Научная статья на тему 'ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ БРУЦЕЛЛ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ВАРИАБЕЛЬНОСТИ VNTR-ЛОКУСОВ'

ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ БРУЦЕЛЛ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ВАРИАБЕЛЬНОСТИ VNTR-ЛОКУСОВ Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

CC BY
0
0
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
Brucella / MLVA / ПЦР / филогенетический анализ / тандемные повторы / бруцеллез / Brucella / MLVA / PCR / phylogenetic analysis / tandem repeats / brucellosis

Аннотация научной статьи по биологическим наукам, автор научной работы — Елизавета Алексеевна Анисимова, Екатерина Алексеевна Додонова, Динис Анатолиевич Миргазов, Ленар Ильгизарович Зайнуллин, Константин Анатольевич Осянин

Цель исследования оценка эффективности применения разработанного протокола проведения MLVA для дифференциации штаммов возбудителя бруцеллеза. Данный протокол включает в себя анализ 15 VNTR-локусов с использованием модифицированных MLVA-праймеров. Для in vitro апробации предложенной MLVA схемы использовали выделенную нами ранее ДНК штаммов B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L, B melitensis 1565. MLVA проводили методом ПЦР с последующим разделением ампликонов в агарозном геле. Положительная амплификация наблюдалась для 10 из 15 VNTR-локусов, а именно Bru6, Bru7, Bru9, Bru16 и Bru18, Bru19, Bru21, Bru30, Bru43 и Bru45. Молекулярный размер данных локусов для референтных штаммов B. canis RM 6/66 и B. suis 1330 подтвердили in silico. Также представлены результаты MLVA для штаммов, представленных в базе данных GenBank. Путем поисковых запросов баз данных ресурсов NCBI нами были получены геномные последовательности 49 штаммов бруцелл видов B. canis, B. suis, B. aborus, B melitensis. C помощью биоинформационного анализа для данных штаммов определили молекулярную массу каждого из десяти VNTR-локуса и количество повторов в нем. По результатам проведенного MLVA построили дендрограмму. На основании филогенетического анализа последовательностей десяти вариабельных локусов установлено, что большинство исследуемых штаммов бруцелл распределились на дендрограмме в соответствии с их таксономическим положением. Таким образом заключили, что предложенный нами MLVA-протокол имеет потенциал использования для дифференциации штаммов бруцелл.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биологическим наукам , автор научной работы — Елизавета Алексеевна Анисимова, Екатерина Алексеевна Додонова, Динис Анатолиевич Миргазов, Ленар Ильгизарович Зайнуллин, Константин Анатольевич Осянин

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

BRUCELLA STRAINS DIFFERENTIATION BASED ON VNTR LOCI VARIABILITY ANALYSIS

The purpose of the study is to evaluate the effectiveness of using the developed MLVA protocol for differentiating strains of the causative agent of brucellosis. This protocol includes the analysis of 15 VNTR loci using modified MLVA primers. For in vitro testing of the proposed MLVA scheme, we used previously isolated DNA from strains B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L, B melitensis 1565. MLVA was carried out by PCR followed by separation of amplicons in an agarose gel. Positive amplification was observed for 10 of the 15 VNtR loci, namely Bru6, Bru7, Bru9, Bru16 and Bru18, Bru19, Bru21, Bru30, Bru43 and Bru45. The molecular size of these loci for the reference strains B. canis RM 6/66 and B. suis 1330 was confirmed in silico. MLVA results for strains represented in the GenBank database are also presented. By searching the NCBI resource databases, we obtained the genomic sequences of 49 Brucella strains of the species B. canis, B. suis, B. aborus, and B melitensis. Using bioinformatic analysis, the molecular weight of each of the ten VNTR loci and the number of repeats in it were determined for these strains. Based on the results of the MLVA, a dendrogram was constructed. Based on a phylogenetic analysis of the sequences of ten variable loci, it was established that the majority of the studied Brucella strains were distributed on the dendrogram in accordance with their taxonomic position. Thus, we concluded that our proposed MLVA protocol has the potential to be used for the differentiation of Brucella strains.

Текст научной работы на тему «ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ БРУЦЕЛЛ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ВАРИАБЕЛЬНОСТИ VNTR-ЛОКУСОВ»

Научная статья/Research Article УДК 579.62

DOI: 10.36718/1819-4036-2024-4-53-60

Елизавета Алексеевна Анисимова1 в, Екатерина Алексеевна Додонова2, Динис Анатолиевич Миргазов3, Ленар Ильгизарович Зайнуллин4, Константин Анатольевич Осянин5

^^Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности, Казань, Россия

1elizaveta-real@mail.ru

2dodonovaekaterina82@gmail.com

3mirgazov.96@mail.ru

4lenarilgizayn@mail.ru

5kostja-2003@yandex.ru

ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ БРУЦЕЛЛ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ВАРИАБЕЛЬНОСТИ VNTR-ЛОКУСОВ

Цель исследования - оценка эффективности применения разработанного протокола проведения MLVA для дифференциации штаммов возбудителя бруцеллеза. Данный протокол включает в себя анализ 15 VNTR-локусов с использованием модифицированных MLVA-праймеров. Для in vitro апробации предложенной MLVA схемы использовали выделенную нами ранее ДНК штаммов B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L, B melitensis 1565. MLVA проводили методом ПЦР с последующим разделением ампликонов в агарозном геле. Положительная амплификация наблюдалась для 10 из 15 VNTR-локусов, а именно Bru6, Bru7, Bru9, Bru16 и Bru18, Bru19, Bru21, Bru30, Bru43 и Bru45. Молекулярный размер данных локусов для референтных штаммов B. canis RM 6/66 и B. suis 1330 подтвердили in silico. Также представлены результаты MLVA для штаммов, представленных в базе данных GenBank. Путем поисковых запросов баз данных ресурсов NCBI нами были получены геномные последовательности 49 штаммов бруцелл видов B. canis, B. suis, B. aborus, B melitensis. C помощью биоинформационного анализа для данных штаммов определили молекулярную массу каждого из десяти VNTR-локуса и количество повторов в нем. По результатам проведенного MLVA построили дендрограмму. На основании филогенетического анализа последовательностей десяти вариабельных локусов установлено, что большинство исследуемых штаммов бруцелл распределились на дендрограмме в соответствии с их таксономическим положением. Таким образом заключили, что предложенный нами MLVA-протокол имеет потенциал использования для дифференциации штаммов бруцелл.

Ключевые слова: Brucella, MLVA, ПЦР, филогенетический анализ, тандемные повторы, бруцеллез

Для цитирования: Дифференциация штаммов бруцелл на основе анализа вариабельности VNTR-локусов / Е.А. Анисимова [и др.] // Вестник КрасГАУ. 2024. № 4. С. 53-60. DOI: 10.36718/18194036-2024-4-53-60.

© Анисимова Е.А., Додонова Е.А., Миргазов Д.А., Зайнуллин Л.И., Осянин К.А., 2024 Вестник КрасГАУ. 2024. № 4. С. 53-60. Bulliten KrasSAU. 2024;(4):53-60.

ВестникКрасГАУ. 2024. № 4 (205)

Elizaveta Alekseevna Anisimova,H Ekaterina Alekseevna Dodonova2,

Dinis Anatolyevich Mirgazov3, Lenar Ilgizarovich Zainullin4, Konstantin Anatolyevich Osyanin5

u3'4'5Federal Center for Toxicological, Radiation and Biological Safety, Kazan, Russia

1elizaveta-real@mail.ru

2dodonovaekaterina82@gmail.com

3mirgazov.96@mail.ru

4lenarilgizayn@mail.ru

5kostja-2003@yandex.ru

BRUCELLA STRAINS DIFFERENTIATION BASED ON VNTR LOCI VARIABILITY ANALYSIS

The purpose of the study is to evaluate the effectiveness of using the developed MLVA protocol for differentiating strains of the causative agent of brucellosis. This protocol includes the analysis of 15 VNTR loci using modified MLVA primers. For in vitro testing of the proposed MLVA scheme, we used previously isolated DNA from strains B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L, B melitensis 1565. MLVA was carried out by PCR followed by separation of amplicons in an agarose gel. Positive amplification was observed for 10 of the 15 VNTR loci, namely Bru6, Bru7, Bru9, Bru16 and Bru18, Bru19, Bru21, Bru30, Bru43 and Bru45. The molecular size of these loci for the reference strains B. canis RM 6/66 and B. suis 1330 was confirmed in silico. MLVA results for strains represented in the GenBank database are also presented. By searching the NCBI resource databases, we obtained the genomic sequences of 49 Brucella strains of the species B. canis, B. suis, B. aborus, and B melitensis. Using bioinformatic analysis, the molecular weight of each of the ten VNTR loci and the number of repeats in it were determined for these strains. Based on the results of the MLVA, a dendrogram was constructed. Based on a phylogenetic analysis of the sequences of ten variable loci, it was established that the majority of the studied Brucella strains were distributed on the dendrogram in accordance with their taxonomic position. Thus, we concluded that our proposed MLVA protocol has the potential to be used for the differentiation of Brucella strains.

Keywords: Brucella, MLVA, PCR, phylogenetic analysis, tandem repeats, brucellosis

For citation: Brucella strains differentiation based on VNTR loci variability analysis / E.A. Anisimova [et al.] // Bulliten KrasSAU. 2024;(4): 53-60 (In Russ.). DOI: 10.36718/1819-4036-2024-4-53-60.

Введение. Бруцеллез - опасное заболевание животных и человека, распространенное преимущественно в странах с интенсивным животноводством [1]. К бруцеллезу восприимчивы все виды теплокровных животных, но чаще всего данное заболевание встречается у крупного рогатого скота, свиней, оленей, коз, овец, лошадей и собак. В России эпидемиологическая ситуация по данному заболеванию также характеризуется как достаточно напряженная [2]. В частности, основная часть случаев заболеваемости регистрируется на территориях СевероКавказского, Южного и Сибирского федеральных округов, в которых отмечается самая высокая заболеваемость крупного рогатого скота (более 80 % от общего количества больных животных в РФ) и мелкого рогатого скота (более 90 %) [3]. Эпидемическую ситуацию по бруцеллезу осложняет возможность вспышечной заболеваемости людей данным заболеванием [4]. Для человека наиболее патогенными считаются

виды B. melitensis, B. abortus, B. suis и B. canis, заражение которыми может происходить при непосредственном контакте с инфицированными животными или при употреблении в пищу непастеризованных продуктов животного происхождения [5]. Необходимость применения современных молекулярно-генетических методов для проведения точной идентификации и типи-рования возбудителей бруцеллеза не вызывает сомнений. В частности, для молекулярного ти-пирования возбудителей особо опасных инфекций успешно используется MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis), представляющий собой сравнительный анализ вариабельности областей генома (VNTR-локусов), содержащих тандемные повторы [6]. Что касается бруцелл, данный метод отражает генетический полиморфизм у штаммов Brucella sp. и позволяет не только проводить внутривидовую дифференциацию, но и группировать штаммы возбудителей бруцеллеза в соответствии с их географическим про-

исхождением [7, 8]. Ранее в качестве метода генотипирования бруцелл нами был предложен М^А протокол, включающий в себя анализ 15 УИТК-локусов, содержащих тандемные повторы от 6 до 134 п. н. [9]. Принципиальным отличием данного подхода от других существующих схем исследования геномного полиморфизма бруцелл является использование оригинальной системы УИТК-праймеров, представляющих собой претерпевшие редизайн традиционно применяемые для М^А олигонуклеотидные затравки. Однако отметим, что ранее нами был

выполнен только теоретический подбор прай-меров и необходимых условий ПЦР.

Цель исследования - оценка эффективности применения разработанного протокола проведения MLVA для дифференциации штаммов возбудителя бруцеллеза.

Материалы и методы. В работе использовали данные о геномных последовательностях 49 штаммов бруцелл, представленных в базе данных GenBank (табл. 1). Биоинформационный анализ проводили с помощью программ Vector NTI 9.1 и онлайн-ресурсов NCBI (URL: https://ncbi.gov).

Таблица 1

Использованные в работе штаммы бруцелл из базы данных GenBank

Штамм Географическое происхождение Номер в базе данных GenBank

1 2 3

Brucella canis strain RM6/66 Коллекция (США) CP007758.1, CP007759.1

Brucella canis strain FDAARGOS 420 CP023974.1, CP023973.1

Brucella canis ATCC 23365 CP000872.1, CP000873.1

Brucella canis str. Oliveri HG803175.1, HG803176.1

Brucella canis strain 2010009751 США (Массачусетс) CP016977.1, CP016978.1

Brucella canis strain 2009013648 США (Аризона) CP016975.1, CP016976.1

Brucella canis strain 2009004498 США (Луизиана) CP016973.1, CP016974.1

Brucella canis strain SVA13 Швеция CP007629.1, CP007630.1

Brucella canis HSK A52141 Корея CP003174.1, CP003175.1

Brucella canis strain GB1 Китай CP027643.1, CP027642.1

Brucella suis 1330 Коллекция (США) AE014291.4, AE014292.2

Brucella suis bv. 1 strain CVI_59 Хорватия CP054959.1, CP054960.1

Brucella suis bv. 1 strain CVI 58 CP054961.1, CP054962.1

Brucella suis bv. 1 str. S2 Китай CP006961.1 ,CP006962.1

Brucella suis bv. 2 strain CVI_50 Хорватия CP054963.1, CP054964.1

Brucella suis bv. 2 strain Bs364CITA Португалия CP007697.1, CP007698.1

Brucella suis bv. 2 strain PT09172 CP007693.1, CP007694.1

Brucella suis bv. 3 str. 686 Коллекция (США) CP007719.1, CP007718.1

Brucella suis bv. 3 strain CVI 71 Хорватия CP054957.1, CP054958.1

Brucella suis bv. 4 strain CVI_72 CP054955.1,CP054956.1

Brucella suis bv. 5 strain CVI 73 CP054953.1,CP054954.1

Brucella melitensis bv. 1 str. 16M Коллекция (США) AE008917.1, AE008918.1

Brucella melitensis bv. 2 str. 63/9 CP007789.1, CP007788.1

Brucella melitensis strain 2008724259 США (Калифорния) CP016983.1, CP016984.1

Brucella melitensis strain CIIMS-NV-1 Индия CP029756.1, CP029757.1

Brucella melitensis strain BL Китай CP022875.1, CP022876.1

Brucella melitensis strain B15 CP035795.1, CP035796.1

Brucella melitensis M5-90 CP001851.1, CP001852.1

Brucella melitensis strain CIT21 CP025819.1, CP025820.1

Brucella melitensis strain C-573 Россия (Ставрополь) CP019679.1, CP019680.1

Brucella melitensis BwIM SYR 04 Сирия CP018512.1, CP018513.1

Brucella melitensis BwIM_SYR_26 CP018526.1, CP018527.1

Brucella melitensis BwIM_IRN_28 Иран CP018484.1, CP018485.1

Вестни^КрасГЯУ 2024. № 4 (205)

Окончание табл. 1

1 2 3

Brucella melitensis BwIM_IRQ_32 Ирак CP018490.1, CP018491.1

Brucella melitensis BwIM_TUR_38 Турция CP018552.1, CP018553.1

Brucella melitensis BwIM ITA 55 Италия CP018496.1, CP018497.1

Brucella abortus 2308 Коллекция (США) AM040264.1, AM040265.1

Brucella abortus biovar 1 str. 9-941 AE017223.1, AE017224.1

Brucella abortus bv. 2 str. 86/8/59 CP007765.1, CP007764.1

Brucella abortus bv. 6 str. 870 CP007709.1, CP007710.1

Brucella abortus 104M Китай CP009625.1, CP009626.1

Brucella abortus strain clpP CP044338.1, CP044339.1

Brucella abortus strain MC CP022879.1, CP022880.1

Brucella abortus strain CIIMS-NV-4 Индия CP025743.1, CP025744.1

Brucella abortus strain IVRI95 CP034695.1, CP034696.1

Brucella abortus strain 69841 Италия CP098117.1, CP098118.1

Brucella abortus strain 24157 CP098085.1, CP098086.1

Brucella abortus A13334 Южная Корея CP003176.1, CP003177.1

Brucella abortus strain 68 Украина (Луганск) CP066175.1, CP066176.1

Множественное выравнивание выполнили с использованием алгоритма MUSCLE в программе Mega 11. Филогенетический анализ осуществляли методом попарного невзвешенного кла-стирования с арифметическим усреднением (UPGMA). Для оценки достоверности филогенетических связей использовали многократную генерацию методом Bootstrap для 1000 независимых построений каждого филогенетического дерева.

Для постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР) использовали выделенную нами ранее ДНК штаммов B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L и B melitensis 1565 [10, 11]. Амплификацию VNTR-локусов проводили согласно протоколу, представленному в работе Хаммадо-ва с соавт. [9]. Полученные ПЦР-продукты разделяли электрофорезом в 1,5 % агарозном геле с последующей окраской бромистым этидием. Визуализацию проводили с помощью UV-

Характеристика VNTR-локусов

трансиллюминатора. Размер полученных фрагментов определяли с использованием программы «Gel Analyzer» путем сравнения фрагмента с маркером молекулярной массы ДНК «100 + bp DNA Ladder» (ЗАО «Евроген», Москва).

Результаты и их обсуждение. В рамках текущего исследования провели апробацию разработанного нами ранее MLVA-подхода с использованием ДНК бактерий B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L и B. melitensis 1565, а также нуклеотидных последовательностей бру-целл, представленных в базе данных GenBank. На первом этапе работы определили размеры получаемых VNTR-локусов штаммов B. canis RM 6/66, B. suis 1330, B. suis 183-L и B. melitensis 1565 с помощью ПЦР и последующего электрофореза. Результаты проведенного мо-лекулярно-генетического анализа представлены в таблице 2.

Таблица 2

¡следуемых штаммов бруцелл

Локус Молекулярный размер локуса, п.н.

B. canis RM 6/66 B. suis 1330 B. suis 183-L B. melitensis 1565

1 2 3 4 4

Bru4 - - - -

Bru6 273 273 273 273

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

Bru7 165 165 165 157

Bru8 - - - -

Bru9 160 144 160 152

Bru10 - - - -

Окончание табл. 2

1 2 3 4 5

Bru11 - - - -

Bru16 168 168 160 152

Bru18 146 138 166 138

Bru19 170 164 184 178

Bru21 175 175 159 167

Bru30 129 129 121 185

Bru43 163 163 151 175

Bru43 188 188 134 152

Поскольку амплификация локусов Bru4, Bru8, Bru10, Bru11 и Bru55 для используемых штаммов была отрицательной, данные локусы были исключены из дальнейшей работы. Штаммы B. canis RM 6/66 и B. suis 1330 использовали в качестве референтных. Геном данных бактерий полностью секвенирован и представлен в базе данных GenBank, поэтому для B. canis RM 6/66 и B. suis 1330 с помощью биоинформационного анализа подтвердили размер оставшихся в работе десяти VNTR-локусов, после чего путем экстраполяции также определили точный молекулярный размер данных локусов для штаммов B. suis 183-L и B. melitensis 1565.

На следующем этапе работы провели MLVA для 49 штаммов бруцелл, представленных в базе данных GenBank (см. табл. 1). Для этого с помощью программы Vector NTI 9.1 нуклеотид-ные последовательности I и II хромосом бруцелл ограничили разработанными для аплифи-кации VNTR-локусов праймерами, после чего определили молекулярный размер соответствующего VNTR-локуса и количество повторов в нем. Далее построили дендрограмму, представленную на рисунке.

Установили, что штаммы B. canis распределились на дендрограмме по трем близкородственным кластерам, два из которых являются общими с представителями вида B. suis. В частности, самый большой кластер сформирован штаммами B. canis и B. suis (I, IV биовара), располагающимися на соседних ветках, но выходящими из разных узлов. Штамм B. canis GB1, в свою очередь, сгруппировался вместе с кладой, состоящей из двух штаммов B. suis III биовара. Данный факт свидетельствует о генетическом родстве видов B. canis и B. suis, что находит

подтверждение в исследованиях отечественных и зарубежных авторов [8, 11, 12]. Что касается остальных использованных штаммов B. suis, представители II биовара данного вида сгруппировались на дендрограмме в виде клады и близкородственной к ней ветви филогенетического древа. Обособленное положение также занял штамм B. suis V биовара, что согласуется с данными литературы о таксономии бруцелл [8]. Также родственную, но удаленную от других штаммов B. suis ветвь образует штамм B. suis 183-L, использованный в исследовании для апробации MLVA-подхода.

Другой тест-штамм - B. melitensis 1565 -сгруппировался в отдельную кладу с референтным штаммом B. melitensis 16М. Штаммы B. melitensis из базы данных GenBank образуют на дендрограмме три общих c представителями вида B. abortus кластера и группируются согласно их видовой принадлежности. В частности, штаммы B. abortus А13334, 68, IVRI95, 69841, 9-941 и CIIMS-NV-4 объединены в одну подгруппу внутри самого большого кластера, остальная часть которого представлена штаммами B. melitensis различного географического происхождения.

Штаммы B. abortus 86/8/59 и 104М образуют самостоятельную кладу, выходящую из общего узла со штаммами B. melitensis b1 5, M5-90, Bwl V IRQ 32. Аналогичным образом в другом кластере расположились штаммы B. abortus 870 и МС. Отдельно расположился кластер, сформированный коллекционным штаммом B. abortus 2308 и кладой, представленной изолятами из Китая (B. abortus clP) и Италии (B. abortus 24157).

Дендрограмма, иллюстрирующая кластеризацию исследованных штаммов бруцелл на основании проведенного MLVA-анализа (черными кругами обозначены штаммы, для которых VNTR-профиль определен in vitro; белыми - референтные штаммы)

Заключение. Проведенный по десяти вариабельным локусам MLVA-анализ позволяет систематизировать большинство использованных из базы данных GenBank штаммов бруцелл в соответствии с их таксономическим положением. Из чего можно сделать вывод, что данный подход к MLVA-типированию может быть использован для дифференциации представителей рода Brucella при проведении эпизоотоло-гических расследований вспышек бруцеллеза.

Список источников

1. Анализ заболеваемости людей бруцеллезом и молекулярно-биологическая характеристика изолятов Brucella melitensis на длительно неблагополучных по бруцеллезу территориях юга европейской части России / А.А. Хачатурова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиоло-

гии. 2022. 99(1). С. 63-74. DOI: 10.36233/ 0372-9311-185.

2. Салмаков К.М., Косарев М.А. Совершенствование системы специфической профилактики бруцеллеза крупного рогатого скота с применением вакцины из штамма B. abortus 82 и препарата из штамма B. abortus R-1096 // Ветеринария. 2023. № 8. С. 9-13. DOI: 10.30896/0042-4846.2023.26.8.09-13.

3. Прошлое, настоящее, перспективы и проблемы совершенствования специфической профилактики бруцеллеза / В.А. Коршенко [и др.] // Медицинский вестник Юга России. 2021.№ 12 (3). С. 12-21. DOI: 10.21886/ 2219-8075-2021-12-3-12-21.

4. Анализ заболеваемости бруцеллезом и мо-лекулярно-генетическая характеристика популяции бруцелл на территории Российской Федерации / Д.Г. Пономаренко [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2023. № 2.

С. 61-74. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-261-74.

5. In vitro antimicrobial susceptibility testing of human Brucella melitensis isolates from Qatar between 2014-2015 / A. Deshmukh [et al.] // BMC Microbiol. 2015. № 15 (121). DOI: 10.1186/s12866-015-0458-9.

6. Дифференциация штаммов Bacillus anthra-cis методом анализа температур плавления продуктов ПЦР, полученных после амплификации VNTR локусов / Н.А. Фахрутдинов [и др.] // Ветеринарный врач. 2023. № 2. С. 41-46. DOI: 10.33632/1998-698X_2023_ 2_41.

7. Изучение генетического разнообразия штаммов бруцелл, выделенных в СевероКавказском федеральном округе / И.В. Кузнецова [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 3. C. 58-62. DOI: 10.21055/0370-1069-2017-3-58-62.

8. Кулаков Ю.К., Цирельсон Л.Е., Желудков М.М. Молекулярно-генетическая характеристика изолятов бруцелл, выделенных от собак и оленей в различных регионах России // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2012. № 4. С. 2833. DOI: 10.3103/S0891416812040052.

9. Маркерные локусы генома бруцелл для дифференциальной ПЦР индикации патогенных штаммов / Н.И. Хаммадов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2018. № 3. С. 88-93. DOI: 10.21055/0370-10692018-3-88-93.

10. Использование кривых плавления амплико-нов VNTR-локусов для идентификации бруцелл / Е.А. Анисимова [и др.] // Перспективы развития современной ветеринарной науки: сб. науч. тр. по итогам Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием, посвящ. 55-летию Прикаспийского зонального научно-исследовательского ветеринар. ин-та - филиала ФГБНУ «ФАНЦ РД» (22-23 сентября 2022 г.). Махачкала: Алеф, 2022. С. 22-26.

11. Применение HRM-анализа кривых плавления, полученных после амплификации VNTR-локусов, для идентификации и дифференциации штаммов бруцелл / Е.А. Анисимова [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. 2023. № 4. С. 42-49. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-4-42-49.

12. Genetic and Phenotypic Characterization of the Etiological Agent of Canine Orchiepididymitis Smooth Brucella sp. BCCN84.3 /

C. Guzman-Verri [et al.] // Front. Vet. Sci. 2019. № 6 (175). DOI: 10.3389/fvets.2019.00175.

References

1. Analiz zabolevaemosti lyudej brucellezom i molekulyarno-biologicheskaya harakteristika izolyatov Brucella melitensis na dlitel'no nebla-gopoluchnyh po brucellezu territoriyah yuga evropejskoj chasti Rossii / A.A. Hachaturova [i dr.] // Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2022. 99(1). S. 63-74. DOI: 10.36233/ 0372-9311-185.

2. Salmakov K.M., Kosarev M.A. Sovershenst-vovanie sistemy specificheskoj profilaktiki bru-celleza krupnogo rogatogo skota s primene-niem vakciny iz shtamma B. abortus 82 i preparata iz shtamma B. abortus R-1096 // Veterinariya. 2023. № 8. S. 9-13. DOI: 10.30896/0042-4846.2023.26.8.09-13.

3. Proshloe, nastoyaschee, perspektivy i prob-lemy sovershenstvovaniya specificheskoj profilaktiki brucelleza / V.A. Korshenko [i dr.] // Medicinskij vestnik Yuga Rossii. 2021.№ 12 (3). S. 12-21. DOI: 10.21886/2219-8075-2021-123-12-21.

4. Analiz zabolevaemosti brucellezom i moleku-lyarno-geneticheskaya harakteristika populyacii brucell na territorii Rossijskoj Federacii /

D.G. Ponomarenko [i dr.] // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2023. № 2. S. 61-74. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-2-61-74.

5. In vitro antimicrobial susceptibility testing of human Brucella melitensis isolates from Qatar between 2014-2015 / A. Deshmukh [et al.] // BMC Microbiol. 2015. № 15 (121). DOI: 10.1186/s12866-015-0458-9.

6. Differenciaciya shtammov Bacillus anthracis metodom analiza temperatur plavleniya pro-duktov PCR, poluchennyh posle amplifikacii VNTR lokusov / N.A. Fahrutdinov [i dr.] // Veterinarnyj vrach. 2023. № 2. S. 41-46. DOI: 10.33632/1998-698X_2023_2_41.

7. Izuchenie geneticheskogo raznoobraziya shtammov brucell, vydelennyh v Severo-Kavkazskom federal'nom okruge / I.V. Kuzne-cova [i dr.] // Problemy osobo opasnyh infekcij.

2017. № 3. C. 58-62. DOI: 10.21055/03701069-2017-3-58-62.

8. Kulakov Yu.K., Cirel'son L.E., Zheludkov M.M. Molekulyarno-geneticheskaya harakteristika izolyatov brucell, vydelennyh ot sobak i olenej v razlichnyh regionah Rossii // Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. 2012. № 4. S. 28-33. DOI: 10.3103/S089141681 2040052.

9. Markernye lokusy genoma brucell dlya diffe-rencial'noj PCR indikacii patogennyh shtam-mov / N.I. Hammadov [i dr.] // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2018. № 3. S. 88-93. DOI: 10.21055/0370-1069-2018-3-88-93.

10. Ispol'zovanie krivyh plavleniya amplikonov VNTR-lokusov dlya identifikacii brucell / E.A. Anisimova [i dr.] // Perspektivy razvitiya sovremennoj veterinarnoj nauki: sb. nauch. tr.

po itogam Vseros. nauch.-prakt. konf. s mezhdunar. uchastiem, posvyasch. 55-letiyu Prikaspijskogo zonal'nogo nauchno-issledova-tel'skogo veterinar. in-ta - filiala FGBNU «FANC RD» (22-23 sentyabrya 2022 g.). Mahachkala: Alef, 2022. S. 22-26.

11. Primenenie HRM-analiza krivyh plavleniya, poluchennyh posle amplifikacii VNTR-lokusov, dlya identifikacii i differenciacii shtammov brucell / E.A. Anisimova [i dr.] // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2023. № 4. S. 42-49. DOI: 10.21055/0370-1069-2023-4-42-49.

12. Genetic and Phenotypic Characterization of the Etiological Agent of Canine Orchiepididymitis Smooth Brucella sp. BCCN84.3 / C. Guzman-Verri [et al.] // Front. Vet. Sci. 2019. № 6 (175). DOI: 10.3389/fvets.2019.00175.

Статья принята к публикации 20.11.2023 / The article accepted for publication 20.11.2023. Информация об авторах:

Елизавета Алексеевна Анисимова1, исполняющая обязанности старшего научного сотрудника лаборатории генотипирования и паспортизации штаммов, кандидат биологических наук Екатерина Алексеевна Додонова2, младший научный сотрудник лаборатории генотипирования и паспортизации штаммов

Динис Анатолиевич Миргазов3, младший научный сотрудник лаборатории генотипирования и паспортизации штаммов

Ленар Ильгизарович Зайнуллин4, ведущий научный сотрудник лаборатории генотипирования и паспортизации штаммов, кандидат биологических наук

Константин Анатольевич Осянин5, ведущий научный сотрудник лаборатории генотипирования и паспортизации штаммов, кандидат биологических наук

Information about the authors:

Elizaveta Alekseevna Anisimova1, Acting Senior Researcher at the Laboratory of Genotyping and Strain Certification, Candidate of Biological Sciences

Ekaterina Alekseevna Dodonova2, Junior Researcher, Laboratory of Genotyping and Strain Certification Dinis Anatolyevich Mirgazov3, Junior Researcher, Laboratory of Genotyping and Strain Certification Lenar Ilgizarovich Zainullin4, Leading Researcher at the Laboratory of Genotyping and Strain Certification, Candidate of Biological Sciences

Konstantin Anatolyevich Osyanin5, Leading Researcher at the Laboratory of Genotyping and Strain Certification, Candidate of Biological Sciences

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.