CC BY
53
Оригинальные статьи
Original articles
Инфекция и иммунитет Russian Journal of Infection and Immunity = Infektsiya i immunitet
2017, Т. 7, № 1, с. 34-40 2017, vol. 7, no. 1, pp. 34-40
ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (ПО МАТЕРИАЛАМ 15-ЛЕТНЕГО НАБЛЮДЕНИЯ В ЛЕНИНГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ)
A.А. Вязовая1, В.В. Ветров1, Л.В. Лялина1, И.В. Мокроусов1, Н.С. Соловьева2,
B.Ю. Журавлев2, Б.И. Вишневский2, О.В. Нарвская12
1ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург Россия 2 ФГБУНИИфтизиопульмонологии Минздрава России, Санкт-Петербург, Россия
Резюме. В конце 90-х гг. XX в. в России наблюдалось обострение эпидемической ситуация по туберкулезу и «взрывной» рост лекарственной устойчивости возбудителя. В последние годы на фоне снижения заболеваемости туберкулезом легких растет число случаев, вызванных микобактериями с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), что приводит к снижению эффективности лечения. Среди 11 субъектов Северо-Западного федерального округа Ленинградская область лидирует по числу неэффективных курсов химиотерапии у впервые выявленных бактериовыделителей. Особенностью эпидемической ситуации по туберкулезу в Ленинградской области является превалирование (74,1% в 2014 г.) МЛУ штаммов возбудителя у ранее леченных больных туберкулезом легких. Цель исследования — сравнительная генотипическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных хроническим туберкулезом легких в Ленинградской области в 1999—2004 и 2010—2014 гг. По результатам сполиготипирования, среди штаммов M. tuberculosis ранее леченных больных Ленинградской области преобладали представители генетического семейства Beijing (сполиготипы SIT1 и SIT190), причем их доля возросла с 56,3% (27 из 48) в 1999—2004 гг. до 76,5% (52 из 68) в 2010—2014 гг. Доля штаммов других генотипов — LAM и T — сократилась с 16,7 и 12,5% до 10,3 и 2,9% соответственно. Удельный вес МЛУ в изученных субпопуляциях генотипа Beijing был практически неизменным (88,9 и 86,5%). Среди МЛУ штаммов Beijing в 1999—2004 гг. широкая лекарственная устойчивость (ШЛУ) не встречалась, тогда как в 2010—2014 гг. доля ШЛУ достигла 33,3%. MIRU-VNTR-типирование (12 локусов) 68 штаммов M. tuberculosis выявило 20 вариантов профилей, из них пять представлены кластерами MIT1, MIT46, MIT16, MIT17, MIT571, включавшими два и более штамма. Наиболее крупные кластеры MIT16 (223325153533) и MIT17 (223325173533) включали 25 (48,1%) и 21 (40,4%) штамм генотипа Beijing. При этом ранее установлена клиническая значимость и преимущественно эпидемический путь распространения МЛУ штаммов M. tuberculosis генотипа Beijing, принадлежащих к данным MIRU-VNTR-типам, в ряде регионов России, что требует углубленного анализа ситуации в Ленинградской области.
Ключевые слова: Mycobacterium tuberculosis, множественная лекарственная устойчивость, широкая лекарственная устойчивость, сполиготипирование, генотип Beijing, MIRU-VNTR.
Адрес для переписки:
Вязовая Анна Александровна
197101, Россия, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14,
ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера.
Тел.: (812) 233-21-49. Факс: (812) 233-20-92.
E-mail: annavyazovaya@pasteurorg.ru
Библиографическое описание:
Вязовая А.А., Ветров В.В., Лялина Л.В., Мокроусов И.В., Соловьева Н.С., Журавлев В.Ю., Вишневский Б.И., Нарвская О.В. Характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis (по материалам 15-летнего наблюдения в Ленинградской области) // Инфекция и иммунитет. 2017. Т. 7, № 1. С. 34-40. doi: 10.15789/2220-7619-2017-1-34-40
© Вязовая А.А. и соавт., 2017
Contacts:
Anna A. Vyazovaya
197101, Russian Federation, St. Petersburg, Mira str., 14, St. Petersburg Pasteur Institute. Phone: +7 (812) 233-21-49. Fax: +7 (812) 233-20-92. E-mail: annavyazovaya@pasteurorg.ru
Citation:
Vyazovaya A.A., Vetrov V.V., Lyalina L.V., Mokrousov I.V., Solovleva N.S., Zhuravlev V.Yu., Vishnevskiy B.I., Narvskaya O.V. Characterization of Mycobacterium tuberculosis strains (a 15-year survey in Leningrad Region, Russia) // Russian Journal of Infection and Immunity = Infektsiya i immunitet, 2017, vol. 7, no. 1, pp. 34-40. doi: 10.15789/2220-7619-2017-1-34-40
DOI: http://dx.doi.org/10.15789/2220-7619-2017-1-34-40
CHARACTERIZATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS (A 15-YEAR SURVEY IN LENINGRAD REGION, RUSSIA)
Vyazovaya A.A.a, Vetrov V.V.a, Lyalina L.V.a, Mokrousov I.V.a, Solovieva N.S.b, Zhuravlev V.Yu.b, Vishnevskiy B.I.b, Narvskaya O.V.ab
a St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation bResearch Institute of Phthisiopulmonology, St. Petersburg, Russian Federation
Abstract. In the late 90-ies of XX century in Russia there was an exacerbation of the epidemic situation of tuberculosis (TB) and "explosive" increase in pathogen drug resistances. Regardless of lower incidence of pulmonary TB in recent years, the number of cases caused by multidrug-resistant (MDR) mycobacteria was increasing due to a reduction in the effectiveness of treatment. Among the 11 subjects of the North-West Federal District the Leningrad Region is leading in the number of ineffective chemotherapy outcomes in newly diagnosed bacteriologically confirmed TB cases. A specific feature of the current epidemic situation in the Leningrad Region is the prevalence (74.1% in 2014) of MDR strains among previously treated patients with pulmonary TB. The aim of the research was a comparative genotypic characterization of Mycobacterium tuberculosis strains, isolated from patients with chronic pulmonary tuberculosis in the Leningrad Region in 1999—2004 and 2010—2014. As defined by spoligotyping, the Beijing family genotype was prevailing among M. tuberculosis strains of previously treated patients from Leningrad region (76.5% in 2010—2014 versus 56.3% in 1999—2004). The proportion of other genotypes strains — LAM and T decreased from 16.7 and 12.5% to 10.3 and 2.9%, respectively. The proportion of multi-drug resistance in the studied subpopulations of the Beijing genotype strains remained virtually constant (86.5 and 88.9%). The extensive drug resistance was not observed among MDR Beijing strains in 1999—2004, whereas in 2010-2014 it reached 33.3%. MIRU-VNTR-typing (12 loci) of 68 M. tuberculosis strains revealed 20 profiles; of these, five were presented by clusters MIT1, MIT46, MIT16, MIT17, MIT571, comprising two or more strains. The largest clusters MIT16 (223325153533) and MIT17 (223325173533) included 25 (48.1%) and 21 (40.4%) apparently highly transmissible Beijing genotype strains. Previously, clinical significance and mainly epidemic pathways for MDR M. tuberculosis Beijing strains belonging to these MIRU-VNTR-types were proved in a number of Russian regions. These findings require in-depth analysis of the situation in the region studied.
Key words: Mycobacterium tuberculosis, multidrug-resistant, extensively drug-resistant, spoligotyping, Beijing genotype, MIRU-VNTR.
Введение
В конце 90-х гг. XX в. в России наблюдалось обострение эпидемической ситуация по туберкулезу и «взрывной» рост лекарственной устойчивости возбудителя [5]. В последние годы на фоне снижения заболеваемости туберкулезом легких растет число случаев, вызванных микобактериями с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), что приводит к снижению эффективности лечения. Среди 11 субъектов Северо-Западного федерального округа (СЗФО) Ленинградская область лидирует по числу неэффективных курсов химиотерапии у впервые выявленных бактериовы-делителей [1]. Так, доля впервые выявленных больных туберкулезом легких с МЛУ возбудителя возросла с 26,7% в 2010 г. до 39,7% в 2014 г., а в случае рецидива — с 47,3% в 2010 г. до 74,1% в 2014 г. При этом в 2014 г. аналогичные показатели в Санкт-Петербурге (28,1 и 34,9%) и в России в целом (24,5 и 44,9%) были ниже.
Цель исследования — сравнительная гено-типическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных хроническим туберкулезом легких в Ленинградской области в 1999-2004 и 2010-2014 гг.
Материалы и методы
Больные туберкулезом органов дыхания (включая одного ВИЧ-инфицированного) — жители Ленинградской области: 48 мужчин (22—60 лет, средний возраст 33 года) и 20 женщин (17—54 лет, средний возраст 34 года) прошли диагностику, этапы химиотерапии и/или хирургического лечения в 2010—2014 гг. и были направлены в ФГБУ «СПб НИИФ» Минздрава России для коррекции режима химиотерапии. Культуры M. tuberculosis получены из клинического материала (промывные воды бронхов, мокрота, операционный материал) на среде Ле-венштейна—Йенсена. Определение лекарственной чувствительности/устойчивости (ЛЧ/ЛУ) изолятов возбудителя к основным противотуберкулезным препаратам (ПТП) осуществляли стандартным непрямым методом абсолютных концентраций и/или с помощью автоматизированной системы BACTEC MGIT 960. При наличии устойчивости к одному препарату из ПТП штаммы M. tuberculosis считали монорезистентными, к двум и более — полирезистентными, одновременно устойчивые к рифампицину и изониазиду — мультирезистентными. Широкую лекарственную устойчивость (ШЛУ)
рассматривали как устойчивость MЛУ штаммов M. tuberculosis к фторхинолонам и одному из инъекционных ПТП — канамицину, амика-цину или капреомицину (Приказ Mинздрава РФ № 951, ред. от 29.10.2014).
Также проведен ретроспективный анализ профилей ЛЧ и генотипов 48 штаммов M. tuberculosis, выделенных от ранее леченных больных туберкулезом легких в Ленинградской области в 1999—2004 гг.
Выделение хромосомной ДНК из культур M. tuberculosis проводили согласно [14]. Гено-типирование штаммов M. tuberculosis проводили методами сполиготипирования и MIRU-VNTR-типирования по 12 локусам MIRU (2, 4, 10, 16, 20, 23, 24, 26, 27, 31, 39, 40) [8, 13]. Число повторов в каждом локусе определяло числовой профиль штамма. Принадлежность штамма к определенному сполиготипу, генетическому семейству и MIRU-VNTR-типу (MIT) устанавливали согласно международной базе данных SITVIT_WEB (http://www.pasteur-guadeloupe.fr: 8081/SITVIT_ONLINE). Дополнительно принадлежность к генотипу LAM определяли путем выявления специфической мутации GAG^GAA в кодоне 103 гена Ag85C (Rv0129c) методом ПЦР [7]; к генотипу Ural — по характерному профилю сполиготипирования и числу повторов в локусе MIRU26 методом MIRU-VNTR [3, 10].
Степень родства между штаммами оценивали с помощью дендрограммы, построенной на основании полиморфизма локусов MIRU-VNTR с использованием алгоритма невзве-шенных парно-групповых средних (UPGMA) (http://www.miru-vntrplus.org). Статистическую обработку данных проводили с использованием программ EpiCalc2000, вычисляя %2 и отношение шансов (OR). Статистически значимыми считали различия между группами при доверительном интервале 95% (p < 0,05).
Результаты
Сполиготипирование 68 штаммов M. tuberculosis, выделенных от ранее леченных больных в 2010—2014 гг., позволило выявить 16 сполиго-типов шести генетических семейств (табл. 1). Как видно из таблицы 1 большинство штаммов (76,5%) принадлежало к генотипу Beijing, представленному сполиготипами SIT1 (n = 51) и SIT190. Доля штаммов генотипов LAM (Latin American Mediterranean), Ural и T с различными сполигопрофилями составляла 10,3; 5,9 и 2,9% соответственно. Остальные генетические семейства Haarlem и X представлены единичными штаммами.
В изученной выборке штаммов M. tuberculosis, MЛУ (в т.ч. ШЛУ) обладали 50 (73,5%), ле-
карственную чувствительность сохранили 11 (16,2%); остальные штаммы проявляли полирезистентность к ПТП (табл. 1). При этом МЛУ (в т.ч. ШЛУ) значительно чаще встречалась у штаммов Beijing (45 из 50; 90%), нежели у штаммов других генотипов — non-Beijing (OR 14,2 [3,76; 53,13], p < 0,03). В структуре ЛЧ штаммов преобладали штаммы non-Beijing (8 из 11; 72,7%) (OR = 0,06 [0,01; 0,28], p < 0,03) (табл. 2).
Генотипирование 68 штаммов M. tuberculosis по 12 локусам MIRU-VNTR выявило 20 вариантов профилей (паттернов). Степень родства между штаммами с различными числовыми профилями отражена на дендрограмме (рис.). Как видно из рисунка, пять паттернов представлены кластерами MIT1, MIT46, MIT16, MIT17, MIT571, включавшими два и более штаммов. Наиболее крупные кластеры MIT16 и MIT17 включали 25 (48,1%) и 21 (40,4%) штаммов генотипа Beijing (88,5%) соответственно. Штаммы кластера MIT17 проявляли МЛУ/ШЛУ, за исключением одного, полирезистентного к ПТП (рис.). Уровень кластеризации штаммов Beijing был выше, чем у штаммов других генетических групп, и составил 94,2% против 25,0% (OR = 49 [9,65; 248,75], p < 0,03) соответственно.
Обсуждение
Наблюдаемое в последние годы снижение эффективности химиотерапии туберкулеза легких объясняют, в частности, широкой циркуляцией МЛУ штаммов в генетически неоднородной популяции возбудителя. Особенностью эпидемической ситуации по туберкулезу в Ленинградской области является значительная доля МЛУ штаммов возбудителя (74,1% в 2014 г.) у ранее леченных больных туберкулезом легких [1]. При этом ранее доказана клиническая значимость и преимущественно эпидемический путь распространения МЛУ штаммов M. tuberculosis генотипа Beijing на территории России [2, 4, 6, 12, 15]. Штаммы данного генотипа характеризует наличие, по меньшей мере, трех спейсеров 35—43 и отсутствие 1—34 спейсеров в профиле сполиготипирования (табл. 1).
Нами впервые показано, что среди штаммов M. tuberculosis, выделенных от больных хроническим туберкулезом легких в Ленинградской области, также превалируют представители генетического семейства Beijing, причем их доля возросла с 56,3% в 1999-2004 гг. до 76,5% в 2010-2014 гг. При этом, если среди non-Beijing ранее преобладали штаммы LAM (16,7%) и T (12,5%), то в 2010-2014 гг. их доля сократилась до 10,3 и 2,9% соответственно. Удельный вес МЛУ в изученных субпопуляциях генотипа Beijing остается практически неизменным (88,9
Таблица 1. Характеристика штаммов М. tuberculosis
Table 1. Characteristics of M. tuberculosis strains
Сполиготип Spoligotype, SIT Сполигопрофиль Spoligotyping profile Генотип Отношение к ПТП/Drug resistance
123456789 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 Genotype ЛЧ Sensitive Моно-/полирезистентность Mono-/polyresistant МЛУ (в т.ч. ШЛУ) MDR (including XDR)
1999-2004 гг.
1 Beijing 3 23
190 Beijing 1
42 ■■■■■■■■■ LAM 1
161 ■■■■■■■■■ LAM 1
252 ■■■■■■■■■ LAM 3
1076 LAM 1
254 ■■■■■■■■■ LAM 1
496 ■■■■■■■■■ LAM 1
262 Ural 1
47 ■■■■■■■■■ Haarlem 1
53 ■■■■■■■■■ T 1 3
102 T 1
253 T 2
336 ■■■■■■■■■ X 1
1253 s 1
237 unknown 1
602 unknown 1
2010-2014 гг.
1 Beijing 3 4 45(15)
190 Beijing 1
42 LAM 1 1
252 LAM 1
254 LAM 2
266 LAM 1
267 LAM 1
35 Ural 1
262 Ural 1(1)
777 Ural 1
3781 Ural 1
50 Haarlem 1
53 ■■■■■■■■■ T 1
1252 ■■■■■■■■■ T 1
92 X 1
46 ■■■■■■■■■ unknown 1
. | 2269 MDRLAM/SIT252 (1) |
4542 MDR LAM/SIT266 (1)]
6903 Sensitive LAM/SIT254 1326) | 7517 Sensitive LAM/SIT42 (140) |
6441 Polyresistant LAM/SIT42 [634)"| 9214 Sensitive LAM/SIT254 (ORPHAN)]
1505 Sensitive T/SIT53 (208)] 4966 Sensitive T/SIT1252 (34) | 4561 Sensitive X/SIT92 (31)]
4421 Sensitive Unclassifled/SIT46 (46)]
3208 XDR Ural/SIT262 (171)] 1056 Sensitive Ural/SIT35 (197) | 2555 MDR Ural/SIT777 (354T|
1327 Polyresistant LAM/SIT267 (377) |
281 MDR Beijing (137) |
4929 XDR Beijing (16) |
2633 Polyresistant Beijing (16) |
7055 MDR Beijing (16) |
6864 MDR Beijing (16) |
6484 MDR Beijing (16) |
378 MDR Beijing (16) |
5767 MDR Beijing (16) |
3743 Polyresistant Beijing (16) |
4268 MDR Beijing (16) |
1646 Sensitive Beijing (16)]
8542 XDR Beijing (16) |
5719 MDR Beijing (16) |
7344 XDR Beijing (16) |
7941 Sensitive Beijing (16)]
2664 MDR Beijing (16) |
3128 XDR Beijing (16) |
6456 Polyresistant Beijing (16) |
6681 MDR Beijing (16) | 9027 MDR Beijing (16) | 9660 MDR Beijing (16) | 9638 XDR Beijing (16) | 5403 MDR Beijing (16) | 4079 XDR Beijing (16) | 8340 MDR Beijing (16) | 6118 MDR Beijing (16) | 8377 MDR Beijing (17) | 4553 XDR Beijing (17) | 9220 MDR Beijing (17) |
2667 Polyresistant Beijing (17) | 9117 XDR Beijing (17) | 3083 XDR Beijing (17) | 2589 MDR Beijing (17) | 45 MDR Beijing (17) | 5012 XDR Beijing (17) | 4005 MDR Beijing (17) | 9080 XDR Beijing (17) | 1676 MDR Beijing (17) | 5714 MDR Beijing (17) | 7227 XDR Beijing (17) | 1981 MDR Beijing (17) | 3036 MDR Beijing (17) |
6682 XDR Beijing (17) | 7283 MDR Beijing (17) | 1733 MDR Beijing (17) | 1422 MDR Beijing (17) | 7939 XDR Beijing (17) | 7158 XDR Beijing (138) | 6706 MDR Beijing (571) | 7620 MDR Beijing (571) |
2534 Sensitive Beijing (571) |
6675 MDR Beijing (229) |
5959 MDRUral/SIT3781 (ORPHAN) |
124325153224 124326153224
125325153225
8185 Polyresistant Haarlem/S1T50 (4бГ| 225325153324
224325143223 223325143533
223325153533
223325153533 223325153533
223325153533
223325153533 223325153533
223325153533
223325153533
223325153533 223325173533
223325173533
223325173533 223325173533
223325173533
223325173533 223325173533
223325173533
223325173533
224325173533 227122114224
Рисунок. Дендрограмма UPGMA на основе профилей 12 локусов MIRU-VNTR 68 штаммов M. tuberculosis
Figure. The UPGMA dendrogram based on 12 MIRU-VNTR loci of 68 M. tuberculosis strains
Примечания. Для каждого штамма указаны: номер, отношение к ПТП (Sensitive — ЛЧ, Polyresistant — полирезистентность, MDR — МЛУ, XDR — ШЛУ), генетическое семейство, сполиготип — SIT, в скобках — MIT. Цифрами показано число повторов в 12 локусах MIRU (2, 4, 10, 16, 20, 23, 24, 26, 27, 31, 39, 40).
Notes. In the boxes: strain number, drug resistance profile (Sensitive, Polyresistant, MDR, XDR), genetic family, SIT (spoligo-international type), MIRU-VNTR type (in brackets). The numbers show the number of repeats in the 12 loci (2, 4, 10, 16, 20, 23, 24, 26, 27, 31, 39, 40) profile.
Таблица 2. Отношение штаммов M. tuberculosis к противотуберкулезным препаратам
Table 2. Drug resistance of M. tuberculosis strains
Число штаммов/Number of strains
1999-2004 гг. 2010-2014 гг.
Генотип/Genotype M. tuberculosis ЛЧ Sensitive Моно-/ полирезистентность Mono-/polyresistant МЛУ (в т.ч. ШЛУ) MDR (including XDR) ЛЧ Sensitive Моно-/ полирезистентность Mono-/polyresistant МЛУ (в т.ч. ШЛУ) MDR (including XDR)
Beijing 0 3 24 3 4 45 (15)
non-Beijing 1 4 16 8 3 5 (1)
и 86,5%). Однако в 1999-2004 гг. ШЛУ штаммы не встречались, тогда как в 2010-2014 гг. доля ШЛУ среди МЛУ штаммов Beijing достигла 33,3% (табл. 2).
Однородные по сполиготипу (SIT1) штаммы M. tuberculosis Beijing принадлежали к шести MIRU-VNTR-типам. При этом преобладали штаммы (преимущественно МЛУ) с числовыми профилями 223325153533 - MIT16 (48,1%) и 223325173533 - MIT17 (40,4%). Ранее в ряде
Список литературы/References
регионов России установлена широкая распространенность, клиническая и эпидемиологическая значимость штаммов M. tuberculosis генотипа Beijing с данными числовыми профилями MIRU-VNTR [3, 6, 9, 11, 15].
Полученные данные свидетельствуют о необходимости углубленного молекулярно-генети-ческого исследования популяции возбудителя туберкулеза для оценки и мониторинга эпидемической ситуации в Ленинградской области.
1. Габбасова Л.А., Касаева Т.Ч., Стерликов С.А., Нечаева О.Б., Обухова О.В., Одинцов В.Е., Чебагина Т.Ю. Отраслевые и экономические показатели противотуберкулезной работы в 2009—2014 гг. Методика расчета показателей и статистические материалы по результатам пятилетнего наблюдения. М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2015. 68 с. [Gabbasova L.A., Kasayeva T.C., Sterlikov S.A., Nechayev O.B., Obukhov O.V., Odintsov V.E., Chebagina T.Y. Otraslevye i ekonomicheskie poka-zateli protivotuberkuleznoi raboty v 2009—2014 gg. Metodika rascheta pokazatelei i statisticheskie materialy po rezul'tatam pyati-letnego nablyudeniya [Industry and economic indicators of antituberculosis activities in 2009—2014. The methodology of calculation of indicators and statistical data based on results of the five-year surveillance]. Moscow: FPHIRIO, 2015. 68p.]
2. Маркелов Ю.М., Нарвская О.В. Циркуляция штаммов возбудителя туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью на территории Республики Карелия // Туберкулез и болезни легких. 2010. № 2. С. 54—56. [Markelov Yu.M., Narvskaya O.V. Circulation of multidrug-resistant tuberculosis pathogen strains in the Republic of Karelia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2010, no. 2, pp. 54—56. (In Russ.)]
3. Огарков О.Б., Медведева Т.В., Zozio T., Погорелов В.И., Некипелов О.М., Гутникова М.Ю., Купцевич Н.Ю., Ушаков И.В., Sola C. Молекулярное типирование штаммов микобактерий туберкулеза в Иркутской области (Восточная Сибирь) в 2000-2005 гг. // Молекулярная медицина. 2007. № 2. С. 33-38. [Ogarkov О.В., Medvedeva T.V., Zozio Т., Pogorelov V.I., Nekipelov O.M., Gutnikova M.Yu., Kuptsevich N.Yu., Ushakov I.V., Sola С. Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis strains in the Irkutsk Region (Eastern Siberia) in 2000-2005. Molekulyarnaya meditsina = Molecular Medicine, 2007, no. 2, pp. 33-38. (In Russ.)]
4. Умпелева Т.В., Вязовая А.А., Еремеева Н.И., Кравченко М.А., Нарвская О.В., Скорняков С.Н. Генетические особенности возбудителя туберкулеза в Уральском федеральном округе России // Туберкулез и болезни легких. 2016. Т. 94, № 8. C. 60-65. [Umpeleva T.V., Vyazovaya A.A., Eremeeva N.I., Kravchenko M.A., Narvskaya O.V., Skorniakov S.N. Specific genetic features of Mycobacterium tuberculosis in Ural Federal District of Russia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2016, vol. 94, no. 8, pp. 60- 65. (In Russ.)]
5. Яблонский П.К., Вишневский Б.И., Соловьева Н.С., Маничева О.А., Догонадзе М.З., Мельникова Н.Н., Журавлев В.Ю. Лекарственная устойчивость Mycobacterium tuberculosis при различных локализациях заболевания // Инфекция и иммунитет. 2016. Т. 6, № 2. С. 133-140. [Yablonskii P.K., Vishnevskiy B.I., Solovyeva N.S., Manicheva O.A., Dogonadze M.Z., Melnikova N.N., Zhuravlev V.Yu. Drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in different localizations of the disease. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity. 2016, vol. 6, no. 2, pp. 133-140. doi: 10.15789/2220-7619-20162-133-140 (In Russ.)]
6. Drobniewski F., Balabanova Y., Nikolayevsky V., Ruddy M., Kuznetzov S., Zakharova S., Melentyev A., Fedorin I. Drug-resistant tuberculosis, clinical virulence, and the dominance of the Beijing strain family in Russia. JAMA, 2005, vol. 293, no. 22, pp. 2726-2731.
7. Gibson A., Huard R., Gey van Pittius N., Lazzarini L., Driscoll J., Kurepina N., Zozio T., Sola C., Spindola S., Kritski A., Fitzgerald D., Kremer K., Mardassi H., Chitale P., Brinkworth J., Garcia de Viedma D., Gicquel B., Pape J., Van Soolingen D., Kreiswirth B., Warren R., Van Helden P., Rastogi N., Suffys P., Lapa e Silva J., Ho J. Application of sensitive and specific molecular methods to uncover global dissemination of the major RDRio Sublineage of the Latin American-Mediterranean Mycobacterium tuberculosis spoligotype family. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, no. 4, pp. 1259-1267.
8. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A., Van Agterveld M., Van Soolingen D., Kuijper S., Bunschoten A., Molhuizen H., Shaw R., Goyal M., Van Embden J. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J. Clin. Microbiol., 1997, vol. 35, no. 4, pp. 907-914.
9. Mokrousov I. Genetic geography of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multifacet mirror of human history? Infect. Genet. Evol, 2008, vol. 8, no. 6, pp. 777-785. doi: 10.1016/j.meegid.2008.07.003
10. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen's pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015, no. 95 (suppl.), pp. S167-176.
11. Mokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E., Tarashkevich L., Krishevich V., Vishnevsky B., Narvskaya O. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region. PLoS One. 2012, vol. 7, no. 7:e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318.
12. Mokrousov I., Vyazovaya A., Solovieva N., Sunchalina T., Markelov Y., Chernyaeva E., Melnikova N., Dogonadze M., Starkova D., Vasilieva N.,Gerasimova A., Kononenko Y., Zhuravlev V., Narvskaya O. Trends in molecular epidemiology of drug-resistant tuberculosis in Republic of Karelia, Russian Federation. BMC Microbiol, 2015, no. 15:279. doi: 10.1186/s12866-015-0613-3
13. Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rusch-Gerdes S., Willery E., Savine E., De Haas P., Van Deutekom H., Roring S., Bifani P., Kurepina N., Kreiswirth B., Sola C., Rastogi N., Vatin V., Gutierrez M.C., Fauville M., Niemann S., Skuce R., Kremer K., Locht C., Van Soolingen D. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, no. 12, pp. 4498-4510.
14. Van Embden J., Cave M., Crawford J., Dale J., Eisenach K., Gicquel B., Hermans P., Martin C., McAdam R., Shinnick T., Small P. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology. J. Clin. Microbiol., 1993, no. 31, pp. 406-409.
15. Vyazovaya A., Mokrousov I., Solovieva N., Mushkin A., Manicheva O., Vishnevsky B., Zhuravlev V., Narvskaya O. Tuberculous spondylitis in Russia and prominent role of multidrug-resistant clone Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148. Antimicrob. Agents Chemother, 2015, vol. 59, no. 4, pp. 2349-2357.
Авторы:
Вязовая А.А., к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия;
Ветров В.В., научный сотрудник лаборатории эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний, ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия;
Лялина Л.В., д.м.н., профессор, зав. лабораторией эпидемиологии инфекционных и неинфекционных заболеваний ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия;
Мокроусов И.В., д.б.н., зав. лабораторией молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия;
Соловьева Н.С., к.м.н., зав. бактериологической лабораторией Санкт-Петербургского НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербург, Россия; Журавлев В.Ю., к.м.н., руководитель отдела лабораторной диагностики Санкт-Петербургского НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербург, Россия; Вишневский Б.И., д.м.н., профессор, главный научный сотрудник отдела лабораторной диагностики Санкт-Петербургского НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербург, Россия;
Нарвская О.В., д.м.н., профессор, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия; научный консультант отдела лабораторной диагностики Санкт-Петербургского НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербург, Россия.
Поступила в редакцию 19.10.2016 Принята к печати 27.01.2017
Authors:
Vyazovaya А.А., PhD (Biology), Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics, St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation; Vetrov V.V., Researcher, Laboratory of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases, St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation;
Lyalina L.V. PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Laboratory
of Epidemiology of Infectious and Non-Infectious Diseases,
St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation;
Mokrousov I.V., PhD, MD (Biology), Head, Laboratory of Molecular
Epidemiology and Evolutionary Genetics, St. Petersburg Pasteur
Institute, St. Petersburg, Russian Federation;
Solovieva N.S. PhD (Medicine), Head of the Bacteriological
Laboratory, Research Institute of Phthisiopulmonology,
St. Petersburg, Russian Federation;
Zhuravlev V.Yu., Head of Department of the Laboratory
Diagnostics, Research Institute of Phthisiopulmonology,
St. Petersburg, Russian Federation;
Vishnevskiy B.I., PhD, MD (Medicine), Professor, Head Researcher, Department of Laboratory Diagnostics, Research Institute of Phthisiopulmonology, St. Petersburg, Russian Federation; Narvskaya O.V., PhD, MD (Medicine), Professor, Leading Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics, St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation; Scientific Advisor, Department of Laboratory Diagnostics, Research Institute of Phthisiopulmonology, St. Petersburg, Russian Federation.
Received 19.10.2016 Accepted 27.01.2017
