CC BY
0Новые мишени для таргетной терапии рака легкого: поиск перестроек с участием генов киназ
Авторы:
(1) Преображенская Елена Васильевна, chekmarevaev@mail.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(2) Загребин Федор Валерьевич, zagrebinf@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(3) Мулкиджан Римма Сергеевна, mulkidzhan3@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(4) Саитова Евгения Станиславовна, zhenya.saitowa2017@yandex.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(5) Бизин Илья Валерьевич, bizin@yandex.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(6) Левченко Евгений Владимирович, onco.lev@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(7) Имянитов Евгений Наумович, evgeny@imyanitov.spb.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
Ключевые слова
таргетная терапия, рак легкого, транслокации
Актуальность
Перестройки генов с участием протеинкиназ являются мишенями для таргетной терапии, характерны для немелкоклеточного рака легкого (НМРЛ). Однако известные сегодня транслокации, затрагивающие гены киназ, выявляются менее чем в 10% случаев НМРЛ.
Цель
Поиск новых перестроек в генах, кодирующих белки с киназной активностью, определение их распространенности на обширной коллекции рака легкого (РЛ).
Материалы и методы
87 образцов РНК аденокарцином легких, полученных от 77 пациентов молодого возраста (возрастной диапазон — 33-50 лет; средний возраст — 44 года; 53 мужчины и 24 женщины) и 10 некурящих женщин старше 50 лет (возрастной диапазон — 58-79 лет; средний возраст — 68 лет), были исследованы методом NGS на наличие перестроек в 650 генах, кодирующих белки с киназной активностью. Все включенные в исследование опухоли не имели известных активирующих мутаций в генах EGFR/ALK/ROS1/RET/NTRK/KRAS/ NRAS/BRAF/MET/ERBB2.
Результаты
NGS-анализ «кинома» выявил 84 уникальных химерных транскрипта, большая часть из них оказалась нетранслируемой, только 25 формировали химерную РНК без сдвига рамки считывания. Интересно, что обнаружилось 3 нетранслируемые перестройки, многократно повторяющиеся в исследуемой выборке, происходящие посредством протяженных делеций на 8, 10 и 14 хромосомах. Из всех обнаруженных перестроек 20 были межхромосомными, а 64 внутрихромосомальными, причем 57 из них образовывались путем делеции, 7, вероятно, дупликацией или инверсией. Из 25 inframe-транслокаций: в 6 киназный домен таргетного гена был полностью утрачен, а в 11 сохранилась лишь его часть. В 8 перестройках киназный домен в химерном транскрипте остался полностью сохранным: MAPK10::RASGEF1B 4q21.22-23del3.95Mb, STK38::CDC73 t(4;1)(p21.31;q31.2), BCR::PKHD1 t(22;6)(q11.23;p12.3), CLTC::RPS6KB1 17q23.1del0.2Mb, CDC42BPG::ATG2A 11q13.1del0.05Mb, ATXN2L::SMG1 16p11.2-12.3del9.9Mb, WASF::FGR 1p36.11del0.12Mb и ZNHIT3::PRKCA 17q12-24.3del29.8Mb. На сегодняшний день к целому ряду этих киназ уже найдены или проводятся исследования по обнаружению ингибиторов: BCR, FGR, SMG1, RPS6KB1. Все 8 перестроек были верифицированы методом ПЦР и исследованы на расширенной выборке из 1059 РЛ (негативных в отношении частых РЛ-ассоциированных мутаций). Повторные случаи присутствия новых транслокаций обнаружить не удалось.
Выводы
Это исследование выявило 8 новых транслокаций генов киназ, которые являются потенциальными лекарственными мишенями и заслуживают дальнейшего изучения.
Исследование проводилось при поддержке гранта РНФ № 17-75-30027. Список литературы
1. Falchi L, Baron JM, Orlikowski CA, Ferrajoli A . BCR Signaling Inhibitors: an Overview of Toxicities Associated with Ibrutinib and Idelalisib in Patients with Chronic Lymphocytic Leukemia // Mediterr J Hematol Infect Dis . 2016;8(1):e2016011. Published 2016 Feb 10 . DOI: 10 .4084/MJHID . 2016 . 011.
2 . Couty S, Westwood IM, Kalusa A, et al . The discovery of potent ribosomal S6 kinase inhibitors by high-throughput screen-
ing and structure-guided drug design // Oncotarget . 2013;4(10):1647-1661. DOI: 10 ,18632/oncotarget .1255 .
3 . Langer LM, Bonneau F, Gat X Conti E . Cryo-EM reconstructions of inhibitor-bound SMG1 kinase reveal an autoinhibitory
state dependent on SMG8 // Elife . 2021;10:e72353. Published 2021 Oct 26 . DOI: 10.7554/eLife .72353.
4 . Weir MC, Shu ST, Patel RK, Hellwig S, Chen L, Tan L, Gray NS, Smithgall TE . Selective Inhibition of the Myeloid Src-Family
Kinase Fgr Potently Suppresses AML Cell Growth in Vitro and in Vivo // ACS Chem Biol . 2018 Jun 15;13(6):1551-1559 . doi: 10 ,1021/acschembio . 8b00154. Epub 2018 May 30 . PMID: 29763550; PMCID: PMC6130198 .
Выбор оптимальной модели глиом человека для оценки влияния гипоксии на метаболический статус in vitro с использованием флуоресцентного время-разрешенного имиджинга
Авторы:
(1) Сачкова Дарья Александровна, sachkova.collins@gmail.com, ФГБОУ ВО «Приволжский исследовательский медицинский университет» Минздрава России, ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского», Нижний Новгород
(2) Ширманова Марина Вадимовна, shirmanovam@mail.ru, ФГБОУ ВО «Приволжский исследовательский медицинский университет» Минздрава России,Нижний Новгород
(3) Юсубалиева Гаухар Маратовна, gaukhar@gaukhar.org, ФГБУ «ФНКЦ специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА России», ФГБУН Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Москва
(4) Можеров Артем Михайлович, artemmozherov@gmail.com, ФГБОУ ВО «Приволжский исследовательский медицинский университет» Минздрава России, Нижний Новгород
(5) Изосимова Анна Вячеславовна, annizosimova@gmail.com, ФГБОУ ВО «Приволжский исследовательский медицинский университет» Минздрава России, ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского», Нижний Новгород
(6) Баклаушев Владимир Павлович, baklaushev.vp@fnkc-fmba.ru, ФГБУ «ФНКЦ специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА России», Москва
(7) Южакова Диана Владимировна, yuzhakova-diana@mail.ru, ФГБОУ ВО «Приволжский исследовательский медицинский университет» Минздрава России, Нижний Новгород
Ключевые слова
гипоксия, глиомы, метаболический имиджинг FLIM Актуальность
Характерным признаком глиом является хроническая гипоксия, которая приводит к увеличению интенсивности гликолиза в клетках, что коррелирует с устойчивостью к химио- и радиотерапии [1, 2]. Для изучения влияния гипоксии на резистентность опухолей требуется создание пациент-специфической модели глиом, которая позволяла бы проводить адекватную оценку метаболических перестроек в клетках in vitro при естественном росте и воздействии терапии. Надежным методом для исследования метаболизма клеток может выступать флуоресцентная время-разрешенная микроскопия (FLIM) коферментов НАД(Ф)Н, основанная на визуализации времени жизни флуоресценции молекул.
Цель
Подобрать оптимальную модель глиом человека для исследования влияния условий гипоксии на метаболизм клеток in vitro с использованием FLIM-имиджинга.
Материалы и методы
Объектами исследования выступали 2D- и 3D-клеточные модели глиом. Создание 2D-моделей включало выделение культур клеток путем измельчения опухолевого образца пациента (астроцитома Grade II-IV) и культивирование фрагментов. Культуры содержалась в питательных средах DMEM (Dulbecco's
