CC BY
21
Original Articles
https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-4-38-47
Молекулярно-генетическое типирование Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК
С. А. Хрульнова*, А. В. Федорова, И. Н. Фролова, Г. А. Клясова
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России
Резюме
Актуальность. Acinetobacter baumannii относятся к значимым нозокомиальным возбудителям, способным вызывать тяжелые инфекции, особенно у иммунокомпрометированных больных. Цель исследования. Изучить генетическое разнообразие A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК (RAPD-ПЦР). Материалы и методы. Генотипирование A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных из 7 лечебных учреждений России (2003-2017 гг.), осуществляли методом RAPD-ПЦР с использованием праймера OPA-2. Кластерный анализ RAPD-профилей проводили с помощью программного обеспечения GelJ с использованием метода невзвешенного попарного среднего (UPGMA) и коэффициента Dice. Для объединения штаммов в группы использовали коэффициент сходства (КС) >65%. Генетически подобные A. baumannii имели КС>80%, штаммы с полностью совпадающими RAPD-профилями - КС 100%. Результаты и обсуждение. Всего было исследовано 96 A. baumannii, из которых 77 (80,2%) штаммов были карбапе-нем-нечувствительными. Гены приобретенных OXA-карбапенемаз были детектированы у 79,2% карбапенем-нечувствительных A. baumannii. По результатам RAPD-генотипирования было выявлено 84 RAPD-профиля. На основании кластерного анализа RAPD-профилей 98% штаммов A. baumannii были объединены в 4 группы (A-D) c КС > 65%. Доминирующая по числу штаммов группа A включала 58 (60,4%) A. baumannii, группы С и B - по 15 штаммов (по 15,6%), группа D - 6 штаммов (6,3%). Генетически подобные A. baumannii (КС > 80%) были объединены в 20 кластеров (клонов), включавших 82 (85,4%) штамма. Полное совпадение RAPD-профилей (КС 100%) было определено для 22 штаммов, относящихся к 6 кластерам в группе А и одному в группе В. A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями были выделены как внутри одного стационара, так и в стационарах, расположенных в разных городах. Заключение. Проведенное исследование продемонстрировало генетическое разнообразие и распространение клонов A. baumannii в гематологических стационарах.
Ключевые слова: Acinetobacter baumannii, гемокультура, опухоли системы крови, RAPD-ПЦР, генотипирование, устойчивость к карбапенемам, OXA-карбапенемазы Конфликт интересов не заявлен.
Для цитирования:Хрульнова С. А., Федорова А. В., Фролова И. Н., Клясова Г. А. Молекулярно-генетическое типирование Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020; 19 (4): 38-47. https://doi: 10.31631/2073-3046-2020-19-4-38-47._
Genotyping by Random Amplified Polymorphic DNA Assay of Acinetobacter baumannii Isolated from Blood Culture of Patients with Hematological Malignancies
SA Khrulnova**, АУ Fedorova, IN Frolova, GА Klyasova
National Research Center for Hematology, Moscow, Russian Federation
Abstract
Relevance. Acinetobacter baumannii is a significant nosocomial pathogen that can cause severe infections, especially in immunocompromised patients. Aims. This study aimed to investigate clonal diversity of A. baumannii isolated from blood culture in hematological patients by random amplified polymorphic DNA assay (RAPD). Materials & Methods. Genotyping of A.baumannii isolated from blood culture in hematological patients in 7 Russian hospitals (2003-2017) was assessed by RAPD-PCR with primer OPA-2 (5'-TGCCGAGCTG-3'). The computer-assisted analysis was performed by using GelJ software by UPGMA method and Dice similarity coefficient for banding patterns comparison. Using a similarity coefficient (SC) of > 65%, the strains were grouped. Based
* Для переписки: Хрульнова Светлана Алексеевна, старший научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и антибиотической терапии НМИЦ гематологии. +7 (495)-614-92-72, khrulnovas@mail.ru. ©Хрульнова С. А. и др.
** For correspondence: Khrulnova Svetlana A., Senior researcher in Laboratory of clinical bacteriology, mycology, and antibiotic treatment of National Research Center for Hematology. +7 (495)-614-92-72, khrulnovas@mail.ru. ©Khrulnova SA et al.
Original Articles
on the similarity coefficient, the strains were determined as genetically related (> 80%). Strains had identical RAPD-patterns if the similarity coefficient was 100%. Results. A total of 96 A. baumannii strains were examined, of those 77 (80.2%) were non-susceptible to carbapenems. Acquired OXA-carbapenemase genes were detected among 79.2% carbapenem non-susceptible strains. RAPD-PCR genotyping revealed 84 RAPD patterns. The four groups (A-D) including 98% strains were defined by similarity coefficient >65%. The predominant group A included 58 (60.4%) strains, the C and B groups - had 15 strains (15.6%) each, and the group D - 6 strains (6.3%). A total of 82 (85.4%) genetically related A. baumannii with a similarity coefficient > of 80% were allocated into 20 clusters. Identical RAPD-patterns were defined for 22 strains that belonged to 6 clusters within the group A and 1 cluster within the group B. Strains with identical RAPD-patterns were detected in a single hospital as well as in several hospitals located in different cities. Conclusions. The current study has demonstrated genetic diversity and clonal dissemination of A. baumannii in hematological departments.
Keywords: Acinetobacter baumannii, hematological malignancies, blood culture, genotyping, RAPD-PCR, carbapenem resistance,
OXA-carbapenemases
No conflict of interest to declare.
For citation: Khrulnova SA, Fedorova AV, Frolova IN, Klyasova GA.Genotyping by Random Amplified Polymorphic DNA Assay of Acinetobacter baumannii Isolated from Blood Culture of Patients with Hematological Malignancies. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2020; 19 (4): 38-47 (In Russ.). https://doi: 10.31631/2073-3046-2020-19-4-38-47.
Введение
Нозокомиальные инфекции являются серьезной проблемой современного здравоохранения по причине увеличения времени пребывания больных в стационаре и высокой летальности. Неудачи в лечении этих инфекций часто обусловлены приобретенной устойчивостью бактерий к про-тивомикробным препаратам. К значимым нозоко-миальным возбудителям относятся Acinetobacter baumannii, способные вызывать как тяжелые инфекции, так и вспышки инфекций, особенно в отделениях интенсивной терапии [1]. Доля A. baumannii составляет 3-11% среди возбудителей инфекций кровотока у больных опухолями системы крови [24]. Ранняя летальность у пациентов с бактериемией, вызванной A. baumannii, варьирует от 30% до 80%, у больных опухолями системы крови - 7080% [5-7].
Отличительной чертой A. baumannii является кажущаяся бесконечной способность приобретать устойчивость к антибактериальным препаратам. В связи с тем, что штаммы A. baumannii обладают многими механизмами устойчивости к антибиотикам [8], возможности терапии в отношении данных микроорганизмов весьма ограничены. Во всем мире отмечается увеличение доли A. baumannii, обладающих фенотипом множественной резистентности (multidrug resistance, MDR). Длительное время карбапенемы были препаратами выбора для лечения инфекций, вызванных MDR A. baumannii. Однако в последние годы возросло число сообщений об увеличении доли карбапе-нем-нечувствительных штаммов A. baumannii, выделенных от разных категорий больных. Так, среди A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, доля карбапенем-нечув-ствительных штаммов составила 66-74,3% [4,9]. Высокий уровень устойчивости к карбапенемам наблюдался также и у A. baumannii, выделенных в многопрофильных стационарах. По данным проспективного исследования (2008-2009 гг.),
проведенного в 10 странах Азии, устойчивыми к имипенему были 67,3% Acinetobacter spp., ставших причиной нозокомиальных пневмоний [10]. В России доля карбапенем-резистентных A. baumannii составила 77% [11], в Болгарии - около 91% [12].
Устойчивость к карбапенемам среди A. baumannii может быть обусловлена несколькими механизмами, из которых продукция приобретенных карбапенемаз занимает весомую долю. Ферменты оксациллиназы (OXA), обладающие гидролитической активностью в отношении карбапенемов, получили наибольшее распространение среди A. baumannii, тогда как металло-р-лактамазы встречаются реже. Среди генов, кодирующих OXA-карбапенемазы, выделяют 5 филогенетических групп: видоспецифич-ные blamkC, я и приобретенные я ,
OXA-51-подобные 1 1 OXA-23-подобные'
bla OXA-24/40-подобные, bla OXA-58-подобные и bla OXA-143-подобные.
Продукция ферментов групп OXA-23, OXA-24/40 и OXA-58 всегда обуславливает устойчивость к карбапенемам, в то время как видоспеци-фичные ферменты группы OXA-51 могут быть причиной устойчивости только при условии их гиперпродукции [13].
Одной из отличительных особенностей A. bau-mannii является также способность сохранять жизнеспособность в течение длительного времени на поверхностях, что способствует их распространению в лечебных учреждениях. В работе LS Munoz-Price с соавт. [14] было показано, что если в палате находился больной, от которого были выделены A. baumannii из клинически значимых образцов или со слизистых оболочек, то в 39% случаев палата этого пациента была контаминиро-вана A. baumannii [14]. DJ Morgan с соавт. [15] показали, что при контакте медицинского персонала с больными, инфицированными MDR A. baumannii или колонизированными этими микроорганизмами, контаминация перчаток и халатов медицинских работников составляла 38,7%, кожа рук
Original Articles
медицинского персонала после снятия перчаток -4,5%. Независимыми факторами риска контаминации MDR A. baumannii было выполнение таких медицинских процедур, как обработка ран, обработка области трахеостомы и эндотрахеальной трубки, а также пребывание в палате больного более 5 минут.
Для определения источников возникновения и циркуляции клонов A. baumannii внутри стационаров широко применяются методы молекуляр-но-генетического типирования, каждый из которых имеет свои преимущества и недостатки. Метод ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК (Random amplification of polymorphic DNA, RAPD-ПЦР) имеет ряд преимуществ, таких как низкая стоимость, простота выполнения и минимальные временные затраты. При оптимальных условиях проведения RAPD-ПЦР обладает высокой дискриминирующей способностью.
Цель нашего исследования состояла в изучении генетического разнообразия A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом RAPD-ПЦР.
Материалы и методы
Источники бактериальных изолятов
Материалом исследования были A. baumannii (n = 96), выделенные из гемокультуры больных, находившихся на стационарном лечении в гематологических отделениях 7 лечебных учреждений 6 городов России с 2003 г. по 2017 г. В исследование включали первый изолят, выделенный из гемокультуры больного. Все изоляты были доставлены в лабораторию НМИЦ гематологии, где были проведены окончательная идентификация микроорганизмов и определение их чувствительности к антимикробным препаратам, а также детекция генов карбапенемаз.
Видовая идентификация и хранение
Идентификацию изолятов до вида проводили в НМИЦ гематологии методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) на анализаторе Microflex LT (Bruker Daltonics, Германия). Для идентификации полученных изолятов до вида брали изолированные колонии бактерий. Ионизацию бактериальных белков осуществляли с помощью специального реагента - матрицы (а-циано-4-гидроксикоричная кислота и раствор, содержащий 50% ацетонитрила и 2,5% трифторуксусной кислоты). Идентификацию проводили в автоматическом режиме с использованием программы MALDI Biotyper Real Time Classification, версия 3.1 (Bruker Daltonics, Германия). В качестве критерия надежной видовой идентификации использовали рекомендуемые значения коэффициента совпадения («Score») от 2,0 и выше. Видовую идентификацию изолятов A. baumannii дополнительно подтверждали с помощью детекции генов видоспецифических
ß-лактамаз группы OXA-51 методом ПЦР в режиме реального времени с использованием коммерческого набора «АмплиСенс® MDR Ab-OXA-FL» (Центральный НИИ эпидемиологии, Россия), предназначенного для исследовательских целей. Изоляты хранили при температуре -70 °С в триптиказо-соевом бульоне с добавлением 20% глицерина.
Определение чувствительности к антибактериальным препаратам
Чувствительность к антимикробным препаратам исследовали методом последовательных микроразведений в бульоне в соответствии с рекомендациями Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, 2018) [16]. Категории чувствительности A. baumannii к меропенему и имипенему определяли на основании пограничных значений минимальных подавляющих концентраций (МПК), установленных CLSI (чувствительные < 2 мкг/мл, умеренно-резистентные 4 мкг/мл, резистентные > 8 мкг/мл). Термин «нечувствительные» штаммы объединял умеренно-резистентные и резистентные к антибиотикам микроорганизмы. Для внутреннего контроля качества определения чувствительности использовали референтные штаммы Escherichia coli ATCC®25922 и Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853.
Детекция генов карбапенемаз
Выделение ДНК проводили с помощью коммерческого набора «ГК-Экспресс» (Центральный НИИ эпидемиологии, Россия).
Наличие у штаммов A. baumannii наиболее распространенных генов карбапенемаз класса D (групп OXA-23, 0XA-24/40 и OXA-58) и класса B (групп IMP, VIM и NDM) определяли методом ПЦР в режиме реального времени с использованием коммерческих наборов «АмплиСенс® MDR Ab-OXA-FL» и «АмплиСенс® MDR MBL-FL» (Центральный НИИ эпидемиологии, Россия). Амплификацию проводили в термоциклере CFX96 Touch (BioRad, США).
Внутривидовое генотипирование
Внутривидовое генотипирование штаммов A. baumannii осуществляли методом RAPD-ПЦР с праймером OPA-2 (5>-TGCCGAGCTG-3>) [17]. Электрофоретическое разделение продуктов амплификации RAPD-ПЦР проводили в 1,5% агарозном геле с использованием трис-ацетатного-ЭДТА-буфера. В качестве стандарта молекулярных длин применяли ДНК-маркер 100bp GeneRulerTM (Thermo Fisher Sceientific, США). Для проведения кластерного анализа RAPD-профилей было использовано программное обеспечение GelJ [18] с использованием метода невзвешенного попарного среднего (UPGMA) и коэффициента Dice, толерантность 1,5%. Дискриминирующую способность метода типирования оценивали с помощью индекса Хантера-Гастона (D) [19]. Для объединения
Original Articles
Рисунок 1. Дендрограмма кластеризации штаммов A. baumannii (n = 96)/ Figure 1. Dendrogram illustrating the relationship between A. baumannii (n = 96)
% КС
'0 SC
Штаммы
Strains
Дата выделения
Date of isolation
Кластер
(КС £80%) Cluster (SC a 80%)
A-
2007
2007
2008
2008 2008 2007 2003
2009 2009
2005
2004
2006 2016 2016 2013 2012
2005 2004 2004
RAPD Приобретённые профиль карбапенемазы RAPD Acuired
patterns carbapenemases OXA-24/40-like
МПК МПК имипенема, Стационар меропенема, Imipenem MIC
Meropenem MIC Mg/mL
Mg/mL
2008 2009
2005 2009 2009 2007 2009 2009 2009 2009
2009 2007
2006 2016 2011 2007 2007 2012 2011 2012
2010 2009 2005 2015 2015 2014 2004 2004 2004 2004 2017 2014
2014 2003 2003
2015 2015 2013
2003
2004 2003 2003 2003 2003
CII CII
CIII CIII
CI CI CI CI CI CIV CIV
S
BIV BIV BII BII BII BV BV
BI BI BI BI
AIII AIII AIII AIII AIII AIII AIII
AVIII AVIII AVIII AIV AIV AIV AIV AIV AIV AIX AIX AIX
OXA-23-like OXA-23-like OXA-23-like OXA-23-like OXA-23-like OXA-24/40-like
OXA-24/40+OXA-23-OXA-58-like OXA-24/40-like
OXA OXA OXA OXA-OXA-OXA-OXA-OXA-
OXA-24/40-like
OXA-24/40-like
нет
OXA-23-liki OXA-23-liki OXA-23-liki OXA-23-liki нет
OXA-23-liki OXA-23-liki OXA-23-liki
OXA-OXA-OXA-OXA-OXA-OXA-OXA-
OXA-23-like OXA-24/40-like
OXA-23-like OXA-24/41 OXA-24/41 OXA-24/41
A2 A2' A22 A23 A24 A25 A26 A26 A27 A27 A28 A29 A30 A31 A32 A33 A33 A34 A35 A36 A37 A38 A39 A39 A40 A41 A42 A43 A43 A44 A45 A45 A46 A47 A47
OXA-24 OXA-24
нет
OXA-23-liki OXA-23-liki OXA-23-liki OXA-23-liki OXA-24/40-l OXA-24/40-l OXA-24/40-l OXA-24/40-l OXA-23-liki нет OXA-24/40-l OXA-24/40-l OXA-24/40-l
OXA-24/40-li ke OXA-24/40-li ke OXA-23-l i ke
OXA-23-l i ke OXA-23-l i ke OXA-24/40-like
32 32 32 64 32 32 64 0,25 64 8 128 2 0,12 16 32 32 64 32 8 64 16
32 128 1 2 2 1
32 32 16 0,5 64 16 4 16 16 8
0,5 64 128 64 128 64 64 64 1 16 1
64 64 32 128 128 128 64 128
64 64 32 32 64 64 64 64 16 16 64 32 2 16 8 8 8 64 32 4 16 32 8 8 128 16 0,5 8 32 8 8
64 128 64 128 128 128 64 128
Примечание: В группы A-D были включены штаммы с КС > 65%. В кластеры, обозначенные латинскими буквами с римскими цифрами, были объединены генетически подобные штаммы с КС>80%, индекс Хантера-Гастона = 0,952. S -уникальные штаммы (КС<65%). RAPD-профиль - электрофоретический профиль амплифицированных фрагментов. МПК- минимальная подавляющая концентрация антибиотика. Дендрограмма построена с помощью компьютерного анализа (GelJ) с использованием метода невзвешенного попарного среднего (UPGMA) с коэффициентом Dice, толерантность 1,5
Note: A-D groups included strains with SC >65%. Genetically related strains (SC > 80%) were combined into clusters, which were marked Latin letters with roman numerals. Hanter-Gaston index = 0.952. S - unique strains (SC <65%). RAPD-pattern is the electrophoretic profile of amplified fragments. MIC - minimal inhibitory concentration. The dendrogram was constructed by Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) with Dice coefficient and 1.5 tolerance.
Center
195/17
D
87
C
16
64
118/16
B
107/11
1
A
16 1
20
159/11
1
211/09
A20 A21
34
93
1
Original Articles
Рисунок 2. Распределение штаммов A. baumannii, выделенных от больных опухолями системы крови, по группам (КС > 65%)
Figure 2. Distribution of groups (SC > 65%) with A. baumannii isolated from blood culture in hematological patients
штаммов в группы использовали коэффициент сходства (КС) > 65%. Штаммы А. ЬаитаппИ считали уникальными, если КС был меньше 65%. В кластеры (клоны) были объединены штаммы с КС > 80%, которые относили к генетически подобным. Если КС составлял 100%, то А. ЬаитаппИ оценивали, как имеющие полное совпадение RAPD-профилей.
Результаты и обсуждение
Всего было исследовано 96 штаммов А. Ьаи-таппИ, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови. Нечувствительными к карбапенемам были 77 (80,2%) штаммов А. ЬаитаппИ, из них резистентными к имипенему -67 (87%) штаммов, к меропенему - 73 (94,8%).
Гены приобретенных карбапенемаз были обнаружены у 61 (79,2%) из 77 карбапенем-нечувстви-тельных А. ЬаитаппИ. Все детектированные гены приобретенных карбапенемаз относились к 0ХА-карбапенемазам и принадлежали к трем группам, из них лидирующими были гены Ь1ап„,п„,„п
^ 1 0ХА-24/40-подобные
(45,9%, п = 28) и гены Ь1ап^п (45,9%, п = 28),
4 ' ' ' 0ХА-23-подобные 4 ' ' "
затем следовали гены Ь1ат„са (10%, п = 4),
" 0ХА-58-подобные 4 ' "
у одного штамма (1,6%) было определено сочетание генов 0ХА-24/40-подобных и 0ХА-23-подобных ферментов. Гены металло-р-лактамаз не были детектированы.
По результатам RAPD-генотипирования было выявлено 84 RAPD-профиля (рис. 1). На основании кластерного анализа RAPD-профилей 94 (98%)
Таблица 1. Характеристика групп A. baumannii по результатам анализа RAPD-ПЦР Table 1. Characterization of A. baumannii groups by RAPD-PCR
Группа Groups Число штаммов в группе, N of strains in group Число кластеров в группе (КС* > 80%), Clusters (*SC > 80%) Число RAPD профилей, RAPD patterns A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%), А. baumannii with identical RAPD-patterns Карбапенем-нечувствительные A. baumannii Carbapenem non-susceptible A. baumannii
Всего, Total Приобретенные OXA-карбапенемазы, Acquired carbapenemase genes
n n n n (%) n (%) n (%)
A 58 9 47 20 (34,5) 49 (84,5) 37 (75,5)
B 15 5 14 2 (13,3) 10 (66,7) 6 (66,7)
C 15 4 15 0 11 (73,3) 11 (100)
D 6 2 6 0 6 (100) 6 (100)
Примечание: *КС - коэффициент сходства. Note: *SC - similarity coefficient
Original Articles
Рисунок 3. Распределение кластеров A. baumannii внутри групп A-D в течение периода исследования. КС -коэффициент сходства
Figure 3. Distribution of A. baumannii clusters into A-D groups during the study period
Группа A (n=58) Group A (n=58)
о =
H
H
Э ï
о =
H
H
Э ï
О <5
cz
11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0
Кластер (КС >80%) Cluster (SC >80%)
■AI
□AI!
□AIII
■AIV
□AV
HAVI
□AVII
□AVIII
□AIX
°единичный генотип single genotype
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
Годы Years
Группа B (n = 15) Group B (n = 15)
Кластер (КС >80%) Cluster (SC >80%)
11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0
2 ■
2 1 1
H1 : 1 ^^^m 1 ■ 1 ^^^m 1
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
■BI □BII □BIII □BIV BV
■^единичный генотип single genotype
Годы Years
Группа С (n = 15) Group C (n = 15)
Кластер (КС >80%) Cluster (SC >80%)
11
10
с 9
i- 0 = 8
s 7
S? 6
5
Э ï
о « 4
cz 3
s
3" 2
1 0
5
I
2 ■i j: 1
s:
1 I E1 ■ :<: 1
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
Группа D ( n = 6) Group D (n = 6)
■CI ■CII □CIII HCIV
^единичный генотип single genotype
Годы Years
11
10
9
8
i= 7
u i- 0 = 6
s
5
э ï 4
О <5 3
cz 2
s
3- 1
0
II
I
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
Кластер (КС >80%) Cluster (SC >80%)
■DI □DII
Иединичный генотип single genotype
Годы Years
2
Original Articles
штамма А. ЬаитаппП были объединены в 4 группы (А^) с КС > 65% (рис. 2). Только два штамма (2,1%) были отнесены к уникальным (КС < 65%). Большинство штаммов с КС > 65% принадлежало к группе А (60,4%, п = 58). Доля А. ЬаитаппП, вошедших в группы В и С, составила по 15,6% (по 15 штаммов в каждой), в группу D - 6,3% (п = 6). На основании RAPD-генотипирования КС > 80% был определен для 82 (85,4%) А. ЬаитаппП, которые были распределены в 20 кластеров (клонов) генетически подобных штаммов (табл. 1). Каждый кластер содержал от 2-х до 13 штаммов. Полностью совпадающие RAPD-профили (КС 100%) были определены для 22 штаммов, относящихся к 6 кластерам (клонам) в группе А и одному в группе В.
В каждой группе большинство штаммов А. ЬаитаппП были нечувствительными к карбапе-немам (см. табл. 1). Наиболее высокий процент карбапенем-нечувствительных А. ЬаитаппП был определен в группе D (100%) и группе А (84,5%). Гены приобретенных ОХА-карбапенемаз были детектированы среди всех карбапенем-нечувстви-тельных штаммов в группах С и D, реже в группах А и В (75,5% и 66,7% соответственно).
На рисунке 3 представлена динамика распределения кластеров А. ЬаитаппП внутри групп по годам. Штаммы доминирующей группы А были детектированы в течение всего периода исследования. Ряд клонов, таких как А1, А11, АШ и А1Ч были циркулирующими и определялись в течение нескольких лет подряд или с перерывом. Так, штаммы, относящиеся к кластеру А1, впервые были определены в начале исследования в 2003 г. и в 2004 г., а затем с 2013 г. по 2015 г. Штаммы кластера А11 впервые были выделены в 2008 г., затем в течение трех лет подряд (2010-2012 гг.), далее в 2016 г. Штаммы А. ЬаитаппП, входящие
в состав менее многочисленных групп, таких как В и С, были детектированы позднее, чем штаммы группы А, определялись непостоянно в течение периода исследования, но среди них также были отмечены и другие циркулирующие клоны (В1, В11 и СИ). Штаммы А. ЬаитаппП, входившие в группу D, в отличие от штаммов групп А, В и С, впервые были определены только в 2017 г. Следует отметить, что последние два года исследования (2016-2017 гг.) характеризовались появлением новых клонов (С1, DI и DII), вошедших в состав групп С и D (рис. 3).
Штаммы с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%) в основном были детектированы в доминирующей по числу штаммов группе А. В эту группу вошли 20 (34,5%) А. ЬаитаппП с КС 100%, из которых 19 (95%) были резистентными к карбапенемам (табл. 2). Гены приобретенных ОХА-карбапенемаз имели 16 (84,2%) из 19 А. ЬаитаппП, преобладали гены Ыап^п„,„п (75%). В группе В
^ " 0ХА-24/40-подобные 4 ' ^
только два штамма имели полностью совпадающие RAPD-профили (КС 100%). Эти штаммы А. ЬаитаппП были нечувствительными к карбапенемам, однако гены приобретенных ОХА-карбапенемаз в их геномах не были обнаружены.
На рисунке 4 представлено распределение А. ЬаитаппП с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%) в течение исследования. Следует отметить, что 14 (70%) из 20 штаммов с полностью совпадающими RAPD-профилями в группе А и два штамма в группе В были выделены в одном стационаре в 2003-2012 гг. (см. рис. 1). В 2013 г. и в 2015 г. было выделено 2 штамма (RAPD-профиль А43) с КС 100% в двух стационарах, расположенных в разных городах, как и в 20142015 гг. (RAPD-профиль А33). Интерес вызывает тот факт, что у некоторых А. ЬаитаппП с полностью совпадающими RAPD-профилями (RAPD-профиль А43 и А39) были обнаружены гены приобретенных
Таблица 2. A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%) Table 2. A. baumannii with identical RAPD-patterns (SC 100%)
A. baumannii Группа Group Всего Total n = 22
A (n = 20) B (n = 2)
Чувствительные к карбапенемам Carbapenem-susceptible 1(5%) 0 1 (4,5%)
Умеренно-резистентные к карбапенемам Carbapenem-intermediate 0 1 1 (4,5%)
Резистентные к карбапенемам Carbapenem-resistant 19 (95%) 1 20 (91%)
Гены приобретенных OXA-карбапенемаз Acquired carbapenemase genes 16 (84,2%) 0 16 (80%)
bla OXA-24/40-подобные bla OXA-24/40-like 12 (75%) 0 12 (75%)
bla OXA-23-подобные bla OXA-23-like 4 (25%) 0 4 (25%)
Original Articles
Рисунок 4. Выделение A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%) в течение периода исследования
Figure 4. Detection of A. baumannii with identical RAPD-patterns (SC 100%) during the study period
E|E|E|i
■ : ■ : 1
У//г
V/, m Y/A
1
ш
ш
m
1 У/А
у".;..-. m
Кластер Cluster
°AI (a)
■AI (b)
■AI (c)
■AI (d)
nAII
°AIII
QAVIII
□AIV
°AIX
bBIII
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 Years
Число штаммов A.baumannii
N of A.baumannii n=8 n=8 n=4 n=2 strai
n=7 n=5 n=13 n=6 n=5 n=4 n=2 n=6 n=4 n=12 n=10
Примечание: Наличие генов приобретенных OXA-карбапенемаз указано в столбиках. Латинскими буквами обозначены RAPD-профили в кластере AI: а - A39, b - A43, с - A45, d - A47.
Note:The presence of acquired OXA-carbapenemase genes is indicated in columns. Lowercase Latin letters indicate RAPD-patterns in A1 cluster: a - A39, b - A43, с - A45, d - A47
ОХА-карбапенемаз, относящиеся к разным типам (рис. 4).
Частота детекции карбапенем-резистентных А. ЬаитаппИ остается высокой на протяжении длительного периода. В текущем исследовании доля карбапенем-нечувствительных А. ЬаитаппИ, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, составила 80,2%, в ранее проведенном исследовании - 74% [9]. Полученные данные свидетельствуют о продолжающемся увеличении доли устойчивых к карбапенемам А. ЬаитаппИ в РФ. Высокий уровень резистентности к карбапенемам от 53% до 77% отмечен и среди А. ЬаитаппИ, выделенных от больных, находящихся на лечении в многопрофильных стационарах [11,20]. В проведенных российских исследованиях было показано, что большинство карбапенем-резистентных А. ЬаитаппИ содержало гены приобретенных карбапенемаз, из которых Ь1ат,п„,„п были наиболее распространенны-
0ХА-24/40-подобные 1-1-1-
ми на территории РФ и составляли 57,5-94,2% [11,20,21]. В сравнении с проведенным ранее исследованием среди карбапенем-нечувствитель-ных А.Ь аитаппИ, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, наблюдается увеличение доли штаммов, содержащих гены Ь1а0ХА . Так, до 2015 г. доля А. ЬаитаппИ, несущих
23-подобные ' т т ' 1
гены , составляла 38,5% [9], в теку-
ОХА-23-подобные ' L J> J
щем исследовании - 45,9%, в то время как среди штаммов А. ЬаитаппИ, выделенных в многопрофильных стационарах РФ, гены Ь1абыли
т ОХА-23-подобные
детектированы только в 5,8-18,4% [11,20,21]. Можно предположить, что в гематологических стационарах увеличение доли А. ЬаитаппИ, содержащих гены , связано с распростране-
1 ОХА-23-подобные 1-1-1-
нием новых клонов А. ЬаитаппИ.
Молекулярные методы типирования успешно применяются для определения генетически родственных штаммов; для понимания путей распространения возбудителей инфекции в стационарах; определения источника инфекции. Одним из применяемых методов генотипирования является RAPD-ПЦР, который быстро выполним, является простым в исполнении, не требует больших финансовых затрат. В то же время данный метод имеет ряд ограничений, к которым относят невозможность провести сравнение результатов, полученных в разных лабораториях, существует сложность в стандартизации проведения RAPD-ПЦR Однако при оптимальных условиях RAPD-ПЦР обладает высокой дискриминирующей способностью. В нашем исследовании значение индекса Хантера-Гастона составило 0,952 при разделении штаммов на кластеры с КС > 80%, что свидетельствовало о высокой дискриминирующей способности выбранного нами метода. В результате RAPD-генотипирования было выявлено 20 кластеров (клонов) генетически подобных штаммов, что является подтверждением генетического разнообразия А. ЬаитаппИ, выделенных от больных с заболеваниями системы крови. В то же время большинство А. ЬаитаппИ (60,4%) относилось к доминирующей по числу
3
2
Original Articles
штаммов группе А, в которой было отмечено наибольшее число (п = 20) штаммов с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%), что не исключало циркуляции одних и тех же штаммов А. ЬаитаппП в стационаре. Немаловажным фактом было то, что большинство А. ЬаитаппП в каждой группе были карбапенем-нечувствительными (66100%), а уровень резистентности к карбапенемам у А. ЬаитаппП с полностью совпадающими RAPD-профилями (КС 100%) составлял 95%. При этом гены приобретенных ОХА-карбапнемаз были обнаружены у 84,2% А. ЬаитаппП с КС 100% в доминирующей по числу штаммов группе А, что, вероятно, давало этим штаммам дополнительную возможность для распространения и сохранения внутри стационара. Необходимо отметить, что А. ЬаитаппП с полностью совпадающими RAPD-профилями были выделены как внутри одного стационара, так и в стационарах, расположенных в разных городах. В ходе исследования были определены циркулирующие клоны А. ЬаитаппП, которые были детектированы в течение нескольких лет как в доминирующей по числу штаммов группе А, так и малочисленных группах, таких как В и С. Наряду с циркуляцией клонов А. ЬаитаппП в течение длительного времени в стационаре также было выявлено появление новых клонов в 2016-2017 гг., вошедших в новую группу D и ранее детектируемую группу С (кластер С1), что могло свидетельствовать о расширении генетического разнообразия А. ЬаитаппП. Сопоставимые данные были получены и другими исследователями. Изучение А. ЬаитаппП методом SNP-типирования позволило отнести все штаммы А. ЬаитаппП, выделенные в многопрофильных стационарах РФ в 2015-2016 гг., к 34 генотипам и 18 клональным группам (генетическим кластерам, объединяющим штаммы родственных генотипов) [11]. А. А^и^ап с соавт. [22] было проведено генотипирование методом пульс-гель электрофореза, которое показало наличие 13 различных клонов, циркулирующих в нескольких са-ционарах Саудовской Аравии, расположенных в разных городах. В исследовании, проведенном в Болгарии, при RAPD-генотипировании было выявлено от 2-х до 6 кластеров генетически родственных штаммов в четырех госпиталях, что могло
свидетельствовать о циркуляции эндемичных клонов A. baumannii [12]. Следует отметить, что популяция A. baumannii, выделенных от больных, является неоднородной по своей структуре. В литературе представлены случаи как поликлонального распространения A. baumannii в условиях стационаров, что подтверждает их генетическое разнообразие, так и распространение одного или ограниченного числа клонов.
Заключение
Исследование продемонстрировало высокий уровень резистентности A. baumannii к карбапене-мам (80,2%) и среди них 79,2% штаммов имели гены приобретенных OXA-карбапенемаз.
В ходе RAPD-генотипирования было выявлено генетическое разнообразие штаммов A. bauman-nii. В ходе изучения они были распределены на 20 клонов. Часть клонов были циркулирующими и определялись неоднократно. В последние годы (2016-2017 гг.) было отмечено появление новых клонов, что свидетельствовало о расширении генетического разнообразия исследуемых микроорганизмов. Все штаммы, относящиеся к новым клонам, имели гены приобретенных OXA-карбапенемаз, которые, вероятно, имели позитивное значение в успешной адаптации A. baumannii к условиям стационара.
В то же время большинство исследуемых A. baumannii (60,4%) были объединены в одну группу, включая штаммы с полностью совпадающими RAPD-профилями, что не исключало клонально-го распространения A. baumannii в стационаре. Среди A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями доминировали карбапенем-рези-стентные A. baumannii (91%). Клональное распространение A. baumannii было выявлено как внутри одного стационара, так и в стационарах, расположенных в разных городах.
Финансирование исследования. Работа выполнена в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (тема №АААА-А18-118012490209-7).
Acknowledgment. The research was carried out within the state assignment of Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation (theme No. АААА-А18-118012490209-7).
Литература
Gedik H., Sim^ek F., Kanturk A., et al. Bloodstream infections in patients with hematological malignancies: which is more fatal - cancer or resistant pathogens? // Ther Clin Risk Manag. 2014. Vol. 10, P. 743-752. https://doi.org/I0.2l47/tcrm.s68450.
Wang X., Zhang L., Sun A., et al. Acinetobacter baumannii bacteraemia in patients with haematological malignancy: a multicenter retrospective study from the Infection Working Party of Jiangsu Society of Hematology. // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017. Vol. 36, N7. P. 1073-1081. https://doi.org/10.1007/s10096-016-2895-2.
Клясова Г. А., Сперанская Л. Л., Миронова А. В., и др. Возбудители сепсиса у иммунокомпрометированных больных: структура и проблемы антибиотикорезистентности (результаты многоцентрового исследования) //Гематология и трансфузиология. 2007. Т. 52, №1. С. 13-18.
Клясова Г. А. Охмат В. А. Антимикробная терапия. Под редакцией Савченко В.Г. В кн: Алгоритмы диагностики и протоколы лечения заболеваний системы крови. М.: Практика; 2018. С. 1067-1113.
Ballouz T., Aridi J., Afif C., et al. Risk factors, clinical presentation, and outcome of Acinetobacter baumannii bacteremia. // Front Cell Infect Microbiol. 2017. N7. P. 156. https://doi.org/10.3389/ fcimb.2017.00156.
Freire M.P., de Oliveira Garcia D., Garcia C.P., et al. Bloodstream infection caused by extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii in cancer patients: high mortality associated with delayed treatment rather than with the degree of neutropenia // Clin Microbiol Infect. 2016. N 22. P. 352-358. https://doi.org/10.1016/jj.cmi.2015.12.010.
Shargian-Alon L., Gafter-Gvili A., Ben-Zvi H., et al. Risk factors for mortality due to Acinetobacter baumannii bacteremia in patients with hematological malignancies - a retrospective study. //Leuk Lymphoma. 2019. Vol. 60, N11. P. 2787-2792. https://doi.org/10.1080/10428194.2019.1599113.
Lee C.R., Lee J.H., Park M., et al. Biology of Acinetobacter baumannii: Pathogenesis, Antibiotic Resistance Mechanisms, and Prospective Treatment Options. // Front Cell Infect Microbiol. 2017. N7. P. 55. https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00055.
Хрульнова С. А., Коробова А. Г., Федорова А. В. и др. Детекция генов приобретенных карбапенемаз у изолятов Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови. //Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 1. С. 50-55. https://doi.org/10.36488/cmac.2019.156-60.
Original Articles
1Q.
12.
22
Chung D.R., Song J.H., Kim S.H., et al. High prevalence of multidrug-resistant nonfermenters in hospital-acquired pneumonia in Asia. //Am J Respir Crit Care Med. 2Q11. N184. P. 14Q9-1417. https://doi.org/1Q.11б4/rccm.IQ11QI-Q349oc.
Шeк E. А., Cyхорyкова M. В., Эйдeльшmeйн M. В. и др. Анmuбuоmuкорeзucmeнmноcmь, продyкцuя карбапeнeмаз и гeноmuпы нозокомиальных шmаммов Acinetobacter spp. в cmационарах России: рeзyльmаmы многоцeнmрового эпuдeмuологuчeского uсслeдованuя «МАРАФОН 2Q15-2Q16». // Kлuнuчeская микробиология и анmuмuкробная хuмuоmeрапuя. Ю19. Ï.21, №2. С. 171-18Q. https-y/doi.org/1Q.36488/cmac2Q192.171-18Q.
Strateva T., Sirakov I., Stoeva T., et al. Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii: Current status of the problem in four Bulgarian university hospitals (2Q14-2Q16). //J Glob Antimicrob Resist. Ю19. N16. P. 266-273. https://doi.org/1Q.1Q16/j.jgar2Q18.1Q.Q27.
Evans B.A., Amyes S.G. OXA ß-lactamases. // Clin Microbiol Rev. 2Q14. N27. P. 241-263. https://do\.org/13.1128/cmr.33117c13.
Munoz-Price L.S., Namias N., Cleary T., et al. Acinetobacter baumannii: association between environmental contamination of patient rooms and occupant status. // Infect Control Hosp Epidemiol. 2Q13. Vol. 34, N5. P. 517-2Q. https://doi.org/1Q.1Q86/67Q2Q9.
Morgan DJ., Liang S.V., Smith C.L., et al. Frequent multidrug-resistant Acinetobacter baumannii contamination of gloves, gowns, and hands of healthcare workers. // Infect Control Hosp Epidemiol. WW. Vol. 31, N7. P. 716-21. https-y/doi.org/1Q.1Q86/6532Q1.
Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Seventh Informational Supplement. CLSI document M1QQ-S28. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standarts Institute; 2Q18.
Dahdouh E., Gómez-Gil R., Sanz S., et al. A novel mutation in pmrB mediates colistin resistance during therapy of Acinetobacter baumannii // Int J Antimicrob Agents. 2Q17. Vol. 49, N6. P. 727-733. https://doi.org/13.1316/j.ijantimicag.2317.31.331.
Heras J., Domínguez C., Mata E., et al. GelJ - a tool for analyzing DNA fingerprint gel images. BMC Bioinformatics. IQ15;1б:I7Q. https://doi.org/1Q.1186/s12859-Q15-Q7Q3-Q. Hunter PR. Reproducibility and indices of discriminatory power of microbial typing methods //J Clin Microbiol. 199Q;28(9):19Q3-19Q5. https://doi.org/1Q.11I8/jcm.I8.9.19Q3-19Q5.199Q. Гординская H. А., Сабирова Е. В., Абрамова Н.В. и др. Анmuбuоmuкочyвcmвumeльноcmь и м'ол^^л^'^^^^^ мeханuзмы рeзucmeнmноcmu Acinetobacter baumanii, возбyдumeлeй ранeвой ожоговой uнфeкцuu. //Meдuцuнcкuй альманах. 2Q15. Ï. 5, m4Q. С. 99-1Q1.
Mayanskiy N., Chebotar I., Alyabieva N., et al. Emergence of the Uncommon Clone ST944/ST78 Carrying blaOXA^^ and bla^M^ Genes Among Carbapenem-Nonsusceptible Acinetobacter baumannii in Moscow, Russia. //Microb Drug Resist. 2Q17. Vol. 23, N7. P. 864-87Q. https://doi.org/1Q.1Q89/mdr.IQYб.Q3QI. ' "k
Alsultan A.A., Aboulmagd E., Evans B.A., et al. Clonal diversity of Acinetobacter baumannii from diabetic patients in Saudi Arabian hospitals. // J Med Microbiol. 2Q14. Vol. 63, N11. P. 146Q-14бб. https://doi.org/1Q.1Q99/jmm.Q.Q7964Q-Q.
Reference
1. Gedik H, Sim§ek F, Kantürk A, et al. Bloodstream infections in patients with hematological malignancies: which is more fatal - cancer or resistant pathogens? Ther Clin Risk Manag. 2Q14;1Q:743-752. https://doi.org/1Q2147/tcrm.s6845Q.
2. Wang X, Zhang L, Sun A, et al. Acinetobacter baumannii bacteraemia in patients with haematological malignancy: a multicenter retrospective study from the Infection Working Party of Ji-angsu Society of Hematology. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2Q17;36(7):1Q73-1Q81. https://do\.org/13.1337/s13396c316c289Sc2.
3. Klyasova GА, Speranskaya LL, Mironova АV, et al. The pathogens causing sepsis in immunocompromized patients: structure and problems of antibiotic resistance. Results of a multi-center cooperative study. GemаtoIogiya i tmnsfuziologiya. 2QQ7;52(1):3-18 (In Russ).
4. Klyasova GА, Okhmat VА. Antimicrobial therapy. In: Savchenko VG, ed. Algorithms of diagnosing and protocols of treatment of blood system diseases. Moscow: Praktika; IQ18:1Qб9-1113 (In Russ).
5. Ballouz T, Aridi J, Afif C, et al. Risk factors, clinical presentation, and outcome of Acinetobacter baumannii bacteremia. Front Cell Infect Microbiol. 2Q17;7:156. https://doi.org/1Q.3389/ fcimb2Q17.QQ156.
6. Freire MP, de Oliveira Garcia D, Garcia C.P., et al. Bloodstream infection caused by extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii in cancer patients: high mortality associated with delayed treatment rather than with the degree of neutropenia. Clin Microbiol Infect. IQ1б;II:35I-358. https://doi.org/1Q.1Q1б/j.cmi.IQ15.1I.Q1Q.
7. Shargian-Alon L, Gafter-Gvili A, Ben-Zvi H, et al. Risk factors for mortality due to Acinetobacter baumannii bacteremia in patients with hematological malignancies - a retrospective study. Leuk Lymphoma. 2Q19;6Q(11):2787-2792. https://doi.org/1Q.1Q8Q/1Q4I8194.IQ19.1599113.
8. Lee CR, Lee JH, Park M, et al. Biology of Acinetobacter baumannii: Pathogenesis, Antibiotic Resistance Mechanisms, and Prospective Treatment Options. Front Cell Infect Microbiol. 2Q17;7:55. https://doi.org/1Q.3389/fcimb.2Q17.QQQ55.
9. Khrulnova SA, Korobova AG, Fyodorova AV, et al. Detection of acquired carbapenemase genes among Acinetobacter baumannii isolated from blood culture in patients with hematological malignancies. Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy. 2Q19;21(1):56-6Q. (In Russ). https://doi.org/1Q.36488/cmac.2Q19.1.56-6Q.
1Q. Chung DR, Song JH, Kim SH, et al. High prevalence of multidrug-resistant nonfermenters in hospital-acquired pneumonia in Asia. Am J Respir Crit Care Med. IQ11;184:14Q9-1417. https://doi. org/1Q.11б4/rccm.IQ11QI-Q349oc.
11. Shek EA, Sukhorukova MV, Edelstein MV, et al. Antimicrobial resistance, carbapenemase production, and genotypes of nosocomial Acinetobacter spp. isolates in Russia: results of multicenter epidemiological study «MARATHON 2Q15-2Q16». Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy. 2G19;21(2):171-8G (In Russ). https://doi.org/1Q.36488/cmac2Q192.171-18Q.
12. Strateva T, Sirakov I, Stoeva T, et al. Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii: Current status of the problem in four Bulgarian university hospitals (2Q14-2Q16). J Glob Antimicrob Resist. 2Q19;16:266-273. https://doi.org/1Q.1Q1б/j.jgar.IQ18.1Q.QI7.
13. Evans BA, Amyes SG. OXA ß-lactamases. Clin Microbiol Rev. 2G14;27:241-263. https://do\.org/13.1128/cmr.33117c13.
14. Munoz-Price LS, Namias N, Cleary T, et al. Acinetobacter baumannii: association between environmental contamination of patient rooms and occupant status. Infect Control Hosp Epidemiol. IQ13;34(5):517-IQ. https://doi.org/1Q.1Q8б/б7QIQ9.
15. Morgan DJ, Liang SV, Smith CL, et al. Frequent multidrug-resistant Acinetobacter baumannii contamination of gloves, gowns, and hands of healthcare workers. Infect Control Hosp Epidemiol. IQ1Q;31(7):71б-I1. https://doi.org/1Q.1Q8б/б53IQ1.
16. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Seventh Informational Supplement. CLSI document M1QQ-S28. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standarts Institute; 2Q18.
17. Dahdouh E, Gómez-Gil R, Sanz S, et al. A novel mutation in pmrB mediates colistin resistance during therapy of Acinetobacter baumannii. Int J Antimicrob Agents. IQ17;49(б):7I7-733. https:// doi.org/1Q.1Q16/j.ijantimicag2Q17.Q1.Q31.
18. Heras J, Domínguez C, Mata E, et al. GelJ - a tool for analyzing DNA fingerprint gel images. BMC Bioinformatics. IQ15;1б:I7Q. https://doi.org/1Q.1186/sU859-Q15-Q7Q3-Q
19. Hunter PR. Reproducibility and indices of discriminatory power of microbial typing methods. J Clin Microbiol. 199Q-,28(9):'\<9Q3-'\9Q5. https://doi.org/1Q.1128/jcm.28.9.19Q3-19Q5.199Q.
2Q. Gordinskaya NA, Sabirova EV, Abramova NV et al. Antibiotics sensitivity and molecular mechanisms of resistance of Acinetobacter baumanii, infectious agents of burn-wound infection. Medicinskij almanah. 2Q15; 5(4Q):99-1Q1 (In Russ).
21. Mayanskiy N, Chebotar I, Alyabieva N, et al. Emergence of the Uncommon Clone ST944/ST78 Carrying blaOXA-4Q-like and blaCTX-M-like Genes Among Carbapenem-Nonsusceptible Acinetobacter baumannii in Moscow, Russia. Microb Drug Resist. 2G17;23(7):864-87G. https\//do\.oxg/1Q.1Q89/mdx2Q16.Q33!à. ' "k
22. Alsultan AA, Aboulmagd E, Evans BA, et al. Clonal diversity of Acinetobacter baumannii from diabetic patients in Saudi Arabian hospitals. J Med Microbiol. IQ14;б3(11):14бQ-бб. https://doi. org/1Q.1Q99/jmm.Q.Q79б4Q-3.
Об авторах
About the Authors
• Светлана Алексеевна Хрульнова - старший научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и антибиотической терапии НМИЦ гематологии. +7 (495)-б14-92-72, khrulnovas@mail.ru. ОЯСЮ: 0000-0002-1127-3333.
• Анастасия Владимировна Федорова - старший научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и антибиотической терапии НМИЦ гематологии. +7 (495)-б14-92-72, mirnas19@yandex.ru. ОЯСЮ: 0000-0003-3919-1150.
• Ирина Николаевна Фролова - научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и антибиотической терапии НМИЦ гематологии. +7 (495)-б14-92-72, Frolova.i@blood.ru. ОЯСЮ: 0000-0001-9308-9259.
• Галина Александровна Клясова - заведующая лабораторией клинической бактериологии, микологии и антибиотической терапии НМИЦ гематологии. +7 (495)-б14-92-72, klyasova.g@blood.ru. ОЯСЮ: 0000-0001-5973-5763.
Поступила: 17.04.2020. Принята к печати: 02.07.2020.
Контент доступен под лицензией СС БУ 4.0.
• Svetlana A. Khrulnova - Senior researcher, Laboratory of clinical bacteriology, mycology, and antibiotic treatment National Research Center for Hematology +7 (495)-614-92-72, khrulnovas@mail.ru ORCID: 0000-0002-1127-3333.
• Anastasija V. Fedorova - Senior researcher, Laboratory of clinical bacteriology, mycology, and antibiotic treatment of National Research Center for Hematology. +7 (495)-614-92-72, mirnas19@yandex.ru. ORCID: 0000-0003-3919-1 150.
• Irina N. Frolova - Researcher, Laboratory of clinical bacteriology, mycology, and antibiotic treatment of National Research Center for Hematology. +7 (495)-614-92-72, Frolova.i@blood.ru. ORCID: 0000-0001-9308-9259.
• Galina A. Klyasova - Head of Laboratory of clinical bacteriology, mycology, and antibiotic treatment of National Research Center for Hematology. +7 (495)-614-92-72, klyasova.g@blood.ru. ORCID: 0000-0001-5973-5763.
Received: 17.04.2020. Accepted: 02.07.2020.
Creative Commons Attribution CC BY 4.0.
