CC BY
2Актуальность
Наиболее сложный аспект молекулярной диагностики рака легкого (РЛ) — анализ транслокаций, ассоциированных с ответом на ингибиторы тирозинкиназ. ПЦР-диагностику транслокаций затрудняет исключительное разнообразие 5'-партнеров изучаемых киназ. Иногда высокая экспрессия возникающих таким образом химерных генов обеспечивается влиянием активного промотора 5'-партнера перестройки. Тест на несбалансированную экспрессию ALK успешно применяется несколькими научными группами для геноти-пирования транслокаций ALK. Для генов ROS1, RET, кратность увеличения экспрессии несколько меньше, однако 5'-концевые фрагменты химерных белков позволяют им осуществить аутодимеризацию без участия лигандов, обеспечивая конститутивную онкогенную активность. Но анализ несбалансированной экспрессии 5'/3'-концов генов RET и ROS1 неэффективен для поиска транслокаций в 30 и 80% случаев соответственно.
Цель
Совершенствование способа «универсальной» ПЦР-диагностики транслокаций ROS1, RET.
Материалы и методы
Разработан тест на основе альтернативного подхода, сфокусированного на выявлении снижения экспрессии так называемых точек разрывов — стыков экзонов гена, которые могут участвовать в образовании химерных транскриптов. В случае наличия транслокации уровень экспрессии стыка экзонов в месте разрыва кратно снижается по сравнению с экспрессией участков гена, расположенных до и после. Анализ проводится методом мультиплексной количественной ПЦР с TaqMan-зондами. Для исследования транслокаций в гене RET в тест были включены фрагменты кДНК стыков экзонов 7-8 и 15-16 — соответствующие 5'- и З'-концам гена, и экзонов 10-11 и 11-12, соответствующих наиболее частым точкам разрывов при перестройках. Для анализа гена ROS1 мы мультиплексировали реакции, представляющие экспрессию экзонов 17-18 и 38-39 в качестве референсных, и стыки экзонов 31-32, 33-34 и 34-35, участвующие в транслокациях.
Результаты
Для предложенного нами подхода чувствительности обычных ПЦР-амплификаторов с детекцией флюоресценции оказалось недостаточно для измерения изучаемых количественных изменений, поэтому тест адаптирован для мультиканальной цифровой ПЦР на приборе QIAcuity One 5plex (QiaGen). Разработанная методика была апробирована на коллекциях RET- и ROS1-позитивных РЛ. Применение данного подхода позволило выявить 83/90 ROS1-перестроек и 36/38 RET-транслокаций. Процент ложноположительных результатов в когорте образцов без транслокаций был довольно высок, но разница распределения сниженной экспрессии между когортами для каждой «точки разрыва» была достоверной. Чувствительность предложенного метода составила 92% для гена ROS1, 95% для гена RET.
Выводы
Использование анализа экспрессии «точек разрывов» может стать высокоэффективным и быстрым скри-нинговым тестом определения чувствительности опухолей к таргетной терапии.
Исследование проводилось при поддержке гранта РНФ № 17-75-30027.
Список литературы
1. Mitiushkina NV, Romanko AA, Preobrazhenskaya EV et al . Comprehensive evaluation of the test for 5'-/3'-end mRNA unbalanced expression as a screening tool for ALK and ROS1 fusions in lung cancer // Cancer Med . 2022:11:3226-3237 . DOI:
10 ,1002/cam4.4686.
2 . Тюрин В . И . , Алексахина С . Н ., Анускина А А. , и др . Использование комбинированного ПЦР-подхода для выявления
транслокаций генов ALK, ROS1, RET в опухолях лёгкого // Вопросы онкологии, 2022, Т 68, № 5, C . 605-613 .
Изменение генетического ландшафта опухоли молочной железы под действием антрациклин-содержащих схем неоадъювантной
химиотерапии
Авторы:
(1) Ибрагимова Марина Константиновна, [email protected], ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН», Томск
(2) Кравцова Екатерина Андреевна, [email protected], НИИ онкологии — филиал ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН», Томск
(3) Цыганов Матвей Михайлович, [email protected], НИИ онкологии — филиал ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН», Томск
(4) Литвяков Николай Васильевич, [email protected], НИИ онкологии — филиал ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр РАН», Томск
Ключевые слова
рак молочной железы, CNA-генетический ландшафт, неоадъювантная химиотерапия, прогноз
Актуальность
На сегодняшний день одними из наиболее эффективных и часто используемых цитостатиков для лечения рака молочной железы (РМЖ) в неоадъювантном режиме (неоадъювантная химиотерапия, НХТ) являются антрациклин-содержащие препараты. Для пациентов с HER2-отрицательным местно-рецидивирующим или метастатическим РМЖ схемы, содержащие антрациклин или таксан, считаются традиционным системным лечением в качестве химиотерапии первой линии [1, 2].
Цель
Изучение изменения CNA-генетического ландшафта опухоли молочной железы люминального B HER2-негативного подтипа при применении антрациклин-содержащих схем НХТ в зависимости от ответа на предоперационную химиотерапию и статуса гематогенного метастазирования.
Материалы и методы
В исследование включено 35 больных люминальным B HER2-негативным РМЖ IIA-IIIB стадии. Все пациенты получали 4-8 курсов НХТ по схемам FAC/AC, CAX. Для анализа аберраций числа копий (CNA) проводили микроматричный анализ на ДНК-чипах CytoScanTM HD Array (Affymetrix, USA)). Статистическая обработка данных проводилась с использованием Statistica 8.0 (StatSoft Inc., USA).
Результаты
Проведен анализ распределения частот CNA в зависимости от ответа на НХТ. В исследуемой группе у 23 (65,7%) пациенток зарегистрирована частичная или полная регрессия опухоли, у 12 больных — стабилизация или прогрессирование опухолевого процесса. В результате сравнения частот встречаемости CNA в группах до лечения показано, что наличие объективного ответа на НХТ наблюдалось при большем количестве делеций в регионах 11q22.3 и 11q23.1 (частота делеций 78,3%/15,0%) (р=0,00238). Потенциально данные локусы могут выступать в качестве предиктивного маркера объективного ответа при применении в режиме предоперационной химиотерапии антрациклин-содержащих схем лечения. Далее был проведен анализ распределения частот CNA в группах пациенток до и после лечения в зависимости от наличия гематогенного метастазирования. В исследуемой группе у 13 (37,1%) пациенток зарегистрировано возникновение гематогенного метастазирования (среднее время 45,7±0,4 мес (min-max: 4-130)). В результате сравнения частот встречаемости CNA после лечения показано, что возникновение гематогенного метастазирования наблюдалось при большем количестве амплификаций в 9p22.2 регионе (0% до лечения/38,5% после НХТ) (р=0,00229) и большем количестве делеций в регионе 9p21.3 (0% до лечения/23,1% после НХТ) (р=0,053). Потенциально данные локусы могут выступать в качестве прогностического маркера возникновения гематогенного метастазирования при назначении антрациклин-со-держащих схем НХТ.
Выводы
Выявлены предиктивные маркеры объективного ответа и прогностические маркеры возникновения гематогенного метастазирования у больных люминальным В HER^-негативным РМЖ при применении антраци-клин-содержащих схем в режиме НХТ.
Список литературы
1. Cardoso F, Senkus E, Costa A, et al . 4th ESO-ESMO International Consensus Guidelines for Advanced Breast Cancer (ABC
4) dagger // Ann Oncol . 2018;29:1634-57. https://doi . org/10 ,1093/annonc/mdy192 2 . Tecic Vuger A, Tiscoski K , Apolinario T, et al . Anthracyclines in the treatment of early breast cancer friend or foe?// The
Breast 2022; 65, 67-76 . https://doi . org/10 ,1016/j . breast . 2022 . 06 . 007
