Научная статья на тему 'RapA1 адгезин для прикрепления полезных бактерий к корням растений'

RapA1 адгезин для прикрепления полезных бактерий к корням растений Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

CC BY
215
69
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
РИЗОБИИ / АДГЕЗИН / АЗОТОФИКСИРУЮЩИЕ КЛУБЕНЬКИ / RAPA1 / RHIZOBIA / ADHESIN / NODULATION

Аннотация научной статьи по биологическим наукам, автор научной работы — Нигматуллина Лилия Ралисовна, Лавина Анна Михайловна, Вершинина Зиля Рифовна, Баймиев Алексей Ханифович

Исследовано и оценено влияние конститутивной экспрессии гена RapA1 в Rhizobium leguminosarum bv. trifolii на эффективность клубенькообразования у фасоли обыкновенной ( Phaseolus vulgaris). Проведены клонирование гена RapA1 в плазмиду pJN105Turbo, трансформация данной конструкцией клеток ризобий R. leguminosarum, инокуляция растений фасоли трансформированным штаммом и оценка эффективности клубенькообразования. Обнаружено, что растения, обработанные ризобиями, трансгенными по гену RapA1, образовывали клубеньки примерно вдвое больше по сравнению с растениями, зараженными исходным штаммом. Установлено, что экспрессия гена адгезина RapA1 в ризобиях способствует повышению клубенько-образующей эффективности данных бактерий.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биологическим наукам , автор научной работы — Нигматуллина Лилия Ралисовна, Лавина Анна Михайловна, Вершинина Зиля Рифовна, Баймиев Алексей Ханифович

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

RAPA1 IS ADHESIN FOR ATTACHMENT USEFUL BACTERIA TO PLANT ROOT HAIR

Studied and evaluated the influence of expression RapA1gene of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii on the efficiency of nodulation in bean (Phaseolus vulgaris). Cloned gene RapA1 into a plasmid pJN105Turbo, electroporation of this design rhizobia, inoculation of bean plants transformed strain and evaluation of nodulation. Found that plants treated with rhizobia, transgenic gene RapA1, nodules formed approximately twice as compared with plants infected by the original strain. It has been established that expression of adhesin gene RapA1 in rhizobia nodules formed enhances the effectiveness of these bacteria.

Текст научной работы на тему «RapA1 адгезин для прикрепления полезных бактерий к корням растений»

УДК 579.262: 579.64:631.46

Нигматуллина Л.Р., Лавина А.М., Вершинина З.Р., Баймиев А.Х.

Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук

E-mail: lili-nigmatullina@bk.ru

RAPA1 - АДГЕЗИН ДЛЯ ПРИКРЕПЛЕНИЯ ПОЛЕЗНЫХ БАКТЕРИЙ

К КОРНЯМ РАСТЕНИЙ

Исследовано и оценено влияние конститутивной экспрессии гена RapAI в Rhizobium leguminosarum bv. trifolii на эффективность клубенькообразования у фасоли обыкновенной (Phaseolus vulgaris). Проведены клонирование гена RapAI в плазмиду pJN105Turbo, трансформация данной конструкцией клеток ризобий R. leguminosarum, инокуляция растений фасоли трансформированным штаммом и оценка эффективности клубенькообразования. Обнаружено, что растения, обработанные ризобиями, трансгенными по гену RapAI, образовывали клубеньки примерно вдвое больше по сравнению с растениями, зараженными исходным штаммом. Установлено, что экспрессия гена адгезина RapAI в ризобиях способствует повышению клубенько-образующей эффективности данных бактерий.

Ключевые слова: ризобии, адгезин, RapAI, азотофиксирующие клубеньки.

Введение

Бактерии, колонизирующие ризосферу и ускоряющие рост растений с помощью различных механизмов, называются ростстимулиру-ющими ризобактериями (PGPR). Учитывая их полезные свойства, внедрение PGPR в сельское хозяйство позволит снизить уровень использования химических удобрений [1], [2], [3]. Клубеньковые бактерии (или ризобии) также относятся к PGPR. Они обычно составляют 0,0010,1% всей бактериальной биомассы почвы. Ризобии выборочно адсорбируются на поверхности корней бобовых, что позволяет им конкурировать с другой почвенной микробиотой [4], [5].

Молекулами-посредниками для прикрепления клубеньковых бактерий к корням бобовых растений считаются адгезины. Большинство из них агглютинины растительного или бактериального происхождения. Последние специфически связываются с макросимбионтом или с бактериями, которые вырабатывают данный адгезин [4], [6]. К подобным белкам относится семейство «Rap» белков со сродством к клеточной поверхности ризобий [7, 8, 9]. Эти белки содержат один или несколько так называемых «RA» (rhizobium -adhering) доменов с высокой степенью гомологии, которые состоят из 100-120 аминокислот. Известно несколько подобных белков называемых RapA, RapB и RapC. RapA, выделенный из Rhizobium leguminosarum bv. trifolii, имеет две изо-формы этого белка - RapA1 и RapA2. RapA1 -внеклеточный Са2+-связывающий белок, который распознает полисахарид на бактериальной поверхности и способствует ризобиальной ауто-агглютинации через клеточные полюса [4], [9].

Обеспечив конститутивную экспрессию белка RapA1 у хозяйственно полезных штаммов ризобий, потенциально возможно увеличить их адсорбцию к корням бобовых растений, что позволит повысить эффективность клубенькооб-разования, и способствовать образованию биопленки на поверхности корней растений.

Целью работы было исследовать возможность и характер колонизации ризосферы бобовых растений ризобиями, трансгенными по гену RapA1.

Материалы и методы Объекты исследования, бактериальные штаммы.

Объектами исследования в работе служили растения фасоли обыкновенной (Phaseolus vulgaris) сорта Эврика. При проведении экспериментов по клонированию применяли штамм E. coli XL1-Blue и плазмиды pJN105, pTurboGFP-B, pAL-TA. Для инокуляции растений использовали ризобии Rhizobium leguminosarum bv. trifolii.

Молекулярно-биологические манипуляции.

Выделение бактериальной ДНК проводили по методу Грэхэма с некоторыми модификациями. Выделение плазмидной ДНК, рестрикцию и лигирование ДНК, подготовку компетентных клеток, их трансформацию плазмидной ДНК, а также электрофорез фрагментов ДНК проводили по лабораторному руководству Сэм-брука с соавт. Определение нуклеотидных последовательностей клонированных фрагментов ДНК проводили на автоматическом секвенато-

ре ABI PRISM 310 фирмы «Applied Biosystems» (США), используя наборы для сек-венирования «Big Dye Terminator v.3.1». Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей проводили с помощью пакета компьютерных программ «Lasergene» фирмы «DNASTAR, Inc.» (США). ПЦР проводили с использованием стандартных наборов для амплификации ДНК.

Результаты и обсуждение

Для амплификации гена RapA1 из Rhizobium leguminosarum bv. trifolii были подобраны олигонуклеотидные праймеры (RapF- atggctgttcacgcaaccgacgat и RapR-gcggcgggcgttgtttttgattg), с помощью которых амплифицировали ген RapA1 и клонировали его в промежуточный вектор pAL-TA. Лиги-рование проводили с помощью T4 ДНК-ли-газы. Трансформировали полученную конструкцию методом электропорации в клетки E. coli XL1-Blue, которые выращивали на среде LB с добавлением ампициллина (50 мг/мл) при 37оС 16-18 часов. Наличие гена RapA1 у клонов проверяли с помощью ПЦР анализа в амплификаторе Терцик МС2 («ДНК-технология»). Далее из плазмиды pJN105TurboGFP с помощью рестриктаз BamHI и HindIII вырезали ген флюоресцентного белка GFP и на его место под Pt5 промотр клонировали ген RapA1 (рис.1). Затем полученной конструкцией трансформировали различные штаммы ризобий, для получения клонов, содержащих плазмиду pJN105TurboRapA1.

В результате был получен штамм ризобий Rhizobium leguminosarum bv. trifolii, несущий плазмиду pJN105TurboRapA1, что подтвердил ПЦР анализ.

Для опытов по инокуляции семена фасоли стерилизовали в течение 2 мин в 70% спирте и затем 15 минут в 15% растворе гипохлори-та натрия с добавлением нескольких капель Tween-20. Фасоль проращивалась на фильтровальной бумаге, смоченной стерильной водой в чашках Петри, и, в дальнейшем, проро-щенные семена инокулировали бактериями, несущими плазмиду pJN105TurboRapA1 и высаживали в стерильный универсальный питательный грунт TERRA VITA (Россия). В качестве контроля сажали незараженные семена фасоли и, для сравнения эффективности рабо-

ты гена RapA1, высаживали семена, зараженные тем же штаммом ризобий, но без плазмиды р|Ш05ТигЬоКарА1.

Визуальная оценка и подсчет количества образовавшихся клубеньков через месяц после закладки опыта показал, что у контрольных растений фасоли клубеньки отсутствуют. Во всех остальных вариантах опытов клубеньки на корнях сформировались, но их количество у растений фасоли, зараженных ризобиями, трансгенными по гену RapA1, было примерно в 2 раза больше, чем у растений, зараженных исходным штаммом ризобий (рис. 2).

Из табл. 1 видно, что количество клубеньков, образовавшихся на корнях фасоли, зараженных ризобиями, несущими плазмиду р|Ш05ТигЬоКарА1 в 2,2 раза больше, чем у

Рисунок 1. Схематическое изображение вектора р]Ш05ТигЬо11арА1

Таблица 1. Подсчет клубеньков на корнях фасоли

№ растения Количество клубеньков, образовавшихся на корнях фасоли, зараженных исходным штаммом ризобий Количество клубеньков, образовавшихся на корнях фасоли, зараженных ризобиями, несущими плазмиду рЖ105Тиг^арА1

1 15 25

2 15 22

3 5 30

4 4 12

5 7 15

6 8 13

7 6 13

8 2 9

9 8 7

10 2 13

Итого: 72 159

Нигматуллина Л.Р. и др. Rapal - адгезин для прикрепления полезных...

Рисунок 2. Клубенькообразование: А) Контроль без клубеньков; Б) Растения, зараженные исходным штаммом ризобий; В) Растения, зараженные ризобиями, несущими плазмиду р]№05ТшЪоЯарА1

растений, зараженных исходным штаммом ризобий.

Существует ряд исследований, посвященных получению различных трансгенных ризобий с дальнейшим анализом эффективности колонизации и нодуляции на корнях бобовых и небобовых растений. Так, например, был получен штамм ризобий из Рагазроша, трансформированный аллелем гена пойБ, который реагирует на компоненты, секрети-руемые корнями риса. При инокуляции данными бактериями этих небобовых растений образовывались узелкоподобные структуры [10]. Данный результат подтвердил дальнейшие перспективы использования трансформированных ризобий для повышения эффективности симбиотических процессов, что также было показано в данной работе при использовании гена ЯарА1.

Заключение

Адгезин ЯарА1 способствует прикреплению клубеньковых бактерий к корням бобовых, что позволяет использовать его в качестве инструмента для повышения адсорбции ризобий к корневым волоскам растений. Таким образом, возможно увеличить эффективность клубенькообразования у бобовых растений с помощью хозяйственно полезных штаммов ризобий, и способствовать образованию биопленки на поверхности корней растений.

Проведенный эксперимент подтверждает принципиальную возможность увеличения таким способом урожайности бобовых растений, за счет повышения клубенькообразова-ния с усилением симбиотической азотофик-сации и улучшением минерального питания растений.

17.09.2014

Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант РФФИ-Поволжье №14-04-97005)

Список литературы:

1. Dey R., Pal K.K., Bhatt D.M. Growth promotion and yield enhancement of peanut (Arachishypogaea L.) by application of plant growth-promoting rhizobacteria // Microbiol. Res. - 2004. - V.159. - P. 371-394.

2. Herman M.A.B, Nault B.A., Smart C.D. Effects of plant growth promoting rhizobacteria on bell pepperproduction and green peach aphid infestations in New York // Crop Protect. - 2008. - V.27. - P. 996-1002.

3. Minorsky P.V. On the inside // Plant Physiol. - 2008. - V.146. - P. 323-324.

4. Mongiardini E.J., Ausmees N., Perez-Gimenez J. The rhizobial adhesion protein RapA1 is involved inadsorption of rhizobia to plant roots but not in nodulation // FEMS Microbiol Ecol 65. - 2008. - P. 279-288.

5. Lodeiro A.R, Favelukes G. Early interactions of Bradyrhizobium japonicum and soybean roots: specificity in the process of adsorption // Soil Biol Biochem. - 1999. - V.31. - P.1405-1411.

6. Wisniewski J-P., Monsigny M., Delmotte F.M.. Purification of an a-L-fucoside binding protein from Rhizobium lupine // Biochimie. - 1994. - V.76. - P.121-128.

7. Russo D.M., Williams A., Edwards A. Proteins exported via the PrsD-PrsE type I secretion system and the acidic exopolysaccharide are involved in biofilm formation by Rhizobium leguminosarum // J. Bacteriol. - 2006. -V.188. - P.4474-4486.

8. Krehenbrink M., Downie J. Aldentification of protein secretion systems and novel secreted proteins in Rhizobium leguminosarum bv. viciae // BMC Genomics. - 2008. - P.9, 55.

9. Ausmees N., Jacobsson K., Lindberg M. A unipolarly located, cell-surface-associated agglutinin RapA belongs to a family of Rhizobium-adhering proteins (Rap) in Rhizobium leguminosarum bv. trifolii // Microbiology. - 2001. - V.147. - P. 549-559.

10. Rolfe В. G., Bender G. L. Evolving a Rhizobim for non-legume nodulation in Nitrogen fixation: Achievements and objectives // Ed.by P M Gresshofl L E Rolh. - 1990. - P.329-339.

Сведения об авторах:

Нигматуллина Лилия Ралисовна, аспирант лаборатории молекулярной биологии и нанобиотехнологии Института биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, е-mail: lili-nigmatullina@bk.ru

Лавина Анна Михайловна, аспирант лаборатории молекулярной биологии и нанобиотехнологии Института биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, е-mail: owlwoman@mail.ru

Вершинина Зиля Рифовна, научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и нанобиотехнологии Института биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, кандидат биологических наук, е-mail: zilyaver@mail.ru

Баймиев Алексей Ханифович, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной биологии и нанобиотехнологии Института биохимии и генетики Уфимского научного центра Российской академии наук, доктор биологических наук, е-mail: baymiev@mail.ru

450054, г. Уфа, пр. Октября, 71

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.