Научная статья на тему 'Поиск дифференцирующих групп генов поверхностных протеинов возбудителей сапа и мелиоидоза in silico'

Поиск дифференцирующих групп генов поверхностных протеинов возбудителей сапа и мелиоидоза in silico Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

CC BY
72
18
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Журнал
Инфекция и иммунитет
Scopus
ВАК
RSCI
ESCI
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по фундаментальной медицине , автор научной работы — В.В. Алексеева, О.Н. Гузенков, Д.В. Викторов, В.А. Антонов

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Текст научной работы на тему «Поиск дифференцирующих групп генов поверхностных протеинов возбудителей сапа и мелиоидоза in silico»

Материалы X съезда ВНПОЭМП, Москва, 12-13 апреля 2012 г.

Инфекция и иммунитет

Применение иммунного лактоглобулина для экстренной профилактики сальмонеллезной инфекции, вызванной антибиотико- и фагорезистентными штаммами 8. 1урЫтигшш в одной из групп детского сада и в родильном доме предотвратило инфекцию у 144 человек контактных с заболевшими. Таким образом, применение лактоглобулина против условно-патогенных бактерий и сальмонелл эффективно для профилактики ОКЗ у детей раннего возраста.

ПОИСК ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИХ ГРУПП ГЕНОВ ПОВЕРХНОСТНЫХ ПРОТЕИНОВ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ САПА И МЕЛИОИДОЗА IN SILICO

В.В. Алексеева1, О.Н. Гузенков2, Д.В. Викторов1, В.А. Антонов1

'ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора г. Волгоград; 2ГБОУ ВПО «ВолгГМУ Минздравсоцразвития России», г. Волгоград

Мелиоидоз и сап — особо опасные инфекционные заболевания человека и животных, экспресс-диагностика которых затруднена. Поэтому поиск высокоспецифичных мишеней (антигенов), пригодных для использования их в новых диагностических тест-системах остается актуальной проблемой. Целью настоящего исследования являлся сравнительный анализ известных последовательностей геномов патогенных видов Burkholderia in silico и выявление дифференцирующих групп кодирующих последовательностей поверхностных биополимеров специфичных для возбудителей ме-лиоидоза и сапа.

Для первоначального отбора кандидатных мишеней использовали интернет-ресурс Pathema (http:// pathema.jcvi.org/Pathema/). Всего было отобрано 11 поверхностных белков специфичных для возбудителя мелиоидоза и 1 белок для возбудителя сапа, общее число дифференцирующих нуклеотидных последовательностей составило 131 и 10, соответственно. Далее с использованием программы Vector NTI изучаемые сиквенсы транслировали в белковые молекулы и проверены на наличие гомологии с другими организмами в сетевом сервисе BLAST (http:// blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), где была подтверждена их уникальность для изучаемых бактерий. После кластерного анализа в приложении Vector NTI AlignX были отобраны белки, сформировавшие наиболее гомогенные группы. Затем для каждого кластера белков в on-line программе BepiPred (http:// www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred) изучали потенциальные антигенные свойства протеинов и выделяли линейные эпитопы. Далее в программе Vector NTI была сформирована библиотека выявленных эпито-пов и проведен их кластерный анализ. После анализа полученных результатов выявлено 8 кандидатных поверхностных протеинов возбудителя мелиоидоза, содержащих от 2 до 33 эпитопных сайтов. При этом больший интерес представляли белки OmpA и HrcV, содержащие эпитопы, порядок расположения и аминокислотная последовательность которых были идентичные. Поиск дифференцирующих групп генов для возбудителя сапа не дал положительного результата. Таким образом, обнаруженные группы протеинов могут являться главной мишенью для создания универсальной тест-системы для обнаружения возбудителя мелиоидоза.

ИЗУЧЕНИЕ ИММУНОГЕННЫХ СВОЙСТВ АНТИГЕНОВ Y. PESTIS EV11MP FSK3

Т.В. Аленкина, Е.Л. Воропаева, Г.В. Бочкарева, А.К. Никифоров, О.А. Волох

ФКУЗ Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Роспотребнадзора, г. Саратов

Фракция I — основной иммуногенн Y. pestis, который широко используется при разработке диагностических и вакцинных препаратов. Для получения поли-и моноклональных антител к фракции I, применяют корпускулярный антиген — цельные клетки чумного микроба, выращенные при 37°С, а также очищенный препарат фракции FI. Штаммом продуцентом, как правило, является вакцинный штамм Y. pestis EV линии НИИЭГ, который характеризуется повышенными питательными потребностями и невысокой скоростью роста при 37°С, хотя именно эта температура является оптимальной для синтеза антигена FI.

Методы генной инженерии позволяют создавать штаммы гиперпродуценты целевого антигена с одной стороны, авирулентные — с другой. Важную роль при этом играет стабильность штаммов в наследовании генетической информации. Авторский штамм Y. pestis EV11MpFSK3 получен из вакцинного штамма Y. pestis EV и депонирован в Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» (Анисимов А.П., 1995). Его генетической особенностью является расположение fra-оперона на плазми-де pPst в Scopl. Является суперпродуцентом фракции I, секретируя его в среду культивирования при 28°С (Никифоров А.К., 1995). Иммуногенные свойства антигенов авторского штамма до сих пор не изучались, что и определило цель настоящего исследования.

Изучение активности сывороток, полученных к корпускулярным антигенам, в объемной РА с культурами вакцинного и авторского штаммов показало отсутствие кросс-реагирования. Активность к гомологичному штамму находилась в пределах 1:3201:1280 для Y. pestis EV, 1:1280 для Y. pestis EV11MpFSK3. Активность сывороток к фракции I выявило высокую специфичность антифракционных сывороток Y. pestis EV, которые не взаимодействовали с клетками Y. pestis EV11MpFSK3, в то время как аналогичные сыворотки Y. pestis EV11MpFSK3 агглютинировали культуру вакцинного штамма в начальных разведениях (1:20—1:40). Сыворотки к фракции I авторского штамма были в 2 раза активнее антифракционных сывороток Y. pestis EV — 1:640-1:1280 и 1:320-1:640 соответственно.

Заключение. Изучение иммуногенных свойств фракции I и корпускулярных антигенов штаммов Y. pestis EV11MpFSK3 и Y. pestis EV линии НИИЭГ на данном этапе выявило преимущество авторского штамма для получения высокоактивных сывороток к фракции I.

ОПРЕДЕЛЕНИЕ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА К РИФАМПИЦИНУ В МОКРОТЕ У БОЛЬНЫХ С НАЛИЧИЕМ ИЛИ ОТСУТСТВИЕМ КОИНФЕКЦИИ ВИЧ

М.В. Альварес Фигероа12, Е.А. Долгова12, М.А. Гордукова12, Г.П. Лобашева2

ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва; 2ГУ Туберкулезная клиническая больница № 7 Департамента здравоохранения г. Москвы

На фоне высокого распространения резистентного к антибиотикам туберкулеза (ТБ), а также уве-

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.