CC BY
32
DOI: http://doi.org/1Q.20914/231Q-12Q2-2Q21-3-129-134_Оригинальная статья/Researeh article_
УДК 577.29_Open Access Available online at vestnik-vsuet.ru
Оценка бактериального состава сметаны с помощью _высокопроизводительного секвенирования_
Екатерина Ю. Нестерова П [email protected] © 0000-0003-0918-3547 Михаил Ю. Сыромятников 1,2 [email protected] 0000-0001-9028-0613 _Василий Н. Попов_12 [email protected]_0000-0003-1294-8686
1 Воронежский государственный университет инженерных технологий, пр-т Революции, 19, г. Воронеж, 394036, Россия
2 Воронежский государственный университет, Университетская пл., 1, г. Воронеж, 394018, Россия
Аннотация. Молочнокислые бактерии активно применяются в качестве заквасок для различных продуктов питания, и, в том числе, при производстве молочной продукции. От качества закваски зачастую зависит качество конечного продукта. Сметана является традиционным продуктом для многих стран. Её изготовление основывается на ферментации сливок при добавлении определенных видов заквасочных культур, относящихся к таким родам, как Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus и Enterococcus. С помощью метода высокопроизводительного секвенирования были исследованы бактериальные составы образцов сметаны различных производителей доступные на российском рынке. Секвенирование проводилось на секвенаторе Illumina MiSeq. Учитывались бактериальные таксоны, чьё процентное соотношение превышало 1% относительно всех идентифицированных микроорганизмов в образце. В результате анализа полученных данных было установлено, что доминирующими бактериями во всех образцах 20%-ой сметаны оказались представители родов Streptococcus и Lactococcus. Образцы №3 и №10 содержали Lacticaseibacillus. Их процентное содержание в данных образцах не превышало 2%. В образце сметаны №1 были выявлены представители рода Enterococcus (3% от общего числа бактерий, обнаруженных в образце). Видовой анализ микробного сообщества исследованных образцов с помощью системы Nucleotide BLAST позволил определить, что в качестве заквасочных культур производителями использовались Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus, Lacticaseibacillus rhamnosus (сметана под номерами 3 и 10) и Enterococcus faecium. (сметана №1) Данные бактерии традиционно используются при производстве кисломолочной продукции за счёт способности формировать специфические вкусы, ароматы и текстуры в процессе ферментации. Ключевые слова: молочнокислые бактерии, ферментирование, микробное сообщество, высокопроизводительное секвенирование, сметана
Evaluation of the bacterial composition of sour cream using high_throughput sequencing_
Ekaterina Yu. Nesterova Mikhail Yu. Syromyatnikov Vasily N. Popov
TT*
0000-0003-0918-3547 0000-0001-9028-0613 0000-0003-1294-8686
1 Voronezh State University of Engineering Technologies, Revolution Av., 19 Voronezh, 394036, Russia
2 Voronezh State University, Universitetskaya sq., 1, Voronezh, 394018, Russia
Abstract. Lactic acid bacteria are actively used as starter cultures for various food products, including dairy products. The quality of the final product often depends on the quality of the starter culture. Sour cream is a traditional product in many countries. Its production is based on the fermentation of cream with the addition of certain types of starter cultures belonging to the genera Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus and Enterococcus. Using the method of high-throughput sequencing, the bacterial compositions of sour cream samples from various manufacturers available on the Russian market were investigated. Sequencing was performed on an Illumina MiSeq platform. Bacterial taxa were taken into account, whose percentage exceeded 1% relative to all identified microorganisms in the sample. As a result of the analysis, it was found that the dominant bacteria in all samples of 20% sour cream were representatives of the genera Streptococcus and Lactococcus. Samples No. 3 and No. 10 contained Lacticaseibacillus. Their percentage in these samples did not exceed 2%. In sour cream sample No. 1, representatives of the genus Enterococcus were identified (3% of the total number of bacteria found in the sample). Species analysis of the microbial community of the studied samples using the Nucleotide BLAST system made it possible to determine that Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus, Lacticaseibacillus rhamnosus (sour cream numbers 3 and 10) and Enterococcus faecium are probably used as starter cultures. These bacteria are traditionally used in the production of
fermented dairy products due to the ability to form specific tastes, aromas and textures during fermentation._
Keywords: lactic acid bacteria, fermentation, microbial community, high-throughput sequencing, sour cream
Введение
Сметана - кисломолочный продукт, изготавливаемый на основе сливок и стартовых культур молочнокислых бактерий [1]. Это традиционный продукт во многих странах, который ценится за свои вкусовые характеристики и состав, насыщенный питательными веществами [2]. Многочисленные исследования показали положительное влияние молочнокислых продуктов на здоровье человека, как за счет самих бактерий, входящих в состав,
Для цитирования Нестерова Е.Ю., Сыромятников М.Ю., Попов В.Н. Оценка бактериального состава сметаны с помощью высокопроизводительного секвенирования // Вестник ВГУИТ. 2021. Т. 83. № 3. С. 129-134. doi: 10.20914/2310-1202-2021-3-129-134
так и за счет биоактивных элементов, выделяемых в процессе ферментации [3-5]. Было доказано положительно влияние молочнокислых бактерий на состояние желудочно-кишечного тракта человека [6].
В качестве основных микроорганизмов, применяемых при производстве ферментированных молочных продуктов, в том числе и сметаны, используются бактерии родов Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus и Enterococcus [7]. Для того чтобы
For citation
Nesterova E.Yu., Syromyatnikov M.Yu., Popov V.N. Evaluation of the bacterial composition of sour cream using high-throughput sequencing. Vestnik VGUIT [Proceedings of VSUET]. 2021. vol. 83. no. 3. pp. 129-134. (in Russian). doi:10.20914/2310-1202-2021-3-129-134_
© 2021, Нестерова Е.Ю. и др. / Nesterova E.Y. et al.
This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 International License
1, 2
1, 2
определить бактериальный состав молочнокислой продукции, сегодня используются не только классические методы, основанные на культивировании на питательных средах [8, 9], но и современные быстрые и точные методики, к которым относится высокопроизводительное секвенирование. Эта методика значительно облегчила изучение сложной микробиоты продуктов питания [10].
Работы, посвященные изучению микробиологического состава сметаны, не многочисленны. Как правило, это комплексные исследования микробных сообществ в различных кисломолочных продуктах, динамики их состава в процессе ферментации [11-13]. Так, например, в 2018 китайские исследователи анализировали традиционные сметану и масло, изготавливаемые коренными жителями Бурятии, на основе комбинации методик секвенирования SMRT и масс-спектрометрии [14].
В связи с этим, цель нашей работы заключалась в проведении анализа бактериального состава коммерчески доступной сметаны на основе высокопроизводительного секвенирования.
Материалы и методы
В качестве объектов исследования было использовано 12 образцов 20%-ой сметаны различных производителей, доступных на территории Российской Федерации. Для выделения ДНК был использован коммерческий набор FаstDNА™ Spin Kit (MP Biomedicals, США).
Изготовление библиотек осуществлялось на основе ПЦР с использованием универсальных праймеров [15, 16] к области V4 гена 16S рРНК на основе методики, описанной ранее [17]. Нуклеотидные последовательности праймеров указаны в таблице 1.
Таблица 1 .
Универсальные бактериальные праймеры для проведения секвенирования
Table 1.
Universal bacterial sequencing primers
На каждый из 12 образцов приходилось по две библиотеки, секвенирование которых осуществлялось параллельно, с использованием набора реагентов MiSeq Reagent Micro Kit v2 (300 циклов) MS-103-1002 (Illumina, США)
на секвенаторе MiSeq (Illumina, США), считывающим 150 п.н. с каждого конца.
Биоинформатический анализ данных, полученных в результате секвенирования, позволил выяснить распределение последовательностей по рабочим таксономическим единицам (OTU) на основе их сходства, которое составляло более 97%. Идентификация OTU осуществлялось на основе программы SILVAngs 1.3 [18].
Результаты и обсуждение
Высокопроизводительное секвенирова-ние позволило выявить данные о фактическом бактериальном составе всех анализируемых образцов. В работе были учтены только те таксоны бактерий, чье процентное соотношение превышало 1% от общего числа идентифицированных бактерий. Результаты анализа представлены в таблице 2.
Таблица 2.
Идентифицированные роды бактерий в образцах сметаны
Table 2.
Identified genera of bacteria in sour cream samples
Праймер Primer Нуклеотидная последовательность Nucleotide sequence
515F 5'-GTGB CAGCMGCCGCGGTAA-З '
Pro-mod-S05R 5'- GACTACNVGGGTMTCTAATCC-З '
Образец сметаны Sour cream sample Выявленный состав Revealed composition Процентное содержание в образце Percentage in the sample
i Streptococcus 97%
Enterococcus З%
2 Streptococcus S0%
Lactococcus i9%
З Streptococcus 95%
Lactococcus З%
Lacticaseibacillus 2%
4 Streptococcus 83%
Lactococcus i7%
5 Streptococcus 38%
Lactococcus 610/O
б Streptococcus 5б%
Lactococcus 44%
7 Streptococcus S5%
Lactococcus i4%
S Streptococcus i00%
9 Streptococcus 5З%
Lactococcus 46%
10 Streptococcus 70%
Lactococcus 2S%
Lacticaseibacillus 2%
ii Streptococcus S5%
Lactococcus i5%
12 Streptococcus 7S%
Lactococcus 22%
По результатам анализа было установлено, что все 12 образцов сметаны содержали в своем составе бактерии рода Streptococcus. Их процентное соотношение варьировало от 38% (образец № 5) до 100% (образец № 8). В 9 из 12 образцов доминировали бактерии Streptococcus. Их содержание превышало 70%. Это образцы под номерами 1-4, 7, 8, 10-12. Необходимо отметить, что образец сметаны № 8 определился как однокомпонентный продукт, т. е. в его составе были обнаружены только представители рода Streptococcus (рисунок 1).
На втором месте по встречаемости в исследованной продукции располагались представители рода Lactococcus. 83% исследованных образцов включали в состав представителей данного рода. Так, например, в сметане под номерами 5, 6 и 9 содержание Lactococcus составляло 61%, 44% и 46% соответственно. Процентное соотношение бактерий Lactococcus в остальных образцах не превышало 28%.
Образцы № 3 и № 10 характеризовались трехкомпонентным составом. В данной сметане помимо Streptococcus и Lactococcus, было выявлено наличие представителей рода Lacticasei-bacillus, чье содержание в обоих образцах составило 2%. На рисунке 2 изображено процентное соотношение бактерий в составе сметаны № 3.
Образец сметаны под номером 1 отличался от остальных образцов наличием в составе помимо Streptococcus бактерий рода Enterococcus (3%) (рисунок 3).
:
I
£ <л
Рисунок 1. Процентное содержание бактерий в образце сметаны № 8
Figure 1. The percentage of bacteria in sour cream sample No. 8
Рисунок 2. Процентное содержание бактерий в образце сметаны № 3
Figure 2. The percentage of bacteria in sour cream sample No. 3
i
Рисунок 3. Процентное содержание бактерий в образце сметаны № 1
Figure 3. The percentage of bacteria in sour cream sample No. 1
Следующий этап исследования заключался в определении видовой принадлежности обнаруженных микроорганизмов. Нуклеотидные последовательности, полученные в результате секвенирования, были проанализированы с помощью системы Nucleotide BLAST. Такой анализ строится на сопоставлении нуклеотидных последновательностей с последовательностями, ранее занесенными в международную базу данных (таблица 3).
Таблица 3. Видовая принадлежность обнаруженных бактерий в образцах сметаны
Table 3.
Species of bacteria detected in sour cream samples
Было установлено, что в состав заквасочных культур входили Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus, Lacticaseibacillus rhamnosus (для образцов № 3 и № 10) и
Enterococcus faecium (для образца № 1). Все бактерии, идентифицированные в образцах сметаны, входили в состав культур молочнокислых бактерий, используемых при производстве кисломолочной продукции. Так, Lactococcus lactis активно применяется в ферментации за счет высокой метаболической стабильности и способности образовывать кислоты в молоке, тем самым влиять на вкусовые характеристики конечного продукта [19]. Одной из коммерчески важнейших заквасочных культур явялется Streptococcus thermophilus. Эти бактерии участвуют в метаболизме белков и сахаров, а также формировании ароматов [20]. Использование в производстве Lacticaseibacillus rhamnosus связано с его пробиотическими свойствами и со способностью подавлять рост и развитие плесени в готовой молочной продукции [21]. Бактерии Enterococcus faecium обладают протео-, эстеро- и липолитечской активностью, что обеспечивает формирование специфических текстурных, ароматических и вкусовых характеристик [22].
Заключение
В ходе проведения высокопроизводительного секвенирования 12 образцов сметаны было выяснено, что доминирующим компонентами микробных сообществ каждого из них являлись бактерии двух родов - Streptococcus и Lactococcus. Бактерии рода Streptococcus встречались во всех образцах сметаны. Что касается рода Lactococcus, 11 из 12 образцов сметаны содержали в своем составе представителей данного таксона. Процентное соотношение Lactococcus относительно других компонентов в образцах не превышало 28%. Сметана под номерами 3 и 10 помимо представителей вышеуказанных родов содержала Lacticaseibacillus (по 2% для каждого из образцов). В сметане № 1 по результатам анализа 3% приходилось на представителей рода Enterococcus.
Полученные результаты свидетельствуют о наличие в бактериальном составе исследованных образцов сметаны представителей культур молочнокислых бактерий, традиционно используемых в качестве заквасок при производстве кисломолочной продукции. Составы были представлены Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus, Lacticaseibacillus rhamnosus и Enterococcus faecium.
Образец сметаны Sour cream sample Вид Species Совпадение в GenBank, % Compliance with GenBank, %
1 Enterococcus faecium 1QQ,QQ
Streptococcus thermophilus 99,26
2 Lactococcus lactis 1QQ,QQ
Streptococcus thermophilus 99,58
3 Streptococcus thermophilus 99,25
Lactococcus lactis 98,8Q
Lacticaseibacillus rhamnosus 98,41
4 Streptococcus thermophilus 98,4Q
Lactococcus lactis 1QQ,QQ
5 Streptococcus thermophilus 98,74
Lactococcus lactis 1QQ,QQ
6 Streptococcus thermophilus 98,8Q
Lactococcus lactis 99,6Q
7 Streptococcus thermophilus 98,8Q
Lactococcus lactis 99,6Q
8 Streptococcus thermophilus 98,4Q
9 Streptococcus thermophilus 98,8Q
Lactococcus lactis 1QQ,QQ
1Q Lactococcus lactis 98,8Q
Streptococcus thermophilus 98,QQ
Lacticaseibacillus rhamnosus 98,Q1
11 Lactococcus lactis 99,2Q
Streptococcus thermophilus. 97,8Q
12 Lactococcus lactis 1QQ,QQ
Streptococcus thermophilus 98,8Q
Литература
1 Danylenko S.G., Bodnarchuk O.V., Ryzhkova T.M. et al. The effects of thickeners upon the viscous properties of sour cream with a low fat content // Acta Scientiarum Polonorum, Technologia Alimentaria. 2020. V. 19. P. 359-368. doi: 10.17306/J.AFS.0836
2 Yu J., Wang H.M., Zha M.S. et al. Molecular identification and quantification of lactic acid bacteria in traditional fermented dairy foods of Russia // Journal of Dairy Science. 2015. V. 98. P. 5143-5154. doi: 10.3168/jds.2015-9460
3 Mathur H., Beresford T.P., Cotter P.D. Health Benefits of Lactic Acid Bacteria (LAB) Fermentâtes // Nutrients. 2020. V. 12. P. 1679. doi: 10.3390/nu12061679
4 Linares D.M., Gómez C., Renes E. et al. Lactic Acid Bacteria and Bifidobacteria with Potential to Design Natural Biofunctional Health-Promoting Dairy Foods // Frontiers in Microbiology. 2017. V. 8. P. 846. doi: 10.3389/fmicb.2017.00846
5 Arqués J.L., Rodríguez E., Langa S. et al. Antimicrobial activity of lactic acid bacteria in dairy products and gut: effect on pathogens // BioMed Research International. 2015. V. 2015. P. 584183. doi: 10.1155/2015/584183
6 Marco M.L., Heeney D., Binda S. et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond // Current Opinion in Biotechnology. 2017. V. 44. P. 94-102. doi: 10.1016/j.copbio.2016.11.010
7 Hayek S., Gyawali R., Aljaloud S. et al. Cultivation media for lactic acid bacteria used in dairy products // Journal of Dairy Research. 2019. V. 86. P. 490-502. doi: 10.1017/S002202991900075X
8 Elionora Hantsis-Zacharov M.H. Culturable psychrotrophic bacterial communities in raw milk and their proteolytic and lipolytic traits. Applied and Environmental Microbiology. 2007. V. 73. P. 7162-7168. doi: 10.1128/AEM.00866-07
9 Duniere L., Xu S., Long J. et al. Bacterial and fungal core microbiomes associated with small grain silages during ensiling and aerobic spoilage // BMC Microbiology. 2017. V. 17. P. 50. doi: 10.1186/s12866-017-0947-0
10 Luzzi G., Brinks E., Fritsche J. et al. Microbial composition of sweetness-enhanced yoghurt during fermentation and storage // AMB Express. 2020. V. 10. P. 131. doi: 10.1186/s13568-020-01069-5
11 Zamfir M., Vancanneyt M., Makras L. et al. Biodiversity of lactic acid bacteria in Romanian dairy products // Systematic and Applied Microbiology. 2006. V. 29. P. 487-95. doi: 10.1016/j.syapm.2005.10.002
12 Terzic-Vidojevic A., Veljovic K., Tolinacki M. et al. Diversity of non-starter lactic acid bacteria in autochthonous dairy products from Western Balkan Countries - Technological and probiotic properties // Food Research International. 2020. V. 136. P. 109494. doi: 10.1016/j.foodres.2020.109494
13 Xu W.L., Li C.D., Guo Y.S. et al. A snapshot study of the microbial community dynamics in naturally fermented cow's milk // Food Science & Nutrition. 2021. V. 9. P. 2053-2065. doi: 10.1002/fsn3.2174
14 Yu J., Mo L., Pan L. et al. Bacterial Microbiota and Metabolic Character of Traditional Sour Cream and Butter in Buryatia, Russia // Frontiers in Microbiology. 2018. V. 9. P. 2496. doi: 10.3389/fmicb.2018.02496
15 Fadrosh D.W., Gajer B.M.P., Sengamalay N. et al. An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumine MiSeq platform // Microbiome. 2014. V. 2. P. 6. doi: 10.1186/2049-2618-2-6
16 Hugerth L.W., Wefer H.A, Lundin S. et al. Dege Prime, a program for degenerate primer design for broad-taxonomic-range PCR in microbial ecology studies // Applied and Environmental Microbiology. 2014. V. 80. P. 5116-5123. doi: 10.1128/AEM.01403-14
17 Merkel A.Y., Tarnovetskii I.Y., Podosokorskaya O.A. et al. Analysis of 16S rRNA primer systems for profiling of thermophilic microbial communities // Microbiology. 2019. V. 88. P. 671-680. doi: 10.1134/S0026261719060110
18 Quast C., Pruesse E., Yilmaz P. et al. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools // Nucleic Acids Research. 2013. V. 41. P. D590-D596. doi: 10.1093/nar/gks1219
19 Bintsis T. Lactic acid bacteria as starter cultures: An update in their metabolism and genetics // AIMS Microbiology. 2018. V. 4. P. 665-684. doi: 10.3934/microbiol.2018.4.665
20 Tidona F., Francolino S., Ghiglietti R. et al. Characterization and pre-industrial validation of Streptococcus thermophilus strains to be used as starter cultures for Crescenza, an Italian soft cheese // Food Microbiology. 2020. V. 92. P. 103599. doi: 10.1016/j.fm.2020.103599
21 Siedler S., Rau M.H., Bidstrup S. et al. Competitive exclusion is a major bioprotective mechanism of Lactobacilli against fungal spoilage in fermented milk products // Applied and Environmental Microbiology. 2020. V. 86. P. e02312-19. doi: 10.1128/AEM.02312-19
22 Ben Braïek O., Smaoui S. Enterococci: Between Emerging Pathogens and Potential Probiotics // BioMed Research International. 2019. V. 2019. P. 5938210. doi: 10.1155/2019/5938210
References
1 Danylenko S.G., Bodnarchuk O.V., Ryzhkova T.M. et al. The effects of thickeners upon the viscous properties of sour cream with a low fat content. Acta Scientiarum Polonorum, Technologia Alimentaria. 2020. vol. 19. pp. 359-368. doi: 10.17306/J.AFS.0836
2 Yu J., Wang H.M., Zha M.S. et al. Molecular identification and quantification of lactic acid bacteria in traditional fermented dairy foods of Russia. Journal of Dairy Science. 2015. vol. 98. pp. 5143-5154. doi: 10.3168/jds.2015-9460
3 Mathur H., Beresford T.P., Cotter P.D. Health Benefits of Lactic Acid Bacteria (LAB) Fermentates. Nutrients. 2020. vol. 12. pp. 1679. doi: 10.3390/nu12061679
4 Linares D.M., Gómez C., Renes E. et al. Lactic Acid Bacteria and Bifidobacteria with Potential to Design Natural Biofunctional Health-Promoting Dairy Foods. Frontiers in Microbiology. 2017. vol. 8. pp. 846. doi: 10.3389/fmicb.2017.00846
5 Arqués J.L., Rodríguez E., Langa S. et al. Antimicrobial activity of lactic acid bacteria in dairy products and gut: effect on pathogens. BioMed Research International. 2015. vol. 2015. pp. 584183. doi: 10.1155/2015/584183
6 Marco M.L., Heeney D., Binda S. et al. Health benefits of fermented foods: microbiota and beyond. Current Opinion in Biotechnology. 2017. vol. 44. pp. 94-102. doi: 10.1016/j.copbio.2016.11.010
7 Hayek S., Gyawali R., Aljaloud S. et al. Cultivation media for lactic acid bacteria used in dairy products. Journal of Dairy Research. 2019. vol. 86. pp. 490-502. doi: 10.1017/S002202991900075X
8 Elionora Hantsis-Zacharov M.H. Culturable psychrotrophic bacterial communities in raw milk and their proteolytic and lipolytic traits. Applied and Environmental Microbiology. 2007. vol. 73. pp. 7162-7168. doi: 10.1128/AEM.00866-07
9 Duniere L., Xu S., Long J. et al. Bacterial and fungal core microbiomes associated with small grain silages during ensiling and aerobic spoilage. BMC Microbiology. 2017. vol. 17. pp. 50. doi: 10.1186/s12866-017-0947-0
10 Luzzi G., Brinks E., Fritsche J. et al. Microbial composition of sweetness-enhanced yoghurt during fermentation and storage. AMB Express. 2020. vol. 10. pp. 131. doi: 10.1186/s13568-020-01069-5
11 Zamfir M., Vancanneyt M., Makras L. et al. Biodiversity of lactic acid bacteria in Romanian dairy products. Systematic and Applied Microbiology. 2006. vol. 29. pp. 487-95. doi: 10.1016/j.syapm.2005.10.002
12 Terzic-Vidojevic A., Veljovic K., Tolinacki M. et al. Diversity of non-starter lactic acid bacteria in autochthonous dairy products from Western Balkan Countries - Technological and probiotic properties. Food Research International. 2020. vol. 136. pp. 109494. doi: 10.1016/j.foodres.2020.109494
13 Xu W.L., Li C.D., Guo Y.S. et al. A snapshot study of the microbial community dynamics in naturally fermented cow's milk. Food Science & Nutrition. 2021. vol. 9. pp. 2053-2065. doi: 10.1002/fsn3.2174
14 Yu J., Mo L., Pan L. et al. Bacterial Microbiota and Metabolic Character of Traditional Sour Cream and Butter in Buryatia, Russia. Frontiers in Microbiology. 2018. vol. 9. pp. 2496. doi: 10.3389/fmicb.2018.02496
15 Fadrosh D.W., Gajer B.M.P., Sengamalay N. et al. An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumine MiSeq platform. Microbiome. 2014. vol. 2. pp. 6. doi: 10.1186/2049-2618-2-6
16 Hugerth L.W., Wefer H.A, Lundin S. et al. Dege Prime, a program for degenerate primer design for broad-taxonomic-range PCR in microbial ecology studies. Applied and Environmental Microbiology. 2014. vol. 80. pp. 5116-5123. doi: 10.1128/AEM.01403-14
17 Merkel A.Y., Tarnovetskii I.Y., Podosokorskaya O.A. et al. Analysis of 16S rRNA primer systems for profiling of thermophilic microbial communities. Microbiology. 2019. vol. 88. pp. 671-680. doi: 10.1134/S0026261719060110
18 Quast C., Pruesse E., Yilmaz P. et al. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Research. 2013. vol. 41. pp. D590-D596. doi: 10.1093/nar/gks1219
19 Bintsis T. Lactic acid bacteria as starter cultures: An update in their metabolism and genetics. AIMS Microbiology. 2018. vol. 4. pp. 665-684. doi: 10.3934/microbiol.2018.4.665
20 Tidona F., Francolino S., Ghiglietti R. et al. Characterization and pre-industrial validation of Streptococcus thermophilus strains to be used as starter cultures for Crescenza, an Italian soft cheese. Food Microbiology. 2020. vol. 92. pp. 103599. doi: 10.1016/j.fm.2020.103599
21 Siedler S., Rau M.H., Bidstrup S. et al. Competitive exclusion is a major bioprotective mechanism of Lactobacilli against fungal spoilage in fermented milk products. Applied and Environmental Microbiology. 2020. vol. 86. pp. e02312-19. doi: 10.1128/AEM.02312-19
22 Ben Braiek O., Smaoui S. Enterococci: Between Emerging Pathogens and Potential Probiotics. BioMed Research International. 2019. vol. 2019. pp. 5938210. doi: 10.1155/2019/5938210
Сведения об авторах Екатерина Ю. Нестерова м.н.с., лаборатория метагеномики и пищевых биотехнологий, Воронежский государственный университет инженерных технологий, пр-т Революции, 19, г. Воронеж, 394036, Россия, ка1уа.пе81егоуа.1997(й)таП.ги
https://orcid.org/0000-0003-0918-3547 Михаил Ю. Сыромятников к.б.н., в.н.с., доцент, лаборатория метагеномики и пищевых биотехнологий, Воронежский государственный университет инженерных технологий, пр-т Революции, 19, г. Воронеж, 394036, Россия, тЬап.угШЭтаП.ги
https://orcid.org/0000-0001-9028-0613 Василий Н. Попов д.б.н., профессор, лаборатория метагено-мики и пищевых биотехнологий, Воронежский государственный университет инженерных технологий, пр-т Революции, 19, г. Воронеж, 394036, Россия, руп(йН'8ие1т https://orcid.org/0000-0003-1294-8686
Вклад авторов Екатерина Ю. Нестерова написала рукопись, корректировала ее до подачи в редакцию и несет ответственность за плагиат Михаил Ю. Сыромятников консультация в ходе исследования
Василий Н. Попов предложил методику проведения эксперимента и организовал производственные испытания
Конфликт интересов
Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Information about authors Ekaterina Yu. Nesterova junior researcher, laboratory of metagenomics and food biotechnology, Voronezh State University of Engineering Technologies, Revolution Av., 19 Voronezh, 394036, Russia, katya.nesterova.l997(S)mail.ru
https://orcid.org/0000-0003-0918-3547 Mikhail Yu. Syromyatnikov Cand. Sci. (Biol), senior researcher, professor, laboratory of metagenomics and food biotechnology, Voronezh State University of Engineering Technologies, Revolution Av., 19 Voronezh, 394036, Russia, mihan.vrn(S)mail.ra
https://orcid.org/0000-0001-9028-0613 Vasily N. Popov Dr. Sci. (Biol.), professor, laboratory of metagenomics and food biotechnology, Voronezh State University of Engineering Technologies, Revolution Av., 19 Voronezh, 394036, Russia, pvn(S)vsuet.ru https://orcid.org/0000-0003-1294-8686
Contribution
Ekaterina Yu. Nesterova wrote the manuscript, correct it before filing in editing and is responsible for plagiarism Mikhail Yu. Syromyatnikov consultation during the study
Vasily N. Popov proposed a scheme of the experiment and organized production trials
Conflict of interest
The authors declare no conflict of interest.
Поступила Q2/Q7/2Q21_После редакции 22/Q7/2Q21_Принята в печать 26/Q8/2Q21
Received Q2/Q7/2Q21_Accepted in revised 22/Q7/2Q21_Accepted 26/Q8/2Q21
