авторах / Information about the authors
Воропаева Алла Викторовна, к.б.н., доцент, врач клинической лабораторной диагностики, ГУ «Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека», Гомель, Беларусь
ORCID: http://orcid.ora/0000-0003-0213-2421 e-mail: allo4ka3665@mail.ru
Борсук Алексей Дмитриевич, заведующий отделением, врач-эндоскопист, ГУ «Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека», Гомель, Беларусь
ORCID: http://orcid.ora/0000-0001-6589-8796 e-mail: borsuk@mail.ru
Шевченко Наталья Ивановна, к.б.н., доцент, заведующий лабораторией клеточных технологий, ГУ «Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека», Гомель, Беларусь
ORCID: http://orcid.ora/0000-0003-0579-6215 e-mail: shevchenkoni@bk.ru
Мартыненко Светлана Михайловна, биолог лаборатории клеточных технологий, ГУ «Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека», Гомель, Беларусь
ORCID: http://orcid.ora/0000-0003-4778-8010 e-mail: svemartyn65@mail.ru
Alla V. Voropaeva, Candidate of Biological Sciences, Associate Professor, Physician of Clinical Laboratory Diagnostics of Republican Scientific and Practical Center for Radiation Medicine and Human Ecology
ORCID: http://orcid.org/0000-0003-0213-2421 e-mail: allo4ka3665@mail.ru
Alexey D. Borsuk, Head of the Department, Endoscopist, Republican Scientific and Practical Center for Radiation Medicine and Human Ecology
ORCID: http://orcid.org/0000-0001-6589-8796 e-mail: borsuk@mail.ru
Natalia I. Shevchenko, Candidate of Biological Science, Head of the Cell Technology Laboratory at the Republican Scientific and Practical Center for Radiation Medicine and Human Ecology
ORCID: http://orcid.org/0000-0003-0579-6215 e-mail: shevchenkoni@bk.ru
Sviatlana M. Martynenko, Biologist in the Laboratory of Cell Eechnologies at the Republican Scientific and Practical Center for Radiation Medicine and Human Ecology ORCID: http://orcid.org/0000-0003-4778-8010 e-mail: svemartyn65@mail.ru
Автор, ответственный за переписку / Corresponding author
Воропаева Алла Викторовна Alla V. Voropaeva
e-mail: allo4ka3665@mail.ru e-mail: allo4ka3665@mail.ru
Поступила в редакцию/Received 10.01.2023 Поступила после рецензирования /Accepted 01.02.2023 Принята к публикации /Revised 28.02.2023
