Научная статья на тему 'Предварительное описание нового вида галофильной метилобактерии рода Methylophaga из фильтрата полигона захоронения твёрдых бытовых отходов'

Предварительное описание нового вида галофильной метилобактерии рода Methylophaga из фильтрата полигона захоронения твёрдых бытовых отходов Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

CC BY
128
35
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
ПОЛИГОН ТВЁРДЫХ БЫТОВЫХ ОТХОДОВ / ФИЛЬТРАТ / МЕТИЛОТРОФИЯ / METHYLOPHAGA / LANDFILL LEACHATE / METHYLOTROPHY

Аннотация научной статьи по биологическим наукам, автор научной работы — Шаравин Д. Ю., Саралов А. И.

Из слабощелочного фильтрата (pH 8.0-8.3) полигона твёрдых бытовых отходов (г. Пермь) с высоким уровнем загрязнения по аммонию, нитратам, нитритам и метану выделен и описан умеренно галофильный метилотрофный денитрификатор (изолят RS-MM3). Является аэробом, наиболее активную денитрификацию осуществляет на среде с пируватом. Способен расти в среде с 0.02-5% СН 3ОН, 0.2-10% NaCl при 10-40°C и pH 6.0-9.5. Факультативный метилотроф: метанол, метиламин, фруктозу и сахарозу использует в качестве источников углерода и энергии. При оптимальных условиях роста (30°C, pH 7.8, 30 г/л NaCl, 20 мкг/л витамин B 12) на среде с метанолом (5 мл/л) основными жирными кислотами являются C 16:1to7c, C 16:0, C 18:1to7c. Содержание Г+Ц в ДНК составляет 43.9 мол.%. По совокупности генои фенотипических признаков изолят отнесён к метилотрофным представителям Gammaproteobacteria рода Methylophaga в качестве нового вида Methylophaga RS-MM3 sp. nov. Филогенетическое сходство с различными ограниченно галоалкалофильными видами рода достигало межвидового уровня (95.3-96.7%).

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биологическим наукам , автор научной работы — Шаравин Д. Ю., Саралов А. И.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

PRELIMINARY DESCRIPTION OF A NOVEL SPECIES OF HALOPHILIC METHYLOBACTERIA OF METHYLOPHAGA GENUS FROM THE LANDFILL LEACHATE

A moderately halophilic methylotrophic denitrifier RS-MM3 from weakly alkaline (pH 8.0-8.3) landfill leachate with high levels of dissolved nitrogen compounds and methane (Perm city, Russia) was isolated and identified. The isolate have been defined as aerobic active denitrifier on the pyruvate contain medium. Growth occurred at 0.02-5% СН 3ОН, 0.2-10% NaCl at temperatures between 10 and 40°C and pH 6.09.5. Facultative methylotroph, methanol, methylamine, fructose and sucrose are used as carbon and energy sources. Under optimal conditions (30°C, pH 7.8, 30 g/l NaCl, 20 |ig/l of vitamin B 12) with 5 ml/l of methanol the major fatty acids are C 16:1to7c, C 16:0, C 18:1to7c. The DNA G+C content of the obtained strain is 43.9 mol%. Using genotyping and phenotyping parameters isolate was affiliated with methylotrophic representatives within the genus Methylophaga of the Gammaproteobacteria as a Methylophaga RS-MM3 sp. nov. Phylogenetic similarity with moderately haloalkaliphilic species of Methylophaga genus reached the interspecies level (95.3-96.7%).

Текст научной работы на тему «Предварительное описание нового вида галофильной метилобактерии рода Methylophaga из фильтрата полигона захоронения твёрдых бытовых отходов»

ВЕСТНИК ПЕРМСКОГО УНИВЕРСИТЕТА

2015

БИОЛОГИЯ

Вып. 4

УДК 579.26+579.84

Д. Ю. Шаравин, А. И. Саралов

Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН, Пермь. Россия

ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ОПИСАНИЕ НОВОГО ВИДА ГАЛОФИЛЬНОЙ МЕТИЛОБАКТЕРИИ РОДА МЕТНУЮРНАОА ИЗ ФИЛЬТРАТА ПОЛИГОНА ЗАХОРОНЕНИЯ ТВЁРДЫХ БЫТОВЫХ ОТХОДОВ

Из слабощелочного фильтрата (pH 8,0-8.3) полигона твердых бытовых отходов (г, Пермь) с высоким уровнем зшрязнения по аммонию, ншратам, ншришм и мегану выделен м описан умеренно |"алофильный метилочрофный деншрификатор (изолнт RS-MM3), Является аэробом, наиболее активную денитрификацию осуществляет на среде с пируватом. Способен расти в среде с 0,02-5% СП3ОП, 0,2-10% NaCl при 10-40°С и pH 6.0-9,5, Факультативный мстилотроф: метанол, метиламин. фруктозу и сахарозу использует в качестве источников углерода и энергии. При оптимальных условиях роста (30°С, pH 7,8, 30 г/л NaCL 20 мкг/л витамин В12) на среде с метанолом (5 мл/л) основными жирными кислотами являются C^ i^, С^о? Cifriu/v Содержание Г+Ц в ДНК составляет 43.9 мол.%. По совокупности гено- и фенотииических признаков изолят отнесён к метилотрофным представителям Gammaproteobacteria poja Methylophaga в качестве нового вида Methylophaga RS-ММЗ sp. nov. Филогенетическое сходство с различными ограниченно галоалкалофильными видами рода достигало межвидоного уровня (95.3-96 7%).

Ключевые слова: полигон твёрдых бытовых отходов: фильтрат; метюотрофия; Мethylophaga.

D* Yu. Sharavin, A. I. Saratov

Institute of ecology and genetics of microorganisms, Ural Branch. RAS, Perm, Russian Federation

PRELIMINARY DESCRIPTION OF A NOVEL SPECIES OF HALOPHILIC METHYLOBACTERIA OF METHYLOPHAGA GENUS FROM THE LANDFILL LEACHATE

A moderately halophilic methvlotrophic denitrifier RS-MM3 from w eakly alkaline (pH 8.0-8.3) landfill leachate with high levels of dissolved nitrogen compounds and methane (Perm city, Russia) was isolated and identified. The isolate have been defined as aerobic active denitrifier on the pyruvate contain medium. Growth occurred at 0.02-5% CH3OH, 0,2-10% NaCl at temperatures between 10 and 40°C and pH 6.0-9.5. Facultative methylotroph, methanol, methylamine, fructose and sucrose are used as carbon and energy sources Under optimal conditions (30°C; pH 7 .8, 30 g/l NaCl, 20 (.ig/l of vitamin R|2) with 5 ml/1 of methanol the major fatty acids are Cig iC07Cj Cio.cb Ci8 ia,7c- The DNA Ct+C content of the obtained strain is 43,9 mol%. Using genotyping and phenotyping parameters isolate was affiliated with metliylotrophic representatives within the genus Methylophaga of the Ganiwaproteohacteria as a Methylophaga RS-MM3 sp, nov, Phylogenetic similarity with moderately haloalkaliphilic species oi Methylophaga genus reached the in lei species level (95.3-96.7%).

Key nor (Is: landfill leachate; methylotrophy; Methylophaga.

Основную часть твердых бытовых отходов (ТБО) городов подвергают захоронению на специально оборудованных полигонах (ПТБО). В России на ПТБО ежегодно производится захоронение око-

Введенне

ЛО 40 млн т ТБО [Вайсман. Вайсман, Максимов, 2003]. Деградация органических субстратов анаэробными микроорганизмами сопровождается высвобождением простых органических соединений, таких как ацетат, бутират. лактат, иируват, про-пионат. проианол. этанол, метанол и формальдегид. Органические компоненты залежи ТБО рачла-

С, Шаравин Д. Ю Саралов A. FL 2015

гаются микроорганизмами с образованием биогаза, состоящего на 50-70% из СН4 и на 30-50% - из СО2 ГТТБО являются важным источником атмосферного метана, их вклад в глобальную эмиссию этого парникового газа оценивается в 6-12% [Кожевникова, Каллистова, Кевбрина. 2006]. Кроме эмиссии метана, ПТБО оказывают негативное влияние на окружающую среду даже после их закрытия. в частности, из-за продолжающегося стока загрязненных фильтрационных вод [Вайсман. Вайсман, Максимов, 2003].

Разнообразные представители филума Proteo-bacleria широко распространены б природе и могут быть изолированы из различных источников разных климатических зон Земли, они часто доминируют в пресноводных и морских экосистемах [Ainann, Ludwig, Schleifer 1995; Snaidr el al t 1997]. а также в сточных водах и активных илах городских и промышленных биологических очистных сооружений [Маш: el al., 1992; Jurelscliko el al., 2002].

Аэробные метилотрофные бактерии, использующие метан (метанотрофы) и его окисленные и замещенные производные (метилобактерии) в качестве источников углерода и энергии, повсеместно распространены в природе. Метилотрофы часто ассоциированы с метанотрофами. особенно в почве, хотя часто и с высокой плотностью колонизируют листовую поверхность, присутствуют б семенах и ризосфере многих растений и играют значительную роль в превращениях одноуглеродных соединений на ПТБО [Иванова и др.. 2000; Knief el al., 2008].

Цель настоящего исследования - изучение и предварительное описание новых таксонов мети-лотрофных денитрификаторов. изолированных из фильтрационных вод ПТБО.

Материалы и методы исследования

В период С мая 2010 по октябрь 2*) 13 г. изучали микробиоценоз водных масс обводното канала (средняя глубина 1.5 м) ПТБО «Софроны» г, Перми, используемого для утилизации основной массы городского мусора с 1978 г. Полигон расположен в 12 км от города и занимает 52 га, представляя из себя холм от 20 до 30 м в высоту. Температура внутри полигона варьирует от 30 до 60°С (вследствие разогрева его процессами анаэробного разложения органических веществ).

В 2010-2013 тт. исследовали старую «холодно-водную секцию» ирригационного канала в южной части полигона. На протяжении зимы вода '!десь промерзала от поверхности до дна. В середине марта 2013 г. в северной части полигона исследовали молодою «тепловодную секцию». На этом специфичном участке из «тела» полигона истекал горячий тёмно-коричневый раствор (водный гу-

мус), поэтому на момент отбора проб температура в придонном слое канала составляла +23°С в то время как температура на открытом воздухе не превышала минус 13°С

Пробы отбирали в стерильные бутыли объёмом 1.5 л, использовали их для гидрохимических и микробиологических анализов. Гидрохимические анализы выполняли согласно практическому руководству по изучению состава промышленных сточных вод. Содержание растворенного метана в пробах оценивали по результатам анализа газовых смесей на хроматографе Chrom-5 (Чехословакия), металлы - в гексановых и хлороформных экстрактах на атомио-абсорциоином спектрометре Sliiina-dzu АА-6300 (Япония), Состав органических веществ фильтрационных вод и жирнокислотный состав (ЖК) определяли на хромато-масс-спектрометрической системе Agilent 6890/5973N (США). Идентификацию метиловых эфиров ЖК осуществляли с использованием автоматизированной системы обработки масс-спектральных данных AMDIS с поиском целевых компонентов по библиотеке NISTEPA, MSL (США) с фактором сходства не менее 80%.

Способность к денитрификации микрофлоры сточных вод и культур протеобакгерий оценивали по накоплению N20 в газовой фазе с N3 и ацетиленом. Анализ газовых смесей производили на хроматографе Chrom-5 (Чехословакия) с применением катарометра, колонки длиной 2.4 м и диаметром 6 мм с абсорбентом Porapak N (США).

Фрагменты тотальной ДНК из нативных образцов, кодирующие бактериальные гены 16S рРНК, были амплифицированы с использованием ПЦР с эу бактериальным и праймерами: 27Г и 1492г [Lane, 1991]. Ген метанолдегидрогеназы (mxaF) ампли-фицировали в полимеразной цепной реакции, используя пару праймеров; Fl003 и R1561 [McDonald Murreil, 1997; Lau et al. 2013].

Секвенирование полученных ПЦР-фрагментов генов, кодирующих 16S рРНК. проводили по методу Сэнгера с помощью набора реактивов Big Dye Terminator v.3.1 (Applied Biosystems. Inc..USA) на автоматическом секвенаторе ABI PRIZM 3730 (Applied Biosystenis, Inc..US А) согласно инструкциям производителя. Первичный анализ полученных последовательностей проводили с помощью программного пакета BLAST. Филогенетический анализ проводили по методу Maximum-Likelihood и алгоритмов, реализованных в пакете программ TREECONhMEGA 4.

Результаты и их обсуждение

Слабощелочные (pH 8.0-8.3) фильтрационные воды бикарбонатного типа «тепловодиой секции» характеризовались высоким уровнем загрязнения по аммонию, нитратам, нитритам, фосфору, желе-

зу. хрому. никелю и метану (табл. 1). В «холодно- раствора (в 40-60 раз), концентрации метана (32-водной секции» по сравнению с «тепловодной сек- 260 раз), общего фосфора (35-56 раз), хрома (19-цией» наблюдалось резкое снижение цветности 56). железа (7-20 раз) и натрия (6-14 раз).

Таблица 1

Гидрохимическая характеристика фильтрационных вол обводного канала ПТБО «Софроны» в течение 2010-2013 гг. в «старой хололноволной секции» и в марте 2013 г. в «молодой тепловодной секции» (значения приведены в скобках)

Параметр Поверхностная вода Придонная вода

Температура. 15+14 (3) 15±14 (23)

рн 8.3±0.3 (8.2) 8.0+0.3 (8.3)

Содержание метана, мл/л 0.23+0.18 (13.0) 1.51+0.66(15.1)

Минеральные вещества, мг/л: Общий фосфор 0.35±0.08 (15,2) 2.5+0.6 (16.4)

Аммоний 39.2+18.3 (272,1) 48,7+17.7 (265.3)

Нитраты 47.ó±14.ó (537.2) 45.1+15 3 (829.9)

Нитриты 1.9+0,5 (53,6) 2.2+1.1 (76.6)

Гидрокарбонаты 803+120(8540) 842+105 (9760)

Натрий 582+224 (5054) 645+266(5954)

Железо Í> 41 ±0.20 (4.28) 3.23+1.45(3.71)

Никель 0.12±0.02 (0.50) 0.14+0.03(0.47)

Хром 0.02+0,01 (0,56) 0,02+0.01 (0.67)

№ фильтрационных вод ПТБО был выделен таксономических признаков изолят был отнесен к умеренно галофильный метилотрофный денитри- представителям рода Methvîophaga (табл. 2; рису-фикатор RS-MM3. По совокупности гено- и хемо- нок)ч

Таблица 2

Сравнительная таблица фенотипическото сходства культуры RS-MM3 и некоторых членов рола Metkylopkaga. Штаммы; RS-MM3; M. nitratireducenticrescens JAM1т [Villeneuve et aL, 2013]; M frappieri JAM7T [Villeneuve et aL, 2013]; M* alcaîica M39T [Doronina, Darmaeva, Trotsenko, 2003]; M. aminisulfidivorans MPT [Kim et alM 2007]; M. lonarensis MPLT [Antony et alM 2012]

1 lapa метр Methyl&phaga sp. RS-MM3 JAM 1т JAM7T M39T MFT MPI/

])-фрукго™ + - - - + -

D-Глюкоэа + ND ND ND ND ND

Метанол 1% + + + + + +

Мегиламин + - - + + -

Диап. Tehm., СС 10^0 15-37 15-37 4-35 20-37 20-37

Оптим. тсмп.,°С 30 30 34 25-29 30 28-30

рН диапазон 6.0-9.5 6.0-11.0 6.0-11.0 7.0-11.0 ó.0-8.0 7.0-10.0

Оптимум. рН 7.5-8.2 8.0 8,0 9.0-9.5 6,8-7,0 9.0-10.0

NaCl диап.; % 0.2-10 0.5-8.0 0 5-H () 0.05-10.0 1.5-9.0 0.05-10.0

Оптим. NaCl. % 3.0 3.0 3.0 ND 3.0 0.5-2.0

Нитрат редукция + + - + + +

Морфология клеток Палочки Палочки Палочки Палочки Палочки Палочки

Размер клеток, 0.3-0.5 0.6*1.5 0.7x1.5 0.6-0.8 0.2-0.4 1.2-2.0

мкм >=1.0-2,0 *l,4-2.8 *0.8-l,2 *0,2

J Ьдвижность + + + + - +

G+C (mol %) 43.9 44.7 47.8 48.3 44.9 50.0

Доминирующие ЖК C,Ô Ci? i Clôfc Cio:l- О 1У;] С\бо- C,Ô к С\бо- C,Ô ], CléO-, C,ô ] Ci6o, C,Ô i, C]Ji:l

Филогенетическое дерево, показывающее положение штамма Я£-ММЗ относительно видов рода Ме$Ьу1орЬа§а, представлено на рисунке. Филогенетическое сходство с различными видами рода достигало лишь межвидового уровня (95.3-96.7%). Изолят ЯЙ-ММЗ сильнее связан с Ме(Ну1орНа§а ктагеп.ш МРЬ1, но значительно слабее - с груп-

пой метилобактерий, включающей А/. frappieri JAM7T, Л/. nitratireducenticrescens JAM!1. Л/, nitratireducenticrescens M1K и M, ihiooxvdans DMS 010.

Колонии на среде с агаром и метанолом блед-но-розовые. круглые, выпуклые до 1-2 мм в диаметре. Клетки грамотрицательные аспорогенные

подвижные палочки (0.3-0.5 х 10—2 0 мкм). умеренно галофильные. нейтрофильные и мезофиль-ные. Растет в среде с 0.02-5% СНчОН (оптимум 0,6-0.8%) и 0,2-10% №С1 (оптимум 3-5%). при 10-40°С (оптимум 28-ЗЗХ) и рН 6.0-9.5 (оптимум рН 7,5-8.2). Аэроб, или факультативный анаэроб, оксидазо- и каталазо-положителен. Активною де-нитрификацию осуществляет в среде с пируватом. но значительно слабее с метанолом, лактатом, ма-латом и ацетатом. Факультативный метилотроф; метанол, метиламин, фруктозу и сахарозу использует в качестве источников углерода и энергии.

Содержит тхаЕ ген. кодирующий метанолдегид-рогеназу. Метан, глюкозу, дрожжевой экстракт не утилизирует. Продуцирует кислоты из метанола, но не из фруктозы и сахарозы. Гидролизует крахмал. но не казеин или желатин. В качестве источников азота использует аммоний, нитрат, триптон и метиламин. Добавка витамина В12, дрожжевого экстракта (0.005%) и микроэлементов ускоряет рост. Чувствителен к эритромицину (15 мкг /диск) и стрептомицину (10 мкг /диск), но устойчив к ампициллину (10 мкг /диск) и новобиоцину (30 мкг

/диск).

J\fetnylopftaga icnarensts MPL7 (JF330773)

Memytoptwge sp. RS-MM3 (KF371656)

M am/nrswWcfrro/ans MPT (NR043871) - M. thalassica АТОС 33146г (XS7339)

M marina DSM 5939' (ХЭ5459) M. sulfidnorans RB-1' (X95461) — M ftoooxydans DMS0101 (DQ660915) M frappteri JAM 7' (NR121693)

M atcalica M39T (AF3&J373)

M. nttratireducentscrescens JAM1 (NR074321) M. nitratiredUcenticrescGns M1K (KM192255) M. mutatis Ki3T (AY6S4421)

Ttuomicrospira arutica SVAL-ET (AJ4Q4731) • CyckcSst$ticu$ pugetii PS-1 (L34955)

Филогенетические отношения между изодятом денитрифицирующего метилотрофа RS-MM3 из фильтрационных вод ПТБО и представителями у-протеобактерий рода Afethylophaga. Дерево построено на основе выравнивания последовательностей гена 16S рРНК длиной L420 нк при использовании алгоритма Maximum-Likelihood. Число над ветвью обозначает Bootstrap значения выше 50%. Последовательности гена 16S рРНК Thiomicrospira arctica SVAL-E1 и Cyciocfasticus pugetii PS-1T взяты как внегрупповые виды. Масштаб соответству ет 2% дивергенции

При оптимальных условиях роста (30°С, рН 7.8) в среде с метанолом (5 мл/л. 30 г/л ИаС1, 20 мкг/л витамин В12) преобладают следующие жирные кислоты (% от общего количества ЖК): С|*1а>7с (40.5). С]6:0 (35.2) и С13;1«7с (13.7). Содержание Г+Ц в ДНК составляет 43.9 мол.%. Основываясь на секвенировании гена 16Э рРНК (Оеп-Вапк N0 КБ371656) организм филогенетически близок к ограниченно-галоалкалофильным мети-лотрофам рода \leihyiophaga (95.3-96.7% сходства).

Заключение

В фильтрационных водах ПТБО С высоким уровнем загрязнения по нитратам и метану выявлено широкое распространение метилотрофных денитрифицирующих Рго(еоЬас(епа. Выделена и описана умеренно галофильная метилотрофная денитрифицирующая Оаттарго(еоЬас(епа рода Ме-thyiophaga (изолят Я$-ММЗ) с низким содержанием Г+Ц в ДНК 4.3,9 мол.%. Основываясь на секвенировании гена 16$ рРНК. у изолята установили филогенетическую близость к ограниченно галоал-

калофильным метилотрофам рода ААику/орИа^о (межвидовой уровень сходства составил 95.3-96.7%). По совокупности гено- и фенотипических признаков новый штамм идентифицирован как

А'1е1Ну!орНа£а КЭ-ММЗ $р. ноу.

Работа выполнена в рамках Комплексной программы УрО РАН (проект № 15-4-4-2).

Библиографический список

Ваисман Я. И., В ¿темам О. Я., Максимов СВ. Управление метаногеиезом на полигонах твердых бытовых отходов. Пермь: Изд-во ПГТУ,

2003. 232 с.

Иванова Е.Г. и др. Факультативные и облигатные метилобактерии синтезируют ЦИТОКИИИНЫ // Микробиология. 2000, Т, 69. № 6, С. 764-769, Кожевникова А Н., Каялистоаа А.Ю., Кевбрина М.В. Эмиссия и окисление метана на полигоне •захоронения твердых бытовых отходов; сезонные измерения // Труды Института микробиологии им. С.Н. Виноградского. 2006. Т, 13, С, 172-191.

Amami R.I., Litdmg W., Schleifer K.H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation i! Microbiol. Rev. 1995, Vol. 59. P. 143-169.

Antony C.P. et al Methylophaga ionarensis sp. nov. a moderately lialoalkaliphilic metliylotroph isolated from the soda lake sediments of a meteorite impact crater // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2012. Vol. 62. P. 1613-1618.

Doronina A' V., Darmaeva T.D., Trotsenko Y.A. Me-thylophaga alcalica sp. nov., a novel alkalipliilic and moderately halophilic. obligately methylotro-phic bacterium from an East Mongolian saline soda lake // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. Vol. 53. P. 223-229.

Juretschko S, et al. The microbial communily composition of a nitrifying-denitrifying activated sludge from an industrial sewage treatment plant analyzed b> the full-cycle rRNA approach // Syst. Appl. Microbiol. 2002. Vol. 25. P. 84-99.

Kim H.G. el al. Methylophaga aminisuifidivorans sp. nov., a restricted facultatively methylotrophic marine baclerium // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.

2007. Vol. 57. P. 2096-2101'.

Knief C. el al. Cultivation-independent characterization of melhylobaclerium populations in the plant phyllosphere by automated ribosomal intergenic spacer analysis // Appl. and Environ. Microb.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

2008. Vol. 74. № 7. P. 2218-2228.

Lane D.J. 16S/23S rRNA sequencing // Stackebrandt E., Goodfellow M. (eds) Nuc. Acids Tecli. in Bact. Sysl. Chichester: Academic Press. 1991, P. 115— 167.

Lait E. el al. The methanol dehydrogenase gene mxaF, as a functional pliylogenelic marker for proleobaclerial methanotrophs in natural environments // PLOS ONE. 2013. Vol. 8. e56993.

Manz IV, et al. Pliylogenelic oligodeoxynucleolide probes for the major subclasses of proleobacleria: problems and solutions // Syst. Appl, Microbiol. 1992. Vol. 15. P, 593-600,

McDonald JR., Afurrell J C. The methanol dehydrogenase structural gene mxaF and its use as a functional gene probe for mellianolrophs and metliy-lolrophs // Appl. Environ, Microbiol. 1997. Vol. 63. P, 3218-3224,

SnaidrJ. et al. Pliylogenelic analysis and in situ identification of bacteria in activated sludge // Appl. Environ, Microbiol, 1997, Vol. 63. P. 2884-2896.

ViHeneave C. et al. Methylophaga nitratireducen-ticrescens sp. nov, and Methylophaga frappieri sp, nov., isolated from biofilm of the methanol-fed denitrification system treating the seawater at the Montreal Biodome // Int. J Syst. Evol. Microbiol. 2013. Vol. 63. P. 2216-2222."

References

Vaisman Ya.I.. Vaisman O.Ya, Maksimov S.V. [Methanogenesis control at municipal landfills]. Perm: PGTU, 2003. 232 p. (InRuss.)

Ivanova E.G. et al. [Facultative and obligate aerobic methylobacteria synthesize cytokinins]. Microbi-ologiya. 2000. V. 69. № 6. P. 764-769. (In Russ.)

Nozhevnikova A.N., Kallistova A,Yu., Kevbrina M.V. [Methane emission and microbial methane oxidation at municipal landfill). Proceedings of Winogradsky Institute of Microbiology. 2006, pp. 172-191. (In Russ.)

Amann R.I.. Ludwig W., Schleifer K.H. [Phyloge-netic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation] Microbiol. Rev. 1995. V. 59, pp. 143-169.

Antony C.P. et al. [Methylophaga Ionarensis sp. nov., a moderately lialoalkaliphilic metliylotroph isolated from the soda lake sediments of a meteorite impact crater] int. J, Syst. Evol, Microbiol, 2012, V. 62, pp. 1613-1618.

Doronina N. V., Darmaeva T.D., Trotsenko Y.A. [Methyfophaga alcalica sp. nov., a novel alkalipliilic and moderately halophilic, obligately methylotrophic bacterium from an East Mongolian saline soda lake] int. J. Syst, Evol. Microbiol. 2003. V. 53. pp. 223-29.

Juretschko S. et al. [The microbial community composition of a nitrifying-denitrifying activated sludge from an industrial sewage treatment plant analyzed by the full-cycle rRNA approach] Syst. Appl. Microbial. 2002. V. 25. pp. 84-99,

Kim H.G. et al. [Methylophaga aminisuifidivorans sp. nov., a restricted facultatively methylotrophic marine bacterium] Int. J. Syst. Evol Microbiol 2007, V, 57. pp. 2096-2101.

Knief C. et al. [Cultivation-independent characterization of methylobacterium populations in the plant phyllosphere by automated ribosomal intergenic Spacer analysis] Appl. and Environ. Microb. 2008, V, 74. N. 7* pp, 2218-2228.

Lane D.J. [I6S/23S rRNA sequencing] In: Stackebrandt E,„ Goodfellow M, (eds) Niic, Acids lech, in Bact. Syst. Academic Press: Chichester, UK,

1991. pp. 115-167,

Lau E. et al. [The methanol dehydrogenase gene mxaF. as a functional pliylogenelic marker for proteobacterial methanotrophs in natural environments] PLOS OAF. V, 8, e56993.

Manz W. et al. [Phylogenetic oligodeoxynucleotide probes for the major subclasses of proteobacteria: problems and solutions] Syst. Appl. Microbiol.

1992, V. 15. pp. 593-600.

McDonald T.R.. Murrell J.C. [The methanol dehydrogenase structural gene mxaF and its use as a functional gene probe for methanotrophs and methy-

lotrophs] Appl. Environ. Microbiol 1997. V. 63. pp. 3218 - 3224.

Snaidr J. et al, [Phylogenetic analysis and in situ identification of bacteria in activated sludge] Appl. Environ. Microbiol. 1997. V. 63. pp. 2884-2896.

Villeneuve C. el al, \Mefhylophaga nitraïtreducen-ticrescens sp. nov, and Methyhphaga frappieh

sp. nov., isolated from biofilin of llie methanol-fed denitriiicalion system treating the seawater at the Montreal Biodome) Int. J. Svst. Evoi Microbiol 2013. V. 63, pp. 2216-2222."

Посту пила в редакцию 17.11.2015

Об авторах

Шаравин Дмитрий Юрьевич, инженер лаборатории водной микробиологии ФГБУН Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН 614081, Пермь, ул. Го лева, 13; dima-$Ьага\1 [email protected] (342)2808332

Саралов Александр Иванович, доктор

биологических наук, профессор, зав.

лабораторией водной микробиологии

ФГБУН Институт экологии и генетики

микроорганизмов УрО РАН

614081, Пермь. \л. Голсва, 13: 5ага1оу[Шс£тчги

(342)2808332

About the authors

Sharavin Dmitry Yur'cvich, engineer, laboratory of

aquatic microbiology'

Institute of Ecology' and Gcnctics of

Microorganism UB RAS. 13, Golcv str., Perm,

Russia, 614081: di ma-sharavi n@yandcx. ru

(342)2808332

Saralov Alexander Ivanovich, doctor of biology, professor, laboratory of aquatic microbiology Institute of Ecology and Genetics of Microorganism UB RAS. 13, Golev str., Perm, Russia. 614081; saralovifiiegni.ru (342)2808332

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.