CC BY
114
НЕПРЕРЫВНОЕ МЕДИЦИНСКОЕ ОБРАЗОВАНИЕ
Современные методы лабораторной диагностики туберкулеза: выявление возбудителя и определение его лекарственной чувствительности
Бородулин Б.Е., Еременко Е.П., Ураксина М.В., Бородулина Е.А.
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 443099, г. Самара, Российская Федерация
Достоверным диагностическим критерием туберкулеза является обнаружение Mycobacterium tuberculosis в материале, полученном от больного. В статье дана информация о применении бактериоскопического, бактериологического, молекулярно-биологических методов выявления M. tuberculosis, представлены их характеристики с учетом преимуществ и недостатков. Для своевременной диагностики и успешного лечения туберкулеза все более широко внедряются инновационные методы выявления M. tuberculosis и определения лекарственной устойчивости.
Ключевые слова:
туберкулез; Mycobacterium tuberculosis; микроскопический метод; бактериологический метод; молекулярно-генетические методы; определение лекарственной чувствительности; биочипы; полимеразная цепная реакция в реальном времени
Финансирование. Работа не имела финансовой поддержки.
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Вклад авторов. Концепция и дизайн исследования - Бородулин Б.Е.; сбор и обработка материала - Бородулин Б.Е., Еременко Е.П., Ураксина М.В.; написание текста - Еременко Е.П., Ураксина М.В.; редактирование - Еременко Е.П., Бородулина Е.А.
Для цитирования: Бородулин Б.Е., Еременко Е.П., Ураксина М.В., Бородулина Е.А. Современные методы лабораторной диагностики туберкулеза: выявление возбудителя и определение его лекарственной чувствительности // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2022. Т. 11, № 4. С. 106-111. DOI: https://doi.org/10.33029/2305-3496-2022-11-4-106-111 Статья поступила в редакцию 01.12.2021. Принята в печать 24.10.2022
Contemporary methods of laboratory diagnostics of tuberculosis. The detection of the pathogen and determination its drug sensitivity
Borodulin B.E., Eremenko E.P., Samara State Medical University of the Ministry of Healthcare of the
Uraksina M.V., Shubina А.T. Russian Federation, 443099, Samara, Russian Federation
A reliable diagnostic criterion for tuberculosis is the detection of Mycobacterium tuberculosis in the material received from the patient. The article presents bacterioscopic, bacteriological, molecular genetic methods for the diagnosis of M. tuberculosis with the characteristics of each method, taking into account its advantages and disadvantages. For timely detection and successful treatment of tuberculosis, innovative methods for detecting M. tuberculosis and methods for determining drug sensitivity are being introduced.
Keywords:
tuberculosis; mycobacterium tuberculosis; microscopic method; bacteriological method; molecular biological methods; determination of drug sensitivity; biochips; real-time PCR
Funding. This work was not funded.
Conflict of interest. The authors state that there is no conflict of interest.
Contribution. Research concept and design - Borodulin B.E; collection and processing of material - Borodulin B.E., Eremenko E.P., Uraksina M.V.; writing texts - on Eremenko E.P., Uraksina M.V., editing: on Eremenko E.P., Borodulina E.A.
For citation: Borodulin B.E., Eremenko E.P., Uraksina M.V., Shubina A.T. Contemporary methods of laboratory diagnostics of tuberculosis. The detection of the pathogen and determination its drug sensitivity. Infektsionnye bolezni: novosti, mneniya, obuchenie [Infectious Diseases: News, Opinions, Training]. 2022; 11 (4): 106-11. DOI: https://doi.org/10.33029/2305-3496-2022-11-4-106-111 Received 01.12.2021. Accepted 24.10.2022.
Около 1/3 населения планеты инфицированы Mycobacterium tuberculosis. Ежегодно в мире регистрируется около 10 млн новых случаев заболевания туберкулезом, а около 1,7 млн человек умирают от него. Пик показателей заболеваемости и смертности от туберкулеза пришелся на начало XXI в.: в 2000 г. заболеваемость достигла 90,4 на 100 тыс. населения, а смертность от туберкулеза в 2005 г. - 22,6 на 100 тыс. населения. Несмотря на улучшение эпидемиологических показателей, в России туберкулез остается актуальной проблемой [1]. Доля впервые заболевших туберкулезом ежегодно достаточно весомая, и на 2021 г. заболеваемость впервые выявленным туберкулезом составила 31,1 на 100 тыс. населения [2]. При проведении профилактических и противоэпидемических мероприятий в отношении туберкулезной инфекции необходимо учитывать увеличение доли штаммов возбудителя с множественной (МЛУ) и широкой лекарственной устойчивостью (ШЛУ) к противотуберкулезным препаратам (ПТП). Помимо этого, напряженность эпидемической ситуации связана с трудовой миграцией и распространением туберкулеза среди ВИЧ-инфицированных пациентов [3-5].
Достоверным диагностическим критерием туберкулеза является обнаружение M. tuberculosis в материале, полученном от больного. Ведущая роль в ограничении распространения туберкулеза среди населения принадлежит точной и своевременной диагностике заболевания, максимально быстрому выявлению возбудителя туберкулеза M. tuberculosis, что позволяет верифицировать диагноз, а также определению его лекарственной чувствительности к ПТП для возможности своевременной коррекции лечения [3].
При туберкулезе легких диагностическим материалом является мокрота (промывные воды бронхов, аспирацион-ный материал, бронхоальвеолярная жидкость, браш-биоптат, биоптат, экссудат и др.), а при туберкулезе внелегочной локализации - моча, менструальная кровь и др. [1, 6]. Необходимо не менее чем двукратное исследование мокроты с интервалом в 2-3 дня или другого диагностического материала с соблюдением условий хранения [6, 7].
Правила забора материала для диагностики туберкулеза
Мокроту необходимо собирать утром, натощак. Исследование мокроты методом микроскопии проводят троекратно в течение 2 дней. Мокроту собирают в специальный стерильный контейнер, который выдается пациенту [6, 7].
Мочу в стерильный флакон собирает обученная медицинская сестра, предварительно обмыв наружные половые органы. Отбирают среднюю порцию утренней мочи, у мужчин -естественным путем, у женщин - с помощью катетера [6].
Взятие менструальной крови осуществляют с применением колпачка Кафки или аспиратора. Во время гинекологического осмотра гинеколог собирает выделения из шейки матки, у мужчин - полученные путем массажа выделения предстательной железы, сперму при мастурбации [3].
К традиционным методам выявления M. tuberculosis относят световой микроскопический метод исследования с окраской по Цилю-Нильсену и культуральный метод с использованием твердых питательных сред (среда Левен-штейна-Йенсена) [7].
Метод световой микроскопии с окраской по Цилю-Нильсену для выявления кислотоустойчивых микобакте-рий входит в диагностический минимум при подозрении на туберкулез в первичном звене здравоохранения. Недостатком метода является его низкая чувствительность, выявляе-мость не более 50%, M. tuberculosis могут быть обнаружены при наличии их не менее 5000-10 000 в 1 мл материала, а также данный метод не позволяет визуально отличить туберкулезные микобактерии от нетуберкулезных [8].
К преимуществам метода относятся его простота, дешевизна. С помощью световой микроскопии с окраской по Цилю-Нильсену можно выявить наиболее эпидемиологически опасных больных туберкулезом, выделяющих большое количество M. tuberculosis. В амбулаторной фтизиатрической практике метод является актуальным при необходимости быстрого (в течение 1 ч) обследования больных туберкулезом [8, 9].
Культуральный метод исследования с посевом материала на твердые питательные среды. Преимуществом культурального метода выявления M. tuberculosis (посев) на твердых питательных средах (среда Левенштейна-Йенсена) является довольно высокая чувствительность (достигает 80-90% среди больных туберкулезом, у которых впервые диагностирован туберкулез легких). Для получения положительного результата достаточно от 20 до 100 жизнеспособных микробных клеток в 1 мл. Метод позволяет получить чистую культуру возбудителя, идентифицировать его, провести тест на лекарственную чувствительность к противотуберкулезным препаратам. К недостатку культурального метода относится длительность роста чистой культуры возбудителя, которая составляет от 1 до 3 мес [10-12].
В последнее время наряду с традиционными методами выявления M. tuberculosis появились инновационные, которые позволяют нивелировать недостатки традиционных методов диагностики и, главное, сократить сроки выявления M. tuberculosis, определения лекарственной устойчивости, ускорить верификацию диагноза и повысить эффективность лечения [10, 13, 14]. К этим методам относят люминесцентную микроскопию, картриджную систему GeneXpert MTB/RIF, посев на жидкие среды, фенотипические методы с использованием автоматизированной системы BACTEC™ MGIT™ 960; молеку-лярно-генетические методы (МГМ): тест-системы на основе гибридизации на ДНК-стрипах, биочипы, тест полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени [13, 15, 16].
Люминесцентная микроскопия - достаточно эффективный метод исследования мокроты, при котором источником излучения является ртутная лампа или светодиодный излучатель. Основное преимущество люминесцентной микроскопии перед световой микроскопией с окраской по Цилю-Нильсену состоит в большей чувствительности и лучшей эргономике, контрастности изображения и возможности просматривать большую площадь мазка [3, 17, 18].
Диагностическая чувствительность микроскопии с окраской люминесцентными красителями на 10% выше, чем микроскопия мазка с окраской по Цилю-Нильсену [17].
Преимущество молекулярно-генетических методов состоит в том, что они являются «быстрыми», позволяющими получить результаты в относительно короткий временной период. Заключение о наличии M. tuberculosis в диагностическом материале делается на основании выявления ДНК микобактерий туберкулеза, а вывод о лекарственной устойчивости (ЛУ) - на основании определения мутаций в генах, ассоциированных с ЛУ. Положительный результат при использовании метода ПЦР можно получить в течение 1 рабочего дня [3, 16, 19].
Картриджная полимеразная цепная реакция GeneXpert MTB/RIF. Данный метод рекомендуется для быстрого (в течение 2,5 ч) выявления в нативной мокроте M. tuberculosis, одновременно можно определить устойчивость возбудителя к рифампицину [20, 21]. При однократном выявлении ДНК возбудителя без подтверждения микроскопией или культуральным методом следует осторожно относиться к интерпретации результата. В редких случаях поствакцинальных осложнений, включая поражения костей, а также у больных ВИЧ-инфекцией и больных с иммуносупрессией, при выявлении ДНК и/или выделении культуры микобакте-рий необходимо исключить наличие M. bovis или M. bovis BCG в диагностическом материале. Для этого необходимо провести идентификацию возбудителя с помощью молекулярно-биологических методов [13].
К недостаткам ПЦР относят то, что метод не позволяет определять жизнеспособность выявляемых микобактерий; для его проведения необходимо наличие высококвалифицированного персонала, оснащенных лабораторий с соблюдением установленных требований к ПЦР-лаборатории. При наличии технических погрешностей возможны ложнополо-жительные результаты, обусловленные в том числе особенностями самой ПЦР (высокая чувствительность метода). В связи с этим ПЦР-диагностику туберкулеза можно исполь-
зовать только как дополнительный экспресс-метод при обязательном параллельном применении классических методов диагностики туберкулеза [3, 22, 23].
В США разработана интегрированная автоматизированная система на основе картриджей для диагностики МЛУ-ТБ, в которой используется инструментальная платформа GeneXpert - MTB/XDR. Особенность нового картриджа Xpert MTB/XDR состоит в том, что он позволяет определить устойчивость к изониазиду, этионамиду, фторхинолонам и препаратам второй линии. Данное исследование позиционируют как дополнение к основному Xpert MTB/RIF, который хорошо себя зарекомендовал в ранней диагностике туберкулеза, что позволяет назначить лечение рационально и своевременно [24, 25].
Иммунохроматографический метод основан на определении специфического антигена M. tuberculosis МРТ-64. Отличается простотой выполнения и обеспечивает идентификацию M. tuberculosis за 15 мин. Данный метод может быть рекомендован в качестве основного при проведении идентификации культур, полученных на жидких и/или плотных питательных средах, а также в контаминированных культу-ральных образцах [13, 16].
BACTEC™ MGIT™ 960. Для культивирования в жидкой питательной среде с автоматизированной системой учета роста микроорганизмов применяется BACTEC™ MGIT™ 960. Использование данной системы позволяет увеличить частоту выявления M. tuberculosis примерно на 10% по сравнению с методом культивирования возбудителя на плотных питательных средах. В среднем для получения роста M. tuberculosis традиционным методом требуются 2-3 нед. Широко используют системы культивирования микроорганизмов с автоматической детекцией роста микобактерий, которые позволяют значительно упростить процедуру считывания результатов [26].
Методики, обеспечивающие точную видовую идентификацию нетуберкулезных микобактерий, более трудоемки и требуют больших материальных затрат. К ним относятся гибридизационные технологии на нейлоновых мембранах (ДНК-стрипы), позволяющие идентифицировать следующие виды НТМБ: M. avium ssp., M. chelonae, M. abscessus, M. fortuitum, M. gordonae, M. intracellulare, M. scrofulaceum, M. interjectum, M. kansasii, M. malmoense, M. peregrinum, M. marinum, M. ulcerans, M. xenopi, M. simiae, M. mucogeni-cum, M. goodii, M. celatum, M. smegmatis, M. genavense, M. lentiflavum, M. heckeshornense, M. szulgai, M. intermedium, M. phlei, M. haemophilum, M. ulcerans, M. gastri, M. asiaticum и M. shimoidei. Этим методом можно исследовать культуры на плотной и жидкой питательной среде и получить результат в течение 1-2 дней [3, 27, 28].
Для определения лекарственной чувствительности M. tuberculosis используют методы культивирования M. tuberculosis в присутствии ПТП: метод абсолютных концентраций на плотной питательной среде Левенштейна-Йенсена; модифицированный метод пропорций на жидкой питательной среде в системе с автоматизированным учетом роста микроорганизмов; нитратредуктазный метод абсолютных концентраций на плотной питательной среде с использованием реактива Грисса [29-31].
На плотных питательных средах Левенштейна-Йенсена проводят определение ЛУ M. tuberculosis методом абсолютных концентраций к ПТП первого ряда (изониазид, рифам-пицин, этамбутол, стрептомицин) и к противотуберкулезным препаратам второго ряда [канамицин, офлоксацин, этиона-мид, протионамид, капреомицин, циклосерин, пара-аскорбиновая кислота (ПАСК)]. Метод требует достаточно много времени для получения результата (до 3-8 нед) [11, 12].
Для более быстрого обнаружения ЛУ к противотуберкулезным препаратам используют жидкие питательные среды с помощью анализатора BACTEC™ MGIT™ 960. Используя этот метод, можно определить чувствительность микобактерии как к ПТП первого ряда (изониазид, рифампицин, этамбутол, стрептомицин, пиразинамид), так и к ПТП второго ряда (амикацин, канамицин, офлоксацин, левофлоксацин, мок-сифлоксацин, этионамид, протионамид, капреомицин, ПАСК, линезолид) [26].
Метод пропорций на плотной питательной среде Левен-штейна-Йенсена пременяют для определения ЛУ к препаратам первого (стрептомицин, изониазид, рифампицин, этамбутол) и второго ряда (офлоксацин, этионамид, протионамид, капреомицин, канамицин, аминосалициловая кислота, циклосерин) [3,11].
Для определения лекарственной устойчивости используют молекулярно-биологические методы исследования, которые включают в себя 3 основные технологии: гибридизационные, основанные на гибридизации продуктов ПЦР со специфическими олигонуклеотидами, иммобилизи-рованными на матрице, которая может представлять собой биологический микрочип, или ДНК-стрип; мультиплексная ПЦР в режиме реального времени; «картриджная» технология (выделение ДНК и амплификация идут автоматически в специальном картридже) [19,32].
В настоящее время на территории РФ зарегистрированы отечественные тест-системы, использующие микрочиповую технологию: «ТБ-Биочип-1», которая позволяет определять ЛУ к рифампицину и изониазиду (гены rpoB, katG, inhA, ahpC) с чувствительностью метода более 95% при установлении устойчивости к рифампицину и более 85% - к изониазиду (специфичность 95%), и «ТБ-Биочип-2», позволяющая определять устойчивость к фторхинолонам с чувствительностью не менее 85% (ген gyrA) [3]. Преиму-
ществом отечественных биочипов для определения генетических детерминант устойчивости по сравнению с тестами гибридизационного анализа на стрипах GenoType MTBDRplus и GenoType MTBDRsl является то, что с их помощью можно точно определить тип мутаций, как наиболее распространенных, так и редко встречающихся. Это позволяет исключить ложноположительные результаты и является важным инструментом при проведении эпидемиологических исследований в области распространения штаммов с МЛУ и ШЛУ [7].
Мультиплексная полимеразная цепная реакция в режиме реального времени позволяет определять мутации, ассоциированные с ЛУ к рифампицину, изониазиду (АмплиТУБ-РВ).
ДНК-стрипы позволяют определять ЛУ к рифампицину, изониазиду, фторхинолонам, этамбутолу, аминогликози-дам/циклическим пептидам. В настоящее время этот метод является наиболее приемлемым для мониторинга штаммов с устойчивостью к основным препаратам второго ряда, в том числе и с ШЛУ [3, 33].
В случаях неэффективного лечения и рецидива туберкулезной инфекции у пациентов с неизвестным анамнезом или проживающих в регионах (странах) с высокой распространенностью МЛУ-ТБ целесообразно использование Geno Type MTBDR plus. Время выполнения данного исследования - 1-2 дня. Этот метод позволяет определить устойчивость к изониазиду и рифампицину. На сегодняшний день GenoType MTBDR sl (Hain Lifescience, Нерен, Германия) является одним из немногих коммерческих доступных молекулярных тестов для определения устойчивости к основным противотуберкулезным препаратам второго ряда, позволяющим быстро выявлять МЛУ/ШЛУ-ТБ [34-37].
Заключение
Наряду с традиционными методами выявления M. tuberculosis в последнее время появилось много новых методов исследования, в том числе отечественного производства, которые позволяют в короткие сроки выявить M. tuberculosis, определить лекарственную устойчивость к противотуберкулезным препаратам, что может сократить сроки исследования, своевременно начать терапию и мониторировать эффективность лечения больных туберкулезом.
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ
ФГБОУ ВО СамГМУ Минздрава России, Самара, Российская Федерация:
Бородулин Борис Евгеньевич (Boris E. Borodulin)* - доктор медицинских наук, профессор кафедры фтизиатрии и пульмонологии
E-mail: borodulinbe@yandex.ru https://orcid.org/0000-0002-6676-8587
Еременко Екатерина Павловна (Ekaterina P. Eremenko) - кандидат медицинских наук, доцент кафедры фтизиатрии и пульмонологии
E-mail: eremenko.ep@mail.ru https://orcid.org/0000-0001-5909-4070
* Автор для корреспонденции.
Ураксина Мария Владимировна (Mariya V. Uraksina) - аспирант кафедры фтизиатрии и пульмонологии
E-mail: mmuraxina@gmail.com
https://orcid.org/0000-0002-6682-2440
Бородулина Елена Александровна (Elena A. Borodulina) - заведующий кафедрой фтизиатрии и пульмонологии
E-mail: borodulinbe@yandex.ru
https://orcid.org/0000-0002-3063-1538
ЛИТЕРАТУРА
1. Эргешов A^. Туберкулез в Российской Федерации: ситуация, проблемы и перспективы // Bеcтник Российской академии медицинских наук. 2018. Т. 7Э, № Б. С. ЭЭ0-ЭЭ7.
2. Bacильевa ИА, Тестов B.B., Стерликов СА Эпидемическая ситуация по туберкулезу в годы пандемии COVID-19 - 2020-2021 гг. // Туберкулез и болезни легких. 2022. Т. 100, № Э. С. 6-12.
3. Бородулин БВ., Бородулина E.A., Epеменкo EB. Aмбyлaтopнaя фтизиатрия : учебное пособие. Москва : КноРус, 2022. 418 с. ISBN: 978Б40609 2002.
4. Bдoyшкинa E.C, Бородулина E.A., Калинкин A.B., Рогожкин ПВ. Туберкулез у больных BИЧ-инфекцией в регионе с высоким распространением BИЧ // Туберкулез и болезни легких. 2018 Т. 96, № 12. С. 64-6Б.
Б. Мишин B.IO., Мишина A.B., Левченко МБ. и др. Сочетанные инфекции. Туберкулез и BИЧ-инфекция // Consilium Medicum. 2017. Т. 19, № 11. С. Б9-6Э.
6. Королькова A.B., Магомадов Х.У., Усманова A^. Особенности лабораторной диагностики у больных туберкулезом легких // Бюллетень медицинских Интернет-конференций. 2020. Т. 10, № Б. С. 177.
7. Bиктopoвa И.Б., Дегтярева С.Ю., Кулабухова E.K и др. Обнаружение mycobacterium tuberculosis в мокроте у больных коинфекцией BИЧ/тyбеpкyлез различными методами (обзор литературы) // Журнал инфектологии. 2018. Т. 10, № 2. С. Э0-Э8. DOI: https://doi.org/10.22625/2072-6732-2018-10-2-30-38
8. Севастьянова ЭВ., Ларионова E.E., Aндpиевcкaя И.Ю. Bыявление ми-кобактерий методом микроскопии препаратов, окрашенных по Цилю-Ниль-сену // Bеcтник ЦНИИТ. 2019. № 2. С. 81-89. DOI: https://doi.org/10.7868/ S2587667819020109
9. Angra P., Ridderhof J., Tahseen S. еt al. Read the new microscopy handbook: even the Ziehl-Neelsen technique has changed // Int. J. Tuberc. Lung Dis. 2016. Vol. 20, N 4. P. Б67. DOI: https://doi.org/10.ББ88/ijtld.16.0009
10. Ларионова E.E., Aндpеевcкaя С.Н., Смирнова Т.Г. и др. Методы идентификации микобактерий // Bеcтник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2021. № 1. С. 87-98.
11. Севастьянова ЭВ., Ларионова E.E., Aндpиевcкaя И.Ю., Смирнова Т.Г. Культуральный метод исследования микобактерий. Деконтаминация образцов диагностического материала // Bеcтник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2020. № 2. С. 89-99. DOI: https://doi.org/10.7868/ S2587667820010119
12. Ларионова E.E., Aндpиевcкaя И.Ю., Aндpеевcкaя С.Н. и др. Культуральный метод исследования микобактерий. Плотные питательные среды // Bеcтник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2020. № Э. С. 7Б-86. DOI: https://doi.org/10.7868/S2587667820030103
13. Jafari C., Olaru I. D., Daduna F. et al. Rapid diagnosis of pulmonary tuberculosis by combined molecular and immunological methods // Eur. Respir. J. 2018. Vol. Б1, N Б. Article ID 1702189. DOI: https://doi.org/10.1183/13993003.02189-2017
14. Севастьянова ЭВ., Черноусова Л.Н. Современные алгоритмы микробиологической диагностики туберкулеза // Туберкулез и болезни легких. 2018. Т. 96, № 7. С. 11-17. DOI: https://doi.org/10.21292/2075-1230-2018-96-7-11-17
1Б. Walzl G., McNerney R., du Plessis N. еt al. Tuberculosis: advances and challenges in development of new diagnostics and biomarkers // Lancet Infect. Dis. 2018. Vol. 18, N 7. P. 199-210. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18) Э0111-7
16. Севастьянова ЭВ., Пузанов B.A., Смирнова Т.Г. Оценка комплекса микробиологических и молекулярно-генетических методов исследований для диагностики туберкулеза // Туберкулез и болезни легких. 201Б. № 1. С. ЭБ-41.
17. Севастьянова ЭВ., Ларионова E.E., Aндpиевcкaя И.Ю. Bыявление микобактерий методом люминесцентной микроскопии. Часть 1. Приготовление и окрашивание препаратов // Bеcтник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2019. № 3. С. 74-82. DOI: https://doi.org/10.7868/ S2587667819030105
18. Севастьянова ЭВ., Ларионова E.E., Aндpиевcкaя И.Ю., Смирнова Т.Г. Bыявление микобактерий методом люминесцентной микроскопии. Часть 2. Микроскопическое исследование препаратов // Bеcтник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2019. № 4. С. 81-90. DOI: https://doi. org/10.7868/S2587667819040101
19. Eлиcеев П.И., Тарасова ИВ., Марьяндышев AA Роль молекулярно-ге-нетических методов в повышении эффективности диагностики туберкулеза с лекарственной устойчивостью микобактерий // Туберкулез и болезни легких. 2014. № 9. С. 19. DOI: https://doi.org/10.21292/2075-1230-2014-0-9-19-19
20. Shi J., Dong W., Ma Y. et al. Genexpert MBT/RIF outperforms mycobacterial culture in detecting Mycobacterium tuberculosis from salivary sputum // Biomed.
Res. Int. 2018. Vol. 2018. Article ID 1514381. DOI: https://dol.org/10.1155/2018/ 1514381
21. Yasemin A., Sajjad A., Afzal S. et al. Evaluation of GeneXpert MTB/ RIF assay for detection of pulmonary tuberculosis on sputum samples // J. Coll. Physicians Surg. Pak. 2019. Vol. 29, N 1. P. 66-69. DOI: https://doi.org/10.29271/ jcpsp.2019.01.66
22. Li S., Liu B., Peng M. et al. Diagnostic accuracy of Xpert MTB/RIF for tuberculosis detection in different regions with different endemic burden: a systematic review and metaanalysis // PLoS One. 2017. Vol. 12, N 7. Article ID e0180725. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180725
23. Chikaonda T., Nguluwe N., Barnett B. et al. Performance of Xpert® MTB/RIF among tuberculosis outpatients in Lilongwe, Malawi // Afr. J. Lab. Med. 2017. Vol. 6, N 10. P. 464. DOI: https://doi.org/10.4102/ajlm.v6i2.464
24. Bainomugisa A., Gilpin C., Coulter C. et al. New Xpert MTB/XDR: added value and future in the field // Eur. Respir. J. 2020. Vol. 56. Article ID 2003616 DOI: https://doi.org/10.1183/13993003.03616-2020
25. Cao Y., Parmarl H., Gaur R. et al. Xpert MTB/XDR: a ten-color reflex assay suitable for point of care settings to detect isoniazid, fluoroquinolone, and second line injectable drug-resistance directly from Mycobacterium tuberculosis positive sputum // J. Clin. Microbiol. 2021. Vol. 59, N 3. Article ID e02314-20. DOI: https:// doi.org/10.1128/JCM.02314-20
26. Tagliani E., Cabibbe A.M., Miotto P. et al. Diagnostic performance of the new version (v2.0) of GenoType MTBDRsl assay for detection of resistance to fluoroquinolones and second-line injectable drugs: a multicenter study // J. Clin. Microbiol. 2015. Vol. 53, N 9. P. 2961-2969. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.01257-15
27. Smirnova T., Ustinova V., Andreevskaya S. et al. Evaluation of a new assay for nontuberculous mycobacteria species identification in diagnostic material and cultures // Tuberculosis. 2021. Vol. 130. Article ID 102124. DOI: https://doi. org/10.1016/j.tube.2021.102124
28. Устинова В.В., Смирнова Т.Г., Варламов Д.А. и др. Выявление и дифференциация нетуберкулезных микобактерий и микобактерий туберкулезного комплекса методом ПЦР в режиме реального времени // Туберкулез и болезни легких. 2016. Т. 94, № 9. С. 80-87. DOI: https://doi.org/10.21292/2075-1230-2016-94-9-80-87
29. Nguyen T.N.A., Anton-Le Berre V., Banuls A.-L. еt al. Molecular diagnosis of drug-resistant tuberculosis; a literature review // Front. Microbiol. 2019. Vol. 10. P. 794. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00794
30. Черноусова Л.Н., Андреевская С.Н., Смирнова Т.Г., Ларионова Е.Е. Микробиологическая диагностика туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью возбудителя // Болезни органов дыхания. Приложение к журналу «Consilium Medicum». 2019. № 1. С. 13-16. DOI: https://doi.org/10.26442/2619 0079.2019.190490
31. Эргешов А., Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е. и др. Спектр мутаций в генах, ассоциированных с устойчивостью к рифампицину, изониазиду и фтор-хинолонам, у клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis отражает транс-миссивность мутантных клонов // Молекулярная биология. 2017. Т. 51, № 4. С. 595-602.
32. Бородулина Е.А., Рогожкин П.В., Олефиров А.С. и др. Лекарственная устойчивость микобактерий туберкулеза, полученных из операционного материала у больных туберкулезом легких // Медицинский альянс. 2021. Т. 9, № 1. С. 6-10. DOI: https://doi.org/10.36422/23076348-2021-9-1-6-10
33. Ларионова Е.Е., Андреевская С.Н., Смирнова Т.Г., Севастьянова Э.В., Черноусова Л.Н. Методы идентификации микобактерий // Вестник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. 2021. № 1. С. 87-98.
34. Bai Y., Wang Y., Shao C. еt al. GenoType MTBDRplus assay for rapid detection of multidrug resistance in mycobacterium tuberculosis: a meta-analysis // PLoS One. 2016. Vol. 11, N 3. Article ID e0150321. DOI: https://doi.org/10.1371/journal. pone.0150321
35. Tomasicchio M., Theron G., Pietersen E. et al. The diagnostic accuracy of the MTBDRplus and MTBDRsl assays for drug-resistant TB detection when performed on sputum and culture isolates // Sci. Rep. 2016. Vol. 6. Article ID 17850. DOI: https://doi.org/10.1038/srep17850
36. Meaza A., Kebede A., Yaregal Z. et al. Evaluation of genotype MTBDRplus VER 2.0 line probe assay for the detection of MDR-TB in smear positive and negative sputum samples // BMC Infect. Dis. 2017. Vol. 17, N 1. P. 280. DOI: https://doi. org/10.1186/s12879-017
37. Каминский Г.Д., Кудлай Д.А., Панова А.Е. и др. Тактика врача при выявлении, диагностике и профилактике сочетанной инфекции ВИЧ и туберкулез : практическое руководство. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2020. 160 с. ISBN: 978-59704-5720-7.
REFERENCES
1. Ergeshov AE. Tuberculosis in the Russian Federation: situation, challenges and perspectives. Vestnik Rossiyskoy akademii meditsinskikh nauk [Annals of the Russian Academy of Medical Sciences]. 2018; 73 (5): 330-7. (in Russian)
2. Vasilyeva I.A., Testov V.V., Sterlikov S.A. Tuberculosis Situation in the Years of the COVID-19 Pandemic - 2020-2021. Tuberkulez i bolezni legkikh [Tuberculosis and Lung Diseases]. 2022; 100 (3): 6-12. (in Russian)
3. Borodulin B.E., Borodulina E.A., Eremenko E.P. Ambulatory phthisiology: textbook. Moscow: KnoRus, 2022: 418 p. ISBN: 9785406092002. (in Russian)
4. Vdoushkina E.S., Borodulina E.A., Kalinkin A.V., Rogozhkin P.V. Tuberculosis in HIV patients in the region with high HIV prevalence. Tuberkulez i bolezni legkikh [Tuberculosis and Lung Diseases]. 2018; 96 (12): 64-5. (in Russian)
5. Mishin V.Yu., Mishina A.V., Levchenko M.V., et al. Tuberculosis and HIV co-infection. Consilium Medicum. 2017; 19 (11): 59-63. (in Russian)
6. Korol'kova A.V., Magomadov Kh.U., Usmanova A.F. Features of laboratory diagnostics in patients with pulmonary tuberculosis. Byulleten' meditsinskikh Internet-konferentsiy [Bulletin of Medical Internet Conferences]. 2020; 10 (5): 177. (in Russian)
7. Viktorova I.B., Degtyareva S.Yu., Kulabukhova E.I., et al. Detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum in patients coinfected with HIV/tuberculosis by various methods (literature review). Zhurnal infektologii [Journal of Infectology]. 2018; 10 (2): 30-8. DOI: https://doi.org/10.22625/2072-6732-2018-10-2-30-38 (in Russian)
8. Sevastyanova E.V., Larionova E.E., Andrievskaya I.Yu. Microscopic detection of mycobacteria by Ziehl-Neelsen staining technique. Vestnik TsNIIT [CTRI Bulletin]. 2019; (2): 81-9. DOI: https://doi.org/10.7868/S2587667819020109 (in Russian)
9. Angra P., Ridderhof J., Tahseen S., et al. Read the new microscopy handbook: even the Ziehl-Neelsen technique has changed. Int J Tuberc Lung Dis. 2016; 20 (4): 567. DOI: https://doi.org/10.5588/ijtld.16.0009
10. Larionova E.E., Andreevskaya S.N., Smirnova T.G., et al. Methods for the identification of mycobacterium species. Vestnik Tsentral'nogo nauchno-issledovatel'skogo instituta tuberkuleza [CTRI Bulletin]. 2021; (1): 87-98. (in Russian)
11. Sevastyanova E.V., Larionova E.E., Andrievskaya I.Yu., Smirnova T.G. Detection of mycobacteria by culture inoculation. Decontamination of diagnostic samples. Vestnik Tsentral'nogo nauchno-issledovatel'skogo instituta tuberkuleza [CTRI Bulletin]. 2020;
(2): 89-99. DOI: https://doi.org/10.7868/S2587667820010119 (in Russian)
12. Larionova E.E., Andrievskaya I.Yu., Andreevskaya S.N., et al. The culture method for mycobacteria studies. Solid growth media. Vestnik Tsentral'nogo nauchno-issledovatel'skogo instituta tuberkuleza [CTRI Bulletin]. 2020; (3): 75-86. DOI: https://doi.org/10.7868/S2587667820030103 (in Russian)
13. Jafari C., Olaru I. D., Daduna F., et al. Rapid diagnosis of pulmonary tuberculosis by combined molecular and immunological methods. Eur Respir J. 2018; 51 (5): 1702189. DOI: https://doi.org/10.1183/13993003.02189-2017
14. Sevastyanova E.V., Chernousova L.N. Modern algorithms of microbiological diagnostics of tuberculosis. Tuberkulez i bolezni legkikh [Tuberculosis and Lung Diseases]. 2018; 96 (7): 11-7. DOI: https://doi.org/10.21292/2075-1230-2018-96-7-11-17 (in Russian)
15. Walzl G., McNerney R., du Plessis N., et al. Tuberculosis: advances and challenges in development of new diagnostics and biomarkers. Lancet Infect Dis. 2018; 18 (7): 199-210. DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30111-7
16. Sevastyanova E.V., Puzanov V.A., Smirnova T.G. Assessment of a set of microbiological and molecular genetic studies for the diagnosis of tuberculosis. Tuberkulez i bolezni legkikh [Tuberculosis and Lung Diseases]. 2015; (1): 35-41. (in Russian)
17. Sevastyanova E.V., Larionova E.E., Andrievskaya I.Yu. Detection of mycobacteria by fluorescent microscopy. Part 1. Specimen preparation and staining. Vestnik Tsentral'nogo nauchno-issledovatel'skogo instituta tuberkuleza [CTRI Bulletin]. 2019;
(3): 74-82. DOI: https://doi.org/10.7868/S2587667819030105 (in Russian)
18. Sevastyanova E.V., Larionova E.E., Andrievskaya I.Yu., Smirnova T.G. Detection of mycobacteria by luminescence microscopy. Part 2. Microscopic study of smears. Vestnik Tsentral'nogo nauchno-issledovatel'skogo instituta tuberkuleza [CTRI Bulletin]. 2019; (4): 81-90. DOI: https://doi.org/10.7868/S2587667819040101 (in Russian)
19. Eliseev P.I., Tarasova I.V., Mar'yandyshev A.O. The role of molecular genetic methods in improving the efficiency of diagnosis of drug-resistant tuberculosis in mycobacteria. Tuberkulez i bolezni legkikh [Tuberculosis and Lung Diseases]. 2014; (9): 19. DOI: https://doi.org/10.21292/2075-1230-2014-0-9-19-19 (in Russian)
20. Shi J., Dong W., Ma Y., et al. Genexpert MBT/RIF outperforms mycobacterial culture in detecting Mycobacterium tuberculosis from salivary sputum. Biomed Res Int. 2018; 2018: 1514381. DOI: https://doi.org/10.1155/2018/1514381
21. Yasemin A., Sajjad A., Afzal S., et al. Evaluation of GeneXpert MTB/RIF assay for detection of pulmonary tuberculosis on sputum samples. J Coll Physicians Surg Pak. 2019; 29 (1): 66-9. DOI: https://doi.org/10.29271/jcpsp.2019.01.66
22. Li S., Liu B., Peng M., et al. Diagnostic accuracy of Xpert MTB/RIF for tuberculosis detection in different regions with different endemic burden: a systematic review and metaanalysis. PLoS One. 2017; 12 (7): e0180725. DOI: https://doi.org/10.1371/ journal.pone.0180725
23. Chikaonda T., Nguluwe N., Barnett B., et al. Performance of Xpert® MTB/RIF among tuberculosis outpatients in Lilongwe, Malawi. Afr J Lab Med. 2017; 6 (10): 464. DOI: https://doi.org/10.4102/ajlm.v6i2.464
24. Bainomugisa A., Gilpin C., Coulter C., et al. New Xpert MTB/XDR: added value and future in the field. Eur Respir J. 2020; 56: 2003616 DOI: https://doi. org/10.1183/13993003.03616-2020
25. Cao Y., Parmarl H., Gaur R., et al. Xpert MTB/XDR: a ten-color reflex assay suitable for point of care settings to detect isoniazid, fluoroquinolone, and second line injectable drug-resistance directly from Mycobacterium tuberculosis positive sputum. J Clin Microbiol. 2021; 59 (3): e02314-20. DOI: https://doi.org/10.1128/ JCM.02314-20
26. Tagliani E., Cabibbe A.M., Miotto P., et al. Diagnostic performance of the new version (v2.0) of GenoType MTBDRsl assay for detection of resistance to fluoroquinolones and second-line injectable drugs: a multicenter study. J Clin Microbiol. 2015; 53 (9): 2961-9. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.01257-15
27. Smirnova T., Ustinova V., Andreevskaya S., et al. Evaluation of a new assay for nontuberculous mycobacteria species identification in diagnostic material and cultures. Tuberculosis. 2021; 130: 102124. DOI: https://doi.org/10.1016/ j.tube.2021.102124
28. Ustinova V.V., Smirnova T.G., Varlamov D.A., et al. Detection and differentiation of non-tuberculous mycobacteria and m. tuberculosis complex by real time PCR. Tuberkulez i bolezni legkikh [Tuberculosis and Lung Diseases]. 2016; 94 (9): 80-7. DOI: https://doi.org/10.21292/2075-1230-2016-94-9-80-87 (in Russian)
29. Nguyen T.N.A., Anton-Le Berre V., Banuls A.-L., et al. Molecular diagnosis of drug-resistant tuberculosis; a literature review. Front Microbiol. 2019; 10: 794. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00794
30. Chernousova L.N., Andreevskaya S.N., Smirnova T.G., Larionova E.E. Microbiological diagnosis of multidrug-resistant tuberculosis. Bolezni organov dykhaniya. Prilozhenie k zhurnalu Prilozhenie k zhurnalu «Consilium Medicum» [Diseases of the Respiratory System. Appendix to the Journal «Consilium Medicum»]. 2019; (1): 13-6. DOI: https://doi.org/10.26442/26190079.2019.190490 (in Russian)
31. Ergeshov A., Andreevskaya S.N., Larionova E.E., et al. Prevalence of mutations in Mycobacterium tuberculosis genes coding resistance to isoniazid and rifam-picin in tuberculosis patients from different age groups. Molekulyarnaya biologiya [Molecular Biology]. 2017; 51 (4): 595-602. (in Russian)
32. Borodulina E.A., Rogozhkin P.V., Olefirov A.S., et al. Drugresistance of Mycobacterium tuberculosis from surgical material taken from patients with pulmonary tuberculosis. Meditsinskiy al'yans [Medical Alliance]. 2021; 9 (1): 6-10. DOI: https:// doi.org/10.36422/23076348-2021-9-1-6-10 (in Russian)
33. Larionova E.E., Andreevskaya S.N., Smirnova T.G., Sevastyanova E.V., Chernousova L.N. Methods for the identification of mycobacterium species. Vestnik Tsentral'nogo nauchno-issledovatel'skogo instituta tuberkuleza [CTRI Bulletin]. 2021; (1): 87-98. (in Russian)
34. Bai Y., Wang Y., Shao C., et al. GenoType MTBDRplus assay for rapid detection of multidrug resistance in mycobacterium tuberculosis: a meta-analysis. PLoS One. 2016; 11 (3): e0150321. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0150321
35. Tomasicchio M., Theron G., Pietersen E., et al. The diagnostic accuracy of the MTBDRplus and MTBDRsl assays for drug-resistant TB detection when performed on sputum and culture isolates. Sci Rep. 2016; 6: 17850. DOI: https://doi.org/10.1038/ srep17850
36. Meaza A., Kebede A., Yaregal Z., et al. Evaluation of genotype MTBDRplus VER 2.0 line probe assay for the detection of MDR-TB in smear positive and negative sputum samples. BMC Infect Dis. 2017; 17 (1): 280. DOI: https://doi.org/10.1186/ s12879-017
37. Kaminskii G.D., Kudlay D.A., Panova A.E., et al. Doctor's tactics in the detection, diagnosis and prevention of co-infection with HIV and tuberculosis: a practical guide. Moscow: GEOTAR-Media, 2020: 160 p. ISBN: 978-5-9704-5720-7. (in Russian)
