CC BY
17
Original Articles
https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-4-20-29
Оценка распространенности и эпидемического потенциала штаммов древних и современных сублиний генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в Омской области
О. А. Пасечник*1, А. А. Вязовая2, А. И. Блох1, И. В. Ярусова3, М. П. Татаринцева3, И. В. Мокроусов2
1 ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Минздрава России
2 ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера», Санкт-Петербург
3 БУЗОО «Клинический противотуберкулезный диспансер», г. Омск
Резюме
Актуальность. Распространение эпидемических и резистентных генотипов Mycobacterium tuberculosis представляет серьезную угрозу реализации национальной программы по борьбе с туберкулезом в России. Цель исследования - оценка тенденций развития эпидемического процесса туберкулеза и распространенности штаммов различных сублиний и кластеров генотипа Beijing М. tuberculosis в Омской области. Материалы и методы. В соответствии с общепринятым алгоритмом описательно-оценочного эпидемиологического исследования изучена заболеваемость, распространенность и смертность от туберкулеза в Омской области за период 2009-2019 годов. Изучена структура популяции M. tuberculosis в Омской области (n = 483). Культивирование M. tuberculosis, определение лекарственной чувствительности, выделение ДНК проведено стандартными методами. Принадлежность штаммов M. tuberculosis к генотипу Beijing, его сублиниям и кластерам B0/W148 и 94-32 определяли на основе анализа специфических маркеров с помощью ПЦР. Результаты. Заболеваемость туберкулезом сократилась в 1,9 раза и составила в 2019 г. 67,3 на 100 тыс. населения. Динамика распространенности туберкулеза и смертности также характеризовалась выраженной тенденцией к снижению. Более половины (n = 317, 65,6%) изолятов принадлежали к генотипу Beijing, в том числе к его древней (n = 44,13,9%) и современной (n = 273, 86,1%) сублинии. Современная сублиния Beijing включала штаммы кластеров B0/W148 (n = 94, 29,6%) и 94-32 (n = 178, 56,2%). Почти все древние штаммы Beijing были МЛУ (97,7%) и характеризовались предширокой и широкой ЛУ (52,2% против 19,4% среди современных сублиний (PR = 0,59; [95% ДИ 0,35-0,99]). Высокий уровень кластеризации резистентных штаммов древней сублинии (CR = 0,84) позволяет рассматривать их в качестве потенциально эпидемических для Омской области. Выводы. На фоне улучшения эпидемиологической ситуации по туберкулезу в Омской области в целом циркуляция мультирезистентных штаммов кластера Beijing B0/W148 и штаммов древних сублиний генотипа Beijing, ассоциированных с предширокой и широкой лекарственной устойчивостью, указывает на эпидемический потенциал этих гено-вариантов M. tuberculosis и подчеркивает необходимость их тщательного мониторинга в системе эпидемиологического надзора. Ключевые слова: туберкулез, заболеваемость, распространенность, M. tuberculosis, генотип Beijing, древние сублинии Конфликт интересов не заявлен.
Для цитирования: Пасечник О. А., Вязовая А. А., Блох А. И. и др. Оценка распространенности и эпидемического потенциала штаммов древних и современных сублиний генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в Омской области. Эпидемиология и Вак-цинопрофилактика. 2020; 19 (4): 20-29. https://doi: 10.31631/2073-3046-2020-19-4-20-29._
Благодарности: исследование выполнено при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований в рамках научного проекта № 19-04-00263
Assessment of the Prevalence and Epidemic Spread of Strains of Ancient, and Modern Sublineages of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype in Omsk Region
OA Pasechnik**1, AA Vyazovaya2, AI Bloch1, IV Yarusova3, MP Tatarintseva3, IV Mokrousov2
1 Omsk State Medical University, Russian Federation
2 Saint-Petersburg Pasteur Institute, Russian Federation
3 Clinical Tuberculosis Dispensary, Omsk, Russian Federation
* Для переписки: Пасечник Оксана Александровна, к. м. н., доцент, заведующая кафедрой Общественного здоровья и здравоохранения Омского государственного медицинского университета, 644050, г. Омск, проспект Мира, 9. +7 (906)-197-41-87, opasechnik@mail.ru © Пасечник О. А. и др.
** For correspondence: Pasechnik Oksana A., Cand. Sci. (Med.), Associate Professor, Head of the Department of Public Health, Omsk State Medical University, 9 Mira Avenue, Omsk, 644050, Russia. +7(906)-197-41-87, opasechnik@mail.ru. © Pasechnik OA et al.
Original Articles
Abstract
Relevance. The spread of the epidemic and resistant Mycobacterium tuberculosis genotypes presents a serious threat to the implementation of the national tuberculosis control program in Russia. The study aimed to assess the trends in the development of the epidemic process of tuberculosis and the prevalence of strains of different sublineages and clusters of the M. tuberculosis Beijing genotype in the Omsk region. Materials & Methods. Following the generally accepted algorithm of descriptive and evaluation epidemiological research, the incidence, prevalence, and mortality from tuberculosis in the Omsk region for the period 2009-2019 were studied. The structure of the M. tuberculosis population in the Omsk region was studied (n = 483). M. tuberculosis culture, drug susceptibility testing, DNA extraction were carried out by standard methods. The M. tuberculosis Beijing genotype and its sublineages and clusters B0/W148 and 94-32 were detected based on the PCR analysis of specific markers. Results. The incidence of tuberculosis decreased by 1.9 times and was 67.3 per100 ths in 2019. The dynamics of tuberculosis prevalence and mortality were also characterized by a pronounced decreasing trend. 65.6% (n = 317) of the isolates belonged to the Beijing genotype, which was represented by strains of ancient (n = 44,13.9%) and modern (n = 273, 86.1%) sublineages. The latter one included two main clusters: B0/W148 (n = 94, 29.6%) and 94-32 (n = 178, 56.2%). Almost all ancient Beijing strains were MDR (97.7%), and were characterized by extensive drug resistance (XDR) and pre-XDR (52.2% versus 19.4% in modern sublineage (PR = 0.59; [95% CI 0.35 0, 99]). The high level of clustering of strains of ancient sublineage (CR = 0.84) allows us to consider them as potential epidemics for the Omsk region. Conclusions. Despite the general improvement of the epidemiological situation with tuberculosis in the Omsk region, the circulation of MDR strains of the Beijing B0/W148 cluster and pre-XDR/XDR strains of an ancient sublineage of the Beijing genotype points to the epidemic potential of these M. tuberculosis genovariants and emphasizes the need for their careful monitoring in the epidemiological surveillance system.
Keywords: tuberculosis, incidence, prevalence, M. tuberculosis, Beijing genotype, ancient sublineages No conflict of interest to declare.
For citation: Pasechnik OA, Vyazovaya AA, Bloch AI, et al. Assessment of the Prevalence and Epidemic Spread of Strains of Ancient, and Modern Sublineages of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype in Omsk Region. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2020; 19 (4): 20-29 (In Russ.). https://doi: 10.31631/2073-3046-2020-19-4-20-29.
Введение
В последнее десятилетие был достигнут значительный прогресс в борьбе с туберкулезом в глобальном масштабе: ежегодно снижались заболеваемость и смертность, появились новые методы диагностики, а также лекарственные препараты для эффективного лечения, находятся в стадии разработки несколько новых кандидатных вакцин [1]. Вместе с тем распространение штаммов возбудителя заболевания Mycobacterium tuberculosis с множественной и широкой лекарственной устойчивостью, а также крайне низкая эффективность его лечения признана главной общемировой угрозой для борьбы с туберкулезом и достижения Глобальных целей по снижению бремени болезни к 2035 г. [2].
В настоящее время в рамках вида M. tuberculosis выделяют 8 крупных филогенетических линий и менее крупные генетические семейства и компактные кластеры близкородственных штаммов. Вариабельность ряда биологических свойств внутри вида, принадлежность штамма к определенному генотипу M. tuberculosis в известной мере определяют эпидемиологические особенности, могут влиять на клиническое течение и исход туберкулезной инфекции [3-5].
Штаммы M. tuberculosis Восточно-Азиатской линии (линия 2), включающей генетическое семейство Beijing, которое, в свою очередь, разделено на филогенетические сублинии - типичную или «современную» и атипичную или «древнюю», эндемичны для стран Восточной и Юго-Восточной Азии и широко циркулируют в России и странах
бывшего СССР [3]. Штаммы генотипа Beijing выявлены на всех континентах, хотя и не везде составляют значимую долю в локальных популяциях M. tuberculosis. Высказано предположение, что некоторые генетические линии M. tuberculosis, такие как Beijing, могут иметь специфические адаптивные преимущества, способствующие их доминированию и глобальному распространению [3,6,7].
Результаты молекулярно-эпидемиологических исследований генотипа Beijing свидетельствуют о преимущественном распространении в настоящее время штаммов современных сублиний [4-6]. Древние сублинии генотипа Beijing преобладают в Японии и Южной Корее и крайне редко встречаются в других регионах мира [8]. До недавнего времени данные о древней сублинии генотипа Beijing были опубликованы только для Северо-Запада России в работе, в которой впервые была сформулирована теория о древних и современных сублиниях Beijing [9].
Цель исследования - оценка тенденции развития эпидемического процесса туберкулеза и распространенности штаммов различных сублиний Mycobacterium tuberculosis генотипа Beijing в Омской области.
Материалы и методы
Для характеристики заболеваемости населения Омской области туберкулезной инфекцией и оценки тенденции развития эпидемического процесса был использован наблюдательный описательно-оценочный метод эпидемиологического исследования. Применялся общепринятый
Original Articles
алгоритм эпидемиологического анализа с расчетом уровней и структуры заболеваемости и ее исходов, интенсивных (заболеваемости, распространенности, смертности) и экстенсивных показателей (показатели доли).
В аналитических эпидемиологических исследованиях были рассчитаны такие показатели, как отношение шансов (OR - odd ratio - отношение шансов), отношение превалентности (PR -prevalence ratio - отношение превалентности) и их доверительные интервалы.
В основу описательного эпидемиологического исследования положен анализ данных форм федерального статистического наблюдения в Омской области в 2009-2019 гг.: № 2 «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях», № 33 «Сведения о больных туберкулезом», № 8 «Сведения о заболеваниях активным туберкулезом».
Для оценки структуры популяции циркулирующих штаммов M. tuberculosis и распространенности сублиний генотипа Beijing была сформирована выборка пациентов в период с марта 2015 г. по декабрь 2019 г., в которую последовательно были включены 483 больных туберкулезом органов дыхания, состоявших на диспансерном учете в медицинских организациях фтизиатрического профиля Омской области. Мужчины составили 72,0% (n = 348), средний возраст 42,7 лет (от 18 до 89 лет), средний возраст женщин 41,9 года (от 20 до 87 лет). Городскими жителями были 57,5% (n = 278) пациентов.
Культивирование M. tuberculosis и определение лекарственной чувствительности изолятов к основным противотуберкулезным препаратам были проведены стандартным непрямым методом
абсолютных концентраций и/или с помощью автоматизированной системы BACTEC MGIT 960.
Выделение ДНК из чистых культур M. tuberculosis проводилось в полимеразной цепной реакции, позволяющей выявить специфическую вставку элемента IS6110 в локусе генома dnaA-dnaN, кластер B0/W148 с определением специфической инсер-ции IS6110 в межгенном участке Rv2664-Rv2665 и кластер 94-32 генотипа Beijing с определением мутации G > A в гене sigE кодона 98CTG > CTA (позиция в гене 294) проводили, как подробно описано ранее [10,11]. Генотипирование локусов MIRU-VNTR осуществляли, как описано ранее [3,8].
Дифференциацию генотипа Beijing на современную и древнюю сублинии осуществляли путем определения полиморфизма локуса NTF (наличие или отсутствие вставки IS6110) и делеции RD181 [11].
Коэффициент кластеризации штаммов (CR -clustering rate) был определен по формуле CR = (nc-c)/n, где nc - общее количество кластеризованных штаммов, с - количество кластеров, n - общее количество штаммов.
Критический уровень значимости (p) при проверке статистических гипотез принимался равным 0,05.
Результаты и обсуждение
За исследуемый период (2009-2019 гг.) в Омской области заболеваемость населения туберкулезом сократилась в 1,9 раза и составила к концу наблюдения 67,3 на 100 тыс. населения [95% ДИ 63,6 +70,9]. Наиболее сложной эпидемиологическая ситуация была в 2009 г., когда заболеваемость составляла 130,6 на 100 тыс. населения [95% ДИ 125,51+135,69] (n = 2638). К концу наблюдения
Рисунок 1. Динамика основных эпидемиологических показателей туберкулеза (заболеваемость, распространенность, смертность) в Омской области в 2009-2019 годах
Figure 1. Dynamics of the main epidemiological indicators for tuberculosis (incidence, prevalence, mortality) in the Omsk region, 2009-2019
Э50
Э00
к
s
X 250
ф
с
ф
1« 200
X
У
к
150
H
о
о ^ 100
я
X
50
0
Э05.6
274.7
2Э2.9
206.7
194.9
176.7
164.7
1Э6.6 1Э6.7
115.2
974 9Э.1 89.Э 86.1 825
8Э.9
76
71
67.Э
22.1
18.8 16.5 15
1Э.4 12.8 11.1 78 7.9
6.1
2009 2010 2011 2012 201Э 2014 2015 2016 2017 2018 2019
Распространенность
Смертность
Заболеваемость
Original Articles
Таблица 1. Характеристика когорт впервые выявленных больных туберкулезом на территории Омской области Table 1. Characteristics of cohorts of newly diagnosed tuberculosis patients in the Omsk region
2009 N, абс. (%) Abs. (%) 2019 N, асб. (%) Abs. (%) Отношение шансов Odd ratio 95% ДИ 95%CI
Всего Total 2588 1298
Пол Sex
Мужской Male 1722 (66,5) 852 (65,6) 1 -
Женский Female 866 (33,5) 446 (34,4) 1,04 0,9+1,19
Локализация туберкулеза Tuberculosis localization
Туберкулез органов дыхания Pulmonary tuberculosis 2577 (99,6) 1272 (97,9) 1 -
Внелегочный туберкулез Extrapulmonary tuberculosis 61 (0,4) 26 (2,0) 0,86 0,54+1,37
Бактериовыделители Bacterial culture positive cases 1152 (44,5) 662 (51,0) 1 -
Закрытые формы туберкулеза Culture-negative cases 1436 (55,4) 636 (49,0) 0,77* 0,67+0,88
Лекарственная устойчивость Drug resistance
Множественная ЛУ /MDR 125 (13,0) 161 (29,3) 1 -
Другие виды ЛУ и чувствительные Other drug resistance and susceptible 831 (87,0) 387 (70,7) 0,36* 0,27+0,47
Наличие полостей распада в легких на начало лечения Destruction cavities 840 (40,0) 306 (29,0) 1 -
Нет распада Non-destruction cavities 1261 (60,0) 750 (71,0) 1,63* 1,39+1,91
Фиброзно-кавернозный туберкулез Fibro-cavernous tuberculosis 123 (5,8) 9 (0,85) 7,1* 3,62+14,1
Статус микроскопии мазка на начало лечения бактериовыделителей Smear microscopy status at the start of treatment of culture-positive cases
КУМ положительный Bacterioscopy Positive 904 (34,9) 357 (27,5) 1,41* 1,22+1,63
ВИЧ-статус, среди лиц, обследованных на наличие антител к ВИЧ HIV status
ВИЧ-положительный HIV-positive 34 (1,6) 336 (31,0) 1 -
ВИЧ-отрицательный HIV-negative 2126 746 0,03* 0,02+0,05
Заболеваемость в местах лишения свободы Incidence in prisons 316 (12,2) 113 (8,7) 1,45* 1,63+1,82
Посмертная диагностика Post-mortem diagnosis 51 (2,0) 23 (1,8) 1,11 0,67+1,83
Городские жители Urban residents 1425 (63,1) 869 (73,7) 1 -
Сельские жители Rural residents 832 (36,9) 309 (26,3) 0,6* 0,52+0,71
Рецидив туберкулеза, выявленный в отчетном году среди контингента больных (доля в контингенте) Relapse of tuberculosis 226 (3,4) 272 (13,3) 0,6* 0,5+0,72
Примечание:* статистически значимые различия Note: statistically significant differences
динамика заболеваемости населения туберкулезом За изучаемый период в структуре клинических характеризовалась выраженной тенденцией к сни- форм туберкулеза преобладал туберкулез орга-жению с темпом снижения 5,7% (рис. 1). нов дыхания, доля которого составляла в 2019 г.
Original Articles
97,9% (п = 1272). Уровень заболеваемости внеле-гочным туберкулезом сократился более чем в два раза ^ = 0,86 95% ДИ 0,54+1,37) - с 3,0 до 1,3 на 100 тыс. населения (Тсн.= 10,2%).
Распространенность туберкулеза снижалась более выраженными темпами, чем заболеваемость (Тсн. = 10,%) и за изучаемый период значимо уменьшилась с 325,6 [95% ДИ 317,57+333,63] до 105,8 [95% ДИ 101,2+110,4] на 100 тыс. населения, контингент с активным туберкулезом сократился с 6565 до 2038 человек.
Для оценки произошедших изменений в структуре заболеваемости населения, а также характеристики впервые выявленных больных туберкулезом, были сопоставлены две когорты больных, выявленных в начале и конце анализируемого периода (табл. 1). Количество случаев туберкулеза, выявленных в 2019 г., значительно сократилось в сравнении с 2009 г., когда количество впервые выявленных больных составляло 2588 человек.
Среди заболевших доля мужчин почти в 2 раза превышала долю женщин и составила 65,6%, значимых различий в половой структуре впервые выявленных случаев туберкулеза не выявлено ^ = 1,04 [95% ДИ 0,9+1,19]). За изучаемый период заболеваемость мужчин сократилась на 65,2% -с 156,5 до 94,7 на 100 тыс. мужского населения.
Среди впервые выявленных больных значимо возросла доля городских жителей - с 63,1% до 73,7% ^ = 0,6 [95% ДИ 0,52+0,71]).
Ряд клинико-эпидемиологических показателей позволяет косвенно оценить качество проводимых в Омской области профилактических мероприятий, направленных на раннее выявление случаев туберкулеза.
За изучаемый период количество больных туберкулезом органов дыхания с деструктивными
изменениями сократилось более чем в 2,5 раза, с 840 (2009 г.) до 306 случаев (2019 г.), доля впервые выявленных случаев туберкулеза легких с деструктивными изменениями уменьшилась с 40,0% до 29,0% (OR = 1,63 [95% ДИ 1,39+1,91]).
Значимо уменьшилось количество больных с бактериовыделением, установленным методом простой микроскопии - с 34,9% в 2009 г. до 27,5% в 2019 г. (OR = 1,41 [95% ДИ 1,22+1,63]). Более чем в шесть раз сократилась доля впервые выявленных больных фиброзно-кавернозным туберкулезом - с 5,8% в 2009 г. до 0,85% в 2019 г. (OR = 7,1 [95% ДИ 3,62+14,1]).
Смертность населения Омской области от туберкулеза достигла к концу наблюдения минимального уровня и составила 6,1 на 100 тыс. населения в 2019 г., отмечена выраженная тенденция к снижению смертности в многолетней динамике (Тсн. = 11,7%).
На фоне тенденции к снижению заболеваемости населения туберкулезом изменилась качественная характеристика бактериовыделения у впервые выявленных больных, которая характеризовалась увеличением доли больных с установленным бактериовыделением с 44,5% до 51,0% (OR = 0,77, [95% ДИ 0,67+0,88]), а также уменьшением доли больных с сохраненной чувствительностью к противотуберкулезным препаратам, моно/ полирезистентностью с 87,0% в 2009 г. до 70,7% в 2019 г. (OR = 0,36 [95% ДИ 0,27+0,47]).
Среди больных туберкулезом бактериовыделите-лей доля лиц, выделяющих M. tuberculosis с множественной (в том числе широкой) лекарственной устойчивостью, за изучаемый период возросла в 2,3 раза - с 29,9% до 70,7%, а заболеваемость и распространенность туберкулеза с множественной ЛУ характеризовалась стабильностью (рис. 2).
Рисунок 2. Динамика заболеваемости и распространенности туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью (2009-2019 гг.)
Figure 2. Dynamics of the incidence and prevalence of multidrug-resistant tuberculosis (2009-2019)
45
40
к s 35
X
<u с 30
<u
IS X 25
У
и 20
.а
н
о 15
о
^
16 X 10
5
0
29.89639862
587
7.546795095
39.5
7.305799911
44.6
7.736259291
7.642860758
7.127691841
8.79631
9701 11.
I
2009 2010 2011 ^■заболеваемость МЛУ
8.3
20 10 0
2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 шраспространенность МЛУ Доля МЛУ в контингенте бактеривыделителей
80
70
30.5 60
I-
50
40 £ о ■I
30
Original Articles
Таблица 2. Структура сублиний генотипа Beijing в Омской области Table 2. Structure of sublineages of the Beijing genotype in the Omsk region
Современная сублиния генотипа Beijing* Modern sublineage of the Beijing genotype (n = 273) Древняя сублиния генотипа Beijing Ancient sublineage of the Beijing genotype
B0/W148 94-32
Абс. Abs. Доля, % Proportion % Абс. Abs Доля, % Proportion % Абс. Abs Доля, % Proportion %
94 29,6 178 56,2 44 13,9
Примечание. *1 изолят современной сублинии Beijing не относился ни к B0/W148 ни к А94-32. Note: *1 isolate of modern subline Beijing did not belong to either B0 / W148 or A94-32.
Таблица 3. Клинико-эпидемиологическая характеристика случаев туберкулеза, вызванного древними и современными сублиниями генотипа Beijing
Table 3. Clinical and epidemiological characteristics of cases of tuberculosis caused by ancient and modern sublineages of the Beijing genotype
Древняя сублиния генотипа Beijing I группа Ancient sublineage of the Beijing genotype I Group (n = 44) Современная сублиния генотипа Beijing Modern sublineage of the Beijing genotype PR (95% ДИ) древние/ современные Ancient/ Modern
всего II группа All II Group (n = 273) в т.ч
B0/W148 (n = 94) 94-32 (n = 178)
Пол Sex
Мужчины Males 34 (77,3) 194(71,0) 71 (75,5) 123 (69,1) 1,32 (0,68-2,57)
Женщины Females 10 (22,7) 79 (28,9) 23 (24,5) 55 (30,9) 1
Возрастные группы Age Group
18-54 года 18-54 years 39 (88,6) 238(87,2) 86 (91,5) 152 (85,4) 1
55 и старше > 55 years 5 (11,4) 35 (12,8) 8(8,5) 26 (14,6) 1,12 (0,47^2,68)
Городские жители Urban residents 21 (47,7) 155(56,7) 49 (52,1) 105 (59,0) 0,73 (0,42-1,26)
Клинические формы туберкулеза Clinical forms of tuberculosis
Инфильтративный Infiltrative 32 (72,8) 192(70,3) 55 (58,5) 137 (77,0) 0,96 (0,79-1,17)
Диссеминированный Disseminated 3(6,8) 43 (18,1) 13 (13,8) 30 (16,8) 0,44 (0,1-1,8)
Фиброзно-кавернозный Fibro-cavernous 5 (11,4) 15 (5,5) 7(7,5) 8 (4,5) 1,68 (0,51-5,4)
Прочие Other 4(9,0) 23 (8,4) 19 (20,2) 3 (1,7) 1
Лекарственная устойчивость Drug resistance
Чувствительные, моно/ полирезистентные Sensitivity, Mono-, poly-drug resistance 1 (2,3) 128(46,9) 6 (6,4) 121 (67,9) 0,02 (0,004-0,18)
Множественная ЛУ MDR 20 (45,5) 92 (33,7) 57 (60,6) 35 (19,7) 0,59 (0,35-0,99)
Предширокая, широкая ЛУ PreXDR, XDR 23 (52,2) 53 (19,4) 31 (32,3) 22 (12,4) 1
Original Articles
Молекулярно-генетический анализ 483 штаммов M. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом легких на территории Омской области, позволил выявить доминирование штаммов генотипа Beijing доля которых составила 65,6% (n = 317). Генотип Beijing представлен штаммами двух сублиний: древней (13,9%) и современной (86,1%) (табл. 2).
Современная сублиния Beijing, в свою очередь, включала 2 основных кластера: кластер B0/W148 (29,6%), циркуляция которого рассматривается как одна из причин активного распространения штаммов М. tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью в России (n = 94), и кластер 94-32 (Центрально-Азиатско-Российский), доля которого составила 56,2% (n = 178). Один изолят современной сублинии Beijing не относился ни к B0/ W148 ни к 94-32.
Для изучения клинико-эпидемиологической характеристики случаев туберкулеза, вызванного древними и современными штаммами сублиний генотипа Beijing, выделены две группы больных: I группа - 44 пациента, от которых выделены штаммы M. tuberculosis древних сублиний генотипа Beijing; II группа - 273 пациента, инфицированных M. tuberculosis современных сублиний генотипа Beijing (табл. 3).
Как видно из таблицы 3, в исследуемых группах пациентов в распределении случаев заболевания туберкулезом, вызванных штаммами древних и современных сублиний генотипа Beijing, по полу, возрасту и месту проживания, значимых различий не выявлено. Вместе с тем штаммы Beijing 9432 чаще выявляли у лиц более старшего возраста, средний возраст которых составлял 42,8 лет против 37,8 лет для штаммов древних сублиний и B0/W148 генотипа Beijing, разность средней — 5,0 (95% ДИ 1,03+6,28).
Доля случаев туберкулеза в возрасте 55 лет и старше была больше во II группе и составила
12,8% против 12,0% в I группе, однако во II группе доля лиц в возрасте 55 лет и старше выше среди пациентов, инфицированных M. tuberculosis Beijing 94-32 (14,6% против 8,5%, PR = 0,58 [0,27+1,24].
Хотя не было выявлено значимых различий по клиническим формам туберкулеза в группах пациентов, инфицированных древними и современными сублиниями, во II группе инфильтративный туберкулез легких значимо чаще был диагностирован у пациентов, инфицированных M. tuberculosis Beijing 94-32 (77,0% против 58,5%, PR = 0,76 [0,63+0,92]). В группе пациентов, инфицированных M. tuberculosis Beijing B0/W148, значимо чаще были выявлены прочие клинические формы туберкулеза, среди которых остро прогрессирующие формы - генерализованный и милиарный туберкулез (20,2% против 1,7%; PR = 11,9 [3,64+39,4]).
В нашем исследовании 28,5% (91/317) штаммов генотипа Beijing были чувствительны ко всем протестированным противотуберкулезным препаратам (рис. 3). Моно/полирезистентными были 12,0% штаммов (n = 38), множественной лекарственной устойчивостью обладали 35,4% штаммов (n = 112), 17,4% имели предширокую лекарственную устойчивость (n = 55), 6,7% - широкую ЛУ (n = 21).
Вместе с тем штаммы древних и современных сублиний имели значимые различия в структуре лекарственной устойчивости (рис. 3). Среди древних штаммов не было ни одного чувствительного к противотуберкулезным препаратам, у 45,5% была обнаружена множественная ЛУ (20/44), у 43,2% -предширокая ЛУ (n = 19), с широкой лекарственной устойчивостью были 9,0% штаммов (n = 4).
Следует отметить, что клональные кластеры 94-32 и В0^148 современных сублиний Beijing также значимо различались структурой лекарственной устойчивости. Штаммы клональ-ного кластера Beijing 94-32 чаще были чувствительны к противотуберкулезным препаратам или
Рисунок 3. Структура лекарственной устойчивости древних и современных штаммов сублиний генотипа Beijing в Омской области
Figure 3. The structure of drug resistance of ancient and modern strains sublineages of the Beijing genotype in the Omsk region
100
90
80
70
■-о 60
к с 50
О
d 40
30
20
10
0
Все современные Beijing
6.3 13.2 9.6 4.5 7.9 9 43.2 6.7 17.4 35.4
23.4 19.7
33.8
60.6 5.3 1.1 17.9 50
13.6 33.1 45.5 2.3
12 28.5
B0/W148 94-32 Все древние Beijing Beijing, всего
Чувствительные Моно/полирезистентные МЛУ ПредШЛУ ШЛУ
Original Articles
Таблица 4. Кластеризация современных и древних сублиний генотипа Beijing Table 4. Clustering of modern and ancient sublineages of the Beijing genotype
Кластер Cluster Сублиния, субтип генотипа Beijing Sublineage, subtype of the Beijing genotype Профиль MIRU-VNTR* Profile MIRU-VNTR Количество изолятов в кластере/ The number of isolates in the cluster Коэффициент кластеризации Clustering rate
1 Древняя Ancient 221325173533 24 0,84
2 Древняя Ancient 223325173423 10
3 Современная 94-32 Modern 94-32 223325153533 27 0,83
4 Современная 94-32 Modern 94-32 223325153633 5
5 Современная 94-32 Modern 94-32 223325163533 2
6 Современная B0/W148 Modern B0/W148 223325173533 41 0,85
7 Современная B0/W148 Modern B0/W148 221325173533 2
Примечание:* 12локусов MIRU: 2, 4, 10, 16, 20, 23, 24, 26, 27, 31, 39, 40. Note: *12 loci of MIRU: 2, 4, 10, 16, 20, 23, 24, 26, 27, 31, 39, 40.
моно/полирезистентны (67,9% против 6,4%, PR = 0,09 [95% ДИ 0,04+0,2]), тогда как среди кластера Beijing B0/W148 преобладали штаммы с множественной ЛУ (60,6% против 19,7%, PR = 3,08 [95% ДИ 2,2+4,33], а также предширокой и широкой ЛУ (32,3% против 12,4% PR = 2,37 [95% ДИ 1,64+4,34].
Таким образом, среди штаммов древних сублиний клинически наиболее значимой предширокой и широкой лекарственной устойчивостью обладали 52,5% (n = 23) этих штаммов, тогда как среди штаммов современных сублиний клонального кластера B0/W148 -33,0% (n=31), а кластера 9432 - 12,4% (n = 22).
Большинство штаммов Beijing (90,2%; 111 из 123) входили в состав кластеров по VNTR-анализу (табл. 4). Семь кластеров включали от 2 до 41 изолята (см. табл. 4). Наиболее крупный кластер имел VNTR-профиль 223325173533 и принадлежал к современному клональному кластеру B0/W148. Среди штаммов древних сублиний обнаружено 2 кластера, включавших 24 изолята (VNTR-профиль 221325173533) и 10 изолятов (VNTR-профиль 223325173423).
Значимых различий в кластеризации штаммов древних и современных сублиний обнаружено не было (PR = 0,98 [95% ДИ 0,86+1,12], что свидетельствует об активном распространении на территории Омской области штаммов M. tuberculosis как современных, так и древних сублиний.
Анализ пространственно-временного распределения штаммов M. tuberculosis в Омской области свидетельствовал о наличии эпидемиологической связи между случаями, зарегистрированными не только в разных административных округах г. Омска, но и в муниципальных районах области. Кластеры охватывали не только близлежащие населенные пункты, но и административные
территории удаленных муниципальных районов. Следует отметить, что цепочка передачи возбудителя туберкулеза в кластерах № 4, № 5 и № 7 оборвались в 2013-2015 гг, позже новых случаев заболевания с такими VNTR-профилем обнаружено не было. В кластере № 6 в 2013-2014 гг. выявлено 56% случаев с последующим снижением количества случаев до 9 (22,0%) к 2017-2018 гг.
Для кластеров № 1 и № 2, представленных древними сублиниями генотипа Beijing, наблюдалась похожая пространственно-временная закономерность: изоляты были выделены в широком временном диапазоне от пациентов проживающих в разных частях г. Омска и в различных муниципальных районах, что отражает не недавнюю экспансию, а скорее длительную циркуляцию этих клонов в Омской области.
На протяжении изучаемого периода в Омской области прослеживается улучшение ряда эпидемиологических показателей: снижение заболеваемости населения туберкулезом, сокращение распространенности и смертности от туберкулеза, что безусловно является результатом планомерных профилактических и противоэпидемических мероприятий в регионе.
Данные нашего исследования свидетельствуют о генетическом разнообразии циркулирующих штаммов M. tuberculosis в Омской области, среди которых преобладает генетическое семейство Beijing (65,6%). Наиболее известные клональные кластеры относятся к генотипу Beijing и представляют российский эпидемический кластер B0/W148 и относительно менее изученный российско-среднеазиатский генотип 94-32 [11,12-14].
В нашем исследовании к кластерам современной сублинии Bejing B0/W148 и 94-32 были отнесены 94 (29,6%) и 178 (56,2%) из 273 штаммов.
Доли штаммов M. tuberculosis Beijing B0/ W148 и 94-32 с множественной ЛУ существенно
Original Articles
различались и составляли 60,6% против 19,7%, PR = 3,08 [95% ДИ 2,2+4,33], а также предширокой и широкой ЛУ (32,3% против 12,4% PR = 2,37 [95% ДИ 1,64+4,34]).
Ранее было показано, что по сравнению с другими генотипами штаммы Beijing B0/W148 демонстрируют повышенную вирулентность в модели макрофагов, способность обходить индуцированный БЦЖ иммунитет [3,4], более сильную связь с множественной лекарственной устойчивостью и повышенную трансмиссивность, хотя это и варьировало при сравнении эпидемических и спорадических штаммов, например при сравнении России, Китая и Бразилии [6,7]. Было показано, что кластер B0/W148 представляет собой «успешный» клон M. tuberculosis в России, циркуляция которого рассматривается как одна из причин активного распространения МЛУ штаммов М. tuberculosis в стране [14,15].
Штаммы кластера Beijing 94-32 повсеместно распространены в России, составляя 40 -50% популяции M. tuberculosis семейства Beijing [14], и преобладают в странах Средней Азии, например, до 90% штаммов Beijing в Казахстане, 24,7% всех исследованных штаммов в Узбекистане, 23,8% в Таджикистане, 22,9% Киргизстане [16,17].
В отличие от штаммов современных сублиний генотипа Beijing, циркулирующих по всему миру, древние сублинии преобладают в Японии [8] и Южной Корее [18], несколько реже встречаются в Китае [19] и Вьетнаме [20] и редко встречаются в других странах. Например, в России, где генотип Beijing составляет от 35 до 65% от общей популяции M. tuberculosis, древние штаммы были обнаружены примерно в 5% популяции Beijing на северо-западе России [9].
В этом смысле, неожиданной находкой нашего исследования было выявление древних штаммов
в относительно высокой доле (13,8% всей выборки Beijing) в Омской области.
Наиболее тревожным результатом этого исследования является обнаружение лекарственной устойчивости штаммов древних сублиний к большинству противотуберкулезных препаратов, почти все древние Beijing штаммы в Омской области были МЛУ (97,7%), и эта доля была выше, чем у изолятов основного российского эпидемического клона B0/W148 (93,6%). Кроме того, высокий уровень кластеризации штаммов древних сублиний (CR = 0,84) позволяет рассматривать их в качестве эмерджентных и потенциально эпидемических субтипов для Омской области.
Заключение
На фоне выраженной тенденции к снижению заболеваемости и смертности населения от туберкулеза в Омской области наблюдается циркуляция штаммов M. tuberculosis, относящихся к различным генетическим семействам и линиям с доминированием клинически и эпидемиологически значимого генотипа Beijing. В структуре данного генотипа преобладали кластеры современные сублинии B0/ W148 и 94-32. Вместе с тем, распространенность штаммов древних сублиний генотипа Beijing была выше, чем в других регионах России, и имела сильную ассоциацию с предширокой и широкой лекарственной устойчивостью, что подчеркивает их эпидемический потенциал и необходимость тщательного мониторинга в системе эпиднадзора.
В совокупности наши наблюдения способствуют лучшему пониманию успешного распространения эпидемически значимых клонов генотипа Beijing и могут помочь в совершенствовании противоэпидемических мероприятий для предупреждения трансформации эпидемического процесса в эпидемию лекарственно-устойчивого туберкулеза.
Литература
1. Lytras T., Kalkouni O. The global tuberculosis epidemic: turning political will into concrete action. // Journal of Thoracic dlsease.2018. Vol.10, (suppl 26). P. 3149-3152.
2. Sharma A, Hill A, Kurbatova E., et al. Estimating the future burden of multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis in India, the Philippines, Russia, and South Africa: a mathematical modelling study// Lancet Infectious diseases. 2017. Vol. 17, № 7. P. 707-715.
3. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen's pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. // Tuberculosis. 2015. Vol. 95, (suppl 1). P. 167-176.
4. Ribeiro S.C., Gomes L.L., Amaral E.P, et al. Mycobacterium tuberculosis strains of the modern sublineage of the Beijing family are more likely to display increased virulence than strains of the ancient sublineage. // Journal of Clinical Microbiology. 2014. Vol. 52, № 7. P. 2615-2624.
5. Wiens K.E., Woyczynski L.P., Ledesma J.R., et al. Global variation in bacterial strains that cause tuberculosis disease: a systematic review and meta-analysis. // BMC Medicine. 2018. Vol.16, №1. P.196.
6. Hanekom M., van der Spuy G.D., Gey van Pittius N.C., et al. Evidence that the spread of Mycobacterium tuberculosis strains with the Beijing genotype is human population dependent. Journal of Clinical Microbiology. 2007. Vol. 45. P. 2263-2266.
7. de Keijzer J., de Haas P.E., de Ru A.H., et al. Disclosure of selective advantages in the «modern» sublineage of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype family by quantitative proteomics //Molecular and Cellular Proteomics. 2014. Vol. 13, № 10. P. 2632-45.
8. Wada T., Iwamoto T., Maeda S. Genetic diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family in East Asia revealed through refined population structure analysis. // FEMS Microbiology Letters. 2009. Vol. 291, №1. P.35-43.
9. Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A, et al. Phylogenetic reconstruction within mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Northwestern Russia. // Research in Microbiology. 2002. Vol. 153, № 10. P. 629-637.
10. Пасечник О.А., Вязовая А.А., Дымова М.А., и др. Исходы заболевания туберкулезом в зависимости от генотипа Mycobacterium tuberculosis. // Инфекция и иммунитет. 2019. Т. 9, № 3-4. С. 531-538.
11. Mokrousov I., Chernyaeva E., Vyazovaya A, et al. Rapid Assay for Detection of the Epidemiologically Important Central Asian/Russian Strain of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype//Journal of Clinical Microbiology. 2018. Vol. 56, № 2. e01551-17.
12. Shitikov E., Kolchenko S., Mokrousov I., et al. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. // Scientific Reports. 2017. Vol.7. P. 9227.
13. Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A, et al. Russian «successful» clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: multiplex PCR assay for rapid detection and global screening. //Journal of Clinical Microbiology. 2012. Vol. 50. P. 3757-3759.
14. Mokrousov I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis. // Clinical Microbiology Reviews. 2013. Vol. 26, № 2. P. 342-60.
Original Articles
15. Вязовая А.А., Ветров В.В., Лялина Л.В., и др. Характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis (по материалам 15-летнего наблюдения в Ленинградской области). //Инфекция и иммунитет. 2017. Т.7, №1. С. 34-40.
16. Skiba Y., Mokrousov I., Ismagulova G, et al. Molecular snapshot of Mycobacterium tuberculosis population in Kazakhstan: a country-wide study. // Tuberculosis (Edinb). 2015. Vol. 95, № 5. P. 538-546.
17. Engström, A., Antonenka, U., Kadyrov, A. et al. Population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Central Asia// BM C Infectious Diseases. 2019. Vol. 19. P. 908.
18. Shamputa I.C., Lee J., Allix-Beguec C, et al. Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from a tertiary care tuberculosis hospital in South Korea. // Journal of Clinical Microbiology. 2010. Vol. 48. P. 387-94.
19. Luo T., Comas I., Luo D., et al. Southern East Asian origin and coexpansion of Mycobacterium tuberculosis Beijing family with Han Chinese. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015.
Vol. 112, № 26. P. 8136-8141.
20. Maeda S., Hang N.T., Lien L.T., et al. Mycobacterium tuberculosis strains spreading in Hanoi, Vietnam: Beijing sublineages, genotypes, drug susceptibility patterns, and host factors. // Tuberculosis (Edinb). 2014. Vol. 94, № 6. P. 649-656.
References
1. Lytras T, Kalkouni O. The global tuberculosis epidemic: turning political will into concrete action. Journal of thoracic disease. 2018;10(Suppl 26):3149-52. doi:10.21037/ jtd.2018.08.73.
2. Sharma A, Hill A, Kurbatova E, et al. Estimating the future burden of multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis in India, the Philippines, Russia, and South Africa: a mathematical modelling study. Lancet Infect Dis. 2017;17(7):707-715. doi:10.1016/S1473-3099(17)30247-5.
3. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen's pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015;95(Suppl1):S167-S176. doi:10.1016/j.tube.2015.02.031.
4. Ribeiro SC, Gomes LL, Amaral EP, et al. Mycobacterium tuberculosis strains of the modern sublineage of the Beijing family are more likely to display increased virulence than strains of the ancient sublineage. J Clin Microbiol. 2014;52(7):2615-2624. doi:10.1128/JCM.00498-14.
5. Wiens KE, Woyczynski LP, Ledesma JR, et al. Global variation in bacterial strains that cause tuberculosis disease: a systematic review and meta-analysis. BMC Med. 2018;16(1):196. doi:10.1186/s12916-018-1180-x.
6. Hanekom M, van der Spuy GD, Gey van Pittius NC, et al. Evidence that the Spread of Mycobacterium tuberculosis Strains with the Beijing Genotype Is Human Population Dependent. J. Clin. Microbiol. 2011;49(7):2783. doi:10.1128/JCM.00660-11.
7. de Keijzer J, de Haas PE, de Ru AH, et al. Disclosure of selective advantages in the «modern» sublineage of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype family by quantitative proteomics. Mol. Cell. Proteomics. 2014;13(10):2632-45. doi: 10.1074/mcp.M114.038380.
8. Wada T, Iwamoto T, Maeda S. Genetic diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family in East Asia revealed through refined population structure analysis. FEMS Microbiol Lett. 2009;291(1):35-43. doi:10.1111/j.1574-6968.2008.01431.x.
9. Mokrousov I, Narvskaya O, Vyazovaya A, et al. Phylogenetic reconstruction within Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Northwestern Russia. Research in Microbiology. 2002;153(10):629-637.
10. Pasechnik OA, Vyazovaya AA, Dymova MA, et al. Tuberculosis outcomes related to the Mycobacterium tuberculosis genotype. Russian Journal of Infection and Immunity. 2019;9(3-4):531-538 (In Russ). doi: 10.15789/2220-7619-2019-3-4-531-538.
11. Mokrousov I, Chernyaeva E, Vyazovaya A, et al. Rapid Assay for Detection of the Epidemiologically Important Central Asian/Russian Strain of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype. Journal of clinical microbiology. 2018;56(2),e01551-17. https://doi.org/10.1128/JCM.01551-17.
12. Shitikov E, Kolchenko S, Mokrousov I, et al. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Sci Rep. 2017;7(1):9227. doi: 10.1038/s41598-017-10018-5.
13. Mokrousov I, Narvskaya O, Vyazovaya A, et al. Russian «successful» clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: multiplex PCR assay for rapid detection and global screening. J Clin Microbiol. 2012;50:3757-3759. doi:10.1128/JCM.02001-12.
14. Mokrousov I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis. Clin. Microbiol. Rev. 2013;26(2):342-60. doi: 10.1128/CMR.00087-12.
15. Vyazovaya AA, Vetrov VV, Lyalina LV, et al. Characterization of Mycobacterium tuberculosis strains (a 15-year survey in Leningrad region, Russia). Russian Journal of Infection and Immunity. 2017;7(1):34-40. (In Russ.) doi.org/10.15789/2220-7619-2017-1-34-40.
16. Skiba Y, Mokrousov I, Ismagulova G, et al. Molecular snapshot of Mycobacterium tuberculosis population in Kazakhstan: a country-wide study. Tuberculosis (Edinb). 2015;95(5):538-546. doi:10.1016/j.tube.2015.04.012.
17. Engström A, Antonenka U, Kadyrov A, et al. Population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Central Asia. BMC Infect. Dis. 2019;19:908. doi.org/10.1186/ s12879-019-4480-7.
18. Shamputa IC, Lee J, Allix-Beguec C, et al. Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis isolates from a tertiary care tuberculosis hospital in South Korea. J Clin Microbiol. 2010;48(2):387-394. doi:10.1128/JCM.02167-09/
19. Luo T, Comas I, Luo D, et al. Southern East Asian origin and coexpansion of Mycobacterium tuberculosis Beijing family with Han Chinese. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112(26):8136-8141. doi:10.1073/pnas.1424063112.
20. Maeda S, Hang NT, Lien LT, et al. Mycobacterium tuberculosis strains spreading in Hanoi, Vietnam: Beijing sublineages, genotypes, drug susceptibility patterns, and host factors. Tuberculosis (Edinb). 2014;94(6):649-656. doi:10.1016/j.tube.2014.09.005.
Об авторах
About the Authors
• Оксана Александровна Пасечник - к. м. н., доцент, заведующая кафедрой Общественного здоровья и здравоохранения Омского государственного медицинского университета, 644050, г. Омск, проспект Мира, 9. +7 (906)-197-41-87, opasechnik@mail.ru. https://orcid.org/0000-0003-1144-5243
• Анна Александровна Вязовая - к. б. н., с. н. с. лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург. +7 (812)-233-21-49, annavyazovaya@pasteurorg.ru. https://orcid.org/0000-0001-9140-8957.
• Алексей Игоревич Блох - ассистент кафедры эпидемиологии Омского государственного медицинского университета. +7 (3812)-650-654, spy_ spirit@mail.ru. https://orcid.org/0000-0002-0756-2271.
• Ирина Владимировна Ярусова - заведующая централизованной бактериологической лабораторией Клинического противотуберкулезного диспансера, г. Омск. +7 (3812)-421-311, i.v.yarusova@mail.ru.
• Марина Петровна Татаринцева - главный врач Клинического противотуберкулезного диспансера, г. Омск. +7 (3812)-424-486, mara_mayri@mail.ru.
• Игорь Владиславович Мокроусов - д. б. н., заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург. +7 (812)-233-21-49, imokrousov@mail.ru. https://orcid.org/0000-0001-5924-0576.
Поступила: 02.06.2020. Принята к печати: 02.08.2020.
Контент доступен под лицензией СС БУ 4.0.
• Oksana A. Pasechnik - Cand. Sci. (Med.), Associate Professor, Head of the Department of Public Health, Omsk State Medical University, 9 Mira Avenue, Omsk, 644050, Russia. +7 (906)-197-41-87, opasechnik@mail.ruhttps://orcid. org/0000-0003-1144-5243
• Anna A. Vyazovaya - Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher in Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics, St. Petersburg Pasteur Institute, Russia. +7 (812)-233-21-49, annavyazovaya@pasteurorg.ru. https:// orcid.org/0000-0001-9140-8957.
• Alexey I. Bloch - Assistant in Department of Epidemiology of Omsk State Medical University. +7 (3812)-650-654, spy_spirit@mail.ru. https://orcid. org/0000-0002-0756-2271
• Irina V. Yarusova - Head of the Centralized Bacteriological Laboratory of Clinical Tuberculosis Dispensary, Omsk, Russian Federation. +7 (3812)-421-311, i.v.yarusova@mail.ru
• Marina P. Tatarintseva - Head doctor of Clinical Tuberculosis Dispensary, Omsk, Russian Federation. +7 (3812)-424-486, mara_mayri@mail.ru.
• Igor V. Mokrousov - Dr. Sci. (Biol.), Head of Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics, St Petersburg Pasteur Institute, Russia. +7 (812)-233-21-49, imokrousov@mail.ru. https://orcid.org/0000-0001-5924-0576
Received: 02.06.2020. Accepted: 02.08.2020.
Creative Commons Attribution CC BY 4.0.
