CC BY
16пространственной структуре очага, что дает возможность рассматривать этот методический прием как перспективное звено ретроспективного анализа.
Особенностью указанных методов по отношению к приемам математической статистики можно считать автоматизацию рутинных операций и построение сценариев обработки, включающих создание математических моделей, которые подстраиваются под фактические данные с учетом возможного нелинейного влияния множества факторов.
Необходимым условием успешного применения современных методов анализа является использование детальных персонифицированных данных по зарегистрированным больным, что позволяет производить произвольную группировку, картирование и обогащение данных. Кроме того, требуется тщательная подготовка объективных данных о факторах риска и условиях их реализации.
Для природно-очаговых инфекционных болезней особое значение играет информация о численности носителей и переносчиков в сезонном аспекте, зараженности переносчиков и подробные климатические наблюдения с обязательной информацией о среднедневных показателях температуры и относительной влажности воздуха. Технология моделирования состоит в том, что после создания базы данных выстраивается сценарий обработки, состоящий из отдельных настраивае-
мых модулей, последовательное выполнение которых обеспечивает получение как описательной статистики, так и результатов прогнозирования.
ЛИТЕРАТУРА
1. Антонов В.А., Смоленский В.Ю., Путинцева Е.В. и др. Эпидемиологическая ситуация по лихорадке Западного Нила в 2011 году на территории Российской Федерации и прогноз ее развития. Проблемы ООИ. 2012, 1 (111): 17-22.
2. Василенко Н.Ф., Смоленский В.Ю., Волын-кина А.С. и др. Особенности эпидемиологической обстановки по Крымской геморрагической лихорадке в Российской Федерации в 2011 г. Проблемы ООИ. 2012, 1 (111): 2226.
3. Лопатин А.А. , Сафронов В.А. , Раздорский А.С., Куклев Е.В. Современное состояние проблемы математического моделирования и прогнозирования эпидемического процесса. Проблемы ООИ. 2010, 1 (103): 28-34.
4. Сафронов В.А., Раздорский А.С., Скаленко С.Ю. и др. Географическая информационная система для эпидемиологического надзора за природно-очаговыми инфекционными болезнями в сочетанных очагах на территории Астраханской области. Проблемы ООИ. 2010, 3 (105): 35-39.
5. Сафронов В.А., Пискунова Н.В., Ковтунов А.И. и др. Новые информационные технологии в ретроспективном эпидемиологическом анализе на уровне субъекта Российской Федерации на примере Астраханской области. Проблемы ООИ. 2010, 2 (104): 43-49.
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013
О.Е.Троценко1, А.Н.Лукашев2, Т.Н.Каравянская3, В.И.Резник4, Е.Ю.Сапега1, В.О.Котова1, Е.Н.Амяга1, П.В.Корита1
МОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ МОНИТОРИНГ ЦИРКУЛЯЦИИ ЭНТЕРОВИ-РУСОВ НА ДАЛЬНЕМ ВОСТОКЕ И В ЗАБАЙКАЛЬЕ
'Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии; 2Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П.Чумакова, Московская обл.; 'Управление Роспотребнадзора по Хабаровскому краю; 4Центр гигиены и эпидемиологии в Хабаровском крае
Осуществлен 6-летний молекулярно-эпидемиологический мониторинг энтеровирусов на территории Дальнего Востока и Забайкалья. С 2006 по 2011 гг. была определена нуклеотидная последовательность 125 штаммов энтеровирусов. Молекулярный анализ был проведен в области генома вируса УР1. Были проанализированы филогенетические взаимоотношения для вирусов ЕСНО-6, ЕСНО-30, ЕСНО-11, Коксаки В-5 (КВ-5), Коксаки В-1 (КВ-1) и Коксаки А-9 (КА-9). Показано, что вирусам ЕСНО-6 и ЕСНО-30 свойственна высокодинамичная эпидемиология, характеризующаяся генетической гетерогенностью и последовательной сменой вариантов вирусов. Для энтеровирусов КВ-1, КВ-5 и ЕСНО-11, напротив, присуща относительная стабильность циркулирующих генотипов. Результаты молекулярно-эпидемологических исследований указывают на частый занос новых вариантов энтеровирусов из стран Европы и Азии.
Журн. микробиол., 2013, № 1, С. 70—75
Ключевые слова: энтеровирусные инфекции, генотипирование, энтеровирусы ЕСНО-6, ЕСНО-30, ЕСНО-11, КВ-1, КВ-5, КА-9, молекулярная эпидемиология
O.E.Trotsenko1, A.N.Lukashev2, T.N.Karavyanskaya3, V.I.Reznik4, E.Yu.Sapega1, V.O.Kotova1, E.N.Amyaga1, P.V.Korita1
MOLECULAR-EPIDEMIOLOGICAL MONITORING OF ENTEROVIRUS CIRCULATION IN THE FAR EAST AND ZABAIKALYE
1Khabarovsk Research Institute of Epidemiology and Microbiology; 2Chumakov Research Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitis, Moscow Region; 'Department of Federal Service for Surveillance for Protection of Consumers' Rights and Human Welfare of Khabarovsk Region; 4Centre of Hygiene and Epidemiology of Khabarovsk Region, Russia
6 year molecular-biological monitoring of enteroviruses in the Far East and Zabaikalye was carried out. Nucleotide sequence of 125 strains was determined from 2006 to 2011. Molecular analysis was carried out in VP1 virus genome region. Phylogenetic interactions for ECHO-6, ECH0-30, ECHO-11, Coxsackie B-5 (CB-5), Coxsackie B-1 (CB-1) and Coxsackie A-9 (CA-9) were analyzed. Highly dynamic epidemiology was shown to be inherent for ECHO-6 and ECH0-30 viruses and is characterized by genetic heterogeneity and consequent change of virus variants. On the contrary a relative stability of circulating genotypes is intrinsic for CB-1, CB-5 and ECHO-11 enteroviruses. The results of molecular-biological studies indicate frequent introduction of new enterovirus variants from countries of Europe and Asia.
Zh. Mikrobiol. (Moscow), 2013, No. 1, P. 70—75
Key words: enterovirus infections, genotyping, ECHO-6, ECH0-30, ECHO-11, CB-1, CB-5, CA-9 en-teroviruses, molecular epidemiology
Неполиомиелитные энтеровирусные инфекции (ЭВИ), в том числе серозно-вирус-ный менингит (СВМ), представляют собой медико-социальную проблему, все еще далекую от своего разрешения. Причиной этого являются широкий спектр клинических проявлений, выраженная сезонность заболеваемости, высокая частота бессимптомного но-сительства, генетическая гетерогенность возбудителей и отсутствие средств специфической профилактики.
Развитие методов молекулярного типиро-вания энтеровирусов (ЭВ) способствует получению и анализу генетической информации, что позволяет решать традиционные задачи эпидемиологии ЭВИ на молекулярном уровне. Для РНК-содержащих вирусов, в том числе и энтеровирусов, характерна высокая скорость эволюции, превышающая 1% в год в наиболее изменчивых участках генома [5]. Использование анализа филогенетических взаимоотношений между вариантами вирусов дает возможность устанавливать эпидемиологическую связь между отдельными случаями заболеваний.
Целью настоящего исследования являлось проведение молекулярно-эпидемологиче-ского мониторинга циркуляции энтеровирусов для определения эпидемиологической связи отдельных генетических вариантов ЭВ с эпидемическими подъемами и вспышками заболеваемости ЭВИ на территории Дальнего Востока и Забайкалья.
Эпидемиологическому анализу были под-
вергнуты данные официального учета заболеваемости ЭВИ в Дальневосточном федеральном округе и Забайкалье в период с 2006 по 2011 гг. Для верификации диагноза ЭВИ использовали комплекс регламентированных нормативными документами методов лабораторных исследований.
Для молекулярного типирования ЭВИ был применен метод ПЦР, затем определяли ну-клеотидную последовательность ампли-фицированного фрагмента вирусного генома в реакции термоциклического секвенирова-ния с использованием набора BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit и автоматического анализатора Applied Biosystems 3100 Avant.
Поиск гомологичных последовательностей в базе данных GenBank проводили с помощью сервиса BLAST. Полученные нуклеотидные последовательности (позиции генома 2627 — 2951) выравнивали с гомологичными ну-клеотидными последовательностями этого же серотипа и проводили филогенетический анализ с использованием программы ClustalX. Определение серотипа вируса осуществляли на основании сравнения нуклеотидной последовательности области генома VP1 с последовательностями энтеровирусов, выделенных ранее, по общепринятой методике [11].
Филогенетическую реконструкцию осуществляли по алгоритму Neighbor joining на основании генетических расстояний между последовательностями, рассчитанными в со-
ответствии с моделью эволюции, предложенной Tamura и Nei в 1993 г., с использованием программы MEGA 5.0 [14]. С помощью филогенетического дерева воспроизводили предположительную эволюционную взаимосвязь между изучаемыми образцами и нуклеотид-ными последовательностями, которые были охарактеризованы ранее. Достоверность топологий филограмм оценивали методом повторных выборок на основании анализа 100 псевдореплик (bootstrapping).
Всего с 2006 по 2011 гг. была определена нуклеотидная последовательность 125 штаммов энтеровирусов. Молекулярный анализ был проведен в области генома вируса VP1. Детально были проанализированы филогенетические взаимоотношения для вирусов ЕСНО-6, ЕСН0-30, ЕСНО-11, Коксаки В-5 (КВ-5), Коксаки В-1 (КВ-1) и Коксаки А-9 (КА-9). Изучаемые вирусы были выделены из клинического материала и проб сточной воды в период сезонной заболеваемости.
На территориях Дальнего Востока и Забайкалья шестилетняя динамика заболеваемости ЭВИ имела волнообразный характер. С 2006 по 2011 гг. было отмечено очевидное превышение средних российских показателей заболеваемости ЭВИ в Хабаровском крае, Сахалинской области, Еврейской автономной области, в Иркутской области; за исключением 2009 и 2010 гг. — в Приморском и Забайкальском краях. Большая часть административных территорий Дальнего Востока и Забайкалья являются неблагополучными по заболеваемости ЭВИ.
По показателям заболеваемости этими инфекциями среди перечисленных субъектов явно лидировал Хабаровский край [2, 3]. За последние 6 лет наблюдения в Хабаровском крае было два выраженных подъема заболеваемости: в 2006 г. — 171,5 случаев на 100 тысяч населения и в 2011 г. — 79,3 случая.
На ряде территорий основной клинической формой энтеровирусной инфекции явился СВМ. Так, в 2011 г. СВМ превалировал над другими клиническими формами в Хабаровском крае и Амурской области — его удельный вес среди всех клинических форм составил соответственно 66,1 и 52,1%.
На других территориях преобладающими клиническими формами были: герпетическая ангина — в Забайкальском крае (61,8%), ЕАО (61,1%), республике Саха (31,8%); простудо-подобное заболевание — в Иркутской области (70,2%) и Приморском крае (39,7%); диарея и другие формы — в Сахалинской области (79,4%), республике Саха (54,5%) и Амурской области (38,8%).
Основным поражаемым контингентом являлись дети до 17 лет. В структуре детского контингента выделяются две основные воз-
растные группы — от 3 до 6 лет и от 7 до 14 лет.
Эпидемический процесс ЭВИ характеризовался выраженной сезонностью. Подъемы заболеваемости начинались с июня—июля, то есть с установлением высокой температуры воздуха и воды, началом купального сезона, продолжались от 10 до 18 недель и заканчивались в октябре. Наибольшее число заболеваний СВМ регистрировали в конце июля — начале августа. В межэпидемический период регистрировали спорадическую заболеваемость.
Спектр энтеровирусов, которые вызывали подъемы заболеваемости ЭВИ на территориях Дальнего Востока и Забайкалья, был чрезвычайно разнообразным. Так, в 2011 г. в Хабаровском крае сезонный подъем заболеваемости был вызван преимущественно вирусами ЕСНО-30, КВ-3 и ЕСНО-6 (соответственно в 39,9; 28,8 и 13,7% случаев); в Приморском крае — ЕСНО-6, КВ-1 и КВ-5 (соответственно в 54,1; 18,0 и 11,5% случаев); в Еврейской автономной области — ЕСНО-30 и КА-9 (в 60,0 и 30,0 % случаев); в Иркутской области — ЭВ-70, КА-4, КВ-4, КВ-5 (соответственно в 29,7; 21,6; 16,2 и 13,5% случаев); в Забайкальском крае — ЕСНО-6 (в 59,1% случаев).
Вирус ЕСНО-6 является одним из наиболее распространенных энтеровирусов, вызывающих эпидемические подъемы заболеваемости ЭВИ на указанных территориях. Так, с вирусом ЕСНО-6 была связана крупная вспышка СВМ в Хабаровском крае в 2006 г. [1]. После четырехлетнего его исчезновения из циркуляции на данной территории вирус ЕСНО-6 был вновь обнаружен в 2011 г. в Хабаровском крае как в сточной воде, так и в материале от больных СВМ. Интересно отметить, что в начале развития эпидемического процесса вирус ЕСНО-6 не типировался на культуре ткани с использованием нейтрализующих сывороток, но был идентифицирован методом секвенирования. При этом штаммы ЕСНО-6 2011 г., полученные из проб сточной воды и из материала от больных, оказались идентичными друг другу, но существенно генетически отличались от штаммов ЕСНО-6, выделенных в Хабаровском крае в 2006 г. Более того, вирусы ЕСНО-6 2011 г. имели значительное (93% нуклеотидной последовательности) сходство со штаммами, выделенными в Китае в провинции Шаньдун на год раньше, т.е. в 2010 г. Учитывая приграничное расположение КНР, тесные экономические и социальные связи, а также единый источник водоснабжения в виде рек Сунгари и Амур, эти штаммы ЭВ, по всей вероятности, эпидемиологически могли быть связаны между собой. Данный пример демонстрирует значительную динамичность
молекулярной эпидемиологии вируса ЕСНО-6 и высокую частоту заносов вируса в ДФО из других регионов.
Для другого широко распространенного вируса — ЕСНО-30 — также характерна высоко динамичная и глобальная эпидемиология [4, 6, 13]. Этому вирусу присуща высокая генетическая гетерогенность популяции и последовательная смена генетических вариантов вирусов, вызывающих эпидемические подъемы и вспышки заболеваемости. Регулярно возникающие новые варианты вируса ЕСНО-30 быстро и полностью сменяют друг друга на обширных территориях [7, 8, 12].
В нашем исследовании вирусы ЕСНО-30, обнаруженные в Хабаровске в 2008 г., принадлежали к кластерам А и Б. Восемь образцов принадлежали к кластеру А, который не был сходен ни с одним штаммом вирусов, выделенных в мире. Входившие в него вирусы отличались от любых описанных изолятов более, чем на 5% нуклеотидной последовательности, а кластер занимал корневое положение относительно штаммов, циркулировавших в СНГ и КНР в 1997 — 2005 гг., т.е. не был потомком этих вирусов. Скорее всего, это был новый вариант вируса, не обнаруженный ранее. Один изолят ЕСН0-30, выделенный в Хабаровске в этом же 2008 г., принадлежал к кластеру Б, который был филогенетически близок к изоляту, выделенному в Китае также в 2008 г. Таким образом, если для кластера Б можно было предположить этиологическую связь с Китаем, то для кластера А потенциальный источник вирусов определить не удалось.
Следует также отметить, что вирусы ЕСНО-30, обнаруженные в городе Хабаровск в 2008 г., существенно отличались от штаммов ЕСН0-30, выделенных в г. Комсомольск-на-Амуре во время вспышки в Хабаровском крае в 2006 г. Следовательно, в Хабаровске в 2008 году одновременно циркулировали как минимум два варианта ЕСНО-30, эпидемиологически не связанные между собой и со штаммами, выделенными в крае в 2006 г.
В этом же 2008 г. в Приморском крае, граничащем с Хабаровским краем, была отмечена крупная вспышка СВМ, вызванная вирусом ЕСН0-30. До 2008 г. этот вирус среди циркулирующих штаммов на территории Приморья не регистрировали. Филогенетический анализ не выявил генетического сходства этого вируса с хабаровскими штаммами, но показал его родство со штаммами из КНР.
В 2009 г. в Хабаровском крае не было обнаружено ни одного штамма ЕСН0-30. В 2010 г. в городе Хабаровск молекулярно-гене-тическим способом вновь были идентифицированы вирусы ЕСН0-30. В 2010 г. вирусы
ЕСНО-30 были выявлены также в городах Южно-Сахалинск и Чита. Штаммы ЕСН0-30 2010 г. из этих двух городов сформировали единую монофилетическую группу, не схожую с остальными штаммами, выделенными в мире. В 2011 г. был получен сиквенс вируса ЕСНО-30, изолированного в Приморье, который оказался генетически сходным со штаммом, обнаруженным в Китае в 2011 г., и образовывал с ним отдельный кластер, что может указывать на возможную эпидемиологическую связь заболеваемости ЭВИ в Приморье и КНР.
Регулярное возникновение и полное исчезновение генетических вариантов вируса ЕСН0-30 на территориях Дальнего Востока и Забайкалья вполне соответствует мировым закономерностям молекулярной эпидемиологии этого вируса.
Напротив, для таких вирусов, как КВ-5, характерен другой тип молекулярно-эпиде-миологических взаимоотношений. Для них свойственна стабильность циркулирующих генотипов [10]. Подтверждением данной закономерности явилось то, что вирусы КВ-5, определившие сезонный подъем заболеваемости в Хабаровском крае в 2008 — 2009 гг., были практически идентичны друг другу в изученном участке генома. При этом, хабаровские штаммы КВ-5 незначительно отличались от вирусов, изолированных в эти же годы в Оренбурге, Китае, Корее, Белоруссии и Франции, что соответствует опубликованным данным об относительно более высокой генетической стабильности вируса КВ-5.
Еще одним распространенным серотипом является вирус ЕСНО-11, для которого не характерна частая и полная смена циркулирующих вариантов [9]. Все его штаммы, выделенные в мире в 2002 — 2009 гг., были достаточно сходными между собой. В нашем исследовании 2 хабаровских изолята ЕСНО-11 2009 г. также оказались идентичными друг другу в изученном участке генома. Эти вирусы были наиболее филогенетически близки к изолятам, выделенным в 2006 — 2008 гг. в Эстонии, Финляндии, Белоруссии, Украине и Самаре.
В 2010 г. один читинский штамм ЕСНО-11 образовал единый кластер со штаммами из Европейской части России и Украины. Следовательно, штаммы ЕСНО-11 могли распространиться на территорию Хабаровского и Забайкальского краев из Европы и европейской части России.
Отдельный интерес представляет эпидемиологическая история вируса КВ-1, четыре штамма которого были выделены из материала от больных во время вспышки ЭВИ в детском саду г. Улан-Удэ в марте 2011 г. Вирус был сходен со штаммами, циркулировавшими в
республике Корея в 2009 г. Эти штаммы из Улан-Удэ существенно отличались от штаммов, выделенных в Бангладеш, США и Китае в период с 2000 по 2010 гг.
Были также проанализированы филогенетические взаимоотношения для вирусов КА-9, выделенных в 2010 г. в городах Хабаровск и Чита, и в 2011 г. в городе Биробиджан. При этом, читинские штаммы сформировали единый субкластер с китайскими штаммами 2005 г. Максимально схожим с читинскими и китайским штаммами оказался вирус КА-9, изолированный и в г. Хабаровск. Вирус КА-9 из города Биробиджан 2011 г. сформировал отдельную монофилетическую группу со штаммами, выделенными в г. Саранск в
2009 г.
В рамках проводимого исследования в одной из проб от ребенка, больного гастроэнтеритом, из г. Южно-Сахалинск в октябре
2010 г. был выделен энтеровирус, нуклеотид-ная последовательность которого в области генома VP1 не могла быть однозначно идентифицирована в базе данных GenBank, т.к. он отличался от ближайшего родственного ему вируса на 25,4%, т.е. больше, чем общепринятый молекулярный критерий серотипа (25%). Было сделано предположение о новом типе ЭВ. Международной инициативной группой по изучению пикорнавирусов было подтверждено, что вирус является новым серотипом, и ему был присвоен регистрационный номер (серотип) 116, и Хабаровский изолят был обозначен как прототипный штамм серотипа 116. Установлено, что этот вирус принадлежит к виду Human enterovirus С. В настоящее время определена полная нуклеотидная последовательность кодирующей области генома. Установлено, что вирус не размножается в культуре клеток и не имеет гемагглютинирующих свойств.
Молекулярно-эпидемологический мониторинг циркулирующих штаммов ЭВ дает возможность определять не только доминирующие генотипические варианты возбудителей на конкретных административных территориях, но и устанавливать эпидемиологические связи между случаями заболеваний и даже выявлять новых возбудителей ЭВИ, что имеет большое значение для науки и практического здравоохранения.
Следует подчеркнуть, что метод молекулярного типирования в настоящее время не может быть использован в качестве основного, так как требует дорогостоящих оборудования и расходных материалов, является трудоемким и доступным только специализированным научным центрам.
В нашем исследовании результаты молекулярного типирования ЭВ в большинстве случаев подтвердили наличие тех же серо-
типов, что были выделены и идентифицированы с использованием культуры тканей. Следовательно, широко применяемый классический вирусологический метод в достаточном объеме отображает пейзаж циркулирующих штаммов ЭВ. Считаем, что молекулярные методы идентификации ЭВ имеют наибольшую перспективу использования в случае нетипируемости штаммов обычными вирусологическими способами, а также для решения прикладных задач эпидемиологического расследования случаев ЭВИ.
ЛИТЕРАТУРА
1. Лукашев А. Н., Резник В. И., Иванова О. Е. и др. Молекулярная эпидемиология вируса ЕСНО 6 — возбудителя вспышки серозного менингита в Хабаровске в 2006 г. Вопр. виру-сол. 2008, 1: 16-21.
2. Резник В. И., Кожевникова Н. В., Каравянская Т. Н. и др. Эпидемиологическая и этиологическая характеристика энтеровирусных инфекций в Хабаровском крае. Журн. микро-биол. 2007, 5: 32-37.
3. Сапега Е. Ю., Троценко О. Е., Резник В. И. и др. Анализ проявлений эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в Дальневосточном регионе в 2010 году. Дальневосточный журн. инфекц. патол. 2011, 19: 18-22.
4. Bailly J. L., Mirand A., Henquell C. et al. Phylogeography of circulating populations of human echovirus 30 over 50 years: nucleotide polymorphism and signature of purifying selection in the VP1 capsid protein gene. Infect. Genet. Evol. 2009, 9: 699-708.
5. Jorba J., Campagnoli R., De L. et al. Calibration of multiple poliovirus molecular clocks covering an extended evolutionary range. J. Virol. 2008, 82: 4429-4440.
6. Khetsuriani N., Lamonte-Fowlkes A., Oberste S. et al. Enterovirus surveillance-United States, 19702005. MMWR Surveill. Summ. 2006, 55: 1-20.
7. Lukashev A. N., Ivanova O. E., Eremeeva T P. et al. Analysis of echovirus 30 isolates from Russia and new independent states revealing frequent recombination and reemergence of ancient lineages. J. Clin. Microbiol. 2008, 46: 665-670.
8. McWilliam Leitch E. C., Bendig J., Cabrerizo M. et al. Transmission networks and population turnover of echovirus 30. J. Virol. 2009, 83: 21092118.
9. McWilliam Leitch E. C., Cabrerizo M., Cardosa J. et al. Evolutionary dynamics and temporal/ geographical correlates of recombination in the human enterovirus echovirus types 9, 11, and 30. J. Virol. 2010, 84: 9292-9300.
10. Mulders M., Salminen M., Kalkkinen N. et al. Molecular epidemiology of coxsackievirus B4 and disclosure of the correct VP1/2A PRO cleavage site — evidence for high genomic diversity and long-term endemicity of distinct genetic lineages. J. Gen. Virol. 2000, 81: 803-812.
11. Nix W. A., Oberste M. S., Pallansch M. A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J. Clin. Microbiol. 2006, 44: 2698-2704.
12. Palacios G., Casas I., Cisterna D. et al. Molecular epidemiology of echovirus 30: temporal circulation and prevalence of single lineages. J. Virol. 2002, 76: 4940-4949.
13. Savolainen C., Hovi T., Mulders M. N. Molecular epidemiology of echovirus 30 in Europe: succession of dominant sublineages within a single major genotype. Arch. Virol. 2001, 146: 521-537.
14. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011, 28: 2731-2739.
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013
Н.А.Новикова, Л.Н. Голицына, С.Г. Фомина, Е.И. Ефимов
МОЛЕКУЛЯРНЫЙ МОНИТОРИНГ НЕПОЛИОМИЕЛИТНЫХ ЭНТЕРОВИРУСОВ НА ЕВРОПЕЙСКОЙ ТЕРРИТОРИИ РОССИИ В 2008 - 2011 ГГ.
НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной, Нижний Новгород
В результате четырехлетнего мониторинга установлено, что пейзаж энтеровирусов, циркулирующих на европейской территории России, представлен как минимум 50 серологическими типами. Проведен филогенетический анализ штаммов вирусов ЕСН030, ЕСНО9, Коксаки А9, ЕСНО6, обусловивших сезонный подъем заболеваемости серозным менингитом в 2008 — 2011 гг.
Журн. микробиол., 2013, № 1, С. 75—78
Ключевые слова: энтеровирусные инфекции, генотипирование, энтеровирусы ЕСНО30, ЕСНО9, Коксаки А9, ЕСНО6, молекулярная эпидемиология
N.A.Novikova, L.N.Golitsyna, S.G.Fomina, E.I.Efimov
MOLECULAR MONITORING OF NON-POLIO ENTEROVIRUSES IN EUROPEAN TERRITORY OF RUSSIA IN 2008 - 2011
Blokhina Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Nizhny Novgorod, Russia
As a result of 4 year monitoring the landscape of enteroviruses circulating in European territory of Russia was established to be presented by at least 50 serologic types. Phylogenetic analysis of ECHO30, ECHO9, Coxsackie A9, ECHO6 virus strains that had caused a seasonal increase of aseptic meningitis morbidity in 2008 — 2011 was carried out.
Zh. Mikrobiol. (Moscow), 2013, No. 1, P. 75—78
Key words: enterovirus infections, genotyping, enteroviruses ECHO30, ECHO9, Coxsackie A9, ECHO6, molecular epidemiology
Молекулярный мониторинг циркуляции штаммов энтеровирусов, являясь составной частью эпидемиологического надзора за эн-теровирусной (неполио) инфекцией (ЭВИ), направлен, в том числе, на изучение внутренних механизмов и закономерностей развития эпидпроцесса энтеровирусного серозного менингита (ЭВ-СМ) с целью прогнозирования эпидемических подъемов заболеваемости и своевременного проведения противоэпидемических мероприятий.
В нашем исследовании проводилось выявление и типирование энтеровирусов в образцах биоматериала от больных с различными клиническими проявлениями ЭВИ, в том числе СМ, собранных при спорадической за-
болеваемости, вспышках, групповых заболеваниях ЭВИ и в пробах объектов окружающей среды. Работа проводилась при тесном взаимодействии с Управлениями Роспотребнад-зора и Центрами гигиены и эпидемиологи (ЦГиЭ) в 23 субъектах 4 федеральных округов европейской части России в 2008 — 2011 гг. (СЗФО — Калининградская, Мурманская, Новгородская, Архангельская, Вологодская области, ЦФО — Ивановская, Рязанская области, ЮФО — Ростовская, Астраханская области; 14 субъектах ПФО).
Исследовано 6749 биообразцов, неполио-миелитные энтеровирусы типированы в 650 случаях. Идентификацию типа энтеровируса проводили путем определения нуклеотидной
