CC BY
0Материалы и методы
На основании открытого набора данных Gene Expression Omnibus NCBI GSE150956 была сформирована группа образцов плазмы пациентов с установленным диагнозом «глиобластома», подвернутых секвениро-ванию микроРНК (n=35). В качестве группы сравнения использовали образцы доноров (n=96). Разработку моделей машинного обучения проводили с использованием пакета caret в программной вычислительной среде R версии 4.0.4. Для оценки качества полученных моделей выполняли ROC-анализ с применением пакета pROC. Для обучения моделей использовали методы случайного леса (random forest) и ближайших соседей (k-nearest neighbor).
Результаты
В модель, обученную методом k-nearest neighbors, входили следующие микроРНК: hsa-miR 3180, hsa-miR 3180 5p, hsa-miR 6782 5p, hsa-miR 182 5p, hsa-miR 3184 5p, hsa-miR 1225 3p, hsa-miR 92b 3p, hsa-miR 133b, hsa-miR 6852 3p, hsa-miR 6870 5p, hsamiR 670 3p, hsa-miR 6720 5p, hsa-miR 3663 5p, hsamiR 654 5p. Критерии качества модели: положительная прогностическая ценность — 0,9; отрицательная прогностическая ценность — 1; 95% ДИ 0,7513-0,9987, p < 0,0001. Значения AUC тестового набора превышали 0,9. В модель, обученную методом random forest, входили следующие микроРНК: hsa-miR 5010 5p, hsa-miR 182 5p, hsa-miR 758 3p, hsa-miR 96 5p, hsa-miR 133a 5p, hsa-miR 3180, hsa-miR 3180 3p, hsa-miR 6782 5p, hsa-miR 1304 5p, hsa-miR 3937, hsa-miR 100 5p, hsa-miR 1182 3p, hsa-miR 113b, hsa-miR 670 3p, hsa-miR 4701 5p. Критерии качества модели: положительная прогностическая ценность — 1; отрицательная прогностическая ценность — 1; 95 % ДИ 0,8316 1,0; p<0,0001. Значения AUC тестового набора также были выше 0,9.
Выводы
По результатам исследования были выявлены общие для обоих классификаторов микроРНК, которые являются кандидатами для разработки диагностической панели малоинвазивного выявления глиальных опухолей высокой степени злокачественности.
Список литературы
1. Gvaldin D X Pushkin A A, Timoshkina N N, Rostorguev E E, Nalgiev A M, Kit O I . Integrative analysis of mRNA and miRNA
sequencing data for gliomas of various grades // Egyptian Journal of Medical Human Genetics . 2020;21(1):1-17 . (In Russ . ) .
https://doi . org/10 . 1186/s43042-020-00119-8 2 . Kuhn M . A Short Introduction to the caret Package // R Found Stat Comput, 2015, 1-10 p .
Влияние дефицита глюкозы на выход клеток из стадии индуцируемого доксорубицином клеточного старения
Авторы:
(1) Замкова Мария Анатольевна, zamkovam@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, Москва
(2) Персиянцева Надежда Александровна, nadushka99@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, Москва
Ключевые слова
клеточное старение, р21, аутофагия, химиотерапия
Актуальность
Использование низких доз химиопрепаратов при лечении онкологии снижает риск развития нежелательных побочных эффектов, но в то же время «вводит» опухолевые клетки в стадию клеточного старения, являющейся обратимой для отдельных клеток, которые возвращаются к повторной пролиферации и дают колонии рецидивной опухоли. Клетки в данной стадии обладают отличным от раковых клеток метаболизмом, а также изменениями в потребности в питательных веществах (глутамин, глюкоза), что может влиять на перепрограммирование транскрипции генов, в результате которого происходит возврат к пролиферации отдельных клеток [1].
Цель
Установить влияние дефицита глюкозы в культуральной среде на способность клеток, находящихся в стадии индуцируемого низкими дозами химиопрепарата клеточного старения, к выходу из этой стадии и возврату к повторной пролиферации.
Материалы и методы
Воздействие на клетки НСТ116 доксорубицином (100 и 150 нМ) проводили по схеме: 24 ч инкубации ^ 24 ч в среде без препарата ^ 24 ч повторное воздействие ^ съем первой точки ^ 4 сут в среде без препарата ^ съем второй точки. В работе использовали методы вестерн-блот анализа, проточную цитофлу-ометрию, окрашивание кристаллическим фиолетовым и на активность ß-галактозидазы.
Результаты
С помощью низких доз доксорубицина в клетках НСТ116 был установлен фенотип клеточного старения. Мы культивировали клетки в среде с нормальным (4,5 г/л) и пониженным (1 г/л) содержанием глюкозы. Установлено, что снижение глюкозы в среде не влияет на сам фенотип старения. В обеих экспериментальных группах наблюдалось наличие окраски на ß-галактозидазу, остановка клеточного цикла, повышение ключевых маркеров старения р21, р-р53, р-уН2АХ (первая точка). Показано, что пониженная концентрация глюкозы в среде приводит к образованию значительного числа клонов клеток, вышедших из стадии старения после снятия воздействия препарата и вернувшихся к повторной пролиферации. Этот процесс сопровождался снижением уровня белка р21. Окраска на маркеры ауто-фагии показала уменьшение уровня ее ключевых регуляторов (Atg5, Beclin) и снижение интенсивности процесса (LC3A/B) (вторая точка). Клетки, культивируемые в среде с нормальным содержанием глюкозы, демонстрировали значительно менее выраженную способность к выходу из стадии старения. Мы не наблюдали снижения уровня р21, а также изменения в экспрессии генов аутофагии в данной экспериментальной группе.
Выводы
Дефицит глюкозы в культуральной среде не влияет на становление фенотипа старения, индуцируемого низкими дозами доксорубицина; способствует формированию большего числа повторно пролиферирующих клонов после снятия воздействия, этот процесс сопровождается снижением уровня белка р21 и генов — регуляторов аутофагии.
Работа поддержана РНФ № 22-24-00212.
Использованная литература
1. Llop-Hernandez, A ., Verdura, S . , Cuyas, E ., and Menendez, J . A . (2022) Nutritional Niches of Cancer Therapy-Induced
Senescent Cells, Nutrients, 14 .
NK-клеточная иммунотерапия: получение функционально
активной популяции
Авторы:
(1) Лукашина Марина Игоревна, mlukashina@mail.ru, ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России, Москва
(2) Моллаев Мурад Довлетович, md-mollaev@yandex.ru, ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России, Москва
(3) Посвятенко Александра Викторовна, sandra.posvjatenko@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России, Москва
(4) Кибардин Алексей Владимирович, alexey.kibardin@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Ро-гачева» Минздрава России, Москва
(5) Масчан Михаил Александрович, mmaschan@yandex.ru, ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России, Москва
(6) Ларин Сергей Сергеевич, sergei_larin@mail.ru, ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России, Москва
Ключевые слова
NK-клетки, получение, культивирование, функциональная активность
Актуальность
В последние годы иммунотерапия рака стала одним из основных направлений терапии злокачественных опухолей благодаря клеточным продуктам, разрешенным для применения в клинике. Терапия Т-клетками с
