CC BY
1911. Nix W. A., Oberste M. S., Pallansch M. A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J. Clin. Microbiol. 2006, 44: 2698-2704.
12. Palacios G., Casas I., Cisterna D. et al. Molecular epidemiology of echovirus 30: temporal circulation and prevalence of single lineages. J. Virol. 2002, 76: 4940-4949.
13. Savolainen C., Hovi T., Mulders M. N. Molecular epidemiology of echovirus 30 in Europe: succession of dominant sublineages within a single major genotype. Arch. Virol. 2001, 146: 521-537.
14. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011, 28: 2731-2739.
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013
Н.А.Новикова, Л.Н. Голицына, С.Г. Фомина, Е.И. Ефимов
МОЛЕКУЛЯРНЫЙ МОНИТОРИНГ НЕПОЛИОМИЕЛИТНЫХ ЭНТЕРОВИРУСОВ НА ЕВРОПЕЙСКОЙ ТЕРРИТОРИИ РОССИИ В 2008 - 2011 ГГ.
НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной, Нижний Новгород
В результате четырехлетнего мониторинга установлено, что пейзаж энтеровирусов, циркулирующих на европейской территории России, представлен как минимум 50 серологическими типами. Проведен филогенетический анализ штаммов вирусов ЕСНОЗО, ЕСНО9, Коксаки А9, ЕСНО6, обусловивших сезонный подъем заболеваемости серозным менингитом в 2008 — 2011 гг.
Журн. микробиол., 2013, № 1, С. 75—78
Ключевые слова: энтеровирусные инфекции, генотипирование, энтеровирусы ЕСНО30, ЕСНО9, Коксаки А9, ЕСНО6, молекулярная эпидемиология
N.A.Novikova, L.N.Golitsyna, S.G.Fomina, E.I.Efimov
MOLECULAR MONITORING OF NON-POLIO ENTEROVIRUSES IN EUROPEAN TERRITORY OF RUSSIA IN 2008 - 2011
Blokhina Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Nizhny Novgorod, Russia
As a result of 4 year monitoring the landscape of enteroviruses circulating in European territory of Russia was established to be presented by at least 50 serologic types. Phylogenetic analysis of ECH030, ECHO9, Coxsackie A9, ECHO6 virus strains that had caused a seasonal increase of aseptic meningitis morbidity in 2008 — 2011 was carried out.
Zh. Mikrobiol. (Moscow), 2013, No. 1, P. 75—78
Key words: enterovirus infections, genotyping, enteroviruses ECH030, ECHO9, Coxsackie A9, ECHO6, molecular epidemiology
Молекулярный мониторинг циркуляции штаммов энтеровирусов, являясь составной частью эпидемиологического надзора за эн-теровирусной (неполио) инфекцией (ЭВИ), направлен, в том числе, на изучение внутренних механизмов и закономерностей развития эпидпроцесса энтеровирусного серозного менингита (ЭВ-СМ) с целью прогнозирования эпидемических подъемов заболеваемости и своевременного проведения противоэпидемических мероприятий.
В нашем исследовании проводилось выявление и типирование энтеровирусов в образцах биоматериала от больных с различными клиническими проявлениями ЭВИ, в том числе СМ, собранных при спорадической за-
болеваемости, вспышках, групповых заболеваниях ЭВИ и в пробах объектов окружающей среды. Работа проводилась при тесном взаимодействии с Управлениями Роспотребнад-зора и Центрами гигиены и эпидемиологи (ЦГиЭ) в 23 субъектах 4 федеральных округов европейской части России в 2008 — 2011 гг. (СЗФО — Калининградская, Мурманская, Новгородская, Архангельская, Вологодская области, ЦФО — Ивановская, Рязанская области, ЮФО — Ростовская, Астраханская области; 14 субъектах ПФО).
Исследовано 6749 биообразцов, неполио-миелитные энтеровирусы типированы в 650 случаях. Идентификацию типа энтеровируса проводили путем определения нуклеотидной
последовательности области генома VP1 [8].
Результаты генотипирования ЭВ, циркулирующих на территории ПФО (320 штаммов), дополнены результатами классических вирусологических исследований 447 штаммов, проведенных ЦГиЭ в субъектах ПФО. По суммарным данным анализ проводился на выборке объемом 1095 штаммов ЭВ.
Филогенетический анализ осуществляли с использованием программного обеспечения MEGA 5.02 [10].
Анализ суммарной выборки типированных ЭВ показал циркуляцию на европейской территории России ЭВ как минимум 50 серологических типов, относящихся к видам А, В, С и D. У больных серозным менингитом чаще выявляли вирусы ЕСНО30, ЕСНО6, Коксаки А9, Коксаки В2, Коксаки В4, ЕСНО9, Коксаки В5. В объектах окружающей среды обнаружены ЭВ 36 серотипов, при этом чаще выявляли вирусы Коксаки В2-5; ЕСНО30,7,6,9; Коксаки А9.
Большая выборка типированных штаммов неполиомиелитных ЭВ (n=767), циркулирующих среди населения ПФО, позволила провести анализ их видового и серотипого распределения. Установлено, что в последнее десятилетие в ПФО доминировал ЭВ-В (87%), который представлен 34 типами. На втором месте по значимости находился ЭВ-А (10%, 8 типов), далее — ЭВ-С (3%, 7 типов). Зафиксирована циркуляция ЭВ-D (1 тип). Данное видовое распределение энтеровиру-сов соответствует европейским данным и данным США [5, 7, 9, 11, 13], но отличается от видового распределения ЭВ в Юго-Восточной Азии [6, 12], где более широко циркулирует ЭВ-А. При этом, в ПФО, РФ, Европе и США основным регистрируемым клиническим проявлением ЭВИ являлся серозный менингит, в Юго-Восточной Азии чаще регистрировались ящуроподобное заболевание и герпангина.
Подробно изучен пейзаж ЭВ, циркулировавших в Нижнем Новгороде в 2010 — 2011 гг. (n=346), который был представлен 31 типом ЭВ-А,В,С^. Обращает на себя внимание значительная доля ЭВ-А. которая достигла 27% (7 типов). Данный спектр ЭВ был определен по результатам исследований материала от больных с различной клинической формой ЭВИ — СМ, ОРВИ, герпангина, ОКИ (гастрит, ГЭ), ЭВИ (малая болезнь). ЭВ-А преимущественно выявляли у больных с диагнозом ОКИ, ОРВИ, ЭВИ, а ЭВ-В — у больных СМ. Распределение долей серотипов ЭВ вида В показало, что основными возбудителями СМ в изучаемый период времени явились
вирусы ЕCHO30 (14 — 17%), ЕCHO9 (4%), Коксаки А9 (8 — 18%), ЕСНО6 (12 — 13%), другие (52 — 58%).
Установлено, что доминирующие серо-типы ЭВ-В — ЕСНО30, ЕСНО9, Коксаки А9, ЕСНО6 в изучаемый период времени были подвержены временному перераспределению, что наглядно продемонстрировано на примере Нижнего Новгорода: ЕСНО30 — 2008 г., ЕСНО9 — 2009 г., Коксаки А9 -2010 г., ЕСНО6 — 2011 г. Таким образом, эпидпроцесс ЭВ-СМ поддерживался ежегодным перераспределением основных серотипов ЭВ-В, являющихся причиной серозного менингита.
Проведенный анализ распространенности этих ЭВ на территориях европейской части России показал аналогичную ситуацию. Так, в 2007 — 2009 гг. в Нижнем Новгороде, Великом Новгороде, Архангельске, Оренбурге, Удмуртской Республике, Казани, Саратове, Астрахани, Вологде, Калининграде широко циркулировал эпидемический вариант энтеровируса ЕСНО30. В 2009 г. к вирусу ЕСНО30 присоединился ЕСНО9. В 2009, 2010 гг. вирус ЕСНО9 был идентифицирован во время сезонного подъема заболеваемости серозным менингитом в Мурманске, Нижегородской области, Архангельске, Великом Новгороде, Калининграде. Сезон 2010 г. характеризовался циркуляцией ЭВ разных типов (в том числе, ЕСНО9, ЕСНО6, ЕСНО4, Коксаки В5, Коксаки А16), регистрировали герпангину, экзантему, ОРВИ с нейроток-сикозом, серозный менингит. Среди ЭВ, обусловивших подъем заболеваемости серозным менингитом, доминировал вирус Коксаки А9, который в 2010 г. был выявлен в Нижнем Новгороде и Нижегородской области, у больных из Ижевска, Рязани, в сточной воде Оренбурга. В 2011 г. идентифицированы эн-теровирусы Коксаки А2, Коксаки А9, Коксаки В5, ЕСНО6. Обращает на себя внимание активизация циркуляции вируса ЕСНО6, который по итогам года по частоте обнаружения и широте распространенности обогнал Коксаки А9. Вирус ЕСНО6 в 2011 г. был идентифицирован на восьми территориях европейской части России (Архангельской, Нижегородской, Оренбургской, Самарской, Саратовской областях, Республиках Марий Эл и Мордовия, Пермском крае).
Многолетний мониторинг ЭВИ в Нижнем Новгороде позволил выявить продолжительную циркуляцию ЭВ 116. В 2008 — 2011 гг. в пробах фекалий детей с ОКИ были выявлены энтеровирусы, гомология нуклеотидных последовательностей которых с последовательностями референс-штаммов известных
типов, представленных в доступных базах данных, была менее 75%. В результате запроса в группу по изучению пикорнавирусов Международного комитета по таксономии (http://www.picornastudygroup.com) было установлено, что обнаруженные вирусы являются вариантами (гомология 95,2 — 99,0%) открытого недавно энтеровируса 116. В 2011 г. этот вирус был обнаружен нами в фекалиях больного СМ из Нижнего Новгорода и в 3 случаях при обследовании 20 здоровых детей из Пензы. Гомология пензенских ЭВ 116 с выделенными в разные годы Нижегородскими вирусами составила 94 — 99%. Полученные данные дают основание предполагать широкую циркуляцию ЭВ 116 на территории РФ.
Проведено изучение генетического разнообразия и филогенетических взаимоотношений штаммов энтеровирусов, выявленных в 2008 — 2011 гг.
Вирус ЕСНО30. По классификации J. ВаШу et а1., которые изучали штаммы ЕСН030, собранные в течение 50 лет, выявлено 8 филогенетических его линий [3]. Вирус ЕСН030, который широко циркулировал на европейской территории России в 2007 — 2009 гг., относился к варианту Fc4. В 2010 г. этот вариант нами уже не обнаруживался (в 2011 г. обнаружен в Саратове), однако в Нижнем Новгороде и Павлове (Нижегородская область) были выявлены вирусы ЕСНО30 2 других генотипов — А и Fс3, которые генетически близки российским штаммам, циркулировавшим в 2004 — 2006 гг. В 2009 г. ЦПА, выделенный в Саратове при пассировании на культуре ткани пробы стула от больного СМ, был идентифицирован как вирус ЕСН030 генотипа С.
Вирус ЕСНО9. В последнее десятилетие циркуляция вируса ЕСНО9 показана в разных странах, но везде (за исключением США) он проявлялся как минорный. В 2009 г. ЕСНО9 стал причиной сезонного подъема заболеваемости СМ и нескольких вспышек ЭВИ в ряде регионов России [1]. При молекулярно-генетическом изучении вируса ЕСНО9, обнаруженного на разных территориях РФ в разные годы, нами были идентифицированы вирусы 3 генотипов. Уровень дивергенции достигал 16%. При этом штаммы ЕСНО9 доминировавшего генотипа, сформировав два кластера, разделились на 2 геноварианта. В 2009 г. вирус ЕСНО9 первого варианта широко распространился на европейской территории России — в Нижегородской области, Архангельске, Великом Новгороде, Калининграде; был выявлен также в Красноярском крае. В 2010 г. ЕСНО9 был идентифицирован
во время сезонного подъема заболеваемости СМ в Мурманске, а также в течение года при мониторинге ЭВИ в Нижнем Новгороде и 3 районах Нижегородской области. Все выявленные вирусы ЕСН09-2010 принадлежали к этому же генотипу. Вирусы 1 варианта, обнаруженные в Нижнем Новгороде и Нижегородской области в 2010 г., имели не менее 99% гомологии нуклеотидных последовательностей области УР1 с российскими штаммами вируса этого же варианта, циркулировавшего в 2009 г.; вирусы 2 субтипа, выявленные в Мурманске и Дзержинске, имели только 93 — 94% гомологии. И в том, и в другом случае гомология с наиболее близкими зарубежными геновариантами вируса ЕСНО9, идентифицированными в 2006 г. в Южной Корее и Европе, была ниже, чем с российскими штаммами (91 — 92% гомологии последовательности для обоих субтипов).
Вирус Коксаки А9. Все штаммы вируса Коксаки А9, идентифицированные в 2010 г. (из Нижнего Новгорода и Нижегородской области, Ижевска, Оренбурга, Рязани), сформировали монофилетическую группу со штаммами, циркулировавшими ранее в Нижнем Новгороде в 2007 и 2008 гг. и в Саранске в 2009 г. В 2011 г. циркуляция вирусов этого геноварианта в Нижнем Новгороде и Нижегородской области продолжилась; кроме того, к данной филогенетической группе присоединились штаммы вируса Коксаки А9 из Астрахани и Перми. Вирусы этой группы имели дивергенцию нуклеотидных последовательностей, не превышавшую 5%, в то же время, гомология с группой наиболее близких европейских штаммов не превышала 90%. Штаммы вируса Коксаки А9, идентифицированные в 2011 г. в пробах от больных ЭВИ из Вологды и Иванова, отличались от доминирующего геноварианта и группировались со штаммами выделенными в Чите, Китае и Европейских странах, при этом гомология нуклеотидных последовательностей с восточными штаммами (95%) была выше, чем с европейскими (93-94%). Следует отметить, что в 2007 г. в Нижнем Новгороде у больных СМ был идентифицирован еще один генова-риант вируса Коксаки А9, который в последующие годы не проявлялся.
Вирус ЕСНО6 постоянно присутствует в популяции ЭВ на разных территориях. Как отмечают исследователи, этот энтеровирус характеризуется большим генетическим разнообразием одновременно циркулирующих вариантов [2, 4]. Варианты ЕСНО6, обнаруженные на разных территориях РФ, сформировали 8 достоверных филогенетических групп, которые отличались друг от друга не
менее, чем на 10%. В 2011 г. вирус ЕСНО6 был представлен четырьмя генетическими вариантами и был обнаружен на восьми территориях европейской части России. Штаммы варианта ЕСНО6, который был широко распространен в 2011 г., сфомировали единую монофилетическую группу и имели 93 — 94% гомологии с родственными штаммами, циркулировавшими в 2006 — 2009 гг. в России, СНГ, Европе и Австралии.
ЛИТЕРАТУРА
1. Голицына Л.Н., Фомина С.Г., Новикова Н.А. и др. Молекулярно-генетические варианты вируса ЕСНО 9, идентифицированные у больных серозным менингитом в России в 20072009 гг. Вопр. вирусол. 2011, 6: 37-42.
2. Лукашев А.Н., Резник В.И., Иванова О.Е. и др. Молекулярная эпидемиология вируса ЕСНО 6 — возбудителя вспышки серозного менингита в Хабаровске в 2006 г. Вопр. вирусол. 2008, 1: 16-21.
3. Bailly J.L., Mirand A., Henquell C. et al. Phylogeography ofcirculating populatios ofhuman echovirus 30 over 50years: nucleotide polymorphism and signature of purifying selection in the VP1 capsid protein gene. Infect. Genet. Evol. 2009, 9: 699-708.
4. Fares W., Rezig D., Seghier M. et al. Phylogenetic analysis of complete VP1 sequences of echovi-ruses 11 and 6: high genetic diversity and circulation of genotypes with a wide geographical and temporal range. J. Med. Microbiol. 2011, 60: 10171025.
5. Khetsuriani N., LaMonte-Fowlkes A., Oberste
M.S. Pallansh M.A. Enterovirus surveillance United States, 1970-2005. MMWR Morb. Mortal. Wkly. Rep. 2006, 55: 1-20.
6. Momoki TS. Surveillance ofenterovirus infections in Yokohama city from 2004 to 2008. Jpn. J. Infect. Dis. 2009, 62: 471-473.
7. Nonpolio Enterovirus and human Parechovirus Surveillance — Unated States, 2006 — 2008. MMWR Morb. Mortal. Wkly. Rep. 2010, 59: 15771580.
8. Nix W.A., Oberste M.S., Pallansch M.A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J. Clin. Microbiol. 2006, 44: 2698-2704.
9. Roth B., Enders M., Arents A. et al. Epidemiologic aspects and laboratory features of enterovirus infections in Western Germany, 2000-2005. J. Med. Virol. 2007, 79: 956-962.
10. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011, 28: 2731-2739.
11. Trallero G., Avellon A., Otero A. et al. Enteroviruses in Spain over the decade 1998 — 2007: viro-logical and epidemiological studies. J. Clin. Virol. 2010, 47: 170-176.
12. Tsao K.C., Huang C.C., Huang Y.A. et al. Epidemiologic features and virus isolation of enteroviruses in Nothern Taiwan during 20002008. J. Virol. Meth. 2010, 165: 330-332.
13. Witso E., Palacios G., Cinek O. High prevalence of Human enterovirus A infections in natural circulation of human enteroviruses. J. Clin. Microbiol. 2006, 44: 4095-4100.
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013
М.И.Михайлов, Е.Ю.Малинникова, И.А.Потемкин, Т.В.Кожанова, О.В.Исаева, Л.Ю.Ильченко, К.К.Кюрегян
ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ВИРУСНЫХ ГЕПАТИТОВ
Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М.П.Чумакова, Московская обл.
M.I.Mikhaylov, E.Yu.Malinnikova, I.A.Potemkin, T.V.Kozhanova, O.V.Isaeva, L.Yu.Ilchenko, K.K.Kyuregyan
EPIDEMIOLOGY OF VIRAL HEPATITIS
Chumakov Research Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitis, Moscow Region, Russia Журн. микробиол., 2013, № 1, С. 78—85 (Zh. Mikrobiol., Moscow, 2013, No. 1, P. 78—85)
Проблема вирусных гепатитов по-прежнему остается одной из центральных для отечественного здравоохранения. Полиэтио-логичность и изменчивость вирусов, ответственных за развитие гепатитов (вирусы гепатитов А, В, С, D, Е), разнообразие исходов (выздоровление, развитие хронического ге-
патита, цирроза и первичного рака) и их эпидемиологических проявлений определяют трудности борьбы с этими инфекциями. Наличие бессимптомного вирусоноситель-ства (количество носителей вирусов гепатитов В (ВГВ) и С (ВГС) не менее 5 миллионов человек), которое в подавляющем большин-
