CC BY
8
Российский Ж ж* онкологический Ami« ▼ конгресс
Онкогенетика
Oncobox, FoundationOne, Dana Farber Oncopanel и OncoDNA. Все четыре платформы согласованно не вывили мутаций, которые могли бы повлиять на выбор тактики лечения. Однако платформа Oncobox выявила гиперактивацию сигнального пути PD-1 / PD-L1 в образце опухолевой ткани пациентки, что, совместно с повышенным уровнем экспрессии PD-L1, стало основанием для решения назначить пембролизумаб в адъювантном режиме. Выбранная тактика лечения привела к более чем 3-х летней выживаемости без прогрессирования.
Заключение: Комбинирование транскриптомного и мутационного анализа для персонализации назначения терапии при солидных онкозаболеваниях в ряде случаев демонстрирует преимущество перед исключительно мутационным анализом и повышает вероятность благоприятного клинического исхода.
КЛИНИЧЕСКОЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ СЕКВЕНИРОВАНИЯ РНК И АНАЛИТИЧЕСКОЙ ПЛАТФОРМЫ ONCOBOX ДЛЯ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОГО ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ ТАРГЕТНЫХ ПРЕПАРАТОВ
С.А. Румянцев1, М.И. Сорокин2, М.А. Золотовская 12, А.А. Буз-дин3
Место работы: 1. Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова, Москва, Россия; 2. Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), Москва, Россия; 3. Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова, Москва, Россия;
Эл. почта: [email protected]
Цель: Анализ мутационных профилей онкологических больных не позволяет выбрать тактику лечения в большинстве случаев солидных опухолей (Marquart et al., 2018). Данное исследование было проведено с целью оценки клинического эффекта от применения широкомасштабного анализа генной экспрессии для персонализации лечения онкопациентов.
Материалы и методы: В исследование были включены 239 взрослых онкобольных с солидными опухолями на продвинутых стадиях. Генная экспрессия была профилирована с помощью РНК-секвенирования нового поколения для всех парафинзированных образцов опухолевой ткани всех пациентов, включенных в исследование. Полученные молекулярные профили анализировали с помощью био-информатической платформы Oncobox для построения персонализированного рейтинга таргетных препаратов согласно прогнозируемой эффективности. Сводные отчеты по исследованию в каждом из случаев были предоставлены лечащим врачам-онкологам, которые принимали решение о назначении терапии.
Результаты: По состоянию на июль 2021 года обратная связь получена для 224 пациентов; из них 34 пациента умерли до назначения терапии, 53 пациента получили лечение, отличное от таргетной терапии (химиотерапия, хирургия, лучевая или паллиативная помощь), 74 пациента получили по крайней мере один таргетный препарат (в режиме монотерапии или в комбинации), который был предсказан как эффективный но основе анализа Oncobox («Группа РНКсек»); 63 пациента получали химиотерапию или другую медикаментозную терапию, потенциально неэффективную на основании анализа Oncobox («контрольная группа»). Ответ на лечение получен для 66 пациентов с биопсиями, собранными не более чем за 6 месяцев до анализа, (38 в группе РНКсек и 28 в контрольной группе). У 76 % пациентов группы РНКсек был диагностирован частичный ответ или стабилизация заболевания, по сравнению с 50% в контрольной группе (р-значение теста Фишера 0,037). Более того, в группе РНКсек пациенты показали вдвое большее время до прогрессирования заболевания по сравнению с контрольной группой.
Заключение: Полученные данные дают указывают на то, что профилирование генной экспрессии и дальнейший биинфор-матический анализ являются перспективным инструментом выбора оптимальной тактики лечения и повышения эффективности лекарственной терапии онкологических больных.
ВЫСОКОТОЧНЫЙ КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ МОНИТОРИНГ МУТАЦИОННОГО СТАТУСА EGFR В ПЛАЗМЕ КРОВИ ПАЦИЕНТА С НМРЛ
А.П. Коваль1, М.Д. Чанышев1, И.М. Гагарин 2, И.З. Мамедов1, Д.С. Щербо1
Место работы: 1. Институт трансляционной медицины ФГАОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России, Москва, Россия; 2. ГБУЗ «Московская городская онкологическая больница № 62 Департамента здравоохранения города Москвы», Москва, Россия
Эл. почта: [email protected]
Цель: Неинвазивное исследование мутационного статуса онкогенов по циркулирующей ДНК крови в последние годы входит в практику ведения пациентов с рядом онкологических заболеваний. Наличие активирующих соматических мутаций в «горячих точках» гена EGFR служит предиктивным маркером при назначении таргетной терапии немелкоклеточного рака легких (НМРЛ) ингибиторами тирозинкиназы. Целью исследования была оценка возможности одновременного высокоточного мониторинга мутационного статуса в 8 клинически значимых регионах гена EGFR в условиях ограниченной доступности циркулирующей ДНК крови (цДНК).
Материалы и методы: Пациент X., 44 года, диагноз периферическая аденокарцинома верхней доли левого легкого с метастазами в лимфоузлах средостения ША стадия. 16.01.2020 была выполнена расширенная верхняя лоб-эктомия слева с лимфодиссекцией. При молекулярно-био-
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том / vol. 11 № 3s1 • 2021
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
ТЕЗИСЫ ПОСТЕРНЫХ ДОКЛАДОВ И ПРИНЯТЫЕ К ПУБЛИКАЦИИ
Онкогенетика
логическом анализе материала опухоли выявлена мутация 19 экзона гена EGFR, с февраля 2020 года получал адъювантную терапию гефитинибом. По данным ПЭТ-КТ в марте 2021 года, отмечено прогрессирование заболевания, метастазы в медиастинальные и надключичные лимфоузлы, головной мозг. 08.04.2021 проведена биопсия надключичного лимфоузла слева, по данным пато-логоанатомического исследования выявлен метастаз аденокарциномы легкого. Параллельно в течение курса лечения 2020-2021 гг проводились исследования ДНК плазмы крови пациента. Анализировали циркулирующую ДНК плазмы крови в 4 временных точках после операции (1 мес., 7 мес, 10 мес., 14 мес.), а также опухолевый материал блоков в двух временных точках (операционный материал и материал биоптата лимфоузла, полученный во временной точке 14 мес) в качестве контроля. Для оценки мутационного статуса цДНК использовалось высокопроизводительное секвенирование в сочетании с молекулярным баркодированием. Была разработана панель для направленного секвенирования, включающая 8 участков гена EGFR, ассоциированных с чувствительностью или резистентностью к ингибиторам тирозинкиназы:кодоны 719, 768, 790, 797, 858 и 861, а также участки в экзонов 19 и 20. Выделение ДНК из плазмы крови осуществлялось при помощи наборов Qiagen, секвенирование проводилось на высокопроизводительном секвенаторе Illumina HiSeq. Количество ДНК, использованное для анализа мутационного статуса в 8 «горячих точках» составило 10 нг. Результаты: В результате проведённого исследования в образце ДНК из операционного материала, полученного 16.01.2020, было определено наличие делеции 15-ти нуклеотидов в экзоне 19 гена EGFR NG_007726.3 (EGFR_ v001):c. 2235_2249del с долей мутантных фрагментов 77,9 %. Через 1 месяц после операции в цДНК мутация определялась с частотой 0,3%. В контрольной точке через 7 месяцев после операции мутации ни в одном из исследуемых регионов EGFR в цДНК не были обнаружены. По прошествии 10 месяцев с момента операции, несмотря на продолжение таргетной терапии гефитинибом,деле-ция в экзоне 19 гена EGFR была выявлена вновь в 0,02 % фаргментов цДНК. В контрольной точке через 14 месяцев после операции по данным ПЭТ-КТ от 15.03.2021 отмечено прогрессирование заболевания, 08.04.2021 проведена биопсия надключичного лимфоузла слева. В материале, полученном из лимфоузла частота исследуемой делеции составила 25,1 %, а в материале цДНК 0,21 %. Таким образом, максимальная достигнутая чувствительность определения делеции в 19 экзоне гена EGFR составила 0,02 % мутантного аллеля. Опухоль-специфичная драйверная мутация была вновь обнаружена в цДНК крови через 10 месяцев после проведения операции и за 4 месяца до появления признаков прогрессии основного заболевания по результатам ПЭТ-КТ и подтверждающего исследования биопсийного материала. При этом мутации EGFR, ассоциированные с резистентностью к ИТК, не были обнаружены.
Заключение: Исследование циркулирующей ДНК крови методом высокопроизводительного секвенирования с использованием молекулярно баркодированных библиотек ДНК позволяет определять наличие соматических мутаций опухолевого происхождения с чувствительностью до 0,02 % мутантного аллеля. При этом возможно одновременно исследование мутационного статуса 8 регионов гена EGFR на материале, полученном из одной пробы крови. Финансирование: Работа выполнена в рамках государственного задания Минздрава России № 300060056.
ЧАСТОТА ТЕРМИНАЛЬНЫХ МУТАЦИЙ В ГЕНАХ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К РАЗВИТИЮ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙ СРЕДИ ПАЦИЕНТОВ С РАКОМ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ, РАКОМ ЯИЧНИКОВ И С ПЕРВИЧНО-МНОЖЕСТВЕННЫМИ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫМИ ОПУХОЛЯМИ
Н.И. Поспехова 1, Д.А. Головина 1, М.Г. Филиппова 1, С.М. Дранко 1, И.С. Абрамов 2, Т.С. Лисица 2, А.М. Строганова 1
Место работы: 1. ФГБУ «НМИЦ онкологии имени Н.Н. Блохи-на» Минздрава России, Москва, Россия; 2. ФГБУ «ЦСП» ФМБА России, Москва, Россия
Эл. почта: [email protected]
Цель: ДНК-диагностика терминальных мутаций в генах BRCA1/2 в настоящее время является стандартом для отбора пациентов с раком молочной железы (РМЖ) и раком яичников (РЯ) при определении тактики лечения. Массовое параллельное секвенирование (NGS) позволяет тестировать мутации в дополнительных генах предрасположенности к РМЖ, РЯ и другим злокачественными новообразованиями. Целью этого исследования было изучить распространенность и природу мутаций в 44 генах наследственной предрасположенности к развитию рака, включая BRCA1/2, в группе пациентов с РМЖ, РЯ и первично-множественными злокачественными новообразованиями (ПМЗН).
Материалы и методы: В исследование были включены 454 пациента, их них: 373 пациента с диагнозом РМЖ, 18 — с двухсторонним РМЖ (ДРМЖ), 19 — с РЯ, 44 — с ПМЗН, которые наблюдались в НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина в период с 2018 по 2020 год. Геномную ДНК выделяли из образцов периферической крови. Подготовку библиотек ДНК осуществляли с использованием кастомной панели зондов KAPA Hyper (Roche). Панель включала в себя зонды для таргетного обогащения кодирующей части 44 генов: APC, ATM, AXIN2, BARD1, BLM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDKN2A, CHEK2, DICER1, EPCAM, GALNT12, GREM1, MEN1, MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NTHL1, PALB2, PMS2, POLD1, POLE, PTCH1, PTCH2, PTEN, RAD51C, RAD51D, RET, SMAD4, STK11, SUFU, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1. Целевое парноконцевое высокопроиз-
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том / vol. 11 №3s1 • 2021
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
