CC BY
1BIOINFORMATIKA MA'LUMOT BAZALARI. ENA HAQIDA
VA TUZILISHI
1Esonqulov Kamol, 2Yo'ldashev Fazliddin, 3Misirov Humoyun, 4Rasulova Sayyora
1,2,3,4Denov tadbirkorlik va pedagogika instituti. Aniq va tabbiy fanlar fakulteti talabasi https://doi.org/10.5281/zenodo.11115197
Anotatsiya. Evropa nukleotidlar arxivi (ENA) ketma-ketlik ma'lumotlarini boshqarish, almashish, integratsiya qilish, arxivlash va tarqatish uchun ochiq, qo'llab-quvvatlanadigan platformadir ENA sequence ma'lumotlar dunyodagi davlat-domen chiqish saqlab global keng qamrovli ma'lumotlar resurs, ham o'z ichiga oladi va vositalari va xizmatlar boyportfeli sequence ma'lumotlar boshqaruvini qo'llab-quvvatlash uchun.
Kalit so'zlar: qidirmoq malumotlar bazasi, qullab-quvvatlash, Interaktiv taqdimotlar, Transkriptom yig'ilishi.
Abstract. The European nucleotide archive (ENA) is an open, supported platform for managing, sharing, integrating, archiving and disseminating sequence data ENA sequence data to include both a global comprehensive data resource that maintains the world's public-domain output and a rich portfolio of tools and services to support sequence data management.
Keywords: search database, bondage, interactive presentations, transcriptome Assembly.
Аннотация. Европейский нуклеотидный архив (ENA)-это открытая поддерживаемая платформа для управления, обмена, интеграции, архивирования и распространения информации о последовательностях ENA секвенирование данных глобальный всеобъемлющий ресурс данных, который поддерживает выход из публичного домена по всему миру и богатый портфель инструментов и услуг для поддержки управления данными секвенирования.
Ключевые слова: искать база данных, поддержка, интерактивные презентации, сборка стенограммы.
ENA tarkibi. Evropa nukleotidlar arxivi (ENA) nukleotidlar ketma-ketligiga asoslangan eksperimental ish oqimlari bilan bog'liq ma'lumotlarni oladi va taqdim etadi. Oddiy ish jarayoni ketma-ketlik uchun materialni ajratish va tayyorlashni, ketma-ketlik ma'lumotlari ishlab chiqariladigan sekvensiya mashinasining ishlashini va keyingi bioinformatik tahlil quvurini o'z ichiga oladi. ENA ushbu ma'lumotni kirish ma'lumotlarini (namuna, eksperimental sozlash, mashina konfiguratsiyasi), chiqish mashinasi ma'lumotlarini (ketma-ketlik izlari, o'qish va sifat ko'rsatkichlari) va talqin qilingan ma'lumotni (yig'ish, xaritalash, funktsional izoh) o'z ichiga olgan ma'lumotlar modelida qayd etadi.
Ma'lumotlar ENA ga turli manbalardan keladi. Bularga xom ma'lumotlarni taqdim etish, yig'ilgan ketma-ketliklar va kichik miqyosdagi ketma-ketlik harakatlarining izohlari, yirik Evropa ketma-ketlik markazlaridan ma'lumotlar bilan ta'minlash va Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi hamkorlik ( INSDC ) bo'yicha hamkorlarimiz bilan muntazam va keng qamrovli almashinuv kiradi.
ENA yoki uning INSDC hamkorlariga nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlarini taqdim etish tadqiqot natijalarini ilmiy jamoatchilikka tarqatishda markaziy va majburiy qadam bo'ldi. ENA ushbu tamoyillarga muvofiqligini ta'minlash va nashr etilgan adabiyotlar bilan uzluksiz
ishlaydigan maqbul taqdim etish tizimlari va ma'lumotlarga kirish vositalarini ta'minlash uchun ilmiy adabiyotlar nashriyotlari va moliyalash organlari bilan ishlaydi.
ENA uch bosqichga bo'lingan: o'qishlar, yig'ilishlar va izohlar.
ir>; CMU lei SatMncrg irwtvxk
Wvw Ginon* Shoigji corttg Ml
IvncffkiTv Mvitltr corAg mh
Ass«riWttl ScAtd ««JJBrCM
>•> juemtm) crrjmotcmr» inouirig nffrtin ptawrck at] vn jegnww
Scqjffti TfjcrR uporteo is Wnj cnttn-coring ngm
Jfljjrxr >rc wportcd 48 ttrrsmflng non* preMfvoodng gni
ENA darajalaridan olingan ma'lumotlar domenlarga ajratilgan. Ta'riflar va misol yozuvlari bilan ENA ma'lumotlar domenlarining to'liq ro'yxati uchun bu yerga qarang .
ENA deyarli 30 yillik tarixga ega bo'lsa-da, ma'lumotlar va xizmatlar doimiy ravishda o'sib borayotgan ma'lumotlar hajmini aks ettirish uchun o'zgarib turadi, ketma-ketlik texnologiyasi tobora takomillashib bormoqda va endi ketma-ketlik qo'llaniladigan ilovalar kengaymoqda. Xizmatlarga oid so'nggi o'zgarishlar va o'zgarishlar bu yerda e'lon qilinadi va foydalanuvchilar ENA pochta ro'yxatiga qo'shilishga da'vat etiladi en-announce .
Nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlariga kirish va ulardan foydalanish imkoniyatlarini yaxshilash bo'yicha global sa'y-harakatlarning bir qismi sifatida biz xizmatlar va texnologiyalarimizni ishlab chiqishda hamda standartlar bo'yicha faoliyatda keng hamkorlik
qilamiz.
■.............
European Nucleotide Vchh
I ~ — — —
ENA-Yevropa nukleotid bazasi asosiy oynasi..
-Malumot yuklash ;
-Malumotlarni qidirish;
-Qonun qoidalar;
-Qullab quvvatlash;
Asosiy oynada mana shu bo'limlar joylashgan.
ENA-malumotlarni yuborish bo'lim oynasi.
ENA ma'lumotlarini topshirish bo'yicha umumiy qo'llanma
Yevropa nukleotidlar arxivini topshirish bo'yicha umumiy qo'llanmaga xush kelibsiz. Iltimos, bir oz vaqt ajrating va taqdimotni boshlashdan oldin ushbu kirishni ko'rib chiqing va mavjud variantlarni ko'rib chiqing.
ENA uchta yo'nalish orqali topshirishga imkon beradi, ularning har biri turli xil taqdim etish turlariga mos keladi. Ma'lumotlaringizni yuborish jarayonida sizdan bir nechtasini ishlatish talab qilinishi mumkin:
• Interaktiv taqdimotlar veb-shakllarni to'g'ridan-to'g'ri brauzeringizda to'ldirish va off-layn to'ldirilishi va ENA-ga yuklanishi mumkin bo'lgan andoza elektron jadvallarini yuklab olish orqali yakunlanadi. Bu ko'pincha eng qulay yuborish yo'lidir.
• Buyruqlar qatoriga yuborilgan xabarlar bizning Webin-CLI dasturimizdan foydalanadi. Bu sizning topshiriqlaringizni yakunlashdan oldin to'liq tasdiqlaydi va jarayonni maksimal darajada nazorat qilish imkonini beradi.
• Dasturiy topshiriqlar sizning taqdimotlaringizni XML hujjatlari sifatida tayyorlash va ularni cURL kabi dastur yoki Webin Portal yordamida ENA ga yuborish orqali yakunlanadi .
Quyidagi jadvalda har bir jo'natish yo'li orqali nimani topshirish mumkinligi ko'rsatilgan. Shuningdek, metadata modelimiz bilan tanishishingiz tavsiya etiladi .
Interaktiv Webin-CLI Dasturli
O'qish Y N Y
Namuna Y N Y
Ma'lumotlarni o'qish Y Y Y
N Y N
Transkriptom yig'ilishi N Y N
Shablon ketma-ketligi N Y N
Boshqa tahlillar N N Y
ENA ga topshirishdan oldin ma'lumotlarni taqdim etishning turli xil variantlari bilan tanishib chiqish muhimdir. Ushbu umumiy qo'llanma sizga ma'lumotlarni ENAga qanday topshirish mumkinligini va topshirish jarayonini qanday kuzatib borishni tushunishga yordam beradi.qanday topshirish mumkinligini va topshirish jarayonini qanday kuzatib borishni tushunishga yordam beradi.
Malumotlarni qidiruv bo'limi.
ENA ma'lumotlarini ENA brauzeri yordamida interaktiv va dasturiy tarzda qidirish va olish va vizualizatsiya qilish mumkin. Batafsilroq hujjatlarga havolalar bilan ENA ma'lumotlariga kirish funksiyasi haqida qo'shimcha ma'lumot olish uchun quyidagi bo'limlarga qarang.
ENA^y
Eun.iiwan NucliKitid« Ajrfiiv*
- Bepul mzatin qidirish;
- kengaytirilgan qidiruv;
- O'zaro havolalar
- Ketma ket o'xshashlikni qidirish;
- Ketm a ket versiya arxivi; Bo'limlari joylashgan .
- Qidiru bo'limi-ENA ma'lumotlari bo'ylab bepul matnli qidiruvni amalga oshirish uchun EBI Search- dan foydalanadi .
Qonun qoidalar bo'limi. Bulimga kirish uchun ruyxatdan o'tgan bulishi zarur.
RS komponenti ENA Discovery API kabi RS dan tashqari kashfiyot xizmatlari orqali aniqlash uchun ishlatilishi mumkin boylgan ushbu qoidalarga tegishli foydalanuvchi tomonidan boshqariladigan qoidalar toyplami va foydalanuvchi tomonidan taqdim etilgan metamaylumotlarning barqarorligini qoyllab-quvvatlaydi. Qoidalar tegishli so'rovlar tilida ifodalangan metama'lumotlar filtrlarini va qo'shilishlar ro'yxatini o'z ichiga oladi.
Qoidalarga taalluqli metamaylumotlar foydalanuvchiga qoida asosiga (va/yoki qoidalar toyplamiga) taalluqli qoyshimcha faktlarni va har qanday kelib chiqish va ishonch maylumotlarini tasdiqlash imkonini beruvchi izohlarni oyz ichiga oladi. Qo'shilish/istisno ro'yxatida e'lon qilingan element uchun faktlar tashqi manbalarga havolalar yoki muqobil nomlar bo'shliqlaridagi identifikatorlar bo'lishi mumkin.
RS tomonidan taklif qilinadigan xizmatlar yozish interfeysini o'z ichiga oladi -foydalanuvchilar o'z qoidalarini saqlab qolishi mumkin bo'lgan API. Oxir-oqibat, foydalanuvchilarga ba'zi yordamlar bilan qoidalarni tahrirlash va oldindan tanlangan qoidalardan tanlash imkonini beradigan GUI ishlab chiqilishi mumkin. Ushbu GUI foydalanuvchilarga o'zlari yaratgan qidiruv ifodasini yozib olish imkonini berish orqali paydo bo'layotgan veb ENA kashfiyot interfeysi veb GUI-ga eng mos ravishda kiritilishi mumkin. O'qishga kirish API orqali qo'llab-quvvatlanadi, uning atrofida iste'molchi xizmatlari (masalan, Tag & flag yoki ENA veb-sayti) RS dan tarkibni tortadi.
Qo'llab quvvatlash bo'limi.
ENA ma'lumotlarni muvofiqlashtirish bo'yicha hamkorligimiz chorvachilik genomikasi, dengiz biotexnologiyasi, biologik xilma-xillik, patogenlarni kuzatish va ildiz hujayra biologiyasi kabi sohalarni qamrab olgan hayot fanlarini qamrab oladi. Ushbu hamkorliklar doirasida biz texnologiya, standartlar, ma'lumotlarni tahlil qilish, o'qitish, qo'llab-quvvatlash va veb/API ma'lumotlar portallarini taqdim etish orqali turli xil ma'lumotlar operatsiyalarini qo'llab-quvvatlaydi.
Bog'lanish bo'limi.
Ushbu qo'llab-quvvatlash formasini to'ldirish orqali siz Yevropa nukleotidlar arxivi (ENA) yordam xizmatiga murojaat qilasiz. Iltimos, bu yerda iloji boricha batafsil ma'lumot berganingizga ishonch hosil qiling. Bu sizning so'rovingiz to'g'ri odamga yo'naltirilishini va imkon qadar tezroq javob berishini ta'minlaydi.
ENA xizmatlari haqida ogohlantirishlarni olish uchun ENA-e'lon yuborish ro'yxatiga obuna bo'ling .
Sizga yordam ko'rsatish uchun ba'zi shaxsiy ma'lumotlaringizni qayta ishlashimiz kerak. Maxfiylikeslatmasida biz qanday shaxsiy ma'lumotlarni qayta ishlayotganimiz va ulardan nima maqsadda foydalanayotganimiz ko'rsatilgan.
Ma'lumotlar bazasi : nukleotidlar ketma-ketligi sog'liqni saqlash va atrof-muhit fanlari kabi amaliy sohalarda tobora muhim ahamiyat kasb etayotganligi sababli, ENA biologik tizimlar haqidagi ilmiy tushunchalarni yig'ish mumkin bo'lgan asosga aylandi. Bizning foydalanuvchilarimiz ENA xizmatlari va mazmuniga asoslangan ma'lumotlarni jo'natuvchilar, ketma-ketlikka asoslangan tadqiqotlar uchun ma'lumotlar koordinatorlari, to'g'ridan-to'g'ri ma'lumotlar iste'molchilari va ikkilamchi xizmat ko'rsatuvchi provayderlardan (masalan, UniProt, RNAcentral, EBI Metagenomics, Ensembl, Ensembl Genomes, ArrayExpress) iborat.
REFERENCES
1. Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nuklein kislotalari Res. 2010; 38 :D46-D51
2. Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y. DDBJ keyingi avlod ketma-ketlik ma'lumotlari uchun analitik vositalar bilan yangi arxiv ma'lumotlar bazasini ishga tushirdi. Nuklein. KislotalarRes. 2010; 38 :D33-D38.
3. https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/about
4. https://globalbiodata.org/what-we-do/global-core-biodata-resources/
5. https://www.ebi.ac.uk/
6. https://elixir-europe.org/platforms/data/core-data-resources
