CC BY
6Секция 5 97
корректности. В этом состоит преимущество предлагаемого подхода по сравнению с другими концептуально близкими приемами и методами, моделирующими время.
Исследования, представленное в докладе, показало, что преодоление трудных проблем глобализации времени на основе мировых часов достижимо, если глобальное время рассматривать как сущность, вторичную по отношению к локальным временам элементов системы. Это позволило определить общие требования к инструментам программной поддержки конструирования моделей, учитывающие необходимость оптимизации модельных расчетов на суперкомпьютерах. В качестве перспектив подхода рассматривается разработка унифицированных шаблонов проектирования для достаточно общих методов построения моделей развития.
Библиотека реализации асоциативных вычислений на графических ускорителях cuSTAR: представление данных для задач биоинформатики
Т. В. Снытникова
Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН
Email: snytnikovat@ssd.sscc.ru
DOI: 10.24412/cl-35065-2022-1-01-32
За последние несколько лет обработка генома стала широковостребованной задачей. Различными вариантами обраьотки занимаются как частные лаборатории (от ПЦР-тестов до генитических паспортов), так и научные коллективы. При этом и первые, и вторые обрабатывают большие объемы данных или за счет количества образцов, или за счет длинны этих образцов: от десятков тысяч до нескольких миллиардов нуклеотидов. Заметим, что огромная часть вычислений связана с поиском отдельных нуклеотидов или их последовательностей в большей последовательности или в большом числе последовательностей.
Для этого целесообразно использовать ассоциативные параллельные вычисления. Но ассоциативные архитектуры не представлены на рынке компьютерной техники в отличии от широкодоступных графических ускорителей. Библиотека cuSTAR была работана для реализации ассоциативных вычислинений на графических ускорителях. В данной работе предлагается метод организации данных, позволяющий использовать ассоциативные алгоритмы для решения различных задач, связаных с обработкой генома.
Исследование выполнено в рамках государственного задания ИВМиМГ СОРАН 0251-2021-0005.
Гибридный метод вычисления градиентов и метод расчета ограничителей градиента для повышения точности решения задач аэродинамики на неструктурированных сетках
А. В. Стручков, Р. Н. Жучков, А. С. Козелков
Российский федеральный ядерный центр - Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной физики
Нижегородский государственный технический университет им. Р. Е. Алексеева DOI: 10.24412/cl-35065-2022-1-01-33
В работе рассматривается вопрос расчета градиентов газодинамических величин на неструктурированных сетках в задачах аэродинамики. Используется интерполяционный алгоритм Грина - Гаусса и метод наименьших квадратов с различными весами. Показано, что метод Грина - Гаусса дает хорошую точность на ортогональных сетках, но на неструктурированных сетках данный метод имеет недостаточную точность. В случае метода наименьших квадратов результаты существенно зависят от геометрии ячеек сетки.
