CC BY
66
7. Deng X., Shariat N., Driebe E.M. et al. Comparative analysis of subtyping methods against a whole-genomesequencing standard for Salmonella enterica serotype Enteritidis. J. Clin. Microbiol. 2015; 53(1): 212-8.
8. Jernberg C., Hjertqvist M., Sundborger C. et al. Outbreak of Salmonella Enteritidis phage type 13a infection in Sweden linked to imported dried-vegetable spice mixes, December 2014 to July 2015. Euro Surveill. 2015; 20(30): 21194.
9. Kado C.I., Liu S.T. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmids. J. Bacteriol. 1981; 145(3): 1365-73.
10. Laconcha I., Lopez-Molina N., Rementeria A. et al. Phage typing combined with pulsed-field gel electrophoresis and random amplified polymorphic DNA increases discrimination in the epidemiological analysis of Salmonella enteritidis strains. Int. J. Food Microbiol. 1998; 40(1-2): 27-34.
11. Lujan R., Echeita A., Usera M.A. et al. Plasmid profiles as an epidemiological marker for Salmonella enterica serotype Enteritidis foodborne outbreaks. Microbiologia. 1990; 6(1): 45-50.
12. Malorny B., Junker E., Helmuth R. Multi-locus variable-number tandem repeat analysis for outbreak studies of Salmonella enterica serotype Enteritidis. BMC Microbiol. 2008; 8: 84.
13. Murase T., Nakamura A., Matsushima A. et al. An epidemiological study of Salmonella enteritidis by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE): several PFGE patterns observed in isolates from a food poisoning outbreak. Microbiol. Immunol. 1996; 40(11): 873-5.
14. Wachsmuth I.K., Kiehlbauch J.A., Bopp C.A. et al. The use of plasmid profiles and nucleic acid probes in epidemiologic investigations of foodborne, diarrheal diseases. Int. J. Food Microbiol. 1991; 12(1): 77-89.
Сведения об авторах
Раков Алексей Владимирович, к.м.н., старший научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и микробиологии ФГБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова», г. Владивосток; тел. 8(423)2442604, e-mail: vokar@mail333.com
Шубин Феликс Николаевич, д.м.н., профессор, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и микробиологии ФГБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова», г. Владивосток; тел. 8(423)2442604, e-mail: shubin@inbox.ru
Кузнецова Наталья Анатольевна, к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории хантавирусных инфекций ФГБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова», г. Владивосток; тел. 8(423)2441888, e-mail: kuznetsovanata@mail.ru
Передерий Наталия Георгиевна, заведующая эпидемиологическим отделом ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Мурманской области», г. Мурманск, тел. 8(8152)47-31-07, e-mail: epid5@fguzmo.ru
© Коллектив авторов, 2016 doi:10.18411/hmes.d-2016-151
УДК 616.981.49-616.34
Ф.Н. Шубин1, А.В. Раков1, Н.А. Кузнецова1, С.И. Логинов2, М.И. Хакимова2 МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ САЛЬМОНЕЛЛЕЗА, ВЫЗВАННОГО SALMONELLA ENTERITIDIS, в ИрКУТСКОй ОБЛАСтИ
1 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова», г. Владивосток;
2 Федеральное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Иркутской области», г. Иркутск
Salmonella enterica серовар Enteritidis (Salmonella Enteritidis! является основным возбудителем сальмонеллеза в России. Изучена плазмидная характеристика штаммов Salmonella Enteritidis. выделенных в Иркутской области от 819 больных в 2007-2013 гг. при спорадической (673 человека) и эпидемической (146 человек) заболеваемости населения. Установлено, что популяция Salmonella Enteritidis высоко гетерогенна (D = 0.699) и представлена 36 плазмидными типами микроба. Вместе с тем более 90% заболеваемости связано с 8 основными типами микроба, среди которых дифференцированы два доминирующих в заболеваемости населения плазмидных типа: 38 MDa и 38:1,4 MDa. Вспышки сальмонеллеза вызваны основными плазмидными типами микроба, и имело место соответствие результатов субтипирования штаммов микроба, выделенных от больных и из факторов передачи. Несмотря на высокий уровень гетерогенности популяции микроба в области, подъемы заболеваемости населения в отдельные годы могут быть связаны с определенными плазмидными типами микроба. Показано, что плазмидный анализ может быть использован в качестве самостоятельного метода, поскольку он обеспечивает достаточный уровень внутривидового генотипирования для решения прикладных эпидемиологических задач.
Ключевые слова: Salmonella Enteritidis, сальмонеллез, плазмидный анализ, спорадическая заболеваемость, вспышки, Иркутская область.
Для цитирования: Шубин Ф.Н., Раков А.В., Кузнецова Н.А., Логинов С.И., Хакимова М.И. Молекулярная эпидемиология сальмонеллеза, вызванного Salmonella Enteritidis, в Иркутской области. Здоровье. Медицинская экология. Наука. 2016; 4(67): 30-36. doi: 10.184n/hmes.d-2016-151
Для корреспонденции: Шубин Ф.Н., д.м.н., e-mail: shubin@inbox.ru
Поступила 18.10.16
F.N. Shubin1, A.V. Rakov1, N.A. Kuznetsova1, S.I. Loginov2, M.I. Hakimova2 MOLECULAR EPIDEMIOLOGY OF SALMONELLA ENTERITIDIS IN THE IRKUTSK REGION
1 Federal State Scientific Institution «G.P. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology», Vladivostok, Russia;
2 Federal Budget Healthcare Institution «Center for Hygiene and Epidemiology in Irkutsk region», Irkutsk, Russia.
Salmonella Enteritidis is the main cause of salmonellosis in Russia. Plasmid characteristics of Salmonella Enteritidis strains isolated from 819 patients in the Irkutsk region during 2007-2013 were studied, including 673 sporadic cases and 146 epidemic isolates. The population of Salmonella Enteritidis appeared highly heterogeneous (D = 0.699) with 36 plasmid types. However, more than 90% cases were caused by 8 major types, and two predominating plasmid types were identified among them, 38 MDa and 38:1.4 MDa. Outbreaks of salmonellosis caused by the major types of microbe, and there has been compliance with the results of subtyping microbe strains isolated from patients and from the transfer factors. Despite high heterogeneity of the microbial population in this region, some peaks of the morbidity may be associated with certain plasmid types of Salmonella Enteritidis. It has been demonstrated that plasmid analysis can be used as an independent analytical tool for applied epidemiology, as it provides an adequate level of intraspecies genotyping in the public health practice.
Keywords: Salmonella Enteritidis, salmonellosis, plasmid analysis, sporadic morbidity, outbreaks, Irkutsk region.
For citation: Shubin F.N., Rakov A.V., Kuznetsova N.A., Loginov S.I., Hakimova M.I. Molecular epidemiology of Salmonella Enteritidis in the Irkutsk region. Health. Medical ecology. Science. 2016; 4(67): 26-30 (in Russia). doi: 10.18411/ hmes.d-2016-151
For correspondence: Shubin F.N., MD, e-mail: shubin@inbox.ru.
Conflict of interests. The authors are declaring absence of conflict of interests.
Financing. The study had no sponsor support.
Received 18.10.16 Accepted 29.10.16
Salmonella enterica серовар Enteritidis (Salmonella Enteritidis^ является одним из основных сероваров-возбудителей зоонозного сальмонеллеза у населения во многих странах мира [1]. Общепризнанным источником инфекции при сальмонеллезе служит птица предприятий промышленного птицеводства. Соответственно яйца и мясо бройлеров является основными факторами передачи сальмонеллеза у людей [2]. В настоящее время для анализа спорадической и эпидемической заболеваемости населения широко привлекаются методы генотипирования сальмонелл, основанные на изучении плазмидной и хромосомной ДНК [3].
Первая группа методов включает плазмид-ный анализ и рестрикционный анализ плазмид-ных ДНК [4]. Ко второй группе относятся RAPD-типирование, пульс-электрофорез-типирование, VNTR-типирование и другие [3]. С помощью этих методов достигается субтипирование Salmonella Enteritidis, что позволяет проследить процесс формирования заболеваемости населения, вызванной
каждым из генотипов микроба и оценить их эпидемическую значимость.
Ранее нами были представлены возможности плаз-мидного анализа для субтипирования Salmonella Enteritidis, на основе которого в Приморском крае внедрена система микробиологического мониторинга за сальмонеллами [5]. Распространение мониторинга на субъекты РФ в Сибирском и Дальневосточном федеральных округах позволило впервые представить степень гетерогенности популяции Salmonella Enteritidis у больных на девяти изученных территория, включая Иркутскую область [6]. Однако эти исследования в Иркутской области носили ограниченный и эпизодический характер, включившие небольшое число изученных штаммов микроба. В течение последующих 2010-2012 гг. продолжен мониторинг за сальмонеллами в области, и его результаты представлены в настоящем сообщении.
Целью исследования являлось изучение плазмид-ной характеристики популяции Salmonella Enteritidis в Иркутской области и отражение ее в этиологии и эпидемиологии сальмонеллеза.
Материалы и методы исследования В процессе централизованного микробиологического мониторинга за сальмонеллами изучена плазмидная характеристика штаммов Salmonella Enteritidis, выделенных в 2007-2013 гг. от 823 больных, в том числе при спорадической (677 человек) и эпидемической (146 человек) заболеваемости населения.
Идентификацию сальмонелл и изучение антигенной характеристики штаммов микроба проводили общепринятыми методами. Определение спектра плазмид проводили у свежевыделенных штаммов микроба по методу Kado и Liu [7]. Электрофоретическое разделение плазмидных ДНК, их визуализацию и определение молекулярной массы проводили, как описано ранее [5]. Изучена частота выделения от больных различных плазмидных типов Salmonella Enteritidis.
При анализе спорадической заболеваемости в 2011-2012 гг. использовали традиционные подходы. Оценивали удельный вес (в %) больных, выделен-
ные от которых штаммы исследованы в плазмидном анализе, от общего количества заболевших сальмонеллезом, вызванным Salmonella Enteritidis, зарегистрированных за год, а также удельный вес больных, выделивших микроб различных плазмидных типов. На основе этих данных вычисляли расчетное количество больных и заболеваемость в показателях на 100000 населения в год. Результаты обработаны статистически с использованием критериев Стьюдента. Индекс биоразнообразия Симпсона (D) рассчитан по методике Hunter и Gaston [8].
Полученные результаты
Изучение плазмидной характеристики Salmonella Enteritidis, выделенных от 677 больных при спорадической заболеваемости населения, выявило гетерогенную популяцию микроба, представленную 36 плазмидными типами микроба на протяжении всех лет наблюдений (табл. 1). Плазмиды содержатся у 667 (98,5%) штаммов микроба.
Плазмидная характеристика штаммов Salmonella Enteritidis, выделенных от больных, при спорадической заболеваемости населения
Таблица 1
Плазмидные типы Годы и количество больных, выделивших штаммы плазмидных типов (абс. / %±m)
(в MDa) 2007 2010 2011 2012
38 3 / 5,8±3,2 3 / 8,3±4,6 74 / 20,5±2,1 103 / 45,2±3,3
СО 00 4^ 32 / 61,5±6,7 25 / 69,4±7,7 175/ 48,5±2,6 84 / 36,8±3,2
Штаммы доминирующих типов, всего: абс./% 249 / 68,9±2,6 187 / 82,0±2,5
•^г CD CN 00 СО 7 / 13,5±4,7 5 / 13,9±5,8 37 / 10,2±1,6 12 / 5,3±1,5
38 : 3,3 : 3,0 : 1,4 1 / 1,9±1,9 3 / 8,3±4,6 9 / 2,5±0,8 -
38 : 2,3 1 / 1,9±1,9 16 / 4,4±1,1 7 / 3,1±1,1
•^г CD счГ 00 со 3 / 0,8±0,5 3 / 1,3±0,7
со 00 4^ 3 / 5,8±3,2 - 1 / 0,4±0,4
со 00 со о 4^ 5 / 1,4±0,6 2 / 0,9±0,6
Всего штаммов основных типов: абс./ % 47 / 90,4±4,1 36 / 100,0 319 / 88,4±2,0 212 / 93,0±1,7
Всего редких типов микроба 5 - 15 11
Количество штаммов редких типов / частота выявления: абс./ %±m 5 / 9,6±4,1 - 42 / 11,6±1,7 16 / 7,0±1,7
Всего штаммов с изученным плазмидным типом: абс. / %±m 52 / 3,7±2,6* 36 / 3,15±2,9* 361 / 51,9±2,6* 228 / 31,0±1,7*
Всего больных сальмонеллезом группы D 1385 / 54,95** 1144 / 45,68** 696 / 27,79** 813 / 33,51**
Индекс Симпсона 0,708 0,658
* - всего изучено штаммов от больных / %±m от количества зарегистрированных больных сальмонеллезом, вызванного Salmonella группы D; ** - количество зарегистрированных больных / показатель на 100 тыс. населения области.
Наиболее часто выявляемой была серовароспе-цифическая плазмида вирулентности р38, которая выявлена у 660 (97,5%) штаммов микроба. Штаммы микроба, содержащие единственную плазмиду вирулентности р38, составили 27,0%. Оставшиеся штаммы микроба, изолированные от 484 (71,5%) больных, содержали от 2 до 5 плазмид и были дифференцированы на 34 плазмидных типа.
В соответствии с частотой выделения среди выявленных плазмидных типов Salmonella Enteritidis дифференцированы 8 основных и 28 редко выявляе-
мых типов. При этом штаммы первых трёх плазмидных типов выявлялись у больных ежегодно. Частота выделения от больных штаммов микроба основных плазмидных типов в меньшей степени зависела от числа обследованных больных.
Так изучение штаммов микроба, выделенных в 2007 г. от 52 больных позволило выявить 6 основных плазмидных типов, тогда как семикратное увеличение числа обследованных больных в 2011 г. принесло лишь 2 дополнительных типа. Представленные данные позволяют полагать, что первые 4 основных
плазмидных типа являются характерными для популяции микроба в Иркутской области на протяжении 2007 и 2010-2012 гг.
Вместе с тем, частота выделения от больных отдельных основных плазмидных типов в значительной степени варьирует. Статистически достоверно чаще у больных в 2007, 2010-2012 гг. выделялись штаммы плазмидного типа 38:1,4 MDa (p<0,01). Этот тип микроба выявлен у 316 (46,7±1,9) больных. Вторыми по частоте выделения были штаммы плазмидного типа 38 MDa, которые выявлены соответственно у 183 (27,0±1,7%) больных. Остальные основные плазмидные типы Salmonella Enteritidis выявлялись у больных на протяжении всех лет наблюдений значительно реже.
Кроме того, как видно из табл. 1, частота выделения от больных штаммов микроба основных плазмидных типов по годам неоднозначна. Штаммы Salmonella Enteritidis первых 3 плазмидных типов изолировались от больных ежегодно, тогда как штаммы остальных типов выделялись нерегулярно. В 2011 г., когда изучены штаммы микроба, изолированные от 361 больных, выявились 7 из восьми плазмидных типов, и это позволяет полагать, что отсутствие их в выборках предыдущих лет объясняется небольшим количеством изученных культур.
Среди штаммов основных плазмидных типов дифференцированы два доминирующих в заболеваемости населения плазмидных типов: 38:1,4 MDa и 38 MDA. На долю этих доминирующих типов в 2011 г. пришлось 68,9±2,6% больных, а в 2012 г. их эпидемическая значимость возросла до 82,0±2,5% (различия
статистически достоверны, р<0,01). Для каждого из доминирующих плазмидных типов характерна вариабельность эпидемической значимости по годам. Так штаммы плазмидного типа 38 MDa в 2011 г. достоверно реже выявлялись у больных, чем в 2012 г., соответственно у 20,5±2,1 и 45,2±3,3 больных (р<0,01). Напротив, штаммы плазмидного типа 38:1,4 MDa достоверно чаще изолировались от больных в 2011 г. (48,5±2,6), чем в 2012 г. (36,8±3,2) (р<0,05).
Редко выявляемые плазмидные типы микроба выявлены у 63 больных и представлены 28 типами. Все они за исключением одного представлены 1-2 штаммами микроба. Исключением явились штаммы плазмидного типа 60:38:1,4 MDa, которые выявлены у 19 больных только в 2011 г. Первоначально в январе и феврале 2011 г. они выявлены у 2 из 52 изученных больных, в мае-июле 2011 г. - у 17 (13,9%) из 122 больных. В оставшиеся месяцы года при исследовании культур микроба, изолированных от 187 больных, штаммов плазмидного типа 60:38:1,4 MDa у больных не выявлено.
За период наблюдения изучены штаммы Salmonella Enteritidis, изолированные от 146 больных и из семи проб пищевых продуктов во время 7 вспышек сальмонеллеза (табл. 2). Вспышки сальмонеллеза, зарегистрированные в городах Братск и Шелихов в 2008 г., были вызваны штаммами микроба, относящимися к плазмидным типам 38:1,4 MDa и 38:26:1,4 MDa, а штамм микроба, выделенный из пробы продукта (тефтели из печени), являвшегося предполагаемым фактором передачи инфекции, соответствовал типу возбудителя, выявленному у больных.
Таблица 2
Вспышки сальмонеллеза в Иркутской области
Дата заболевания Место вспышки, количество больных Предполагаемый фактор передачи Плазмидный тип и количество штаммов микроба, изолированных в период вспышки
От больных Из продуктов
Февраль 2008 г. г. Братск, МДОУ 83, 160 больных Тефтели из печени S. enteritidis 38:1,4 MDa, 22 больных 38 : 1,4 Mda, 1 проба
Март 2008 г. г. Шелехов, МДОУ 19, 16 больных Нет данных S. enteritidis 38:26:1,4 MDa, 16 больных Нет данных
Август 2009 г. Боханский район, 15 больных Печенье с белковым кремом S. enteritidis 38:1,4 MDa, 11 больных Нет данных
Апрель 2011 г. г. Иркутск, МДОУ 116, 10 больных Торт с белковым кремом S. enteritidis 38:1,4 MDa, 10 больных S. enteritidis 38 : 1,4 Mda, 1 проба
Октябрь 2011 г. Братский район, п. Возрождение, 40 больных Пирожные «Эклер» S. enteritidis 38 MDa, 27 больных S. enteritidis 38 Mda, 4 пробы
Сентябрь 2012 г. г. Иркутск, сш. 22, 77 больных Нет данных S. enteritidis 38 MDa, 36 больных Нет данных
Январь 2013 г. г. Иркутск, МДОУ 62, 78 больных Суфле из куриных грудок S. enteritidis 38 MDa, 24 больных Нет данных
Вспышки сальмонеллеза в детских дошкольных учреждениях в 2009 г. в Боханском районе и в 2011 г. в г. Иркутск были вызваны микробом плазмидного типа 38:1,4 MDa, и штамм микроба, изолированный
из пробы торта с белковым кремом, также соответствовал типу возбудителя, вызвавшего вспышку болезни. Три крупных вспышки сальмонеллеза, охватившие 195 больных и зарегистрированные в
2011-2013 гг. в Братском районе и в г. Иркутск, были вызваны микробом плазмидного типа 38 MDa, а штаммы микроба, изолированные из 4 проб пирожных эклеры - предполагаемых факторов передачи инфекции, соответствовали возбудителю, изолированному от больных в Братском районе. Таким образом, вспышки сальмонеллеза, зарегистрированные в области, этиологически обусловлены тремя плаз-мидными типами микроба, но каждая из них была вызвана только одним плазмидным типом. При этом плазмидные типы Salmonella Enteritidis, изолированные из факторов передачи, соответствовали типам микроба, выделенным от больных.
Обсуждение
Основные особенности заболеваемости населения области сальмонеллезом определяются инфекцией, вызванной Salmonella Enteritidis, на долю которой в 2003-2015 гг. приходилось в среднем 84,3% всех зарегистрированных случаев болезни. При этом минимальная доля (76,1%) сальмонеллеза, вызванного Salmonella Enteritidis, была в 2014 г., а максимальная (93,3%) - в 2010 г. Сальмонеллез, вызванный Salmonella Enteritidis, в 2003-2015 гг. характеризовался нерегулярными колебаниями показателя заболеваемости на 100000 населения. Наиболее высокий показатель заболеваемости (61,42 0/0000) был в 2008 г., а низкий (27,79 0/0000) - в 2011 г.
Для внутривидового типирования Salmonella Enteritidis нами был использован плазмидный анализ. Как видно из табл. 1, восемь основных плазмид-ных типов включают штаммы микроба, выделенные от 90,7% больных при спорадической заболеваемости, и они сформированы участием 9 плазмид со следующей молекулярной массой: р38 (59kb), р30 (47,9kb), р26 (42,4kb), р4,4 (6,8kb), р3,3 (5,3 kb), р3,0 (4,6), р2,6 (4,0 kb), р2,3 (3.6 kb) и р1,4 (2,1 kb). Плазмида р38 является плазмидой вирулентности (pSEV), она включает spv оперон и ответственна за развитие у животных системной инфекции [9]. Выявленные низкомолекулярные плазмиды остаются в большинстве случаев не изученными, и их присутствие используется для внутривидового типирова-ния микроба [10, 11].
Применение плазмидного анализа в системе эпидемиологического надзора при сальмонеллезе предполагает изучение его дифференцирующей способности и воспроизводимости результатов типирования для интерпретации эпидемиологических связей между очагами инфекции. Важным для дифференцирующей возможности плазмидно-го анализа (табл. 1) являлось то, что семь из восьми основных плазмидных типов микроба (62,2% штаммов), выявленных при спорадической заболеваемости, содержали наряду с плазмидами р38, р30, р26 и шесть перечисленных низкомолекулярных плазмид, что значительно увеличило гетероген-
ность популяции микроба и дифференцирующие возможности метода. Индекс дифференцирующей способности Симпсона для популяции Salmonella Enteritidis в области в 2010-2012 гг. составил D=0,699. что соответствует хорошей типирующей способности этого метода.
Для оценки воспроизводимости результатов плаз-мидного анализа у 18 больных были изучены повторные культуры микроба, выделенные от больных в других лабораториях области. У 10 больных первичные штаммы микроба были представлены плаз-мидным типом 38:1,4 MDa, у четырех - 38 MDa, у двух - 38 : 3,3 : 3,0 : 1,4 MDa и по одному больному выделили штаммы плазмидных типов, 38:26:1,4 MDa, 38:2,3 MDa. При изучении повторных культур выявлено полное совпадение плазмидных типов у парных штаммов микроба.
Таким образом, можно считать, что высокая дифференцирующая способность плазмидного анализа и хорошая воспроизводимость результатов типиро-вания обеспечивают достаточный уровень внутривидового генотипирования Salmonella Enteritidis для решения прикладных эпидемиологических задач.
Гетерогенность по плазмидным характеристикам свойственна популяциям Salmonella Enteritidis во всех изученных регионах Сибири и Дальнего Востока [6]. При этом набор основных плазмидных типов микроба, выявленный у больных в Иркутской области, полностью представлен у больных в Приморском и Хабаровском краях [12], а в Новосибирской и Томской областях выявлено по пять общих плазмидных типов [6]. Как и в России, в зарубежных странах использование плазмидного анализа для типирования Salmonella Enteritidis позволяет выявлять 1-2 плазмидных типа микроба, играющих основную роль в формировании заболеваемости населения. Например, в Республике Тайвань у больных выявлено 17 плазмидных типов микроба, но доминировали 2 типа: 58 kb и 58:8,3:1,9 kb, на долю которых пришлось 72,2% штаммов из 187 исследованных [11, 13].
Анализируемая нами заболеваемость населения сальмонеллезом, вызванным Salmonella Enteritidis в Иркутской области в 2011-2012 гг., характеризовалась вариабельностью ее показателей. В 2011 г. в сравнении с 2010 г. имело место значительное (на 35,7%) снижение её показателя (соответственно 27,79 0/0000 и 45,68 0/0000). Напротив, в 2012 г. в сравнении с 2011 г. отмечено повышение заболеваемости на 17,1%, и ее показатель составил, 33,51 0/0000.
Имеющиеся данные позволяют проследить процесс формирования заболеваемости населения, вызванной каждым из генотипов Salmonella Enteritidis и оценить их эпидемическую значимость. Выполненные расчеты показали, что в 2011 г. заболеваемость сальмонеллезом, вызванным плазмидным
типом 38 MDa, составила 5,71 0/0000, на долю типа 38:1,4 MDa пришлось 13,46 0/0000 и остальных плаз-мидных типов - 8,63 0/0000.
В 2012 г. значимость плазмидных типов микроба в формировании заболеваемости изменилась. Доля плазмидного типа 38 MDa в формировании заболеваемости возросла в 2,6 раза и составила 15,17 0/0000, значимость плазмидного типа 38:1,4 уменьшилась до 12,32 0/0000, а доля других типов снизилась до 6,06 0/0000. Соответственно, весь прирост заболеваемости в 2012 г. был обусловлен исключительно плазмидным типом 38 MDa и на его долю в 2012 г. пришлось 45,3% всей заболеваемости сальмонеллезом, вызванным Salmonella Enteritidis.
Близкие изменения проявились и в плазмид-ной характеристике микроба, вызвавшего вспышки сальмонеллеза в области. Из табл. 2 видно, что вспышки сальмонеллеза, возникшие в 2008-2009 гг. и в первой половине 2011 г., были вызваны микробом 38:1,4 MDa и 38:26:1,4 MDa. Напротив, вспышки сальмонеллеза во второй половине 2011 г. и в 2012-2013 гг. этиологически связаны с микробом 38 MDa, который одновременно играл ведущую роль в формировании спорадической заболеваемости населения, подчеркивая единство механизмов развития сальмонеллезного эпидемического процесса при спорадической и вспышечной заболеваемости. Весьма вероятно, что высокая эпидемическая значимость плазмидного типа 38 MDa в области в 2012 г. определялась обострением сальмонеллезного эпизоотического процесса на какой-либо из птицефабрик области. Следовательно, несмотря на высокий уровень гетерогенности популяции микроба в области, подъемы заболеваемости населения в отдельные годы могут быть связаны с определенными плазмид-ными типами микроба.
Заключение
Выполненные исследования показали, что популяция Salmonella Enteritidis в Иркутской области гетерогенна по плазмидным характеристикам. Дифференцированы 8 основных плазмидных типов микроба, с которыми связано свыше 90% заболеваемости населения, а среди них два доминирующих типа в этиологии инфекции. Вспышки сальмонеллеза среди населения этиологически обусловлены основными плазмидными типами микроба, и имело место соответствие результатов субтипирования штаммов микроба, выделенных от больных и из выявленных факторов передачи.
Весьма вероятно, что значительные годовые подъемы заболеваемости населения сальмонеллезом в Иркутской области, особенно вызванные отдельными плазмидными типами микроба, определяются обострениями сальмонеллезного эпизоотического процесса среди птицы на местных предприятиях промышленного птицеводства.
ЛИТЕРАТУРА
1. Rudbeck Jepsen M, Fisher I, Galle M, Bang H, Ethelberg S. Creating an online atlas of Salmonella serotypes in Europe. Euro Surveill. 2008; 13(3): pii=8016.
2. Braden C.R. Salmonella enterica serotype Enteritidis and eggs: a national epidemic in the United States. Clinical Infectious Diseases. 2006; 43 (15): 512-7.
3. Foley S.L., Lynne A.M., Nayak R. Molecular typing methodologies for microbial source tracking and epidemiological investigations of gram-negative bacterial foodborne pathogens. Infection, Genetics and Evolution. 2009; 9: 430-40.
4. Ling J. M., Koo I. C., Kam K. M., Cheng A. F. Antimicrobial susceptibilities and molecular epidemiology of Salmonella enterica Serotype Enteritidis strains isolated in Hong Kong from 1986 to 1996. J Clin Microbiol. 1998; 36: 1693-9.
5. Шубин Ф.Н., Раков А.В., Кузнецова Н А. и др. Структура популяции Salmonella еnteritidis в Приморском крае по данным плазмидного анализа. Журн. микробиол. 2006; 3(прил.): 28-32.
6. Шубин Ф.Н., Маслов Д.В., Кузнецова Н.А. и др. Сальмонеллез в Сибири и на Дальнем Востоке: молекулярные и эпидемиологические аспекты / Перспективы сотрудничества государств-членов ШОС в противодействии угрозе инфекционных болезней. Новосибирск: ЦЭРИС. 2009. С. 215-9.
7. Kado C.I., Liu S.T. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmid. J Bacteriol. 1981;145:1365-73.
8. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J Clin Microbiol. 1988; 26: 2465-6.
9. Gulig P.A., Danbara H., Duiney D.G., Lax A.J., Norel F., Rhen M. Molecular analysis of spv virulence genes of the Salmonella virulence plasmids. Mol Microbiol. 1993; 7: 825-30.
10. Маракуша Б.И., Рожнова С.Ш., Христюхи-на О.А. и др. Биологические свойства штаммов Salmonella enteritidis, выделенных из различных источников в период с 1969 по 1989 гг. Журн. микробиол. 1995; 3: 65-70.
11. Pang J.-C., Chiu T.-H., Chiou C.-S., Schroeter A., Guerra B., Helmuth R., Tsen H.-Y. Pulsed-field gel electrophoresis, plasmid profiles and phage types for the human isolates of Salmonella enterica serovar Enteritidis obtained over 13 years in Taiwan. J Clin Microbiol. 2005; 98: 1472-83.
12. Шубин Ф.Н., Раков А.В., Кузнецова Н.А. и др. Зоонозный сальмонеллез на Дальнем Востоке: основные аспекты проблемы. Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2015; 29: 72-9.
13. Rychlik I., Gregorova D., H. Hradecka. Distribution and function of plasmids in Salmonella enterica. Vet. Microbiol. 2006; 112: 1-10
REFERENCES
1. Rudbeck Jepsen M, Fisher I, Galle M, Bang H, Ethelberg S. Creating an online atlas of Salmonella serotypes in Europe. Euro Surveill. 2008; 13(3): pii=8016.
2. Braden C.R. Salmonella enterica serotype Ente-ritidis and eggs: a national epidemic in the United States. Clinical Infectious Diseases. 2006; 43 (15): 512-7.
3. Foley S.L., Lynne A.M., Nayak R. Molecular typing methodologies for microbial source tracking and epidemiological investigations of gram-negative bacterial foodborne pathogens. Infection, Genetics and Evolution. 2009; 9: 430-40.
4. Ling J. M., Koo I. C., Kam K. M., Cheng A. F. Antimicrobial susceptibilities and molecular epidemiology of Salmonella enterica Serotype Enteritidis strains isolated in Hong Kong from 1986 to 1996. J Clin Microbiol. 1998; 36: 1693-9.
5. Shubin F.N., Rakov A.V., Kuznecova N.A. i dr. Struktura populjacii Salmonella enteritidis v Primorskom krae po dannym plazmidnogo analiza. Zhurn. mikrobiol. 2006; 3(pril.): 28-32 (in Russia).
6. Shubin F.N., Maslov D.V., Kuznecova N.A. i dr. Sal’monellez v Sibiri i na Dal’nem Vostoke: mole-kuljarnye i jepidemiologicheskie aspekty / Perspek-tivy sotrudnichestva gosudarstv-chlenov ShOS v protivodejstvii ugroze infekcionnyh boleznej. Novosibirsk: CJeRIS. 2009. S. 215-9.
7. Kado C.I., Liu S.T. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmid. J Bacteriol. 1981;145:1365-73.
8. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J Clin Microbiol. 1988; 26: 2465-6.
9. Gulig P.A., Danbara H., Duiney D.G., Lax A.J.,Norel F., Rhen M. Molecular analysis of spv virulence genes of the Salmonella virulence plasmids. Mol Microbiol. 1993; 7: 825-30.
10. Marakusha B.I., Rozhnova S.Sh., Hristjuhina O.A. i dr. Biologicheskie svojstva shtammov Salmonella enteritidis, vydelennyh iz razlichnyh istochnikov v period s 1969 po 1989 gg. Zhurn. mikrobiol. 1995; 3: 65-70 (in Russia).
11. Pang J.-C., Chiu T.-H., Chiou C.-S., Schroeter A., Guerra B., Helmuth R., Tsen H.-Y. Pulsed-field gel electrophoresis, plasmid profiles and phage types for the human isolates of Salmonella enterica serovar Enteritidis obtained over 13 years in Taiwan. J Clin Microbiol. 2005; 98: 1472-83.
12. Shubin F.N., Rakov A.V., Kuznecova N.A. i dr. Zoonoznyj sal’monellez na Dal’nem Vostoke: osnovnye aspekty problemy. Dal’nevostochnyj zhurnal infekcionnojpatologii. 2015; 29: 72-9 (in Russia).
13. Rychlik I., Gregorova D., H. Hradecka. Distribution and function of plasmids in Salmonella enterica. Vet. Microbiol. 2006; 112: 1-10
Сведения об авторах
Шубин Феликс Николаевич, д.м.н., профессор, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и микробиологии ФГБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова», г. Владивосток; тел. 8(423)2442604; e-mail: shubin@inbox.ru
Раков Алексей Владимирович, к.м.н., старший научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и микробиологии ФГБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова», г. Владивосток; тел. 8(423)2442604; e-mail: vokar@mail333.com
Кузнецова Наталья Анатольевна, к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории хантавирусных инфекций ФГБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова», г. Владивосток; тел. 8(423)2441888; e-mail: kuznetsovanata@mail.ru
Логинов Сергей Иванович, заместитель главного врача ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Иркутской области», г. Иркутск; тел (3952)239-527; e-mail: fguz@sesoirk.irkutsk.ru
Хакимова Марьяна Ивановна, заведующая эпидемиологическим отделом ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Иркутской области», г. Иркутск; тел (3952)239-527; e-mail: fguz@sesoirk.irkutsk.ru
