CC BY
3
ТЕЗИСЫ ПОСТЕРНЫХ ДОКЛАДОВ И ПРИНЯТЫЕ К ПУБЛИКАЦИИ
Онкогенетика
ВЗАИМОСВЯЗЬ ДНРНК-HOXA-AS3 И МИКРОРНК ПРИ РМЖ
С.В. Тимофеева, С.Ю. Филипоова, А.О. Ситковская,
Н. В. Гненная, Т.В. Шамова, И. В. Межевова, И.А. Новикова,
О.И. Кит
Место работы: ФГБУ «НМИЦ онкологии» Минздрава России,
Ростов-на-Дону, Россия
Эл. почта: timofeeva.sophia@gmail.com
Цель: Известно, что длинные некодирующие РНК (днРНК) регулируют экспрессию генов на транскрипционном и посттранскрипционном уровнях [1]. Растущее количество данных свидетельствует об онкогенной роли днРНК HOXA-AS3 в прогрессировании нескольких типов рака, в то время как влияние HOXA-AS3 на рак молочной железы (РМЖ) остается неясным. Целью нашего исследования был биоинформатический поиск взаимодействия днРНК HOXA-AS3 и микроРНК при РМЖ.
Материалы и методы: Комплексный анализ прогнозирования был проведен с помощью алгоритма LncRRisearch [2]. Lncrrisearch включает в себя множество анализов локальных взаимодействий оснований, предсказанных RibLast для каждой днРНК. Основными критериями, используемыми для определения наиболее вероятных взаимодействий между мРНК и днРНК, является минимальная свободная энергия (KCAL / MOL). Далее, мы проанализировали 3 установленных взаимодействий днРНК с тран-скриптом HOXA-AS3 (ENST00000518947), используя базу данных LNCRNASNP2-HUMAN [3], и определили связанные с ними микроРНК при RPM > = 1 (т. е. микроРНК с высокой экспрессий).
Результаты: Для транскрипта HOXA-AS3 (ENST00000518947) мы идентифицировали 3 днРНК, которые продемонстрировали наибольшую вероятность взаимодействия: RPGR-009 (ENST000003 78505), RP11-573D15.8-018 (ENST 00000627551) и SNX8-001 (ENST00000222990). Далее, мы провели поиск микроРНК с высокой экспресией в регионах выше упомянутых днРНК и установили, что RPGR-009 взаимодействует с 12 микроРНК: miR-339-5p, miR-146b-3p, miR-3651, miR-33a-5p, miR-33b-5p, miR-425-3p, miR-377-3p, miR-342-3p, miR-370-3p, miR-1270, miR-338-3p, miR-9-5p. miR-20b-5p. RP11-573D15.8-018 взаимодействует с 18-ю микроРНК miR-106a-5p, miR-20a-5p, miR-17-5p, miR-372-3p, miR-520e, miR-373-3p, miR-520d-3p, miR-512-3p, miR-93-5p, miR-106b-5p, miR-331-5p, miR-125a-5p, miR-328-3p, miR-1229-3p, miR-199a-5p, miR-488-3p, miR-150-3p, miR-145-5p. SNX8-001 связана с miR-330-3p, miR-188-3p, miR-378a-5p, miR-26a-1-3p, miR-26a-2-3p, miR-1224-5p, miR-125a-5p, miR-504-5p, miR-184, miR-589-5p, miR-214-3p, miR-214-3p, miR-485-5p, miR-509-3-5p, miR-892b, miR-767-5p.
Заключение: В результате мы получили функциональные карты, которые могут быть полезны для дальнейших исследований новых возможных маркеров для ранней диагностики РМЖ.
ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ НАСЛЕДСТВЕННОГО РАКА ЯИЧНИКОВ В БЕЛАРУСИ: РАБОТА НА ОПЕРЕЖЕНИЕ
Е.Л. Савоневич1, М.И. Василькевич1, В. И. Рапецкая2, Е.А. Максимович2, А.П. Соколенко3
Место работы: 1. УО «Гродненский государственный медицинский университет», Гродно, Беларусь; 2. УЗ «Гродненскаяуниверситетская клиника», Гродно, Беларусь; 3. ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург, Россия Эл. почта: elena.savonevich@icloud.com
Цель: Изучение молекулярной эпидемиологии наследственного рака яичников и молочной железы в Республике Беларусь. Исследование выполнено по гранту БРФФИ-РФФИ «Новые мутации в генах наследственного рака молочной железы и яичников у пациенток в Республике Беларусь» №М20Р-400 от 04.05.2020 года. Материалы и методы: Проведено молекулярно-генетиче-ское исследование 500 пациенток с раком яичников (РЯ), раком молочной железы (РМЖ), и первично-множественным раком (ПМР): 169 случаев раннего (до 50 лет включительно) или билатерального РМЖ, 224 последовательных случаев низкодифференцированной карциномы яичников и 107 случаев ПМР с поражением молочной железы и /или яичников. Все женщины проходили лечение в УЗ «Гродненская университетская клиника». 160 пациенток с РЯ ранее были протестированы нами на 13 частых «славянских» мутаций в генах БкСД1 и БкСД2, терминальные мутации были выявлены у 67. 433 женщинам было проведено секвенирование следующего поколения (ЫСБ) с использованием пользовательских биотинилированных зондов, охватывающих все экзоны БкСД1 и БкСД2 и границы экзон-интронных соединений. В качестве материала исследования была использована венозная кровь. Результаты: Изучение 224 последовательных, впервые диагностированных случаев низкодифференцирован-ной карциномы яичников после хирургического лечения, независимо от возраста и семейного анамнеза позволило нам оценить истинную частоту наследственных форм РЯ в Беларуси. Критериями включения в исследование были гистологическое подтверждение диагноза овариальной карциномы и славянское происхождение. В 77 из 224 случаев были выявлены полиморфизмы генов БкСД1/2 (34 %). Среди женщин с ПМР яичников и молочной железы нами установлена самая высокая частота герминальных мутаций в генах БкСД. У 27 из 42 женщин этой группы была обнаружена мутация в гене БкСД1, еще у 6-мутация в гене БкСД2, что суммарно составило 79 %. В общей группе пациенток с ПМР с поражением яичников или молочной железы мы наблюдали минимальную частоту выявления мутаций в генах БкСД1/ 2, она составила 14 %. У 169 пациенток с РМЖ и косвенными признаками наследственного рака одна из патогенных мутаций в гене БкСД1 была обнаружена у 41 женщины, еще у 7-полиморфизмы в гене
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том / vol. 12 № 3s1 • 2022
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
российский жж w» ш а онкологический Y Y \ж I конгресс-2022 /\/\ v i
Онкогенетика
BRCA2. Наследственная предрасположенность, ассоциированная с генами BRCA, доказана у 22% женщин с РМЖ до 50 лет и у 59% пациенток с билатеральным РМЖ. Заключение: Установлена высокая частота наследственного BRCA-ассоциированного РЯ и РМЖ в белорусской популяции. Своевременное проведение генетического тестирования у пациенток с РМЖ в Беларуси позволит шире использовать риск-редуцирующие оперативные вмешательства для минимизации рисков развития злокачественного новообразования яичников у носителей мутации.
ОПРЕДЕЛЕНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ ПРОВЕДЕНИЯ КОМПЛЕКСНОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ДНК /РНК ИЗ МАТЕРИАЛА ПАРАФИНОВЫХ БЛОКОВ У ПАЦИЕНТОВ С СОЛИДНЫМИ ОПУХОЛЯМИ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ В КЛИНИЧЕСКОЙ ПРАКТИКЕ В РФ
Н. И. Исаева, А. А. Шикеева, И.М. Михайлов, Р.А. Биканов, Е.Н. Васильева
Место работы: АО «Ферст Генетикс», Москва, Россия Эл. почта: n.isaeva@f-genetics.com
Цель: В эпоху прецизионной онкологии молекулярный анализ образцов пациентов имеет важное значение для классификации опухолей, планирования лечения и прогностической стратификации. В настоящее время, некоторые лаборатории молекулярно-генетической диагностики и КДЛ следуют подходу «один ген — один тест». Зачастую для обнаружения целевых изменений генов, например, как изменения в EGFR, BRAF, KRAS, ALK, ROS, MET и PIK3CA для этого используются распространенные методы, как по-лимеразная цепная реакция (ПЦР), секвенирование по Сэн-геру, пиросеквенирование и FISH. Такое индивидуальное тестирование генов требует значительного количества материала (матричной ДНК) и применимы только к активным областям генов-мишеней. Кроме того, с совокупности отдельно проведенные исследования могут требовать гораздо большего количества времени для получения результата, которого у онкологических пациентов зачастую нет. Комплексное молекулярно-генетическое исследование методом NGS позволяет тестировать все типы генетических вариантов, включая однонуклеотидные вариации, вставки, делеции, дупликации экзонов, изменения количества копий генов путем исследования ДНК опухоли, в том числе в образцах, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE). Секвенирование РНК (RNA-seq) является успешным инструментом для обнаружения слияния генов в свежезамороженных образцах опухоли, однако гораздо сложнее его использовать с образцами FFPE, в основном из-за высокой степени деградации мРНК. Слияния генов (фьюжны, химерные гены) представляют
собой важный класс соматических изменений при канцерогенезе. Наиболее распространены драйверы онко-генеза TMPRSS2-ERG при раке предстательной железы, EML4-ALK при раке легкого, и FGFR3-TACC3 при мульти-формной глиобластоме. Многие химерные гены являются мишенями для таргетных препаратов: BCR-ABL -иматиниба, слияния ALK для кризотиниба, церитиниба и алектиниба. Перестройки ROS1-кризотиниба, перестройки RET — кабо-зантиниба и вандетаниба. Ларотректиниб и энтректиниб назначаются при слиянии генов NTRK1/2/3 без известной мутации приобретенной резистентности. Селперкатиниб при слиянии RET. Выявление химерных генов также может предсказать прогноз, выживаемость пациентов и ответ на лечение, что является важным для применения в клинической практике. Традиционными методами обнаружения слияния генов являются иммуногистохимия (ИГХ) и флуоресцентная гибридизация in situ (FISH), имеющие широкое применение. Однако эти методы не могут использоваться комплексно и удовлетворить потребность в идентификации широкого спектра слияний, что важно т. к. даже в пределах одной нозологии могут быть различные типы фьюжнов/химерных генов. Цель исследования: Определение особенностей проведения комплексного исследования ДНК/РНК из материала парафиновых блоков у пациентов с солидными опухолями для применения в клинической практике в РФ. Материалы и методы: В исследование были включены пациенты с подтвержденными местно-распространенны-ми, метастатическими или рецидивирующими солидными опухолями. Блоки архивной опухолевой ткани, фиксированной формалином и залитой парафином, были отправлены в лабораторию First Genetics для проведения NGS. Выделение нуклеиновых кислот проводили с помощью набора RecoverAH™ Total Nucleic Acid Isolation Kit for FFPE (Invitrogen™) согласно протоколу производителя. Оценку концентраций нуклеиновых кислот проводили на флуори-метре Qubit 2.0, качество РНК с помощью RIN score c помощью системы автоматизированного гель-электрофореза 2200 TapeStation. Для подготовки библиотек и секвениро-вания использовали Oncomine™ Comprehensive Assay v3M (Thermo Fisher), а также зарегистрированного в России набора Онкофокус (Ферст Генетикс, РЗН №2022/ 16970) на системе высокопроизводительного секвенирования F-Genetics (РЗН №2020/ 10521). Полученные результаты анализировали с помощью ПО Torrent Suit и Ion Reporter. Результаты: Комплексное исследование ДНК/ РНК проведено на 50 образцах материала парафиновых блоков. В исследование были включены следующие нозологии: опухоль головы и шеи, колоректальный рак, меланома, рак молочной железы, рак желудка, рак почки, рак поджелудочной железы, саркома эндометрия, нейрофибро-саркома, мезенхимальная хондросаркома, нейроэндо-кринная опухоль легкого.
В ходе секвенирования РНК, QC по количеству прочтений был пройден в 85,4%, QC по длине ампликона в 90,2%, QC по составу пулов в 97,5%. Доля образцов с химерными
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том / vol. 12 № 3s1 • 2022
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
