CC BY
5
Российский Ж m* онкологический ArnÂm Т конгресс
Другое
АНАЛИЗ ГЕНОВ BRCA1 И BRCA2 У ПАЦИЕНТОВ С РАКОМ ЯИЧНИКОВ ИЗ РЕСПУБЛИКИ БАШКОРТОСТАН С ПРИМЕНЕНИЕМ ТЕХНОЛОГИИ МАССОВОГО ПАРАЛЛЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ
Э.М. Кагирова 12, О.И. Машков2, С.С. Литвинов2, А.В. Султан-баев2, Р.И. Хусаинова1,2, И.Р. Минниахметов1,2 Место работы: 1. Башкирский государственный медицинский университет, Уфа, Республика Башкортостан; 2. ГБУЗ «Республиканский медико-генетический центр», Уфа, Республика Башкортостан
Эл. почта: evelina.kagirova@mail.ru
Цель: Рак яичников является основной причиной смерти от гинекологических злокачественных опухолей и часто диагностируется на поздней стадии. В настоящее время установлено, что рак яичников является гетерогенным заболеванием, как на гистологическом, так и на молекулярном уровне, а серозный тип опухоли является одной из самых агрессивных форм рака яичников. Современный стандарт лечения данной патологии включает циторедук-тивную операцию и химиотерапию на основе платины. Однако у многих больных на поздней стадии опухолевые клетки приобретают устойчивость к данной химиотерапии. Благодаря технологии секвенирования NGS,можно определить молекулярную классификацию опухолей, обнаружить множество значимых мутаций и определить дальнейший план терапии у данной категории пациентов. Целью данной работы является поиск изменений нуклео-тидной последовательности генов BRCA1/ 2 у пациентов с раком яичника серозного типа и оценка их патогенной значимости.
Материалы и методы: Материалом настоящего исследования послужила ДНК, выделенная из гистологических препаратов операционно-биопсийного материала (FFPE) 50 женщин с серозным типом злокачественных новообразований яичника, 30 исследований выполнено с применением технологии секвенирования нового поколения (NGS) на платформе GeneReader с использованием набора реактивов QIAact BRCA 1/2 Panel (QIAGEN, Германия), 20 — на платформе MiSeq (Illumina) с использованием таргетной панели «Соло-тест АБС» производства «Атлас Онкодиа-гностика», Россия.
Результаты: В результате исследования у пациентов в гене BRCA1 и BRCA2 всего было найдено 13 типов изменений патогенного характера у 18 женщин (36%) — 10 в гене BRCA1: c. 4810C >T (p. Q1604*), c. 814G >T (p. E272*), c. 5266C >T (p. Q1721*), c. 4035del (p. Glu1346fs), c. 181T >G (p. Cys61Gly), c. 4035delA (p. E1345fs), c. 3743_3752del (p. Ala1248ValfsTer13), c. 117T > G (p. C39W), c. 3143delG (p. G1048fs*14) и 5 в гене BRCA2: c. 8021delA (p. K2674fs*2), c. 2990T >G (p. L997*), c. 51_52delAC (p. R18fs*12), c. 8754 1G > A, c. 5161C >T (p. Q1721*), c. 9463_9464ins (p. Phe3155CysfsTer13). Самой частой оказалась мутация c. 5266C >T (p. Q1721 *) в гене
BRCA1, которая встречалась у 10% пациентов, мутация с 4035delA E1345fs) в гене BRCA1 и с 9463_9464^ Phe3155CysfsTer13) в гене BRCA2 встречалась у 4% женщин с РЯ, остальные патогенные изменения в генах BRCA1/2 выявлены в единичных вариантах. При этом у 6 пациентов (12 %) были выявлены патогенные изменения как в гене BRCA1, так и в гене BRCA2.
В гене BRCA2 также выявлена мутация вероятно патогенного характера с 728delA N243fs*). Изучив анамнез жизни и анамнез заболевания пациенток с патогенными изменениями в генах BRCA1/ BRCA2, было выявлено, то средний возраст данной категории пациенток составил 51 год, у 40% отягощенный семейный анамнез, где злокачественные новообразования выявлены у родственников 1 и 2 степени родства.
МАЛОИНВАЗИВНАЯ ДИАГНОСТИКА СЕРОЗНОЙ АДЕНОКАРЦИНОМЫ ЯИЧНИКА РАЗЛИЧНЫХ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПОДТИПОВ
Д.С. Кутилин, М.Р. Цандекова, Н.В. Порханова Место работы: ФГБУ «Национальныймедицинский исследовательский центр онкологии» Минздрава России, Ростов-на-Дону, Россия
Эл. почта: k.denees@yandex.ru
Цель: Во всем мире наблюдается тенденция к росту показателей заболеваемости раком яичника, наиболее распространенным подтипом которого является серозная аденокарцинома (САЯ). Позднее выявление и сложности лечения обусловили высокую актуальность проблемы ранней малоинвазивной диагностики этого заболевания. Поэтому целью исследования стал биоинформационный и экспериментальный поиск маркеров для дифференциальной малоинвазивной диагностики разных молекулярных подтипов САЯ.
Материалы и методы: На первом этапе был проведен биоинформационный анализ базы данных TCGA (The Cancer Genome Atlas), позволивший сформировать перечень потенциальных маркеров. Клинический этап работы выполнен на 200 больных САЯ и 30 донорах без онкопатологии. Определение относительной копийности генов во внДНК проводили методом Real-Time qPCR. Оценку различий проводили, используя критерий Манна-Уитни с поправкой Бонферрони. Для построения предсказательных моделей использовали LASSO-пенализованную логистическую регрессию.
Результаты: С использование биоинформационных алгоритмов было выявлено 34 гена (BAX, BCL2, TP53, MDM2, CASP9, CASP3, CASP7, CASP8, PRKCI, SOX2, OCT4, PIK3, PTEN, C-MYC, SOX18, AKT1, NOTCH1, BRCA1, BRCA2, EXO1, SCNN1A, KRAS, EGFR, BRAF, CYP1A1, CYP1A2, CYP1B1, CYP19A, ESR1, ESR2, GPER, STS, SULT1A, SULT1E1), показатель копийности которых можно использовать в качестве маркеров САЯ.
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том / vol. 11 № 3s1 • 2021
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
ТЕЗИСЫ ПОСТЕРНЫХ ДОКЛАДОВ И ПРИНЯТЫЕ К ПУБЛИКАЦИИ
Другое
На внДНК плазмы крови больных САЯ высокой (ВЗ) и низкой (НЗ) степени злокачественности, а также 30 доноров без онкопатологии, проведена валидация маркеров описанных выше. Полученные данные свидетельствовали о большой гетерогенности показателя копийности. Кластерный анализ разделил выборку на 2 подгруппы, соответствующие гистологическим подтипам САЯ: высокой (кластер 1-ВЗ, n = 96) и низкой (кластер 2-НЗ, n = 104) степени злокачественности. Данные кластеры статистически значимо (p < 0,05) отличались по копийности генов: в кластере
1 повышена копийность SULT1E1, CYP1B1 и ESR1, в кластере
2 повышена копийность PTEN и BCL2 и снижена копийность BAX и CASP3.
Далее был проведен анализ способности пар маркеров классифицировать доноров на группу больных раком или здоровых при помощи ROC-кривых. Для пары ESR1/BCL2 значение AUC составляло 0,82, для PTEN/BCL2-0,76, BAX/ CASP3-0,76, BAX / BCL2-0,70, PTEN / BAX — 0,72 и CYP1B1/ ESR1-0,73. Т. е. ни одна из пар генов не позволяла полностью разделить группы. Поэтому использовали LASSO-пенализованную логистическую регрессию, оптимизированную при помощи bootstrap наборов данных. По результатам построения bootstrap-моделей был выбран состав для финальной панели генов: PTEN/SULT1E1; ESR1 /BCL2; PTEN /BCL2; BAX / BCL2; ESR1 /BAX; PTEN/ BAX и CYP1B1/ESR1, при помощи которого достигалась чувствительность 95% и специфичность 90% (AUC 0,98) при классификации доноров на группу больных и здоровых. При этом PTEN/BCL2, BAX/BCL2, PTEN/BAX и PTEN/BCL2 были связаны с опухолями НЗ, а CYP1B1/ESR1 — с опухолями ВЗ. Заключение: Таким образом, полученные данные создали основу для дифференциальной малоинвазивной диагностики серозной аденокарцинмы яичников высокой и низкой степени злокачественности.
РАЗВИТИЕ ЦИФРОВЫХ ТЕХНОЛОГИЙ НА ОСНОВЕ ПРОЦЕССНОГО ПОДХОДА В ДИАГНОСТИКЕ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ НА РЕГИОНАЛЬНОМ УРОВНЕ
Р.А. Мурашко, А.А. Кошкаров, Ф.Е. Филиппов
Место работы: ГБУЗ «Клинический онкологический диспансер № 1» Министерства Здравоохранения Краснодарского края, Краснодар, Россия; ФГБОУ ВО «Кубанский государственный медицинский университет» Минздрава России, Краснодар, Россия
Эл. почта: koshkarov17@yandex.ru
Цель: Изучение процессов цифровой трансформации и развития диагностических информационных систем в онкологической службе Краснодарского края. Материалы и методы: В рамках реализации федеральных проектов «Борьбы с онкологическими заболеваниями» и «Создания единого цифрового контура в здравоохра-
нении» продолжается развитие информационных систем, укрепление материально-технической базы Клинического онкологического диспансера № 1 и всей онкологической службы Краснодарского края.
В крае функционирует трехуровневая система оказания специализированной медицинской помощи онкологическим больным. Электронные сервисы управления потоками пациентов в медицинские организации (МО) второго и третьего уровней, позволяют врачу-онкологу районной поликлиники или в центре амбулаторной онкологической помощи со своего рабочего места оформить электронное направление на консультативный прием в межтерриториальный или краевой онкологический диспансер. Данные пациента сразу попадают в консультирующую МО. Центральными районными больницами за 3,5 года создано более 39000 электронных направлений по профилю «онкология», по которым оказана медицинская помощь в краевом онкологическом диспансере. В 2019 г.— 10258 электронных направлений, 2020 г.— 4288 и значительный прирост в 2021 г.— за первое полугодие 12758 электронных направлений. Процесс выдачи направлений осуществляется в соответствии разработанной картой маршрутизации пациентов с онкологическими заболеваниями, утвержденной приказом министерства здравоохранения Краснодарского края от 28 февраля 2020 г. № 913 «О совершенствовании маршрутизации онкологических пациентов в Краснодарском крае». Врачи-онкологи поликлиники и стационара оформляют электронные направления и на диагностику. Электронное направление содержит штрих-код, что упрощает процедуру поиска по базе данных и соответственно ускоряет процедуру выполнения и получения результатов диагностических исследований (ультразвуковой диагностики, компьютерной и магниторезонансной томографии, и других). Региональная подсистема «Телемедицинские консультации» позволяет проводить удаленные консультации из любого района с любым онкологическим диспансером краевой сети. В целях согласования направления на госпитализацию, определения тактики лечения, либо наблюдения за пациентами по профилю «Онкология» и «Гематология» в 2020 г. всего было проведено 996 телемедицинских консультаций (755 — в 2019 г., прирост по отношению к прошлому году — 28 %), из них 658 — с медицинскими организациями края и 338 консультаций проведено специалистами диспансера с федеральными профильными МО.
Процессный подход позволяет создавать структуру стандартов оказания медицинской помощи из простых и комплексных медицинских услуг, встраивать услуги в существующие или новые стандарты оказания медицинской помощи с меньшими затратами, способствует внедрению медицинских экспертных систем и телемедицинских технологий поддержки профессиональной работы врача, формированию компьютерных баз медицинских данных МО и их территориальной сети, внедрению электронных версий основных первичных документов в системе документооборота МО и органов управления здравоохранением.
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том / vol. 11 №3s1 • 2021
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
