Научная статья на тему 'Встречаемость генетических типов и подтипов вируса клещевого энцефалита на территории Новосибирского научного центра'

Встречаемость генетических типов и подтипов вируса клещевого энцефалита на территории Новосибирского научного центра Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

CC BY
236
83
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
ВИРУС КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА / ГЕНОТИПЫ ВКЭ / ПОДТИПЫ СИБИРСКОГО ГЕНОТИПА / TICK-BORNE ENCEPHALITIS / TBEV GENOTYPES / SUBGENOTYPES OF SIBERIAN GENOTYPE

Аннотация научной статьи по фундаментальной медицине, автор научной работы — Ткачев Сергей Евгеньевич, Боргояков Вячеслав Юрьевич, Ливанова Наталья Николаевна, Панов Виктор Васильевич

Проведено выявление РНК вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и генотипирование положительных образцов из клещей рода Ixodes, собранных на территории лесопарковой зоны Новосибирского научного центра и прилегающих территорий в 2007-2010 гг. Показано, что на указанных территориях выявляется преимущественно сибирский (подтипы Заусаев, Васильченко и подтип, неописанный ранее) генотип и, в единичных случаях, дальневосточный и западноевропейский генетические типы ВКЭ.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по фундаментальной медицине , автор научной работы — Ткачев Сергей Евгеньевич, Боргояков Вячеслав Юрьевич, Ливанова Наталья Николаевна, Панов Виктор Васильевич

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

The occurrence of tick-borne encephalitis virus genotypes and subgenotypes on the territory of Novosibirsk scientific center

TBEV RNA detection and positive samples genotyping were performed for Ixodes family ticks on the territory of Novosibirsk scientific center and its suburbs in 2007-2010. It was shown that Siberian genotype (with three subgenotypes) was mainly revealed on these territories and in single cases Far-Eastern and Western genotypes were found.

Текст научной работы на тему «Встречаемость генетических типов и подтипов вируса клещевого энцефалита на территории Новосибирского научного центра»

том, что у детей с общеинфекционным синдромом ИКБ наблюдается увеличение концентрации 1Ъ-1 Яа [1]. В настоящей работе также выявлена статистически значимо более высокая концентрация 1Ъ-1 Яа в группе больных с безэритемной формой ИКБ относительно больных с эритемной формой (табл. 1).

Таким образом, в общей группе больных ИКБ отмечено преобладание провоспалительных цитокинов (1Ь-6, у-ИНФ, а-ФНО) над противовоспалительными (1Ъ-10, 1Ъ-4, 1Ъ-1 Яа). На ранней стадии развития ИКБ, предшествующей появлению специфических анти-боррелиозных антител, наблюдается пониженная концентрация противовоспалительных цитокинов 1Ъ-4 и 1Ъ-10, тогда как увеличение их концентрации ассоциировано с развитием высокого уровня специфических антител.

В общей группе больных с диагнозом ИКБ выявлено статистически значимое увеличение концентрации цирДНК плазмы и скп-цирДНК по сравнению со здоровыми лицами (табл. 1). Показано статистически значимо увеличение концентрации как скп-цирДНК, так и уровня цирДНК плазмы крови у больных с без-эритемной формой ИКБ по сравнению с эритемной формой ИКБ, что говорит об ассоциации увеличения

цирДНК с отсутствием неспецифической воспалительной реакции местного характера. Обнаружено, что среднее значение концентрации скп-цирДНК в группе больных с ИКБ, имеющих специфические антитела к АГ боррелий (п=29), существенно превышает значение концентрации у больных без выявленных антител (п=32) (р<0,05) (рис. 1) и возрастает в ряду: больные без анти-боррелиозных антител - с низким уровнем антител - с высоким уровнем антител (55,4±14,2 - 83,2±26,8 - 176,1±12,49). По количеству цирДНК плазмы крови не выявлено статистически значимо различий между этими группами. Согласно полученным данным, развитие специфического гуморального иммунного ответа на боррелиозную инфекцию ассоциировано с увеличением концентрации скп-цирДНК.

В настоящей работе впервые показано статистически значимое увеличение концентрации цирДНК крови при развитии ИКБ. На первом этапе развития болезни наблюдается повышение уровня провоспалительных цитокинов (1Ъ-6, у-ИНФ, а-ФНО) и концентрации цирДНК в крови. Развитие специфического гуморального иммунного ответа характеризуется повышением титра специфических антител, ростом уровня противоспалительных цитоки-нов (1Ъ-10, 1Ъ-4, 1Ъ-1 Яа) и дальнейшим повышением концентрации цирДНК в крови. Выявлена ассоциация повышения концентрации 1Ъ-1 Яа и цирДНК в крови с отсутствием неспецифической воспалительной реакции (МЭ) при ИКБ. Полученные данные говорят о перспективности дальнейшего изучения цирДНК крови как дополнительного фактора, применимого для диагностики, и, возможно, принимающего участие в патогенезе ИКБ.

Работа поддержана грантом РФФИ № 11-04-01066-а, проектом № 5.25 Программы 21 фундаментальных исследований РАН «Фундаментальные науки - медицине».

скп-цирДНК крови цирДНК плазмы крови

Рис. 1. Концентрация цирДНК в крови больных с ИКБ (нг/мл), *- р<0,05 критерий Манна-Уитни.

ЛИТЕРАТУРА

1. Бедарева Т.Ю., Попонникова Т.В., Галиева Т.Ю., Вахрамеева Т.Н. Клинико-патогенетические особенности острого периода инфекций, передающихся иксодовыми клещами, у детей // Вестник Уральской государственной медицинской академии. - 2010. - №21. - С.50-59.

2. Коренберг Э.И., Крючечников В.Н. Иксодовые клещевые боррелиозы - новая группа заболеваний человека // Журнал микробиологии. - 1996. - №4. - С.104-107.

3. Рыкова Е.Ю., Скворцова Т.Э., Хоффман А-Л. и др. Циркулирующие внеклеточные ДНК и РНК крови в диагно-

стике онкопатологий молочной железы // Биомед. химия. -2008. - Т. 54. - С.94-1013.

4. Ponomaryova A.A., Rykova E.Y., Cherdyntseva N.V., et al. Concentration and distribution of single-copy p-actin gene and LINE-1 repetitive elements in blood of lung cancer patients // Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum. / Ed. P. Gahan. -2011. - Part 2. - P41-45.

5. Simakova A.I. Ixodic tick borreliosis in primorsky region // Pasific Medical Journal. - 2005. - №1 - Р68-71.

6. Vlassov V.V., Laktionov P.P., Rykova E.Y. Circulating nucleic acids as a potential source for cancer biomarkers // Curr. Mol. Med. - 2010. - Vol. 10 - P142-165.

Информация об авторах: Шкода Ольга Сергеевна - аспирант, 630090, Новосибирск, ул. Пирогова 25/4, АНО « Центр новых медицинских технологий в Академгородке», лаборатория генной диагностики, тел. (383)330-76-66, e-mail: [email protected]; Чикова Елена Дмитриевна - заведующая лабораторией, к.м.н.; Фоменко Наталья Владимировна -сотрудник лаборатории, к.б.н.; Лактионов Павел Петрович - заведующий группой, к.б.н.; Рыкова Елена Юрьевна -сотрудник группы, д.б.н.; Власов Валентин Викторович - директор института, д.х.н., профессор, академик РАН.

© ТКАЧЕВ С.Е., БОРГОЯКОВ В.Ю., ЛИВАНОВА Н.Н., ПАНОВ В.В. - 2012 УДК 578; 578.2'21; 578.8; 578.06; 578.4; 616-036.22

ВСТРЕЧАЕМОСТЬ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ТИПОВ И ПОДТИПОВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА НА ТЕРРИТОРИИ НОВОСИБИРСКОГО НАУЧНОГО ЦЕНТРА

Сергей Евгеньевич Ткачев1,Вячеслав Юрьевич Боргояков1,

Наталья Николаевна Ливанова1-2, Виктор Васильевич Панов2 (‘Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск, директор -академик РАН В.В. Власов, лаборатория молекулярной микробиологии, зав. - д.б.н. Н.В. Тикунова; 2Институт систематики и экологии животных СО РАН, г. Новосибирск, директор - д.б.н., проф. В.В. Глупов,

лаборатория зоомониторинга, зав. - д.б.н., проф. Ю.С. Равкин, лаборатория экологии сообществ позвоночных животных, зав. - д.б.н. Ю.Н. Литвинов)

Резюме. Проведено выявление РНК вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и генотипирование положительных образцов из клещей рода Ixodes, собранных на территории лесопарковой зоны Новосибирского научного центра и прилегающих территорий в 2007-2010 гг. Показано, что на указанных территориях выявляется преимущественно сибирский (подтипы Заусаев, Васильченко и подтип, неописанный ранее) генотип и, в единичных случаях, дальневосточный и западноевропейский генетические типы ВКЭ.

Ключевые слова: вирус клещевого энцефалита, генотипы ВКЭ, подтипы сибирского генотипа.

THE OCCURRENCE OF TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS GENOTYPES AND SUBGENOTYPES ON THE TERRITORY OF NOVOSIBIRSK SCIENTIFIC CENTER

S.E. Tkachev1, V.Yu. Borgoyakov1, N.N. Livanova 1-2, V.V. Panov2 ('Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS, Novosibirsk, Russia;

2Institute of Systematics and Ecology of Animals SB RAS, Novosibirsk, Russia)

Summary. TBEV RNA detection and positive samples genotyping were performed for Ixodes family ticks on the territory of Novosibirsk scientific center and its suburbs in 2007-2010. It was shown that Siberian genotype (with three subgenotypes) was mainly revealed on these territories and in single cases Far-Eastern and Western genotypes were found.

Key words: tick-borne encephalitis, TBEV genotypes, subgenotypes of Siberian genotype.

Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ), относящийся к семейству флавивирусов, вызывает тяжелое инфекционное заболевание, поражающее центральную нервную систему человека. Заболевание характеризуется различной тяжестью клинических проявлений, в том числе развитием в ряде случаев очаговых форм, высокой частотой остаточных явлений в виде парезов и параличей, а также летальности, достигающей 30% [5].

В настоящее время, большинство исследователей выделяют для ВКЭ 3 основных генетических типа: дальневосточный (с прототипным штаммом Софьин), западноевропейский или западный (прототипный штамм Найдорф) и сибирский или урало-сибирский (с прототипными штаммами Васильченко и Заусаев) [3,4,6,10,12,13]. Также, за последние годы были выявлены и охарактеризованы возможные новые генотипы ВКЭ - генотип, представленный одиночным штаммом 178-79, и генотип, представленный группой штаммов, сходных со штаммом 886-84. Оба этих штамма были изолированы на территории Иркутской области и отвечают критериям выделения в самостоятельные генотипы, установленным на основании степени геномных отличий [1,2,9].

Следует отметить, что деление вируса на генетические типы с привязкой к географическому месту выделения изолятов и штаммов ВКЭ является условным, так как в различных регионах встречаются различные генетические типы ВКЭ, причем в одном и том же регионе возможно выявление нескольких генотипов вируса, как, например, на территории Западной Сибири [3,11,17].

Целью данной работы являлось исследование генетического разнообразия ВКЭ в образцах индивидуальных иксодовых клещей, собранных на территории лесопарковой зоны Новосибирского научного центра СО РАН (ННЦ СО РАН).

Материалы и методы

Сбор образцов. Голодных имаго клещей рода Ixodes собирали флагированием с растительности в природном очаге лесопарковой зоны Новосибирского научного центра в эпидемиологические сезоны 2007-2010 гг. Также проводили сбор образцов клещей с людей, обращающихся по поводу укуса в Пункт вакцинопро-филактики ЦКБ СО РАН и Центра новых медицинских технологий в эпидсезоны 2009-2010 гг.

Выделение суммарных РНК. Суммарные нуклеиновые кислоты из иксодовых клещей выделяли с использованием наборов “Проба НК” («ДНК-технология», Москва) согласно инструкциям производителя.

Обратная транскрипция-полимеразная цепная реакция. Получение кДНК, соответствующих фрагментам

генома ВКЭ, проводили методом обратной транскрипции (ОТ) с применением наборов “РевертаП’ в соответствии с инструкциями изготовителя (“АмплиСенс”, ЦНИИ Эпидемиологии МЗ РФ). В качестве матрицы использовали образцы суммарных нуклеиновых кислот, выделенных из клещей. Двухраундовую полимеразную цепную реакцию (ПЦР) проводили с праймерами, соответствующими 3’-концу гена Е (позиции 2199-2219 и 2214-2238 н.о.) и 5’-концу гена NS1 (позиции 2402-2424 и 2517-2539 н.о.) ВКЭ.

Определение нуклеотидных последовательностей и молекулярно-генетический анализ. Определение нуклеотидных последовательностей продуктов ПЦР, соответствующих фрагментам генома ВКЭ, проводили с помощью наборов BigDye Terminators Cycle Sequencing Kit v.3.1 (Applied Biosystems, США) с применением автоматического анализатора ДНК модели ABI 310 (Applied Biosystems, США) в Центре секвенирования ДНК СО РАН. Выравнивание полученных последовательностей осуществляли с использованием программы ClustalW [15]. Поиск гомологии полученных нуклеотидных последовательностей с уже известными последовательностями фрагментов геномов ВКЭ проводили с помощью программы BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ blast/). Для сравнения использовали последовательности генов E и NS1 штаммов ВКЭ, относящихся к различным генетическим типам, из базы данных GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html). Филогенетический анализ проводили с помощью программы MEGA 5 [14,16]. Оценку достоверности построенных филогенетических деревьев осуществяли с помощью бутстрэп-анализа, индекс, которого был посчитан при общем числе повторов 1000.

Результаты и обсуждение

Было проведено выявление вирусных РНК и гено-типирование положительных образцов из индивидуальных клещей рода Ixodes, собранных либо флагиро-ванием в 2007-2010 гг., либо с людей, обратившихся по поводу укуса в Пункт вакцинопрофилактики ЦКБ СО РАН и ЦНМТ в 2009-2010 гг., на территории лесопарковой зоны Академгородка и прилегающих территорий.

Положительные по ВКЭ образцы выявляли методом двухраундовой ПЦР с праймерами, соответствующими фрагментам генов E-NS1, причем вирус обнаруживали как в самках, так и самцах иксодовых клещей. Затем, для ряда образцов, выделенных на различных территориях, были определены нуклеотидные последовательности ПЦР-фрагментов длиной 341 п.н.:

1) Ботанический сад, окрестности ННЦ, смешанный березово-осиновый лес: Акад2007-м11а; Акад2007-м11г;

92 Ч 76 1

52. 43 Н

47

42

О Акад2007-ж37 О Акад2007-ж106 О Акад2007-м11а О Акад200Э-в70 О Акад2007-ж105 О Акад2007-м47г О Акад2007-м11г О Акад2007-м47а О Акад2007-м28

• Кр2010-5/1118

• Кр2010-5/1119 1043

• Акад2009-2

Й1486 О Акад2009-487 О Акад2010-к27 1226

О Алтай2009-27 Заусаев О Акад2010-к19 в Алтай2009-15 О Акад2010-кЗ

• Нов2010-7/154

• Нов2010-7/89

• Нов2010-8/219

• НОВ2010-7/152 О Акад2009-в74

• Нов2010-5/688 О Акад2009-в291 г О Акад2009-в291а О Акад2009-в43

• Акад2010-5/1227 1627

• НОВ2010-5/1338 О Акад2008-мЗЗ

• НОВ2010-5/189 О Акад2009-518 1061

О Акад2008-м102 990

О Акад2009-в9

• НОВ2010-5/64 О Акад2008-м59

• НОВ2009-38 О Акад2009-в265 1700 1675

О Акад2008-ж305 » Нов2009-29 259

• Акад2009-109а

• Акад2009-109г

• Нов2009-41

Васильченко

1128...

О Акад2009-432и О Акад2009-430 О Акад2010-к35 О Акад2009-в8 О Акад2009-432г О Акад2009-524 О Акад2008-м90а Софьин О Акад2007-ж28 О Акад2008-м90г О Акад2010-к32 Найдорф вирус ОГЛ

Л

п

СИБ

Ш

I--------------

і

100

70

н

0.24 0.22 0.20 0.18 0.16 0.14 0.12 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00

СИБ - сибирский генотип ВКЭ; ДВ - дальнвосточный генотип ВКЭ; ЗАП - западноевропейский генотип ВКЭ. I - подтип Васильченко; II - подтип Заусаев; III - подтип, неописанный ранее.

Белым кругом отмечены образцы ВКЭ из индивидуальных клещей, собранных флаги-рованием; черным кругом отмечены образцы ВКЭ из индивидуальных клещей, собранных после покусов людей. Жирным выделены прототипные штаммы и внешняя группа - вирус омской геморрагической лихорадки (ОГЛ).

Рис. 1. Дендрограмма, построенная на основании нуклеотидных последовательностей фрагментов генов Е и N81 ВКЭ методом иРОМЛ.

Акад2007-м28; Акад2007-м33; Акад2007-м47а; Акад2007-м47г; Акад2008-ж305; Акад2008-м59; Акад2008-м102;

Акад2008-м90а; Акад2008-м90г; Акад2009-487; Акад2009-518; Акад2009-524; Акад2010-к3; Акад2010-к19;

Акад2010-к27; Акад2010-к32; Акад2010-к35;

2) Пойма реки Шадриха, 8 км к юго-востоку от ННЦ, сосновый лес: Акад2009-430; Акад2009-432т; Акад2009-432ц;

3) Смешанный березово-осиновый лес за Институтом Катализа СО РАН, окрестности ННЦ: Акад2007-ж28;

Акад2007-ж37; Акад2007-ж105; Акад2007-ж106;

4) Новосибирский район, окрестности села Жеребцово, 25 км к северо-востоку от ННЦ, смешанный березово-осиновый лес: Акад2009-в265; Акад2009-в291а; Акад2009-в291г;

5) Тогучинский район, окрест-

ности села Усть-Каменка, 53 км к северо-востоку от ННЦ, смешанный березово-осиновый лес: Акад2009-в8; Акад2009-в9; Акад2009-в43;

Акад2009-в46; Акад2009-в70;

Акад2009-в74.

6) Садовое общество “Ключи”: Акад2010-5/1227;

7) Шлюзы: Нов2010-5/1338;

8) Матвеевка: Нов2010-5/189;

9) Садовые общества в Верхней Зоне ННЦ: Акад2009-109а, Акад2009-109г;

10) г. Искитим: Нов2009-38;

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

11) пос. Краснообск: Нов2009-29;

12) г. Бердск: Нов2009-41.

Анализ последовательностей, соответствующих вариантам вируса, выявленным в индивидуальных клещах, показал доминирование ВКЭ, относящихся к сибирскому генетическому типу с уровнем гомологии 89-98% последовательностям прототипных штаммов Васильченко и Заусаев на территории ННЦ; также, сибирский генотип выявлялся в иксодовых клещах, собранных с людей после укуса в окрестностях города Новосибирска.

Далее проводили филогенетический анализ полученных последовательностей. Для сравнения были использованы нуклеотидные последовательности данного фрагмента генома для ряда штаммов ВКЭ, исследованных ранее, выделенных методом биопробы на указанной территории в 1981-2001 гг. (штаммы 990 (номер 1Ы542607 в базе данных ОепВапк),

1043 ^N542610), 1061 ^N542614),

1128 ^N542619), 1226 (Щ542627),

1259 ^N542629), 1486 (Щ542640),

1627 ^N542652), 1675 ^N542656), 1700 ^N542660), относящиеся к различным подтипам сибирского генотипа ВКЭ) [7,8]. Методом иРОМЛ было показано, что исследуемые варианты ВКЭ, относящиеся к сибирскому генотипу, разделяются на 3 подтипа - подтипы Васильченко (I) , Заусаев (II) и подтип, неописанный ранее (III) (рис. 1), что было описано ранее и для коллекции штаммов ВКЭ, собранных на территории ННЦ в 1981-2011 гг. [7,8]. Также, два образца ВКЭ, выявленные в индивидуальных иксодовых клещах с территории лесопарковой зоны Новосибирского научного центра, относились к дальневосточному генотипу и один - к западноевропейскому. Ранее нами было показано, что в крови больных, госпитализированных после укусов клещами с различными формами клещевого энцефалита, несмотря на доминирование сибирского генотипа в клещах, выявлялся дальневосточный генотип ВКЭ [18], что, вероятно, может быть связано с особенностями патогенеза различных вирусных вариантов.

Интересен факт единичного обнаружения за последние несколько лет западноевропейского генотипа ВКЭ на территории Академгородка. Ранее данный генотип в Западной Сибири был найден на территории Алтая [9], и, по всей видимости, может встречаться и на других территориях, либо заноситься на них в силу активного перемещения населения в результате туристической деятельности.

У

ЗАП

Сибирский генотип:

^ подтип Заусаев ^ подтип Васильченко 0 подтип, неописанный ранее

Рис. 2. Встречаемость различных генотипов и подтипов ВКЭ на территории Новосибирского научного центра и его окрестностях.

Таким образом, с учетом места сбора выявленных положительных генотипированных образцов ВКЭ, была построена схема встречаемости различных генотипов ВКЭ на территории Новосибирского научного центра и его окрестностях (рис. 2).

ЛИТЕРАТУРА

1. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М. и др. Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотид-ных зондов // Вопросы вирусологии. - 2009. - Т. 54. №3. -С.33-42.

2. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М. и др. Молекулярная эпидемиология вируса клещевого энцефалита географическая вариабельность, определяемая методом молекулярной гибридизации // Эпидемиология и вакцино-профилактика. - 2009. - Т. 46. №3. - С.27-39.

3. Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П. и др. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита. -Иркутск: РИО ВСНЦ СО РАМН, 2003. - 272 с.

4. Злобин В.И., Демина Т.В., Беликов С.И. и др. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа уровней гомологии фрагмента гена белка оболочки // Вопросы вирусологии. - 2001. - Т. 46. №1. - С.17-22.

5. Львов Д.К. Медицинская вирусология: руководство. -М.: МИА, 2008. - 656 с.

6. Погодина В.В., Бочкова Н.Г., КараньЛ.С. и др. Сибирский и дальневосточный подтипы вируса клещевого энцефалита в европейских и азиатских регионах России: генетическая и

антигенная характеристика штаммов // Вопросы вирусологии. - 2004. - Т. 49. №4.

- C.20-25.

7. Ткачев С.Е., Бахвалова В.В., Панов В.В. и др. Исследование генетической структуры популяции вируса клещевого энцефалита, выявляемого на территории лесопарковой зоны Новосибирского научного центра: Инфекции, передаваемые клещами в Сибирском регионе. Вып. 30 серии “Интеграционные проекты СО РАН” / Под ред. В.В. Власова, В.Е. Репина.

- Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2011. -395 с.

8. Ткачев С.Е., Панов В.В., Бахвалова

B.Н. Исследования генетического разнообразия вируса клещевого энцефалита в районе г. Новосибирска // Журнал инфекционной патологии. - 2010. - Т. 17. №3. -

C.131-133.

9. Demina T.V., Dzhioev Y.P., Verkhozina M.M., et al. Genotyping and characterization of the geographical distribution of tick-borne encephalitis virus variants with a set of molecular probes // J. Med. Virol. - 2010. -Vol. 82. №6. - P965-976.

10. Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of TBEV from Europe and Asia // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P179-185.

11. Gritsun T.S., Frolova T.V., Zhankov A.I., et al. Characterization of a siberian virus isolated from a patient with progressive

chronic tick-borne encephalitis // Journal of Virology. - 2003. -Vol. 77. №1. - P25-36.

12. Hayasaka D., Ivanov L., Leonova G.N., et al. Distribution and characterization of tick-borne encephalitis viruses from Siberia and far-eastern Asia // J. Gen. Virol. - 2001. - Vol. 82. -P1319-1328.

13. Hayasaka D., Suzuki Y., Kariva H., et al. Phylogenetic and virulence analysis of tick-borne encephalitis viruses from Japan and far-eastern Russia // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P3127-3135.

14. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment // Briefings in Bioinformatics. - 2004. - №5. - P.150-163.

15. Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., et al. Clustal W and Clustal X version 2.0 // Bioinformatics. - 2007. - Vol. 23. -P.2947-2948.

16. Tamura K., Peterson D., Peterson N., et al. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods // Molecular Biology and Evolution. - 2011. - Vol. 28. №10. - P2731-2739.

17. Ternovoi V.A., Kurzhukov G.P., Sokolov Y.V., et al. Tick-borne encephalitis with Hemorrhagic Syndrome, Novosibirsk region, Russia, 1999 // Emerging Infectious Diseases. - 2003. -Vol. 9. №6. - P.743-746.

18. Tkachev S.E., Fomenko N.V., Rar V.A., et al. PCR-detection and molecular-genetic analysis of tick-transmitted pathogens in patients of Novosibirsk region, Russia // International Journal of Medical Microbiology. - 2008. - Vol. 298 S1. - P365-367.

Информация об авторах: Ткачев Сергей Евгеньевич - м.н.с. лаборатории, 630090 г. Новосибирск, проспект Лаврентьева, 8; тел. (383) 363-51-37; e-mail: [email protected]; Боргояков Вячеслав Юрьевич - аспирант; Ливанова Наталья Николаевна - к.б.н., с.н.с.; Виктор Васильевич Панов - к.б.н., с.н.с.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.