CC BY
15
Нургалиева АХ, и др. Роль молекулярно-генетических изменений ... Nurgalieva AKh, et al. The role of molecular genetic changes in the ...
DOI: 10.18413/2658-6533-2023-9-1-0-3
УДК 575.113:616-006.6
Роль молекулярно-генетических изменений
структуры гена CDH1 в развитии рака желудка у пациентов из Республики Башкортостан
А.Х. Нургалиева1 ©, Л.Ф. Галлямова1 ©, Р.Р. Валиев1 ©, С.Г. Петрова1 ©, М.А. Джаубермезов1'2 ©, Д.С. Прокофьева1 ©, Н.В. Екомасова1'2 ©, P.P. Рахимов3 , Д.Д. Сакаева4 , Ш.М. Хуснутдинов3 4 , Э.К. Хуснутдинова1'2'4 ©
1 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Уфимский университет науки и технологий», ул. Заки Валиди, д. 32, г. Уфа, 450076, Российская Федерация 2 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, пр-т. Октября, д. 71, г. Уфа, 450054, Российская Федерация 3 Государственное автономное учреждение здравоохранения Республиканский клинический
онкологический диспансер, пр-т Октября, д. 73/1, г. Уфа, 450054, Российская Федерация 4 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Башкирский государственный медицинский университет», ул. Ленина, д. 3, г. Уфа, 450008, Российская Федерация Автор для переписки: А.Х. Нургалиева (alfiyakh83@gmail.com)
Актуальность: Рак желудка (РЖ) является одним из тяжелейших заболеваний, занимающего лидирующие позиции среди причин смерти от злокачественных новообразований в мире. В Республике Башкортостан (РБ) также зарегистрированы высокие показатели заболеваемости и смертности по злокачественным новообразованиям желудка. К одному из основных генов, обуславливающих высокий риск предрасположенности к данной патологии, относится ген СБИ1. Цель исследования: Поиск изменений последовательности нуклеотидов в гене СБИ1 у больных раком желудка из Республики Башкортостан. Материалы и методы: Материалом для исследования послужили образцы ДНК больных РЖ и здоровых доноров, проживающих в РБ. Геномную ДНК выделяли из лимфоцитов периферической крови методом фенольно-хлороформной экстракции. Амплификацию проводили с использованием специфичных прай-меров, фланкирующих изучаемый экзон. Исследование экзонов на наличие изменений нук-леотидной последовательности проводили методами SSCP и НЯМ. Для верификации молекулярно-генетических изменений использовали метод секвенирования по Сэнгеру. Результаты: В 11-ом экзоне гена СБИ1 выявлен генетический вариант ге35741240 (c.1680G>C, р.ТЫ"560=). Среди больных выявлено 4 пациента - носителя аллеля С в гетерозиготном состоянии (1,33%), частота встречаемости генотипа GC среди здоровых лиц составила 0,67% (2 человека).
Резюме
В 12-ом экзоне гена CDH1 также обнаружен редкий полиморфный локус rs33969373 (c.1896C>T, p.His571=). Вариант выявлен также в гетерозиготном состоянии, частота генотипа СТ в группе больных составила 1,00% (3 человека), среди контроля - 0,33% (1 человек). В 14 экзоне гена CDH1 выявлен синонимичный полиморфный локус rs33964119 (c.2253C>T, p.Asn751=). Показано, что данный вариант в гетерозиготном состоянии встречается у 24 пациентов (8,00%), а среди здоровых лиц частота генотипа CT составила 5,33% (16 человек). Статистически значимых различий в распределении частот аллелей и генотипов выявленных локусов между группами больных и контроля не выявлено (p>0,05). Заключение: Нами обнаружены ранее известные синонимичные изменения нуклеотидной последовательности в экзо-нах 11, 12 и 14 гена CDH1 (rs35741240, rs33969373, rs33964119, соответственно). Ни одно из выявленных изменений не является патогенным.
Ключевые слова: рак желудка; ген CDH1; генетический вариант; поиск изменений нуклео-тидной последовательности; секвенирование
Для цитирования: Нургалиева АХ, Галлямова ЛФ, Валиев РР, и др. Роль молекулярно-гене-тических изменений структуры гена CDH1 в развитии рака желудка у пациентов из Республики Башкортостан. Научные результаты биомедицинских исследований. 2023;9(1): 39-52. DOI: 10.18413/2658-6533-2023-9-1-0-3
The role of molecular genetic changes in the structure of the CDH1 gene in the development of gastric cancer in patients from the Republic of Bashkortostan
Alfiya Kh. Nurgalieva1 , Liliya F. Gallyamova1 , Ruslan R. Valiev1 , Sabina G. Petrova1 , Murat A. Dzhaubermezov1'2 , Darya S. Prokofieva1 , Natalia V. Ekomasova12 , Radmir R. Rakhimov3 , Dina D. Sakaeva4 , Shamil M. Khusnutdinov3 4 , Elza K. Khusnutdinova12 4
1 Ufa University of Science and Technology, 32 Zaki Validi St., Ufa, 450076, Russia 2 Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Scientific Center, RAS, 71 Oktyabrya Ave., Ufa, 450054, Russia 3 Republican Clinical Oncology Dispensary, 73/1 Oktyabrya Ave., Ufa, 450054, Russia 4 Bashkir State Medical University, 3 Lenin St., Ufa, 450008, Russia Corresponding author: Alfiya Kh. Nurgalieva (alfiyakh83@gmail.com)
Abstract
Background: Gastric cancer (GC) is one of the most serious diseases, occupying a leading position among the causes of death from malignant neoplasms in the world. The Republic of Bashkortostan (RB) also has high rates of morbidity and mortality due to malignant neoplasms of the stomach. One of the main genes that determine a high risk of predisposition to this pathology is the CDH1 gene.
The aim of the study: Search for changes in the nucleotide sequence in the CDH1 gene in patients with gastric cancer from the Republic of Bashkortostan. Materials and methods: The material for the study was DNA samples of gastric cancer patients and healthy donors living in the RB. Genomic DNA was isolated from peripheral blood lymphocytes by phenol-chloroform extraction. Amplification was performed using specific primers flanking the studied exon. The study of exons for the presence of changes in the nucleotide sequence was carried out using the SSCP and HRM methods. To verify molecular genetic changes, the Sanger sequencing method was used. Results: The genetic variant rs35741240 (c.1680G>C, p.Thr560=) was found in the 11th exon of the CDH1 gene. Four patients (1.33%) were found to be heterozygous C allele carriers among patients; the incidence of GC genotype among healthy individuals was 0.67% (2 patients). A rare polymorphic locus rs33969373 (c.1896C>T, p.His571=) was also found in the 12th exon of the CDH1 gene. The variant was also detected in the heterozygous state, the frequency of the CT genotype in the group of patients was 1.00% (3 patients), among the control - 0.33% (1 patients). In exon 14 of the CDH1 gene, a synonymous polymorphic locus rs33964119 (c.2253C>T, p.Asn751=) was found. It was shown that this variant in the heterozygous state occurs in 24 patients (8.00%), and among healthy individuals the frequency of the CT genotype was 5.33% (16 patients). Pairwise comparison of the frequencies of alleles and genotypes of the identified loci between the groups of patients and controls revealed no statistically significant differences (p>0.05). Conclusion: As a result of the study, we found previously known changes in the nucleotide sequence in exons 11, 12 and 14 of the CDH1 gene (rs35741240, rs33969373 and rs33964119). None of the identified changes is pathogenic. Keywords: gastric cancer; CDH1 gene; genetic variant; search for changes in nucleotide sequence; sequencing
For citation: Nurgalieva AKh, Gallyamova LF, Valiev RR, et al. The role of molecular genetic changes in the structure of the CDH1 gene in the development of gastric cancer in patients from the Republic of Bashkortostan. Research Results in Biomedicine. 2023;9(1):39-52. Russian. DOI: 10.18413/2658-6533-2023-9-1-0-3
Введение. Злокачественные новообразования - это одна из опаснейшей угроз для здоровья и жизни людей во всем мире. Поиск причин возникновения рака, новых способов его профилактики, ранней диагностики и терапии является приоритетной задачей для современного общества.
Рак желудка (РЖ) - тяжелое онкологическое заболевание. Распространенность злокачественных новообразований желудка в России в 2020 г. составила 94,8 случаев на 100000 населения. Летальность больных в течение года с момента установления диагноза «рак желудка» составила 44,5% и заняла 3 место в структуре онкозаболеваний. Согласно эпидемиологическим исследованиям, в Республике Башкортостан (РБ) также регистрируются высокие показатели по заболеваемости и смертности от РЖ [1]. Пятилетняя выживаемость
для пациентов с РЖ при диагностировании заболевания на 3-4 стадиях составляет не более 50% [2].
Известны ряд генов, таких как СБИ1, ЫЬИ1,ЫШ2, $,ТК11, РТ53, наследуемые патогенные варианты которых с высокой долью вероятности (1-70%) могут приводить к развитию опухолей желудка у их носителей. При этом показано, что именно мутации в гене СБИ1 ассоциированы с самым высоким риском развития собственно наследственного диффузного рака желудка (НОвС), характеризующегося развитием диффузного перстневидно-клеточного рака желудка в раннем возрасте [3, 4]. Ген СБИ1 кодирует Е-кадгерин, трансмембранный гликопротеин типа I, обеспечивающий межклеточную адгезию в эпителиальных тканях млекопитающих. Патогенные варианты гена Е-кадгерин часто способствует нарушению
межклеточной адгезии, увеличению миграционного и инвазивного потенциала эпителиальных клеток, наблюдаемых при характерных опухолях желудка [5].
Впервые мутации в гене CDH1 были выявлены в соматических клетках при РЖ диффузного типа, но при этом не были обнаружены при опухолях желудка интести-нального типа. Показано, что мутации зародышевой линии CDH1 присутствуют у 25% пациентов с HDGC и наследуются по ауто-сомно-доминантному типу. Соматические мутации CDH1 могут быть у 50% пациентов со спорадической диффузной карциномой желудка (SDGC), а эпигенетическая инактивация гена CDH1 обнаруживается при разных типах опухолей [6-9].
В России 2020 году опубликованы результаты исследования таргетного секвени-рования ряда генов в образцах ДНК опухоли желудка. Ученые установили положительную взаимосвязь соматических мутаций гена CDH1 с отдаленными метастазами и перстневидно-клеточным РЖ. Кроме того, была описана связь патогенных вариантов данного гена с диффузным типом опухоли желудка [10].
Однако среди различных типов опухолей РЖ выявлены противоречивые результаты. Данные, полученные учеными из Кореи, показывают, что отсутствует достоверная связь между герминальной мутацией р^832М гена CDH1 и гистологическим типом новообразования желудка [11]. Исследование, проведенное в Испании, показало значимую ассоциацию высокого уровня экспрессии гена CDH1 и интести-нального типа РЖ [12].
Рак желудка, как и другие онкологические заболевания, характеризуется по-пуляционно-генетической гетерогенностью. Для понимания вклада гена CDH1 в формировании наследственной предрасположенности к раку желудка важным и актуальным представляется анализ нук-леотидной структуры данного гена в выборках различных этнических групп. Выявление специфических герминальных генетических вариантов позволит понять
важность использования их для превентивной диагностики РЖ.
Цель исследования. Поиск изменений последовательности нуклеотидов гена CDH1 у пациентов с раком желудка из Республики Башкортостан.
Материал и методы исследования. В качестве материала для исследования использованы образцы ДНК больных РЖ и здоровых доноров в возрасте от 30 до 80 лет, жителей РБ. Выборка больных состояла из 300 человек с установленным клинически диагнозом «рак желудка», находящихся на лечении в ГАУЗ «Республиканский клинический онкологический диспансер» г. Уфа. Диагноз поставлен на основании данных клинического и гистологического обследования. Распределение согласно этнической принадлежности среди пациентов с РЖ было следующим: 130 русских, 141 татар, 29 башкир. Контрольная группа состояла из 300 респондентов без признаков заболеваний желудочно-кишечного тракта, соответствующие по распределению этнической принадлежности (143 русских, 129 татар, 28 башкир) группе больных. Распределение респондентов по полу было следующим: среди больных - 163 мужчины и 137 женщин, среди контроля -150 мужчин и 150 женщин. В зависимости от гистологического описания, степени дифференцировки опухоли, пациенты с РЖ были разделены по подгруппам: высоко- и умереннодифференцированный РЖ (137 пациентов), низкодифференцированный и недифференцированный РЖ (163 пациента).
Испытуемые заполнили анкеты, включающие данные об этнической принадлежности, год рождения, статус курения, тип питания, наличие у близких родственников отягощенности по РЖ или другим онкологическим заболеваниям.
ДНК была выделена из лимфоцитов периферической крови методом фенольно-хлороформной экстракции, полимеразная цепная реакция синтеза ДНК проводилась на приборе «GeneAmp PCR System 2720»
(«Applied Biosystems», США). Каждый эк-зон амплифицировали с помощью специфичных праймеров, описанных ранее Valente A.L. с соавт [13]. Скрининг на наличие изменений последовательности нуклео-тидов в гене CDH1 в исследуемых образцах проводили методами SSCP-анализа (SSCP -single strand conformation polymorphism) и HRM-анализа (High resolution melting analysis) на приборе CFX96 Touch™ RealTime PCR Detection System (США) с использованием красителя Eva Green (Biotium Inc, Hayward, CA). Верификацию выявленных изменений подвижности однонитевой ДНК и/или температуры плавления выпол-
няли с помощью секвенирования по Сэн-геру на автоматическом секвенаторе Genetic Analyzer 3500 App^d Biosystеms (США). Полученные хроматограммы анализировали с использованием программного обеспечения SnapGene Viewer.
Анализ частоты встречаемости генетических вариантов в контрольной группе проводили методом аллель-специфичной ПЦР. Список исследованных локусов и последовательности специфичных олигонук-леотидных праймеров представлены в таблице 1 (Табл. 1). ПЦР-продукты разделяли с помощью электрофореза в 7% полиакри-ламидном геле.
Таблица 1
Последовательности праймеров для аллель-специфичной ПЦР исследованных генетических вариантов
Table 1
Primer sequences for alle e-specific PCR of the studied genetic variants
Генетический вариант Последовательность праймера
rs35741240 F1:5'GCACGTGAAGAACAGCACG3'
F2:5'GCACGTGAAGAACAGCACC3'
R:5' GAACTAGCTAGGAGGTCGAG3'
rs33969373 F1:5'CACAGCAGAACTAACACACG3'
F2:5' CACAGCAGAACTAACACATG3'
R:5' GAAGGGAAGCATGGCAGTTGG3'
rs33964119 F1:5'GATGACACCCGGGACAACG3'
F2:5'GATGACACCCGGGACAATG3'
R:5' CTTACTAATCATTGCTTCTTCC3'
Статистическую обработку результатов исследования выполняли с использованием MS Office Excel. При сравнении частот аллелей и генотипов между разными группами применяли критерий х2 для таблиц сопряженности 2 х 2 с поправкой Йейтса.
Результаты и их обсуждение. Ген
CDH1 является основным геном-кандидатом РЖ. Изучение генетических вариантов данного гена в различных популяциях является актуальной задачей. Проведенный нами поиск различий нуклеотидной последовательности в данном гене выявил у больных РЖ и здоровых индивидов из Республики Башкортостан варианты в 11-ом, 12-ом и 14-ом экзонах.
HRM-анализ образцов ДНК больных РЖ 11-го и 12-го экзонов гена CDH1 вы-
явил по 4 и 3 образца, соответственно, с различиями в температуре плавления, в 14-ом экзоне изменения были найдены у 25 пациентов. Плавление и SSCP-анализ образцов в остальных экзонах не показало каких-либо видимых отличий в уровнях флуоресценции и/или изменении подвижности однони-тевой ДНК. Последующий анализ секвени-рования по Сэнгеру образцов с измененным профилем плавления в 11-ом, 12-ом и 14-ом экзонах гена исследованного гена подтвердил наличие изменений в нуклеотидной последовательности описываемых кодирующих областей.
При исследовании экзона 11 гена CDH1 у четырех пациентов обнаружен редкий синонимичный полиморфный локус ^35741240 (c.1680G>C; р.ТЫ"560=) (Рис. 1).
G cacîsItacaca gcacgtacaca
Рис. 1. Фрагмент хроматограммы экзона 11 гена CDH1. а) образец с генотипом GC;
б) образец c генотипом GG. Fig. 1. Fragment of chromatogram of exon 11of the CDH1 gene. a) a sample with genotype GC;
b) a sample with genotype GG.
Среди больных РЖ носителями ал-леля С в гетерозиготном состоянии варианта c.1680G>C являлись 4 человека С (1,33%), два их них русской этнической принадлежности и два татарской. По данным гистологического исследования два пациента характеризовались перстневидно-клеточным РЖ, один - низкодифференци-рованной аденокарциномой и еще один -умереннодифференцированным плоскоклеточным раком. Данный полиморфный локус ранее был описан рядом исследователей. В 2017 году опубликованы результаты работы, проведенной учеными из Новой Зеландии, которые провели анализ нуклео-тидной последовательности гена СБИ1 у 94 пациентов с РЖ и 200 здоровых доноров из числа населения Маори, выявили полиморфный локус ге35741240. Два представителя контрольной группы являлись носителями гетерозиготного по данному изменению генотипа GC, при этом носителей альтернативного аллеля С среди больных РЖ выявлено не было [14]. Bustos-Carpinteyro А.К с коллегами в 2019 году при поиске соматических мутаций в гене СБИ1 у пациентов с диффузным и смешанным спорадиче-
ским РЖ из Мексики обнаружили и подтвердили 13 соматических генетических вариантов. Среди прочих изменений авторы выявили у пациента с диффузным РЖ полиморфный локус ге35741240, также отметив, что он не является патогенным, поскольку не приводит к замене кодируемой аминокислоты [15].
Нами было также проведено геноти-пирование выявленного изменения в группе здоровых доноров и выявлены 2 человека (0,67%) с генотипом GC полиморфного локуса ге35741240.
При исследовании нуклеотидной последовательности 12-го экзона гена СБИ1 также обнаружен редко встречающийся ранее известный синонимичный полиморфный локус ге33969373 (с.1896С>Т; р.Ш571=) (Рис. 2).
Частота гетерозиготного генотипа СТ полиморфного локуса ге33969373 в группе больных составила 1,00%, встретившись у 3 человек: одного русского и двух татар. Гистологическое исследование показало у двух больных умеренно дифференцированный рак желудка, у одного - низкодиффе-ренцированную аденокарциному.
А С А С A Y 6 G 6 G С
ACACACG G G G С
a)
6)
190
200
Рис. 2. Фрагмент хроматограммы экзона 12 гена CDH1. а) образец с генотипом CT;
б) образец c генотипом CC. Fig. 2. Chromatogram fragment of exon 12 of the CDH1 gene. a) a sample with genotype CT;
b) a sample with genotype CC.
В работе 2010 года у больных с наследственным диффузным РЖ из Польши описаны несколько «молчащих» мутаций, среди которых у 56 индивидов выявлен часто встречающийся генетический вариант с.2076Т>С и у двух человек - редкие полиморфные локусы, с.2253С>Т, с.1896С>Т, с.2634С>Т [16]. Описание данного локуса также имеется в упомянутой ранее работе Наккааг! С., где показано, что ге33969373 встречается у одного пациента с РЖ у двух здоровых доноров Новой Зелад-нии [14]. Ученые из Бразилии в 2019 году опубликовали данные о наличии данной од-нонуклеотидной замены с. 1896 ОТ
у больных РЖ, классифицируя ее как полиморфный вариант. В данной работе среди зародышевых изменений гена СБИ1 у пациентов с РЖ также не было обнаружено патогенных вариантов [17].
Анализ оценки частоты встречаемости данного локуса среди индивидов контрольной группы нашего исследования выявил 1 человека с гетерозиготным по ло-кусу ^33969373 генотипом СТ (0,33%).
В 14 экзоне гена СБИ1 у 24 пациентов нами был выявлен синонимичный полиморфный локус ге33964119 (с.2253С>Т; р^п751=) (Рис. 3).
а)
AAYGT Т ТА G ACAACGTTTA
Щ» АМ\далА
но
110
Рис. 3. Фрагмент хроматограммы экзона 14 гена CDH1. а) образец с генотипом CT;
б) образец c генотипом CC. Fig. 1. Chromatogram fragment of exon 14 of the CDH1 gene. a) a sample with genotype CT;
b) a sample with genotype CC.
Данный вариант встречается у 24 пациентов (8,00%) - девять представителей русской этнической принадлежности, десять та-
тар, пять башкир. Согласно гистологическому анализу двенадцать пациентов имели низкодифференцированную аденокарци-
ному, четыре - умеренно дифференцированную, два - высокодифференцированную аде-нокарциному, у двух человек диагностирован перстневидно-клеточный РЖ, также были выявлены больные с недифференцированным аденогенным РЖ, плоскоклеточным РЖ, нейроэндокринной опухолью желудка, тубуло-папиллярной аденомой с переходом в рак в поверхностных отделах.
Ранее полиморфный локус ге33964119 (с.2253С>Т) был описан исследователями из Тайваня, которые при анализе гена CDH1 у населения острова со спорадическим диффузным и интестинальным типами РЖ выявили ряд генетических вариантов с отсутствием значимого функционального эффекта, среди которых был 2253С>Т [18]. Позже гетерозиготный генотип СТ по данному локусу был выявлен в Мексике у трех больных (15%) с диффузным типом РЖ и у одного больного со спорадическим типом болезни. Исследователи также отмечают, что несмотря на локализацию варианта ге33964119 в кодирующей
области, синонимичный характер замены не предполагает патогенного эффекта [15]. В 2019 году опубликованы данные об обнаружении однонуклеотидной замены с.2253С>Т у четырех пациентов с диффузным типом ых РЖ из Чили, где регистрируются одни из самых высоких в мире показатели по заболеваемости и смертности от данной онкопатологии [19].
Проведенная оценка частот встречаемости замены ^33964119 (с.2253 С>Т) гена CDH1 с помощью аллель-специфичной ПЦР в группе здоровых доноров показала, что данный вариант встречается у 16 человек (5,33%).
По всем трем выявленным полиморфным локусам ге35741240, ге33969373, ге33964119 гена CDH1 нами было проведено сравнение распределения частот аллелей и генотипов между выборками пациентов с РЖ и контроля (Табл. 2). В результате не было выявлено статистически значимых различий между сравниваемыми группами (Р>0,05).
Таблица 2 (начало)
Распределение частот аллелей и генотипов полиморфных локусов rs35741240, rs33969373, rs33964119 гена CDH1 у пациентов с раком желудка и здоровых индивидов
Beginning of Table 2
Frequency distribution of alleles and genotypes of polymorphic loci rs35741240, rs33969373, rs33964119 of the CDH1 gene in patients with gastric cancer and healthy individuals
Генотип, аллель Больные РЖ Контроль
G/G ni 296 298
p,±sp (CI %) 98,67±0,66 (96,62-99,64) 99,33±0,47 (97,61-99,92)
X2 (P) 0,17 (0,68)
G/C ni 4 2
Pi±sp (CI %) 1,33±0,66 (0,36-3,38) 0,67±0,47 (0,08-2,39)
о X2 (P) 0,17 (0,68)
<N C/C ni 0 0
Pi±sp (CI %) 0 0
m сл X2 (P) -
G ni 596 598
Pi±sp (CI %) 99,33±0,33 (98,3-99,82) 99,67±0,23 (98,8-99,96)
X2 (P) 0,17 (0,68)
C ni 4 2
Pi±sp (CI %) 0,67±0,33 (0,18-1,7) 0,33±0,23 (0,04-1,2)
X2 (P) 0,17 (0,68)
C/C ni 297 299
m Pi±sp (CI %) 99,00±0,57 (97,11-99,79) 99,67±0,33 (98,16-99,99)
X2 (P) 0,25 (0,62)
m C/T ni 3 1
m сл Pi±sp (CI %) 1,00±0,57 (0,21-2,89) 0,33±0,33 (0,01-1,84)
X2 (P) 0,25 (0,62)
Таблица 2 (окончание) Распределение частот аллелей и генотипов полиморфных локусов rs35741240, rs33969373, rs33964119 гена CDH1 у пациентов с раком желудка и здоровых индивидов
End of Table 2
Frequency distribution of alleles and genotypes of polymorphic loci rs35741240, rs33969373, rs33964119 of the CDH1 gene in patients with gastric cancer and healthy individuals
Генотип,аллель Больные РЖ Контроль
T/T ni 0 0
Pi±sp (CI %) 0 0
X2 (P) -
C ni 597 599
Pi±sp (CI %) 99,50±0,29 (98,55-99,9) 99,83± 0,17 (99,07-100)
X2 (P) 0,25 (0,62)
T ni 3 1
Pi±sp (CI %) 0,50±0,29 (0,1- 1,45) 0,17±0,17 (0-0,93)
X2 (P) 0,25 (0,62)
C/C ni 276 284
Pi±sp (CI %) 92,00±1,57 (88,33-94,81) 94,67± 1,3 (91,48-96,92)
X2 (P) 1,31 (0,25)
C/T ni 24 16
Pi±sp (CI %) 8,00±1,57 (5,19-11,67) 5,33±1,3 (3,08- 8,52)
OS X2 (P) 1,31 (0,25)
T/T ni 0 0
Pi±sp (CI %) 0 0
m СЛ X2 (P) -
C ni 576 584
Pi±Sp (CI %) 96,00±0,8 (94,11-97,42) 97,33± 0,66 (95,71-98,47)
X2 (P) 1,27 (0,26)
T ni 24 16
Pi±Sp (CI %) 4,00±0,8 (2,58- 5,89) 2,67±0,66 (1,53-4,29)
X2 (P) 1,27 (0,26)
Заключение. Данное исследование было направлено на поиск изменений нуклеотидной структуры гена CDH1 с целью выявления функционально-значимых генетических маркеров, ассоциированных с раком желудка у жителей Республики Башкортостан. Выявлены три полиморфных локуса ге35741240 в экзоне 11, ге33969373 в экзоне 12 и ге33964119 в экзоне 14. Все обнаруженные нами генетические варианты являются доброкачественными, не приводящими к изменению аминокислоты в последовательности кодируемого белка, и ранее были установлены у пациентов с раком желудка и здоровых индивидов из других стран. Данные однонуклеотидные варианты,
вероятно, не играют ключевую роль в развитии заболевания у исследованных индивидов.
Информация о финансировании
Исследование выполнено при поддержке «Государственное задание Министерства науки и высшего образования РФ №075-032021-193/5». Financial support
The study was supported by the State Task of the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation No. 075-03-2021193/5.
Конфликт интересов
Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Conflict of interests
The authors have no conflict of interest to declare.
Соблюдение прав пациентов и правил биоэтики
Исследование одобрено биоэтическим комитетом ФГБНУ обособленного структурного подразделения Института биохимии и генетики Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук. Все пациенты и здоровые доноры подписали информированное добровольное согласие на участие в исследовании в соответствии с Хельсинкской декларацией Всемирной медицинской ассоциации «Этические принципы проведения медицинских исследований с участием человека в качестве субъекта».
Compliance with the rights of patients and the rules of bioethics
The study was approved by the Bioethics Committee of the FGBNU, a separate structural subdivision of the Institute of Biochemistry and Genetics of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences. All patients and healthy donors signed an informed voluntary consent to participate in the study in accordance with the Declaration of Helsinki of the World Medical Association "Ethical principles for conducting medical research involving a human as a subject".
Список литературы
1. Каприна АД, Старинского ВВ, Шахзадовой АО, редакторы. Состояние онкологической помощи населению России в 2020 году. М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России; 2022.
2. Sexton RE, Al Hallak MN, Diab M, et al. Gastric cancer: a comprehensive review of current and future treatment strategies. Cancer and Metastasis Reviews. 2020;39(4):1179-1203. DOI: https://doi.org/10.1007/s10555-020-09925-3
3. Slavin TP, Weitzel JN, Neuhausen SL, et al. Genetics of gastric cancer: what do we know about the genetic risks. Translational Gastroenterology and Hepatology. 2019;4:55. DOI: https://doi.org/10.21037/tgh.2019.07.02
4. Machlowska J, Baj J, Sitarz M., et al. Gastric cancer: epidemiology, risk factors, classification, genomic characteristics and treatment strategies. International Journal of Molecular Sciences. 2020;21(11):4012. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms21114012
5. Garcia-Pelaez J, Barbosa-Matos R Sâo José C, et al. Gastric cancer genetic predisposition and clinical presentations: Established heritable causes and potential candidate genes. European Journal of Medical Genetics. 2022;65(1):104401. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ejmg.2021.104401
6. Luo W, Fedda F, Lynch P, et al. CDH1 gene and hereditary diffuse gastric cancer syndrome: molecular and histological alterations and implications for diagnosis and treatment. Frontiers in Pharmacology. 2018;9:1421. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2018.01421
7. Blair VR, McLeod M, Carneiro F, et al. Hereditary diffuse gastric cancer: updated clinical practice guidelines. The Lancet Oncology. 2020;21(8):e386-e397. DOI: https://doi.org/10.1016/S1470-2045(20)30219-9
8. Kordi-Tamandani DM, Moazeni-Roodi AK, Rigi-Ladiz MA, et al. Promoter hypermethyl-ation and expression profile of MGMT and CDH1 genes in oral cavity cancer. Archives of Oral Biology. 2010;55(10):809-814. DOI: https://doi.org/10.1016Zj.archoralbio.2010.06.017
9. Starska K, Forma E, Lewy-Trenda I, et al. Diagnostic impact of promoter methylation and E-cadherin gene and protein expression levels in laryngeal carcinoma. Wspolczesna Onkologia. 2013;17(3):263-271. DOI: https://doi.org/10.5114/wo.2013.35284
10. Nemtsova MV, Kalinkin AI, Kuz-netsova EB, et al. Clinical relevance of somatic mutations in main driver genes detected in gastric cancer patients by next-generation DNA sequencing. Scientific Reports. 2020;10:504. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-020-57544-3
11. Shin S, Kim Y, Lee JK, et al. Frequency and Clinical Characteristics of Unselected Korean Gastric Cancer Patients with a Germline CDH1 V832M Mutation. Journal of Cancer. 2020;11(1):208-212. DOI: https://doi.org/10.7150/jca.36513
12. Ibarrola-Villava M, Llorca-Cardenosa MJ, Tarazona N, et al. Deregulation of ARID1A, CDH1, cMET and PIK3CA and target-related mi-croRNA expression in gastric cancer. Oncotarget. 2015;6(29):26935-26945. DOI: https://doi.org/10.18632/oncotarget.4775
13. Valente AL, Rummel S, Shriver CD, et al. Sequence-based detection of mutations in cad-herin 1 to determine the prevalence of germline mutations in patients with invasive lobular carcinoma of the breast. Hereditary Cancer in Clinical Practice. 2014;12(1):17. DOI: https://doi.org/10.1186/1897-4287-12-17
14. Hakkaart C. Genetic Predisposition to Gastric Cancer: CDH1 and Beyond. A thesis submitted for the degree of Doctor of Philosophy at the Centre for Translational Cancer Research. Dune-din: University of Otago; 2018.
15. Bustos-Carpinteyro AR Delgado-Figueroa N, Santiago-Luna E, et al. Association between the CDH1 -472delA and -160C>A polymorphisms and diffuse and intestinal gastric cancer in a Mexican population. Genetics and Molecular Research. 2016;15(3):gmr.15038715. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/gmr.15038715
16. Jakubowska A, Lawniczak M, Wojnarska B, et al. CDH1 gene mutations do not contribute in hereditary diffuse gastric cancer in Poland. Familial Cancer. 2010;9(4):605-608. DOI: https://doi.org/10.1007/s10689-010-9381-2
17. Guindalini RSC, Cormedi MCV, Maistro S, et al. Frequency of CDH1 germline variants and contribution of dietary habits in early age onset gastric cancer patients in Brazil. Gastric Cancer. 2019;22(5):920-931. DOI: https://doi.org/10.1007/s10120-019-00945-9
18. Chu CM, Chen CJ, Chan DC, et al. CDH1 polymorphisms and haplotypes in sporadic diffuse and intestinal gastric cancer: a case-control study based on direct sequencing analysis. World Journal of Surgical Oncology. 2014;12:80. DOI: https://doi.org/10.1186/1477-7819-12-80
19. Norero E, Alarcon MA, Hakkaart C, et al. Identification of c.1531C>T Pathogenic Variant in the CDH1 Gene as a Novel Germline Mutation of Hereditary Diffuse Gastric Cancer. International Journal of Molecular Sciences. 2019;20(20):4980-4990. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms20204980
References
1. Kaprina AD, Starinsky VV, Shakhza-dova AO, editors. The state of oncological care for the population of Russia in 2020. Gertsen Moscow Research Institute of Oncology of the Ministry of Health of the Russian Federation, Branch of the Federal State Budgetary Institution "Scientific and Research Center of Radiology" of the Ministry of Health of Russia; 2022. Russian.
2. Sexton RE, Al Hallak MN, Diab M, et al. Gastric cancer: a comprehensive review of current
and future treatment strategies. Cancer and Metastasis Reviews. 2020;39(4):1179-1203. DOI: https://doi.org/10.1007/s10555-020-09925-3
3. Slavin TP, Weitzel JN, Neuhausen SL, et al. Genetics of gastric cancer: what do we know about the genetic risks. Translational Gastroenterology and Hepatology. 2019;4:55. DOI: https://doi.org/10.21037/tgh.2019.07.02
4. Machlowska J, Baj J, Sitarz M., et al. Gastric cancer: epidemiology, risk factors, classification, genomic characteristics and treatment strategies. International Journal of Molecular Sciences. 2020;21(11):4012. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms21114012
5. Garcia-Pelaez J, Barbosa-Matos R Säo José C, et al. Gastric cancer genetic predisposition and clinical presentations: Established heritable causes and potential candidate genes. European Journal of Medical Genetics. 2022;65(1):104401. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ejmg.2021.104401
6. Luo W, Fedda F, Lynch P, et al. CDH1 gene and hereditary diffuse gastric cancer syndrome: molecular and histological alterations and implications for diagnosis and treatment. Frontiers in Pharmacology. 2018;9:1421. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2018.01421
7. Blair VR McLeod M, Carneiro F, et al. Hereditary diffuse gastric cancer: updated clinical practice guidelines. The Lancet Oncology. 2020;21(8):e386-e397. DOI: https://doi.org/10.1016/S1470-2045(20)30219-9
8. Kordi-Tamandani DM, Moazeni-Roodi AK, Rigi-Ladiz MA, et al. Promoter hypermethyl-ation and expression profile of MGMT and CDH1 genes in oral cavity cancer. Archives of Oral Biology. 2010;55(10):809-814. DOI: https://doi.org/10.1016Zj.archoralbio.2010.06.017
9. Starska K, Forma E, Lewy-Trenda I, et al. Diagnostic impact of promoter methylation and E-cadherin gene and protein expression levels in lar-yngeal carcinoma. Wspolczesna Onkologia. 2013;17(3):263-271. DOI: https://doi.org/10.5114/wo.2013.35284
10. Nemtsova MV, Kalinkin AI, Kuznetsova EB, et al. Clinical relevance of somatic mutations in main driver genes detected in gastric cancer patients by next-generation DNA sequencing. Scientific Reports. 2020;10:504. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-020-57544-3
11. Shin S, Kim Y, Lee JK, et al. Frequency and Clinical Characteristics of Unselected Korean Gastric Cancer Patients with a Germline CDH1 V832M Mutation. Journal of Cancer.
2020;11(1):208-212. DOI:
https://doi.org/10.7150/jca.36513
12.Ibarrola-Villava M, Llorca-Cardenosa MJ, Tarazona N, et al. Deregulation of ARID1A, CDH1, cMET and PIK3CA and target-related mi-croRNA expression in gastric cancer. Oncotarget. 2015;6(29):26935-26945. DOI:
https://doi.org/10.18632/oncotarget.4775
13.Valente AL, Rummel S, Shriver CD, et al. Sequence-based detection of mutations in cad-herin 1 to determine the prevalence of germline mutations in patients with invasive lobular carcinoma of the breast. Hereditary Cancer in Clinical Practice. 2014;12(1):17. DOI: https://doi.org/10.1186/1897-4287-12-17
14.Hakkaart C. Genetic Predisposition to Gastric Cancer: CDH1 and Beyond. A thesis submitted for the degree of Doctor of Philosophy at the Centre for Translational Cancer Research. Dune-din: University of Otago; 2018.
15. Bustos-Carpinteyro AR, Delgado-Figueroa N, Santiago-Luna E, et al. Association between the CDH1 -472delA and -160C>A polymorphisms and diffuse and intestinal gastric cancer in a Mexican population. Genetics and Molecular Research. 2016;15(3):gmr.15038715. DOI: http://dx.doi.org/10.4238/gmr.15038715
16. Jakubowska A, Lawniczak M, Wojnarska B, et al. CDH1 gene mutations do not contribute in hereditary diffuse gastric cancer in Poland. Familial Cancer. 2010;9(4):605-608. DOI: https://doi.org/10.1007/s10689-010-9381-2
17. Guindalini RSC, Cormedi MCV, Maistro S, et al. Frequency of CDH1 germline variants and contribution of dietary habits in early age onset gastric cancer patients in Brazil. Gastric Cancer. 2019;22(5):920-931. DOI: https://doi.org/10.1007/s10120-019-00945-9
18. Chu CM, Chen CJ, Chan DC, et al. CDH1 polymorphisms and haplotypes in sporadic diffuse and intestinal gastric cancer: a case-control study based on direct sequencing analysis. World Journal of Surgical Oncology. 2014;12:80. DOI: https://doi.org/10.1186/1477-7819-12-80
19.Norero E, Alarcon MA, Hakkaart C, et al. Identification of c.1531C>T Pathogenic Variant in the CDH1 Gene as a Novel Germline Mutation of Hereditary Diffuse Gastric Cancer. International Journal of Molecular Sciences. 2019;20(20):4980-4990. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms20204980
Статья поступила в редакцию 29 марта 2022 г. Поступила после доработки 27 июня 2022 г. Принята к печати 19 августа 2022 г.
Received 29 March 2022 Revised 27 June 2022 Accepted 19 August 2022
Информация об авторах
Альфия Хаматьяновна Нургалиева, кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник лаборатории популяционной и медицинской генетики, доцент кафедры генетики и фундаментальной медицины ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: alfiyakh83@gmail.com, ORCID:
https://orcid.org/0000-0001-6077-9237. Лилия Фанилевна Галлямова, кандидат биологических наук, лаборант кафедры генетики и фундаментальной медицины ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: hi-ame@mail.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-
0002-1063-3851.
Руслан Радисович Валиев, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории популяционной и медицинской генетики ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: ruslan_valiev@mail.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7117-2315. Сабина Геннадьевна Петрова, инженер лаборатории популяционной и медицинской генетики ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: sabina25petrova@gmail.com, ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4954-6640. Мурат Алиевич Джаубермезов, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории популяционной и медицинской генетики ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека ФГБУН Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: muratkbr12@gmail.com, ORCID:
https://orcid.org/0000-0003-1570-3174. Дарья Симоновна Прокофьева, кандидат биологических наук, доцент, заведующий лабораторией популяционной и медицинской генетики, доцент кафедры генетики и фундаментальной медицины ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: dager-glaid@yandex.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-
0003-0229-3188.
Наталья Вадимовна Екомасова, кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник лаборатории популяционной и медицинской генетики, доцент кафедры генетики и фундаментальной медицины ФГАОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека ФГБУН Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: ekomasova.natalia@gmail.com, ORCID httPs://orcid.org/0000-0003-3996-5734. Радмир Радимович Рахимов, кандидат медицинских наук, врач-онколог ГАУЗ Республиканский клинический онкологический диспансер, г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: radmir-rr@mail.ru, ORCID:
httPs://orcid.org/0000-0002-2488-597X. Дина Дамировна Сакаева, доктор медицинских наук, профессор, профессор кафедры онкологии с курсом ИПО патанатомии ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский университет», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: D_sakaeva@mail.ru, ORCID: httPs://orcid.org/0000-0003-4341-6017. Шамиль Масгутович Хуснутдинов, кандидат медицинских наук, доцент, врач-патологоанатом ГАУЗ Республиканский клинический онкологический диспансер, доцент кафедры онкологии с курсом ИПО патанатомии ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский университет», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: shamilkhusn@mail.ru, ORCID httPs://orcid.org/0000-0002-3438-6007. Эльза Камилевна Хуснутдинова, доктор биологических наук, профессор, заведующий кафедрой генетики и фундаментальной медицины ФГБОУ ВО «Уфимский университет науки и технологий», директор ФГБУН Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, заведующий кафедрой медицинской генетики и фундаментальной медицины ИДПО ФГБОУ ВО «Башкирский государственный медицинский университет», г. Уфа, Российская Федерация, E-mail: elzakh@mail.ru, ORCID:
httPs://orcid.org/0000-0003-2987-3334.
Information about the authors: Alfiya Kh. Nurgalieva, Cand. Sci. (Biology), Associate Professor, Senior Researcher at the Laboratory of PoPulation and Medical Genetics, Associate Professor at the DePartment of Genetics and Fundamental Medicine, Ufa University of Science
and Technology, Ufa, Russia, E-mail: al-fiyakh83@gmail.com,
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-6077-9237. Liliya F. Gallyamova, Cand. Sci. (Biology), Laboratory Assistant at the Department of Genetics and Fundamental Medicine, Ufa University of Science and Technology, Ufa, Russia, E-mail: hi-ame@mail.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1063-3851.
Ruslan R. Valiev, Cand. Sci. (Biology), Senior Researcher at the Laboratory of Population and Medical Genetics, Ufa University of Science and Technology, Ufa, Russia, E-mail: ruslan_va-liev@mail.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-
0002-7117-2315.
Sabina G. Petrova, Engineer at the Laboratory of Population and Medical Genetics, Ufa University of Science and Technology, Ufa, Russia, E-mail: sabina25petrova@gmail.com, ORCID: https://or-cid.org/0000-0002-4954-6640. Murat A. Dzhaubermezov, Cand. Sci. (Biology), Senior Researcher at the Laboratory of Population and Medical Genetics, Ufa University of Science and Technology, Researcher at the Laboratory of Human Molecular Genetics, Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Scientific Center, RAS, Ufa, Russia, E-mail: muratkbr12@gmail.com, ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1570-3174. Darya S. Prokofieva, Cand. Sci. (Biology), Associate Professor, Head of the Laboratory of Population and Medical Genetics, Associate Professor at the Department of Genetics and Fundamental Medicine, Ufa University of Science and Technology, Ufa, Russia, E-mail: dager-glaid@yandex.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0229-3188. Natalia V. Ekomasova, Cand. Sci. (Biology), Associate Professor, Senior Researcher at the Laboratory of Population and Medical Genetics, Associate Professor at the Department of Genetics and Fundamental Medicine Ufa University of Science and Technology, Researcher at the Laboratory of Human Molecular Genetics, Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Scientific Center, RAS, Ufa, Russia, E-mail: ekomasova.nata-lia@gmail.com, ORCID https://orcid.org/0000-
0003-3996-5734.
Radmir R. Rakhimov, Cand. Sci. (Medicine), Oncologist, Republican Clinical Oncology Dispensary, Ufa, Russia, E-mail: radmir-rr@mail.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2488-597X. Dina D. Sakaeva, Doct. Sci. (Medicine), Professor, Professor at the Department of Oncology with the course of the IPO of Pathology, Bashkir State
Medical University, Ufa, Russia, E-mail: D_sa-kaeva@mail.ru, ORCID: https://orcid.org/0000-0003-4341-6017.
Shamil M. Khusnutdinov, Cand. Sci. (Medicine), Associate Professor, Pathologist, Republican Clinical Oncology Dispensary, Associate Professor at the Department of Oncology with the course of the IPO of Pathology, Bashkir State Medical University, Ufa, Russia, E-mail: shamilkhusn@mail.ru,
ORCID https://orcid.org/0000-0002-3438-6007.
Elza K. Khusnutdinova, Doct. Sci. (Biology), Professor, Head of the Department of Genetics and Fundamental Medicine, Ufa University of Science and Technology, Director of the Institute of Biochemistry and Genetics, Ufa Scientific Center RAS, Head of the Department of Medical Genetics and Fundamental Medicine, Bashkir State Medical University, Ufa, Russia, E-mail: elzakh@mail.ru, ORCID: https:// orcid.org/0000-0003-2987-3334.
