ИЗМЕНЕНИЕ КЛОНАЛЬНОГО СОСТАВА КАРБАПЕНЕМ-НЕЧУВСТВИТЕЛЬНЫХ ИЗОЛЯТОВ ACINETOBACTER BAUMANNII, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ КРОВИ БОЛЬНЫХ ОПУХОЛЯМИ СИСТЕМЫ КРОВИ

Хрульнова С.А.; Коробова А.Г.; Федорова А.В.; Фролова И.Н.; Клясова Г.А.

https://doi.org/10.17116/molgen202038031120

Изменение клонального состава карбапенем-нечувствительных изолятов Acinetobacter baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России, Москва, Россия РЕЗЮМЕ

Введение. Появление и распространение успешных клонов Acinetobacter baumannii создало серьезную проблему для медицинского сообщества.

Цель работы — изучение клонального состава A. baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови. Материал и методы. Материалом исследования были A. baumannii, выделенные из крови больных, находившихся на стационарном лечении в 7 лечебных учреждениях России (2003—2017 гг.). Изоляты были отнесены к одной из международных клональных линий (G1-G14) на основании обнаружения комбинаций амплифицированных генов ompA, csuE и blaOXA51 подобные, полученных с использованием двух мультиплексных ПЦР.

Результаты. Всего было исследовано 96 изолятов A. baumannii, из которых 77 (80,2%) были нечувствительными к имипенему и/или меропенему. Гены приобретенных OXA-карбапенемаз были обнаружены у 79,2% карбапенем-нечувствительных изолятов. Гены металло-в-лактамаз (blaNDM, blaV|M и bla ) не были выявлены. Основными генами приобретенных OXA-карбапенемаз были , (45,9%) и blan„.., , (45,9%), далее следовали bla,^.c„ , (6,6%), у одного (1,6%) изолята было вы-

OXA-24/40-подобные ' OXA-23-подобные ' ' OXA-58-подобные ' " ! '

явлено одновременное наличие генов blaOXA 24/40 подо6ные и blaOXA 23 подо6ные. В процессе исследования доля изолятов A. baumannii, содержащих гены blaOXA 23 подо6ные, увеличилась с 30% (2003—2010 гг.) до 53,7% (2011 —2017 гг.), в то время как доля A. baumannii, несущих гены blaOXA 24/40 подо6ные, снизилась с 50% (2003—2010 гг.) до 43,9% (2011 —2017 гг.). Большинство (62,3%) изолятов A. baumannii с продукцией OXA-карбапенемаз относилось к международной клональной линии G1 (1С II, international clone II), представители которой распространены по всему миру. Изоляты G1 (IC II), несущие гены blaOXA23 подо6ные, не были детектированы в 2003—2010 гг., а в 2011 —2017 гг. их доля достигла 86,4%. С течением времени наблюдалось незначительное снижение доли изолятов G1 (IC II), несущих гены bla^^^^^, с 70% (2003—2010 гг.) до 61,1% (2011—2017 гг.). Заключение. В последние годы (2011—2017 гг.) отмечено значительное увеличение изолятов G1 (IC II), несущих гены bla .

OXA-23-подобные*

Ключевые слова: Acinetobacter baumannii, гемокультура, OXA-карбапенемазы, больные опухолями системы крови, устойчивость к карбапенемам, международные клональные линии.

ИНФОРМАЦИЯ ОБ АВТОРАХ:

Хрульнова С.А. — https://orcid.org/0000-0002-1127-3333; e-mail: khrulnovas@mail.ru Коробова А.Г. — https://orcid.org/0000-0002-6268-5282; e-mail: amalofeeva@yandex.ru Федорова А.В. — https://orcid.org/0000-0003-3919-1150; e-mail: mirnas19@yandex.ru Фролова И.Н. — https://orcid.org/0000-0001-9308-9259; e-mail: frolova.i@blood.ru Клясова Г.А. — https://orcid.org/0000-0001-5973-5763; e-mail: klyasova.g@blood.ru Автор, ответственный за переписку: Хрульнова С.А. — e-mail: khrulnovas@mail.ru

КАК ЦИТИРОВАТЬ:

Хрульнова С.А., Коробова А.Г., Федорова А.В., Фролова И.Н., Клясова Г.А. Изменение клонального состава карбапенем-нечувствительных изолятов Acinetobacter baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2020;38(3):120-127. https://doi.org/10.17116/molgen202038031120

Change in the clonal structure of carbapenem not susceptible Acinetobacter baumannii isolated from the blood culture of patients with hematological malignancies

National Research Center for Hematology, Moscow, Russia ABSTRACT

Introduction. The emergence and dissemination of sucsessful clones of A. baumannii is a serious problem for the medical community.

Objective. To investigate clonal diversity of A.baumannii isolated from blood culture in patients with hematological malignancies. Material and methods. The study included A.baumannii isolated from blood culture in patients in 7 Russian hospitals (2003— 2017). Two multiplex PCRs were performed to selectively amplify group 1 or group 2 alleles of the ompA, csuE, and blaOXA51 like. Isolates were assigned to one of the sequence groups (G1—G14) according to allelic profiles.

Results. A total of 96 A.baumannii were examined of those 77 (80.2%) were non-susceptible to meropenem and/or imipenem. Genes of acquired carbapenemases were detected in 79.2% (61/77) carbapenem non-susceptible isolates. The prevalent car-

bapenemase genes were blaOxA-24/40-like (45.9%) and blacxA-23-like followed by blaOXA-58-like co"harboring blaOXA-24/40-like

and blaOXA23 like (1.6%). During the study period the rate of blaOXA23 like-carrying A.baumannii increased from 30% (2003—2010) up to 53.7% (2011—2017), whereas A.baumannii harboring bla0XA-24e40-like decreased from 50% (2003—2010) to 43.9% (2011 — 2017). The majority of A.baumannii carrying acquired carbapenemase genes (62.3%) belonged to G1 group (international clone II, IC II) which is widespread in the world. G1 (IC II) isolates harboring bla0XA23 like were not detected during 2003—2010 whereas in 2011—2017 G1 (IC II) A.baumannii carrying bla0XA23 like accounted for 86.4%. During the study period, there was a slight decrease in the rate of bla0XA-24/40-like-carrying A.baumaonii from 70% (2003—2010) to 53.7% (2011—2017). Conclusions. The increase of G1 (ICII) A.baumannii harboring bla0XA23 like was observed during last years (2011—2017).

Keywords: Acinetobacter baumannii, blood culture, OXA-carbapenemases, patients with hematological malignancies, international clonal lineages.

INFORMATION ABOUT THE AUTHORS:

Khrulnova S.A. — https://orcid.org/0000-0002-1127-3333; e-mail: khrulnovas@mail.ru Korobova A.G. — https://orcid.org/0000-0002-6268-5282; e-mail: amalofeeva@yandex.ru Fedorova A.V. — https://orcid.org/0000-0003-3919-1150; e-mail: mirnas19@yandex.ru Frolova I.N. — https://orcid.org/0000-0001-9308-9259; e-mail: frolova.i@blood.ru Klyasova G.A. — https://orcid.org/0000-0001-5973-5763; e-mail: klyasova.g@blood.ru Corresponding author: Khrulnova S.A. — e-mail: khrulnovas@mail.ru

TO CITE THIS ARTICLE:

Khrulnova SA, Korobova AG, Fedorova AV, Frolova IN, Klyasova GA. Change in the clonal structure of carbapenem not susceptible Acinetobacter baumannii isolated from the blood culture of patients with hematological malignancies. Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya i Virusologiya (Molecular Genetics, Microbiology and Virology). 2020;38(3):120-127. (In Russ.). https://doi.org/10.17116/molgen202038031120

Введение

Инфекции, вызванные Acinetobacter baumannii, представляют одну из серьезных проблем медицины, обусловленную способностью этих бактерий быстро приобретать устойчивость к антимикробным препаратам. Увеличение частоты выделения A. baumannii с фенотипом множественной резистентности (multidrug resistance, MDR) и фенотипом экстремальной резистентности (extreme drug resistance, XDR) отмечено во всем мире. Карбапенемы долгое время были препаратами выбора для лечения инфекций, вызванных MDR A. baumannii. Однако за последнее десятилетие во многих странах мира в этиологии инфекций увеличилась доля карбапенем-резистентных A. baumannii. Согласно данным (2012—2016 гг.) Европейской сети по контролю над устойчивостью к антимикробным препаратам (EARS-Net), уровень резистентности к карбапенемам у Acinetobacter spp. в Греции, Хорватии и Румынии достигал 80% и более, а в Португалии, Венгрии, Испании, Польше и Болгарии — от 50 до 80% [1]. По данным российского исследования МАРАФОН, доля карбапенем-нечувствитель-ных A. baumannii за 7 лет увеличилась на 36—66% [2].

A. baumannii относятся к значимым возбудителям инфекций и у гематологических больных. В России доля A. baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови, в разные периоды исследований составляла 3—4% [3—5]. В работах, проведенных в Китае и Турции, было показано, что частота выделения A. baumannii из крови больных в гематологии была 2,9 и 6% соответственно [6, 7]. Среди A. baumannii, выделенных из крови этой когорты больных, доля карбапенем-нечувствительных составляла 66—74% [5, 8]. Бактерии A. baumannii обладают несколькими

механизмами устойчивости к карбапенемам. Наиболее распространенным из известных механизмов резистентности к карбапенемам является продукция приобретенных карбапенем-гидролизующих р-лак-тамаз класса D (OXA-карбапенемазы) и класса B (ме-талло-р-лактамазы, MBL). Среди приобретенных OXA-карбапенемаз выделяют три группы наиболее распространенных ферментов: OXA-23-подобные, OXA-24/40-подобные и OXA-58-подобные. Плазмид-ная локализация генов этих групп ферментов способствует быстрому распространению устойчивости к карбапенемам среди A. baumannii [9].

Наряду с горизонтальной передачей генов резистентности немаловажную роль играет и распространение успешных клонов A. baumannii. Молекуляр-но-эпидемиологические исследования, проведенные в разных странах, показали клональность нечувствительных к карбапенемам A. baumannii. В 80—90-х годах XX века увеличилось количество сообщений о вспышках инфекций, вызванных A. baumannii. Одновременно с этим было отмечено, что изоляты, выделенные во время вспышек, часто обладали устойчивостью ко многим противомикробным препаратам. L. Dijkshoorn и соавт. [10] провели анализ A. baumannii, выделенных в стационарах разных стран Европы, с помощью нового для того времени метода молекулярно-генетического типирования — определения полиморфизма длин амплифицированных фрагментов (amplified fragment length polymorphism, AFLP). На основании данных, полученных исследователями, большинство изолятов A. baumannii было отнесено к двум клональным группам (линиям) — I и II [10]. Позднее H. van Dessel и соавт. [11] также было проведено AFLP-типирование изолятов A. baumannii, выделенных в стационарах разных европей-

ских стран. Большинство исследуемых изолятов A. baumannii, выделенных во время вспышек инфекций, принадлежали к ранее определенным группам (клонам) I и II, а часть изолятов относилась к новому клону III. Эти клоны были названы Европейскими клонами I—III [11]. На основании поступающих данных о выделении A. baumannii, относящихся к Европейским клонам I—III, не только в странах Европы, но и в других частях мира, L. Diancourt и соавт. [12] было предложено переименовать Европейские клоны в международные клоны I—III (International Clone, IC I—III) [12]. Для изолятов A. baumannii, входящих в IC I—III, характерными были как выделение их во время госпитальных вспышек инфекций, так и более высокий процент устойчивости ко многим антимикробным препаратам. По данным литературы, MDR A. baumannii принадлежат к ограниченному количеству клональных линий, как правило, к IC I—III [12, 13]. Поскольку AFLP-типирование A. baumannii является достаточно трудоемким и длительным процессом, J. Turton и соавт. [14] было предложено для генотипирования A. baumannii использовать две мультиплексные ПЦР, благодаря которым можно определить принадлежность A. baumannii к IC I—III [14]. На сегодня, кроме IC I—III, выделяют несколько других клональных линий, представители которых были выделены от госпитальных больных [13—15]. Вполне очевидно, что отслеживание эволюции и клонального состава популяции A. baumannii может использоваться в реализации стратегии контроля над распространением этих микроорганизмов в стационаре.

Цель исследования — изучение клонального состава A. baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови.

Материал и методы

Источники бактериальньх изолятов

Материалом исследования были изоляты A. baumannii (n=96), выделенные из крови больных, находившихся на стационарном лечении в гематологических отделениях 7 лечебных учреждений 6 городов России с 2003 по 2017 г. В исследование включали первый изолят, выделенный из крови больного. Все изоляты были доставлены в лабораторию ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России, где были проведены окончательная идентификация микроорганизмов, определение чувствительности к антимикробным препаратам и детекция генов резистентности к карбапенемным антибиотикам.

Видовая идентификация и хранение

Идентификацию изолятов до вида проводили методом матричной лазерной десорбционной

ионизационной времяпролетной масс-спектроме-трии (MALDI-TOF MS) на анализаторе Microflex LT (Bruker Daltonics, Германия). Для идентификации полученных изолятов до вида брали изолированные колонии бактерий. Ионизацию бактериальных белков осуществляли с помощью специального реагента — матрицы (а-циано-4-гидроксикоричная кислота и раствор, содержащий 50% ацетонитрила и 2,5% трифторуксусной кислоты). Идентификацию проводили в автоматическом режиме с использованием программы MALDI Biotyper Real Time Classification, версия 3.1 (Bruker Daltonics, Германия). В качестве критерия надежной видовой идентификации использовали рекомендуемые значения коэффициента совпадения (Score) от 2,0 и выше. Видовую идентификацию изолятов A. baumannii дополнительно подтверждали с помощью детекции генов видоспеци-фических ß-лактамаз группы OXA-51 методом поли-меразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени с использованием коммерческого набора АмплиСенс MDR Ab-OXA-FL (ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия), предназначенного для исследовательских целей. Изоляты хранили при температуре —70°С в трипти-казо-соевом бульоне с добавлением 20% глицерина.

Определение чувствительности

к антибактериальным препаратам

Чувствительность к антимикробным препаратам исследовали методом последовательных микроразведений в бульоне в соответствии с рекомендациями CLSI, 2018 [16]. Категории чувствительности A. baumannii к имипенему и меропенему определяли на основании пограничных значений минимальных подавляющих концентраций (МПК), установленных CLSI (чувствительные <2 мкг/мл, умеренно-резистентные 4 мкг/мл, резистентные >8 мкг/мл). Термин «нечувствительные» изоляты объединял умеренно-резистентные и резистентные к антибиотикам микроорганизмы. Статистическую обработку и анализ результатов определения чувствительности проводили с помощью программы WHONET 5.6. Для внутреннего контроля качества определения чувствительности использовали референтные штаммы Escherichia coli ATCC 25922 и Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853.

Выявление генов карбапенемаз

Выделение ДНК проводили с помощью коммерческого набора ГК-Экспресс (ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия).

Наличие у A.baumannii наиболее распространенных генов карбапенемаз класса D (групп OXA-23, OXA-24/40 и OXA-58) и класса B (групп IMP, VIM и NDM) определяли методом ПЦР в режиме реального времени с использованием коммерческих наборов

Таблица 1. Генотипирование A. baumannii, выделенных из крови, с помощью двух мультиплексных ПЦР

Изоляты A. baumannii, n (%)

Группа чувствительные к карбапенемам, n=19, абс. (%) нечувствительные* к карбапенемам, n=77, абс. (%) Всего, n=96, абс. (%)

G1 (IC II) 4(21,1) 54 (70,1) 58 (60,4)

G2 (IC I) 1 (5,3) 1 (1,3) 2 (2,1)

G4 0 5 (6,5) 5 (5,2)

G5 1 (5,3) 0 1 (1,0)

G7 1 (5,3) 1(1,3) 2 (2,1)

G8 0 7 (9,1) 7 (7,3)

G9 6(31,6) 3 (3,9) 9 (9,4)

G12 3 (15,8) 6 (7,8) 9 (9,4)

Не определена 3 (15,8) 0 3 (3,1)

Примечание. * — умеренно-резистентные и резистентные.

Таблица 2. Генотипирование карбапенем-нечувствительных A. baumannii, содержащих гены приобретенных OXA-карбапенемаз (n=61), с помощью двух мультиплексных ПЦР

A. baumannii, содержащие гены приобретенных OXA-карбапенемаз, n (%)

Группа

bla,

OXA-24/40-подобные

(n=28)

bla

OXA-23-подобные

(n=28)

bla

OXA-58-подобные

(n=4) ba OXA-24/40-подобные + bla OXA-23-подобные Всего (n=61)

G1 (IC II) 18 (64,3) 19 (67,9) 0 1 38 (62,3)

G2 (IC I) 0 1 (3,6) 0 0 1 (1,6)

G4 2 (7,1) 0 3 (75) 0 5 (8,2)

G7 1 (3,6) 0 0 0 1 (1,6)

G8 7 (25) 0 0 0 7 (11,5)

G9 0 3 (10,7) 0 0 3 (4,9)

G12 0 5(17,9) 1 (25) 0 6 (9,8)

АмплиСенс MDR Ab-OXA-FL и АмплиСенс MDR MBL-FL (ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Россия), предназначенных для исследовательских целей. Амплификацию проводили в термоциклере CFX96 Touch (BioRad, США).

Генотипирование с помощью ПЦР

Принадлежность изолятов A. baumannii к международным клональным линиям определяли с помощью двух мультиплексных ПЦР, разработанных для селективной амплификации аллелей генов ompA, csuE и blaОХА-51-подобные, с использованием специфических праймеров, представленных J. Turton и соавт. [14]. В зависимости от полученной комбинации ампли-фицированных генов изоляты были отнесены к одной из 14 групп (клональных линий), согласно обобщенной классификации, представленной N. Karah и соавт. [13]. В соответствии с этой классификацией к группе 1 (G1) принадлежал IC II, к группе 2 (G2) — IC I, а к группе 3 (G3) — IC III, к группам G4-G12 — другие клональные линии.

Результаты и обсуждение

Исследовано 96 изолятов A. baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови, из них 77 (80,2%) были нечувствительными к меро-пенему или имипенему (резистентными были 76 изо-

лятов, умеренно-резистентными — 1). Нечувствительными к меропенему были 75 (78,1%) из 96 изолятов, к имипенему — 72 (75%) из 96.

Гены приобретенных карбапенемаз были обнаружены у 61 (79,2%) из 77 карбапенем-нечувствитель-ных изолятов А. Ьаитаппи. Все детектируемые гены приобретенных карбапенемаз кодировали оХА-карбапенемазы и принадлежали к трем группам,

из них лиДируюЩими были гены Ь1аохА-24/40-подобные

(45,9%, п=28/61) и гены Ь1аохА-23-подобны4 445д9%,

п = 28/61^ затем следовали Ь1аоХА-58-подобные

п=4/61), у одного изолята были обнаружены одновременно гены Ь1аохА-24/40-подобные и Ь/аоХА-23-подобные. Гены металло-р-лакгамаз не были выявлены.

В табл. 1 представлены результаты генотипиро-вания А. Ьаитаппи с помощью двух мультиплексных ПЦР. Исследуемые 96 изолятов были отнесены к 8 клональным группам. У 3 (3,1%) изолятов А. Ьаитаппи не была определена принадлежность к исследуемым группам. Большинство (60,4%; п=58) изолятов вошли в группу 01 (1С II) и были представлены как карбапенем-нечувствительными (70,1%), так и кар-бапенем-чувствительными (21,1%) изолятами. В группы 04 и 08 вошли только карбапенем-нечув-ствительные А. Ьаитаппи, в то время как в группу 05 — только чувствительные изоляты. Все остальные изоляты А. Ьаитаппи, у которых не была установлена принадлежность к исследуемым группам, были карбапенем-чувствительными.

50

40

20

10

53,7

43,9

ЫаОХА-24/40-подобные Число изолятов:

2003-2010 л =10 2011-2017 л = 18

30

и

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

ЫаОХА-23-подобные /7 = 6

л = 22

20

I

ЫаОХА-58-подобные

л = 4 л = 0

■ 2003-2010 12011-2017

2,4

ЫаОХА-24/40-подобные + ГвНЫ ЫаОХА-23-подобные

п = 0 л = 1

Рис. 1. Распределение генов приобретенных OXA-карбапенемаз у А. ЬаитаппН, выделенных в разные временные периоды исследования.

Карбапенем-нечувствительные изоляты А. ЬаитаппН с продукцией приобретенных ОХА-карба-пенемаз относились к 7 группам, среди которых доминировали (62,3%) представители 01 (1С II) (табл. 2). К группе 01 (1С II) принадлежали более 1/2 (64,3%) изолятов с продукцией ОХА-24/40-подобных ферментов и 67,9% изолятов с продукцией ОХА-23-подобных ферментов. Изоляты А. ЬаитаппН, продуцирующие ферменты группы ОХА-58, не принадлежали к международному клону 01 (ГС II) (см. табл. 2).

На рис. 1 отражена динамика детекции А. ЬаитаппН, содержащих разные гены приобретенных ОХА-карбапенемаз, в течение двух временных периодов исследования. В 2003—2010 гг. основными генами

ОХА-карбапенемаз были Ь1аОХА-24/40-подобные ^^^

а в 2011—2017 гг. — Ь1а ОХА-23-подобные (53,7%). Изоляты А. ЬаитаппН, содержащие гены Ь/аОХА-58-подобные, были выделены только в ранний период исследования (2003—2010 гг.), а изолят, обладающий сочетанием генов Ь1ат... , иЫат...... , , — в более позд-

ОХА-23-подобные ОХА-24/40-подобные' ^

ний период (2011—2017 гг.).

Интерес вызывал тот факт, что клональный состав А. ЬаитаппН, несущих гены ОХА-карбапенемаз, менялся в течение периода исследования. Так, в первый временной период (2003—2010 гг.) не было выявлено ни одного изолята А. ЬаитаппН с продукцией ОХА-23-подобных карбапенемаз, относящихся к 01 (ГС II), в то время как во второй период (2011—2017 гг.) подавляющее большинство изолятов (86,4%), содержащих гены Ь/аОХА-23-подобные, принадлежало именно к 01 (ГС II), а представители 012, доминирующего клона в 2003— 2010 гг. (83,3%), выявлены не были (рис. 2, а). Клональный состав А. ЬаитаппН, несущих гены Ь/аОХА-24/4()-подобные, практически не изменился, и большинство изолятов как в первый временной период (2003—2010 гг.), так и во второй (2011—2017 гг.) принадлежали к 01 (ГС II) (соответственно 61,1 и 70%) (см. рис. 2, б).

В представленном нами исследовании большинство (80,2%) изолятов А. ЬаитаппН было нечувствительным к карбапенемам. По результатам других исследований, посвященных изучению А. ЬаитаппН, выделенных из крови больных гемобластозами, доля карбапенем-нечувствительных изолятов также была высока и варьировала от 36,1% [7] до 100% [6]. Отличия в показателях устойчивости к карбапенемам были выявлены и среди изолятов А. ЬаитаппН, выделенных в многопрофильных стационарах. Так, в Испании доля нечувствительных к карбапенемам изо-лятов А. ЬаитаппН, выделенных из крови, составила 84,75% [17], а в Италии — 54% [18].

Устойчивость к карбапенемам А. ЬаитаппН в большинстве случаев обусловлена наличием генов приобретенных карбапенемаз. Среди карбапенем-нечув-ствительных А. ЬаитаппН, выделенных в данном исследовании, доля изолятов, содержащих гены ОХА-карбапенемаз, составила 79,2%. Основными ге-

нами ОХА-карбапенемаз были Ь1а и Ь1а,

ОХА-24/40-подобные

ОХА-23-подобные

(45,9%)

(45,9%). В других российских исследованиях среди карбапенем-нечувствительных изолятов преобладали гены группы Ь/аСХА-24/40. Так, в исследовании МАРАФОН доля А. ЬаитаппН с продукцией ОХА-24/40-подобных карбапенемаз составила 81,1% в 2011—2012 гг. и 62,5% в 2013—2014 гг. [2, 19]. Среди карбапенем-нечувствительных изолятов А. ЬаитаппН, выделенных от пациентов в отделениях хирургии, реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ) в трех стационарах Москвы, также преобладали (80%) изоляты, содержащие гены группы Ь/аСХА-24/40 [20].

В настоящем исследовании были выделены А. ЬаитаппН, относящиеся к 8 клональным линиям, распространенным в мире. Большинство (60,4%) изолятов относилось к международному клону 01 (ГСП), что сопоставимо с результатами, полученными Е. Dahdouh и соавт. [17] при изучении А. ЬаитаппН, выделенных

а/а

%

100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0

86,4

16,7

I

Число изолятов:

2003-2010 2011-2017

G1 (1С II) G2 (1С I)

л=0 л=19

/?=1 /7=0

б/Ь

90 80 70 60 50 40 30 20 10

Ыа,

ОХА-23 -п одобн ые

Ыа.

OXA-24/40-подобные

83,3

11,1

5,6

30

I

■ 2003-2010

■ 2011-2017

13,6

0 0 0 0 0 0

G4 G7 G8 G9 G12

/7=0 п=0 /7=0 /7=0 п=5

/7=0 п=0 /7=0 /7=3 п=0

Группы

■ 2003-2010 □ 2011-2017

0 ^- 0 0 °о 1 0 0 0 0 0

G1 (1С II) G2 (1С 1) G4 G7 G8 G9 G12 гРУппы

Число изолятов:

2003-2010 л=7 /7=0 /7=2 /7=0 л=3 п=0 п=0

2011-2017 /7=11 /7=0 /7=0 /7=1 /7=0 /7=0 /7=0

Рис. 2. Распределение исследуемых клональных групп среди А.ЬаитаппП, содержащих гены Ь1а

и bla,

OXA-24/40-подобные

(б), в разные временные периоды.

OXA-23-подобные

(а)

из крови, где доля изолятов, принадлежащих к клону G1 (ICII), составила 71,2%. Хотелось бы отметить, что в Греции до 2004 г. A. baumannii, выделенные из клинически значимых образцов, относились в основном к G2 (ICI), в то время как уже в 2005—2009 гг. подавляющее большинство (77,8%) изолятов принадлежало к G1 (ICII), и из них 79,4% A. baumannii, содержали гены Ь/асхд-23-подобные [21]. Такой факт демонстрирует, что A. baumannii, принадлежащие к G1 (IC II) и содержащие гены b/a ахА_231бЕыв, обладают лучшими механизмами адаптации и способностью к распространению в стационарах в сравнении с A. baumannii, принадлежащих к другим клональным линиям.

В ходе нашего исследования была отмечена тенденция в увеличении доли A. baumannii, несущих ге-

ны группы Ь/аОХА-23. Так, в 2003—2010 гг. только 30% карбапенем-нечувствительных изолятов содержали гены Ыа^. .. , , в то время как в2011—2017 гг. их

ОХА-23-подобные' ^

доля возросла до 53,7%. Можно полагать, что увеличение частоты выделения А. ЬаитаппИ, несущих ге-

ны bla

, произошло за счет распростране-

ОХА-23-подобные

ния изолятов, принадлежащих к клональной линии 01 (1С11). До 2010 гг. большинство изолятов А. ЬаитаппИ с продукцией ОХА-23-подобных ферментов (83,3%) принадлежало к 012 и ни один из них — к 01 (1С11). В период 2011—2017 гг. произошла кардинальная смена в клональном составе А. ЬаитаппИ, выделенных из крови. Доля ОХА-23-продуцирующих А. ЬаитаппИ, принадлежащих к международному клону 01 (1С11), достигла 86,4%, в то вре-

мя как представители ранее доминирующей группы G12 обнаружены не были. Исследователи из Италии отметили прогрессивную смену изолятов, содержаЩих гены на ОХА-23-продуцируюшие изоляты A. baumannii, принадлежащие к международному клону G1 (ICII), которые в 2007 г. стали причиной многочисленных вспышек инфекций в ОРИТ большинства госпиталей в Центральной Италии [18].

Рядом исследователей было отмечено, что в большинстве стран мира A. baumannii, содержащие гены bla0XA 23 подобные, принадлежали к клональным линиям G1 (ICi!)hG2 (ICI) [15, 22]. Также было отмечено, что изоляты A. baumannii группы G1 (ICII) обладают лучшей способностью к адгезии и формированию биопленок в сравнении с A. baumannii, относящихся к другим клональным линиям [22], имеют более высокие показатели устойчивости к антимикробным препаратам [21]. Способность к формированию биопленок и приобретению детерминант устойчивости у A. baumannii клональной линии G1 (ICII) вполне определенно способствует распространению и пер-систенции A. baumannii в условиях стационара [23].

Заключение

Большинство (80,2%) изолятов A. baumannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови, были нечувствительными к карбапенемам.

Гены приобретенных OXA-карбапенемаз обнаружены у 79,2% таких изолятов. A. baumannii, выделенные из крови, принадлежали к 8 клональным линиям, распространенным в мире. Было отмечено преобладание изолятов A. baumannii, принадлежащих к международному клону G1 (ICII) (60,4%). В ходе исследования выявлено увеличение доли A. baumannii, содержащих гены bla OXJ-_li Q6mie, что могло быть следствием распространения изолятов, принадлежащих к международному клону G1 (ICII). За 8 лет исследования (с 2011 по 2017 г.) доля OXA-23-продуцирующих A. baumannii, принадлежащих к клону G1 (ICII), возросла до 86,4% при полном отсутствии в 2003—2010 гг. Полученные результаты подтверждают глобальные тенденции распространения успешной клональной линии G1 (IC II) в стационарах с вытеснением других клональных линий.

Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с участием людей или животных в качестве объектов исследований.

Результаты исследования были представлены на Международной конференции European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) в 2019 г. в виде стендового доклада P0935.

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

The authors declare no conflicts of interest.

ЛИТЕРАТУРА/REFERENCES

1. European Centre for Disease Prevention and Control. Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2015. Annual Report of the European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net). Stockholm: ECDC; 2017.

2. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Шек Е.А., Дехнич А.В. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиаль-ных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» в 2013— 2014 гг. Клин микробиол и антимикроб химиотер. 2017;19(1):42-47. Sukhorukova MV, Edelstein MV, Skleenova EYu, Ivanchik NV, Shek EA, Dekhnich AV i dr. Antimicrobal resistance of nosocomial Acinetobacter spp. isolates in Russia: results of multicenter epidemiological study «MARATHON» 2013—2014. Clin Microbiol Antimicrobial Chemother. 2017;19(1):42-47. (In Russ.).

3. Клясова Г.А., Сперанская Л.Л., Миронова А.В., Масчян М.А., Бай-дильдина Д.Д., Верещагина С.А. и др. Возбудители сепсиса у иммуно-компрометированных больных: структура и проблемы антибиотико-резистентности (результаты многоцентрового исследования). Гематология и трансфузиология. 2007;52(1):13-18.

Klyasova GA, Speranskaya LL, Mironova AV, Maschan MA, Baidildina DD, Vereshchagina SA i dr. The pathogens causing sepsis in immunocompro-mized patients: structure and problems of antibiotic resistance. Results of a multi-center cooperative study. Gematologiya i transfuziologiya. 2007;52(1):13-18. (In Russ.).

4. Клясова Г.А. Антимикробная терапия. Под ред. Савченко В.Г. Программное лечение заболеваний системы крови. М.: Практика; 2012. Klyasova GA. Antimikrobnaya terapiya. In: Savchenko V.G., ed. Program treatment of blood system diseases. M.: Praktika; 2012. (In Russ.).

5. Клясова Г.А., Охмат В.А. Антимикробная терапия. Под ред. Савченко В.Г. Алгоритмы диагностики и протоколы лечения заболеваний системы крови. М.: Практика; 2018.

Klyasova GA, Okhmat VA. Antimikrobnaya terapiya. In: Savchenko V.G., ed. Algorithms of diagnosing and protocols of treatment of blood system diseases. M.: Praktika; 2018. (In Russ.).

6. Gedik H, Sim§ek F, Kanturk A, Yildirmak T, Arica D, Aydin D, et al. Bloodstream infections in patients with hematological malignancies: which is more fatal — cancer or resistant pathogens? Ther Clin Risk Manag. 2014;10:743-752. https://doi.org/10.2147/TCRM.S68450

7. Wang X, Zhang L, Sun A, Yang X, Sang W, Jiang Y, et al. Acinetobacter baumannii bacteraemia in patients with haematological malignancy: a multicenter retrospective study from the Infection Working Party of Jiangsu Society of Hematology. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017;36(7):1073-1081. https://doi.org/10.1007/s10096-016-2895-2

8. Хрульнова С.А., Коробова А.Г., Федорова А.В., Фролова И.Н., Савоч-кина Ю.А., Клясова Г.А. Детекция генов приобретенных карбапене-маз у изолятов Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови. Клин микробиол и антимикроб химиотер. 2019;21(1):55-59.

Khrulnova SA, Korobova AG, Fyodorova AV, Frolova IN, Savochkina JA, Klyasova GA. Detection of acquired carbapenemase genes among Acineto-bacter baumannii isolated from blood culture in patients with hematologi-cal malignancies. Clin Microbiol Antimicrobial Chemother. 2019;21(1):55-59. (In Russ.).

9. Evans BA, Amyes SG. OXA [3-lactamases. Clin Microbiol Rev. 2014;27:241-263. https://doi.org/10.1128/CMR.00117-13

10. Dijkshoorn L, Aucken H, Gerner-Smidt P, Janssen P, Kaufmann ME, Ga-raizar J, et al. Comparison of outbreak and nonoutbreak Acinetobacter baumannii strains by genotypic and phenotypic methods. J Clin Microbiol. 1996;34(6):1519-1525.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC229053/pdf/341519.pdf

11. van Dessel H, Dijkshoorn L, van der Reijden T, Bakker N, Paauw A, van den Broek P, et al. Identification of a new geographically widespread multi-resistant Acinetobacter baumannii clone from European hospitals. Res Microbiol. 2004;155(2):105-112. https://doi.org/10.1016/j.resmic.2003.10.003

12. Diancourt L, Passet V, Nemec A, Dijkshoorn L, Brisse S. The population structure of Acinetobacter baumannii: expanding multiresistant clones from an ancestral susceptible genetic pool. PLoS One. 2010;5(4):e10034. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010034

13. Karah N, Sundsfjord A, Towner K, Samuelsen O. Insights into the global molecular epidemiology of carbapenem non-susceptible clones of Acinetobacter baumannii. Drug Resistance Updates. 2012;15:237-247. https://doi.org/10.1016/j.drup.2012.06.001

14. Turton JF, Gabriel SN, Valderrey C, Kaufmann ME, Pitt TL. Use of sequence-based typing and multiplex PCR to identify clonal lineages of outbreak strains of Acinetobacter baumannii. Clin Microbiol Infect. 2007;13:807-815.

https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2007.01759.x

15. Zarrilli R, Pournaras S, Giannouli M, Tsakris A. Global evolution of mul-tidrug-resistant Acinetobacter baumannii clonal lineages. Int J Antimicrob Agents. 2013;41(1):11-19. https://doi.org/10.1016Xj.ijantimicag.2012.09.008

16. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Seventh Informational Supplement. CLSI document M100-S28. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Stan-darts Institute; 2018.

17. Dahdouh E, Gomez-Gil R, Sanz S, Gonzalez-Zorn B, Daoud Z, Mingo-rance J, et al. A novel mutation in pmrB mediates colistin resistance during therapy of Acinetobacter baumannii. Int J Antimicrob Agents. 2017;49(6):727-733.

https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2017.01.031

18. Principe L, Piazza A, Giani T, Bracco S, Caltagirone MS, Arena F, et al. Epidemic diffusion of OXA-23-producing Acinetobacter baumannii isolates in Italy: results of the first cross-sectional countrywide survey. J Clin Micro-biol. 2014;52(8):3004-3010. https://doi.org/10.1128/JCM.00291-14

19. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Тимохова А.В., Шек Е.А. и др. Антибиотикорезистентность нозоко-миальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» в 2011—2012 гг. Клин микробиол и антимикробхимиотер. 2014; 16(4):266-272.

Sukhorukova MV, Edelstein MV, Skleenova EYu, Ivanchik NV, Timokho-va AV, Sheck EA i dr. Antimicrobal resistance of nosocomial Acinetobacter spp. isolates in Russia: results of multicenter epidemiological study «MARATHON» 2011—2012. Clin Microbiol Antimicrobial Chemother. 2014;16(4): 266-272. (In Russ.).

20. Mayanskiy N, Chebotar I, Alyabieva N, Kryzhanovskaya O, Savinova T, Turenok A, et al. Emergence of the Uncommon Clone ST944/ST78 Carrying bla0XA-40-like and blaCTX-M-like Genes Among Carbapenem-Non-susceptible Acinetobacter baumannii in Moscow, Russia. Microb Drug Resist. 2017;23(7):864-870. https://doi.org/10.1089/mdr.2016.0302

21. Pournaras S, Dafopoulou K, Del Franco M, Zarkotou O, Dimitroulia E, Protonotariou E, et al. Predominance of international clone 2 OXA-23-pro-ducing-Acinetobacter baumannii clinical isolates in Greece, 2015: results of a nationwide study. Int J Antimicrob Agents. 2017;49(6):749-753. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2017.01.028

22. Mugnier PD, Poirel L, Naas T, Nordmann P. Worldwide dissemination of the blaOXA-23 carbapenemase gene of Acinetobacter baumannii. Emerg Infect Dis. 2010;16(1):35-40. https://doi.org/10.3201/eid1601.090852

23. Giannouli M, Antunes LC, Marchetti V, Triassi M, Visca P, Zarrilli R. Virulence-related traits of epidemic Acinetobacter baumannii strains belonging to the international clonal lineages I—III and to the emerging genotypes ST25 and ST78. BMC Infect Dis. 2013;13:282. https://doi.org/10.1186/1471-2334-13-282

Поступила в редакцию 21.06.2019 Received 21.06.2019 После доработки 02.07.2019 Revised 02.07.2019 Принята к публикации 20.07.2019 Accepted 20.07.2019

Аннотация научной статьи по клинической медицине, автор научной работы — Хрульнова С. А., Коробова А. Г., Федорова А. В., Фролова И. Н., Клясова Г. А.

Похожие темы научных работ по клинической медицине , автор научной работы — Хрульнова С. А., Коробова А. Г., Федорова А. В., Фролова И. Н., Клясова Г. А.

CHANGE IN THE CLONAL STRUCTURE OF CARBAPENEM NOT SUSCEPTIBLE ACINETOBACTER BAUMANNII ISOLATED FROM THE BLOOD CULTURE OF PATIENTS WITH HEMATOLOGICAL MALIGNANCIES