CC BY
51
class Mu glutathione S-transferase gene cluster and the GSTM1 deletion. J. Biol. Chem. 1998; 273(6): 3517-27.
7. Milligan B.G., TotalDNA isolation. In: Hoelzel A.R., ed. Molecular genetic analysis of populations. 1998: 29-60.
8. Nells M., Esko T., Magi R., Zimprich F., Zimprich A., Toncheva D. et al. Genetic structure of Europeans: a view from the North-East. PLoS ONE. 2009; 4(5): e5472.
9. Khrunin A.V., Khokhrin D.V., Filippova I.N., Tonu E., Nelis M., Be-byakova N.A. et al. A genome-wide analysis of populations from European Russia reveals a new pole of genetic diversity in Northern Europe. PLoS ONE. 2013; 8(3): e58552.
10. Bigatti M.P., Santovito A. Glutathione S-transferase T1 (GSTT1) and M1 (GSTM1) polymorphisms in a sample of the population in Northern Italy. Genetika. 2007; 43(6): 827-30
11. Khrunin A., Mihailov E., Nikopensius T., Krjutskov K., Limborska S., Metspalu A. Analysis of allele and haplotype diversity across 25 genomic regions in three Eastern European populations. Hum. Hered. 2009; 68(1): 35-44.
12. GlantzS. Primer of biostatistics. 4 th ed. М.: Praktica; 1999. 105 p.
13. International HapMap Project (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/)
Поступила 18.09.13
ANALYSIS OF A GSTM1 GENE DELETION IN THE CONTEXT OF THE GSTM GENOMIC CLUSTER DIVERSITY IN THREE RUSSIAN POPULATIONS
I. N. Filippova, A. V. Khrunin, S. A. Limborska Institute of Molecular Genetics, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia
A total of 16 to 60% of individuals in human populations are homozygous with respect to a deletion of the Glutathione-S-transferase Ml gene. In this study, we evaluated the relationship between the GSTM1 gene deletion and genetic diversity of the GSTM cluster, which includes this gene, in three Russian populations. The study was based on the comparison of the haplotype distribution in two groups of individuals subdivided accordingly to the presence of the deletion. The first group included individuals with completely deleted GSTM1 gene, and the second group comprised individuals having at least one functional variant of GSTM1 gene. The analysis of the haplotype frequencies in groups revealed no specificity in their distribution both within the populations and between them. Key words: GSTM, deletion polymorphism, haplotype diversity
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2014 УДК 579.873.21:579.253].083.1
С.Н. Жданова1, О.Б. Огарков1,2, А.А. Лац1, А.Н. Зарбуев3, М.В. Бадлеева4, Л.С. Унтанова3,
Е.Д. Савилов12
ВЫЯВЛЕНИЕ УБИКВИТАРНЫх И эндемичных генотипов MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS НА ТЕРРИТОРИИ РЕСпублики бурятии
1ФГБУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» СО РАМН, 664003, Иркутск; 2Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования, 664079, Иркутск; 'Республиканский клинический противотуберкулезный диспансер им. Г.Д. Дугаровой, 670013, Улан-Удэ; 4Бурятский государственный университет, 670000, Улан-Удэ
Методами MIRU-12 и MIRU-24 генотипирования оценена по-пуляционная структура M. tuberculosis в Бурятии. Исследовано 283 штамма, выделенных от лиц, проходивших лечение в республиканском противотуберкулезном диспансере и медицинских учреждениях пенитенциарной системы республики. Обнаружено превалирование пандемических субтипов Beijing MIT17 и MIT16, а также Beijing MIT642 (24,5%, или 46/188), доминирование которого характерного только для изучаемой территории. Изоляты этого штамма распространены среди всех групп больных туберкулезом легких, с преимущественным формированием множественной лекарственной устойчивости при хроническом течении болезни.
Ключевые слова: M. tuberculosis; эпидемический генотип; эндемичный генотип; субтипы генотипа Beijing; MIT17; MIT16; MIT642.
Туберкулез был и остается одной из актуальных проблем здравоохранения. Подробная идентификация штаммов возбудителя туберкулеза (ТБ) раскрывает возможности более глубокого понимания фундаментальных механизмов патологии этой инфекции. В частности, выявление истории циркуляции различных генотипов патогена позволяет моделировать и прогнозировать дальнейшее развитие эпидемического и инфекционного процессов ТБ [1]. Это в свою очередь может существенным образом способствовать улучшению эпидемиологической и клинической диагностики туберкулеза и формированию алгоритмов прогнозов исхода заболевания [2]. Настоящее исследование является фрагментом изучения современной популяции микобактерий туберкулеза (МБТ), цирку-
лирующей среди больных ТБ легких в Республике Бурятия. Целью настоящей работы стало выявление эпидемических и эндемичных генотипов МБТ, циркулирующих на территории Бурятии.
Материалы и методы
В анализ включена выборка из 283 эпидемически не связанных штаммов МБТ, которые выделены от больных с разными формами ТБ легких, находившихся на лечении в республиканском клиническом противотуберкулезном диспансере (107 изо-лятов) и в учреждениях пенитенциарной системы Республики Бурятия (176 изолятов) в январе 2010 г. - декабре 2012 г. Штаммы выделены от лиц славянской (183 штамма) и бурятской (100 штаммов) национальностей. Подавляющее большинство штаммов - 271 образец - выделено от мужчин. ДНК собранных нами изолятов выделяли и генотипировали методами MIRU-VNTR по 12 (283 штамма) и 24 локусам (31 штамм) и методом делецион-ного анализа по RD 105 и 207, как описано ранее [3, 4]. Статистическую обработку данных проводили в редакторе электронных таблиц MS Excel 7.0 и пакете статистических программ Statistica for Windows (версия 6.0). Значимость различий между параметрами оценивали с помощью непараметрического критерия х2. Различия считали статистически значимыми при р<0,05.
Результаты и обсуждение
Штаммы Восточно-Азиатской генетической линии, имеющие обе делеции - RD105 и RD207 [5], так же, как и в предыдущем исследовании [6], имели преобладающее большинство в изучаемой выборке - 188 (66,4%) из 283 изолятов, остальные 95 (33,6%) были отнесены к другим семействам. Все штаммы геноти-
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
Рис. 1. Филогенетическое UPGMA-древо, построенное пакетом программ MIRU-VNTRplus по 12-локусной матрице. Терминальные ветви древа обозначены генотипом и MIT-номером (MIRU International Type), в скобках приведено количество штаммов каждого
генотипа.
Распределение лекарственной устойчивости к основным противотуберкулезным препаратам среди выявленных субтипов Beijing
Характеристика выборки Чувствительные штаммы Монорезистентные штаммы1 Полирезистентные (не МЛУ) штаммы2 МЛУ3
Общая выборка (n = 283) 94 (33,2) 24 (8,5) 33 (11,7) 132 (46,6)
Beijing MIT642 (n = 46) 8 (17,4) 4 (8,7) 7(15,2) 27 (58,7)
Beijing MIT16 (n = 45) 8 (17,8) 4 (8,9) 8 (17,8) 25 (55,6)
Beijing MIT17 (n =42) 9 (21,4) 5 (11,9) 8 (19,0) 20 (47,6)
Beijing без MIT16, 30 (54,5) 6 (10,9) 3(5,5) 16 (29,1)
х2; р
х2
- 9,8;
р < 0,01
X2 = 9,8;
М1Т17 и М1Т642 (п = 55) р < 0,01
Примечание: 'Монорезистентные штаммы -изоляты, резистентные только к одному из исследуемых антибиотиков; 2полирезистентные штаммы - изоляты, резистентные к двум антибиотикам и более за исключением МЛУ; 3МЛУ - штаммы, устойчивые к основным антибиотикам (изониазиду и рифампицину), также в эту группу вошли изоляты с широкой лекарственной устойчивостью, устойчивые к изониазиду, рифампицину, канамицину и фторхинолонам.
пированы по 12 локусам методом MIRU-VNTR [4]. Профили 183 штаммов Восточно-Азиатской линии идентифицированы как генотип Beijing по международной базе данных SITVIT (http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_ONLINE/querv). Уникальные MIRU-VNTR профили пяти штаммов Восточно-Азиатской генетической линии [5] не имели аналогов в базах данных SITVIT и MIRU-VNTRplus (http:// www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces). Было выявлено 20 неклассифицированных MIRU-VNTR профилей (orphan), из которых 5 имели гомологи в SITVIT базе данных. Остальные штаммы идентифицированы по базе данных SITVIT: LAM - 37, Ural - 18, Haarlem - 10 культур. В небольшом количестве выявлены генотипы других семейств: S-4; T-4 и Х - 3 штамма. Среди образцов из пенитенциарных учреждений республики преобладали штаммы (68,8%) от хронических больных аналогичный показатель для штаммов из республиканского диспансера составил только 14%. Однако несмотря на это, достоверных генотипи-ческих различий в выборках не обнаружено.
Частота наиболее распространенных подтипов Beijing - MIT17 и MIT16, циркулирующих на территории России, составила для Beijing MIT17 -22,3% (42/188) и MIT16 - 24% (45/188) от общей выборки штаммов этого генотипа. Эти два подтипа составили суммарно 46,3% (87/188), что является нехарактерным для структуры популяции МБТ генотипа Beijing, циркулирующих на территории России [4, 7-12].
К пандемическим генотипам, имеющим глобальное распространение и широко представленным на исследуемой территории (эпидемических), следует отнести Beijing 16 (45 штаммов), Beijing 17 (42 штамма) и LAM 326 (15 штаммов) (рис. 1). Особый интерес представляет в исследуемой выборке генотип Beijing 642 (46 штаммов), который можно рассматривать как "эндемичный" генотип, т.е. имеющий эпидемическое распространение на ограниченной территории, в данном случае на территории Бурятии. Этот генотип встречался среди изолятов как от впервые выявленных больных (7,1%; 20 из 283 штаммов общей выборки), так и от пациентов с хроническим течением туберкулеза (9,2%; 26 из 283 штаммов общей выборки). При этом частота его выявления среди больных с
первичным и хроническим ТБ значимо не отличалась (%2=0,621; р=0,365). Национальная принадлежность больных ТБ, вызванным субтипом Beijing 642, также не имела значения (%2=0,864; р=0,353). Нарастание лекарственной устойчивости у больных с Beijing 642 наблюдалось, как и ожидалось, в группе хронически больных, где у всех пациентов была выявлена резистентность хотя бы к одному препарату первого ряда. Количество изолятов от хронических больных с множественной лекарственной устойчивостью было значимо больше, чем у впервые выявленных (%2=7,6; р<0,01). Такая ситуация наиболее ярко проявляется при заражении современными эпидемическими штаммами Beijing MIT17 и MIT 16 [13], что наводит на мысль о сходстве механизмов циркуляции эндемичного для Бурятии Beijing MIT 642. В таблице приведены данные о распространении лекарственной устойчивости среди субтипов семейства Beijing. Обращает на себя внимание достоверно более частая встречаемость множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) у эпидемических субтипов Beijing семейства (MIT16, 17 и 642) по сравнению с минорными Beijing-субтипами.
Выборочный развернутый анализ 31 штамма из вышеуказанных пандемических генотипов Beijing 16, Beijing 17, LAM 326 и эпидемического Beijing 642 по 24 MIRU-VNTR локусам не выявил глубоких различий внутри эпидемических кластеров (1-2 повтора в высокополимофных локусах). Изоляты Beijing 642 отличались числом повторов в Qub 26, Mtub 04, ETR C, Mtub21 и Qub 4156c локусах. Этот генотип впервые обнаружен, согласно базе SITVIT, в Японии [14], а также описан среди штаммов из Тайваня [15] - для обеих территорий характерна давняя циркуляции генотипа Beijing [16].
Все это свидетельствует об активном распространении 4 вышеуказанных генотипов эпидемическим путем в исследуемой популяции. Эти штаммы могут быть эпидемиологически связаны недавними заражениями из популяционного резервуара инфекции, несмотря на отсутствие контактов. Вместе с тем результаты антибиотикограммы свидетельствуют о различиях устойчивости изолятов МБТ внутри кластеров MIT 16 и 17, выделенных как от хронических больных, так и от впервые выявленных пациентов с ТБ. На фоне меньшего распространения Beijing MIT17 и MIT16 по сравнению с другими регионами России [4, 7-12] наблюдалось широкое разнообразие других вариантов Beijing, выраженное присутствием в выборке штаммов других подтипов: MIT642 в 24,5% (46/188) случаев, Beijing MIT137 - в 4,3% (8/188), Beijing MIT571 и MIT592 - по 2,7% (5/188), а также изолятов в количестве от одного до трех Beijing MIT82, 83, 86, 87, 93, 97, 121, 123, 135, 203, 245, 707, 721 и 1134. Найдены уникальные профили MIRU-VNTR клинических штаммов МБТ с делецией в RD105/207, не имевшихся в базе данных SITVIT, но ранее описанных на изучаемой территории [4, 13]. Кроме представителей семейства Beijing обнаружены изоляты, относящиеся
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
к семейству LAM (MIT1 и MIT326) - 11% (31/283), а также пять LAM-подобных изолятов, идентичных по 12 локусам. Штаммы семейства Ural (MIT171) встречались в 6,3% (18/283) случаев, семейства T (MIT15 и MIT551) и S (MIT256) - по 1,4% (4/283) и Х (MIT36, MIT118, MIT916) - 1,1% (3/283). Анализ распределения основных генотипов Beijing 16, Beijing 17, LAM 326 и Beijing 642 по национальностям не выявил достоверных различий.
Полученные результаты еще раз свидетельствуют, что эпидемиологическая ситуация по туберкулезной инфекции на каждой исследуемой территории складывается как сумма воздействий на чувствительную человеческую популяцию эндемичных штаммов, широкое распространение которых характерно только для данной территории, и убиквитарных или пандемических штаммов МБТ, для которых свойственно глобальное распространение. По всей видимости, способность различных генотипов МБТ менять ТЫ/1Ъ2-баланс (клеточного или гуморального) иммунного ответа [17] помогает возбудителю персистировать в человеческой популяции на высоком эпидемическом уровне. По-прежнему остается неясной роль в эпидемии туберкулеза на территории стран бывшего СССР генотипа Ural. С одной стороны, этот генотип широко распространен в России и близлежащих странах [18], с другой стороны, штаммы этого генотипа маловирулентны и не вызывают смертельных исходов [2]. Мы предполагаем, что персистенция генотипа Ural в человеческой популяции часто протекает в виде конфекции, не выявляемой стандартными бактериологическими методами.
Работа выполнена при поддержке грантов: РФФИ 12-04-31475 «Исследование филогенетических взаимоотношений основных генотипов Mycobacterium tuberculosis по 24 локусам MIRU-VNTR для реконструкции истории эпидемий туберкулеза в прошлом и настоящем на территории Якутии, Бурятии и Иркутской области" и РФФИ 13-04-00605 "Идентификация SNPs специфических для маловирулентных генотипов Mycobacterium tuberculosis методом геномного секвенирования".
Сведения об авторах:
Жданова Светлана Николаевна - канд. мед. наук, ст. научн. сотр. лаборатории эпидемически и социально значимых инфекций, ФГБУ "НЦ ПЗСРЧ СО РАМН, e-mail: [email protected]
Огарков Олег Борисович - канд. биол. наук, зав. лабораторией Эпидемически и социально значимых инфекций, ФГБУ НЦ ПЗСРЧ СО РАМН; ст. науч. сотр. Центральной научно-исследовательской лаборатории ИГМАПО, e-mail: obogarkov@mail. ru
Лац Анна Александровна - мл. науч. сотр. лаборатории эпидемически и социально значимых инфекций, ФГБУ "НЦ ПЗСРЧ СО РАМН, e-mail: [email protected]
Зарбуев Антон Найданович - д-р мед. наук, главный врач РКПТД, e-mail: [email protected]
Бадлеева Марина Владимировна - канд. мед.наук, доцент каф. инфекционных болезней БГУ e-mail: [email protected]
Унтанова Лариса Семеновна - канд. мед. наук, зав. организационно-методическим отд. РКПТД, e-mail: [email protected]
Савилов Евгений Дмитриевич - д-р мед. наук, проф., з.д.н., главный н.с. ФГБУ НЦ ПЗСРЧ СО РАМН; зав. каф. эпидемиологии и микробиологии ИГМАПО, e-mail: [email protected]
ЛИТЕРАТУРА
1. Синьков В.В., Савилов Е.Д., Огарков О.Б. Эпидемиология туберкулеза в России: эпидемиологические и исторические доказательства в пользу сценария распространения "Пекинского" генотипа M. tuberculosis в XX веке. Эпидемиология и вакцино-профилактика. 2010; 55 (6): 23-8.
2. Ogarkov O., Zhdanova S., Savilov E., Mokrousov I., Sinkov V., Antipina S. Lethal' combination of mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336G allele in Russian male population. Infect. Genet. Evol. 2012; 12 (4): 732-6.
3. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Степаненко Л.А., Лац А.А., Синьков В.В., Унтанова Л.С. и др. Применение делеционного анализа по RD105 для выявления генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра СО РАМН. 2011; 2: 194-7.
4. Медведева Т.В., Огарков О.Б., Некипелов О.М., Ушаков И.В., Козьякова Е.С., Скворцова Р.Г. MIRU-VNTR генотипирование штаммов Mycobacterium tuberculosis в Восточной Сибири: семейство Beijing против Kilimanjaro. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004; 4: 33-8.
5. ReedM., Pichler V.K., Veintosh F., Mattia A., Fallow A., Masala S. et al. Major Mycobacterium tuberculosis lineages associate with patient country of origin. J. Clin. Microbiol. 2009; 47(4): 1119-28.
6. Огарков О.Б., Жданова С.Н., Зарбуев А.Н., БадлееваМ.В., Унтанова Л.С., ТемирбаеваИ.В. и др. Полиморфизм Мycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в пенитенциарной системе Бурятии: высокая распространенность генотипа Пекин. Сибирский медицинский журнал. 2012; 6: 54-7.
7. Makinen J., Marjamaki M., Haanpera-Heikkinen M., Marttila H., Endourova L.B. et al. Extremely high prevalence of multidrug resistant tuberculosis in Murmansk, Russia: a population-based study. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2011; 30: 1119-26.
8. Маркелов Ю.М., Нарвская О.В. Циркуляция штаммов возбудителя туберкулеза с множественой лекарственной устойчивостью на территории республики Карелия. Туберкулез и болезни легких. 2010; 2: 54-6.
9. Mokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E., Tarashkevich L. et al. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region. PLoS One. 2012; 7(7): e41318.
10. Narvskaya O., Mokrousov I., Otten T., Vishnevsky B. Molecular markers: application for studies of Mycobacterium tuberculosis population in Russia. In: Read M.M., ed. Trends in DNA fingerprinting research. New York, USA: Nova Science Publishers; 2005; 111-25.
11. Норкина О.В., Киншт В.Н., Мокроусов И.В., Курунов Ю.Н., Краснов В.А., Филипенко М.Л. Генетическое разнообразие My-cobacterium tuberculosis и оценка факторов риска распространения заболевания туберкулезом в Сибирском регионе России методами молекулярной эпидемиологии. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2003; 3: 9-118.
12. Toungoussova O.S., SandvenP., MariandyshevA.O., NizovtsevaN.I., Bjune G. et al. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia. J. Clin. Microbiol. 2002; 40: 1930-7.
13. Жданова С.Н., ЗоркальцеваЕ.Ю., Огарков О.Б., Воробьева О.А. Унтанова Л.С., Алексеева Г.И., Савилов Е.Д. Характеристика лекарственно устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью молекулярно-генетических методов. Сибирский медицинский журнал. 2011; 6: 228-30.
14. Iwamoto T., Yoshida S., Suzuki K., TomitaM., Fujiyama R., Tanaka N. et al. Hypervariable loci that enhance the discriminatory ability of newly proposed 15-loci and 24-locivariable-number tandem repeat typing method on Mycobacterium tuberculosis strains predominated by the Beijing family. FEMS Microbiol. Lett. 2007; 270(1): 67-74.
15. Chen Y.-Y., Chang J.-R., Huang W.-F., Kuo S.-C., Su I.-J. et al. Genetic diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing family based on SNP and VNTR typing profiles in Asian countries. PLoS One. 2012; 7(7): e39792.
16. Mokrousov I., Ly H.M., Otten T. et al. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography. Genome Res. 2005; 15: 1357-64.
17. Lopez B., Aguilar D., Orozco H. et al. A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes. Clin. Exp. Immunol. 2003; 133: 30-7.
18. Mokrousov I. The quiet and controversial: Ural family of Mycobacterium tuberculosis. Infect. Genet. Evol. 2012. 12(4): 619-29.
REFERENCES
1. SinkovV.V., SavilovE.D., OgarkovO.B. Epidemiology ofTuberculosis in Russia: Epidemiological and Historical Evidences in Favor of the Scenario Distribution of Beijing Genotype M. tuberculosis in the XX Century. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika. 2010; 55 (6): 23-8 (in Russian).
2. Ogarkov O., Zhdanova S., Savilov E., Mokrousov I., Sinkov V., Antipina S. Lethal' combination of mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336G allele in Russian male population Infection, Genetics and Evolution. 2012; 12 (4): 732-6.
3. Zhdanova S.N., Ogarkov O.B., Stepanenko L.A., Lats A.A., Sin'kov V.V., Untanova L.S., Alekseeva G.I., Savilov E.D. The deletion analysis of rd105 is a useful tool in the evaluation of beijing strains of Mycobacterium tuberculosis Byulleten Vostochno-Sibirskogo nauchnogo tsentra SO RAMN. 2011; 2: 194-7 (in Russian).
4. Medvedeva T.V., Ogarkov O.B., Nekipelov O.M., Ushakov I.V., Koz'yakova E.S., Skvortsova R.G. MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis strains from East Siberian: Beijing family versus Kilimanjaro family. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. 2004; 4: 33-8 (in Russian).
5. ReedM., Pichler V.K., Veintosh F., Mattia A., Fallow A., Masala S. et al. Major Mycobacterium tuberculosis Lineages Associate with Patient Country of Origin. J. Clin. Microbiol. 2009; 47(4): 1119-28.
6. Ogarkov O.B., Zhdanova S.N., Zarbuev A.N., Badleeva M.V., Untanova L.S., Temirbaeva I.V., Lats A.A., Savilov E.D. Genetic polymorphism of Mycobacterium tuberculosis from patients in the penitentiary system of Buryatia: high prevalence of Beijing family strains Sibirskiy meditsinskiy zhurnal. 2012; 6: 54-7 (in Russian).
7. Makinen J., Marjama'ki M., Haanpera-Heikkinen M., Marttila H., Endourova L.B. et al. Extremely high prevalence of multidrug resistant tuberculosis in Murmansk, Russia: a population-based study. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2011; 30: 1119-26.
8. Markelov Yu.M., Narvskaya O.V. Circulation of multidrug-resistant tuberculosis pathogen strains in the Republic of Karelia. Tuberkulez i bolezni legkikh. 2010; 2: 54-6 (in Russian).
9. Mokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E., Tarashkevich L., Krishevich V., Vishnevsky B., Narvskaya O. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region. PLoS One. 2012; 7(7): e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318.
10. Narvskaya O., Mokrousov I., Otten T., Vishnevsky B. Molecular markers: application for studies of Mycobacterium tuberculosis population in Russia. In: Read MM, editor. Trends in DNA fingerprinting research. New York, USA: Nova Science Publishers. 2005; 111-25.
11. Norkina O.V., Kinsht V.N., Mokrousov I.V., Kurunov I.N., Krasnov V.A. et al. (2003) The genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis and an assessment of risk factors of tuberculosis spread in Rus-
sia's Siberian region by molecular epidemiological methods. Mol Gen Mikrobiol Virusol (3): 9-18 (in Russian).
12. Toungoussova O.S., SandvenP., MariandyshevA.O., NizovtsevaN.I., Bjune G. et al. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia. J. Clin. Microbiol. 2002. 40: 1930-7.
13. Zhdanova S.N. Zorkaltseva E.Yu., Ogarkov O.B., Vorobeva O.A. Untanova L.S., Alekseeva G.I., Savilov E.D. Description of drug resistant strains Mycobaterium tuberculosis by the molecular genetic techniques. Sibirskiy meditsinskiy zhurnal (Irkutsk). 2011; 6: 22830 (in Russian).
14. Iwamoto T., Yoshida S., Suzuki K., Tomita M., Fujiyama R., Tanaka N., Kawakami Y., ItoM. Hypervariable loci that enhance the discriminatory ability of newly proposed 15-loci and 24-locivariable-number tandem repeat typing method on Mycobacterium tuberculosis strains predominated by the Beijing family. FEMS Microbiol. Lett. 2007; 270(1): 67-74.
15. Chen Y.-Y, Chang J.-R, Huang W.-F, Kuo S.-C, Su I.-J. et al. Genetic Diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Family Based on SNP and VNTR Typing Profiles in Asian Countries. PLoS ONE. 2012; 7(7): e39792. doi:10.1371/journal.pone.0039792.
16. Mokrousov I., Ly H.M., Otten T. et al. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography. Genome Res. 2005; 15: 1357-64.
17. LopezB., AguilarD., OrozcoH. et al. A marked difference in patho-genesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes. Clin. Exp. Immunol. 2003; 133: 30-7.
18. Mokrousov I., The quiet and controversial: Ural family of Mycobacterium tuberculosis. Infect. Genet. Evol. 2012. 12(4): 619-29.
IDENTIFICATION OF UBIQUITOUS AND ENDEMIC MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS GENOTYPES IN THE REPUBLIC OF BURYATIA
S. N. Zhdanova1, O. B. Ogarkov12, A. A. Laz12, A. N. Zarbuev3, M. V. Badleeva4, L. S. Untanova3, E. D. Savilov12
'Scientific Center for the Family Health and Human Reproduction Problems, Siberian Branch, Russian Academy of Medical Sciences, Irkutsk, Russia; 2Irkutsk State Medical Academy for Continuing Education, Irkutsk, Russia; 3Republican Clinical TB Dispensary, Ulan-Ude, Russia; 4Buryat State University, Ulan-Ude, Russia The MIRU-12 and MIRU-24 methods were used for genotyping and estimation of M. tuberculosis population structure in Buryatia. It was studied in 283 strains isolated from individuals from the regional TB dispensary and medical clinics of the penitentiary system of the republic. It was found that the prevalence of pandemic genotypes Beijing MIT17 and MIT16 and also subtype Beijing MIT642 (24.5% - 46/188) in the studied area were dominant. The isolates of the Beijing MIT642 were common among all groups of patients with pulmonary tuberculosis with the tendency to formation of MDR and chronic course of the disease.
Key words: M. tuberculosis, endemic genotype, epidemic genotype, subtype of Beijing genotype, MIT17, MIT16, MIT642
