CC BY
106
инфекционных агентов, переносимых иксодовыми клещами в г. Томске и его пригородах. Паразитология. 2009; 43(5): 374-88.
19. Roux V., Rydkina Е., Eremeeva М., Raoult D. Citrate synthase gene comparison, a new tool for phylogenetic analysis, and its application for the rickettsiae. Int. J. Syst. Bacteriol. 1997; 47(2): 252-61.
Поступила 01.08.15
REFERENCES
1. Oteo J., Portillo A. Tick-borne rickettsioses in Europe. Ticks Tick. Borne Dis. 2012; 3(5-6): 271-8.
2. Parola P., Paddock C.D., Socolovschi C., Labruna M.B., Mediannikov O., Kernif T. et al. Update on tick-borne rickettsioses around the world: a geographic approach. Clin. Microbiol. Rev. 2013; 26(4): 657-702.
3. Perlman S.J., Hunter M.S., Zchori-Fein E. The emerging diversity of Rickettsia. Proc. Biol. Sci. 2006; 273 (1598): 2097-106.
4. Walker D.H. Rickettsioses of the spotted fever group around the world. J. Dermatol. 1989; 16(3): 169-77.
5. Brouqui P., Parola P., Fournier P.E., Raoult D. Spotted fever rickettsioses in southern and eastern Europe. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2007; 49(1): 2-12.
6. Azad A.F., Beard C.B. Rickettsial pathogens and their arthropod vectors. Emerg. Infect. Dis. 1998; 4(2): 179-86.
7. Tarasevich I.V. Modern views on the Rickettsiae. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya terapiya. 2005; 7(2): 119-29. (in Russian)
8. Shpynov S.N. Ecological, Epidemiological and Molecular-genetic Aspects of the Study of Natural Foci of Rickettsioses and Ehrlichiosis in Russia: Diss. omsk; 2004. (in Russian)
9. Rudakov N.V., Shpynov S.N., Yastrebov V.K., Samoylenko I.E., Kumpan L.V., Reshetnikova T.A. et al. The main results of the development problems of rickettsioses transmitted by Ixodes tick in Russia. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika. 2012; 66(5): 29-33. (in Russian)
10. Tarasevich I.V., Makarova V.A., Fetisova N.F., Stepanov A.V., Mis-karova E.D., Balayeva N. et al. Astrakhan fever, a spotted-fever rick-ettsiosis. Lancet. 1991; 337(8734): 172-3.
11. Mediannikov O.Y., Sidelnikov Y., Ivanov L., Mokretsova E., Fournier P.E., Tarasevich I. et al. Acute tick-borne rickettsiosis caused by Rickettsia heilongjiangensis in Russian Far East. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(5): 810-7.
12. Rydkina E., Roux V., Fetisova N., Rudakov N., Gafarova M., Tarasevich I. et al. New Rickettsiae in ticks collected in territories of the former soviet union. Emerg. Infect. Dis. 1999; 5(6): 811-4.
13. Shpynov S.N., Fournier P.E., Rudakov N.V., Samoilenko I.E., Reshetnikova T.A., Yastrebov V.K. et al. Molecular identification of a collection of spotted fever group rickettsiae obtained from patients and ticks from Russia. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2006; 74(3): 440-3.
14. Eremeeva M.E., Shpynov S.N., Tokarevich N.K. Modern approaches to laboratory diagnosis of rickettsioses. Infektsiya i immunitet. 2014; 4(2): 113-4. (in Russian)
15. Scola B., Raoult D. Laboratory diagnosis of rickettsioses: current approaches to diagnosis of old and new rickettsial diseases. J. Clin. Microbiol. 1997; 35(11): 2715-27.
16. Maleev V.V. Review of European recommendations for the diagnosis of tick-borne bacterial infections. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya. 2005; 7(2): 130-53. (in Russian)
17. Rudakov N.V., Samoylenko I.E., Reshetnikova T.A. Problems of laboratory diagnostics of tick-borne spotted fever rickettsioses in Russia. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2015; 60(1): 50-2. (in Russian)
18. Chausov E.V., Ternovoy V.A., Protopopova E.V., Konovalova S.N., Kononova Yu.V., Pershikova N.L. et al. Genetic diversity of infectious agents transmitted by Ixodes tick in Tomsk and its suburbs. Parazitologiya. 2009; 43(5): 374-88. (in Russian)
19. Roux V., Rydkina E., Eremeeva M., Raoult D. Citrate synthase gene comparison, a new tool for phylogenetic analysis, and its application for the rickettsiae. Int. J. Syst. Bacteriol. 1997; 47(2): 252-61.
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2015 УДК 579.871.1.083.18
Харсеева Г. Г.1, Воронина Н. А.1, Миронов А. Ю.2, Алутина Э. Л.1
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ МЕТОДОВ ИДЕНТИФИКАЦИИ СОЙУЫЕВАСТЕМиМ ПОП ОРНТНЕШАЕ
ТБОУ ВПО «Ростовский государственный медицинский университет», 344022, г. Ростов-на-Дону; 2ФБУН МНИИЭМ им. Г. Н. Габричевского Роспотребнадзора, 125212, г. Москва
Проведен сравнительный анализ эффективности трех методов идентификации Corynebacterium non diphtheriae: бактериологического, молекулярно-генетического (секвенирование по 16S рРНК), масс-спектрометрического (MALDI-ToF MS). Исследовано 49 штаммов Corynebacterium non diphtheriae (С. pseudodiphtheriticum, С. amycolatum, C. aurimucosum, C. propinquum, C. falsenii) и 2 штамма Corynebacterium diphtheriae, выделенных при различной патологии из урогени-тального тракта и верхних дыхательных путей. Коринебактерии идентифицировали бактериологическим методом, секвенированием по 16S рРНК и масс-спектрометрометрическим методом (MALDI ToF). Полное совпадение результатов видовой идентификации отмечено у 26 (51%) штаммов C. non diphtheriaе при использовании трех методов исследования, у 43 (84,3%) - при сравнении бактериологического метода и секвенирования по 16S рРНК, у 29 (57%) -при масс-спектрометрическом исследовании и секвенировании по 16S рРНК. Бактериологический метод эффективен для идентификации C. Diphtheriaе. Для точного установления видовой принадлежности коринебактерий с вариабельными биохимическими свойствами необходимо использовать молекулярно-генетический метод исследования. Масс-спектрометрический метод (MALDI-ToFMS) требует дальнейшего пополнения баз данных для определения более широкого спектра представителей рода Corynebacterium.
К л ю ч е в ы е с л о в а: Corynebacterium non diphtheria; бактериологический метод; молекулярно-генетический метод; масс-спектрометрический метод.
Для цитирования: Клиническая лабораторная диагностика. 2015; 60(12): 43-46.
Для корреспонденции: Харсеева Галина Георгиевна, galinagh@bk.ru For correspondence: Kharseeva G.G., galinagh@bk.ru
Kharseeva G.G.1, VoroninaN.A.1, MironovA.Yu.2, AlutinaE.L.1
THE COMPARATIVE ANALYSIS OF TECHNIQUES OF IDENTIFICATION OF CORYNEBACTERIUM NON DIPHTHERIAE
1The Rostivskii state medical university, 344022 Rostov-on-Don, Russia; 2The G.N. Gabrichevskii Moscovskii research institute of epidemiology and microbiology of Rospotrebnadzor, 125212 Moscow, Russia
The comparative analysis was carried out concerning effectiveness of three techniques of identification of Corynebacterium non diphtheriae: bacteriological, molecular genetic (sequenation on 16S pRNA) andmass-spectrometric (MALDI-ToF MS). The analysis covered 49 strains of Corynebacterium non diphtheriae (C.pseudodiphheriticum, C.amycolatum, C.propinquum, C.falsenii) and 2 strains of Corynebacterium diphtheriae isolated under various pathology form urogenital tract and upper respiratory ways. The corinbacteria were identified using bacteriologic technique, .sequenation on 16SpRNA andmass-spectrometric technique (MALDI-ToF MS). The full concordance of results of species' identification was marked in 26 (51%) of strains of Corynebacterium non diphtheriae at using three analysis techniques; in 43 (84.3%) strains - at comparison of bacteriologic technique with sequenation on 16S pRNA and in 29 (57%) - at mass-spectrometric analysis and sequenation on 16S pRNA. The bacteriologic technique is effective for identification of Corynebacterium diphtheriae. The precise establishment of species belonging of corynebacteria with variable biochemical characteristics the molecular genetic technique of analysis is to be applied. The mass-spectrometric technique (MALDI-ToF MS) requires further renewal of data bases for identifying larger spectrum of representatives of genus Corynebacterium.
Keywords: Corynebacterium non diphtheriae; bacteriologic technique; molecular genetic technique; mass-spectrometric technique
Citation: KlinicheskayaLaboratornayaDiagnostika. 2015; 60 (12): 43-46. (inRuss.)
Введение. Corynebacterium non diphtheriae - недифтерийные коринебактерии (Corynebacterium pseudodiphtheriticum, Corynebacterium xerosis, Corynebacterium riegelii, Corynebacterium striatum и др.), являясь условно-патогенными микроорганизмами, колонизируют кожу и слизистые оболочки человека; некоторые их виды встречаются во внешней среде и выделяются от животных [1-3]. До недавнего времени считалось, что большинство видов коринебактерий, существующих в природе, не патогенны для человека, за исключением С. ulcerans и C. pseudotuberculosis, вызывающих дифтериеподобные заболевания. Обнаружение коринебактерий в клиническом материале объяснялось контаминаций, причем учет частоты их выделения в бактериологических лабораториях не предусмотрен. В настоящее время показано, что C. non diphtheriae выделяют от пациентов с острыми заболеваниями верхних дыхательных путей (10-15%), гнойно-септическими процессами, патологией урогени-тального тракта (61,1-70,0%), кожи и др. [3-5]. Инфекции, обусловленные C. non diphtheriae, обычно регистрируют на фоне вторичных иммунодефицитов, формирующихся у онкологических, гематологических больных, наркоманов, ВИЧ-инфицированных, пациентов с мультиорганной патологией, особенно пожилых [4-7].
Описано 88 видов коринебактерий, 67 из них имеют медицинское значение [6]. Учитывая видовое разнообразие C. non diphtheriae и широкий спектр заболеваний, при которых они выделяются, особое значение имеет правильная их идентификация, которая позволит оценить клиническую значимость и выбрать адекватные средства антибактериальной терапии. Традиционно основой идентификации C. non diphtheriae является метаболический профиль. Выявление фенотипиче-ских особенностей коринебактерий проводится культураль-ным методом на основе определения наличия или отсутствия сахаролитических ферментов и других ферментных систем [8] с использованием отечественных и зарубежных систем для идентификации. Золотым стандартом идентификации признан метод генно-инженерного анализа - секвенирование по 16S рРНК, которое является дорогостоящим и требует наличия специально подготовленного персонала [9]. В последние годы для быстрой идентификации микроорганизмов, в том числе и C. non diphtheriae, в лабораторной практике внедряется масс-спектрометрический анализ (MALDI-ToF MS), позволяющий определить специфический для каждого вида микроорганизмов масс-спектр рибосомальных белков [10].
Цель исследования - анализ эффективности трех мето-
дов идентификации C. non diphtheriae: бактериологического, молекулярно-генетического (секвенирование по 16S рРНК), масс-спектрометрического MALDI-ToF MS.
Материалы и методы. Материал для исследования - 49 штаммов C. non diphtheriae (С. pseudodiphtheriticum, С. amy-colatum, C. aurimucosum, C. propinquum, C. falsenii) и 2 штамма C. diphtheriae (C. diphtheriae gravis tox- и C. diphtheriae gravis с «молчащим» геном токсигенности (отрицательный в тесте Элека и положительный в ПЦР), выделенных из верхних дыхательных путей больных острым и хроническим тонзиллитом, острым ринитом, с поверхности кожи от больных с аллергическими заболеваниями и дерматитами, из урогени-тального тракта от пациентов с острым и хроническим пиелонефритом, острым кольпитом, а также лиц, проходивших профилактическое обследование. Штаммы C. non diphtheriae получены из бактериологических лабораторий: МБУЗ ЦГБ «Горбольница № 1» г. Гуково Ростовской области, ГБУЗ «Областная детская больница» г Ростова-на-Дону, МЛПУЗ ЦГБ № 1 им. Н. А. Семашко г. Ростова-на-Дону.
Идентификацию штаммов C. non diphtheriae проводили с помощью бактериологического метода, секвенирования по 16S рРНК, методом масс-спектрометрии MALDI-ToF MS.
Исследования бактериологическим методом осуществляли в соответствии с МР 4.2.00.20-11. «Фенотипическая идентификация бактерий рода Corynebacterium» (утвержденных главным государственным санитарным врачом РФ 21.03.2011. М., 2011. - 55 с.).
Секвенирование штаммов C. non diphtheriae по 16S рРНК проводили с использованием праймеров (TTACTAGCGATTCCGACTTCA) для коринебактерий (ЗАО «Синтол», Москва). Полученные результаты сравнивали с базами данных геномных последовательностей (рибосомная дифференциация микроорганизмов, GenBank).
Для проведения MALDI-ToF MS из подозрительных на коринебактерии колоний, выращенных на кровяно-теллуритовом и кровяном агаре, получали чистые культуры, которые наносили на мишень масс-спектрометра (MSP-чип). Полученные культуры смешивали в чашке Петри в объеме 2 мкл матрицы, представляющей собой а-циано-гидроксикоричную кислоту (HGGA, Bruker Daltonics) в 50% растворе ацетонитрила и 2,5% трифторуксусной кислоты. Смесь готовили путем добавления 1 мкл органического растворителя к 10 мг HGGA, затем смешивали на во-ртексе в течение 30 мин до полного растворения кристаллов гидроксикоричной кислоты. Далее раствор использовали в
Таблица 1
Несовпадающие результаты при идентификации СогупеЬаЫегшт поп diphtheriaе бактериологическим методом и секвенированием по 16S-pРНК
Бактериологический метод Секвенирование по ^S-рРНК Количество результатов (n = 8)
С. pseudodiphtheriticum С. aurimucosum 1
С. pseudodiphtheriticum C. propinquum 2
С. pseudodiphtheriticum C. falsenii 1
С. pseudotuberculosis С. pseudodiphtheriticum 2
С. paurometabolum С. pseudodiphtheriticum 1
С. amycolatum С. pseudodiphtheriticum 1
качестве матрицы для кристаллизации белков. В качестве стандарта калибровки использовали коммерческий препарат DH5-alpha E. coli (Bruker bacteria test standart).
Определяли коэффициент совпадения (Score Value). Результаты идентификации со значением коэффициента Score более 2 считались достоверными. Учет результатов проводили с помощью прибора Bruker Daltonics Biotyper (Германия) с использованием программного обеспечения Flex-control для идентификации штаммов рода Corynebacterium и путем сравнения со спектрами из базы данных.
Результаты и обсуждение. При видовой идентификации полное совпадение результатов, полученных тремя методами исследования (бактериологического, молекулярно-биологического, масс-спектрометрического), обнаружено у 26 (51%) штаммов C. non diphtheriae. По результатам MALDI-ToF MS индекс Score находился в пределах >2 у 24 штаммов (С. pseudodiphtheriticum, С. amycolatum), что расценивалось как безусловный положительный результат. У двух штаммов С. pseudodiphtheriticum Score колебался в пределах 1,878-1,991, что свидетельствовало о ненадежной идентификации.
При сравнении результатов, полученных бактериологическим методом исследования, с данными секвенирования по 16S рРНК (золотым стандартом) обнаружено совпадение результатов у 43 (84,3%) штаммов C. non diphtheriae (С. pseudodiphtheriticum, С. amycolatum, C. diphtheriae) (табл. 1). Несовпадающие результаты обнаружены у 8 штаммов, относящихся к видам С. pseudodiphtheriticum, С. aurimucosum, C. propinquum, C. falsenii. Четыре штамма коринебактерий, идентифицированных бактериологическим методом как С. pseudodiphtheriticum, по результатам секвенирования определены как С. aurimucosum (1 штамм), C. propinquum (2 штамма), C. falsenii (1 штамм). Четыре штамма С. pseudodiphthe-
Несовпадающие результаты при идентификации Corynebacterium методом MALDI-ToF MS и секвенированием по 16S-pРНК
MALDI-ToF MS Секвенирование по 16S-рРНК Количество результатов (n = 22)
вид Score Value
С. pseudodiphtheriticum > 2 С. aurimucosum 1
С. pseudodiphtheriticum > 2 C. propinquum 2
С. pseudodiphtheriticum > 2 С. diphtheriae 1
C. propinquum > 2 С. pseudodiphtheriticum 10
C. propinquum >2 С. diphtheriae 1
С. minutissimum 1,900-1,999 С. pseudodiphtheriticum 1
C. propinquum 1,900-1,999 С. pseudodiphtheriticum 4
C. propinquum 1,7-1,799 С. pseudodiphtheriticum 1
C. propinquum/C. falsenii > 2/1,800-1,899 C. falsenii 1
riticum, идентифицированные молекулярно-биологическим методом, при бактериологическом исследовании отнесены к видам С. pseudotuberculosis (2 штамма), C. parametabolum (1 штамм), С. amycolatum (1 штамм).
По нашим данным, несовпадение результатов бактериологического и молекулярно-генетического методов идентификации C. non diphtheriae обнаружено в 15,7% случаев. Причины ложных результатов бактериологического исследования могут заключаться в следующем. С одной стороны, некоторые из неправильно идентифицированных бактериологических видов (С. pseudotuberculosis, С. amycolatum, C. falsenii) имеют вариабельные биохимические признаки (нитратредуктазная, уреазная, пиразинамидазная активность, способность разлагать мальтозу и сахарозу). С другой стороны, метаболическая инертность некоторых видов (С. amycolatum), липофильность (почти 85% коринебакте-рий, входящих в состав нормальной микрофлоры организма человека, в разной степени липофильны) и гидрофобность C. non diphtheriae способствуют схожести их фенотипиче-ских проявлений. Все это ведет к искажению результатов бактериологического исследования.
При сравнении результатов, полученных масс-спектро-метрическим методом и секвенированием по 16S рРНК совпадение результатов обнаружено только у 29 (57,0%) штаммов C. non diphtheriae, относящихся к видам С. pseudodiphtheriticum и C. propinquum. Данные масс-спектрометрического исследования 22 штаммов C. non diphtheriae (С. pseudodiphtheriticum - 4 , C. propinquum - 17, C. minutissimum - 1) не подтверждены секвенированием по 16S рРНК (табл. 2). Большинство из них (С. pseudodiphtheriticum - 4 штамма, C. propinquum - 11 штамов) имели при MALDI-ToF MS индекс Score более двух. У 7 штаммов C. non diphtheriae (C. propinquum - 6, C. minutissimum - 1) значения индекса Score были недостаточно достоверными и колебались в пределах 1,7-1,999. У одного штамма, идентифицированного с помощью MALDI-ToF MS как C. propinquum, индекс Score для данного вида был более 2, а для С. falsenii - 1,890-1,899, причем данный микроорганизм определен секвенированием как С. falsenii.
По результатам масс-спектрометрического и моле-кулярно-генетического методов идентификации C. non diphtheriae несовпадение выявлено в 43,7% случаев. Наиболее часто (у 17 из 22 штаммов) несовпадения выявлены среди генетически близкородственных видов С. pseudodiphtheriticum и C. propinquum. Два штамма C. diphtheriae gravis (нетоксигенный и с «молчащим» геном токсигенности) по результатам MALDI-ToF MS идентифицированы как С. pseudodiphtheriticum и C. propinquum, что свидетельствует о недостаточной эффективности масс-спектрометрического исследования для идентификации близкородственных видов C. non diphtheriae и штаммов C. diphtheriae.
Выводы. 1. Для идентификации C. diphtheriae бактериологический метод эффективен. Для точного установления видовой принадлежности коринебактерий с вариабельными биохимическими свойствами необходимо использовать молекулярно-генетический метод исследования.
2. Масс-спектрометрический (MALDI-ToF MS) метод требует дальнейшего совершенствования и пополнения баз данных для определения более широкого спектра представителей рода Сorynebacterium.
ЛИТЕРАТУРА
1. Харсеева Г.Г., Воронина Н.А., Гасретова Т.Д., Ма-мычева Н.И., Голованова Н.А. Персистентные свойства Corynebacterium non diphtheriae, циркулирующих в г. Ростове-на-Дону и Ростовской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012; 3: 13-7.
Таблица 2 non diphtheriae
2. Cazanave С., Greenwood-Quaintance K.E., Hanssen A.D., Patel R. Corynebacterium prosthetic joint infection. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (5): 1518-23.
3. Coyle M.B., Lipsky В.А. Coryneform bacteria in infectious diseases: clinical and laboratory aspects. Clin. Microbiol. Rev. 1990; 3 (3): 227-46.
4. Knox K., Nolmes А. Nosocomial endocarditis caused by Coryne-bacterium amycolatum and other non diphtheriae corynebacterium. Emerg. Infect. Dis. 2002; 8 (1): 97-9.
5. Reddy B.S., Chaudhury А., Kalawat U., Jayaprada R., Reddy G., Ramana B.V. Isolation, speciation, and antibiogram of clinically relevant non-diphtherial Corynebacteria (Diphtheroids). Indian J. Med. Microbiol. 2012; 30 (1): 52-7.
6. Bernard K.A. The genus corynebacterium and other medically relevant coryneform-like bacteria. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (10): 3152-8.
7. Dorella F.A., Pacheco L.G., Oliveira S.C., Miyoshi A., Azevedo V. Corynebacterium pseudotuberculosis: microbiology, biochemical properties, pathogenesis and molecular studies of virulence. Vet. Res. 2006; 37 (2): 201-18.
8. Харсеева Г.Г., ред. Дифтерия: микробиологические и иммунологические аспекты. М.: Практическая медицина; 2014.
9. Venezia J., Cassiday Р.К., Marani R.P., Shen Z., Buckley E.M., Peters Y. et al. Characterization of Corynebacterium species in macaques. J. Med.. Microbiol. 2012; 61 (Pt. 10): 1401-8.
10. Alatoom A.A., Cazanave C.J., Cunningham S.A., Inde S.M., Patel R. Identification of non-diphtheriae corynebacterium by use of matrixassisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. J. Clin. Microbiol. 2012; 50(1): 160-3.
Поступила 01.08.15
REFERENCES
1. Kharseeva G.G., Voronina N.A., Gasretova T.D., Mamycheva N.I., Golovanova N.A. Persistent properties of Corynebacterium non diph-
theriae circulated in Rostov-on-Don and Rostov region. Zhurnal mikro-biologii, epidemiologii i immunobiologii. 2012; 3: 13-7. (in Russian)
2. Cazanave С., Greenwood-Quaintance K.E., Hanssen A.D., Patel R. Corynebacterium prosthetic joint infection. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (5): 1518-23.
3. Coyle M.B., Lipsky В.А. Coryneform bacteria in infectious diseases: clinical and laboratory aspects. Clin. Microbiol. Rev. 1990; 3 (3): 227-46.
4. Knox K., Nolmes A. Nosocomial endocarditis caused by Coryne-bacterium amycolatum and other non diphtheriae corynebacterium. Emerg. Infect. Dis. 2002; 8 (1): 97-9.
5. Reddy B.S., Chaudhury A., Kalawat U., Jayaprada R., Reddy G., Ramana B.V. Isolation, speciation, and antibiogram of clinically relevant non-diphtherial Corynebacteria (Diphtheroids). Indian J. Med. Microbiol. 2012; 30 (1): 52-7.
6. Bernard K.A. The genus corynebacterium and other medically relevant coryneform-like bacteria. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (10): 3152-8.
7. Dorella F.A., Pacheco L.G., Oliveira S.C., Miyoshi A., Azevedo V. Corynebacterium pseudotuberculosis: microbiology, biochemical properties, pathogenesis and molecular studies of virulence. Vet. Res. 2006; 37 (2): 201-18.
8. Kharseeva G.G., ed. Diphtheriae: Microbiological and Immunological Aspects [Difteriya: mikrobiologicheskie i immunolog-icheskie aspekty]. Moscow: Prakticheskaya meditsina; 2014. (in Russian)
9. Venezia J., Cassiday Р.К., Marani R.P., Shen Z., Buckley E.M., Peters Y. et al. Characterization of Corynebacterium species in macaques. J. Med Microbiol. 2012; 61 (Pt. 10): 1401-8.
10. Alatoom A.A., Cazanave C.J., Cunningham S.A., Inde S.M., Patel R. Identification of non-diphtheriae corynebacterium by use of matrixassisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. J. Clin. Microbiol. 2012; 50(1): 160-3.
Received 01.08.15
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2015 УДК 616-008.87-073:543.42.062
Платонова А.Г., Осипов Г.А., Бойко Н.Б., Кириллова Н.В., Родионов Г.Г.
ХРОМАТО-МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ МИКРОБНЫХ ЖИРНЫХ КИСЛОТ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЯХ ЧЕЛОВЕКА И ИХ КЛИНИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ
ООО «МедБазис», 199034, г. Санкт-Петербург; Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия, 197376, г. Санкт-Петербург; Академическая группа акад. РАМН Ю.Ф. Исакова (при НЦ ССХ им. А.Н. Бакулева); Детская городская клиническая больница № 13 им. Н.Ф. Филатова, 123001, г. Москва; ФГБУ Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины им. А.М. Никифорова, 194044, г. Санкт-Петербург
Метод масс-спектрометрии микробных маркеров (МСММ) известен 20 лет. Он описан в ряде научных публикаций, диссертациях и методической литературе, прошел регистрацию в Росздравнадзоре и разрешен к применению в качестве новой медицинской технологии в медицинских учреждениях на территории Российской Федерации ("Оценка микроэкологического статуса человека методом хромато-масс-спектрометрии", разрешение ФС № 2010/038 от 24.02.10). Метод МСММ только начал формироваться как инструмент клинического рутинного анализа и мониторинга микроэкологического статуса, инфекции и дисбиозов в клинической и амбулаторной практике. Описание технологии МСММ в таком аспекте требует иного, чем было сделано ранее, подхода к введению клинических лаборантов и врачей в метод. Подробно дается обоснование видовой специфичности состава жирных кислот и (жирных) альдегидов клеточной стенки микроорганизмов как основы их видовой дифференциации в чистой культуре. Объясняется выбор молекулярных маркеров для их детектирования в крови и другом клиническом материале с целью дальнейшей реконструкции состава микробного сообщества (микроэкологии) человека по крови или расчет состава микст-инфекции в органах по материалу из очага воспаления - моче, ликвору, мокроте, экссудату, дренажу и аналогичным пробам, содержащим химическую информацию о микробах.
Ключевые слова: микроэкологический статус; метод масс-спектрометрии микробных маркеров; метод газовой хроматографии - масс-спектрометрии; дисбиозы; гидроксикислоты липополисахарида; плаз-малоген.
Для цитирования: Клиническая лабораторная диагностика. 2015; 60 (12): 46-55. Для корреспонденции: Платонова Анна Геннадьевна, aznva@mail.ru For correspondence: PlatonovaA.G., aznva@mail.ru
