CC BY
15Проблемы медицинской микологии, 2020, Т.22, №3
ОСОБЕННОСТИ РЕЗИСТОМА ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ РОДА SERRATIA Гончаров А.Е.13 , Соломенный А.П.2
'Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург; 2Институт экологии и генетики микроорганизмов - филиал Пермского федерального исследовательского центра УРО РАН, Пермь; 3Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова, Санкт-Петербург, Россия
INTRINSIC RESISTOME OF SERRATIA
Goncharov A.E.13 , Solomennyi A.P.2
institute of Experimental Medicine, St. Petersburg; 2 Institute of Ecology and Genetics of Microorganisms - division of the Perm Federal_Research Center of the Ural Branch of the Russian Academy of Sciences, Perm; 3 North-Western State Medical University named after I.I. Mechnikov, St. Petersburg, Russia
Цель исследования. Представители рода Serratia (главным образом S.marcescens) давно служат объектами пристального внимания медицинских микробиологов, поскольку являются возбудителями инфекции, и множественная лекарственная устойчивость (MDR) выступает критическим фактором. Сегодня интерес привлекают также штаммы, выделенные в природной среде в экстремальных местообитаниях (Filippidou e.a., 2002). В данной работе впервые представлены сравнительные данные относительно структуры одного из генов лекарственных транспортеров SMR-семейства, а именно sugE, экспрессия которого выражается в фенотипе устойчивости к ряду четвертичных аммониевых соединений, используемых в качестве дезинфектантов (Chung, Saier, 2002).
Материалы и методы. Штамм S. marcescens 189 выделен из фекалий новорожденного в перинатальном центре г. Кемерово, штамм S. liquefaciens 72 - из образца обогащенной гуано почвы антарктического о. Токарева (архипелаг Хасу-элл). Геномы обоих штаммов полностью прочтены и депонированы в Genbank (Acc.№№ MQRJ00000000.1, NZ_MQRG00000000.1). Алгоритм BLAST использован для сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей.
Результаты. В последовательности sugE среди серраций прослеживаются выраженные межвидовые различия. Для S. marcescens у клинических штаммов, выделенных в России и Индии, схожесть последовательностей составила 97% при E-value 1 е-145. У S. liquefaciens также нет значимых различий между геном клинических штаммов, выделенным в Антарктике, или еще одним психрофиль-ным штаммом АТСС27592, который способен расти в аноксигенных условиях при низком давлении и рассматривается как модельный микроорганизм, способный к обитанию в условиях, приближенных к марсианским (Schuerger E.A., 2013).
Заключение. Изучение микроэволюции гена sugE способно принести ценную информацию в свете приобретения патогенами экстремальной резистентности.
Работа выполнена в рамках государственного задания НИОКТРАААА-А19-119112290008-4.
ПРОБЛЕМА ГЛОБАЛЬНОГО РАСПРОСТРАНЕНИЯ АНТИБИОТИКОРЕЗИ-СТЕНТНОСТИ НА ПРИМЕРЕ НЕКОТОРЫХ АНТАРКТИЧЕСКИХ ОРНИТОФИЛЬ-НЫХ ЭНТЕРОБАКТЕРИЙ
Гончаров Н.Е.12, Краева Л.А.13, Гончаров А.Е.24
'Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера; 2Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова; 3Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова; 'Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, Россия
THE PROBLEM OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE SPREAD ON THE EXAMPLE OF SOME ANTARCTIC ORNITOPHILIC ENTEROBACTERIA
Goncharov N.E.12, Kraeva LA13 , Goncharov A.E.24
1Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology; 2North-Western State Medical University named after I.I. Mechnikov; 3S.M. Kirov Military Medical Academy; 'Institute of Experimental Medicine, St. Petersburg, Russia
В последнее время ввиду глобальных климатических изменений активно обсуждают интродукцию неиндигенной микробиоты в полярные регионы вследствие деятельности человека и природных процессов (Cowan et al 2011). Одним из векторов межконтинентального переноса микробиоты являются перелетные птицы.
Цель исследования - оценка распространенности антибиотикорезистентно-сти среди энтеробактерий, полученных из орнитогенных местообитаний в ходе 64й Российской Антарктической Экспедиции.
Материалы и методы. В ходе полевых работ в районах российских антарктических станций с декабря 2019 г. по апрель 2020 г. отобраны образцы фекалий снежных буревестников (Pagodroma nivea) и южно-полярных поморников (Catharacta maccormicki), погадки и пр. Было проанализировано 58 образцов. Для получения микроорганизмов целевой группы (Enterobacteria) использовали селективные среды - обогащение с помощью селенитового бульона с последующим высевом на Сальмонелла-Шигелла агар. Дальнейшую видовую идентификацию
полученных изолятов проводили посредством биохимических тестов и методом времяпролетной масс-спектрометрии с помощью системы MALDI Biotyper®. Анти-биотикорезистентность оценивали фенотипически с использованием бактериологического анализатора MicroScan® и тест-панелей Neg Breakpoint Combo Panel Type 44. Дополнительно исследовали наличие интегронов посредством ПЦР с праймерами hep35 и hep36, позволяющими амплифицировать консервативные области генов интеграз intI1, intI2, и intI3 в соответствии с ранее опубликованными протоколами (Nagachinta, Chen, 2009).
Результаты. Выделено 27 изолятов, относящихся к анализируемой группе. Среди них преобладал вид Leclercia adecarboxylata (17 изолятов / 62,96%), также были представлены виды Enterobacter cloacae (5 изолятов / 18,52%) и Lelliottia amnigena (4 изолята / 14,81%), ранее также относившийся к роду Enterobacter. Один изолят (3,70%) не был идентифицирован. Профили лекарственной устойчивости определили для 22 изолятов. Наиболее резистентные изоляты относились к видам Enterobacter cloacae и Lelliottia amnigena и демонстрировали устойчивость к цефалоспоринам третьего поколения, а также к комбинациям пиперациллин / тазобактам, амоксициллин / клавуланат и ампициллин / сульбактам, что может быть показателем продукции бета-лактамаз расширенного спектра. Наличие интегронов подтверждено для трёх представителей L. Adecarboxylata (у изолятов №8, №11 и №14).
Заключение. Высокорезистентные изоляты получены из оазиса Холмы Лар-семанн, испытывающего заметное антропогенное воздействие, и практически не посещаемой людьми части оазиса Бангера, что может свидетельствовать о наличии существенного переноса орнитофильной микробиоты в Антарктике. Представленность полирезистентности к бета-лактамным антибиотикам вкупе с наличием генов интегронных интеграз у энтеробактерий птиц создает предпосылки для дальнейшего распространения лекарственной устойчивости и формированию патогенных фенотипов. Выявили высокую значимость микробиологического мониторинга полярных экосистем как элемента оценки и прогнозирования биологических рисков, связанных с интродукцией аллохтонной микробиоты.
АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТЬ VIM-ПРОДУЦИРУЮЩИХ PSEUDOMONAS AERUGINOSA, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ ПАЦИЕНТОВ ОРТОПЕДИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ
Гордина Е.М., Божкова С.А., Шнейдер О.В., Рукина А.Н., Шабанова В.В.
Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Р.Р. Вредена, Санкт-Петербург, Россия
ANTIBIOTIC RESISTANCE OF VIM-PRODUCING PSEUDOMONAS AERUGINOSA ISOLETED FROM ORTHOPEDIC PATIENTS
Gordina E.M., Bozhkova S.A., Schneider O.V., Rukina A.N., Shabanova V.V.
Vreden National Medical Research Center of Traumatology and Orthopedics, St. Petersburg, Russia
Цель исследования - сравнительный анализ антибиотикорезистентности VIM-штаммов Pseudomonas aeruginosa, выделенных от пациентов с перипротез-ной инфекцией и остеомиелитом.
Материалы и методы. Исследовали тканевые биоптаты, раневое отделяемое, синовиальную жидкость и удаленные металлоконструкции, полученные от пациентов НМИЦ ТО им. Р.Р. Вредена с 2017 по 2019 гг. Идентификацию P. aeruginosa выполняли на панелях Microlatest (Erba Lachema) с помощью iEMS Reader MF (Labsistems). Антибиотикочувствительность изучали в соответствии с требованиями EUCAST (v.7-v.9) и МУК 4.2.1890-04. Для скрининга карбапенем-устойчивых штаммов использовали «CHROMagar KPC» (Франция). Детекцию генов металло-бета-лактамаз осуществляли методом Real-time PCR (CFX96 Touch, BioRAD) с набором «АмплиСенс MDR MBL-FL».
Результаты. Выделено 187 штаммов P. aeruginosa. Фенотипическую резистентность к карбапенемам проявляли 22,5% изолятов (n=42), из которых 19,1% (n=8) продуцировали металло-бета-лактамазы VIM-группы и были устойчивы ко всем тестируемым антибиотикам за исключением колистина. Среди карбапенем-резистентных изолятов без VIM-карбапенемаз доля панрезистентных культур составила 14,7%, резистентных к колистину - 18,5%, к цирофлоксацину и лево-флоксацину - 82,4% и 91,4% соответственно.
Заключение. Изученные патогены, вне зависимости от наличия VIM-карбапенемаз, демонстрировали высокий уровень резистентности к тестируемым антибиотикам. Продукция карбапенемаз связана с ассоциированной устойчивостью к различным классам антибактериальных препаратов. Лечение ортопедической инфекции требует длительного курса комбинированной антибиотикотерапии на стационарном и амбулаторном этапах лечения. Устойчивость к фторхиноло-нам кабапенем-устойчивых изолятов P. aeruginosa затрудняет проведение этио-тропной антибактериальной терапии после выписки из стационара, что существенно ухудшает прогноз лечения.
