CC BY
31
МИКРОБИОЛОГИЯ
МИКРОБИОЛОГИЯ
© МАКАРОВА М.А., КАФТЫРЕВА Л.А., 2020
Макарова М.А.12, Кафтырева Л.А.12
ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ШТАММОВ ЭНТЕРОАГГРЕГАТИВНЫХ ESCHERICHIA COLI
1ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера Роспотребнадзора, 197101, Санкт-Петербург, Россия; 2ФГБОУ ВО СЗГМУ им. И.И. Мечникова Минздрава РФ, 191015, Санкт-Петербург, Россия
Изучены 74 штамма E. coli, выделенных из проб испражнений (60) и мочи (14) пациентов, обследованных по клиническим показаниям. Молекулярные методы включали: ПЦР с электрофоретической детекцией генов, ассоциированных с диареегенными E. coli патогруппы EAgEC (aggR, aaf, aap, aatA, pet, ast, aai) и ExPEC патогруппы UPEC (pap, sfa, afa, kpsMT II, iutA, hlyA, cnf), MLST типирование, полногеномное секвенирование. Штаммы, выделенные из проб испражнений, значимо чаще (88,3%, p < 0,05) относились к типичным EAgECiggR+ по сравнению с атипичными EAgEC gR. В штаммах, выделенных из проб мочи, значимые различия между типичными и атипичными EAgEC не выявлены (p > 0,05). Гены, ассоциированные с ExPEC, присутствовали во всех штаммах, выделенных из проб мочи и в 45 штаммах (75%), выделенных из проб испражнений. Копроизоляты принадлежали к 10 серогруппам и 13 сероварам: О3:Н2, 011:Н10, О16:Н48, 051:Н30, О55:Н21, О73:Н18, О73:Н33, О86:Н2, 086:Н10, О92:Н33, 0140:Н2, 0159:Н10. Два штамма имели уникальные нуклеотидные последовательности генов, кодирующих О-антигены, которые отсутствовали в базе данных SerotypeFinder. 80% популяции российских EAgEC, выделенных из испражнений и мочи, характеризовались энтероаггрегативным/уропатогенным генотипом (EAgEC/UPEC). Большая часть штаммов, выделенных из мочи, относились к вирулентному клону высокого риска эпидемического распространения ST 38, ассоциированному с гибридными штаммами UPEC / EAgEC.
Ключевые слова: E. coli; EAgEC; UPEC; гены вирулентности; гетеропатогенность. Для цитирования: Макарова М.А., Кафтырева Л.А. Генетическое разнообразие штаммов энтероаггрегативных Escherichia coli. Клиническая лабораторная диагностика. 2020; 65 (11): 707-711. DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2020-65-11-707-711
Makarova M.A.12, Kaftyreva L.A.12
GENETIC DIVERSITY OF ENTEROAGGREGATIVE ESCHERICHIA COLI 1Saint-Petersburg Pasteur Institute, 197101, Saint-Petersburg, Russia;
2North-Western State Medical University named after I.I. Mechnikov, the medical microbiology department, 191015, Saint-Petersburg, Russia
Studied 74 E. coli .strains Isolated from stool samples (60) and urine samples (14) of patients examined for clinical indications. Molecular methods included: PCR with electrophoretic detection of genes associated with diarrheal E. coli pathogroup EAgEC (aggR, aaf, aap, aatA, pet, ast, aai) and ExPEC pathogroup UPEC (pap, sfa, afa, kpsMT II, iutA, hlyA, cnf), MLST typing, whole genome sequencing. Strains isolated from stool samples were significantly more likely (88.3%, p > 0.05) to be typical EAgEC R+ compared to atypical EAgEC gR. Strains isolated from urine samples, significant differences between typical and atypicctfEAgEC were not detected (p > . Genes associated with ExPEC were present in all strains isolated from urine samples and in 45 strains (75%) isolated from stool samples. Coproisolates belonged to 10 serogroups and 13 serovars: O3:H2, 011:H10, O16:H48, 051:H30, O55:H21, O73:H18, O73:H33, O86:H2, 086:H10, O92:H33, 0140:H2, 0159:H10. Two strains had unique nucleotide sequences of genes encoding O-antigens that were missing from the SerotypeFinder database. 80% of EAgEC isolated from feces and urine was characterized by an enteroaggregative/uropathogenic genotype (EAgEC/UPEC). Most of the strains isolated from urine belonged to the virulent clone of high-risk epidemic spread ST 38 associated with hybrid strains of UPEC /EAgEC.
Key words: E. coli; EAgEC; UPEC; virulence genes; heteropathogenicity.
For citation: Makarova M.A., Kaftyreva L.A. Genetic diversity of enteroaggregative Escherichia coli. Klinicheskaya Labora-tornaya Diagnostika (Russian Clinical Laboratory Diagnostics). 2020; 65(11): 707-711 (in Russ.). DOI: http://dx.doi.org/10.18821/0869-2084-2020-65-11-707-711
For correspondence: KaftyrevaL.A., PhD, chief of laboratory enteric infections; e-mail: kaflidia@mail.ru Information about authors:
Makarova Mariia A., https://orcid.org/0000-0002-7589-0234 Kaftyreva Lidiya A., https://orcid.org/0000-0003-0989-1404. Conflict of interest. The authors declare no conflict of interest. Acknowledgment. The study had no sponsorship.
Received 04.10.2020 Accepted 27.10.2020
Для корреспонденции: Кафтырева Лидия Алексеевна, д-р мед. наук, зав. лаб. кишечных инфекций; e-mail: kaflidia@mail.ru
MICROBIOLOGY
Введение. Энтероаггрегативные Escherichia coli (EAgEC) представляют новую патогруппу возбудителей острых кишечных инфекций (ОКИ), поражающей детей и взрослых во всех странах. В США показатели заболеваемости, обусловленные EAgEC у детей раннего возраста выше, чем при кампилобактериозах и сальмо-неллезах [1]. Исследования, проведенные в странах Северной и Южной Америки, Персидского залива, Азии, Африки, Восточной Европы и России показали, что EAgEC чаще, чем другие бактериальные патогены являются причиной диарей у детей [2 - 7]. Проспективные эпидемиологические исследования выявили статистически значимую связь EAgEC с диареями: острыми, продолжительными, хроническими, ВИЧ-инфицированных и путешественников [8, 9]. Симптомы заболеваний включают водянистую диарею часто с патологическими примесями (слизь и кровь), тенезмы, тошноту, рвоту, субфебрильную температуру. Острая диарея, которая может купироваться быстро, без назначения лечебных препаратов, является обычной патологией. У некоторых пациентов в зависимости от иммунного статуса, и генетической предрасположенности может развиться затяжная (упорная) диарея продолжительностью более 14 дней [1, 10, 11].
EAgEC впервые были описаны в 1987 г. при изучении адгезивных свойств штаммов E. coli, выделенных от чилийских детей [12]. Штаммы характеризовались специфическим феноменом аггрегационной адгезии (АА) к эпителиальным клеткам HEp-2 в виде «сложенной кирпичной кладки». Обнаружение феномена АА in vitro является золотым стандартом детекции штаммов этой патогруппы, однако, этот метод требует условий для работы с культурой клеток, поэтому его использование ограничивается исследовательскими и референтными лабораториями; феномен AA может встречаться у штаммов других патогрупп диареегенных E. coli (DEC), таких как атипичные - энтеропатогенные E. coli (EPEC).
Результатом активного и постоянного внутривидового обмена генетической информацией является естественное появление штаммов, обладающих наборами факторов вирулентности, характерных для конкретных патогрупп и патотипов E. coli. Ярким примером является гибридная группа энтероаггрегативных Е. coli, продуцирующих шигаподобный токсин (ST) - EAgEC /STEC, вызвавшая крупную вспышку эшерихиоза (возбудитель Е. coli 0104:H4) в Германии в 2011 г [1,13]. В последние годы появились данные о EAgEC как возбудителях инфекций внекишечной локализации (ExPEC): мочевы-водящих путей (ИМП), уросепсиса и менингита новорожденных [1,14, 15].
Цель исследования - определить этиологическую значимость штаммов энтероаггрегативных E. coli, как возбудителей диарейных и внекишечных заболеваний, с позиций современных критериев оценки патогенного потенциала.
Материал и методы. Изучены 74 штамма E. coli, выделенные из проб испражнений (60) и проб мочи (14) госпитализированных пациентов с ОКИ и ИМП. Молекулярные методы включали ПЦР с электрофорети-ческой детекцией генов, ассоциированных с DEC па-тогруппы EAgEC (aggR, aaf, aap, aatA, pet, ast, aai) и ExPEC патогруппы уропатогенных Е. coli - UPEC (pap, sfa, afa, kpsMT II, iutA, hlyA, cnf). Синтез ПЦР-праймеров выполнен ЗАО «Евроген», Россия. Мультилокусное сек-венирвание типирование (MLST) штаммов, выделен-
ных из проб мочи, проводили в соответствии с международными стандартами базы данных MLST University of Warwick (MarkAchtmanDatabase, http://mlst.warwick. ac.uk/mlst/dbs/Ecoli/). Полногеномное секвенирование 24 штаммов, выделенных из проб испражнений выполняли на платформе MiSeq (Illumina). Поиск генетических детерминант, характеризующих О- и Н- антигены проводили с использованием онлайн сервиса SerotypeFinder 1.1 веб сайта Центра геномной эпидемиологии (https:// cge.cbs.dtu.dk/services/). Статистическую обработку результатов проводили с использованием оценки различий средних величин (точный критерий Фишера). Статистически значимыми считали различия при доверительном интервале 95% (р <0,05).
Результаты. Все штаммы EAgEC типично росли на питательных средах, независимо от биологического материала, из которого они были выделены. Ферментировали глюкозу, маннит, мальтозу, рамнозу, сорбит, были положительными в тесте с ß-галактозидазой, декарбок-силировали лизин и не декарбоксилировали аргинин. Практически все штаммы были подвижные (91,9%), к биохимически активному варианту E. coli относились (95,9%). Идентифицировать О - антиген в реакции агглютинации с отечественными ОК- сыворотками установить не удалось.
Детекция генов, ассоциированных с факторами вирулентности DEC патогруппы EAgEC: aggR - активатор транскрипции, необходимый для экспрессии фимбрий, aaf - аггрегативно-адгезивные фимбрии, aap - секреторный белок дисперзин, aatA - эффлюкс-ный белок, pet - плазмидокодируемый термолабильный токсин, ast - термостабильный токсин EAgEC (EAST), aai - активатор системы секреции IV типа. Штаммы патогруппы EAgEC по наличию/отсутствию гена aggR делятся на типичные t-EAgECaggR+ (содержат ген aggR) и атипичные а - EAgEC aggR (ген aggR отсутствует) [1]. Результаты изучения генов вирулентности штаммов EAgEC представлены в таблице 1.
К t-EAgECa (содержали ген aggR) значимо чаще 53 (88,3%, p < 0,05), относились штаммы, выделенные из проб испражнений пациентов с диарейным синдромом по сравнению с а - EAgEC aggR (ген aggR осутству-ет). В штаммах, выделенных из проб мочи, значимые различия между t-EAgECaggR+ и а - EAgEC agR_ не выявлены (p > 0,05).
Гены aaf, aap, ast, кодирующие аггрегативно-адге-зивные фимбрии, секреторный белок дисперзин и термостабильный токсин EAgEC (EAST), без значимых различий присутствовали в штаммах, выделенных из проб испражнений и мочи (p > 0,05). Гены aatA и aai, кодирующие эффлюксный белок и активатор системы секреции IV типа, были выявлены только в штаммах EAgEC, выделенных из проб испражнений, их находки составляли 48,3 и 13,3% соответственно. Ген pet, ответственный за продукцию термолабильного токсина, обнаружен не был.
Детекция генов, ассоциированных с факторами вирулентности ExPEC (UPEC): pap (структурная субъединица пиелонефрит-ассоциированных пилей), sfa (S-фимбрии), afa (афимбриальные адгезины), kpsMT II (синтез капсульных антигенов К1, К5 и К12), iutA (рецептор аэробактина), hlyA (a-гемолизин) и cnf (цитоне-кротический фактор) [16,17].
Гены, ассоциированные с ExPEC, присутствовали во всех штаммах, выделенных из проб мочи и в 45
МИКРОБИОЛОГИЯ
Таблица 1
Молекулярно-генетическая характеристика штаммов EAgEC
Гены вирулентности Выделенные из Всего EAgEC (я=74)
испражнений (n=60) мочи (n=14)
абс % 95% ДИ абс % 95%ДИ абс % 95%ДИ
EAgEC
aggR 53 88,3 77,4-95,2 9 64,3 35,1-87,2 62 83,8 73,4-91,3
aaf 52 86,7 75,4-94,1 8 57,1 28,9-82,3 60 81,1 70,3-89,3
aap 39 65,0 51,6-76,9 8 57,1 28,9-82,3 47 63,5 51,5-74,4
aatA 29 48,3 35,2-61,6 0 0 0-23,2 29 39,2 28,0-51,2
ast 19 31,7 20,3-45,0 4 28,6 8,4-58,1 23 31,1 20,8-42,9
aai 8 13,3 5,9-24,6 0 0 0-23,2 8 10,8 4,8-20,2
ExPEC
pap 15 25,0 14,7-37,9 9 64,3 35,1-87,2 24 32,4 22,0-44,3
sfa 4 6,7 1,9-16,2 14 100 76,8-100 18 24,3 15,1-35,7
afa 2 3,3 0,4-11,5 2 14,3 1,8-42,8 4 5,4 1,5-13,3
kpsMTII 4 6,7 1,9-16,2 3 21,4 4,7-50,8 7 9,5 3,9-18,5
iutA 9 15,0 7,1-26,6 12 85,7 57,2-98,2 21 28,4 18,5-40,1
hlyA 21 35,0 23,1-48,4 9 64,3 35,1-87,2 30 40,5 29,3-52,6
cnf 5 8,3 2,8-18,4 5 35,7 12,8-64,9 10 13,5 6,7-23,5
штаммах (75%), выделенных из проб испражнений. Гены, кодирующие пиелонефрит-ассоциированные пили (pap), афимбриальные адгезины (afa), синтез капсулы (kpsMT II), а-гемолизина (hlyA) и цитонекротического фактора (cnf) без значимых различий присутствовали в штаммах, выделенных из проб испражнений и мочи (p > 0,05). Статистически значимо (p < 0,05) в штаммах EAgEC, выделенных из проб мочи, присутствовали два гена iutA (85,7%) и sfa (100%), ответственные за синтез аэробактина и S-фимбрий, по сравнению с копроизоля-тами (15,0 и 6,7% соответственно).
По суммарным данным в 74 штаммах EAgEC присутствовали от одного (aaf) до шести генов вирулентности DEC. В таблице 2 представлены индивидуальные генотипы вирулентности штаммов t - EAgEC и а -EAgEC, выделенных из проб различных биологических материалов. По сочетанию генов, кодирующих факторы вирулентности, популяция штаммов EAgEC (t - EAgEC + а - EAgEC) характеризовалась 15 генотипами, все из которых встречались в штаммах, выделенных из проб испражнений пациентов с ОКИ.
Штаммы, выделенные из проб мочи, характеризовались шестью генотипами вирулентности. Гетерогенность вирулентности была более выражена среди штаммов t - EAgEC (11 генотипов) по сравнению с а - EAgEC (4 генотипа).
Антигенная характеристика штаммов EAgEC. Анализ геномов 24 штаммов EAgEC на платформе SerotypeFinder 2.0 (https://cge.cbs.dtu.dk/ services/ SerotypeFinder /) онлайн-ресурса «Center for Genomic Epidemiology» показал, что штаммы по идентичности нукле-отидных последовательностей геномов, кодирующих синтез О-антигенов и Н-антигенов, принадлежали к 10 серогруппам и 13 сероварам: О3:Н2, О11:Н10, О16:Н48, 051:Н30, О55:Н21, О73:Н18, О73:Н33, О86:Н2, 086:Н10, О92:Н33, 0140:Н2, 0159:Н10. Два штамма имели уникальные нуклеотидные последовательности генов, кодирующих О-антигены, которые отличались от 186 известных О-антигенов, включенных в базу данных SerotypeFinder.
Выявление эпидемически значимого высоковирулентного гибридного клона UPEC/EAgEC ST38. Анализ результатов MLST типирования показал, что 11 из 14 штаммов EAgEC, выделенных из проб мочи, принадлежали к международному клону высокого риска эпидемического распространения ST 38, имели гены возбудителей ИМП и ОКИ.
Обсуждение. Патогенные E. coli идентичные по куль-турально-ферментативным свойствам, характеризуются вариабельностью генетических детерминант, кодирующих ключевые факторы вирулентности, определяющие полиморфизм клинических проявлений заболеваний.
EAgEC впервые описанные в 1987 г., в настоящее время признаны основными возбудителями острых диарей детей и взрослых практически во всех странах, способных к широкому эпидемическому распространению [2, 3, 12]. Общепризнано, что EAgEC-инфекция относится к антропонозам, резервуаром и источником инфекции является человек, с фекально-оральным механизмом передачи, который чаще реализуется пищевым и водным путями. Нет достоверных данных о том, что животные могут быть источником инфекции [1]. Известно, что E. coli вызывают широкий спектр вне-кишечных заболеваний, в том числе мочевыводящих путей (уропатогенные E. coli), менингиты новорожденных (менингиальные E. coli), сепсис (септицемические E. coli). Являются ведущим возбудителем инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП), входят в число 12 видов бактерий с критическим уровнем резистентности [18].
Традиционный культуральный метод, основанный на морфологических, биохимических и серологических свойствах характеризует внутривидовую фенотипи-ческую неоднородность выделенных штаммов E. coli. Этиологическая значимость разных клинических форм заболеваний, обусловленных E. coli, определяется наличием генов вирулентности возбудителя. Молекуляр-но-генетические методы исследования обеспечивают достоверную идентификацию «классических» и гибридных патогрупп, антигенную характеристику воз-
MICROBIOLOGY
Таблица 2
Распределение генов вирулентности в штаммах EAgEC, выделенных из проб различных биоматериалов
Гены вирулентности Испражнения (n = 60) Моча (n = 14) р
абс (%) 95% ДИ абс (%) 95% ДИ
t-EAgEC
2 гена вирулентности 14 (23,3) 13,4-36,0 6 (42,9) 17,7-71,1 >0,05
aggR+astA 2(3,3) 0,4-11,5 2 (14,3) 1,8-42,8 >0,05
aggR+aaf 5 (8,3) 2,8-18,4 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aap 7(11,7) 4,8-22,6 4 (28,6) 8,4-58,1 >0,05
3 гена вирулентности 14 (23,3) 13,4-36,0 3 (21,4) 4,7-50,8 >0,05
aggR+aaf+astA 5 (8,3) 2,8-18,4 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aaf+aap 6 (10,0) 3,8-20,5 3 (21,4) 4,7-50,8 >0,05
aggR+aaf+aat 3(5,0) 1,0-13,9 0 (0) 0-23,2 >0,05
4 гена вирулентности 15 (25,0) 14,7-37,9 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aaf+aap+aat 15 (25,0) 14,7-37,9 0 (0) 0-23,2 >0,05
5 генов вирулентности 5 (8,3) 2,8-18,4 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aaf+aap+aat+aai 1(1,7) 0-8,9 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aaf+aap+aat+astA 2 (3,3) 0,4-11,5 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aaf+aap+astA+aai 2 (3,3) 0,4-11,5 0 (0) 0-23,2 >0,05
6 генов вирулентности 5 (8,3) 2,8-18,4 0 (0) 0-23,2 >0,05
aggR+aaf+aap+aat+astA+aai 5 (8,3) 2,8-18,4 0 (0) 0-23,2 >0,05
a-EAgEC
1 ген вирулентности 2 (3,3) 0,4-11,5 1 (7,1) 0,2-33,9 >0,05
аaf 2 (3,3) 0,4-11,5 1 (7,1) 0,2-33,9 >0,05
2 гена вирулентности 4 (6,7) 1,9-16,2 4 (28,6) 8,4-58,1 >0,05
aaf+astA 3 (5,0) 1,0-13,9 3 (21,4) 4,7-50,8 >0,05
aaf+aat 1(1,7) 0-8,9 1 (7,1) 0,2-33,9 >0,05
4 гена вирулентности 1(1,7) 0-8,9 0 (0) 0-23,2 >0,05
aaf+aap+astA+aai 1(1,7) 0-8,9 0 (0) 0-23,2 >0,05
будителя, снижая ошибки интерпретации результатов культурального метода диагностики. Анализ научной литературы показал, что популяция EAgEC, характеризуется генетической пластичностью и вариабельностью генов вирулентности, что приводит к появлению новых гибридных патогрупп (EAgEC/STEC) и штаммов с ге-теропатогенным потенциалом - энтероаггрегативным/ уропатогенным генотипом (EAgEC/UPEC) [19].
Выводы.
1. У 75% EAgEC, выделенных из проб испражнений пациентов с диарейным синдромом выявлены гены вирулентности ExPEC, что имеет важное прогностическое значение развития ИМП.
2. 80% популяции российских EAgEC, выделенных из испражнений и мочи, характеризовались энтероаггре-гативным/уропатогенным генотипом (EAgEC/UPEC).
3. Два штамма EAgEC имели уникальные нуклео-тидные последовательности генов, кодирующих 186 известных О - антигенов, включенных в базу данных SerotypeFinder.
4. 78,6% штаммов, выделенных из мочи, относились к известному вирулентному клону высокого риска эпидемического распространения ST 38, ассоциированному с гибридными штаммам UPEC / EAgEC [18].
5. В международном банке данных GenBank депонированы нуклеотидные последовательности гена aat — регулятора генов вирулентности двух штаммов EAgEC (номера доступа MG564312, MG564313).
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки.
ЛИТЕРАТУРА (1-3, 8-10, 12-17, 19 см .REFERENCES)
4. Бондарева А.В., Горелов А.В., Подколзин А.Т., Николаева Т.А. Роль патогенных эшерихий в этиологической структуре острых кишечных инфекций у детей на современном этапе. Инфекционные болезни. 2012; 10 (1): 61.
5. Макарова М.А., Сужаева Л.В., Кафтырева Л.А. Дети раннего возраста с дисбиозом кишечника как носители энтероаггрега-вивных Escherichia coli. Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунобиологии. 2017;4: 54-8.
6. Подколзин А.Т., Мухина А.А., Шипулин Г.А., Кузьмина В.Н., Браславская С.И., Малев В.В. и др. Изучение этиологии острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных в инфекционные отделения стационаров Москвы. Инфекционные болезни. 2004;2 (4): 85-91.
7. Соколова Е.Д., Галтаева А.М., Замурий О.Ю., Дидиченко О.В., Моколова Ю.В., Муратова В.А. и др. Полимеразная цепная реакция в диагностике острых кишечных инфекций в детском инфекционном стационаре: возможности и проблемы. Инфекция и иммунитет. 2016; 6 (3): 225-31.
11. Червинец В. М., Червинец Ю. В., Михайлова Е. С., Самоукина А. М., Беляева Е.А., Миронов А.Ю. Микробиоценоз кишечника и иммунный статус у детей младшего школьного возраста // Клиническая лабораторная диагностика. 2013;1:49-51.
18. ВОЗ. Список бактерий, для борьбы с которыми требуется создание новых антибиотиков [Электронный ресурс]. Режим доступа: http://www.who.int/ru/news-room/detail/27-02-2017-who-publish-es-list-of-bacteria-for-witch-new-antibiotics-are-urgently -needed.
REFERENCES
1. Jensen B. H., Olsen K. E. P., Struve C., Krogfelt K. A., Petersen A. M. Epidemiology and clinical manifestations of enteroaggregative Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 2014: 27; 614-30. Available at: doi: 10.1128/CMR.00112-13.
2. Gomes T.A.T., Elias W. P., Scaletsky I. C.A., Guth B. E.C., Rodrigues J. F., Piazza R. M.F. et al. Diarrheagenic Escherichia coli. Brazilian J. Microbiol. 2016; 47: 3-30. Available at: doi:10.1016/j. bjm.2016.10.015.
3. Gomez-Duarte O. Acute diarrheal disease caused by entero-pathogenic Escherichia coli in Colombia. Rev. Chil. Infec-tol. 2014; 31(5):577-86. Available at: doi: 10.4067/S0716-10182014000500010.
4. Bondareva A.V., Gorelov A.V., Podkolzin A.T., Nikolaeva T.A., Бондарева А.В. The role of pathogenic Escherichia in the etiologi-cal structure of acute intestinal infections in children at the present stage. Infektsionnye bolezni. 2012;10 (1): 61. (in Russian)
5. Makarova М.А., Suzhaeva L.V., Kaftyreva L.A. Young children with intestinal dysbiosis as carriers of enteroaggregative Escherichia coli. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii I immunobiologii. 2017;4: 54-8. (in Russian)
6. Podkolzin A.T., Mukhina A.A., Shipulin G.A., Kuzmina V.N., Braslavskaya S.I., Malev V.V. et al. Study of the etiology of acute intestinal infections in children hospitalized in infectious diseases departments of Moscow hospitals. Infektsionnye bolezni. 2004; 2 (4): 85-91. (in Russian)
7. Sokolova E.D., Galtaeva A.M., Zamuriy O.Yu., Didichenko O.V., Mokolova Yu.V., Muratova V.A. et al. Polymerase chain reaction in the diagnosis of acute intestinal infections in the children's infectious diseases hospital: opportunities and problems. Infektsiya I immunitet. 2016; 6 (3): 225-31. (in Russian)
8. Huang D.B., Nataro J.P., DuPont H.L. Enteroaggregative Escherichia coli is a cause of acute diarrheal illness: a meta-analysis. Clin. Infect. Dis. 2006; 43: 556-63. Available at: doi: 10.1086/505869.
9. Pabalan N., Singian E., Jarjanazi H., Steiner TS Enteroaggregative Escherichia coli and acute diarrhea in children: a meta-analysis of South Asian populations. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2013; 32: 597-607. Available at: 10.1007/s10096-012-1779-3.
10. Lima I.F.N., Boisen N., Quetz J.S., Havt A., Carvalho E., Soares A.M. et al. Prevalence of enteroaggregative Escherichia coli and
МИКРОБИОЛОГИЯ
its virulence-related genes in a case-control study among children from north-eastern Brazil. Med. Microbiol. 2013; 62: 683-93. Available at: doi:10.1099/jmm.0.054262-0.
11. Chervinets V. M., Chervinets Yu. V., Mikhailova E. S., Samoukina A. M.., Belyaeva E. A., Mironov A. Yu. The intestinal microbiota and immune status in children of primary school age. Klinicheskaya LaboratornayaDiagnostika. 2013. - No. 1.: 49-51. (in Russian)
12. Nataro J.P., Kaper J.B. Diarrheagenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 1998; 11 (1):142 - 201. Available at: doi: 10.1128/ CMR.11.1.142
13. Mariani-Kurkdjian P., Bingen E. Escherichia coli 0104:H4: a hybrid pathogen. Arch. Pediatr. 2012; 3: 97-100. Available at: doi: 10.1016/S0929-693X(12)71281-2.
14. Herzog K., Engeler Dusel J., Hugentobler M. Diarrheagenic enteroaggregative Escherichia coli causing urinary tract infection and bacteremia leading to sepsis. Infect. 2014; 42: 441-444. Available at: 10.1007/s15010-013-0569-x.
15. Nazemi A., Mirinargasi M., Merikhi N., Sharifi S.H. Distribution of pathogenic genes aatA, aap, aggR, among uropathogenic Escherichia coli (UPEC) and their linkage with stbA gene. Indian J Microbiol. 2011;51:355-358. Available at: doi:10.1007/s12088-011-0175-5.
16. Etefia E.U, Ben S.A. Virulence markers, phylogenetic evolution, and molecular techniques of uropathogenic Escherichia coli. J Nat Sci Med. 2020;3:13-22. Available at:http://www.jnsmonline.org/ text.asp?2020/3/1/13/269240.
17. Sarowska J., Futoma-Koloch B., Jama-Kmiecik A., Frej-Madrzak M., Ksiazczyk M., Bugla-Ploskonska G. et al. Virulence factors, prevalence and potential transmission of extraintestinal pathogenic Escherichia coli isolated from different sources: recent reports. Gut Pathog. 2019; 11:10. Available at: doi:10.1186/s13099-019-0290-0.
18. WHO published list of bacteria for which new antibiotics are urgently needed. News Release 27.02.2017. Available at: https:// www.who.int/news-room/detail/27-02-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-which-new-antibiotics-are-urgently-needed
19. Chattaway M. A., Jenkins C., Ciesielczuk H., Day M., DoNascimento V., Day M. et al. Evidence of evolving extraintestinal enteroaggregative Escherichia coli ST38 clone. Emerging infectious diseases. 2014; 20(11): 1935-7. https://doi.org/10.3201/ eid2011.131845.
Поступила 04.10.20 Принята к печати 27.10.20
