CC BY
17
2012, Т. 2, № 1-2
Внедрение достижений эпидемиологии
тели этого рода. Так, например, в 2009 г. в Китае была выявлена тяжелая лихорадка с синдромом тромбо-цитопении (SFTS). В последствии было установлено, что этиологическим агентом данного заболевания является новый Флебовирус. Таким образом, создание универсальной тест-системы для детекции геномной РНК Флебовирусов является весьма актуальной задачей. Целью данной работы являлось создание такой тест-системы, основанной на реакции ОТ-ПЦР. В качестве мишени для вырожденных праймеров выбраны консервативные участки поли-меразы флебовирусов, выявленные на основании выравнивания аминокислотных последовательностей представленных в базе данных NCBI. Способность созданной пары праймеров специфично амплифи-цировать нужный участок генома Флебовирусов была проверена на коллекции Флебовирусов: вирусе Лихорадки долины Рифт, вирусах Неаполитанской и Сицилианской москитных лихорадок, вирусах Тоскана и Уукуниеми.
Созданная пара праймеров была использована для обследования клещей родов Ixodes и Dermacentor, собранных на Куршской Косе (Калининградская обл.) — 74 пробы, Республике Карелия — 40 проб, Серпуховском р-не МО — 20 проб, Ставропольском крае — 136 проб.
Положительные образцы были обнаружены среди пулов клещей собранных в Республике Карелия и Ставропольском крае. Секвенирование полученых ампликонов показало, что обнаружены два ранее не описанные представителя рода Флебовирусов.
ИССЛЕДОВАНИЕ ДИНАМИКИ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ И МУТНОСТИ ВОДЫ В УРАЛЬСКОМ РЕГИОНЕ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ АПОСТЕРИОРНЫХ МЕТОДОВ РАЗЛАДКИ ВРЕМЕННЫХ РЯДОВ
A.^ Ковалевский1, В.В. Губарев1, А.Н. Егоров3*, М. Райт4, Е.Н. Наумова4, В.Б. Локтев2
1Новосибирский государственный технический университет, Новосибирск, Новосибирский государственный университет, Новосибирск; 2Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», Новосибирская обл.; 3United States Environmental Protection Agency, National Center for Environmental Assessment, Cincinnati, OH, USA; 4Tufts University School of Engineering, Medford, MA, USA; *Now with the World Health Organization, Bonn, Germany
Цель описываемого исследования заключалась в изучении возможности применения байесовских методов анализа (разладки) процессов при харак-теризации динамики временных рядов качества воды и желудочно-кишечных инфекций. Мы изучили качество идентификации полного временного ряда и его определенных сегментов для качества воды и заболеваемости. Была определена гомогенность интервалов, основанных на теореме Мас№Ш'а о конвергенции частичных сумм остатков в сочетании с понятием «эмпирический мост», описанного Гусаровым и др. Чтобы проверить наличие точек изменения во временных рядах, мы использовали в качестве статистики максимальное абсолютное значение «эмпирического моста».
Для иллюстрации такого подхода были проведены исследования ежедневного количества кишечных инфекций неизвестной этиологии, имевших место в 2008—2009 гг. в Екатеринбурге, Россия, и ежедневные данные о мутности воды, поступающей на го-
родские очистные сооружения в период 1995—2008 гг. Наблюдалось увеличение кишечных инфекций с самого начала 2008 г. до первой точки изменения в мае 2008 г., последующее снижение в 2009 г. (средняя 36,4 случая в день до периода с момента второго изменения в апреле 2009 г. и до конца 2009 г.). Для мутности воды также обнаружено 3 однородных периода: для периода 1995—2001 гг. было характерно снижение в 11,1% в год; в период 2001—2007 гг. определялось умеренное увеличение (6,5%); и в последний период 2007—2008гг. было обнаружено небольшое снижение (1,2%).
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ГИС-ТЕХНОЛОГИЙ
ПРИ ПРОВЕДЕНИИ ОБЪЕКТОВОГО УЧЕНИЯ СПЭБ
Е.С. Куликалова, В.А. Вишняков, С.А. Татарников, К.А. Тирских, Л.М. Михайлов, А.В. Родзиковский, С.В. Балахонов
ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, г. Иркутск
Эффективным инструментом при ликвидации чрезвычайных ситуаций (ЧС) в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения являются специализированные противоэпидемические бригады противочумных институтов (СПЭБ), модернизированные в соответствии с решением саммита «Группы восьми» (2006 г.) и во исполнение распоряжения Правительства Российской Федерации от 21 мая 2007 г. № 642-р. Оснащенные современным оборудованием, СПЭБы способны работать в автономных условиях, обеспечивая противодействие распространению инфекционных заболеваний и минимизацию последствий ЧС биологического характера.
В рамках объектового учения СПЭБ Иркутского научно-исследовательского противочумного института Сибири и Дальнего Востока 4—8 июля 2011 г. специалистами группы эпидразведки проведена отработка приемов санитарно-топографического обследования поверхностных водоемов населенного пункта при отборе проб на холеру с использованием геоинформационных систем (ГИС-технологий), картографического анализа информации о расположении стационарных точек отбора проб с привязкой к существующим системам жизнеобеспечения (сети водоснабжения и канализации).
Географические координаты стационарных точек отборапробфиксировалис помощью GPS-навигатора Garmin Oregon 300. Экспорт и интеграцию пространственных данных осуществляли с использованием программы Mapsource 6,16,03 на платформе Microsoft Windows XP Professional.
В результате на электронную карту административной территории нанесены слои, отражающие координаты 16 точек отбора проб в проекции на поверхностные водоемы, маршруты отбора проб группами эпидразведки и места выделения четырех штаммов V. cholerae не О1/О139 серогрупп из водоемов населенного пункта (по результатам исследования лаборатории особо опасных инфекций СПЭБ). Разработан алгоритм противоэпидемических, са-нитарно-охранных, организационных мероприятий с учетом эпидемической значимости изолированных штаммов холерного вибриона.
Использование ГИС и системы глобального позиционирования позволяет оптимизировать ра-
Материалы X съезда ВНПОЭМП, Москва, 12-13 апреля 2012 г.
Инфекция и иммунитет
боту СПЭБ в условиях ЧС в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения и при проведении мероприятий международного значения (предстоящий Саммит стран АТЭС, 2012).
ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE ELTOR, ИЗОЛИРОВАННЫХ ИЗ ПОВЕРХНОСТНЫХ ВОДОЕМОВ г. ИРКУТСКА В 2011 г.
Л.В. Миронова, М.В. Афанасьев, Л.Я. Урбанович, Е.С. Куликалова, Е.А. Басов, Ж.Ю. Хунхеева, Э.Г. Гольдапель, А.С. Кожевникова, В.С. Ганин, С.В. Балахонов
ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, г. Иркутск
Эпидемиологический надзор за холерой в РФ предусматривает мониторинг поверхностных водоемов, направленный на обнаружение холерных вибрионов Ol и O139 серогрупп и оперативное изучение свойств выделенных штаммов. В комплексной характеристике биологических свойств Vibrio cholerae важное значение имеет исследование особенностей их генетической структуры.
Цель исследования — молекулярно-генетический анализ штаммов V. Ло1егае eltor, изолированных из поверхностных водоемов г. Иркутска в 2011 г.
В летний период 2011 г. из поверхностных водоемов г. Иркутска выделено 13 штаммов V. cholerae eltor (11 штаммов из р. Ангары в районе б. Постышева и залива о. Юность, по одному — из проб воды Шишиловской протоки р. Ангары и р. Иркут). Штаммы определены как эпидемически не опасные (генотип ctxAB- tcpA-), принадлежащие к О1 серогруппе (wbO1+), содержащие rtxA и rtxC гены, 86,4% штаммов hlyAelt — позитивны. Детерминанты персистенции vpsR, vps выявлены в геноме 100% штаммов, mshQ — в 92,3%. Ген гемаг-глютининпротеазы отсутствует у всех изолированных из р. Ангары (б. Постышева, залив о. Юность) штаммов, что может рассматриваться в качестве одного из генетических маркеров данной группы изолятов.
V. cholerae eltor, выделенные из р. Ангары в районе б. Постышева и ниже по течению (залив о. Юность), характеризуются идентичным MLVA генотипом (VcA15, VcC11, VcD5, VcG2) и одинаковым PFGE профилем. Идентичность генотипа выделенных в разных участках р. Ангары штаммов V. cholerae eltor и отличие их генетической организации от изолятов прошлых лет позволяет предположить вероятность заноса и распространения данного клона холерного вибриона в указанном водоеме. MLVA-профиль V. cholerae eltor из р. Иркут и Шишиловской протоки р. Ангары отличается от вышеуказанной группы штаммов.
Комплексное молекулярно-генетическое ти-пирование V. cholerae обеспечивает возможность не только индикации и идентификации микроорганизма по ключевым детерминантам, но и способствует выяснению генетических взаимосвязей изолятов, что может использоваться в рамках оперативного эпидемиологического анализа при установлении причин обнаружения холерного вибриона в поверхностных водоемах, закономерностей его распространения и персистенции.
НЕКОТОРЫЕ АСПЕКТЫ АНАЛИЗА ПОКАЗАТЕЛЕЙ ВЫПОЛНЕНИЯ НИР НИО РОСПОТРЕБНАДЗОРА ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ В 2011 г.
В.Г. Панов, М.Н. Корсак, М.Ю. Софронова, Т.А. Семенова
ФБУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва
В течение 2011 г. научно-исследовательская деятельность 18 НИО Роспотребнадзора эпидемиологического профиля была определена более чем 450 темами НИОКР, включая 307 тем, выполнявшихся по отраслевым программам Роспотребнадзора. Приоритетные направления НИОКР определялись постановлениями Правительства Российской Федерации и документами Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. По результатам научных исследований для внедрения в деятельность органов и организаций Роспотребнадзора подготовлено более 150 нормативно — методических документов. Зарегистрировано свыше 50 препаратов и изделий медицинского назначения.
Результаты исследований и разработок 5 научно-исследовательских организаций, входящих в противочумную систему, а также ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, ФБУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора и ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, были направлены на решение проблем санитарной охраны территории, молекулярной эпидемиологии особо опасных инфекций, создание новых и совершенствование выпускаемых препаратов для диагностики, профилактики и лечения особо опасных инфекционных заболеваний, в том числе, представлены результаты работы по реализации решений коллегии Роспотребнадзора.
Представленные отчеты о работе региональных центров по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней, центров индикации и диагностики возбудителей инфекционных болезней; референс-центров по мониторингу за бактериальными и вирусными инфекциями, национальных центров верификации диагностической деятельности свидетельствуют о значительном объеме работы НИО в важных для практического обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия областях. Особенно следует отметить эффективную работу референс-центров, функционирующих на базе ФБУН ЦНИИЭ Рос-потребнадзора, ряда противочумных институтов. Для повышения эффективности проводимых НИОКР, по нашему мнению, целесообразно дальнейшее совершенствование системы планирования и отчетности НИОКР: проведение системных патентных исследований, как при постановке новых тем, так и в процессе их осуществления; разработка технических заданий на каждую тему; обеспечение проведения научной экспертизы планов и отчетов НИОКР экспертными советами при научном совете Роспотребнадзора; при планировании создания новых препаратов, в том числе, для диагностики и профилактики инфекционных заболеваний необходимо руководствоваться действующей системой ГОСТ России по разработке и постановке продукции на производство, другими нормативными документами в данной сфере; оформление договоров о распределении прав собственности на результаты интеллектуальной
