CC BY
39
Пробл. особо опасных инф. 2017; 3:58-62. DOI: 10.21055/0370-1069-2017-3-58-62
УДК 616.98:579.841.93
и.В.кузнецова, Д.А.ковалев, Ю.м.Евченко, л.и.Шакирова, н.м.Швецова, Д.Г.Пономаренко, с.В.Писаренко, а.м.жиров, аа.лукина, а.н.куличенко
изучение генетического разнообразия штаммов бруцелл, выделенных в северо-кавказском федеральном округе
ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт», Ставрополь, Российская Федерация
цель исследования - изучение генетического разнообразия штаммов Brucella разных видов, изолированных от людей и мелких млекопитающих животных на территории Северо-Кавказского федерального округа методом MLVA14, определение взаимосвязи сформированных кластеров с местом, временем и объектом выделения. материалы и методы. Проведено MLVA14 генотипирование 91 штамма Brucella spp., выделенных от больных людей, мелких млекопитающих и сельскохозяйственных животных. Размеры ампликонов сравнивали с базой MLVA Bank 5.0 tutorial version 1.6. На основании полученных данных построена дендрограмма филогенетических связей изученных штаммов. результаты и выводы. На основании MLVA-генотипирования изученные штаммы разделены на 61 MLVA14 генотип. Штаммы подвидов B. suis, B. abortus, B. melitensis на дендрограмме формируют отдельные кластеры. Одинаковые MLVA14 типы B. melitensis имеют штаммы, выделенные во время групповых заболеваний людей бруцеллезом, штаммы B. suis приурочены к эпизоотиям среди мелких млекопитающих, которые могут протекать на различных административных территориях. полученные данные могут быть использованы для мониторинга за возбудителем бруцеллеза, в том числе в качестве эффективного инструмента ретроспективного эпидемиологического анализа.
Ключевые слова: бруцеллез, мультилокусный анализ числа вариабельных тандемных повторов, филогенетический анализ.
Корреспондирующий автор: Кузнецова Ирина Владимировна, e-mail: [email protected].
I.V.Kuznetsova, D.A.Kovalev, Yu.M.Evchenko, L.I.Shakirova, N.M.Shvetsova, D.G.Ponomarenko, S.V.Pisarenko, A.M.Zhirov, A.A.Lukina, A.N.Kulichenko
The study of Genetic Diversity of Brucella strains Isolated in the North Caucasian Federal District
Stavropol Research Anti-Plague Institute, Stavropol, Russian Federation
Objective of the study is to investigate genetic diversity of Brucella strains of various species, isolated from humans and small mammals in the territory of the North Caucasus Federal District using MLVA14, as well as to identify the correlation between the formed clusters and the place setting, the time setting, and object of isolation. Materials and methods. Carried out has been MLVA14 genotyping of 91 Brucella spp. strains isolated from patients, small mammals and live-stock animals. The sizes of amplicons were compared with MLVA Bank 5.0 database, tutorial version 1.6. Based on the data obtained, constructed was a dendrogram of phylo-genetic interrelations of the studied strains. Results and conclusions. Using the data on MLVA genotyping, the studied strains were subdivided into 61 MLVA14 genotypes. Strains of B. suis, B. abortus, B. melitensis form separate clusters in the dendrogram. Strains isolated during cluster cases of brucellosis in humans have similar MLVA14 B. melitensis types, B. suis strains are confined to the epizooties among small mammals that may occur in different administrative territories. The data can be used for monitoring of brucellosis agent, including as an effective tool for retrospective epidemiological analysis.
Keywords: brucellosis, multilocus VNTR-analysis, phylogenetic analysis.
Conflict of interest: The authors declare no conflict of interest.
Corresponding author:............., e-mail: [email protected].
Citation: Kuznetsova I.V., Kovalev D.A., Evchenko Yu.M., Shakirova L.I., Shvetsova N.M., Ponomarenko D.G., Pisarenko S.V., Zhirov A.M., Lukina A.A., Kulichenko A.N. The Study of Genetic Diversity of Brucella Strains Isolated in the North Caucasian Federal District. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2017; 3:58-62. (In Russ.). DOI: 10.21055/0370-1069-2017-3-58-62
Бруцеллез - инфекционно-аллергическая болезнь, общая для человека и животных, относящаяся к особо опасным инфекциям. Эпидемическая ситуация по бруцеллезу в Российской Федерации продолжает оставаться напряженной и определяется эпизоотическим неблагополучием среди мелкого и крупного рогатого скота. Наиболее высокий уровень заболеваемости людей бруцеллезом регистрируется в Северо-Кавказском федеральном округе [1].
В настоящее время в мировой практике для анализа геномного полиморфизма возбудителя бруцеллеза широкое применение получил многолокусный анализ вариабельных тандемных повторов (Multiple
Locus Variable-Number Tandem Repeats Analysis -MLVA) как в качестве самостоятельного, так и в сочетании с другими методами генетического типиро-вания [6, 7, 8]. Данный метод позволяет проводить внутривидовую дифференциацию штаммов возбудителя инфекций, согласующуюся с классическими методиками, определять их принадлежность к определенному географическому региону, группировать по ряду других свойств.
Целью данной работы было изучение генетического разнообразия штаммов Brucella разных видов, изолированных от людей и мелких млекопитающих животных на территории Северо-Кавказского фе-
дерального округа методом MLVA14, определение взаимосвязи сформированных кластеров с местом, временем и объектом выделения.
Материалы и методы
В работе использованы 27 штаммов (24 штамма - B. melitensis, 2 - B. abortus и 1 - B. suis), изолированных от больных людей и 64 штамма B. suis, выделенных от мелких млекопитающих (61) и сельскохозяйственных животных (3).
Бактерии выращивали на среде эритрит-агар при температуре 37 °С согласно МУ 3.1.7.1189-03. Выделение ДНК Brucella spp. из двухсуточной агаровой культуры осуществляли в присутствии гуа-нидинтиоцианата с использованием сертифицированных коммерческих наборов «АмплиПрайм ДНК-сорб-АМ» (ИнтерЛабСервис, Россия) в соответствии с инструкцией.
MLVA проводили по схеме, предложенной Le Fleche et al. [5], учитывая размер 15 VNTR-локусов Brucella spp. В ходе исследования локус Bruce 30 исключили из схемы типирования, поскольку он не ам-плифицировался в ПЦР с ДНК изучаемых штаммов. размеры ампликонов определяли с помощью автоматизированной станции микрокапиллярного электрофореза «Experion System» (Bio-Rad Laboratories, США). Полученные данные сравнивали с базой MLVA Bank 5.0 tutorial version 1.6 [9].
Методом попарного невзвешенного кластиро-вания с арифметическим усреднением (UPGMA), с помощью компьютерной программы START 2 [10], построена дендрограмма штаммов возбудителя бруцеллеза. Оценка статистической значимости различий частот наблюдений проводилась по критерию Фишера [3].
Результаты и обсуждение
изоляты B. suis (биовары 1, 5) выделены из образцов полевого материала, собранного на территории Ставропольского края, Республики Северная Осетия - Алания (РСО), Чеченской, Ингушской и Кабардино-Балкарской Республик в 1959-1984 гг. Остальные штаммы бруцеллезного микроба выделены из крови больных людей в 2011-2014 гг.: в Республике Дагестан - 21 культура B. melitensis (биовар 1, 3), Республике Калмыкия - 3 культуры B. melitensis (биовар 3) и 2 культуры B. abortus (био-вар 3), чеченской Республике - 1 культура B. suis (биовар 5). часть штаммов B. suis выделена при проведении исследований, направленных на доказательство существования природной очаговости бруцеллеза, где носителями являются мелкие мышевидные грызуны [2, 4]. Штаммы от мелких млекопитающих выделены в зоне Ассино-Сунженского междуречья на границе республик Ингушетия и Северная Осетия - Алания, Кабардино-Балкарской и Чеченской в период, охватывающий конец 50-х и
начало 80-х гг. прошлого столетия. Эта зона является природным очагом туляремии и представляет собой лесостепь предгорной зоны Главного Кавказского хребта. Долина занята фруктовыми садами, виноградниками, посевами колосовых и пропашных культур. Среди этих угодий имеются небольшие участки целины с наличием кустарников. Поселения мелких млекопитающих, мышей разных видов, полевок носят мозаичный характер.
Изученные штаммы в ходе исследования были разделены на 61 MLVA14 генотип. На основании полученных данных построена дендрограмма, отображающая филогенетическое родство изучаемых изолятов (рисунок).
как видно из рисунка, штаммы бруцеллы разных подвидов формируют отдельные кластеры: А -B. suis, В - B. abortus, С - B. melitensis.
кластер в представлен двумя штаммами B. abortus С-550, С-551, изолированными от больных в калмыкии.
В кластере С конечные ветви дендрограммы сформированы штаммами, имеющими одинаковый генотип. Поскольку данные эпидемиологического расследования отсутствуют, в качестве критериев групповой заболеваемости бруцеллезом нами использованы сведения о месте и времени изоляции культур от больных людей. как следует из табл. 1, насчитывается семь генетически однотипных групп штаммов бруцеллезной инфекции. Из них в пяти случаях имеют место совпадения времени и мест выделения культур бруцеллеза. например, группа 1 состоит из штаммов, выделенных в сроки, укладывающиеся в инкубационный период болезни, на территориях населенных пунктов, расположенных в 30-40 км друг от друга. Группа 3 сформирована штаммами, изолированными на значительном расстоянии (более 200 км) друг от друга. Не исключено, что они являются причиной заболеваний с общим источником заражения, однако в данном случае формальных признаков такой общности не наблюдается.
Тем не менее, использование критерия Фишера (ф = 1,654) позволяет заключить, что общий MLVA14 тип чаще наблюдается у штаммов, выделенных в период одного группового заболевания людей бруцеллезом.
При анализе групп и подгрупп кластера А по географическому положению места выделения возбудителя отмечено, что штаммы разных MLVA14 типов распределены по территории Ассино-Сун-женского междуречья не системно. Всего выделено четыре группы с разным количеством подгрупп в каждой. В первой группе - одна подгруппа, вторая группа представлена одним штаммом - 501, в третьей группе - 9 подгрупп, в четвертой - 3. Однако при распределении по годам отмечено, что на фоне изоляции единичных штаммов разных типов имеет место одновременное выделение двух-трех штаммов с одинаковым генотипом. такого рода случаи представлены в табл. 2, из которой следует, что од-
2017, issue 3
S9
>
>В
-3
ни!
Ц
с
C-553 - ST-19 (104,140,158,366,124,320,377,176,146,172,589.182,151.233) ""X C-S52 - ST-19 (184,140,158,366.124,320,377,176.146,172,289,182,151233) > C-53S - ST-2Ü (163,140,158,366.124,320,377,176,145,172,289.182,151,233) C-565 - ST-S1 (184,140,158,366,124,320,377,176,146,164,288,182,161,233) C-534 - ST-21 (176,140,158,366,124,320.377,176,146,172,289.182,1 51.233) C-S33 - ST-21 (176.140.158.366.124.330377.176.146.172.289,182.151233) C-53B - ST-37 (176,140,150,366.124,320,377,152,146,172,288.182,151,233)
C-539 - ST-41 (184,140,158,366,124,320,3177,152,146,172,289.182,151.233) C-542 - ST-42 (184,140,158,366,124,320377,168,146,172,289.182,151,233) C-S45 - ST-S (192,140,15B ,366.124,320377,168,146,172,289,182,151,233)
C-541 - ST-5 (192,140,15B ,366,124,320,377,168,146,172,288,182,151,233)
C-548- ST-5 (192,140.156,366.124,320,377,168,146.172,289.182,151,233) C-S32 - ST-3Í (163,140.190.366,124,320.377,168,146,172,288.182.151233) C-544 - ST-18 (184,140,158,366.124,320,377,184,146,172,289.194,151233) C-543 - ST-18 (184,140,158,366.124,320.377,184,146,172,289.194,151233) C-547 - ST-18 (184,140,158,366,124,320,377,184,146,172,289.194,151233) C-5S4 - ST-3S (176,140.158,366.124,257377,194,146,172,289.182,161233) C-555 - ST-35 (176,140,158,366,124,257377,194,146,172,288,182,151,233) C-559 - ST.36 (176,140,158,366.124,257.377,194,146,172,289.194,151233) C-536 - ST-34 (163.140,158.366,124,320375,168,136,172,289.182.151233) C-55B - ST-2 (168,140,150,366.124,320,377,194,146.172,164.194,151,233) C-540 - ST-1 (168,140,150,366.124,320,377,194,146,172,164,182,151,233)
C-557 - ST-3 (184,140,150,366.124,320377,194,146,172,164,182,151,233) / C-SS6 - ST-3 (184,140.150,366.124,320,377,194,146.172,164.182,151,233) C-551 - ST-3B (184,40B ,192,358,156,320360,152,172,172,288,182,151,193) C-550 - ST-3S (184,408,192,358.156,320,360,152,172,172,289.182,151.193) 547 ■ 51-58(208,140.158,312,188,698,452.184,170.172,164,182,187,394) N
471 - ST-56 (208,140.15B,312,18B,698,452,160,170.172,164,182,1 B7,394) 73 - ST-24 (206,140,158,312,156.696,452,192,170,172,164,162,167,394)
535 ■ ST-12 (200,140.158,312.'164,698,452,176,170.172,'164,182,187,394) 527 ST 23 (1130,140.156 312,164,698,452.176,170.172,164,182,167,394)
524 - ST-11 (200,140.158,312,164,698,452,166,170.172,164,182,187,394) 87 . ST-14 (200,140,158,312,164,698,452,192,170.172,164,182.167,394) SI S - ST-15 (208;140.158,312.164,698.452,184:170.172.164.182,1 B7.394) 514 - ST-15 (20B,140,15B,312,164,698,452,1 B4,170.172,164,182,1 B7,384)
536 ■ ST-15 (208,140.158,312,164,698,452.184,170.172,164,182,187,394) 513-ST-17(224,140.158,312.164,698,452,184,170.172,164,182,187,394)
467 - ST-17 (224,140.153,312,164,698,452,1 B4,170.172,164,162,187,384) 526 - ST-17 (224,140.158,312,164,698,452,1 B4,170.172,164,182,1 B7,394) 89 - ST-13 (200,140,158,312,164.698,452.184,170,172,164,182,187,394) 72 - ST-13 (200,140,158,312,164,696,452.184,170.172,164,182,187,394)
146 - ST-9 (192,140.15B,312,164.69B,452.184,170,172,164,182,1 B7,394) 496 - ST-16 (216,140.158,312,164,698,452,184,170.172,164,182,187,394)
504 ■ ST-16 (216,140.158,312.164.698,452,184,170.172,164,182,1 B7.394) 503 - ST-16 (216,140.1 S8,312.164,698,452,184,170.172,164,182,187,394) 543 - ST-59 (216,140.158,312,180,698,452.1B4.170.172,164,182,1 B7.394)
295 caucasica - ST-8 (192,140.156,312,172,698,452,176,170.172,164,182,1 B7,394)
296 caucasica - ST-8 (192.140,1 S8.312.172,698,452.176,170.172,164.182,1 B7.394)
302 caucasica - 5T-25 (2D0,140,15B,312.175,598,452,176,170.172,164,182,187,394) 495 ■ ST-25 (200,140.156,312,172,698,452,178,170.172,164,182,187,394)
538 ■ ST-28 (216,140.156,312.172,698,452,176,170.172,164,182,187,394)
489 - ST-28 (216,'140.1 S6,312,172,698,452,176,170.172,'164,182,187,394)
486 - ST-28 (216,140.158,312,172,698,452,176,170.172,164,182,187,394)
464 . ST-28 (216,140.156,312,172,698,452,176,170,172,164,182,187,394) 519 - ST-28 (216,140.156,312.172.696,452.176,170.172,164.182,1 B7.394)
469 - ST-28 (216,140,15B,312,172,698,452,176,170.172,164,182,1 B7,384)
539 - ST-28 (216,140.158,312.172,698,452,176,170,172,164,182,1B7,394) 466-37-29(216,140.158,312.172,696,452,184,170.172,164.182.187,394) 502 - ST-29 (216,140,1 S6,312,172,698,452,1 B4,170,172,164,182,167,394) 494 - ST-30 (216,140.15B,312,172,698,452,192,170.172,164,182,1 B7,394)
468 - ST-31 (224,140.156,312.172,698,452,176,170.172,164,182,1 B7,394) 510 - ST-32 (224,140.156,312.172,698,452,184,170.172,'164.182,1 B7,394)
540 - ST-27 (200,140.15B ,312,172,698,452,176,170,172,164,162,1 B7,384)
487 . ST-57 (208,140.158,312,196,698,452,176,170.172,164,182,187,394)
484 - ST-47 < 200,140.1 S6,312.172,698,452.160,170.172,164.182,187,394) 480 - ST-46 (200;140.158,312,172,698,452,1 S2;170.172,'164,182,1 B7,394)
505 - ST-26 (200,140.158,312,172,698,452,184,170.172,164,182,1 B7,394)
465 ■ ST-26 (200,140.156,312.'172,698,452,184,170.172,164,182,1 B7,394)
537 - ST-26(200;140.156,312.172.698.452,164.'170.172.164.182,1 B7.394)
485 - 5T-48 (200,140.15B,312,172,698,452,16B,170.172,164,182,1 B7,394) 483 - ST-49 (208,140.158,312,172,698,452,168,170,172,164,182,187,394)
506 ■ ST-10 (192,140.156,312.172,696,452.166,170.172,164.182,1 B7,394)
470 - ST-10 (192,140.156,312,172,698,452.168,170,172,164,182,1 B7,394)
507 ST-50 (20B,140,158,312,172,69B,452,16B,170.172,164,191,1 B7.394) 16 - ST-60 (224,140.158,312,180,696,452,176,170,172,164,182.167,394) caucasica - ST-55 (208,140,158312.180.696.452.176,170,172.164.182.187.394) 292 - ST-52 (2DD,140.15B,312,180,698,452,176,170,172,164,182,1 B7,394)
75/45 caucasica - ST-52 [200,140,158,312,180,698,452,176,170,172,164.182,187,394) Í96 ■ ST-52 (200,140.1 Se,312,180,698,452.176,170.172,164,182,1 B7,394)
491 - ST-40 (184,140.1 Se,312,164,698,452.1 S2,170.172,164,182,187,394) 512 - ST-39 (1 B4.140.15B,312,172,698,452,2DD,170.172,164,162,187,384)
492 ■ ST-22 (184,274,156,312,161,698,452,176,170,172,164,182,1 B7,394) 506 - ST-51 (208,140,153,312,172,698,452,160,146.172,164,182,1 B7.3&4) 523 - ST-54 (2D0,140.15B,312.18B,698,452,1 B4,162.172,164,182,1 B7,394) 521 - ST-53 (200,140.158,312,188,698,452,192,162.172,164,182,187,394)
525 ■ ST-7 (192,140.158,312,172,698,452.184,162.172,164,182,187,394) 501 - ST-4 (168,140.158,312,124,698,452.152,162,172,164,182,187,234)
490 - ST-44 (200,274.158,312,164,509,452.16B.146.172,164,182,1 B7.234) 479 - ST-45 (200,274,158,312,172,698,452,160,146,172,164,182,1 B7,234>
493 - ST-43 (200,274.153,312.164,609,452,166.170.172,164,182,1 87,394) 463 - ST-6 (192,274,158,312,180,5D9,452.184,146,172,164,182,187,234)
Дендрограмма штаммов бруцелл разных видов
А
J
нотипные штаммы вызывают эпизоотии на определенных территориях, причем в разные годы эти территории меняются, т.е. штаммы с определенными генотипами перемещаются в пределах рассматри-
ваемого Ассино-Сунженского междуречья.
Таким образом, в результате анализа полученного филогенетического дерева, построеного на основании MLVA14 генотипирования 91 штамма бруцелл разных
Таблица 1
сведения о штаммах бруцелл, выделенных из клинического материала
Группа Вид ST-тип Штамм Место выделения Дата выделения
1 B. abortus 38 C-550 Республика Калмыкия, Целинный р-н, п. Аршан 18.07.12
38 C-551 Республика Калмыкия, Ики-Бурульский р-н, п. Оргакин 26.07.12
2 B. melitensis 3 C-556 Республика Дагестан, Хунзахский р-н, с. Орота 18.07.12
3 C-557 Республика Дагестан, Хунзахский р-н, с.Орота 18.07.12
3 B. melitensis 35 C-555 Республика Дагестан, Хунзахский р-н, с. Мочох 18.07.12
35 C-554 Республика Дагестан, Тарумовский р-н, с. Новодмитриевка 16.07.22
4 B. melitensis 18 C 547 Республика Дагестан, Карабудахкентский р-н, с. Карабудахкент 18.06.12
18 C-543 Республика Дагестан, Лавашинский р-н, с. Арада-Чугли 30.05.12
18 C-544 Республика Дагестан, Лавашинский р-н, с. Арада-Чугли 30.05.12
5 B. melitensis 5 C-546 Республика Дагестан, Городской округ, г. Каспийск 12.06.12
5 C-541 Республика Дагестан, Карабудахкентский р-н, п. Манас 02.05.12
5 C-545 Республика Дагестан, Городской округ, г. Каспийск 12.06.12
6 B. melitensis 21 C-533 Республика Дагестан, Тарумовский р-н, с. Кочубей 11.01.12
21 C-534 Республика Дагестан, Тарумовский р-н, кутан М. Горького 11.01.12
7 B. melitensis 19 C-552 Республика Калмыкия, Малодербетовский р-н, п. Малые Дербеты 17.08.12
19 C-553 Республика Калмыкия, Черноземельский р-н, п. Комсомольский 16.11.12
видов, сформированы MLVA14 генотипы трех уровней дискриминации. Штаммы разных подвидов бруцеллезной инфекции формируют отдельные кластеры филогенетического дерева. Одинаковые MLVA14 типы B. melitensis имеют штаммы, выделенные во время групповых заболеваний людей бруцеллезом.
Штаммы B. suis с одинаковыми MLVA14 типами приурочены к эпизоотиям среди мелких млекопитающих, которые могут протекать на различных административных территориях.
Метод MLVA14 успешно применен для мониторинга возбудителя бруцеллеза, в том числе в каче-
Таблица 2
сведения о штаммах B. suis, выделенных из полевого материала
Группы Подгруппа ST-тип Штамм Место выделения Объект выделения Дата выделения
1 1 44 490 ЧР, Грозненский р-н Домовая мышь 01.01.65
43 493 ЧР, Грозненский р-н Домовая мышь 27.03.65
3 3 22 492 РИ, Сунженский р-н Полевая мышь 01.01.65
40 491 ЧР, Грозненский р-н Полевая мышь 01.01.65
6 49 483 ЧР, Грозненский р-н Полевая мышь 01.01.65
48 485 РИ Нет данных 01.01.65
8 57 487 ЧР, Грозненский р-н Домовая мышь 01.01.65
30 494 РИ, Сунженский р-н Обыкновенная полевка 20.01.65
9 28 486 РИ Домовая мышь 01.01.65
28 489 ЧР, Грозненский р-н Домовая мышь 01.01.65
1 7 525 РИ, Малгобекский р-н Домовая мышь 05.01.78
53 521 РИ, Малгобекский р-н Домовая мышь 05.01.78
54 523 РИ, Малгобекский р-н Домовая мышь 05.01.78
4 52 75/45 caucasica РИ Полевка обыкновенная 05.06.82
55 caucasica РИ, Малгобекский р-н Полевка обыкновенная 23.04.82
9 25 302 caucasica РИ, Назрановский р-н Полевка обыкновенная 1982
8 296 caucasica РИ, Назрановский р-н Полевая мышь 04.01.82
8 295 caucasica РИ, Назрановский р-н Лесная мышь 04.01.82
4 52 296 РИ, Сунженский р-н Полевая мышь 31.08.84
52 292 РИ, Сунженский р-н Лесная мышь 31.08.84
4 1 16 503 РСО Обыкновенная полевка 1969
16 504 РСО, Правобережный р-н Обыкновенная полевка 11.04.69
2 17 513 РИ, Назрановский р-н Домовая мышь 22.12.75
15 514 РИ, Назрановский р-н Домовая мышь 22.12.75
15 515 РИ, Назрановский р-н Домовая мышь 22.12.75
3 11 524 РИ, Сунженский р-н Полевые мыши 19.06.78
23 527 РИ, Сунженский р-н Лесная мышь 19.06.78
12 535 ЧР, Надтеречный р-н Полевая мышь 19.06.78
2 9 146 РСО, Ирафский р-н Клещи 07.08.81
13 72 РСО, Ирафский р-н Полевая мышь 07.04.81
13 89 РСО, Дигорский р-н Домовая мышь 07.08.81
2017, issue 3 61
стве эффективного инструмента ретроспективного эпидемиологического анализа.
конфликт интересов. Авторы подтверждают отсутствие конфликта финансовых/нефинансовых интересов, связанных с написанием статьи.
ШИШК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Анализ эпидемиологической ситуации по бруцеллезу в Российской Федерации в 2015 году и прогноз на 2016 год. http:// www.snipchi.ru/updoc/obzor-epid.-situatsii-po-brutsellezu-v-rf-v-2015^Г(дата обращения 01.06.16 г).
2. Лямкин Г.И., Таран И.Ф., Щедрин В.И. ^временные представления о бруцеллезе как природно-очаговом заболевании. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 1995; 2:115-8.
3. Cавилов Е.Д., Мамонтова Л.М., Астафьев В.А., Жданова C.H. Применение статистических методов в эпидемиологическом анализе. М.: МЕДпресс-информ; 2004. 112 с.
4. Таран И.Ф. Бруцеллезная инфекция с позиции природно-очагового заболевания. Эпидемиология и профилактика особо опасных инфекций в МНР и CCCP. Улан-Батор; 1978. C. 193-4.
5. Le Flèche P., Jacques I., Grayon M., Al Dahouk S., Bouchon P., Denoeud F., Nöckler K., Neubauer H., Guilloteau L., Vergnaud G. Evaluation and selection of tandem repeat loci for a Brucella MLVA typing assay. BMC Microbiol. 2006; 6(9):1-14. DOI: 10.1186/14712180-6-9.
6. Jiang H., Wang H., Xu L., Hu G., Ma J., Xiao P., Fan W., Di D., Tian G., Fan M., Mi J., Yu R., Song L., Zhao H., Piao D., Cui B. MLVA Genotyping of Brucella melitensis and Brucella abortus Isolates from Different Animal Species and Humans and Identification of Brucella suis Vaccine Strain S2 from Cattle in China. PLOS ONE. 2013; 8(10):76332. DOI: 10.1371/journal.pone.0076332.
7. Ma J., Wang H., Zhang X., Xu L., Hu G., Jiang H., Zhao F., Zhao H., Piao D., QinY., Cui B., Lin G. MLVA and MLST typing of Brucella from Qinghai, China. Infect. Dis. Poverty. 2016; 5(26):1-9. DOI: 10.1186/s40249-016-0123-z.
8. Massis F., Ancora M., Atzeni M., Rolesu S., Bandino E., Danzetta M., Zilli K., Giannatale E., Scacchia M. MLVA as an Epidemiological Tool To Trace Back Brucella melitensis Biovar 1 Re-Emergence in Italy. Transbound. Emerg. Dis. 2015; 62(5):463-9. DOI: 10.1111/tbed.12397.
9. MLVA bank for Microbes Genotyping. (Cited 01 Jun 2016). Available from: http://mlva.u-psud.fr.
10. START version 2. (Cited 01 Jun 2016). Available from: http://pubmlst.org/software/analysis/start2/.
References
1. [Analysis of epidemiological situation on brucellosis in the Russian Federation in 2015 and prognosis for 2016] (cited 06 Jan 2016). Available from: http://www.snipchi.ru/updoc/obzor-epid.-situatsii-po-brutsellezu-v-rf-v-2015.pdf.
2. Lyamkin G.I., Taran I.F., Shchedrin V.I. [Modern views on brucellosis as natural-focal disease]. Zh. Mikrobiol., Immunol. i Immunobiol. 1995; 2:115-8.
3. Savilov E.D., Mamontova L.M., Astaf'ev V.A., Zhdanova S.N. [Application of Statistical Methods in Epidemiological Analysis]. M.: "MEDpress-inform"; 2004. 112 p.
4. Taran I.F. [Brucellosis through the lens of natural-focal disease]. In: [Epidemiology and Prophylaxis of Particularly Dangerous Infections in Mongolian People's Republic and USSR]. Ulan-Bator; 1978. P. 193-4.
5. Le Flèche P., Jacques I., Grayon M., Al Dahouk S., Bouchon P., Denoeud F., Nöckler K., Neubauer H., Guilloteau L., Vergnaud G. Evaluation and selection of tandem repeat loci for a Brucella MLVA typing assay. BMC Microbiol. 2006; 6(9):1-14. DOI: 10.1186/1471-2180-6-9.
6. Jiang H., Wang H., Xu L., Hu G., Ma J., Xiao P., Fan W., Di D., Tian
G., Fan M., Mi J., Yu R., Song L., Zhao H., Piao D., Cui B. MLVA Genotyping of Brucella melitensis and Brucella abortus Isolates from Different Animal Species and Humans and Identification of Brucella suis Vaccine Strain S2 from Cattle in China. PLOS ONE. 2013; 8(10):76332. DOI: 10.1371/journal. pone.0076332.
7. Ma J., Wang H., Zhang X., Xu L., Hu G., Jiang H., Zhao F., Zhao
H., Piao D., QinY., Cui B., Lin G. MLVA and MLST typing of Brucella from Qinghai, China. Infect. Dis. Poverty. 2016; 5(26):1-9. DOI: 10.1186/s40249-016-0123-z.
8. Massis F., Ancora M., Atzeni M., Rolesu S., Bandino E., Danzetta M., Zilli K., Giannatale E., Scacchia M. MLVA as an Epidemiological Tool To Trace Back Brucella melitensis Biovar 1 Re-Emergence in Italy. Transbound. Emerg. Dis. 2015; 62(5):463-9. DOI: 10.1111/tbed.12397.
9. MLVA bank for Microbes Genotyping. (Cited 01 Jun 2016). Available from: http://mlva.u-psud.fr.
10. START version 2. (Cited 01 Jun 2016). Available from: http://pub-mlst.org/software/analysis/start2/.
Authors:
Kuznetsova I.V., Kovalev D.A., Evchenko Yu.M., Shakirova L.I., Shvetsova N.M., Ponomarenko D.G., Pisarenko S.V., Zhirov A.M., Lukina A.A., Kulichenko A.N. Stavropol Research Anti-Plague Institute. 13-15, Sovetskaya St., Stavropol, 355035, Russian Federation. E-mail: snipchi@ mail.stv.ru.
об авторах:
Кузнецова И.В., Ковалев ДА., Евченко Ю.М., Шакирова Л.И., Швецова Н.М., Пономаренко Д.Г., Писаренко С.В., Жиров А.М., Лукина А.А., Куличенко А.Н. Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт. Российская Федерация, 355035, Ставрополь, ул. Советская, 13-15. E-mail: [email protected].
Потупила 03.08.17.
