Научная статья на тему 'ТАКСОНОМИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ STREPTOCOCCUS SPP. НА ОСНОВАНИИ МАСС СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОЙ ДИФФЕРЕНЦИРОВКИ'

ТАКСОНОМИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ STREPTOCOCCUS SPP. НА ОСНОВАНИИ МАСС СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОЙ ДИФФЕРЕНЦИРОВКИ Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

CC BY
197
32
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
видовая идентификация / дифференцировка микробных культур / MALDI-TOF-масс-спектрометрия / стрептококки / species identification / differentiation of microbial cultures / MALDI-TOF mass-spectrometry / Streptococcus spp.

Аннотация научной статьи по фундаментальной медицине, автор научной работы — Рябинин И.А., Ремнева Н.П., Фионова Т.В., Ковыршин С.В., Кашуба В.М.

В сообщении приведены данные шестилетних наблюдений за видовой и групповой структурой Strepto-coccous spp. из клинического материала. В качестве ориентировочного метода идентификации (дифференцировки) использовали MALDI-TOF-масс-спектрометрию кислотно-травленного материала колоний с плотных пита-тельных сред. Применили алгоритм выявления микс-культур на этапе программной идентификации полученных MALDI-масс-спектров. В выборку из 679 изолятов вошли представители следующих групп рода Streptococcus в указанном структурном соотношении: группа Mitis – 42,2%; группа – Salivarius 27,7%; группа Sanguinis – 11,8%; группа Pyogenes – 10,9%; группа Anginosus — 5,8%; группа Bovis/Equinus – 1,5%; группа Mutans – 0,1%. Более половины штаммов имели масс-спектрометрические признаки присутствия дополни-тельной микробной культуры. Дискутируются особенности обнаруженного видового состава, возможные пути совершенствования масс-спектрометрической идентификации стрептококков.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по фундаментальной медицине , автор научной работы — Рябинин И.А., Ремнева Н.П., Фионова Т.В., Ковыршин С.В., Кашуба В.М.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

TAXONOMIC STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS SPP. CLINICAL ISOLATES BASED ON MASS SPEC-TROMETRIC DIFFERENTIATION

The report contains data from six years observations of the species and group structure of Streptococcous spp. from clinical materials. MALDI-TOF-mass spectrometry of acid-treated colony material from agarised nutrient media was used as an approximate method of identification (differentia-tion). We used an algorithm for identifying mix cultures at the stage of program identification of the obtained MALDI mass spectra. The investigated selection of 679 isolates included representatives of the following groups of the genus Streptococcus in the following structural ratio: group Mitis – 42.2%; group – Salivarius 27.7%; Sanguinis group – 11.8%; Pyogenes group – 10.9%; Anginosus group – 5.8%; Bo-vis/Equinus group – 1.5%; the Mutans group – 0.1%. More than half of the strains had mass-spectrometric signs of the presence of an additional microbial culture. The features of the detected species composition, possible ways of improving the mass-spectrometric identification of streptococci are dis-cussed.

Текст научной работы на тему «ТАКСОНОМИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ STREPTOCOCCUS SPP. НА ОСНОВАНИИ МАСС СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОЙ ДИФФЕРЕНЦИРОВКИ»

УДК 579.862.1

DOI: 10.24412/1999-6780-2021-2-40-45

ТАКСОНОМИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ

STREPTOCOCCUS SPP. НА ОСНОВАНИИ МАСС - СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОЙ ДИФФЕРЕНЦИРОВКИ

1'3Рябинин И.А. (м.н.с., ассистент кафедры)*, 2Ремнева Н.П. (врач-бактериолог), 5Фионова Т.В. (студент), 4Ковыршин С.В. (студент), 2Кашуба В.М. (фельдшер-лаборант), 2Цветкова Г.В. (фельдшер-лаборант),

I,3Васильева Н.В. (директор НИИ, зав. кафедрой)

Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова: 1НИИ медицинской микологии им. П.Н. Кашкина; Отделение лабораторной диагностики микологической клиники; Зкафедра медицинской микробиологии; 4медико-профилактический факультет; 5лечебный факультет, Санкт-Петербург, Россия

В сообщении приведены данные шестилетних наблюдений за видовой и групповой структурой Strepto-coccous spp. из клинического материала. В качестве ориентировочного метода идентификации (дифференциров-ки) использовали MALDI-TOF-масс-спектрометрию кис-лотно-травленного материала колоний с плотных питательных сред. Применили алгоритм выявления микс-культур на этапе программной идентификации полученных MALDI-масс-спектров. В выборку из 679 изолятов вошли представители следующих групп рода Streptococcus в указанном структурном соотношении: группа Mitis -42,2%; группа - Salivarius 27,7%; группа Sanguinis -

II,8%; группа Pyogenes - 10,9%; группа Anginosus — 5,8%; группа Bovis/Equinus - 1,5%; группа Mutans - 0,1%. Более половины штаммов имели масс-спектром етрические признаки присутствия дополнительной микробной культуры. Дискутируются особенности обнаруженного видового состава, возможные пути совершенствования масс-спектрометрической идентификации стрептококков.

Ключевые слова: видовая идентификация, диффе-ренцировка микробных культур, MALDI-TOF-масс-спектрометрия, стрептококки

TAXONOMIC STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS SPP. CLINICAL ISOLATES BASED ON MASS SPECTROMETRY DIFFERENTIATION

1,3Ryabinin I.A. (junior researcher, assistant of the department), 2Remneva N.P. (bacteriolo-

* Контактное лицо: Рябинин Игорь Андреевич, e-mail: lgor.Ryabinin@szgmu.ru

gist), 5Fionova T.V. (student), 4Kovyrshin S.V. (student), 2Kashuba V.M. (laboratory assistant), 2Tsvetkova G.V. (laboratory assistant), 13Vasilyeva N.V. (director of the Institute, head of the department)

North-Western State Medical University named after I.I. Mech-nikov: Vashkin Research Institute of Medical Mycology; laboratory Diagnostics Department of Mycological Clinic; department of Medical Microbiology; 4Faculty of Preventive Medicine; 5Faculty of Clinical Medicine; St. Petersburg, Russia

The report contains data from six years observations of the species and group structure of Streptococcous spp. from clinical materials. MALDI-TOF-mass spectrometry of acid-treated colony material from agarised nutrient media was used as an approximate method of identification (differentiation). We used an algorithm for identifying mix cultures at the stage of program identification of the obtained MALDI mass spectra. The investigated selection of 679 isolates included representatives of the following groups of the genus Streptococcus in the following structural ratio: group Mitis - 42.2%; group - Salivarius 27.7Уо; Sanguinis group - 11.8%; Pyogenes group - 10.9%; Anginosus group - 5.8%; Bovis/Equinus group - 1.5%; the Mutans group - 0.1%. More than half of the strains had mass-spectrometric signs of the presence of an additional microbial culture. The features of the detected species composition, possible ways of improving the mass-spectrometric identification of streptococci are discussed.

Key words: species identification, differentiation of microbial cultures, MALDI-TOF mass-speclromelry, Streptococcus spp.

ВВЕДЕНИЕ

Представители рода Streptococcus актуальны для работников клинической медицины всех специальностей, в том числе велико значение стрептококков как возбудителей инфекций JIOP-органов. Острые и хронические эпизоды бактериальных отитов, рино-синуситов, тонзиллитов в большинстве случаев ассоциированы с представителями Streptococcus spp., в частности S. pneumoniae и S. pyogenes. Даже если при хроническом тонзиллите наблюдают преобладание представителей других групп микроорганизмов (Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus), в составе биопленки в качестве ассоциантов выявляют S. pyogenes, S. agalactiae, S. pneumoniae, различные а-гемолитические стрептококки [1].

S. pneumoniae начинает колонизировать носоглотку ребенка с первых недель после рождения, в результате чего многочисленные серотипы пневмококка присутствуют даже в здоровой популяции детей и взрослых. Активации патогенности различных штаммов микроорганизма и развитию воспалительных заболеваний среднего уха, полости носа и придаточных пазух способствуют ослабление локальных и системных механизмов иммунного ответа, сопутствующие вирусные инфекции, совместная ко-

лонизация носоглотки с другими потенциальными патогенами - Н. influenzae и Moraxella catarrhalis. S. pneumoniae считают возбудителем 20-45% эпизодов бактериальных риносинуситов [2]. По данным некоторых сообщений, около 80% детей к трехлетнему возрасту имеют в анамнезе диагноз «острый средний отит», в 60-80% случаев это состояние ассоциировано с пневмококковой инфекцией [3].

В этиологии острых внебольничных бактериальных риносинуситов важная роль, наряду с пневмококком, также принадлежит ß-гемолитическому стрептококку группы А. Данные микроорганизмы входят в состав полимикробных биопленок на слизистых оболочках органов дыхания совместно с золотистым стафилококком и другими факультативными анаэробами, которые в таких комплексах способствуют переводу текущего патологического состояния в хроническое течение [4].

В связи с указанными обстоятельствами современные микробиологические лаборатории должны располагать эффективными в аналитическом и экономическом аспекте средствами идентификации стрептококков. В принципе, подавляющее большинство представителей этой группы удается сравнительно надежно дифференцировать с помощью комбинации серологических и биохимических тестов промышленного производства.

Однако в силу частой высеваемости стрептококков, условно-патогенных и сапрофитных, в исследованиях различных видов биоматериалов, массивное применение таких тестов может повлечь заметные потери материальных ресурсов и рабочего времени. Обычно такое использование лимитируют дополнительными критериями (рост монокультуры из первично-стерильного материала, преобладание однотипных «подозрительных» колоний в исследуемом образце и т.д.), но в этом случае почти нивелируются возможности изучения стрептококков в полимикробных ассоциациях без явного преобладания.

В решении проблем микробной идентификации на современном этапе для различных групп микроорганизмов эффективным оказалось внедрение MALDI-TOF-масс-спектрометрии материала микробных колоний. Хорошо известным фактом является ограниченная точность этого подхода к идентификации некоторых стрептококков, поэтому применительно к MALDI-TOF-MS (matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry) в данном случае считаем уместным не термин «идентификация», а понятие «дифференцировка». Различные авторы по-своему характеризуют причины таких ограничений. Так, указывают на факт редкого обновления баз масс-спектро-профилей (МСП) для некоторых видов. Принимая во внимание текущие изменения в таксономии бактерий, это приводит к ошибочным результатам идентификации внутри разных групп стрептококков, примером может по-

служить отнесение непневмококковых стрептококков группы Milis к виду S. pneumoniae [5]. Отмечают неравномерное комплектование баз данных, которая влияет на аналитическую точность идентификации различных видов бактерий. Например, по этой причине возникают ошибки идентификации S. canis, S. pyogenes и S. dysgalactiae из-за наличия избыточного (по сравнению с другими двумя видами) количества типовых МСП S. canis [6]. Кроме того, в MALDI-масс-спектрах стрептококков велика доля пиков, универсальных для рода в целом.

Тем не менее, несмотря на существующие ограничения, использование MALDI-TOF-MS представляется единственным по производительности подходом, позволяющим ориентировочно оценить разнообразие стрептококков в диагностическом потоке лаборатории. Данной проблемной области посвящена представляемая работа.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Исследовали посевы различных биоматериалов (мокроты, бронхоальвеолярного лаважа, мочи, раневого отделяемого, ликвора и других) на плотных питательных средах: кровяном агаре, шоколадном агаре, хромогенной питательной среде UriSelect4 (Bio-Rad, США). Материал колоний наносили на поверхность ячеек мишеней масс-спектрометра типа «МТР 384 target plate polished steel ВС», затем последовательно проводили обработку 70% муравьиной кислотой (по 1,5 мкл на ячейку) и насыщенным при 25 °С растворе 4-гидроксикоричной кислоты в стандартном растворителе (по 2 мкл на ячейку). Использовали реагенты производства «Реахим» (Россия), Bruker Daltonik и Merck (Германия). Масс-спектрометрическую съемку с подготовленных материалов и идентификацию культур проводили на MALDI-TOF-масс-спектрометре Autoflex speed TOF/TOF (Bruker Daltonik GmbH, Германия) с рабочей станцией Workstation Z400 (HP, США), встроенным программным обеспечением flcxControl v. 3.4, flex Analysis v. 3.4, MALDI Biotyper v. 3.1 и базой (библиотекой) типовых масс-спектро-профилей «Bruker Taxonomy». Исследование выполняли в «автоматическом» и «ручном» режиме, применяли программный алгоритм выявление микс-культур [7]. В работу включили данные микробных изолятов, полученных за период с 2013 по 2019 гг. Отчеты-сводки с результатами идентификации анализировали в Libre Office Cale. Рассчитывали таксономическую структуру совокупности исследованных изолятов и доли микс-культур среди штаммов отдельных видов. Для классификации изолятов использовали традиционное подразделение рода Streptococcus на группы [8] с некоторыми коррективами [9].

РЕЗУЛЬТАТЫ

При сравнении особенностей работы с представителями основных групп прокариот, подлежащих масс-спектрометрической идентификации, манипуляции с культурами стрептококков отличаются некоторыми трудностями. Большинство представителей рода Streptococcus предпочитают расти на плотных питательных средах группами плотно расположенных колоний, что затрудняет забор материала изолированных колоний. Кроме того, в силу малого размера колонии забор ее материала стерильной палочкой или петлей недостаточно эффективен. При нанесении на позицию мишени клетки часто оказываются распределенными неравномерно, фактически след от нанесения часто является следом влаги, исходящей с поверхности агара, а определить этот дефект нанесения невооруженным глазом невозможно. В качестве принципиальной альтернативы можно рассматривать субкультивирование изолятов Streptococcus spp. на обогащенных жидких питательных средах (сывороточном бульоне, сердечно-мозговом бульоне), но учитывая высокую частоту выделения стрептококков из биоматериала человека и значительную долю культур штаммов-комменсалов, представителей нормальной микробиоты, такой методический прием представляется экономически неоправданным. В качестве некоторого исключения допустимо рассматривать ß-гемолитические стрептококки, где более тщательное применение средств дифференцировки культур оправдано как для материалов от больных, так и от носителей.

Всего за период исследования выделили 679 изолятов, из них у 388 (57,1%) выявлены масс-спектрометрические признаки дополнительной культуры другого вида в образце («mix-культуры»). Благодаря анализу результатов масс-спектрометрической идентификации получили следующую классификационную структуру найденных в биоматериале Streptococcus spp. (для групп стрептококков и отдельных видов указаны доли в общей совокупности, для каждого вида приведена доля изолятов, полученных в форме mix-культур).

Группа Mitis, включающая а-гемолитических стрептококков, оказалась наиболее многочисленной (42,2%): S. australis - 0,4% (mix-культуры - 100%); ,Y. cristatus - 1,2% (mix-культуры - 75%); S. infantis -0,7% (mix-культуры - 100%); S. massiliensis - 0,1% (mix-культуры - 0%); S. mitis - 6,9% (mix-культуры -47%); ,Y. oralis - 13,4% (mix-культуры - 84%); ,Y. peroris - 1,8% (mix-культуры - 58%); «S. pneumoniae» - 13,1% (mix-культуры - 67%); S. pseu-dopneumoniae - 4,6% (mix-культуры - 90%). Большинство представителей группы лишены лэнсфил-довских антигенов, но штаммы S. mitis иногда имеют антигены О или К, а S. massiliensis - антиген G. Здесь вид S. pneumoniae обозначен в кавычках («») ввиду того обстоятельства, что MALDI-

идентификация этого вида среди других стрептококков высокой клинической значимости наименее точна [10], в наших предыдущих исследованиях доля ложноположительных результатов составила 90% [11].

Группа Salivarins составила 27,7%: S. salivarius

- 23,6% (mix-культуры — 31%; имеет антиген К, иногда дает положительные реакции с диагностикумом к антигену G) и S. vestibularis - 4,1% (mix-культуры -21%).

Группа Sanguinis - 11,8%. Представители, имеющие антиген Н: S. sanguinis - 3,4% (mix-культуры - 61 %); S. gordonii - 1,6% (mix-культуры -55%). Вид с пестрым антигенным составом капсулы

- S. parasanguinis - 6,8% (mix-культуры - 67%; штаммы дают положительные реакции с диагности-кумами к антигенам В, С, G, N).

Группа Pyogenes — (3-гемолитические стрептококки — 10,9%: S. pyogenes - 1,3% (серогруппа А; mix-культуры - 67%); S. agalactiae - 8,2% (серогруппа В; mix-культуры - 57%); S. dysgalactiae -1,3% (серогруппа С; mix-культуры - 67%); S. didel-phis - 0,1% (из «нелэнсфилдовских» стрептококков, mix-культуры - 0%).

Группа Anginosus включает стрептококков, проявляющих как (3-, так и a-гемолиз, некоторые штаммы могут быть негемолитическими, а также полиагглютинабельными при выявлении лэнсфил-довских антигенов. Доля группы в структуре — 5,8%: S. anginosus - 3,1% (mix-культуры - 67%; дает положительные реакции с диагностикумами к антигенам А, С, G, F, N или не агглютинируется); S. intermedins

- 0,6% (несет антиген N, mix-культуры - 100%); S. constellatus - 2,1% (несет антигены С, F и N, mix-культуры — 50%).

Группа Bovis/Equinns - стрептококки серо-группы D - 1,5%: S. alactolyticus - 0,1% (mix-культуры — 100%, также имеет антиген типа G); S. gallolyticus - 0,7% (mix-культуры - 40%); S. equinus -0,3% (mix-культуры - 100%); S. lutetiensis - 0,4% (mix-культуры - 67%).

Группа Mutans (0,1%) оказалась представлена единственным видом S. mutans (mix-культуры — 100%).

ОБСУЖДЕНИЕ

Согласно полученным результатам, подавляющее большинство видов стрептококков оказались в той или иной степени представлены микс-культурами, исключая только некоторые редкие виды (S. massiliensis и S. didelphis), что может быть связано с (1) наличием в их MALDI-масс-спектрах консервативных пиков, встречающихся у других микроорганизмов, а также (2) участие стрептококков в полимикробных ассоциациях в качестве возбудителей или комменсалов.

Несмотря на то обстоятельство, что подавляющее большинство представителей рода Streptococcus, возбудителей инфекций и комменсалов тела человека, открыли и описали в XIX-XX вв., в изученной выборке оказались представители видов, введенных в таксономию бактерий в XXI в. Среди них: S. didel-phis (2000), S. australis (2001), S. lutetiensis (2002), S. pseudopneumoniae (2004), S. massiliensis (2006). В ряду этих видов со сравнительно «молодой» историей изучения примечателен S. didelphis, поскольку ранее его изоляты не выделяли от человека, все они были связаны с заболеваниями виргинских опоссумов (Didelphis virginiana) [12]. По-видимому, имеющиеся в базе МСП S. didelphis имеют сходства с МСП другого вида (видов) стрептококков.

Подавляющее большинство диагностических тест-систем определения лэнсфилдовских антигенов стрептококков позволяют выявлять ограниченный набор этих молекулярных маркеров, чаще - А, В, С, D, F и G [13-17]. Как видно из особенностей представленной выборки, такой набор антигенов не позволит дифференцировать ряд обнаруживаемых стрептококков, включенных в систему Р. Лэнсфилд, и, как отмечено выше, сложности в серотипировании возникают при работе с группой Anginosus. Примечательно, что основные представители этой группы в данной работе по частоте выделения оказались в том же порядке следования (от наибольшего к наименьшему) S. anginosus —> S. constellatus —> S. intermedins, как и в крупном исследовании, включающем анализ 463 штаммов группы Anginosus [18]. Вариабельность гемолиза и пестрота антигенного состава делает Streptococcus spp. группы Anginosus (SAG) одними из наиболее сложных из микроорганизмов-оппортунистов для идентификации. Между тем потребность в их выявлении при работе с биоматериалом человека существует. Представители SAG вызывают широкий круг патологий, включая фарингит, пневмонию, плеврит, аппендицит, перитонит, па-рапроктит; абсцессы области головы, шеи, средостения, брюшной полости; инфекции мягких тканей конечностей (в том числе фигурируют при синдроме диабетической стопы), инфекции мочеполового тракта, сепсис [19].

Примечательно обнаружение в исследуемой выборке видов группы Bovis/Equinus, которая объединяет стрептококки, общие для человека и животных. Особенно такая «амбивалентность» присуща S. bovis [20]. Представители этой группы в клиническом отношении требуют внимания, поскольку могут «привносить» в геномах своих штаммов детерминанты резистентности, эволюционно сформировавшиеся у них в результате применения антибиотиков в животноводстве.

Обращает на себя внимание небольшой удельный вес в общей структуре представителей группы Pyogenes, причем доминирующим видом оказался S.

agalactiae, а не классический патогенный стрептококк S. pyogenes. Высеваемость изолятов S. pyogenes, по наблюдениям разных авторов, варьирует в широких пределах, но в целом этот показатель в настоящее время невысок, и даже применение современных марок обогащенных питательных сред принципиально не позволяет его повысить. По этой причине затруднительным становится своевременное принятие мер по профилактике аутоиммунных осложнений инфекций, вызванных пиогенным стрептококком. О механизмах данной проблемы нет единого мнения. Ряд исследователей полагает одной из основных причин длительную внутриклеточную пер-систенцию S. pyogenes путем незавершенного фагоцитоза [21]. Так или иначе, сравнительно малый сегмент штаммов S. pyogenes в общей структуре изученных стрептококков косвенно указывает на необходимость более широкого использования некульту-ральных методов диагностики инфекций, вызванных пиогенным стрептококком.

Необычной также оказалась сравнительно малая доля в выборке S. mutans — доминирующего стрептококка зубодесневого кармана. Хотя пробы из этой локализации не были представлены крупным массивом среди всего пула исследуемых материалов, в принципе, клетки S. mutans неизбежно попадают в слюну (где их содержание в норме, однако, заметно уступает S. salivarius) и впоследствии могут конта-минировать образцы мокроты. В любом случае, редкая идентификация изолятов стрептококков, таких как S. mutans, косвенно указывает на необходимость оценки диагностической эффективности существующей группы типовых масс-спектро-профилей S. mutans, а также ее дополнение новыми МСП после более тщательного отбора.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Несмотря на объективно ограниченные возможностей MALDI-TOF-масс-спектрометрии в диффе-ренцировке стрептококков, при работе с крупным диагностическим потоком выделяемых из биоматериала штаммов именно этот метод позволяет получить ориентировочное представление о разнообразии Streptococcus spp. Факторы, обусловливающими позитивный эффект данного метода, являются: (1) высокая производительность; (2) малые финансовые потери и трудозатраты при необходимости повторных исследований; (3) экономичность при условии эффективного управления лабораторией. На начальных этапах внедрения MALDI-TOF-масс-спектрометрии в работу микробиологических лаборатории и в последующие годы эксплуатации данного оснащения проблемы с идентификацией стрептококков связывали с исключительно высоким сходством MALDI-масс-спектров их культур. Однако более современные наблюдения показали, что этот феномен нельзя принимать как безусловную догму.

Его преодоление и расширение возможностей MALDI-TOF-масс-спектрометрии кроется в изменении стратегии составления типовых баз (библиотек) МСП Streptococcus spp. Действительно, многие пики в композиции MALDI-масс-спектров стрептококков повторяются у видов разной степени родства, но имеются и видоспецифичные пики и комплексы пиков. Их исчезновение может быть связано с нахождением культуры в состоянии слабой дифференциации (нечто вроде «предкового», «эмбрионального» состояния) либо с инструментальными погрешностями масс-спектрометрической съемки. Таким об-

разом, при комплектовании МСП необходимо на первом этапе собирать различные результаты измерений, на их основании создавать первичную (с!гаЛ)-базу. Далее с использованием выборки коллекционных и оригинальных штаммов, идентифицированных альтернативными методами, определять «таксономическую селективность» собранных МСП, затем — исключать МСП с низкой специфичностью и, напротив, имеющие мало сходства с N1 АЬЕМ-масс-спектрами штаммов своего вида.

ЛИТЕРАТУРА

1. Kalaiarasi R., Subramantan K.S., Vijayакитаг С., Venkataramanan R. Microbiological profile of chronic tonsillitis in the pediatric age group. Cureus. 2018; 10 (9): e3343. doi:10.7759/cureus.3343

2. Suwannawong D., Seresirikachorn K., Aeumjaturapat S., et al. Predicting bacteria causing acute bacterial rhinosinus-itis by clinical features. Braz. J. Otorhinolaryngol. 2020; 86 (3): 281-286. doi: 10.1016/j.bjorl.2018.12.002.

3. Bergenfelz ('., Hakansson A.P. Streptococcus pneumoniae otitis media pathogenesis and how it informs our understanding of vaccine strategies. Curr. Otorhinolaryngol. Rep. 2017; 5 (2): 115-124. doi:10.1007/s40136-017-0152-6

4. Brook I. Microbiology of chronic rhinosinusitis. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2016; 35 (7): 1059-68. doi: 10.1007/s 10096-016-2640-x.

5. Harju I., Lange ('., Kostrzewa M, et al. Improved differentiation of Streptococcus pneumoniae and other s. mitis group streptococci by MALDI biotyper using an improved MALDI biotyper database content and a novel result interpretation algorithm. J. Clin. Microbiol. 2017; 55 (3): 914-922. doi: 10.1128/JCM.01990-16.

6. Nybakken E.J., Oppegaard ()., Gilhuus M, et al. Identification of Streptococcus dysgalactiae using matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry; refining the database for improved identification. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2021; 99 (1): 115207. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2020.115207.

7. MALDI Biotyper 3.1 User Manual. Revision 1. - Germany, Bruker Daltonics. 2012: 212 pp.

8. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2Nd Ed. Volume 3: The Firmicutes. Ed. by D.R. Boone, D. Jones, F.A. Rainey et al. Springer Dordrecht Heidelberg London New York. 2009: 1450 pp.

9. Facklam R. What happened to the streptococci: overview of taxonomic and nomenclature changes. Clin. Microbiol. Rev. 2002; 15 (4): 613-30. doi: 10.1128/cmr.l5.4.613-630.2002.

10. MP 4.2.0114-16. 4.2. Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии: Методические рекомендации (утв. Роспотребнадзором 20.10.2016). М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии, 2017: 64 с. [MR 4.2.0114-16. 4.2. Laboratory diagnostics of community-acquired pneumonia of pneumococcal etiology: Methodical recommendations (approved by Federal Service of Consumer Rights Protection and Human Weil-Being 10.20.2016). M .: Federal Center for Hygiene and Epidemiology, 2017: 64 P. (In Russ)].

11. Рябинин И.А. MALDI-TOF-масс-спектрометрия в бактериологии и микологии: практические аспекты. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2016. Режим доступа: https://www.rosmedlib.ru/book/lMECH-0007.html [Ryabinin I.A. MALDI-TOF-mass-spectrometry in bacteriology and mycology: practical aspects. M.: GEOTAR-Media, 2016. Mode of access: https://www.rosmedlib.ru/book/lMECH-0007.html (In Russ)].

12. Rurangirwa F.R., Teitzel C.A., Cui J., et al. Streptococcus didelphis sp. nov., a streptococcus with marked catalase activity isolated from opossums (Didelphis virginiana) with suppurative dermatitis and liver fibrosis. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000; 50 (Pt 2): 759-765. doi: 10.1099/00207713-50-2-759.

13.

14. /?ft/>5.//www.i/?er»?q/z5'/?er.co»7/order/catalog/product/R30950555#/R30950555

15. ^rt^.//ww.6/o-raJ.cow/webroot/web/pdf/inserts/CDG/en/61721_880999_EN.pdf

16. https://plasmatec.со.«Matex-microbiology-tests/

17. https://www.pro-lab.comlwp-covAQiitlv¿p\o&ás,l2() 17/0l/PL030_Prolex-Streptococcal-Grouping-Latex-Kit_English.pdf

18. Jiang S., Li M., Fu Т., et al. Clinical characteristics of infections caused by Streptococcus Anginosus Group. Sci. Rep. 2020; 10: 9032. doi: 10.1038/s41598-020-65977-z.

19. Al Majid /•'., Aldrees A., Barry M., et al. Streptococcus anginosus group infections: management and outcome at a tertiary care hospital. J. Infect. Public. Health. 2020; 13 (11): 1749-1754. doi: 10.1016/j .jiph.2020.07.017.

20. Poyart С., Quesne G., Trieu-Cuot P. Taxonomic dissection of the Streptococcus bovis group by analysis of manga-nese-dependent superoxide dismutase gene (sodA) sequences: reclassification of 'Streptococcus infantarius subsp. coli' as Streptococcus lutetiensis sp. nov. and of Streptococcus bovis biotype 11.2 as Streptococcus pasteurianus sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002; 52 (Pt 4): 1247-1255. doi: 10.1099/00207713-52-4-1247.

Мальцева Г. С., Бурова JJ.А. О роли ß-гемолитических стрептококков в этиологии хронического тонзиллита. Медицинский Совет. 2014; 15: 48-51. doi: 10.21518/2079-701Х-2014-15-48-51 [Maltseva G.S., Burova L.A. The role of ß-hemolytic streptococci in the etiology of chronic tonsillitis. Meditsinskiy sovet = Medical Council. 2014; 15: 48-51. (In Russ)].

Поступила в редакцию журнала 14.05.2021 Рецензент: O.A. Шурпицкая

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.