Научная статья на тему 'The molecular design of biologically active acridine derivatives using the graph theory'

The molecular design of biologically active acridine derivatives using the graph theory Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

CC BY
78
17
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
topological indices / graph theory / derivatives of acridine / correlation / molecular design / топологические индексы / теория графов / производные акридина / корреляция / молекулярный дизайн

Аннотация научной статьи по фундаментальной медицине, автор научной работы — O. M. Svechnikova, S. V. Kolisnyk, U. M. Datkhayev

The problem of modeling the relationship between the structure and the biological activity of organic compounds is one of the urgent mathematical problems of chemistry. To find quantitative correlations of the structure – anti-inflammatory activity in the isostructural series of substituted 9-thioacridone, acridinyl-9-thioacetic acids and 9-hydrazine acridine the molecular connectivity indices calculated for the given molecular structures have been used. The correlation equations of lgA – f (æR) relationship with the convincing statistical characteristics have been determined. They will be used for the molecular design of active pharmacophores.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ДИЗАЙН БИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНЫХ ПРОИЗВОДНЫХ АКРИДИНА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ТЕОРИИ ГРАФОВ

Проблема моделирования связи между структурой и биологической активностью органических соединений является одной из актуальных математических проблем химии. Для нахождения количественных соотношений структура – противовоспалительная активность в изоструктурных рядах замещенных 9-тиоакридона, акридинил-9-тиоуксусных кислот и 9-гидразиноакридина использованы рассчитанные для данных молекулярных структур индексы связности. Установлены корреляционные уравнения связи lgП – f(æR) с убедительными статистическими характеристиками, которые будут использованы для молекулярного дизайна активных фармакофоров.

Текст научной работы на тему «The molecular design of biologically active acridine derivatives using the graph theory»

Э.Н. БЕКБОЛАТОВА, З.Б.САКИПОВА, А.Т. КАБДЕНОВА, Л.Н. ИБРАГИМОВА, Н.Т. МАЛИКОВА

Фармация жэне фармацевтикалыц eHdipic технологиясы факультету С.Ж. Асфендияров атындагы К,азац улттыцмедициналыцуниверситет, Алматы, К,азацстан

АЛМАТЫЛЬЩ ДОЛАНА (CRATAEGUS ALMAATENSIS POJARK) ШИК1ЗАТЫНЫН, ТЕХНОЛОГИЯЛЬЩ К0РСЕТК1ШТЕРШ ЗЕРТТЕУ

Тушн: Эксперимент ЖYзiнде дэрiлiк еамдж шикiзаты алматылы; долана жемганщ (Crataegus almaatensis Pojark) фармако-технологиялы; керсеткiштерi аны;талды: меншiктi салма; келемдi салма; себшу салма; кеуектiлiк, куыстылы;, шикiзат ;абатынын, epKiH келемi, экстрагенттi сору коэффициент жэне экстрактивтi заттардын, жалпы сомасы. Алынган нэтижелер биологиялы; белсендi заттарды экстрактiлеу жагдайлары мен оптимальды тэсшш жэне фармакопеялы; сапалы эктракт алу технологиялы; процесiн болжауга MYмкiндiк бередь

ТYЙiндi сездер: Дэрiлiк есiмдiк шиюзаты, технологиялы; параметрлер, биологиялы; белсендi заттар, долана, алматылы; долана.

E. BEKBOLATOVA, Z. SAKIPOVA, A. KBADENOVA, L. IBRAGIMOVA, N. MALIKOVA

Pharmaceutical and technology of pharmaceutical production faculty, Asfendiyarov Kazakh National medical university named, Almaty, Kazakhstan

THE STUDY OF THE TECHNOLOGICAL PARAMETERS OF HERBAL SUBSTANCE CRATAEGUS ALMAATENSIS POJARK

Resume: On the basis of experimental work on herbal raw material Crataegus almaatensis Pojark, following pharmaco-technological parameters were identified: unit weight, volume weight, bulk weight, sponginess, porosity, free volume of raw material layer, the coefficient of extractant absorption and sum of extractive substances. The obtained results can be applied for forecasting the optimal method and conditions of extracting biologically active substances and technological process of obtaining extract of pharmacopoeial quality.

Keywords: Herbal raw material, technological parameters, biologically active substances, Hawthorn, Crataegus almatensis.

UDC 547.835:311.16:519.173

1O.M. SVECHNIKOVA, 2S.V. KOLISNYK, 3U.M.DATKHAYEV

1Kharkiv national pedagogical University named after G.S. Skovoroda, Department of Chemistry (Kharkiv, Ukraine) 2National University of Pharmacy, Department of Analytical Chemistry (Kharkiv, Ukraine) 3Kazakh National Medical University named after S.D. Asfendiyarov, Almaty,

THE MOLECULAR DESIGN OF BIOLOGICALLY ACTIVE ACRIDINE DERIVATIVES USING THE GRAPH THEORY

The problem of modeling the relationship between the structure and the biological activity of organic compounds is one of the urgent mathematical problems of chemistry. To find quantitative correlations of the structure - anti-inflammatory activity in the isostructural series of substituted 9-thioacridone, acridinyl-9-thioacetic acids and 9-hydrazine acridine the molecular connectivity indices calculated for the given molecular structures have been used. The correlation equations of lgA - f (xr) relationship with the convincing statistical characteristics have been determined. They will be used for the molecular design of active pharmacophores.

Keywords: topological indices, graph theory, derivatives of acridine, correlation, molecular design

Determination of the quantitative relationship between the structure and its biological activity is one of the most important tasks of designing pharmacologically active substances. Formation of this relationship is the only reasonable alternative to the very expensive total screening. As a tool the graph theoretical and topological representations playing an increasing important role in various chemical and pharmaceutical studies can be used [1-3].

Molecular structures of organic compounds are in fact graphs, in which atoms are vertices, and covalent chemical bonds are edges. Such a graph describes the connectivity of atoms in the molecular skeleton regardless of metric features, i.e. the equilibrium internuclear distances, valence angles, etc., corresponding

to the chemical structure. Therefore, graph theoretical description reflects those features of the molecular structure that depend on the connectivity as opposed to properties conditioned by the precise geometric arrangement of atoms constituting the molecule in space. It is in this meaning that chemical graphs are topological (but not geometrical) values of molecular structures. Thus, the chemical graph describes the topology of the molecule. Numeric indices derived from topological characteristics of the corresponding chemical graphs are called topological indices.

One of the most successfully used topological indices to determine quantitative relationships of the structure -biological activity is the molecular connectivity index ®r introduced by Randic:

ffiR = 2 (Vi -Vj)-V2 (1)

where Vi,Vj - are the vertex degrees of i and j in the graph; the summation is carried out for all edges of the graph.

BecTHUK Ka3HMy №1-2017

423

The molecular connectivity index is universal and contains information about the size, branching, number of cycles, unsaturation and the presence of heteroatoms in the molecule. The molecular connectivity index is one of the simplest topological indices, and it has been successfully applied to predict anesthesia of amphetamines, the antiarrhythmic action of substituted N-(diisopropyl)-diphenylpropylamines, toxicity of barbiturates, etc. [4].

To predict the biological activity of acridine derivatives the graph theory has not been applied. Therefore, calculation of topological indices of acridine derivatives

and correlation of these values with various types of the biological activity is of great theoretical and practical interest.

The relationship of the anti-inflammatory activity of some substituted 9-thioacridone, acridinyl-9-thioacetic acids and 9-hydrazine acridine with the connectivity indices of their molecules has been analyzed. The measure of the biological response is lgA. Both its values and the corresponding molecular connectivity indices of compounds are given in Table.

For substituted 9-thioacridone the optimum correlation equation lgA - f(^R) was obtained:

lgA = 4.273 - 0.400œ (2) n = 7 r = 0.858 S = 0.575

Equation (2) is statistically significant. From this it follows that the anti-inflammatory activity of substituted 9-thioacridone decreases with increase of the molecular

connectivity index (Fig.). Reliability of the prediction according to equation (2) is illustrated by data of Table. For substituted acridinyl-9-thioacetic acids the optimal equation was lgA - f(^R):

lgA = 7.766 - 0.755œR (3) n = 8 r = 0.978 S = 0.042

This equation is statistically significant; its parameters indicate that increase of the molecular connectivity index leads to decrease of the anti-inflammatory activity of acridinyl-9-thioacetic acids.

A good predictive ability of equation (3) is confirmed by the data of Table. It was used to predict the anti-

inflammatory activity of other substituted acridinyl-9-thioacetic acids. In accordance with this equation the maximum anti-inflammatory activity in the isostructural series of substituted 3-chloracridinyl-9-thioacetic acids in the parent compound of the series - 3-chloracridinyl-9-thioacetic acid is lgAcalc. = 1.842.

Figure 1 - Dependence of the anti-inflammatory activity lgA of substituted 9-thioacridone on the

molecular connectivity index ®r

For substituted 9-hydrazine acridine the parameters of lgA - ®r correlation were obtained:

lgA = 5.196 - 0.532 ®R (4) n = 8 r = 0.912 S = 0.074

Equation (4) has sufficiently reliable statistical characteristics. In the given homological series the anti-inflammatory activity of compounds also decreases with increase of the molecular connectivity index. The values for lgA calculated by equation (4) are quite close to the experimental values (Table).

Experimental part

The anti-inflammatory activity was studied on the model of formalin paw edema in mice. The edema was caused by subplantar introduction of 0.01 ml of 3% aqueous solution of formalin in the hind limb of the animals in the experimental and control groups. The compounds studied

or the reference drug (diclofenac sodium) were introduced intraperitoneally 40 min before induction of the pain response. The control group of mice received the same amount of saline solution with the emulsifier Tween-80. After the injection of formalin solution the mice were placed in a cage and observed for 40 min recording the time spent by the animals for licking the swollen limb. The antinociceptive activity was judged by the ability of the compounds under study to reduce the time of the swollen limb licking [5].

Correlation analysis was carried out according to the

microstatistics [6].

Conclusions:

1. Correlation of the relationship of the anti-inflammatory activity of acridine derivatives with their molecular connectivity indices has been conducted.

2. The correlation equations obtained will be used for the molecular design of more active pharmacophores in these isostructural series.

REFERENCES

1 Коваленко С.Н., Друшляк А.Г., Черных В.П. Основы комбинаторной органической химии. - Харьков: НФаУ «Золотые страницы», 2003. - 106 с.

2 Виноградова М.Г., Папулова Д.Р., Артемьев А.А. Теория графов в исследовании корреляций «структура-свойства» // Успехи современного естествознания. - 2006. - №11. - С. 37-38.

3 Иванов В.В., Спета Л.А. Расчетные методы прогноза биологической активности органических соединений. -Харьков: ХНУ, 2003. - 71 с.

4 Химические приложения топологии и теории графов. - М.: Мир, 1987. - 560 с.

5 Tjolsen A., Berge D., Hunskaar S. et al. The formalin test: an evaluation of the method // Puin. - 1992. - Vol. 51. - P. 5-17.

6 Львовский Е.Н. Статистические методы построения эмпирических формул. - М.: Высш. шк., 1988. - 239 с.

O.M. SVECHNIKOVA, S.V. KOLISNYK, U.M. DATKHAYEV

МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ДИЗАЙН БИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНЫХ ПРОИЗВОДНЫХ АКРИДИНА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ТЕОРИИ ГРАФОВ

Резюме: Проблема моделирования связи между структурой и биологической активностью органических соединений является одной из актуальных математических проблем химии. Для нахождения количественных соотношений структура - противовоспалительная активность в изоструктурных рядах замещенных 9-тиоакридона, акридинил-9-тиоуксусных кислот и 9-гидразиноакридина использованы рассчитанные для данных молекулярных структур индексы связности. Установлены корреляционные уравнения связи lgn - f(^R) с убедительными статистическими характеристиками, которые будут использованы для молекулярного дизайна активных фармакофоров.

Ключевые слова: топологические индексы, теория графов, производные акридина, корреляция, молекулярный дизайн

УДК 615.32/.324 + 615.411

А.Н. ЕРДЕНБАЙ, Э.М. БИСЕНБАЕВ, Г.С. ИБАДУЛЛАЕВА

Казахский Национальный медицинский университет имени С.Д. Асфендиярова, г. Алматы, Республика Казахстан

ИЗУЧЕНИЕ ХИМИЧЕСКОГО СОСТАВА СО2-ЭКСТРАКТА КОРЫ ИВЫ БЕЛОЙ, ПОЛУЧЕННОГО В ДОКРИТИЧЕСКИХ УСЛОВИЯХ

Важным направлением в создании новых лекарственных средств растительного происхождения является разработка технологий, позволяющих максимально извлечь биологически активных веществ (БАВ) из исходного сырья. Экстракция БАВ с помощью диоксида (IV) углерода - это сравнительно новый вид извлечения БАВ из сырья растительного или животного происхождения. В данном обзоре представлена информация об изучений компонентного состава СО2-экстракта коры Ивы применением газо-жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией.

Ключевые слова: кора Ивы белой, докритический СО2 экстракт, газо-жидкостная хроматография в сочетании с масс-спектрометрией.

Введение: Народная медицина Казахстана в лечении лекарственные растение, такие как Тополь, Осина,

воспалительных заболеваний широко использует Ива и другие [1]. Большой интерес для исследования

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.