Научная статья на тему 'МАЛОИНВАЗИВНАЯ ДИАГНОСТИКА ГЛИОБЛАСТОМ: ОТ БИОИНФОРМАЦИОННОГО АНАЛИЗА К АПРОБАЦИИ НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МАТЕРИАЛЕ'

МАЛОИНВАЗИВНАЯ ДИАГНОСТИКА ГЛИОБЛАСТОМ: ОТ БИОИНФОРМАЦИОННОГО АНАЛИЗА К АПРОБАЦИИ НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МАТЕРИАЛЕ Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

CC BY
0
0
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по фундаментальной медицине , автор научной работы — И.Г. Алексеев, А.В. Савросов, Г.Л. Поне

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Текст научной работы на тему «МАЛОИНВАЗИВНАЯ ДИАГНОСТИКА ГЛИОБЛАСТОМ: ОТ БИОИНФОРМАЦИОННОГО АНАЛИЗА К АПРОБАЦИИ НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МАТЕРИАЛЕ»

ТЕЗИСЫ ПОСТЕРНЫХ ДОКЛАДОВ И ПРИНЯТЫЕ К ПУБЛИКАЦИИ

Нейроонкология

известного как синдром Линча, с глиальными опухолями головного мозга, чаще — с глиобластомой. При II типе синдрома (мутация гена APC) возникают сочетания семейного аденоматозного полипоза с медуллобластомой (иногда его называют синдромом Крайля). Поражения ЦНС встречаются при туберозном склерозе (различные корковые диспла-зии (гамартомы), и субэпендимальные гигантоклеточные астроцитомы). Причина заболевания — патогенные мутации TSC1. При синдроме Ли-Фраумени (развивается в связи с гетерозиготными мутациями в гене TP53 приводящими к потере функции гена-супрессора опухолевого роста) у пациентов диагностируются саркомы мягких тканей и остеосаркомы, рак молочной железы, опухоли головного мозга, лейкемия и адренокортикальная карцинома. Пинео-бластома, бластома гипофиза, эмбриональная опухоль с многослойными розетками и DICERI-мутантная первичная внутричерепная саркома могут встречаться у больных с синдромом DICER1 (одноимённый ген является частью системы репарации). Синдром фон Гиппеля-Линдау представляет собой заболевание, предрасполагающее к развитию различных злокачественных и доброкачественных новообразований — гемангиобластоме сетчатки, мозжечка и спинного мозга, почечно-клеточному раку, феохромо-цитоме и опухолям поджелудочной железы. Причина заболевания — мутационная инактивация гена-супрессора опухолей VHL. Различные опухоли ЦНС могут возникать и при других, более редких наследственных заболеваниях, таких как: синдром Каудена, синдром Горлина, синдром предрасположенности к рабдоидным опухолям, синдром семейной параганглиомы, синдром меланомы-астроцито-мы, синдром предрасположенности к опухолям BAP1, анемия Фанкони, синдром ELPI-медуллобластомы,комплекс Карни, синдром Луи-Бар, синдром Вискотта-Олдрича, пигментная ксеродерма,синдром Блума. Заключение: Не остаётся сомнений в том, что в развитии ряда форм ПМЦО различных гистологических типов ключевое значение имеют генетические и эпигенетические нарушения в генах-супрессорах опухолевого роста, что во многом связывает их с генетическими опухолевыми синдромами,где новообразование центральной нервной системы является одним из их фенотипов. Дальнейшее изучение проблемы может пролить свет на механизмы опухолеобразования в ЦНС. Основным барьером на пути к этому остаётся низкая доступность методов геномного секвенирования в клинической практике. Перспективным терапевтическим решением является создание мульти-дисциплинарных команд из онкологов, нейрохирургов, неврологов и клинических генетиков.

МАЛОИНВАЗИВНАЯ ДИАГНОСТИКА ГЛИОБЛАСТОМ: ОТ БИОИНФОРМАЦИОННОГО АНАЛИЗА К АПРОБАЦИИ НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МАТЕРИАЛЕ

И.Г. Алексеев, А.В. Савросов, Г.Л. Поне

Место работы: ООО «Ген-Ом + », Екатеринбург, Россия Эл. почта: n4ronsot@rambler.ru

Цель: Глиомы — наиболее распространенные инвазивные опухоли мозга, характеризующиеся высокими уровнями смертности и рецидивирования. Для проведения диагностики обычно необходим гистологический образец, который не всегда охватывает морфологическую и молекулярную гетерогенность опухоли или не доступен из-за локализации. Соответственно, создание малоинва-зивной панели для выявления бластоматозного процесса в ЦНС является актуальным. Цель — разработка панели для дифференциальной диагностики глиобластом на основе циркулирующих крови микроРНК. Материалы и методы: Исследование состояло из 2 этапов — поискового (1) и валидационного (2). Этап 1 включал биоинформационный анализ данных NGS по микроРНК в плазме крови 36 пациентов с HGG глиомами и96 здоровых доноров. Для поиска маркеров LGG-глиом проведен обзор. Для получения данных секвенирования микроРНК в формате fasta использовалась база GEO. Разработка классификаторов на основе алгоритмов RF и KNN проводилась в "caret" на R 4.0.4. Этап 2 включал определение методом ПЦР микроРНК в образцах плазмы 60 пациентов с глиальной опухолью и 20 здоровых доноров. Для разработки классификатора на основе данных ПЦР использовался пакет rpart в среде R.

Результаты: С использованием SRA отобраны данные секвенирования микроРНК условно-здоровой группы (n = 96) и пациентов с глиобластомой (n = 35). Профилирование микроРНК выполнено с использованием "sRNAbench", а анализ дифференциальной экспрессии — с использованием "DESeq2». Биоинформационный анализ выделил 945 дифференциально экспрессирующихся микроРНК, из которых 502 демонстрировали статистическую значимость (padj < 0,05), но лишь 101 микроРНК были с относительной экспрессией (log2) > 111.

Использование алгоритма «ансамбль решающих деревьев» выявило наиболее значимые микроРНК — miR-5010-5p, miR-182-5p, miR-758-3p, miR-96-5p, miR-133a-5p, miR-3180-3p, miR-6782-5p, miR-1304-5p, miR-3937, miR-100-5p, miR-1182-3p, miR-113b, miR-670-3p, miRNA-342-3p, miR-21-5p. Для ПЦР-данных по микроРНК диагностическая панель была создана с привлечением алгоритма машинного обучения «дерево решений». Установлено, что: Ct miR-21-5p > 1,7 дифференцируют группу сравнения от контрольной и основной групп; значение miR-342-3p является пограничным для дифференцировки контрольной от основной группы.

ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии

том/vol. 13 #3s1 • 2023

MALIGNANT TUMOURS

Russian Society of Clinical Oncology

РОССИЙСКИЙ Willi НШОШЕСКШ 11VII ШГРЕСС 2D23 АЛ I II

Нейроонкология

Для дифференцировки основной группы от контрольной также можно использовать miR-3180-3p. Заключение: Доказан потенциал miR-21-5p, miR-3180-3p и miR-342-3p для диагностики глиальных опухолей.

ВЛИЯНИЕ ДЕКСАМЕТАЗОНА НА ЭКСПРЕССИЮ ГЛЮКОКОРТИКОИДНОГО РЕЦЕПТОРА В ГЛИОБЛАСТОМАХ

А.В. Строкотова1'4, А.М. Волков2, Г.М. Казанская1,

Р.С. Киселев2, С.Д. Аладьев1, Д.К. Соколов1, Е.Э. Кливер2,

С.В. Айдагулова13, Э.В. Григорьева1,4

Место работы: 1. НИИ молекулярной биологии и биофизики ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины» Минобрнауки России, Новосибирск, Россия; 2. ФГБУ «НМИЦ им. акад. Е.Н. Мешалкина» Минздрава России, Новосибирск, Россия; 3. ФГБОУ ВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава России, Новосибирск, Россия; 4. ФГАОУ ВО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет», Новосибирск, Россия Эл. почта: anastasia-suhovskih@mail.ru

Рост глиобластом часто сопровождается развитием отека головного мозга, для устранения которого используется комплексная терапия, в том числе глюкокортикостеро-идный препарат дексаметазон (ДЕКС), который является агонистом глюкокортикоидного рецептора (ГР). ГР широко экспрессируется в головном мозге и вовлечен во многие процессы, такие как гомеостаз, адаптация к стрессу, модуляция иммунной системы и функций головного мозга. Экспрессия этого рецептора в глиобластомах изучена недостаточно, однако данные о ее изменениях под действием ДЕКС могут использоваться в клинических целях при назначении дозы препарата у пациентов с глиобластомой.

Цель: Изучение экспрессии ГР в глиобластомах и в нормальной ткани головного мозга, а также связи экспрессии рецептора с приемом ДЕКС.

Материалы и методы: Когортное ретроспективное исследование включало в себя 36 пациентов с диагнозом глиобластома NOS, Grade 4, которым в период с 2019 по 2023 год было проведено лечение на базе ФГБУ «НМИЦ им. ак. Е.Н. Мешалкина» Минздрава России. Средний возраст пациентов составил 56 лет, соотношение мужчин и женщин — 2:3. Для пациентов было проведено иммуногистохимическое окрашивание парафиновых срезов с использованием антител к ГР. Наосновании данных по распространенности и интенсивности экспрессии для каждого образца также был определен ин тегральный показатель экспрессии ГР. Для изучения влияния ДЕКС на экспрессию ГР интегральный показатель экспрессии ГР был изучен у пациентов получавших и не получавших ДЕКС в ходе лечения глиобластомы. Для изучения влия-

ния ДЕКС на ГР в нормальном мозге использовали мышей линии С57В1/6 не получавших и получавших однократную инъекцию ДЕКС в дозировке 2,5 мг/кг. Результаты: Показано, что глиобластомы гетерогенны по экспрессии ГР; пациенты с глиобластомой разделяются на 3 подгруппы с низкой (интегральный показатель 0-100), умеренной (интегральный показатель 100-200) и высокой (интегральный показатель 200-300) экспрессией ГР, между подгруппами имеются статистически значимые отличия (р < 0,05). Прием ДЕКС не влияет на экспрессию ГР в глиобластомах. В группе мышей не получавших ДЕКС присутствуют животные только с умеренной и высокой экспрессией ГР (р < 0,05), подгруппы животных с низкой экспрессией не представлен о. Животные, получавшие ДЕКС, также обладают только умеренной и высокой экспрессией ГР; ДЕКС не оказывает влияния на экспрессию ГР в нормальной ткани головного мозга мышей. Заключение: Таким образом, дексаметазон не оказывает влияния на экспрессию ГР как в нормальной, так и в опухолевой ткани головного мозга. Среди экспериментальных животных выделяются две подгруппы — с высокой и умеренной экспрессией ГР. Распределение экспрессии глюкокортикоидного рецептора по подгруппам в глиобластомах характеризуется также присутствием подгруппы и с низкой экспрессией глюкокортикоидного рецептора. Низкая экспрессия ГР может быть ассоциирована со сниженной чувствительностью пациентов к ДЕКС и сниженной эффективностью противоотечной терапии. Исследование выполнено при поддержке гранта Российского научного фонда (проект № 21-15-00285).

АПТАМЕРЫ К ПОВЕРХНОСТНЫМ АНТИГЕНАМ EGFR CD133 ДЛЯ ТЕРАНОСТИКИ КУЛЬТУР КЛЕТОК ГЛИОБЛАСТОМ ПАЦИЕНТОВ

О.М. Антипова1, В.Л. Моисеенко1, Б.М. Иванов1, Ф.М. Дза-риева2, Е.А. Савченко3, Н.С. Самойленкова3, И.Н. Пронин3, Г.В. Павлова23, А.М. Копылов1

Место работы: 1. ФГБОУ ВО «МГУ им. М.В. Ломоносова» Москва, Россия; 2. Институт высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН, Москва, Россия; 3. ФГАУ «НМИЦ нейрохирургии им. ак. Н.Н. Бурденко» Минздрава России, Москва, Россия Эл. почта: antipovachem@gmail.com

Цель: Рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) су-перэкспрессирован во многих клетках глиобластом (ГБ). CD133 — это маркер-кандидат стволовых и прогениторных клеток ГБ. Обычно EGFR иCD133 детектируют с помощью антител (Ат). К этим антигенам получены аптамеры (Ап), «химические антитела», — это олигонуклеотиды со специфическим сродством к мишеням. Ап много меньше Ат по размерам, они стабильнее, в них относительно просто направленно вводить флуоресцентные метки и про-

ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии

том/vol. 13 #3s1 • 2023

MALIGNANT TUMOURS

Russian Society of Clinical Oncology

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.