CC BY
92
АНАЛИТИЧЕСКИЕ ОБЗОРЫ
Современное представление о систематике и номенклатуре порядка Rickettsiales
Шпынов С.Н., Тарасевич И.В.
ФГБУ «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. акад. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва
Исторически систематика и номенклатура представителей порядка Rickettsiales основывались на изучении фенотипических характеристик. Применение молекулярно-биологических методов привело к описанию новых видов риккетсий, включая патогенные для человека, а подходов молекулярной филогении - к реклассификации на всех таксономических уровнях в порядке Rickettsiales. Некультивируемые в лабораторных условиях микроорганизмы из порядка Rickettsiales в соответствии с рекомендациями International Committee of Systematic Bacteriology были классифицированы как Candidatu ssp., появились рода и семейства, имеющие статус кандидатов. Комплексное применение новых подходов, основанное на молекулярно-биологических методах, математическом анализе полноразмерных геномов и традиционных, базирующихся на экологических связях риккетсий с переносчиками, способствует совершенствованию систематики внутри рода Rickettsia.
В обзоре представлены современные данные по систематике и номенклатуре представителей порядка Rickettsiales, полученные при анализе зарубежных и отечественных научных публикаций, а также на основании материалов, опубликованных авторами. Дано новое представление о классификации и таксономии внутри рода Rickettsia. Верифицировано существование групп сыпного тифа и клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ), показана целесообразность сохранения предковой группы с выделением в ней подгруппы R. belli и подгруппы Ca. Rickettsia tarasevichiae (Старый Свет) - R. canadensis (Новый Свет). Предложено выделить группу R. felis вместе с Ca. Rickettsia senegalensis и Ca. R. asemboensis, располагающуюся между предковой группой и группой КПЛ, и группу R. akari на границе между группой КПЛ и родом Orientia.
Ключевые слова:
систематика, номенклатура, Rickettsiales, риккетсии, риккетсиозы
Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2017. № 2. С. 31-42.
Статья поступила в редакцию: 12.12.2016. Принята в печать: 16.01.2017.
Modern understanding of the systematic and nomenclature of the order Rickettsiales
Shpynov S.N., Tarasevich I.V. N.F. Gamaleya Institute of Epidemiology and Microbiology, Moscow
Historically, systematic and nomenclature into order Rickettsiales was based on researching of phenotypic characteristics. The use of molecular biology techniques has led to the description of new species of Rickettsia, including human pathogens and approaches of molecular phylogeny for reclassification at all taxonomic ranks of order Rickettsiales. Uncultivated in the laboratory conditions microorganism from order Rickettsiales were classified as Candidatus ssp. in accordance with the recommendations of the International Committee of Systematic Bacteriology. Several species, genera and families have the status of candidates. The application of complex of new approaches based on molecular methods, mathematical analysis of completed genomes and traditional, based on the ecological association rickettsiae with vectors, helps to improve the taxonomy within the genus Rickettsia.
This review summarizes current data on the taxonomy and nomenclature of the representatives from the order Rickettsiales, obtained in the analysis of international and Russian scientific publications, as well as on the basis of materials published authors. The article gives a new understanding of the classification and taxonomy within the genus Rickettsia. It was verified the existence of typhus group and spotted fever group (SFG), the expediency of saving "ancestor" group with division of her on the subgroup Rickettsia belli and the subgroup Ca. Rickettsia tarasevichiae (Old World) - R. canadensis (New World). It is proposed to distinguisha group of R. felis with Ca. Rickettsia senegalensis and Ca. R. asemboensis, located between the "ancestral" group and the SFG, and a group of R. akari on the border between SFG group and the genus Orientia.
Keywords:
systematics, nomenclature, Rickettsiales, Rickettsia, rickettsioses
Infectious Diseases: News, Opinions, Training. 2017; (2): 31-42.
Received: 12.12.2016. Accepted: 16.01.2017.
Предмет изучения риккетсиологии - группа облигат-ных внутриклеточных прокариот из рода Rickettsia порядка Rickettsiales. Американский исследователь H.T. Ricketts в 1909 г. впервые обнаружил в крови больных и клещах возбудителя пятнистой лихорадки Скалистых гор (ПЛСГ) [1]. Бразильский исследователь da Rocha-Lima в 1916 г. выделил группу близкородственных бактерий и дал им название «риккетсии» [2]. Rickettsia prowazekii -возбудитель эпидемического сыпного тифа (ЭСТ) была названа им в честь H.T. Ricketts и S. Prowazek, погибших при
изучении этой инфекции. В дальнейшем термин «риккетсии» был распространен на группу бактерий, обладающих общими свойствами, передающихся членистоногими (клещи, вши и блохи) и вызывающих риккетсиозы - лихорадочные заболевания человека, характеризующиеся сыпью. Наряду с ЭСТ важное значение имеют эндемические риккетсиозы: крысиный тиф, ПЛСГ, средиземноморская пятнистая лихорадка, клещевой сыпной тиф Северной Азии (табл. 1). Многие клещевые риккетсиозы, вызываемые представителями рода Rickettsia, так же как и лихорадка
Вид риккетсии, автор(-ы) Название вызывае- Связанные с риккетсиями Ареал
и год описания (группа) мого риккетсиоза хозяева-членистоногие
Rickettsia aeschlimannii Beati, Mes- Без названия Amblyomma spp., Rhipicephalus spp., Hya- Северная Африка,
kini, Thiers, Raoult, 1997 (KnA) lomma spp., Ixodes spp., Haemaphysalis spp. Европа
Rickettsia africae Kelly, Beati, Mason, Африканская клеще- Amblyomma spp., Rhipicephalus spp., Hya- Северная Африка
Matthewman, Roux, Raoult, 1996 (KnA) вая лихорадка lomma spp.
Rickettsia akariHuebner, Jellison Гамазовый или оспо- Allodermanyssus sanguineus, Liponyssoides Украина, США,
and Pomerantz, 1946 (KnA) видный риккетсиоз sanguineus Южная Корея
Rickettsia asiatica Fujita, Fournier, Данные отсутствуют Ixodes ovatus, I. pomerantzevi Азия
Takada, Saito, Raoult, 2006 (KnA)
Rickettsia australis Philip, 1950 Квинслендский кле- I. holocyclus, I. tasmani, I. cornuatus Австралия
(KnA) щевой тиф
Rickettsia belliiPhilip, Casper, Данные отсутствуют Amblyomma spp., Dermacentor occidentalis, Америка
Anacker, Cory, Hayes, Burgdorfer, D. variabilis, D. parumapertus, D. albipictus, Hae-
Yunker, 1983 (npeAKOBan) maphysalis leporispalustris, Argas cooleyi, Orni-thodoros concanensis, Ha. juxtakochi, I. loricatus
Rickettsia buchneri Kurtti, Felsheim, Данные отсутствуют I. scapularis Северная Америка
Burkhardt, Oliver, Heu, Munderloh,
2015 (KnA)
Rickettsia canadensis McKiel, Bell Данные отсутствуют Ha. leporispalustris Северная и Цен-
and Lackman, 1967 (npeAKOBan) тральная Америка
Rickettsia conoriiBrumpt, 1932 Средиземномор- Rhipicephalus sanguineus, R. evertsi evertsi, Бассейны Среди-
(KnA) ская пятнистая лихо- R. simus, R. mushamae, Haemaphysalis земного, Черного
радка punctaleachi, Ha. leachi, R. bursa и Каспийского морей
Rickettsia felis Bouyer, Stenos, Без названия Ctenocephalides felis, C. canis, Pulex irritans, Космополит
Crocquet-Valdes, Moron, Popov, Zava- Archeopsylla erinacei, Xenopsylla cheopis,
la-Velazquez, Foil, Stothard, Azad Anomiopsyllus nudata
and Walker, 2001 (KnA)
Таблица 1. Валидные виды риккетсий, их географическое распространение, связанные с ними хозяева-членистоногие и вызываемые ими заболевания
Окончание табл. 1
Вид риккетсии, автор(-ы) и год описания (группа) Название вызываемого риккетсиоза Связанные с риккетсиями хозяева-членистоногие Ареал
Rickettsia heilongjiangensis Euzeby, 2006 (КПЛ) Дальневосточная пятнистая лихорадка Ha. concinna, H. japonica dougiasi, Ha. flava, Dermacentor siivarum Азия: Россия, Китай, Южная Корея, Япония
Rickettsia helvetica Beati, Peter, Без названия (серо- I. ricinus, I. persulcatus Европа, Азия Burgdorfer, Aeschlimann, Raoult, логически подтверж-1993 (КПЛ) денные случаи в Лаосе и Таиланде)
Rickettsia honeiStenos, Roux, Walker, Raoult, 1998 (КПЛ) Пятнистая лихорадка острова Флиндерс Bothriocroton hydrosauri, Ixodes sp. Азия, Австралия, острова Тихого океана
Rickettsia hoogstraaliiDuh, Punda- Данные отсутствуют Carios capensis, Ha. punctata, Ha. sulcata., Азия, Европа, Афри-Polic, Avsic-Zupanc, Bouyer, Walker, A. persicus, O. moubata ка к югу от Сахары Popov, Jelovsek, Gracner, Trilar, Brad-aric, Kurtti, Strus, 2010 (КПЛ)
Rickettsia japonica Uchida, Uchi-yama, Kumano, Walker, 1992 (КПЛ) Японская пятнистая лихорадка (в Японии и Южной Корее) Ha. flava, Ha. hystricis, Ha. iongicornis, Ha. cornigera, Ha. formosensis, I. ovatus, D. taiwanensis Юго - Восточная Азия
Rickettsia massiliae Beati, Raoult Без названия R. sanguineus, R. bursa, R. turanicus, R. pusil- Европа, Африка 1993 (КПЛ) (в Европе и Африке lus, I. ricinus, R. evertsi, Ha. paraleachi, R. sen- к югу от Сахары, к югу от Сахары) egalensis, R. guilhoni, R. lunulatus, R. sulcatus, Северная Африка, R. muhsamae Америка
Rickettsia montanensis corrig. (ex Lackman, Bell, Stoenner, Pickens 1965) Rickettsia montana (sic) Weiss and Moulder 1984 (КПЛ) Данные отсутствуют D. andersoni, D. variabiiis, A. americanum Северная и Центральная Америка
RickettsiaparkeriLackman, Bell, Без названия Amblyomma maculatum, A. triste, D. variabilis, Америка Stoenner, Plckens, 1965 (КПЛ) A. americanum, A. tigrinum
Rickettsia peacockii Niebylski, Schrumpf, Burgdorfer, Fischer, Gage, Schwann, 1997 (КПЛ) Данные отсутствуют D. andersoni Северная и Центральная Америка
Rickettsia prowazekii da Rocha-Lima, 1916 (типовой вид) (CT) Эпидемический Pedicuius humanus corporis сыпной тиф, Космополит
болезнь Брилла -
Rickettsia raoultii Mediannikov, Matsumoto, Samoylenko, Drancourt, Roux, Rydkina, Davoust, Tarasevich, Brouqui, Fournier, 2008 (КПЛ) SENLAT* (ранее: TI-BOLA/DEBONEL (в Европе) D. marginatus, D. reticuiatus, D. siivarum, D. nuttaiii, D. niveus, I. ricinus, Ha. ornithophiia, Ha. shimoga, Ha. iagrangei, A. testudinarium Европа, Азия, Северная Африка
Rickettsia rhipicephali(ex Burgdor- Данные отсутствуют R. haemaphysaloides, R. sanguineus, R. lunula- Азия (Тайвань), fer, Brinton, Krynski, Philip, 1978) tus, R. composites, R. sanguineus, D. ander- Африка к югу Weiss, Moulder, 1988 (КПЛ) soni, D. variabilis, D. occidentalis, Ha. juxtakochi от Сахары, Америка
Rickettsia rickettsii(Wolbach, 1919) Brumpt, 1922 (Dermacentroxenus rickettsii Wolbach, 1919) (КПЛ) Пятнистая лихорадка Скалистых гор D. andersoni, D. variabiiis, D. occidentaiis, D. nitens, R. sanguineus, A. cajennense, A. americanum, A. imitator, Ha. ieporispaiustris, A. cajennense, A. aureoiatum, R. sanguineus Америка
Rickettsia sibirica Zdrodovskii and Клещевой сыпной D. nuttalli, D. marginatus, D. reticulatus, Азия (Россия, Китай Golinevich, 1949 (КПЛ) тиф Северной Азии D. silvarum, D. sinicus, Ha. concinna, и Монголия) (сибирский клеще- Ha. yeni, I. persulcatus вой тиф)
Rickettsia slovaca Sekeyova, Roux, Xu, Rehacek and Raoult, 1998 (КПЛ) SENLAT* (Европа, северная Африка) D. marginatus, D. reticuiatus Европа, Северная Африка, Азия
Rickettsia tamurae Fournier, Takada, Без названия (слу- A. testudinarium Юго-Восточная Fujita, Raoult, 2006 (КПЛ) чай описан в Япо- Азия нии и Лаосе)
Rickettsia typhi (Wolbach and Todd, 1920) Philip, 1943 (Dermacentroxenus typhi (Wolbach and Todd, 1920) Rickettsia mooseri Monteiro, 1931) (CT) Крысиный сыпной тиф X. cheopis, C. feiis, Leptopsyiia segnis Припортовые зоны в тропиках и субтропиках Старого и Нового Света
Примечание. * SENLAT (scalp eschar and neck lymphadenopathy after tick bite) [3] - первичный аффект волосистой части головы и лимфаденопатия в области шеи после присасывания клеща; КПЛ - клещевая пятнистая лихорадка; СТ - сыпной тиф.
цуцугамуши, вызываемая Orientia tsutsugamushi, относятся к классическим и относительно хорошо изученным заболеваниям.
В последние десятилетия были описаны новые виды рик-кетсий и вызываемые ими риккетсиозы, установлены виды членистоногих (клещей и блох), осуществляющих передачу риккетсий и служащих их природным резервуаром. Кроме этого, в клещах выявлено более 50 риккетсий с неизученной патогенностью, невалидных, неполно описанных или не-культивируемых видов, которые со временем могут проявить себя патогенами [4]. Как это произошло с R. slovaca, которая с момента открытия рассматривалась как непатогенная рик-кетсия и только спустя 30 лет, в 1997 г., была установлена ее роль в патологии человека [5].
В отечественной научной литературе конструктивное представление о систематике и номенклатуре риккетсий было дано более 35 лет назад [6]. За это время в мире были описаны новые виды патогенных риккетсий и вызываемых ими заболеваний. Произошедшие за это время изменения затронули систематику и номенклатуру риккетсий и представителей порядка Rickettsiales. Полученные за последние годы данные позволили отразить в предлагаемой публикации современное представление по этим разделам.
Систематика и номенклатура риккетсий (прокариот)
Исследования по молекулярной филогении, выполненные Карлом Везе (Carl Woese), произвели революцию в систематике прокариот и позволили пересмотреть генетическое разнообразие представителей микромира [7]. В соответствии с установленной Карлом Линнеем бинарной номенклатурой каждый вид прокариотического организма включен в род [8]. Род является категорией последовательно более высоких рангов: подтриба, триба, подсемья, семья, подпоря-док, порядок, подкласс, класс, тип и царство. Разряды подтриба и триба выведены из употребления. Названия категорий тип и царство не поддерживаются Rules Bacteriologocal Code (1990 Revision) [9]. В соответствии с этим в табл. 2 представлена иерархия таксономических рангов, в которые включены риккетсии.
Порядок Rickettsiales (Gieszczykiewicz, 1939)
Представители порядка Rickettsiales - это палочковидные, кокковидные или неправильной формы бактерии с типичной для грамотрицательных бактерий клеточной стенкой, не имеющие жгутиков. Они размножаются только внутри клетки хозяина [10].
Применение молекулярно-биологических методов, особенно при изучении гена 16S рРНК [11], способствовало изменению классификации риккетсий, построенной, как у облигатных внутриклеточных бактерий, на ограниченном количестве фенотипических критериев. Порядок Rickettsiales сохранил свое место в классе Alphaproteobacteria, но реклас-сификация коснулась некоторых родов его представляющих и отдельных видов бактерий. Первоначально Coxiella burnetii из порядка Rickettsiales была перемещена в класс
Gammaproteobacteria [11], в порядок Legionellales, семейство Coxiellaceae и образовала род Coxiella, к которому можно отнести и невалидный пока вид C. cheraxi [12]. Далее представители родов Rochalimaea и Grahamella были помещены в род Bartonella, перемещенный из порядка Rickettsiales [13, 14].
В настоящее время порядок Rickettsiales включает 3 семейства: Rickettsiaceae, объединяющее рода Rickettsia и Orientia; Anaplasmataceae [Anaplasma, Ehrlichia, Neoricket-tsia, Wolbachia и род с неопределенным местоположением (Incertae Sedis) - Aegyptianella]; Holosporaceae (Holospora и 7 родов с неопределенным местоположением) [15].
Семейство Anaplasmataceae включает внутриклеточные бактерии, которые размножаются внутри специализированных вакуолей в цитоплазме эукариотических клеток [15]. Виды бактерий, представляющие род Holospora из семейства Holosporaceae, являются обитателями ядра парамеций [16].
Применение молекулярно-биологических методов позволило описать ряд новых представителей класса Alphaproteobacteria, в результате чего в порядок Rickettsiales было предложено включить 3 новых семейства (рис. 1). Семейство Pelagibacteraceae было образовано группой бактерий SAR11 (Саргассово море) [17], представляющих пикоплан-ктон, средой обитания которого является океан, и может быть отнесено к порядку Rickettsiales [18] или выделено в отдельный порядок Pelagibacterales [19].
Семейство Candidatus midichloriaceae [1В] объединило группу бактерий MALOs (midichloria and like organisms), продемонстрировавших связь с широким кругом хозяев, от членистоногих (клещи, блохи, клопы и др.) до инфузорий, амеб, губок, рыб, различных животных и человека, филогенетически близких с Ca. Midichloria mitochondrii [20], экологически связанной с иксодовыми клещами Ixodes ricinus. Ca. Midichloria mitochondrii уникальный представитель прокариот, обитающий внутри митохондрий [20] и единственный из порядка Rickettsiales, имеющий жгутик [21]. В семействе Ca. Midichloriaceae выделяют несколько родов Ca. Midichloria, Ca. Lariskella, Ca. Anadelfobacter, Ca. Defluviella и недавно описанный вид Ca. Fokinia solitaria, претендующий на статус рода [22].
Совсем недавно в порядок Rickettsiales предложено включить семейство Ca. Paracaedibacteraceae, объединяющее риккетсиальные эндосимбионты простейших [23].
Таблица 2. Таксономические ранги
Формальный Formal rank Пример
ранг
Домен Domain Bacteria
Тип Phylum Proteobacteria
Класс Class Alphaproteobacteria
Порядок Order Rickettsiales
Семейство Family Rickettsiaceae
Род Genus Rickettsia
Вид Species Rickettsia sibirica
Подвид Subspecies Rickettsia sibirica subsp. sibirica
Домен Bacteria
Тип Proteobacteria
Класс Alphaproteobacteria
Порядок Rickettsials
Семейство Pelagibacteraceae
Семейство Ca. Midichloriaceae
Семейство Rickett siaceae
Семейство Anaplasmataceae
i__J
Семейство Holosporeceae
-1 i—I
r la ter ella
t I H
§ I I щ I ° I
3 ü _i i --i i H ¡
¡Л is
.§i Si
■§1 e §1
ul
IS, 1Si
Рис. 1. Таксономическая схема представителей порядка Rickettsiales, составленная авторами в соответствии с редакцией Dumler и Walker [10], на основании данных Montagna и соавт. [18] и дополненная данными других исследователей
Таксоны, обрамленные пунктирными линиями, являются кандидатными и изучены преимущественно молекулярно-биологически-ми методами; таксоны, обрамленные штрих-пунктирными линиями, отнесены к родам с неопределенным местоположением.
Полученные с помощью молекулярно-биологических методов данные требуют дальнейшего изучения и подтверждения, инициируя изменения классификации представителей порядка Rickettsiales.
Семейство Rickettsiaceae (Pinkerton, 1936)
В настоящее время семейство Rickettsiaceae включает представителей двух родов [24] - Rickettsia da Rocha-Lima 1916 и Orientia Tamuraetal 1995 [2, 25]. Все микроорганизмы в семействе филогенетически близки. В основном это диплококки, но они могут иметь форму палочек или кокков. Грамотрицательные. Облигатные внутриклеточные бактерии. Тесно связаны с хозяевами - членистоногими. Не имеют жгутиков и не образуют эндоспор. Не культивируется в бесклеточных средах.
Представителей рода Rickettsia отличает от O. tsutsuga-mushi наличие в клеточной стенке липополисахарида, пеп-тидогликана, белков OmpB и 17 кДа и отсутствие белка 56 кДа. Дифференцирующим критерием является соотношение гуанин/цитозин [24].
В дополнение к указанным родам Rickettsia и Orientia, имеющим важное медицинское значение, в семейство Rickettsiaceae предложено включить 4 новых рода, имеющих статус кандидатов, экологической нишей представителей которых являются органеллы протист Ca. Cryptoprodotis [26], Ca. Megaira polyxenophila [27], Ca. Gigarickettsia и Ca. Trichorickettsia [28] (рис. 1).
Род Rickettsia (da Rocha-Lima, 1916)
Представители рода Rickettsia - короткие, часто располагающиеся попарно палочковидные формы - 0,3-0,5х 0,8-2,0 мкм. Клеточная стенка риккетсий имеет типичную для грамотрицательных бактерий структуру с двуслойной внутренней мембраной, слоем пептидогликана и двуслойной наружной мембраной. Клетки часто окружены белковым слоем микрокапсулы. Риккетсии окрашиваются основным фуксином по методу Gimenez (1964), по Романовскому-Гимзе и Здродовскому [29]. Это облигатные внутриклеточные организмы, обитающие в цитоплазме эука-риотической клетки-хозяина, где они размножаются путем бинарного деления. Риккетсии группы клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ) также могут размножаться в ядре клетки. Риккетсии тесно связаны с членистоногими (клещи, блохи, вши и др.) [30].
Риккетсии дифференцируют от свободноживущих бактерий за счет их облигатного внутриклеточного размножения. Представителей рода Rickettsia от родов Anaplasma, Ehrlichia и Coxiella отличает внутриклеточная локализация. Риккетсии размножаются в цитоплазме или ядре клетки, в то время как представители этих родов размножаются только в цитоплазме внутри вакуоли [30].
Для удобства классификации в таксономической структуре рода Rickettsia отказались от выделения подро-дов и ввели субтаксономическую категорию группы (биотип) [31]. Род Rickettsia на основании данных филогенети-
ческого анализа подразделяется на 3 группы: сыпного тифа (СТ) (R. prowazekii и R. typhi), КПЛ (R. rickettsii, R. conorii, R. sibirica и др.) и предковую (R. bellii и R. canadensis) [30]. В соответствии со Списком видов рода Rickettsia (List of species of hegenus Rickettsia) в него был включен 21 вид [30]. Только названия бактерий, утвержденные в Approved Lists of Names и Validation Lists, регулярно обновляемого в International Journal of Systematic Bacteriology, могут состоять в номенклатуре [32]. С 2006 г. за счет публикаций в «International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology» и в «Validation list of Int. J. Syst. Evol. Microbiol» род Rickettsia пополнился 6 валидными видами, отнесенными к группе КПЛ: R. asiatica [33], R. heilongjiangensis [34], R. hoogstraalii [35], R. raoultii [36], R. tamurae [37], R. buchneri [38] и должен включать 27 видов, которые можно занести в List of species of the genus Rickettsia (см. табл. 1). Для того чтобы быть включенными в этот список, виды c неопределенным местоположением (Incertae Sedis) [30], такие как R. monacensis [39], должны пройти процедуру валидации своего названия в Validation list of Int. J. Syst. Evol. Microbiol [32].
Группа КПЛ имеет более сложную таксономическую структуру. Внутри группы на основании результатов сравнения последовательностей гена 16S рРНК (rrs) и 4 белок-кодирующих генов (gltA, ompA, ompB и Gene D) риккетсий было предложено выделить 4 подгруппы: R. rickettsii, R. mas-siliae, R. helvetica и R. akari [40, 41]. У 2 видов риккетсий подгруппы R. rickettsii имеется ранг подвид. Внутри вида R. conorii выделяют подвиды R. conorii subsp. conorii, R. conorii subsp. indica, R. conorii subsp. caspia и R. conorii subsp. israelensis [42], внутри вида R. sibirica дифференцируют R. sibirica subsp. sibirica и R. sibirica subsp. mongoliti-monae [43].
Применение молекулярно-биологических и филогенетических методов стало важным инструментом в систематике риккетсий, так как у облигатных внутриклеточных бактерий основывалось на изучении ограниченного количества фе-нотипических характеристик. Рекомендованы руководящие принципы для классификации риккетсиальных изолятов на таксономических уровнях род, группа и вид, основанные на различии последовательностей гена 16S рРНК и 4 белок-кодирующих генов риккетсий [40]. Любой изолят может быть классифицирован как член рода Rickettsia, если он имеет степень гомологии по генам 16S рРНК и gltA с любым из 20 изученных видов риккетсий >98,1 и >86,5% соответственно. Члену группы СТ должны соответствовать по крайней мере 2 из 4 критериев: 16S рРНК gltA, ompB и Gene D, гомология по которым с любым членом этой группы должна превышать 98,8, 92,7, 85,8 и 82,2% соответственно. Существование предковой группы остается под вопросом. Чтобы быть классифицированным как новый, изолят не должен иметь более чем одно сходство с большинством валидных видов: >99,8 и >99,9% 16S рРНК и gltA соответственно, и >98,8, >99,2, >99,3% при амплификации генов ompA, ompB и Gene D соответственно. Эти критерии также рекомендо-
ваны при валидации нового вида риккетсий с условием обязательного наличия изученных изолятов и соблюдением процедуры описания [44]. В соответствии с рекомендациями International Committee of Systematic Bacteriology допускается, что некультивируемые в лабораторных условиях виды прокариот (риккетсий) могут быть классифицированы как Candidatus Rickettsia sp. [45].
Исторически на основании фенотипических характеристик в роде Rickettsia были выделены 3 группы: СТ, КПЛ и группа кустарникового тифа (КТ) [46]. Проведенный анализ гена 16S рРНК риккетсий подтвердил наличие групп СТ, КПЛ и установил существование предковой группы, образовавшейся до дивергенции этих групп в роде Rickettsia [47]. При изучении этого гена единственный представитель группы КТ - R. tsutsugamushi была помещена в новый род Orientia как O. tsutsugamushi [25]. Предложение о создании переходной группы в составе R. felis и R. akari, сделанное на основании изучения геномов риккетсий и плазмиды R. felis (pRF) [48], не получило широкой поддержки [49].
Несмотря на создание предковой группы [47], таксономическое положение R. canadensis и R. bellii остается дискуссионным. Филогенетические исследования подтвердили существование внутри рода Rickettsia групп СТ и КПЛ и показали обособленное положение видов R. bellii и R. canadensis (группы R. bellii и R. canadensis), при этом R. canadensis представляет сестринский таксон по отношению к риккет-сиям всех групп, кроме R. bellii, которая является сестринским таксоном для всех риккетсий, связанных с членистоногими [50]. R. сanadensis сформировала группу вместе с другими недавно описанными в иксодовых клещах из Нового Света риккетсиями R. monteiroi, R. kingi и Ca. Rickettsia angustus, образовавшими сестринскую группу по отношению к представителю из Старого Света Ca. Rickettsia tarasevichiae [51]. С описания в 2003 г. Ca. Rickettsia tarasevichiae [52] до описания Ca. Rickettsia mendelii (Старый Свет) [53] в апреле 2016 г. пополнилось число видов риккетсий, филогенетически близких R. canadensis, что позволяет выделить их в отдельную подгруппу Ca. Rickettsia tarasevichiae (Старый Свет) - R. canadensis (Новый Свет) в пределах предковой группы.
Применение формального анализа строя* [54], непосредственно учитывающего расположение нуклеотидов в полноразмерном геноме с помощью показателя средней удаленности нуклеотидов (g), позволило по-новому представить систематику представителей семейства Ricket-tsiaceae [55]. С помощью анализа 36 полноразмерных геномов представителей родов Rickettsia (34) и Orientia (2) верифицировано существование трех групп в роде Ricket-tsia: СТ, предковой и КПЛ (рис. 2). Оба штамма O. tsutsu-gamushi Ikeda и Boryong были вынесены за пределы рода Rickettsia, что поддерживает создание отдельного рода Orientia внутри семейства Rickettsiaceae [25]. Группа СТ включает изоляты R. prowazekii (8) и R. typhi (3), предковая группа содержит R. bellii (2) и R. canadensis (2), а группа
* Метод математического анализа.
КПЛ включает все изоляты (16), связанные с иксодовыми клещами, в том числе R. peacockii шт. Rustic (1), которая расположилась на расстоянии от ядра классической группы КПЛ рядом с R. akari (1), граничащей с родом Orientia. Позицию R. peacockii можно объяснить отсутствием синтении с геномом близкородственного патогенного вида R. rickettsii вследствие больших геномных реорганизаций, связанных с наличием 42 копий транспозонов ISRpe1 и делеций, приведших к потере вирулентности [56, 57].
Результаты исследований, выполненных с применением формального анализа строя, не поддержали предложение о выделении R. felis и R. akari в переходную группу [48], так как R. felis шт. URRWXCal2 (1) заняла обособленную позицию между предковой группой и группой КПЛ, на значительном удалении от R. akari, которая разместилась между группой КПЛ и родом Orientia (рис. 2).
R. felis из всех видов риккетсий выделяют космополитизм, связанный с ее распространением на всех континентах [4], и выраженная экологическая пластичность, обусловленная связями с широким кругом хозяев-членистоногих: блохами, комарами, аргасовыми и иксодовыми клещами [58]. Конъюгативная плазмида R. felis имеет тесное фи-
логенетическое родство с хромосомными генами риккетсий предковой группы (R. bellii) [48]. Анализ показателя средней удаленности полноразмерных геномов риккетсий показал, что R. felis имеет значение, близкое с риккетсиями R. bellii и R. canadensis, и располагается рядом с предковой группой (см. рис. 1) [55]. Считается, что вид R. felis обосновался раньше, чем произошла дивергенция групп СТ (R. typhi, R. prowazekii) и КПЛ (R. conorii), и потому он не должен включаться в состав последней группы [59]. Все это подтверждает близость R. felis с предковой группой и ее происхождение до дивергенции групп СТ и КПЛ. Предложено выделить внутри рода Rickettsia группу R. felis вместе с филогенетически близкими Ca. Rickettsia senegalensis и Ca. R. asemboensis, также экологически связанными с кошачьей блохой - Cteno-cephalides felis [55].
Достоверность полученной классификации представителей семейства Rickettsiaceae верифицирована с учетом таксономии их хозяев - членистоногих (Arthropoda) (см. рис. 2). Членистоногие класса насекомых (Insecta) вши и блохи являются хозяевами видов риккетсий группы СТ, а класса паукообразных (Arachnida) хозяевами видов рик-кетсий предковой группы (иксодовые клещи), группы
g
Род Orientia
клещи
a
1 4 '.I I.I I.I I.I I.I I.I I.I I.I
' # # # # # # # # # ^ # # ^ # & ^ ф лФ # ^ # # Л^А^ #
о-
Рис. 2. Результаты применения формального анализа строя для изучения классификации и таксономии представителей семейства Rickettsiaceae
СТ - группа сыпного тифа, ПГ - предковая группа, КПЛ - группа клещевой пятнистой лихорадки; по оси Y - показатель средней удаленности - g, по оси X - названия риккетсий и ориентий/размер генома.
КПЛ (иксодовые клещи), R. akari (гамазовые клещи) и O. tsutsugamushi (краснотелковые клещи). Данные, полученные при изучении характеристики g, ранжируют виды риккетсий группы СТ (g - 1,418232-1,419908) (см. рис. 2), экологически связанные с насекомыми (вши, блохи), отдельно от видов риккетсий предковой группы (g - 1,4246101,425761) и группы КПЛ (g - 1,431179-1,433345), связанных с иксодовыми клещами, включая R. peacockii str. Rustic (1,435146) [55]. Полученная классификационная схема не конфликтует с дендрограммой семейства Rickettsiaceae, построенной при изучении гена 16S рРНК [40], за исключением позиции R. akari (g - 1,437473), экологически связанной с гамазовыми клещами и расположившейся между группой КПЛ и O. tsutsugamushi (g - 1,445994-1,446423), экологически связанной с филогенетически близкими краснотелко-выми клещами. Учитывая это, можно рекомендовать выделить R. akari в отдельную группу внутри рода Rickettsia на основании значения показателя средней удаленности и таксономического положения хозяев - краснотелковых клещей.
Заключение
Исследования, выполненные в последние годы, расширили наше представление о семействе Rickettsiaceae и порядке Rickettsiales. На основании анализа зарубежных и отечественных научных публикаций, а также данных, полученных при анализе полноразмерных геномов риккетсий, подтверждено существование в роде Rickettsia групп СТ и КПЛ. Учитывая близкие значения характеристики полно-
размерных геномов R. belli и R. canadensis, целесообразно сохранить предковую группу с выделением в ней подгруппы R. belli и подгруппы Ca. Rickettsia tarasevichiae (Старый Свет) - R. canadensis (Новый Свет). На основании анализа геномов и экологических связей риккетсий с членистоногими предложено создать группу R. felis вместе с Ca. Rickettsia senegalensis и Ca. R. asemboensis, располагающуюся между предковой группой и группой КПЛ, и группу R. akari на границе между группой КПЛ и родом Orientia.
В Российской Федерации имеют распространение риккетсии группы СТ (R. prowazekii), КПЛ (R. sibirica subsp. sibirica, R. conorii subsp. caspia, R. conorii subsp. conorii, R. heilongjiangensis, R. slovaca, R. raoultii, R. aeschlimannii и R. helvetica) и предковой группы Ca. Rickettsia tarasevichiae. Эти виды риккетсий вызывают ЭСТ и болезнь Брилла (R. prowazekii), сибирский клещевой тиф (клещевой сыпной тиф Северной Азии, клещевой риккетсиоз), астраханскую пятнистую лихорадку, средиземноморскую пятнистую лихорадку и дальневосточный клещевой риккетсиоз. В соответствии с формой № 2 «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях» официально регистрируют ЭСТ, болезнь Брилла, сибирский клещевой тиф, астраханскую пятнистую лихорадку. Кроме того, R. aeschlimannii может вызывать пятнистую лихорадку, R. slovaca и R. raoultii - патологию, характеризующуюся комплексом симптомов по типу SENLAT, а Ca. Rickettsia tarasevichiae и R. helvetica - риккет-сиозные заболевания с отсутствием сыпи. Сходство клинической картины риккетсиозов и отсутствие тест-систем для их диагностики затрудняют верификацию диагноза врачами клинического профиля.
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ
Шпынов Станислав Николаевич - доктор медицинских наук, руководитель лаборатории экологии риккетсий ФГБУ «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. акад. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва
Е-таН: [email protected]
Тарасевич Ирина Владимировна - академик РАН, доктор биологических наук, профессор, главный научный сотрудник лаборатории экологии риккетсий ФГБУ «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. акад. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, Москва Е-таН: [email protected]
ЛИТЕРАТУРА
1. Ricketts H. A microorganism which apparently has a specific relationship to Rocky Mountain spotted fever. A preliminary report // JAMA. 1909. Vol. 52. P. 379.
2. da-Rocha-Lima H. Zur Aetiologie des Fleckfiebers // Berlin. Klin. Wochenscr. 1916. Bd 53. S. 567-569.
3. Angelakis E., Pulcini C., Waton J., Imbert P. et al. Scalp eschar and neck lymphadenopathy caused by Bartonella henselae after Tick Bite // Clin. Infect. Dis. 2010. Vol. 50, N 4. P. 549-551.
4. Parola P., Paddock C.D., Socolovschi C., Labruna M. B. et al. Update on tick-borne rickettsioses around the world: a geographic approach // Clin. Microbiol. Rev. 2013. Vol. 26, N 4. P. 657702.
5. Raoult D., Berbis P., Roux V., Xu W. et aL A new tick-transmitted disease due to Rickettsia slovaca // Lancet. 1997. Vol. 350, N 9071. P. 112-113.
6. Тарасевич И.В. О систематике и номенклатуре риккетсий // Журн. микробиол. 1979. № 1. С. 39-42.
7. Ludwig W., Klenk H.-P. Overview: a phylogenetic backbone and taxonomic framework for procaryotic systematics // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt A: Introductory Essays / eds D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity. New York : Springer, 2005. P. 49.
8. Systema naturae per regna tria naturae, secundum classses, ordines, genera, species, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis.
Editio decima, reformata. Holmiae [Stockholm]: impensis direct. Laurentii Salvii. 1758. [4] Bl., S. 6-823.
9. Lapage S.P., Sneath P.H.A., Lessel E.F., Skerman V.B.D. et al. (eds). International Code of Nomenclature of Bacteria: Bacteriological Code, 1990 Revision. Washington, DC : ASM Press, 1992.
10. Dumler S., Walker D.H. Class I. Order II. Rickettsiales Gieszczykiewicz 1939, 25AL emend. Dumler, Barbet, Bekker, Dasch, Palmer, Ray, Rikihisa and Rurangirwa 2001, 2156 // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt C: The alpha-, beta-, delta-, and epsilonproteobacteria / eds D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity. New York : Springer, 2005. P. 96.
11. Weisburg W.G., Dobson M.E., Samuel J.E. et al. Phylogenetic diversity of rickettsiae // J. Bacteriol. 1989. Vol. 171. P. 4202-4206.
12. Tan C.K., Owens L. Infectivity, transmission and 16S rRNA sequencing of a rickettsia, Coxiellacheraxi sp. nov., from the freshwater crayfish Cheraxquadricarinatus // Dis. Aquat. Organ. 2000. Vol. 41, N 2. P. 115-122.
13. Birtles R.J., Harrison T.G., Saunders N.A., Molyneux D.H. Proposals to unify the genera Grahamella and Bartonella, with descriptions of Bartonella talpae comb. nov., Bartonella peromissci comb. nov., and three new species, Bartonella grahamii sp. nov., Bartonella taylorii sp. nov., and Bartonella doshiae sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. Vol. 45. P. 1-8.
14. Brenner D.J., Connor S.P., Winkler H.H., Steigerwalt A.G. Proposals to unify the genera Bartonella and Rochalimaea, with descriptions of BartonellaQuintana comb. nov., Bartonellahenselae comb. nov., Bartonellaelizabethae comb; nov., and to remove family Bartonellaceae from the order Rickettsiales // Int. J. Syst. Bacteriol. 1993. Vol. 43. P. 777-786.
15. Rikihisa Y. The tribe Ehrlichieae and ehrlichial diseases // Clin. Microbiol. 1991. Vol. 4. P. 286-308.
16. Gromov B.V., Ossipov D.V. Holospora (ex Hafkine 1890) nom. rev., a genus of bacteria inhabiting the nuclei of paramecia // Int. J. Syst. Bacteriol. 1981. Vol. 31. P. 348-352.
17. Thrash J.C., Boyd A., Huggett M.J., Grote J. et al. Phylogenomic evidence for a common ancestor of mitochondria and the SAR11 clade // Sci. Rep. 2011. Vol. 1. P. 13. doi: 10.1038/srep00013.
18. Montagna M., Sassera D., Epis S., Bazzocchi C. et al. «Candidatus Midichloriaceae» fam. nov. (Rickettsiales), an ecologically widespread clade of intracellular Alphaproteobacteria // Appl. Environ. Microbiol. 2013. Vol. 79. P. 3241-3248.
19. Zhao X., Wan X., He R.L., Yau S.S. A new method for studying the evolutionary origin of the SAR11 clade marine bacteria // Mol. Phylogenet. Evol. 2016. Vol. 98. P. 271-279. doi: 10.1016/j.ympev.2016.02.015.
20. Sassera D., Beninati T., Bandi C., Bouman E.A. et al. «Candidatus Midichloria mitochondrii», an endosymbiont of the tick Ixodesricinus with a unique intramitochondrial lifestyle // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. Vol. 56. P. 2535-2540.
21. Mariconti M., Epis S., Sacchi L., Biggiogera M. et al. A study on the presence of flagella in the order Rickettsiales: the case of «Candidatus Midichloria mitochondrii» // Microbiology. 2012. Vol. 158. P. 1677-1683.
22. Szokoli F., Sabaneyeva E., Castelli M., Krenek. S. et al. «Candidatus Fokinia solitaria», a novel «stand-alone» symbiotic lineage of Midichloriaceae (Rickettsiales) // PLoS One. 2016. Vol. 11. Article ID e0145743.
23. Hess S., Suthaus A., Melkonian M. «Candidatus Finniella» (Rickettsiales, Alphaproteobacteria), Novel Endosymbionts of Viridiraptorid Amoeboflagellates (Cercozoa, Rhizaria) // Appl. Environ. Microbiol. 2015. Vol. 82, N 2. P. 659-670. doi: 10.1128/AEM.02680-15.
24. Yu X.-J., Walker D.H. Family I. Rickettsiaceae Pinkerton 1936, 186AL emend. Dumler, Barbet, Bekker, Dasch, Palmer, Ray, Rikihisa and Rurangirwa 2001, 2156 // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria / eds D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity. New York : Springer, 2005. P. 96.
25. Tamura A., Ohashi N., Urakami H., Miyamura S. Classification of Rickettsia tsutsugamushi in a new genus, Orientia gen. nov., as Orientia tsutsugamushi comb. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. Vol. 45. P. 589591.
26. Ferrantini F., Fokin S.I., Modeo L., Andreoli I. et al. «Candidatus Cryptoprodotis polytropus», a novel Rickettsia-like organism in the ciliated protist Pseudomicrothoraxdubius (Ciliophora, Nassophorea) // J. Eukaryot. Microbiol. 2009. Vol. 56, N 2. P. 119-129.
27. Schrallhammer M., Ferrantini F., Vannini C., Galati S. et al. «Candidatus Megaira polyxenophila» gen. nov., sp. nov.: considerations on evolutionary history, host range and shift of early divergent rickettsiae // PLoS One. 2013. Vol. 8, N 8. Article ID e72581.
28. Vannini C., Boscaro V., Ferrantini F., Benken K.A. et al. Flagellar movement in two bacteria of the family Rickettsiaceae: a re-evaluation of motility in an evolutionary perspective // PLoS One. 2014. Vol. 9. Article ID e87718.
29. Здродовский П.Ф., Голиневич Е.М. Учение о риккетсиях и рик-кетсиозах. 3-е изд., перераб. и доп. М. : Медицина, 1972. 496 с.
30. Yu X.-J., Walker D.H. Genus I. Rickettsia da Rocha-Lima 1916, 567AL // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt C: The Alpha-, Beta-, Delta-, and Epsilonproteobacteria / eds D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity. New York : Springer,
2005. P. 96.
31. Weiss E., Moulder J. Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. 8th ed. Baltimore, 1974. P. 883-893.
32. Truper H.G. Etymology in Nomenclature of Procaryotes // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt A: Introductory Essays / eds D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity. New York : Springer, 2005. P. 89.
33. Fujita H., Fournier P.E., Takada N., Saito T. et al. Rickettsiaasiatica sp. nov., isolated in Japan // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. Vol. 56. P. 2365-2368.
34. Euzeby J. Validation list N 108 // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.
2006. Vol. 56. P. 499-500.
35. Duh D., Punda-Polic V., Avsic-Zupanc T., Bouyer D. et al. Rickettsia hoogstraalii sp. nov., isolated from hard- and soft-bodied ticks // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. Vol. 60. P. 977-984.
36. Mediannikov O., Matsumoto K., Samoylenko I., Drancourt M. et al. Rickettsia raoultii sp. nov., a spotted fever group rickettsia associated with Dermacentor ticks in Europe and Russia // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008. Vol. 58. P. 1635-1639.
37. Fournier P.E., Takada N., Fujita H., Raoult D. Rickettsia tamurae sp. nov., isolated from Amblyomma testudinarium ticks // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. Vol. 56. P. 1673-1675.
38. Kurtti T.J., Felsheim R.F., Burkhardt N.Y., Oliver J.D. et al. Rickettsia buchneri sp. nov., a rickettsial endosymbiont of the blacklegged tick Ixodes scapularis // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2015. Vol. 65, pt 3. P. 965-970.
39. Simser J.A., Palmer A.T., Fingerle V., Wilske B. et al. Rickettsia monacensis sp. nov., a spotted fever group rickettsia, from ticks (Ixodes ricinus) collected in European city park // Appl. Environ. Microbiol. 2002. Vol. 68, N 9. P. 4559-4566.
40. Fournier P.E., Dumler J.S., Greub G., Zhang J. et al. Gene sequence-based criteria for identification of new rickettsia isolates and description of Rickettsiaheilongjiangensis sp. nov. // J. Clin. Microbiol. 2003. Vol. 41. P. 5456-5465.
41. Roux V., Raoult D. Phylogenetic analysis and taxonomic relationships among the genus Rickettsia // Rickettsiae and Rickettsial Diseases at the Turn of the Third Millenium / eds D. Raoult, P. Brougui. Paris : Elsevier, 1999. P. 52-66.
42. Zhu Y., Fournier P.-E., Eremeeva M., Raoult D. Proposal to create subspecies of Rickettsia conorii based on multi-locus sequence typing and an emended description of Rickettsia conorii // BMC Microbiol. 2005. Vol. 5. P. 11. doi: 10.1186/1471-2180-5-11.
43. Fournier P.E., Zhu Y., Yu X., Raoult D. Proposal to create subspecies of Rickettsiasibirica and an emended description of Rickettsiasibirica // Ann. N.Y. Acad. Sci. 2006. Vol. 1078. P. 597-606.
44. Raoult D., Fournier P.E., Eremeeva M., Graves S. et al. Naming of Rickettsiae and rickettsial diseases // Ann. N.Y. Acad. Sci. 2005. Vol. 1063. P. 1-12.
45. Murray R.G., Stackebrandt E. Taxonomic note: implementation of the provisional status Candidatus for incompletely described procary-otes // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. Vol. 45, N 1. P. 186-187.
46. Weiss E., Moulder J.W. Order I. Rickettsiales, Gieszczkiewicz 1939 // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 1 / eds N.R. Krieg, J.G. Holt. Baltimore : Williams and Wilkins, 1984. P. 687-703.
47. Stothard D.R., Clark J.B., Fuerst P.A. Ancestral divergence of Rickettsia bellii from the spotted fever and typhus groups of Rickettsia and antiquity of the genus Rickettsia // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. Vol. 44. P. 798-804.
48. Gillespie J.J., Beier M.S., Rahman M.S., Ammerman N. C. et al. Plasmids and rickettsial evolution: insight from Rickettsiafelis // PLoS One. 2007. Vol. 2. Article ID e266.
49. Merhej V., Raoult D. Rickettsial evolution in the light of comparative genomics // Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 2011. Vol. 86. P. 379405.
50. Fournier P.-E., Raoult D. Current knowledge on phylogeny and taxonomy of Rickettsia spp. // Ann. N.Y. Acad. Sci. 2009. Vol. 1166. P. 1-11.
51. Anstead C.A., Chilton N.B. A Novel Rickettsia Species Detected in Vole Ticks (Ixodes angustus) from Western Canada // Appl. Environ. Microbiol. 2013. Vol. 79, N 24. P. 7583.
52. Shpynov S., Fournier P.-E., Rudakov N., Raoult D. «Candidatus Rickettsia tarasevichiae» in Ixodes persulcatus ticks collected in Russia // Ann. N.Y. Acad. Sci. 2003. Vol. 990. Rickettsiology: present and future directions. P. 162-172.
53. Hajduskova E., Literak I., Papousek I., Costa F. B. et al. «Candidatus Rickettsia mendelii», a novel basal group rickettsia detected in Ixodesricinus ticks in the Czech Republic // Ticks Tick Borne Dis. 2016. Vol. 7, N 3. P. 482-486.
54. Гуменюк А.С., Поздниченко Н.Н., Родионов И.Н., Шпынов С.Н. О средствах формального анализа строя нуклеотидных цепей // Математическая биология и биоинформатика. 2013. Т. 8, № 1. С. 373-397.
55. Shpynov S., Pozdnichenko N., Gumenuk A. Approach for classification and taxonomy within family Rickettsiaceae based on the Formal Order Analysis // Microbes Infect. 2015. Vol. 17, N 11-12. P. 839-844.
56. Felsheim R.F., Kurtti T.J., Munderloh U.G. Genome sequence of the endosymbiont Rickettsiapeacockii and comparison with virulent Rickettsiarickettsii: identification of virulence factors // PLoS One. 2009. Vol. 4, N 12. Article ID e8361. doi: 10.1371/journal.pone.0008361.
57. Simser J.A., Rahman M.S., Dreher-Lesnick S.M., Azad A.F. A novel and naturally occurring transposon, ISRpe1 in the Rickettsiapeacockii genome disrupting the rickA gene involved in actin-based motility // Mol. Microbiol. 2005. Vol. 58, N 1. P. 71-79.
58. Merhej V., Angelakis E., Socolovschi C., Raoult D. Genotyping, evolution and epidemiological findings of Rickettsia species // Infect. Genet. Evol. 2014. Vol. 25. P. 122-137.
59. Марков А.В., Захаров И.А. Использование количественных мер сходства генных порядков для построения филогенетических реконструкций на примере бактерий рода Rickettsia // Генетика. 2008. Т. 44, № 4. С. 456-466.
REFERENCES
1. Ricketts H. A microorganism which apparently has a specific relationship to Rocky Mountain spotted fever. A preliminary report. JAMA. 1909; 52: 379.
2. da-Rocha-Lima H. Zur Aetiologie des Fleckfiebers. Berlin Klin Wo-chenscr. 1916; 53: 567-9.
3. Angelakis E., Pulcini C., Waton J., Imbert P., et al. Scalp eschar and neck lymphadenopathy caused by Bartonella henselae after Tick Bite. Clin Infect Dis. 2010; 50 (4): 549-51.
4. Parola P., Paddock C.D., Socolovschi C., Labruna M.B., et al. Update on tick-borne rickettsioses around the world: a geographic approach. Clin Microbiol Rev. 2013; 26 (4): 657-702.
5. Raoult D., Berbis P., Roux V., Xu W., et al. A new tick-transmitted disease due to Rickettsia slovaca. Lancet. 1997; 350 (9071): 112-3.
6. Tarasevich I. V. On the systematics and nomenclature of Rickettsia. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunology]. 1979; (1): 39-42. (in Russian)
7. Ludwig W., Klenk H.-P. Overview: a phylogenetic backbone and taxonomic framework for procaryotic systematics. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity (eds). Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt A: Introductory Essays. New York: Springer, 2005: 49.
8. Systema naturae per regna tria naturae, secundum classses, ordines, genera, species, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis. Editio decima, reformata. Holmiae [Stockholm]: impensis direct. Laurentii Salvii. 1758. [4] Bl., S. 6-823.
9. Lapage S.P., Sneath P.H.A., Lessel E.F., Skerman V.B.D., et al. (eds). International Code of Nomenclature of Bacteria: Bacteriological Code, 1990 Revision. Washington, DC: ASM Press, 1992.
10. Dumler S., Walker D.H. Class I. Order II. Rickettsiales Gieszczykie-wicz 1939, 25AL emend. Dumler, Barbet, Bekker, Dasch, Palmer, Ray, Riki-hisa and Rurangirwa 2001, 2156. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity (eds). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt C: The alpha-, beta-, delta-, and epsilonpro-teobacteria. New York: Springer, 2005: 96.
11. Weisburg W.G., Dobson M.E., Samuel J.E., et al. Phylogenetic diversity of rickettsiae. J Bacteriol. 1989 ; 171 : 4202-6.
12. Tan C.K., Owens L. Infectivity, transmission and 16S rRNA sequencing of a rickettsia, Coxiellacheraxi sp. nov., from the freshwater crayfish Cheraxquadricarinatus. Dis Aquat Organ. 2000; 41 (2): 115-22.
13. BirtLes R.J., Harrison T.G., Saunders N.A., Molyneux D.H. Proposals to unify the genera Grahamella and Bartonella, with descriptions of Bartonella talpae comb. nov., Bartonella peromissci comb. nov., and three new species, Bartonella grahamii sp. nov., Bartonella taylorii sp. nov., and Bartonella doshiae sp. nov. Int J Syst Bacteriol. 1995; 45: 1-8.
14. Brenner D.J., Connor S.P., Winkler H.H., Steigerwalt A.G. Proposals to unify the genera Bartonella and Rochalimaea, with descriptions of BartonellaQuintana comb. nov., Bartonellahenselae comb. nov., Bartonellaelizabethae comb; nov., and to remove family Bartonellaceae from the order Rickettsiales. Int J Syst Bacteriol. 1993; 43: 777-86.
15. Rikihisa Y. The tribe Ehrlichieae and ehrlichial diseases. Clin Microbiol. 1991; 4: 286-308.
16. Gromov B.V., Ossipov D.V. Holospora (ex Hafkine 1890) nom. rev., a genus of bacteria inhabiting the nuclei of paramecia. Int J Syst Bacteriol. 1981; 31: 348-52.
17. Thrash J.C., Boyd A., Huggett M.J., Grote J., et al. Phylogenomic evidence for a common ancestor of mitochondria and the SAR11 clade. Sci Rep. 2011; 1: 13. doi: 10.1038/srep00013.
18. Montagna M., Sassera D., Epis S., Bazzocchi C., et al. «Candidatus Midichloriaceae» fam. nov. (Rickettsiales), an ecologically widespread clade of intracellular Alphaproteobacteria. Appl Environ Microbiol. 2013; 79: 3241-8.
19. Zhao X., Wan X., He R.L., Yau S.S. A new method for studying the evolutionary origin of the SAR11 clade marine bacteria. Mol Phylogenet Evol. 2016; 98: 271-9. doi: 10.1016/j.ympev.2016.02.015.
20. Sassera D., Beninati T., Bandi C., Bouman E.A., et al. «Candidatus Midichloria mitochondrii», an endosymbiont of the tick Ixodesricinus with a unique intramitochondrial lifestyle. Int J Syst Evol Microbiol. 2006; 56: 2535-40.
21. Mariconti M., Epis S., Sacchi L., Biggiogera M., et al. A study on the presence of flagella in the order Rickettsiales: the case of «Candidatus Midichloria mitochondrii». Microbiology. 2012; 158: 1677-83.
22. Szokoli F., Sabaneyeva E., Castelli M., Krenek. S., et al. «Candidatus Fokinia solitaria», a novel «stand-alone» symbiotic lineage of Midichloriaceae (Rickettsiales). PLoS One. 2016; 11: e0145743.
23. Hess S., Suthaus A., Melkonian M. «Candidatus Finniella» (Rickettsiales, Alphaproteobacteria), Novel Endosymbionts of Viridiraptorid Amoeboflagellates (Cercozoa, Rhizaria). Appl Environ Microbiol. 2015; 82 (2): 659-70. doi: 10.1128/AEM.02680-15.
24. Yu X.-J., Walker D.H. Family I. Rickettsiaceae Pinkerton 1936, 186AL emend. Dumler, Barbet, Bekker, Dasch, Palmer, Ray, Rikihisa and Rurangirwa 2001, 2156. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity (eds). Bergey's manual of systematic bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt C: The alpha-, beta-, delta-, and epsilonproteobacteria. New York: Springer, 2005: 96.
25. Tamura A., Ohashi N., Urakami H., Miyamura S. Classification of Rickettsia tsutsugamushi in a new genus, Orientia gen. nov., as Orientia tsutsugamushi comb. nov. Int J Syst Bacteriol. 1995; 45: 589-91.
26. Ferrantini F., Fokin S.I., Modeo L., Andreoli I., et al. «Candidatus Cryptoprodotis polytropus», a novel Rickettsia-like organism in the ciliated protist Pseudomicrothoraxdubius (Ciliophora, Nassophorea). J Eukaryot Microbiol. 2009; 56 (2): 119-29.
27. Schrallhammer M., Ferrantini F., Vannini C., Galati S., et al. «Candidatus Megaira polyxenophila» gen. nov., sp. nov.: considerations on evolutionary history, host range and shift of early divergent rickettsiae. PLoS One. 2013; 8 (8): e72581.
28. Vannini C., Boscaro V., Ferrantini F., Benken K.A., et al. Flagellar movement in two bacteria of the family Rickettsiaceae: a re-
evaluation of motility in an evolutionary perspective. PLoS One. 2014; 9: e87718.
29. Zdrodovskiy P.F., Golinevich E.M. The doctrine of Rickettsia and rickettsiosis. 3rd ed., revised and add. Moscow: Meditsina, 1972: 496 p. (in Russian)
30. Yu X.-J., Walker D.H. Genus I. Rickettsia da Rocha-Lima 1916, 567AL. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity (eds). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt C: The alpha-, beta-, delta-, and epsilonproteobacteria. New York: Springer, 2005: 96.
31. Weiss E., Moulder J. Bergey's manual of determinative bacteriology. 8th ed. Baltimore, 1974: 883-93.
32. Truper H.G. Etymology in Nomenclature of Procaryotes. In: D.J. Brenner, N.R. Krieg, J.T. Stanley, G.M. Garrity (eds). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed. Vol. 2: The Proteobacteria. Pt A: Introductory Essays. New York: Springer, 2005: 89.
33. Fujita H., Fournier P.E., Takada N., Saito T., et al. Rickettsiaasiatica sp. nov., isolated in Japan. Int J Syst Evol Microbiol. 2006; 56: 2365-8.
34. Euzeby J. Validation list N 108. Int J Syst Evol Microbiol. 2006; 56: 499-500.
35. Duh D., Punda-Polic V., Avsic-Zupanc T., Bouyer D., et al. Rickettsia hoogstraalii sp. nov., isolated from hard- and soft-bodied ticks. Int J Syst Evol Microbiol. 2010; 60: 977-84.
36. Mediannikov O., Matsumoto K., Samoylenko I., Drancourt M., et al. Rickettsia raoultii sp. nov., a spotted fever group rickettsia associated with Dermacentor ticks in Europe and Russia. Int J Syst Evol Microbiol. 2008; 58: 1635-9.
37. Fournier P.E., Takada N., Fujita H., Raoult D. Rickettsia tamurae sp. nov., isolated from Amblyomma testudinarium ticks. Int J Syst Evol Microbiol. 2006; 56: 1673-5.
38. Kurtti T.J., Felsheim R.F., Burkhardt N.Y., Oliver J.D., et al. Rickettsia buchneri sp. nov., a rickettsial endosymbiont of the blacklegged tick Ixodes scapularis. Int J Syst Evol Microbiol. 2015; 65 (3): 965-70.
39. Simser J.A., Palmer A.T., Fingerle V., Wilske B., et al. Rickettsia monacensis sp. nov., a spotted fever group rickettsia, from ticks (Ixodes ricinus) collected in European city park. Appl Environ Microbiol. 2002; 68 (9): 4559-66.
40. Fournier P.E., Dumler J.S., Greub G., Zhang J., et al. Gene sequence-based criteria for identification of new rickettsia isolates and description of Rickettsiaheilongjiangensis sp. nov. J Clin Microbiol. 2003; 41: 5456-65.
41. Roux V., Raoult D. Phylogenetic analysis and taxonomic relationships among the genus Rickettsia. In: D. Raoult, P. Brougui (eds). Rickettsiae and Rickettsial Diseases at the Turn of the Third Millenium. Paris: Elsevier, 1999: 52-66.
42. Zhu Y., Fournier P.-E., Eremeeva M., Raoult D. Proposal to create subspecies of Rickettsia conorii based on multi-locus sequence typing and an emended description of Rickettsia conorii. BMC Microbiol. 2005; 5: 11. doi: 10.1186/1471-2180-5-11.
43. Fournier P.E., Zhu Y., Yu X., Raoult D. Proposal to create subspecies of Rickettsiasibirica and an emended description of Rickettsiasibirica. Ann NY Acad Sci. 2006; 1078: 597-606.
44. Raoult D., Fournier P.E., Eremeeva M., Graves S., et al. Naming of Rickettsiae and rickettsial diseases. Ann NY Acad Sci. 2005; 1063: 1-12.
45. Murray R.G., Stackebrandt E. Taxonomic note: implementation of the provisional status Candidatus for incompletely described procaryotes. Int J Syst Bacteriol. 1995; 45 (1): 186-7.
46. Weiss E., Moulder J.W. Order I. Rickettsiales, Gieszczkiewicz 1939. In: N.R. Krieg, J.G. Holt (eds). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 1. Baltimore: Williams and Wilkins, 1984: 687-703.
47. Stothard D.R., Clark J.B., Fuerst P.A. Ancestral divergence of Rickettsia bellii from the spotted fever and typhus groups of Rickettsia and antiquity of the genus Rickettsia. Int J Syst Bacteriol. 1994; 44: 798-804.
48. Gillespie J.J., Beier M.S., Rahman M.S., Ammerman N. C., et al. Plasmids and rickettsial evolution: insight from Rickettsiafelis. PLoS One. 2007; 2: e266.
49. Merhej V., Raoult D. Rickettsial evolution in the light of comparative genomics. Biol Rev Camb Philos Soc. 2011; 86: 379-405.
50. Fournier P.-E., Raoult D. Current knowledge on phylogeny and taxonomy of Rickettsia spp. Ann NY Acad Sci. 2009; 1166: 1-11.
51. Anstead C.A., Chilton N.B. A Novel Rickettsia Species Detected in Vole Ticks (Ixodes angustus) from Western Canada. Appl Environ Microbiol. 2013; 79 (24). 7583.
52. Shpynov S., Fournier P.-E., Rudakov N., Raoult D. «Candidatus Rickettsia tarasevichiae» in Ixodes persulcatus ticks collected in Russia. Ann NY Acad Sci. 2003; 990 р. Rickettsiology: present and future directions: 162-72.
53. Hajduskova E., Literak I., Papousek I., Costa F.B., et al. «Candidatus Rickettsia mendelii», a novel basal group rickettsia detected in Ixo-desricinus ticks in the Czech Republic. Ticks Tick Borne Dis. 2016; 7 (3): 482-6.
54. Gumenyuk A.S., Postnichenko N.N., Rodionov I.N., Shpynov S.N. On the formal analysis of the building of nucleotide chains. Matematicheskaya biologiya i bioinformatika [Mathematical Biology and Bioinformatics]. 2013; 8 (1): 373-97. (in Russian)
55. Shpynov S., Pozdnichenko N., Gumenuk A. Approach for classification and taxonomy within family Rickettsiaceae based on the Formal Order Analysis. Microbes Infect. 2015; 17 (11-12): 83944.
56. Felsheim R.F., Kurtti T.J., Munderloh U.G. Genome sequence of the endosymbiont Rickettsiapeacockii and comparison with virulent Rickettsiarickettsii: identification of virulence factors. PLoS One. 2009; 4 (12): e8361. doi: 10.1371/journal.pone.0008361.
57. Simser J.A., Rahman M.S., Dreher-Lesnick S.M., Azad A.F. A novel and naturally occurring transposon, ISRpe1 in the Rickettsiapeacockii genome disrupting the rickA gene involved in actin-based motility. Mol Microbiol. 2005; 58 (1): 71-9.
58. Merhej V., Angelakis E., Socolovschi C., Raoult D. Genotyping, evolution and epidemiological findings of Rickettsia species. Infect Genet Evol. 2014; 25: 122-37.
59. Markov A.V., Zakharov I.A. Use of quantitative measures of similarity of gene orders for constructing phylogenetic reconstructions on the example of bacteria of the genus Rickettsia. Genetika [Genetics]. 2008; 44 (4): 456-66. (in Russian)
