Научная статья на тему 'Анализ клинически значимых изменений в генах FGFR2/3 при уротелиальном раке'

Анализ клинически значимых изменений в генах FGFR2/3 при уротелиальном раке Текст научной статьи по специальности «Клиническая медицина»

CC BY
10
2
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Журнал
Вопросы онкологии
Scopus
ВАК
RSCI
Область наук
Ключевые слова
уротелиальный рак / рак мочевого пузыря / FGFR3 / мутация / транслокация / эрдафитиниб / urothelial cancer / bladder cancer / FGFR3 / mutation / translocation / erdafitinib

Аннотация научной статьи по клинической медицине, автор научной работы — Анускина Александра Алексеевна, Митюшкина Наталья Владимировна, Тюрин Владислав Ильич, Преображенская Елена Васильевна, Шестакова Анна Дмитриевна

Введение. Долговременные результаты лечения метастатического уротелиального рака остаются неудовлетворительными: 5-летняя выживаемость при этом заболевании составляет менее 15 %. Разработка и внедрение в клиническую практику новых, в том числе таргетных препаратов, а также индивидуализация системной терапии уротелиального рака на основе молекулярно-генетического анализа опухолевой ткани являются актуальными задачами. Эрдафитиниб — новый препарат для лечения местнораспространённого и метастатического уротелиального рака с определёнными генетическими изменениями в рецепторах FGFR2 и FGFR3, был зарегистрирован в России в 2023 г. Материалы и методы. В настоящей работе нами было изучено распределение клинически значимых мутаций/ транслокаций генов FGFR2/3 на значительной по объёму выборке российских пациентов с уротелиальным раком при помощи собственной тест-системы, разработанной на основе высокочувствительных методов — цифровой капельной ПЦР и ПЦР в реальном времени. Результаты. Генетические нарушения были обнаружены у 34 из 182 (18,7 %) пациентов. Были выявлены следующие аберрации: мутации в гене FGFR3 R248C (n = 4), S249C (n = 16), G370C (n = 4) и Y373C (n = 8), а также транслокации FGFR3-TACC3 (F17;T11) (n = 2). Данные изменения чаще выявлялись в опухолях верхних мочевых путей: мутации/транслокации были найдены у 5/8 (62,5 %) пациентов с раком почечной лоханки, у 2/6 (33,3 %) пациентов с раком мочеточника и у 21/120 (17,5 %) пациентов с раком мочевого пузыря (p = 0,008). Также наблюдалась ассоциация с возрастом пациентов и тенденция к более частому обнаружению мутаций при локализованной форме заболевания (стадии 1−2). Выводы. Разработанные методы тестирования мутаций и транслокаций в дальнейшем могут быть использованы в клинической практике для определения чувствительности опухолей к лечению эрдафитинибом.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по клинической медицине , автор научной работы — Анускина Александра Алексеевна, Митюшкина Наталья Владимировна, Тюрин Владислав Ильич, Преображенская Елена Васильевна, Шестакова Анна Дмитриевна

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Analysis of Clinically Significant FGFR3 Genomic Alterations in Urothelial Cancer

Introduction. Long-term outcomes of metastatic urothelial cancer remain unsatisfactory: the 5-year survival rate for this disease is less than 15 %. It is important to develop and introduce into clinical practice new drugs, including targeted agents, and the individualization of systemic therapy for urothelial cancer based on molecular genetic analysis of tumor tissue. Erdafitinib, a new drug developed for the treatment of locally advanced and metastatic urothelial cancer with certain genetic alterations in the FGFR2 and FGFR3 receptors, was registered in Russia in 2023. Materials and Methods. This work investigated the distribution of clinically relevant mutations/translocations affecting the FGFR2/3 genes in a large number urothelial cancer patients in Russia using a new test system developed on the basis of highly sensitive methods, such as digital droplet PCR and real-time PCR. Results and Conclusion. 34 out of 182 patients (18.7 %) presented genetic aberrations. These aberrations included mutations R248C (n = 4), S249C (n = 16), G370C (n = 4) and Y373C (n = 8) in the FGFR3 gene, and translocation FGFR3TACC3 (F17;T11) (n = 2). FGFR3 gene alterations were more frequent in upper urinary tract tumors: mutations/translocations were found in 5/8 (62.5 %) renal pelvic cancer patients, in 2/6 (33.3 %) ureteral cancer patients and in 21/120 (17.5 %) bladder cancer patients (p = 0,008). There was also an association with patient age and a tendency for more frequent detection of mutations in the localized form of the disease (stages 1-2). The developed methods of mutation and translocation testing can be further used in clinical practice to determine the sensitivity of tumors to erdafitinib treatment.

Текст научной работы на тему «Анализ клинически значимых изменений в генах FGFR2/3 при уротелиальном раке»

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

Клинические исследования

Вопросы онкологии, 2024. Том 70, № 1 УДК 616.62-006

DOI 10.37469/0507-3758-2024-70-1-69-75

© А.А. Анускина1, Н.В. Митюшкина1, В.И. Тюрин1, Е.В. Преображенская12, А.Д. Шестакова1, С.С. Шульга1, Н.А. Бордовская1, А.С. Шишкина1, Е.Н. Имянитов1,2

Анализ клинически значимых изменений в генах FGFR2/3 при уротелиальном раке

'Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н. Н. Петрова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Санкт-Петербург,

Российская Федерация

2 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Санкт-Петербург, Российская Федерация

© A.A. Anuskina1, N.V. Mitiushkina1, VI. Tiurin1, E.V. Preobrazhenskaya1-2, A.D. Shestakova1, S.S. Shulga1, N.A. Bordovskaya1, A.S. Shishkina1, E.N. Imyanitov1-2

Analysis of Clinically Significant FGFR3 Genomic Alterations in Urothelial Cancer

'N.N. Petrov National Medicine Research Center of Oncology, St. Petersburg, the Russian Federation 2St. Petersburg State Pediatric Medical University, St. Petersburg, the Russian Federation

Введение. Долговременные результаты лечения метастатического уротелиального рака остаются неудовлетворительными: 5-летняя выживаемость при этом заболевании составляет менее 15 %. Разработка и внедрение в клиническую практику новых, в том числе таргетных препаратов, а также индивидуализация системной терапии уротелиального рака на основе молекулярно-генетического анализа опухолевой ткани являются актуальными задачами. Эрдафитиниб — новый препарат для лечения местнора-спространённого и метастатического уротелиального рака с определёнными генетическими изменениями в рецепторах FGFR2 и FGFR3, был зарегистрирован в России в 2023 г.

Материалы и методы. В настоящей работе нами было изучено распределение клинически значимых мутаций/ транслокаций генов FGFR2/3 на значительной по объёму выборке российских пациентов с уротелиальным раком при помощи собственной тест-системы, разработанной на основе высокочувствительных методов — цифровой капельной ПЦР и ПЦР в реальном времени.

Результаты. Генетические нарушения были обнаружены у 34 из 182 (18,7 %) пациентов. Были выявлены следующие аберрации: мутации в гене FGFR3 R248C (п = 4), S249C (п = 16), G370C (п = 4) и У373С (п = 8), а также транслокации FGFR3-TACC3 F17;Т11) (п = 2). Данные изменения чаще выявлялись в опухолях верхних мочевых путей: мутации/транслокации были найдены у 5/8 (62,5 %) пациентов с раком почечной лоханки, у 2/6 (33,3 %) пациентов с раком мочеточника и у 21/120 (17,5 %) пациентов с раком мочевого пузыря (р = 0,008). Также наблюдалась ассоциация с возрастом пациентов и тенденция к более частому обнаружению мутаций при локализованной форме заболевания (стадии 1-2).

Выводы. Разработанные методы тестирования мутаций и транслокаций в дальнейшем могут быть использованы в клинической практике для определения чувствительности опухолей к лечению эрдафитинибом.

Introduction. Long-term outcomes of metastatic urothelial cancer remain unsatisfactory: the 5-year survival rate for this disease is less than 15 %. It is important to develop and introduce into clinical practice new drugs, including targeted agents, and the individualization of systemic therapy for urothelial cancer based on molecular genetic analysis of tumor tissue. Erdafitinib, a new drug developed for the treatment of locally advanced and metastatic urothelial cancer with certain genetic alterations in the FGFR2 and FGFR3 receptors, was registered in Russia in 2023.

Materials and Methods. This work investigated the distribution of clinically relevant mutations/translocations affecting the FGFR2/3 genes in a large number urothelial cancer patients in Russia using a new test system developed on the basis of highly sensitive methods, such as digital droplet PCR and real-time PCR.

Results and Conclusion. 34 out of 182 patients (18.7 %) presented genetic aberrations. These aberrations included mutations R248C (n = 4), S249C (n = 16), G370C (n = 4) and Y373C (n = 8) in the FGFR3 gene, and translocation FGFR3-TACC3 (F17;T11) (n = 2). FGFR3 gene alterations were more frequent in upper urinary tract tumors: mutations/translocations were found in 5/8 (62.5 %) renal pelvic cancer patients, in 2/6 (33.3 %) ureteral cancer patients and in 21/120 (17.5 %) bladder cancer patients (p = 0,008). There was also an association with patient age and a tendency for more frequent detection of mutations in the localized form of the disease (stages 1-2). The developed methods of mutation and translocation testing can be further used in clinical practice to determine the sensitivity of tumors to erdafitinib treatment.

Ключевые слова: уротелиальный рак; рак мочевого пузыря; FGFR3; мутация; транслокация; эрдафитиниб

Для цитирования: Анускина А.А., Митюшкина Н.В., Тюрин В.И., Преображенская Е.В., Шестакова А.Д., Шуль-га С.С., Бордовская Н.А., Шишкина А.С., Имянитов Е.Н. Анализ клинически значимых изменений в генах FGFR2/3 при уротелиальном раке. Вопросы онкологии. 2024; 70(1): 69-75.-DOI: 10.37469/0507-3758-2024-70-1-69-75

Keywords: urothelial cancer; bladder cancer; FGFR3; mutation; translocation; erdafitinib

For Citation: Anuskina A.A., Mitiushkina N.V., Turin VI., Preobrazhenskaya E.V., Shestakova A.D., Shulga S.S., Bordovs-kaya N.A., Shishkina A.S., Imyanitov E.N. Analysis of clinically significant FGFR3 genomic alterations in urothelial cancer. Vo-prosy Onkologii = Problems in Oncology. 2024; 70(1): 69-75. (In Rus.).-DOI: 10.37469/0507-3758-2024-70-1-69-75

И Контакты: Митюшкина Н.В., nmmail@inbox.ru

Введение

Уротелиальный рак — это группа злокачественных новообразований, развивающихся из уротелия — эпителия, выстилающего мочевы-водящие пути: чашечно-лоханочную систему почки, мочеточники, мочевой пузырь, уретру. Наиболее часто уротелиальные карциномы локализуются в мочевом пузыре. До 90 % всех случаев рака мочевого пузыря (РМП) представлены уротелиальными новообразованиями [1]. Среди всех онкологических заболеваний у российских пациентов РМП занимает 12 место. РМП значительно чаще встречается у мужчин, чем у женщин: в 2021 г. стандартизованные показатели заболеваемости и смертности среди мужчин в России составили 11,33 и 4,04, а среди женщин — 2,02 и 0,58 на 100 тыс. человек соответственно [2].

Стандартом консервативного лечения распространённого и метастатического уротелиального рака является терапия на основе препаратов платины [3-5]. Однако в связи с высокой токсичностью платиносодержащая терапия может быть назначена далеко не всем пациентам. В настоящее время в качестве терапии первой и второй линий применяются также ингибиторы контрольных точек иммунного ответа (ИКТО) — пем-бролизумаб и атезолизумаб [3-5]. Несмотря на определённые успехи, долговременные результаты лечения метастатического уротелиального рака остаются неудовлетворительными: 5-летняя выживаемость при этом заболевании составляет менее 15 % [3, 4]. В связи с этим актуальными задачами являются разработка и внедрение в клиническую практику новых, в т. ч. таргет-ных препаратов, а также индивидуализация системной терапии уротелиального рака на основе молекулярно-генетического анализа опухолевой ткани.

В 2019 г. управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) был одобрен первый препарат из группы специфических ингибиторов киназ FGFR1-4 — эрдафитиниб. Данный препарат назначается при местнораспространённом и метастатическом уротелиальном раке с определёнными генетическими изменениями в рецепторах FGFR2 и FGFR3 [6, 7]. Для отбора паци-

ентов на лечение эрдафитинибом одновременно с лекарственным препаратом был зарегистрирован набор реагентов therascreen FGFR RGQ RT-PCR Kit (QiAGEN Manchester Ltd., Германия). Набор позволяет выявлять четыре наиболее часто встречающиеся в уротелиальных опухолях мутации в гене FGFR3: R248C, S249C, G370C и 7373C, а также транслокации FGFR3-TACC3v1 (F17;T11), FGFR3-TACC3v3 (F17;T10), FGFR3-BAIAP2L1 (F17;B2), FGFR2-BICC1 (F17;B3) и FGFR2-CASP7 (F17;C2). Мутации в гене FGFR3 присутствуют приблизительно в 50 % случаев неинвазивного уротелиального рака, однако их встречаемость снижается с возрастанием стадии заболевания [8, 9]. Кроме того, такие мутации чаще обнаруживаются в опухолях верхних мочевых путей [10, 11]. Эрдафитиниб в ходе клинических испытаний показал эффективность у 40 % пациентов с местнораспространенной или метастатической уротелиальной карциномой с FGFR-мутациями [6, 7]. В 2023 г. эрдафитиниб был зарегистрирован и в России. В настоящей работе нами была поставлена задача изучить распределение клинически значимых мутаций/ транслокаций у 196 российских пациентов при помощи собственной тест-системы, разработанной на основе высокочувствительных методов — цифровой капельной ПЦР и ПЦР в реальном времени.

Материалы и методы

В исследование были включены образцы уротелиального рака от 196 пациентов, направленных на молекулярно-генетическое тестирование в НМИЦ онкологии им. Н. Н. Петрова в 2022-2023 гг. Образцы опухолевой ткани, фиксированные в формалине и залитые парафином, были подвергнуты мануальной микродиссекции опухолевых клеток. Нуклеиновые кислоты (ДНК и РНК) были выделены из срезов с помощью фенол-хлороформной экстракции [12].

Для исследования однонуклеотидных замен использовалась цифровая капельная ПЦР. Для проведения одной реакции брали 2 мкл образца нуклеиновых кислот, 10 мкл ddPCR Supermix for Probes, праймеры и пробы в финальной концентрации 0,5 мкМ и воду в количестве, необходимом для достижения объёма

реакции 20 мкл. Генерация «капель» производилась с использованием устройства QX200 Droplet Generator. ПЦР проходила при следующих условиях: 95 °C, 10 мин. (активация фермента), 50 циклов: 94 °C 30 сек., 58 °C 60 сек., затем 98 °C, 10 мин. Считывание флюоресценции и анализ полученных данных производились при помощи оборудования QX200 Droplet Digital PCR System. Последовательности всех использованных в работе праймеров и TaqMan-зондов приведены в табл. 1.

Для получения кДНК на основе РНК проводилась реакция обратной транскрипции с использованием RevertAid Reverse Transcriptase.

Таблица 1. Последовате.

Качество кДНК проверяли при помощи ПЦР-амплификации фрагмента гена «домашнего хозяйства», SDHA. Исследование транслокаций производилось методом ПЦР в реальном времени. В состав реакции входили 1 х GeneAmp PCR Buffer I, 250 мкМ каждого дНТФ, по 200 нМ каждого праймера и зонда, 2,5 мМ MgCl2, а также 1 мкл образца нуклеиновых кислот и 1 U полимеразы TaqM. Реакция проводилась в объеме 20 мкл. Программа амплификации включала фазу активации фермента (95 °С, 10 мин.) и 50 циклов ПЦР (95 °С 15 сек., 58 °С 1 мин.). ПЦР-амплификация проводилась на приборе для ПЦР в реальном времени CFX96.

юсти праймеров и проб

Мутация Праймер / проба Последовательность олигонуклеотида

FGFR3 p.R248C Праймер 1 CCCTGAGCGTCATCTGC

Праймер 2 GCGTCACTGTACACCTTGCA

Проба WT FAM-CGCTCCCCGCACCGGCCCAT-BHQ1

Проба MUT JOE-TGCTCCCCGCACCGGCCCAT-BHQ1

FGFR3 p.S249C Праймер 1 CCCTGAGCGTCATCTGC

Праймер 2 GCGTCACTGTACACCTTGCA

Проба WT FAM-CGCTCCCCGCACCGGCCCAT-BHQ1

Проба MUT JOE-CGCTGCCCGCACCGGCCCAT-BHQ1

FGFR3 p.G370C Праймер 1 ATGTCTTTGCAGCCGAGGA

Праймер 2 ATGAACAGGAAGAAGCCCAC

Проба WT FAM-TGCATACACACTGCCCGCC-BHQ1

Проба MUT JOE-TGCATACACACTGCACGCC-BHQ1

FGFR3 p.Y373C Праймер 1 ATGTCTTTGCAGCCGAGGA

Праймер 2 ATGAACAGGAAGAAGCCCAC

Проба WT FAM-TGCATACACACTGCCCGCC-BHQ1

Проба MUT JOE-TGCACACACACTGCCCGCC-BHQ1

FGFR3-BA1AP2L1 (F17;B2) Праймер 1 CAGAGGCCCACCTTCAAG

Праймер 2 CAGCCCAGGATTGAACTGT

Проба FAM-TGTCCTTACCGTGACGTCCACCGA-BHQ1

FGFR3-TACC3 (F17;T10) Праймер 1 CAGAGGCCCACCTTCAAG

Праймер 2 AACACCTGGGTGTGGGCCTGGCA

Проба FAM-TGTCCTTACCGTGACGTCCACCGA-BHQ1

FGFR3-TACC3 (F17;T11) Праймер 1 CAGAGGCCCACCTTCAAG

Праймер 2 GTTCTCCTCCTGTGTCGCCTT

Проба FAM-TGTCCTTACCGTGACGTCCACCGA-BHQ1

FGFR2-B1CC1 (F17;B3) Праймер 1 CCCTCCCAGAGACCAAC

Праймер 2 CAAGCAATCTGCGTATTTGT

Проба FAM-AATTCGATCCAAGTCTTCTACCAACTGCTTGA-BHQ1

FGFR2-CASP7 (F17;C2) Праймер 1 CCCTCCCAGAGACCAAC

Праймер 2 GTGTTCTTTTCCAAGTGCCA

Проба FAM-AATTCGATCCAAGTCTTCTACCAACTGCTTGA-BHQ1

SDHA (контроль наличия кДНК) Праймер 1 CCACTCGCTATTGCACACC

Праймер 2 ATCCAAGGCAAAATACTCCAC

Проба JOE-CTGGTATCATATCGCAGAGACC-BHQ1

Для статистической обработки данных использовалась свободная программная среда Я [13]. Для анализа различий в распределении групп пациентов по возрасту применялся критерий Манна - Уитни, а для оценки распределения пациентов между группами по полу, стадиям заболевания, локализации опухоли и статусу курения использовался точный критерий Фишера.

Результаты

Для анализа мутаций р.Я248С, р^249С, р.0370С, р.У373С в гене FGFR3, и транслокаций FGFR3-TACC3 ^17;П0), FGFR3-TACC3 ^17;Т11), FGFR3-BAIAP2L1 ^17;В2), FGFR2-CASP7 (F17;C2), наличие которых ассоциировано с чувствительностью уротелиальных опухолей к эрдафитинибу и другим БОБЯ-ингибиторам, были разработаны молекулярно-генетические тесты на основе цифровой капельной ПЦР и ПЦР в реальном времени (рисунок). С помощью этих тестов были исследованы образцы уротели-альной карциномы от 196 пациентов. В 14/196

(7,1 %) случаев результат получить не удалось из-за низкого качества нуклеиновых кислот в образце.

Характеристики пациентов и основные результаты анализов представлены в табл. 2. Генетические нарушения были обнаружены у 34 из 182 (18,7 %) пациентов. Основную часть нарушений (94,1 %) составляли однонуклеотидные замены. Лишь у двух пациентов были выявлены транслокации. В обоих случаях был выявлен вариант FGFR3-TACC3 (¥17;Т11); другие варианты транслокаций в нашем исследовании обнаружены не были.

Пациенты, в опухолях которых были найдены мутации/транслокации гена FGFR3, оказались старше пациентов без таких нарушений (медиана возраста составляла 68,5 и 65 лет соответственно, р = 0,043). Мутации/транслокации были обнаружены у 24/128 (18,8 %) мужчин и у 10/54 (18,5 %) женщин (р = 1,0). У пациентов с 1-2 стадиями заболевания мутации/транслокации обнаруживались чаще, чем у пациентов с 3-4 стадиями: в 12/49 (24,5 %) и 11/84

Таблица 2. Характеристики пациентов (п = 196)

Параметр Количество случаев (%)

Возраст

Медиана (диапазон) 65,5 (34-92)

Пол

Мужчины 138 (70,4 %)

Женщины 58 (29,6 %)

Диагноз

Рак мочевого пузыря (С67) 130 (66,3 %)

Рак мочеточника (С66) 6 (3,1 %)

Рак почечных лоханок (С65) 11 (5,6 %)

Уротелиальный рак без уточнения 49 (25 %)

Стадия

1-2 54 (27,6 %)

3-4 91 (46,4 %)

Нет данных 51 (26,0 %)

Статус курения

Курящие 17 (8,7 %)

Не курящие 37 (18,9 %)

Нет данных 142 (72,4 %)

Результаты тестирования

FGFR3 R248C 4 (2 %)

FGFR3 S249C 16 (8,2 %)

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

FGFR3 G370C 4 (2 %)

FGFR3 Y373C 8 (4,1 %)

FGFR3-TACC3 (^17;Т11) 2 (1 %)

Нет мутаций / транслокаций 148 (75,5 %)

Результат получить не удалось 14 (7,1 %)

(13,1 %) случаях соответственно; однако эти различия не были статистически достоверными (p = 0,103). Аберрации гена FGFR3 достоверно чаще выявлялись у пациентов с опухолями верхних мочевых путей: мутации/транслокации были найдены у 5/8 (62,5 %) пациентов с раком почечной лоханки, у 2/6 (33,3 %) пациентов с раком мочеточника и у 21/120 (17,5%) пациентов с раком мочевого пузыря (p = 0,008). Статус курения был известен в 54 случаях. Мутации/ транслокации были обнаружены у 1/16 (6,3 %) куривших и у 7/37 (18,9 %) не куривших пациентов (p = 0,410).

Обсуждение

Для анализа уротелиальных опухолей нами был разработан метод тестирования клинически значимых нарушений в генах FGFR3 и FGFR2 на основе цифровой капельной ПЦР и ПЦР в реальном времени. По спектру выявляемых нарушений, данный метод является полным аналогом системы therascreen FGFR RGQ RT-PCR Kit. Цифровая капельная ПЦР — метод, харак-

теризующийся высокой чувствительностью, позволяющий выявлять мутации, представленные в малом количестве в изучаемом образце [14]. Благодаря этому мутации могут быть успешно выявлены даже в образцах с малым процентом опухолевых клеток. При тестировании транслокаций, однако, использование цифровой ПЦР не требуется: т. к. при перестройках формируется новая нуклеотидная последовательность, отсутствующая в геномах/транскриптомах неопухолевых клеток, избыток нормальной ткани в образце не является препятствием к выявлению даже единичных молекул «слитных» транскрип-тов при помощи обычной ПЦР или ПЦР в реальном времени.

С помощью разработанных тестов были исследованы образцы уротелиальных опухолей, полученные от 196 пациентов. Мутации/ транслокации были обнаружены у 34 из 182 пациентов (18,7 %), которым удалось выполнить анализ. Частота выявленных генетических нарушений в целом соответствует данным литературы. Так, в работе S.J. Ross и соавт. (2016) нарушения, затрагивающие ген FGFR3, были

FAM-WT

HEX-MUT

А

Amplification

1600 1400 1200 1000

s DHA

V/

^FGFR3-TACC3 :

Б

Amplification

/ ! /

у.....y

FGFR3TACC3

Cycles

В

Cycles

Примеры анализа мутаций и транслокаций А, Б — тестирование мутации FGFR3 p.S249C при помощи цифровой капельной ПЦР. При отрицательном результате теста

(A) регистрируется только сигнал от красителя FAM, которым помечен зонд, специфичный к нормальному аллелю (WT). При положительном результате (Б) в части капель регистрируется флюоресценция красителя HEX, которым помечен зонд, специфичный к мутантному аллелю (MUT); В, Г — тестирование на наличие транслокации FGFR3-TACC3 (F17;T11). При отрицательном результате

(B) амплификации в лунке с праймерами, специфичными к данному варианту транслокации не происходит; при этом кривая амплификации в лунке с праймерами к контрольному фрагменту гену SDHA пересекает пороговую прямую (threshold) до 35 цикла

ПЦР, что свидетельствует о наличии достаточного количества кДНК в исследуемом образце. При положительном результате (Г) регистрируется кривая амплификации в лунке с праймерами, специфичными к тестируемому варианту транслокации

выявлены в 63/295 (21,3 %) уротелиальных карцином, а в исследовании T. Helsten и соавт. (2016) — в 28/126 (22 %) опухолей этого типа [9, 15]. Следует отметить, что в обеих процитированных работах использовались данные, полученные при помощи секвенирования нового поколения (NGS) и спектр выявляемых нарушений был значительно шире, чем в проведённом нами исследовании: он включал не только редкие варианты мутаций и транслокаций, но и амплификации гена. В нашем исследовании мутации достоверно чаще выявлялись в опухолях верхних мочевых путей, наблюдалась тенденция к более частому их обнаружению у пациентов с локализованной формой заболевания (стадия 1-2). Эти ассоциации также ранее отмечались в литературе [16-18]. Нами были выявлены случаи с каждым из четырёх типов тестируемых однонуклеотид-ных замен в гене FGFR3 (R.248C, S249C, G370C и Г373С). В то же время среди исследованных образцов было обнаружено всего два случая с FGFR-транслокациями; в обоих был идентифицирован вариант FGFR3-TACC3 (F17;T11) наиболее частый, согласно данным литературы [7].

Заключение

В современной онкологии возрастает значение молекулярно-генетической диагностики [19]. В связи с появлением в клинической практике нового класса препаратов — FGFR-ингибиторов, требуется проводить разработку и валидацию методов тестирования нарушений в генах FGFR1-4 [20]. В настоящем исследовании было изучено распределение клинически значимых изменений генов FGFR2/3 на значительной по объёму выборке пациентов с уротелиальным раком в России. Разработанные методы тестирования мутаций и транслокаций в дальнейшем могут быть использованы в клинической практике для определения чувствительности опухолей к лечению FGFR-ингибитором эрдафитинибом.

Конфликт интересов

Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией данной статьи.

Conflict of interest

The authors declare no apparent and potential conflicts of interest related to the publication of this article.

Соблюдение прав пациентов и правил биоэтики Протокол исследования одобрен локальным этическим комитетом по биомедицинской этике ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России. Протокол № 11/282 от 28.09.2022.

Все процедуры с вовлечением больных были проведены в соответствии с Хельсинкской декларацией по правам человека в редакции 2013 г. Все больные подписывали информированное согласие на участие в исследовании.

Compliance with patient rights and principles of bioethics The study protocol was approved by the biomedical ethics committee of NMRC of Oncology named after N.N.Petrov of MoH of Russia. Protocol № 11/282 dated 28.09.2022. All procedures performed in studies involving human participants were in accordance with the ethical standards of Declaration of Helsinki Protocol (2013). All patients gave written informed consent to participate in the study.

Финансирование

Работа была поддержана грантом РНФ № 22-15-00487.

Funding

The work was funded by RSF grant № 22-15-00487.

Участие авторов:

Анускина А.А. — разработка методов, проведение экспериментов, сбор клинических данных, написание статьи; Митюшкина Н.В. — планирование исследования, анализ результатов, написание статьи;

Тюрин В.И. — планирование исследования, разработка методов, анализ результатов;

Преображенская Е.В. — планирование исследования, разработка методов;

Шестакова А.Д. — отбор пациентов, микродиссекция опухолевого материала;

Шульга С.С., Бордовская Н.А., Шишкина А.С. — сбор клинических данных, проведение экспериментов; Имянитов Е.Н. — планирование исследования, редактирование текста статьи с внесением ценного интеллектуального содержания. Authors' contributions

Anuskina A.A. — developing methods, conducting experiments, collecting clinical data, writing the article; Mitiushkina N.V. — developing the research design, analyzing data, writing the article;

Tiurin V.I. — developing the research design and methods, analyzing data;

Preobrazhenskaya E.V. — developing the research design and methods;

Shestakova A.D. — selecting patients, dissecting tumor tissue; Shulga S.S., Bordovskaya N.A., Shishkina A.S. — collecting clinical data, conducting experiments; Imyanitov E.N. — developing the research design, revising and editing the article.

Все авторы одобрили финальную версию статьи перед публикацией, выразил(и) согласие нести ответственность за все аспекты работы, подразумевающую надлежащее изучение и решение вопросов, связанных с точностью или добросовестностью любой части работы. All authors have approved the final version of the article before publication, agreed to assume responsibility for all aspects of the work, implying proper review and resolution of issues related to the accuracy or integrity of any part of the work.

ЛИТЕРАТУРА / REFERENCES

1. Miyazaki J., Nishiyama H. Epidemiology of urothelial carcinoma. Int J Urol. 2017; 24(10): 730-734.-D0I: https:// doi.org/10.1111/iju.13376.

2. Под ред. Каприна А.Д., Старинского В.В., Шахзадовой А.О. Злокачественные новообразования в России в 2021 году (заболеваемость и смертность). М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России. 2022; 252 с. URL: https://oncology-association. ru/wp-content/uploads/2022/11/zlokachestvennye-novoobra-zovaniya-v-rossii-v-2021-g_zabolevaemost-i-smertnost.pdf.-

ISBN: 978-5-85502-280-3. [Ed. by Kapnn A.D., Stannsky V.V, Shakhzadova A.O. Malignant neoplasms in Russia in 2021 (morbidity and mortality). Moscow: P.A. Herzen MNIOI - a branch of FGBU "NMRC Radiology" of the Ministry of Health of Russia. 2022; 252. URL: https://oncology-associa-tion.ru/wp-content/uploads/2022/11/zlokachestvennye-novoo-brazovaniya-v-rossii-v-2021-g_zabolevaemost-i-smertnost.pdf.-ISBN: 978-5-85502-280-3. (In Rus)].

3. Гафанов Р.А., Дзидзария А.Г., Кравцов И.Б., Фастовец С.В. Системная терапия метастатического уротелиально-го рака: современные стандарты и рекомендации по лечению. РМЖ. Медицинское обозрение. 2018; 2(6): 28-35. URL: https://www.rusmedreview.com/upload/iblock/ff9/28-35. pdf. [Gafanov R.A., Dzidzaria A.G., Kravtsov I.B., Fastovets S.V. Systemic therapy of metastatic urothelial cancer: current standards and treatment guidelines. Russian Medical Inquiry = RMZh. Meditsinskoe Obozrenie. 2018; 6: 28-35. URL: https:// www.rusmedreview.com/upload/iblock/ff9/28-35.pdf. (In Rus)].

4. Румянцев А.А. Лечение метастатического рака мочевого пузыря: исторические и современные аспекты. Медицинский совет. 2022; 16(22): 52-57.-DOI: https://doi.org/10.21518/2079-701X-2022-16-22-52-57. [Rumyantsev A.A. Treatment of metastatic bladder cancer: current and historical aspects. Meditsinskiy sovet = Medical Council. 2022; 22: 52-57.-DOI: https://doi.org/10.21518/2079-701X-2022-16-22-52-57. (In Rus)].

5. Клинические рекомендации. Рак мочевого пузыря. URL: https://oncology-association.ru/wp-content/uploads/2022/03/ rak-mochevogo-puzyrya.pdf. [Clinical guidelines. Bladder cancer. URL: https://oncology-association.ru/wp-content/ uploads/2022/03/rak-mochevogo-puzyrya.pdf. (In Rus)].

6. Roubal K., Myint Z.W., Kolesar J.M. Erdafitinib: A novel therapy for FGFR-mutated urothelial cancer. Am J Health Syst Pharm. 2020; 77(5): 346-351.-DOI: https://doi.org/10.1093/ajhp/zxz329.

7. Loriot Y., Necchi A., Park S.H., et al. Erdafitinib in Locally Advanced or Metastatic Urothelial Carcinoma. N Engl J Med. 2019; 381(4): 338-348.-DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa1817323.

8. Hernández S., López-Knowles E., Lloreta J., et al. Prospective study of FGFR3 mutations as a prognostic factor in nonmuscle invasive urothelial bladder carcinomas. J Clin Oncol. 2006; 24(22): 3664-3671.-DOI: https://doi.org/10.1200/ JCO.2005.05.1771.

9. Ross J.S., Wang K., Khaira D., et al. Comprehensive genomic profiling of 295 cases of clinically advanced urothelial carcinoma of the urinary bladder reveals a high frequency of clinically relevant genomic alterations. Cancer. 2016; 122(5): 702-711.-D0I: https://doi.org/10.1002/cncr.29826.

10. Necchi A., Madison R., Pal S.K., et al. Comprehensive Ge-nomic Profiling of Upper-tract and Bladder Urothelial Carcinoma. Eur Urol Focus. 2021; 7(6): 1339-1346.-DOI: https:// doi.org/10.1016/j.euf.2020.08.001.

11. Sfakianos J.P., Cha E.K., Iyer G., et al. Genomic Characterization of Upper Tract Urothelial Carcinoma. Eur Urol. 2015; 68(6): 970-977.-D0I: https://doi.org/10.1016/j.euru-ro.2015.07.039.

12. Chomczynski P., Sacchi N. The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloro-form extraction: twenty-something years on. Nat Protoc. 2006; 1(2): 581-585.-DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nprot.2006.83.

13. R Core Team (2018). R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL: https://www.R-project.org.

14. Olmedillas-López S., García-Arranz M., García-Olmo D. Current and Emerging Applications of Droplet Digital PCR in Oncology. Mol Diagn Ther. 2017; 21(5): 493-510.-DOI: https://doi.org/10.1007/s40291-017-0278-8.

15. Helsten T., Elkin S., Arthur E., et al. The FGFR Landscape in Cancer: Analysis of 4,853 Tumors by Next-Generation Sequencing. Clin Cancer Res. 2016; 22(1): 259-267.-DOI: https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-14-3212.

16. Necchi A., Madison R., Pal S.K., et al. Comprehensive Genomic Profiling of Upper-tract and Bladder Urothelial Carcinoma. Eur Urol Focus. 2021; 7(6): 1339-1346.-DOI: https:// doi.org/10.1016/j.euf.2020.08.001.

17. Rizzo A., Mollica V., Santoni M., Massari F. Clinicopathological features of FGFR3 - mutated upper tract urothelial carcinoma: a genomic database analysis. Clin Genitourin Cancer. 2022; 20(5): 482-487.-DOI: https://doi.org/10.1016/j.clgc.2022.06.013.

18. Billerey C., Chopin D., Aubriot-Lorton M.H., et al. Frequent FGFR3 mutations in papillary non-invasive bladder (pTa) tumors. Am J Pathol. 2001; 158(6): 1955-1959.-DOI: https:// doi.org/10.1016/S0002-9440(10)64665-2.

19. Aleksakhina S.N., Imyanitov E.N. Cancer therapy guided by mutation tests: current status and perspectives. Int J Mol Sci. 2021; 22(20): 10931.-DOI: https://doi.org/10.3390/ijms222010931.

20. Митюшкина Н.В., Имянитов Е.Н. Молекулярная диагностика нарушений в генах семейства FGFR. Вопросы онкологии. 2023; 69(3): 364-372.-DOI: https://doi. org/10.37469/0507-3758-2023-69-3-364-372. [Mitiushkina N.V., Imyanitov E.N. Molecular diag-nostics of aberrations in the FGFR family genes. Voprosy Onkologii = Problems in Oncology. 2023;69(3):364-372.-DOI: https://doi. org/10.37469/0507-3758-2023-69-3-364-372. (In Rus)].

Поступила в редакцию 15.09.2023 Прошла рецензирование 18.10.2023 Принята в печать 19.10.2023

Received 15.09.2023 Reviewed 18.10.2023 Accepted for publication 19.10.2023

Сведения об авторах / Author's information / ORCID

Анускина Александра Алексеевна / Anuskina Aleksandra A. / ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-6657-4443. Митюшкина Наталья Владимировна / Mitiushkina Natalya V / ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-0179-3191. Тюрин Владислав Ильич / Tiurin Vladislav I. / ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-0157-5952. Преображенская Елена Васильевна / Preobrazhenskaya Elena V / ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-7800-013X. Шестакова Анна Дмитриевна / Shestakova Anna D. / ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-0649-9693. Шульга Софья Сергеевна / Shulga Sofya S. / ORCID ID: https://orcid.org/0009-0009-2349-4094. Бордовская Наталия Александровна / Bordovskaya Natalia A. / ORCID ID: https://orcid.org/0009-0003-5583-4221. Шишкина Анна Сергеевна / Shishkina Anna S. / ORCID ID: https://orcid.org/0009-0003-4667-1993. Имянитов Евгений Наумович / Imyanitov Evgeniy N. / ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-4529-7891.

дШ

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.